Оборудование для бюджетной ПЦР лабы

Добрый день, уважаемые молекулярные биологи!

Возникла задача собрать более- менее бюджетную лабу где в научных и учебных целях будут ставить ПЦР прокариот и иногда высших растений.

Прошу вашего совета, поскольку подозреваю, что есть более выгодные решения на рынке современной аппаратуры.


Задачи:
RT- PCR.

Циклер: В уме держим какой - то из CFX 96 от BIO-RAD, но может сейчас есть что -то новее и бюджетнее...?

Центрифуга: Eppendorf MiniSpin plus. может есть Elmi по дешевле?

Самое интересное, в чем больше всего сомневаюсь:

Система гель-документирования:
В уме Bio-rad Gel-doc XR+ но есть другие, гипотетически дешевле, настораживают возможности нового софта и работа оного в основном под win10, а хотелось бы 7, накрайняк 8. Биорадовский как то привычнее.

Настольный деионизатор,
кто чем пользуется, кто - то бидистиллятом, кто просто дистиллятом из автоклава, но тем не менее систему очистки решено взять, чтобы не грешить на воду, если что не так...

Есть ли бюджетные отечественные установки?
Всем спасибо.



кстати где вам нужно "ПЦР оборобувание" Берлин Лос Анхелос

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2781606 ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2781606 )

примерно 100 баксов по ценам 1989 года



Мне кажется, что, если не найдете специалиста, то лучше торгошам закинуть прототип тз. Причем в 2-3 известные конторы. Они вам сами подберут под имеющийся бюджет.
риск, конечно, есть, не не больше, здесь на фопуме консультироваться.



Поэзия это хорошо, спасибо. Оценил ваш тонкий юмор.

Торгашей у нас не много, и выбить постараются максимум - проверено (поэтому полагаться на них не очень хочется).
Выйти напрямую на Диа-м или кого то еще, это само собой, просто хотелось бы "разведать почву", вдруг кто - то с высоты своего опыта решит дать совет.

Общаясь с поставщиками все равно нужно держать в уме конкретную схему...



Мне не очень понятно, почему вы покупаете Real Time и не покупаете обычный циклер и при этом вам нужна система визуализации в гелях и опять же нет ничего для гель фореза. Вы начальство пугать мулежами хотите или что-то делать в этой лаборатории. Если делать, то что. КДЛ, исследования, типирование.



---Задачи:
RT- PCR.


ваамщето RT-PCR амплификасия cDNA после обратной транскрипции
можно сделать на Терцике

http://site.dna-technology.ru/dnaproducts/...icators/tercik/ ( http://site.dna-technology.ru/dnaproducts/equipments/mamplificators/tercik/ )

http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=5708&hl=jalex ( http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=5708&hl=jalex )



RT- PCR: http://site.dna-technology.ru/dnaproducts/...cators/dt_lite/ ( http://site.dna-technology.ru/dnaproducts/equipments/rtamplificators/dt_lite/ ) от ДНК-технологии.
центрифугу Biosan или Eppendorf MiniSpin plus (дешево во время акций),
бюджетное решение для гель документации российское решение от ИЛС или "Хеликона"
Вода: или малая установка "Медиана фильтр" с прибамбасом для обессоливания водопроводной воды.или "Витал". У них тоже новый компактный агрегат.





По поводу фореза просто особых колебаний не было - Bio-Rad PowerPac Basic.

Опять же если есть другие аналоги - буду рад советам. Просто конкретно на этом аппарате сам работал, нареканий нет, вроде полностью устраивает.


Муляжами чего? Гелей?

Первая задача, если интересует - мониторинг наличия /отсутствия некоторых генов у прокариот, выделение последовательностей, может с перспективой отправки на сиквенс.





Вот за это спасибо, гляну.

Знать бы когда/где эти акции на эппендорф...

Кажется есть центрифуга Elmi с подходящими параметрами, на 12 мест, понимаю что эппендорф круче, но все же... Гарантия лет 5.





у еппера только фуги и пипетки

ну шейкеры

все циклера Еппера говно

Знать бы когда/где эти акции на эппендорф...


только не покупайте ето чюдо юдо
https://online-shop.eppendorf.com/OC-en/PCR...s-PF-14698.html ( https://online-shop.eppendorf.com/OC-en/PCR-44553/Cyclers-44554/Mastercycler-nexus-PF-14698.html )




вадик ваамщето основателя BioSan в Латвии я знаю лично

LowTech жылизяки



у богатых дяденек в москве куча пцр лаб которые просто пылятся в чуланах



первая в России ПЦР
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/3240329 ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/3240329 )






Думаю в самой МСК желающих полно, но мысль интересная.

