Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Codon usage -- вопрос о цифрах... --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Чёрный список: Gariaev
     NB! в теме нельзя обсуждать тех, кто внесён в чёрный список
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! O.Prisya
Участник
Минск



 прочитанное сообщение 16.07.2008 09:34     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование
Вопрос
Здравствуйте, дорогие коллеги!
Моя проблема:
нужно экспрессировать прокариотический ген в эукариотической клетке. Как одну из начальных стадий "проверки" внедряемой последовательности рекомендованно проводить анализ частоты использования переносимых кодонов в реципиентном организме. Для этих целей существует целый ряд "онлайн" проектов, осуществляющих этот анализ. У подавляющего большинства этих программ единицей измерения частоты кодонов являестя "встречаемость кодона на 1000 кодонов".
Вопросы:
1. при какой частоте встречаемости кодон можно называть "редким"?
2. есть ли где-нибудь "места", где об этом можно было бы почитать? (именно об этой "пороговой" цифре)
3. эта "пороговая частота" одинакова для всех или специфична для каждого организма?
4. кодон нужно модифицировать, когда его вообще нет, или когда частота его использования меньше определенной цифры?

Заранее спасибо за ответы! shuffle.gif
Участник оффлайн! Nameless
Постоянный участник
CA



 прочитанное сообщение 16.07.2008 22:45     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Вы собираетесь синтезировать белок в суспензионных культурах и выделять в промышленных количествах, или просто хотите посмотреть эффекты/взаимодействия в обычных клетках?
Участник оффлайн! O.Prisya
Участник
Минск



 прочитанное сообщение 17.07.2008 14:14     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Я хочу посмотреть эффекты/взаимодействия в трансгенных растениях. Я понимаю, что все это зависит от многих показателей... но интересует меня на данный момент чисто статистические цифры про частоту кодонов... или она для разных целей разная?
guest: Андрей
IP-штамп: fr5rCDKjN1xa6
гость



 прочитанное сообщение 17.07.2008 15:10     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

(O.Prisya @ 17.07.2008 13:14)
Ссылка на исходное сообщение  Я хочу посмотреть эффекты/взаимодействия в трансгенных растениях. Я понимаю, что все это зависит от многих показателей... но интересует меня на данный момент чисто статистические цифры про частоту кодонов... или она для разных целей разная?

А твой белок вообще в растениях синтезируется?
Участник оффлайн! O.Prisya
Участник
Минск



 прочитанное сообщение 17.07.2008 16:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

(guest: Андрей @ 17.07.2008 14:10)
Ссылка на исходное сообщение  А твой белок вообще в растениях синтезируется?


пока еще не знаю, это бактериальный белок... перед тем, как его ген засовывать в растение, хотелось бы проверить его "биоинформатически"...
Участник оффлайн! isotope
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  17.07.2008 16:45     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

http://gcua.schoedl.de/

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Fjuka
Участник оффлайн! O.Prisya
Участник
Минск



 прочитанное сообщение 17.07.2008 17:27     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

(isotope @ 17.07.2008 15:45)


спасибо за информацию, но этот портал я знаю. Там, опять же, погоговая частота высталяется вручную... вот, так для того, чтобы что выставить, нужно знать КАКУЮ выставить...
поэтому и хочется где-нибудь что-нибудь почитать...
Участник оффлайн! Nameless
Постоянный участник
CA



 прочитанное сообщение 17.07.2008 19:10     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Места я когда-то искал, но не нашёл, все просто говорят "редкие кодоны" или пишут о проблемах, связанных с определённым числом конкретных кодонов. Хотя может, искал плохо. Думаю, что основная масса практических наработок и каких-то эмпирических числовых характеристик для самых используемых экспрессионных систем лежит под сукном у биотехкомпаний. Опять-таки, навряд ли кто-то настолько тесно работал с клетками растений.
Пул доступных тРНК, как и количество, тип и ГЦ-состав доступных для трансляции матриц (что именно отображает т.н. частота использования) может запросто меняться у того же организма в зависимости от условий внешней среды, не говоря уже о том, что для многоклеточных организмов она по идее будет немного плавать в клетках разных тканей. Потом не забывайте, что гены по экспрессии делят на три группы, для каждой частота своя. Так что все эти цифры - не более, чем средня температура по больнице/отделении.

Вы же понимаете, это всё исскуственные категории, созданные чтобы хоть как-то характеризовать процесс. Теория критиковалась неоднократно (http://www.biomedcentral.com/1471-2148/7/119).
Помимо самой частоты ещё важно положение, образование кластеров. Например, для котрансляционного фолдинга лучше, чтобы редкие кодоны, более того - кластеры, были на границах белковых доменов, чтобы рибосома тормозилась и давала немного больше времени доменам чтобы свернуться, так что получается что в некоторых случаях нельзя просто отсечь все редкие кодоны.
Ещё на мой взгляд критично, чтобы для каждого кодона в каждой системе всё было чётко показано экспериментально, а таких данных немного.

