molbiol.ru -> Водородные связи

> Все форумы > Тематические форумы > Биофизика и матметоды в биологии

Zbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Правила FAQ* Поиск* Участники* Календарь* Избранные темы* Форум Форумов*

Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ]

Форум:

* Водородные связи -- подскажите, пожалуйста, программу --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

Albatros

13.09.2012 20:11

URL #1

Всем доброго времени суток!
Подскажите, пожалуйста, программу, которая считает водородные связи в pdb файлах и указывает между какими остатками образуются данные связи.
Заранее спасибо!

Nastja
Постоянный участник
Новосибирск

14.09.2012 06:24

URL #2

Попробуйте PyMOL, вот тут есть скрипт, который вроде бы делает то, что нужно: http://pldserver1.biochem.queensu.ca/~rlc/work/pymol/

Поблагодарили (2): NMR-guy, Albatros

Mike Shelk
Участник
Москва

14.09.2012 18:56

URL #3

UCSF Chimera, в ней есть встроенная функция, выдающая список водородных связей (Tools->Structure Analysis->FindHBond)

Поблагодарили (4): NMR-guy, Nastja, Albatros, tac14

AzAbd

31.10.2012 15:29

URL #4

Всем бодрый день! Немного наврал я с водородными связями (то есть, умолчал о нюансе)- YASARA считает водородные связи с катоффом в 6.25 кДж/моль - это около 2.5-3 ангстрем в зависимости от атомов. Поэтому у меня, например, количество водородных связей, посчитанных в Ясаре, меньше, чем на Protein Interaction Calculator (http://pic.mbu.iisc.ernet.in/). Зато Ясара, в отличие от PIC, выдает энергии по каждой связи и в сумме.
PIC выдает много взаимодействий, в том числе и водородные связи. Катофф у него по расстоянию - 3.5 ангстрем для кислорода и азота, 4 для серы (раздел Criteria).
Не знаю, насколько он точен, но весьма удобен, если нужны не картинки, а списки. считает как внутримолекулярные, так и межмолекулярные взаимодействия в белке. Один расчет занимает около 5 минут, на выходе списки взаимодействий с геометрией без энергетики.
Если кто-нибудь подскажет программу для расчета энергии водородных связей с регулируемым катоффом, буду очень рад

Nastja
Постоянный участник
Новосибирск

31.10.2012 17:37

URL #5

Да вот же как раз в PyMol все настраивается, и cutoff и угол, вот скрипт:
http://pldserver1.biochem.queensu.ca/~rlc/.../list_hbonds.py

Поблагодарили (1): AzAbd

AzAbd

31.10.2012 19:24

URL #6

Большое спасибо! Раньше у меня ссылка не открывалась. Урррра, заработало!

Nik-AD
Постоянный участник

01.11.2012 09:23

URL #7

Если быстро глянуть контакты + водородные связи, то поможет сервер PISA http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/prot_int/pistart.html

Nik-AD
Постоянный участник

01.11.2012 14:25

URL #8

(AzAbd @ 19.09.2012 17:46)

отмечусь-ка и я: YASARA View - www.yasara.org. Из гуя делается так: Edit - Add hydrogens to: All, затем Analyze - HBonds between - Molecule, и выбрать молекулы 1 и 2 (если нужны внутримолекулярные, то молекула 1 и молекула 2 - соответсвенно одна и та же молекула). Также есть консольные команды ListHBo, CountHBo, первая их перечисляет и указывает остатки, а вторая просто считает - в мануале все есть.

Скачал YASARA View. Попробовал. Не работает. Требует версию YASARA Model за 110 евро.
Мелочь, конечно...

AzAbd

01.11.2012 17:50

URL #9

Ой... ошибся, это действительно фича YASARA Model и выше. Тянет на фол... Если нужна YASARA Model, пишите в личные сообщения, могу поделиться.

dmitryturin
Участник

27.10.2014 17:18

URL #10

а кто что вообще из списка
http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_molec...raphics_systems
использует?

dmitryturin
Участник

27.10.2014 17:20

URL #11

http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_softw...hanics_modeling
?

Felix Stenio
Постоянный участник
study

17.11.2014 17:15

URL #12

В Swiss PDB Viewer

guest: great
IP-штамп: frj5GEfdEWR5M
гость

31.10.2018 18:30

URL #13

Much obliged to you for setting aside an ideal opportunity to distribute this data extremely valuable!
http://paydaysolobest.com

Это сообщение — спам.
Den-N

guest: 123
IP-штамп: frJhOCvSv9ICE
гость

31.05.2022 09:11

URL #14

SINCE LAUNCHING AMB CASINO HIS INVASION OF UKRAINE, RUSSIA'S FC SLOT PRESIDENT VLADIMIR PUTIN 88KTC HAS FACED AN UNPRECEDENTED 11HILO GLOBAL RESPONSE, FROM CULTURAL BOYCOTTS TO 123GOAL COUNTRIES RADICALLY 123VEGA TRANSFORMING THEIR ALLBET FOREIGN POLICIES. BUT THE สูตรสล็อต LONGER THE CONFLICT CANDY BURST GOES ON, THE MORE SIGNS THERE ปั่นสล็อต ARE OF DIVISIONS.

guest: 123
IP-штамп: frXqkB4MpP2jQ
гость

08.06.2022 12:46

URL #15

South Korea 123VEGA and the US launched WAZDAN eight missiles WM CASINO on Monday, in AFFILIATE response to a ลิงค์รับทรัพย์ volley of ballistic missiles fired by North Korea the 123GOAL previous day. It comes 88KTC as Pyongyang continues FC SLOT to escalate its AMB CASINO missile tests. South 11HILO Korea's president Yoon Suk-yeol.

guest: 123
IP-штамп: frpYd0YygcNIA
гость

09.06.2022 09:35

URL #16

Elon Musk has 123VEGA threatened to เกมสล็อต walk away from his JOKER GAMING $44bn takeover DREAMGAMING of Twitter, accusing เล่นสล็อต the social media company of "thwarting" his 11HILO requests to learn AMB CASINO more about its user base. In a letter filed FC SLOT with regulators, Mr Musk 88KTC said he was entitled 123GOAL to do his own measurement of spam accounts.

guest: 123
IP-штамп: frAWeMdOsBSXM
гость

11.06.2022 10:34

URL #17

Saxon Mullins 123VEGA says she once had PRAGMATIC PLAY romantic dreams of what her 'first time' would ICONIC GAMING be like. In none was หวยปิงปอง she paralysed by fear in a Sydney ปั่นสล็อต alleyway, aged 18, with a 123GOAL man she had met only minutes earlier. Ms 88KTC Mullins has always maintained FC SLOT this incident - in 2013 - was rape. It spurred AMB CASINO her to push for legal 11HILO reform in Australia, after a long court battle ended with a judge finding the man involved did not realise she hadn't consented to sex.

Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.

Имя:

Отправка сообщений использует JavaScript операции. В вашем броузере не
установлено/отключено выполнение JavaScript программ. Используйте Netscape Navigator
или Internet Explorer (не ранее 3 версии); убедитесь, что выполнение JavaScript
программ разрешено в настройках вашего броузера.