На счет циклеров Эппендорфа - и в мыслях не было...




позвоните в ИБХ ИМБ ну наконец в МГУ



Топикстартер, вы для начала почистите тот мусор, которым вам всю тему засрали.
Если из заявленных вами целей "мониторинг наличия/отсутствия генов" - то зачем вам реал-тайм? Именно наличие генов легко проверяется "классическим" ПЦР и визуализацией продукта "на геле". RT больше нужно больше для массовых анализов наличия продукта. Разница большая: у девочек тоже есть ген тестостерона, но, к счастью, они из-за этого мальчиками не становятся. Так что определитесь что и для чего вам конкретно нужно.
Про оборудование - вы закладываете совершенно астронимический Био-Радовский гель-док, но при этом выбираете центрифугу подешевле? Честно сказать, я бы не экономил на центрифуге. Возьмите что-то нормальное из Эппендорфов 54-й серии - она точно проработает много лет. Элми/Биосан - это больше микроцентрифуги и "трясучки", не рассчитаны они на большие ускорения и долгую работу с максимальной нагрузкой. В той же 50-й Элми можно и пробирки крутить, но всё же лучше её использовать как хороший вортекс. Ну и можно для того же наш "Циклотемп" посмотреть. ПЦР-ницу от Эппендорфа покупать, может, и не стоит, но и обгаживать их нет никаких поводов. Да, дорогие, но греют-остужают годами. А так-то ломаются все - я и ABI видел убитыми, и "Терцик" (хотя не понимаю как его можно сломать). В принципе новые С-1000 с 96-й "головой" от БиоРада - нормальный бюджетный вариант RT. Правда, непонятно зачем он для ваших задач. Но его же можно легко использовать и как обычную ПЦР-ницу (а ещё в нём можно плашки сушить!). Про форез - вы назвали Bio-Rad PowerPac Basic - это всего лишь блок питания. При этом не имеет никаких особых преимуществ перед отечественным "Эльф", только стоит в разы дороже (про "надёжность" БиоРада не надо рассказывать). А вот про камеру - вы ничего не сказали. Проще всего камеры от "Хеликон" - есть и горизонтальные, и вертикальные. Хотя, если хочется широкие под многоканальные пипетки - то придётся брать набор от БиоРада типаSubCell GT (но это если вы планируете по плашке за раз гнать). Нареканий к ним нет, главное не разбить при периодической мойке - какой-то у них пластик "стеклянный". Далее, водоподготовка. Если очень хочется - то наша "Медиана-фильтр". Но тогда вы водой 1 типа и мыться сможете. Такую установку имеет смысл покупать если вы планируете большой расход хч воды, например, для приготовление сред. Но тогда нужен ещё ламинар, автоклав и остальная культуральная "кухня". Судя же по вашим потребностям можно обойтись покупкой готовой воды, несколько литров в год можно купить хоть в том же "Синтоле". А вот нормальный дистиллятор пригодится однозначно. Лучше брать наш ЛОиП или "Листон" - только сразу и пару наборов запасных тэнов к ним. Опять же гель-док - он точно вам такой нужен? Вы точно планируете вешать метки и смотреть дифференцированно-окрашенные носители? Если вы ещё и поглядываете в сторону отечественного "нано-чуда" типа системы "Взгляд" - то сразу выкиньте из головы эту мысль. Берёте обычный цифровой фотоаппарат, проковыриваете дырку в плотном почтовом ящике - всем этим накрываете транс. Всё, получаете тоже самое. Краденый софт для обработки изображений найдёте сами. К слову, ни про сам транс, ни про термостаты, ни про разные пипетки и пластик вы не упоминаете - а это тоже выйдет в очень немалую сумму.
А так вам правильно тут говорят: или чётко напишите планируемые задачи (с возможным вариантом расширения спектра исследований), планируемый объём образцов в месяц, количество сотрудников - или просто пишете в "Диа-М" какой-нибудь симпатичной менеджерице: хочу ПЦР-лабораторию "под ключ".



Спасибо за информацию.

На счет системы документирования - да, планируется мониторинг с разными метками, и возможно анализ блотов, это не только моя затея, на нем еще другая лаба будет работать (поэтому решили и особо не колебались).

Извиняюсь если картина исказилась, просто я написал только те позиции в которых сомневаюсь, само собой кюветы для фореза и прочее подразумевается, и дозаторы / наконечники /штативы, и прочее.