В общем это всё важно в основном для оверэкспрессированых генов, когда клетка фактически приводится в состояние стресса. В эукариотах вы всё равно не достигнете такого уровня экспрессии как в еколи.
Так что не заморачивайтесь сильно, если вам нужно только оверэкспрессировать белок, используйте один из онлайн проектов. Всё равно экспериментально сами вы эффекты кодонов посмотреть не сможете, да и не будете, а так хоть будет на кого сослаться. Просто исключите откровенно редкие кодоны. Если нужны какие-то цифры, постройте график частоты кодонов для ваших клеток, расположив кодоны по уменьшению. В точке, где линия графика в самом конце резко пойдёт вниз (последние 6-7 кодонов), и будет трешхолд, т.е. как в реал-тайме с C(t) только наоборот smile.gif.

Сообщение было отредактировано Nameless - 17.07.2008 19:11

Всего благодарностей: 3Поблагодарили (3): O.Prisya, petr, Gariaev
Участник оффлайн! O.Prisya
Участник
Минск



 прочитанное сообщение 21.07.2008 15:44     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

Спасибо, Nameless!
я, впринципе, так об этом всем и думала...
буду "как-то" пользоваться имеющимися программами...
Участник оффлайн! petr
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.02.2018 00:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Народ, у меня возникла точно такая же задача. Хочу экспрессирвоать маленький бактериальный белок в human cells (293T). Экспрессия предполагается в болших количествах. Загнал его в codon optimization tool от IDT Tech. Все вроде нормально, но обратил внимание, что некоторые кодоны, которые прога выдает, имеют меньшую встречаемость (там можно на кодон стрелочкой навести и оно показывает frequency). Не сильно меньшую, но все же. Это немного смущает.
Забить, или вручную поправить на более встречаемые?

Сообщение было отредактировано petr - 25.02.2018 00:18
Участник оффлайн! R-J-Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.02.2018 14:12     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Cила кодонов (частота встречаемости)- далеко не первый аргумент при выборе той или иной буквы. Более того, обширный опыт по экспрессии флуоресцентных белков, открытых, клонированных, модифицированных и продаваемых нами лично с конца прошлого тысячелетия наглядно (по уровню флуоресценции- редко доступный прямой метод анализа!) демонстрирует ограниченность узкого подхода к оптимизации кодонов. Данная парадигма работает далеко не всегда и не всегда линейно. Понятно, что для аргинина, к примеру, супер-редких кодонов полезно избегать, во всех остальных случаях все не так критично. Важны прочие моменты, как-то: а) GC-состав, общий и локальный, б) наличие повторов (критично для применяемого нами метода синтеза/сборки протяженных последовательностец ДНК), в) выраженная неоднородность в распределении "букв" по гену и наличие поли-буквенных стретчей, что чревато ошибками химического синтеза и амплификации г) общая красота дизайна и природо-подобность получающегося сиквенса (слабо формализуемый критерий), что важно при клонировании (эффективность клонирования, устойчивость вставки в векторе и тп). Опыт сотен синтезированных последовательностей тому подтверждением.

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): petr, Gariaev
Участник оффлайн! petr
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.02.2018 18:38     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

Спасибо. Ну значит просто сравню что выдают разные проги и выберу что-то наиболее часто выдаваемое. В конце концов имхо это не самый лимитирующий момент в экспрессии нужного мне белка.
Участник оффлайн! Tuco Ramires
Постоянный участник
Rio Grande



 прочитанное сообщение 25.02.2018 22:03     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

Петр, если не секрет: а почему возникла такая задача? С обратными ситуациями - когда надо сделать человеческий белок в бактериях - сталкивался часто, а вот так...
По идее в бактериях было бы и проще, и дешевле. Но тут какие-то еще есть обстоятельства, наверное?

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): petr
Участник оффлайн! R-J-Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.02.2018 22:52     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

правильный алгоритм- сначала прога, потом ручная доводка

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): petr
Участник оффлайн! petr
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 26.02.2018 20:48     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

(Tuco Ramires @ 25.02.2018 20:03)
Ссылка на исходное сообщение  Петр, если не секрет: а почему возникла такая задача? С обратными ситуациями - когда надо сделать человеческий белок в бактериях - сталкивался часто, а вот так...
По идее в бактериях было бы и проще, и дешевле. Но тут какие-то еще есть обстоятельства, наверное?

