molbiol.ru -> Загрузка последовательностей в генбанк

> Все форумы > Тематические форумы > Молекулярная и клеточная биология

Zbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Правила FAQ* Поиск* Участники* Календарь* Избранные темы* Форум Форумов*

Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ]

Форум:

* Загрузка последовательностей в генбанк

Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

vtosha
Постоянный участник

20.09.2013 22:50

URL #1

Подскажите, пожалуйста, кому доводилось грузить прокариотические геномы в генбанк: допустим, в определённом положении есть популяционный полиморфизм. Можно ли каким-то образом сделать примечание к данному положению - что тут не конкретная буква, а некоторое множество вариантов (количественное в данном случае)?
N-ки - не вариант, генбанк с ними прокариотические геномы не принимает.

mlog
Постоянный участник

21.09.2013 13:11

URL #2

Добавь квалифайер note и пиши там всё что считаешь нужным.

Насчёт энок, кстати:
Q: My assembly was made with Velvet or Abyss. Do I need to split the sequences at the Ns that the assembler inserted?
A: Yes, the only allowed Ns in the wgs-contigs are ambiguous bases within a sequence.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genom...on/faq.shtml#q5
то есть N, которые не гэпы, а полиморфизм, допускаются. Правда, у тебя полиморфизм по числу, так что это не очень актуально.

ASDF
Постоянный участник

21.09.2013 14:12

URL #3

а во фьчерсах нельзя локус из одной буквы добавить ?

mlog
Постоянный участник

21.09.2013 15:35

URL #4

да, кстати, можно и через фичи определить - есть отличная фича misc_difference: http://www.ebi.ac.uk/ena/WebFeat/misc_difference_s.html

watchesbiz
Постоянный участник

06.12.2021 15:59

URL #5

http://replicarolexwatches.simpsite.nl/
https://www.smore.com/rj7kh-best-replica-watches
https://www.athleticsnation.com/users/Replicarolexwatches
https://pastebin.pl/view/ab0e458a
https://mix.com/watcheshutukcom
https://www.woddal.com/post/359216_tiny-acc...nybody-039.html
https://share.naturalnews.com/posts/3904099
https://demo.wowonder.com/post/214429_the-i...-producers.html
https://rapichat.com/post/5369_our-purpose-...ible-there.html
https://dashburst.com/replicarolexwatches/1
https://sway.office.com/KifcQvn36MK821G8
https://flipboard.com/@replicarolex24
https://getpocket.com/redirect?url=https%3A...eshut.uk.com%2F
https://www.openstreetmap.org/user/Hints%20...20Rolex%20Watch

nigoal123
IP-штамп: frXqkB4MpP2jQ
гость

25.05.2022 08:34

URL #6

Not only do we put nigoal students under pressure ลิงค์รับทรัพย์ to master the inconsistent sexy gaming spelling patterns and complex สล็อต grammar of the English language ka gaming but we require them to know

The best way to help our 123goal students to overcome the 11hilo challenge of writing in any 123bets want to read it. pggame123 genre is to help them to break big gaming things down into their component

Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.

Имя:

Отправка сообщений использует JavaScript операции. В вашем броузере не
установлено/отключено выполнение JavaScript программ. Используйте Netscape Navigator
или Internet Explorer (не ранее 3 версии); убедитесь, что выполнение JavaScript
программ разрешено в настройках вашего броузера.