Про "громкоговоритель" систему "взгляд" -да, видел. Не впечатляет. Если колхозить из ящиков и камер - это другая история, принцип работы я конечно понимаю, но думаю начальство не оценит такого естествоиспытательства.

На счет покупки готовой воды - не хотелось бы. (это крайний случай).
В бюджетной организации закупки можно ждать годами, а могут и вообще послать. И вообще объяснять бухгалтерии зачем это, и каждый раз испытывать укоризненные взгляды хуже, чем разово потратиться, и гнать воду когда надо.

Всё культуральное и так на ходу, автоклавы/ламинары, это всё само собой, я сознательно опустил этот вопрос.

На счет "эльфа" как раз смотрю.

P.s. а как здесь почистить тему? Это не модератором делается (не нашел), да загаживаются темы со сверсхсетовой скоростью.



Прилетел die Taube из Йены и оставил следы великой учености.

О Третьякове (die Taube из Йены) авторе ников.
Tretyakov A Department of Cell and Molecular Biology, Leibniz Institute for Natural Product Research and Infection Biology-Hans Knöll Institute (HKI), Jena, 07745, Germany.




to Третьяков - ты уж определись со своими инициалами, а то поиск в ПабМеде только по фамилии очень уж смешной выходит.

to Coincedence - вот, когда вы объяснили подробнее что и для чего - вам же самому стало гораздо проще ("Объяснял-объяснял - аж сам понял"). Тем более, как теперь понятно, вы создаёте лабораторию не "с нуля" а уже имея неплохой базис. Про конкретное оборудование, что вы упоминали на своём опыте могу сказать следующее. BioRad C-1000 + СFX-96 вполне рабочая вещь, вроде сейчас вылечили "болезнь" первых серий (какая-то микросхема ломалась ровно по окончании гарантийного срока). Его же вы сможете использовать как обычную ПЦРницу. Правда, кто серьёзно занимается экспрессией, метилированием и подобными тонкими штуками BioRad не любят. ИП "Эльф" - можете взять 4 или 8 (если потребуется большая мощность). Работают годами, без нареканий (хотя и про BioRad PP ничего плохого сказать не могу, кроме того что дорого). Водоподготовку - можно, конечно, взять "классическую" Milli-Q или отечественную "Медиана-фильтр". Самые малопроизводительные будут стоить примерно одинаково, но буржуйские картриджи будут сильно дороже, да и для питания им нужен ну очень хороший дистиллят. Гель-документация - это от задач зависит, там лицензионный софт занимает львиную долю в стоимости.



Правда, кто серьёзно занимается экспрессией, метилированием и подобными тонкими штуками BioRad не любят.

Интересно почему...? И самое главное что они любят...

Согласен, сборка BioRad C-1000 + СFX-96 и предполагалась, думаю ничего лучше нам все равно не потянуть.

У них же есть как я понимаю самый "безмозглый" вариант основания - в вариации "Connect" там нет никаких процессоров и органов управления, всё делает ПК через USB.

По практике, кроме их же вошеров, не видел смысла управлять приборами встроенными средствами, у нас не КДЛ, и отчеты печатать с приборов на принтер не надо. Но это лирика, думаю тут кому как нравится.


По водоподготовке: да, Millipore хороший вариант, но цена...

Еще есть RePhile PURIST UV по параметрам примерно то же самое. Кто что скажет?



Картина так и не прояснилась. Потому что под ваши задачи количественные ПЦР не нужен и это сразу -15000 уе.

Гель док если у вас много денег можете купить.

Но большинство бюджетных именно лабораторий покупают транслюм(1000уе), ставят его в бывшую фотокомнату добавляют к нему бытовой фотоаппарат (типа олипус/сони 300-500уе) прикручивают к нему совейский ораньжевый фильтр, купленный на авито(ну еще штатив нужен для фотега(100уе), и радуются жизни. А так на гель док еще 15000 уе. Что касается белковых гелей и блотов, то они сканятся бытовым сканером Epson VX00, Х=3-8 это не дороже 800уе. ECL делается под рентгеновской пленкой. Потом сканится на том же сканере. Софт для обработки открытый - ImageJ. Все!

Цетрифуги элми и биосан брать можно, но они хуже миниспина и не на много дешевле. Эльф 8 брать смысла не вижу, 4 более понятный. И они не такие уж дешевые, в сравнении с низко бюджетной линейкой биорада не так уж дешево. У биорада правда размеры не походные. Кстати тоже можно сказать про их(ДНК-технологии) амплификаторы с оптической детекцией, они не на много дешевле, дешевых импортных. И я совершенно не понимаю почему они ничего не делают со своим терциком. Стоит он как космос, а уровень технологий вторая половины 90х прошлого века. Неужели нельзя разработать что-то более новое и технологичное.