Бактерии не подходят к сожалению.
Участник оффлайн! petr
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 26.02.2018 20:52     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

(R-J-Dio @ 25.02.2018 20:52)
Ссылка на исходное сообщение  правильный алгоритм- сначала прога, потом ручная доводка

Да, скорее всего так. Во всяком случае с праймерами и пробами так и поступаю.
Сижу сейчас, дизайню, и что-то странно.
То, что выдает тут http://cool.syncti.org/setup_input_sequence_create_wf1.php и то что выдает IDT-Tech достаточно разное. В IDT вообще странно получается, если забить белок и соптимизировать, выдает одно, если еще раз кликнуть соптимизировать - выдает уже другое. Никак не могу понять по какому принципу оно каждый раз работает.
Участник оффлайн! Tom1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 26.02.2018 22:49     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

Пиотр про в еу вполне нормально експрессируется....
тем более небольшое ....
полню как говорит т. из Еиьврогена исчо в прошлом века екпрессировал бета лактамазу в клетка....
с аргинином надо да по аккуратнее, а в остальном ...
правда есть вероятность что он " свернется " не совсем качественно, тогда караул....
Надеюсь тебе попрет...

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): petr
Участник оффлайн! petr
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 26.02.2018 22:52     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

Ничего, прорвемся. Белок маленький и стабильный. Там другие проблемы ожидаются, но пока надо заэкспрессировать, и решать их по мере поступления.

Сообщение было отредактировано petr - 26.02.2018 22:54
Участник оффлайн! R-J-Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 27.02.2018 00:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

прога от IDT действительно странная, она хорошо выдает всякие стремные места, а вот с кодонами непонятно

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): petr
Участник оффлайн! petr
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 27.02.2018 00:22     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

(R-J-Dio @ 26.02.2018 22:11)
Ссылка на исходное сообщение  прога от IDT действительно странная, она хорошо выдает всякие стремные места, а вот с кодонами непонятно

Ну я вот что-то среднее замутил со второой прогой, и поменял в IDT на то, что выдала другая прога с большей частотой встречаемости. Вобщем посмотрим что получится.
Участник оффлайн! petr
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.02.2018 01:19     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

ППГ, отвалите, у меня были конкретные вопросы, и я с экспрессией своего белка уж как нибудь без вашего волногонева разберусь.
Сначала опубликуйте, и только тогда будет можно что-то обсуждать. А пока не лезьте уж откровенно не в свое дело.

Всего благодарностей: 4Поблагодарили (4): R-J-Dio, vb, dk, -Ъ-
Участник оффлайн! R-J-Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.02.2018 03:33     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

ППГ, go home!!!
Участник оффлайн! petr
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.03.2018 19:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

Update.
Все получилось. Все экспрессируется. Уровень экспрессии сопоставим с другим белком, который я экспрессировал раньше. Для моих целей вполне подходит. Теперь буду проверять насколько белок фенкционален и возможную аггрегацию и прочие подлянки, которые могут теперь возникнуть.

Еще раз спасибо всем за ответы.
Участник оффлайн! R-J-Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.03.2018 16:27     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

во, и прекрасно. Как я и говорил, сильно запариваться нужды нет

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): petr
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.11.2021 18:09     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование

http://www.authorstream.com/Replicawatches24/
https://about.me/Replicawatches24
https://moz.com/community/users/17050093
https://trello.com/rolexrelicawatches/activity
https://replicarolexwatches.dreamwidth.org/365.html
https://visual.ly/users/watcheshutuk/portfolio
https://www.viki.com/users/watcheshutuk_549/about
https://www.academia.edu/s/14bdb7d4fe?source=link
https://www.slideshare.net/Nowseore/guide-o...ex-watch-online
https://audiomack.com/rolexrelicawatches
https://soundcloud.com/replicarolexwatches
https://www.bagtheweb.com/u/fakerolexwatches/profile
https://www.flipsnack.com/ReplicawatchesUK/...ca-watches.html
https://www.4shared.com/office/zA4L7Rmzea/G...hase_a_Fak.html?
https://codepen.io/Rolexrelicawatches/full/abBEzaQ
Участник оффлайн! watchesonline89
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  26.12.2022 11:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #26 множественное цитирование

https://telegra.ph/Advantages-Of-Replica-Watches-08-03
https://issuu.com/home/published/_6_.docx
https://www.gta5-mods.com/paintjobs/watchesswiss
https://omegawatches89.onweb.it/
https://padlet.com/omegawatches89/je3eq9ol3xzmb9bp
https://www.pinterest.com/omegawatches89/
https://knowyourmeme.com/users/omegawatches89
https://bitcointalk.org/index.php?topic=76487.new#new
https://omegawatches89.blog.hu/
https://knowyourmeme.com/forums/general/top...f-so-why?page=1
https://penzu.com/p/c6f21f5d
https://www.reddit.com/user/omegawatches89/...are_so_popular/
https://www.vingle.net/posts/4647076
https://penzu.com/p/c68b65cc
https://diigo.com/0pige9

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 29.03.24 14:06
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft