Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
. Постоянный участник |
Как бы это побыстрее сделать, и где. скажем, в человеческих белках аланина 4% а на пятом месте 10%. Может кто сталкивался. |
yahont Постоянный участник |
Recept prost: otkryvaete vash ljubimyj programnyj redaktor (eMax, NetBeans, Borland, etc.) i ... Udachi na dorogah! |
yahont Постоянный участник |
Izvinite za jazvitel'nost'. Lichno ja ne stalkivalsja. Esli chto najdjote - soobsh'ite, pls. Interesno posmotret' |
. Постоянный участник |
уже все, GCG выручил |
yahont Постоянный участник |
|
yahont Постоянный участник |
|
|
Как строить 3D структуры по сиквенсу мне понятно. А как далее перейти к моделированию четвертичной структуры? Какова технология? |
Mitrophan Участник Москва, Россия |
|
tupoi Постоянный участник |
|
. Постоянный участник |
не, ОРФы мне искать не надо было, есть уже готовые протеомы. воспользовался regexp и двумя строчками скрипта, и как не странно все сработало БиоифЧайник: а расскажи нам как по сиквенсу это самое, чтоб и нам стало понятно. и про четвертичную структуру поподробнее пожалста. [Текст трехмерно переведён с транслита] |
yahont Постоянный участник |
to .: A vy sluchajno ne reguljaciej posredstvom microRNA zanimaetes'? |
. Постоянный участник |
|
petermoz Участник |
|
yahont Постоянный участник |
Абсолютно серёзно, далёк я от всякого рода регуляции, в любом смысле этого слова. (Вечно жить желаю, но не считаю возможным, поетому занимаюсь более земными вешчами ) Но могу сказать, что конкурентов у вас - хоть отбавляй. (ето пишчя для вашего самолюбия ) Только как же вы без биоинформатики хотите справиться? [Текст переведён с транслита] [Текст переведён с транслита] |
SI |
Ya tozhe v ocheredi za otvetom po postroeniyu tretichnoy strukturi. Pozhaluysta, podelites opytom |
yahont Постоянный участник |
Автор - SI: Bal'zam na serdce
To : БиоифЧайник. Ya tozhe v ocheredi za otvetom po postroeniyu tretichnoy strukturi. Pozhaluysta, podelites opytom |
yahont Постоянный участник |
www.cbs.dtu.dkservicesTMHMM www.ch.embnet.orgsoftwareCOILS_form.html www.compbio.dundee.ac.uk~www-jpred http://cubic.bioc.columbia.edu/predictprotein/ bioinf.cs.ucl.ac.ukpsipred www.cse.ucsc.eduresearchcompbioHMM-appsT02-query.html А за панацеей лет так через 10-20 обращаейтесь. (Мы могет тоже жить вечно хотим, а стареем на глазах, помогите герантологи!!! ) |
legion Постоянный участник |
[Текст переведён с венгерского] |
tupoi Постоянный участник |
|
. Постоянный участник |
- так кто же знает все о третичной структуре? - Супермэн! у него же X-Ray vision ... всю ночь не спал |
yahont Постоянный участник |
Так вы по сайтам выше перечисленным посмотрели. Кликнуть на линк сил хватает? |
. Постоянный участник |
http://cubic.bioc.columbia.edu/PEP/ Тут уже все есть, в одном месте. И вообше SRS штука очень удобная, все рекомендую. [Текст переведён с транслита] |
yahont Постоянный участник |
http://swissmodel.expasy.org/SM_FIRST.html Как же я тебя забыл-то? |
petermoz Участник |
Автор - yahont: Да не, у меня-то как раз все вроде бы с биоинформатикой вообще не то чтобы плохо. Это я про то, что с биоинформатическим подходом на данной стадии развития этой отрасли, выцепить оттуда ничего толкового не выходит, у меня по крайней мере. Хотя и у конкурентов тоже не особенно, как выясняется
Но могу сказать, что конкурентов у вас - хоть отбавляй. (ето пишчя для вашего самолюбия ) Только как же вы без биоинформатики хотите справиться? |
yahont Постоянный участник |
A govorish', "Superman!" Homer got into trouble again: "No, I'm not praying! Not at all! But if you exsist, help me SUPERMAN!!!" |
Nastja Постоянный участник Новосибирск |
|
yahont Постоянный участник |
Любая программа на данный момент работает тупо, ни одной "умной" программы мне еще не попадалось. (Минимум Енергы вообще не работает.) С каждым сеэуенсом нужно работать отдельно и очень напряжённо. А потом если повезёт, то может и получится угадать. Угадать и не более того (я имею в виду, конечно, не близницев-братьев, а когда идентиты <25%). Ну, если вас это не устроило, и вы сами уже всё знаете - извините. [Текст переведён с транслита] |