Почистил тут за Третьяковым. Пожалуй назначу Coincedence куратором.

Теперь у вас появились новые значки в чужих постах. Вы можете удалять и редактировать чужие сообщения и кажется закрывать на самомодерирование. Но с Третьяковым самомодерирование бесполезно. Он никогда не возвращается к тому, что написал, что бы что-то исправить. Вот вернуться и разразится еще какой-нибудь повторной или новой серией тирад он может.


Вот когда вы станете, старым и все знающим, не понятым и от того внутренне одиноким, посмотрим как вы будете смотреть на потуги юных молокососов.

У Третьякова встречаются светлые мысли и его опыт не пропьешь(за это я и не веду с ним тотальных войн, как делал yack). Только вот со временем, чтобы извлечь ценные крупицы из его воплей, приходится все больше и больше сливать в помойку.




вадик, вадик
на рояле нам играет
девочки танцуют





Для ПЦР вполне катит автоклавированная вода для инъекций из аптеки и нужны ее ну буквально мл. Для всего остального достаточно дистиллята.




ваамщето обычный водопровод сойдет

ммм ну я делал ПЦР на водопроводной воде
полет нормальный никакой задницы не увидел

мммыч придлагаю тебе организовать контору Вода ДЛя ПЦР




кстати на старых ионках прет такая ***ня что ингибирует ПЦР
водопроводка даже рядом не лижала




Насколько я понимаю Merk ужо

Виталовские водоподготовки, настольные или напольные около 200 тыр. Рублей!!

На производство я брал "Медиану". Но там 16 тонн в сутки. В 5 раз дешевле западной.




автоклавированная вода?
"Вода для инъекций из аптеки" разве не фильтрация?




а говоришь на производстве работал.
предпочтительным методом стерилизации продукта является термическая стерилизация после укупорки контейнера.
если таковая невозможна из-за свойств продукта, тогда допускаются иные методы.



Спасибо за новые кнопки))) Теперь извиняйте творчество не по сути вопроса буду чистить.

Насчет транслюма. Я понимаю что по сути это ящик с лампами, и если бы была цель только извлечь графическую информацию из гелей - я бы не колебался. Но тут еще существует некая образовательная задача, на этом должны будут учиться магистро-аспиранты всякие (учить не мне, но должно быть)... в т.ч. возможно и иностранные..

Всякий колхоз я бы для себя сделал, а тут боюсь начальство не оценит. Поэтому решили думать про этот гель-док. К тому же с софтом от него коллеги работали и знают что как.



Элми да, есть у них изделия, шейкеры ломаются. Их центрифуга - запасной вариант.



У меня студенты как миленькие фотают на практике через транслюм. У граждана Иванова, эксперта всея Руси по типированию ДНК , на курсах подготовки дохтура пат анатомы снимают серебряные гели мыльничкой на просмотровом столике, а гель док, хоть и закордонный, там один из первых(ну такой древний, прям музейный) и по сути тот же колхоз, гораздо смешнее, чем тот отечественный колхоз, что продает хеликон. И все хорошо, все учатся и никого не тошнит. Тяжело в учении - легко в бою.
Хотя если вам шашечки, то отговаривать бессмысленно.

Лучше деньги сохранить на ферменты реактивы и наборы. Но вам виднее.
У нас как всегда на ракету деньги есть, а на портянки не хватает.




Как я понимаю, Вам наплевать не только на русский язык, но и на правила форума


"Вода для инъекций" фасуется без автоклавирования после стерилизации фильтрованием на фильтре с порами 0,22 нм.



"Автоклавирование после укупорки в контейнеры"? Вода будет золотой.



На счет сохранить деньги скорее всего не получится. Они выделяются разово, и на них комплектуются несколько лаб. Мы можем сэкономить да, но нам другие скажут в стиле "спасибо, и идите на фиг" Но это лирика, не относящаяся к делу.

У меня была мысль взять в фирме как раз старую систему, тоже какой - то гельдок наверное, квадратный весь такой ящик, и камеру нормальную приделать к нему, хоть не полный колхоз... Коллеги по - старше сказали что за старьё? Стали сомневаться.

Вопрос по софту, к такому колхозу что посоветуете? Я честно говоря не знаю бесплатных систем анализа гелей по функционалу близких к Quantity / ImageLab или хоть напоминающих... Есть вроде надстройки над ImageJ, но не приходилось использовать.