|
Я ищу на "quaternary". Найдено вот что: http://www.ebi.ac.uk/msd/index.html Далее путь такой: Searches > PQS Пока это все находки. |
|
А вообще все эти программы действительно туповато работают. Матрица есть - будет структура, нет матрицы - "сижу, курю" Да и с матрицей тоже не все проблемы решаются: на что натянешь, то и получишь. На форуме этот вопрос уже обсуждался. У меня проблема такая. Матрица есть, но неполная: 3D-структура получена только по средней части сиквенса белка, начало и конец отсутствуют. Так бывает, когда структура получена на основании старого рентгеноструктурного анализа с не очень высоким разрешением. Соответственно, когда я "натягиваю" на эту матрицу мой белок, то начальный и конечный его участок остаются неструктурированнными и болтаются в виде loops. Есть ли какие-либо методы, чтобы заструктурировать и эти "хвосты"? Следующий вопрос - как из полученной 3D-структуры субъединицы получить более или менее адекватную модель четвертичной структуры моего белка? Количество субъединиц в реальном белке известно. Четвертичные структуры подобных белков сейчас ищу. Вчера нашлась одна похожая. Но белок слишком дальний родственник моему. Прямо - седьмая вода на киселе |
yahont Постоянный участник |
Автор - <БиоинфЧайник>: interesno, interesno...3D-структура получена только по средней части сиквенса белка, начало и конец отсутствуют. Так бывает, когда структура получена на основании старого рентгеноструктурного анализа с не очень высоким разрешением. no vot v tom otryvke, kotoryj ja procitiroval, ja chestno govorja ne vsjo ponjal. Mozhno popodrobnee. A v celom, absoljutno soglasen s predydush'im dokladchikom. Tol'ko odna remarka: tak delo-to kak-raz na 70% i sostoit v tom chtoby matricu najti, kogda similarity uzhe ne ostalos'. T.e. matric vokrug uzhe dostatochno mnogo, no kak kakoj-to konkretnyj sequence k odnoj iz nih privjazat' (i tak chtoby ne za ushi ) - vopros. No mozhet eto tozhe uzhe obsuzhdalos', i ljapnul ja polnuju dlja etogo foruma banal'nost', ja zdes' - chelovek novyj. |
yahont Постоянный участник |
Dlja menja eto dejstvitel'no ochen' slozhno. Mysl' otsekalas' kak ne vypolnimaja. T.e. dlja pdb-fila, dumaju, problem net; a chtob tak ot sequensa, ne umejushego vysokoj stepeni gomologii (kak, kstati, similarity skazat' po-russki?) s ljuboj iz izvestnyh matric, ja dumal, chto vy izdevalis'. Skol'ko ostatkov byvaet dostatochno dlja dimerizacii? Foldom tut tochno ne obojdjoshsja, v konechnom itoge sidechains pridjotsja s tochnost'ju do angstrema rastavljat' . I naskol'ko eto tochno poluchitsja? P.S. A smeh, chto ne govorite, dni nashi udlinnnnnnjaet, t.e. prodlevvvvaet |
|
Protein-protein docking |
|
Интересно! Ваше рассуждение о поиске матрице мне, как ни странно, помогло. Кажется, я знаю как построить структуру начального участка. Нашлась матрица с "началом". Спасибо! Гомология первой упомянутой мной матрицы (без начального и конечного участка) и моего белка - 90%. Причем это ферменты из одной группы и с аналогичной функцией, даже субстратная специфичность одинакова. А вот вторая матрица моему белку даже не родственник. Ну, посмотрим, что получится... О четвертичной структуре. Нет, построение четвертичной структуры пойдет не от сиквенса, а именно от pdf-файла. Сначала сиквенс сворачиваем в 3D, строим pdf-файл, а там - посмотрим. Далее мне еще идти не приходилось (я не так давно с этим работаю ). To Mishka Спасибо. Nastja уже сказала про protein-protein docking. Вы наверное подумали, что я на англ.яз не переведу? Я уже ищу и на protein-protein docking. Но мне помнится здесь в старых темах были ссылки на соответствующие программы. Я сейчас поищу и если найду, то кину сюда, чтоб поближе лежало |
|
[Текст переведён с транслита] |
. Постоянный участник |
надеюсь не нужно обьяснять почему. [Текст переведён с транслита] |
|
[Текст переведён с транслита] |