На счет китов / реактивов да, полностью согласен. Поверьте, нам то как раз "ехать", но существует много разных "но". Проявим инициативу, по такой оптимизации, потом за любой косяк - кто ответственный?




коинседенс ПСР народ делал в СССР с 1988 за рубли и при помощи лаборанток и трех бань не еби людям моски




https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/3240329 ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/3240329 )



http://replicarolexwatches.simpsite.nl/ ( http://replicarolexwatches.simpsite.nl/ )
https://www.smore.com/rj7kh-best-replica-watches ( https://www.smore.com/rj7kh-best-replica-watches )
https://www.athleticsnation.com/users/Replicarolexwatches ( https://www.athleticsnation.com/users/Replicarolexwatches )
https://pastebin.pl/view/ab0e458a ( https://pastebin.pl/view/ab0e458a )
https://mix.com/watcheshutukcom ( https://mix.com/watcheshutukcom )
https://www.woddal.com/post/359216_tiny-acc...nybody-039.html ( https://www.woddal.com/post/359216_tiny-accessories-such-as-jewelry-and-watch-go-quite-a-way-to-specify-anybody-039.html )
https://share.naturalnews.com/posts/3904099 ( https://share.naturalnews.com/posts/3904099 )
https://demo.wowonder.com/post/214429_the-i...-producers.html ( https://demo.wowonder.com/post/214429_the-imitation-watch-commerce-isn-039-t-a-doubt-one-large-reason-watch-producers.html )
https://rapichat.com/post/5369_our-purpose-...ible-there.html ( https://rapichat.com/post/5369_our-purpose-is-to-make-searching-for-replica-watches-as-simple-as-possible-there.html )
https://dashburst.com/replicarolexwatches/1 ( https://dashburst.com/replicarolexwatches/1 )
https://sway.office.com/KifcQvn36MK821G8 ( https://sway.office.com/KifcQvn36MK821G8 )
https://flipboard.com/@replicarolex24 ( https://flipboard.com/@replicarolex24 )
https://getpocket.com/redirect?url=https%3A...eshut.uk.com%2F ( https://getpocket.com/redirect?url=https%3A%2F%2Fwww.watcheshut.uk.com%2F )
https://www.openstreetmap.org/user/Hints%20...20Rolex%20Watch ( https://www.openstreetmap.org/user/Hints%20on%20Choice%20of%20a%20High%20Quality%20Employed%20Ladies%20Replica%20Rolex%20Watch )



https://ameblo.jp/omegawatches89/entry-12756646005.html ( https://ameblo.jp/omegawatches89/entry-12756646005.html )
https://omegawatches89.bigcartel.com/produc...s-replica-rolex ( https://omegawatches89.bigcartel.com/product/swiss-replica-rolex )
https://penzu.com/p/d8b4c076 ( https://penzu.com/p/d8b4c076 )
https://omegawatches89.gumroad.com/p/reason...-are-so-popular ( https://omegawatches89.gumroad.com/p/reasons-why-replica-watches-are-so-popular )
https://omegawatches89.gumroad.com/p/tips-f...replica-watches ( https://omegawatches89.gumroad.com/p/tips-for-buying-replica-watches )
https://omegawatches89-95.webselfsite.net/a-propos ( https://omegawatches89-95.webselfsite.net/a-propos )
https://anotepad.com/notes/2w2d9wgq ( https://anotepad.com/notes/2w2d9wgq )
https://www.myminifactory.com/stories/reaso...s-6331ca21647d6 ( https://www.myminifactory.com/stories/reasons-why-you-should-buy-replica-watches-6331ca21647d6 )
https://omegawatches89.seesaa.net/article/490300837.html ( https://omegawatches89.seesaa.net/article/490300837.html )
https://blog.udn.com/omegawatches89/176226733 ( https://blog.udn.com/omegawatches89/176226733 )
https://62e8da780bf7c.site123.me/blog/where...-watches-online ( https://62e8da780bf7c.site123.me/blog/where-to-find-elegant-and-gorgeous-panerai-replica-watches-online )
https://wakelet.com/wake/NSGeOdLxkniZ60lTSrkpM ( https://wakelet.com/wake/NSGeOdLxkniZ60lTSrkpM )
https://telegra.ph/Replica-Watches-Find-Hig...ms-Online-08-03 ( https://telegra.ph/Replica-Watches-Find-High-Quality-But-Inexpensive-Items-Online-08-03 )
https://omegawatches89.simplesite.com/452939025 ( https://omegawatches89.simplesite.com/452939025 )

Powered by Invision Power Board (http://www.invisionboard.com)
© Invision Power Services (http://www.invisionpower.com)