. Постоянный участник |
энергетическое поле белка в воде смоделировать очень сложно, а когда добавляется еше один белок...короче, никаких линуксовских кластеров не хватит чтобы это высчитать. [Текст переведён с транслита] |
|
To Mishka Нет, под линукс пока не надо, спасибо. |
Nastja Постоянный участник Новосибирск |
У меня AutoDock. БиоинфЧайник: боюсь, без линукса Вам тяжко будет. .: по поводу кучи степеней свободы - на то есть essential dynamics и прочие извращения. Глобальный минимум - это по определению то место, в котором основное время находится белок в растворе, естественно не о потенциальной энергии идет речь, а о свободной, так что можете не подвергать сомнению. |
. Постоянный участник |
1. essential dynamics и прочая, это, по вашему же выражению, изврашения. ничего обшего это с енергетикой живых белков не имеет. 2. глобальный минимум относится к внутремолекулярной энергии белка, а не к его месту в растворе. 3. не подвергать сомнению что? 4. http://capri.ebi.ac.uk/ В общем, работать еше докерам и работать, пока кто нибудь решится воспользоваться результатами их работы в "мокрой" лаборатории. [Текст переведён с транслита] |
|
Я ползовал 3D-Dock и мне очень понравилось Плюс к этому пакету идёт програма Multidock, которая после получения комплекса крутит-вертит ак остатки и находит, естественно не глобальный минимум ( а нужен ли он), а достаточно хорошо делает refinement полученной структуры. А Autodock - ато для лиганд-протеин взаимодействий, а 3D-dock для протеин-протеин. Ссылка: http://www.bmm.icnet.uk/docking/. Если нужно, то поясню как устанавливать [Текст переведён с транслита] [Текст переведён с транслита] |
Lex Постоянный участник |
|
|
http://scripps.edu http://abagyan.scripps.edu/lab/web/man/frames.htm Действительно много всего! Надо время, чтоб разобраться. Что ж, "будем посмотреть" |
|
http://www.scripps.edu |
Lex Постоянный участник |
|
Dimych Постоянный участник Kr-sk - Puschino - NYS - Calgary... Круг замкнулся |
[Текст переведён с транслита] |
Nastja Постоянный участник Новосибирск |
3. теорию, см.выше Dimych: целые белки собирают из кусочков, получается не всегда, но достаточно часто для того чтобы люди этим занимались. Mishka: спасибо, посмотрю. |
yahont Постоянный участник |
Извините, что вмешиваюсь в вашу с . дискуссию, но просто не удержался. Вы написали: "Глобальный минимум - это по определению то место, в котором основное время находится белок в растворе...". Но это никак не аргумент. Простите за банальности, но биология - это не математика, хотя и пытается с ней подружиться. Фраза "по определению", в том случае, когда вы говорите о реальных явлениях, не может являтся аргументом. Это аргумент только тогда, когда вы говорите о чём-то, что и не претендует на существование (в биологии, это например, систематические таксоны). Представте себе ситуацию, что кому-то, .-у например, удалось доказать что белок в растворе существует в равновесной смеси тысячи различных форм с различными значениями свободной энергии, при чём ниодна из них не привалирует. Куда вы в этом случае засуните этот глобальный минимум с его определением? "Глобальный минимум" - это всего лишь модель, неболее! P.S. Как говорил, и видимо недаром, мой папа, никогда так и не доучившийся до "верхнего" образования, любому молодому инженеру, приходящему на завод сразу после института: "Забудь обо всём, чему тебя учили." P.P.S. Всё выше сказанное ни в коем случае не значит, что я согласен с . или с вами. |
. Постоянный участник |
Автор - Настя: люди много чем занимаются, к тому же если им за это платят (даже если и недоплачивают иногда )... получается не всегда, но достаточно часто для того чтобы люди этим занимались. ни одна уважаюшая себя биологическая лабораторя не будет пользоваться результатами докинга как основной предпосылкой...не дорос он еше пока. на кнопки нажимать (я этим занимался пару лет, так что не в обиду) это одно, а PCRы делать это совсем другое. [Текст переведён с транслита] |
« Предыдущая тема · Софт · Следующая тема » |