Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Простой (?) биоинформатический вопрос
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! .
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 10.06.2003 20:50     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Нужно быстро подсчитать составной процент определенной аминокислоты на определенном месте в белках определенного генома (не на первом месте wink.gif ) по отношению к общему составу
Как бы это побыстрее сделать, и где. скажем, в человеческих белках аланина 4% а на пятом месте 10%.
Может кто сталкивался.
Участник оффлайн! yahont
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 10.06.2003 21:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

A esh'e vam po-vidimomu v etom genome nuzhno sperva ORFy predskazat'. smile.gif
Recept prost: otkryvaete vash ljubimyj programnyj redaktor (eMax, NetBeans, Borland, etc.) i ...
Udachi na dorogah!
Участник оффлайн! yahont
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 10.06.2003 21:45     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

smile.gif smile.gif smile.gif
Izvinite za jazvitel'nost'. Lichno ja ne stalkivalsja. Esli chto najdjote - soobsh'ite, pls. Interesno posmotret'
Участник оффлайн! .
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 10.06.2003 21:50     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

ага, язвительный, позолоти, блин, ручку...
уже все, GCG выручил
Участник оффлайн! yahont
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 10.06.2003 21:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

i gde eto tam lezhit?
Участник оффлайн! yahont
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 10.06.2003 22:02     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

PepData?
Участник оффлайн!




 прочитанное сообщение 10.06.2003 22:16     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

А можно еще один простой биоиформатический вопрос от Чайника?
Как строить 3D структуры по сиквенсу мне понятно. А как далее перейти к моделированию четвертичной структуры? Какова технология?
Участник оффлайн! Mitrophan
Участник
Москва, Россия



 прочитанное сообщение 10.06.2003 22:26     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Понятно??? eek.gif
Участник оффлайн! tupoi
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.06.2003 00:33     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

И мне, и мне расскажите, как строить 3D-структуры по сиквенсу!!! Мне почему-то это непонятно...
Участник оффлайн! .
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.06.2003 00:37     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

яхонт:
не, ОРФы мне искать не надо было, есть уже готовые протеомы.
воспользовался regexp и двумя строчками скрипта, и как не странно все сработало

БиоифЧайник:
а расскажи нам как по сиквенсу это самое, чтоб и нам стало понятно. и про четвертичную структуру поподробнее пожалста.


[Текст трехмерно переведён с транслита]
Участник оффлайн! yahont
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.06.2003 00:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

CASP ne hotite li na haljavu vyigrat'? smile.gif

to .:
A vy sluchajno ne reguljaciej posredstvom microRNA zanimaetes'?
Участник оффлайн! .
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.06.2003 01:07     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

неа, я люблю когда букв больше чем 4 smile.gif
Участник оффлайн! petermoz
Участник



 прочитанное сообщение 11.06.2003 01:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

yahont - это я случайно этим в данный момент пытаюсь заниматься. smile.gif С биоинформатикой - ну ничего не получается. Any interesting suggestions?
Участник оффлайн! yahont
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.06.2003 02:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

Нет, все мои суггестионс, боюсь, покажутся вам наивными - я о РНА вообшье только позавчера узнал. smile.gif
Абсолютно серёзно, далёк я от всякого рода регуляции, в любом смысле этого слова. (Вечно жить желаю, но не считаю возможным, поетому занимаюсь более земными вешчами smile.gif )
Но могу сказать, что конкурентов у вас - хоть отбавляй. (ето пишчя для вашего самолюбия smile.gif ) Только как же вы без биоинформатики хотите справиться?

[Текст переведён с транслита]

[Текст переведён с транслита]
Участник оффлайн! SI




 прочитанное сообщение 11.06.2003 02:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

To : БиоифЧайник.

Ya tozhe v ocheredi za otvetom po postroeniyu tretichnoy strukturi. Pozhaluysta, podelites opytom
Участник оффлайн! yahont
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.06.2003 03:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

Автор - SI:
To : БиоифЧайник.

Ya tozhe v ocheredi za otvetom po postroeniyu tretichnoy strukturi. Pozhaluysta, podelites opytom
Bal'zam na serdce jump.gif
Участник оффлайн! yahont
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.06.2003 03:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

Если серьёзно, то может и найдёте что полезного из ниже перечисленного (панацеи не обещано, заметьте)

www.cbs.dtu.dkservicesTMHMM
www.ch.embnet.orgsoftwareCOILS_form.html
www.compbio.dundee.ac.uk~www-jpred
http://cubic.bioc.columbia.edu/predictprotein/
bioinf.cs.ucl.ac.ukpsipred
www.cse.ucsc.eduresearchcompbioHMM-appsT02-query.html

А за панацеей лет так через 10-20 обращаейтесь. (Мы могет тоже жить вечно хотим, а стареем на глазах, помогите герантологи!!! smile.gif )
Участник оффлайн! legion
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.06.2003 06:53     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

кто последний за третичной ??? Я за Вами....

[Текст переведён с венгерского]
Участник оффлайн! tupoi
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.06.2003 11:02     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

Да... Так и не узнаем мы, видимо, ничего о третичной структуре. Жаль. Мне бы пригодилось.
Участник оффлайн! .
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.06.2003 11:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

шутка (только что придумал)

- так кто же знает все о третичной структуре?
- Супермэн! у него же X-Ray vision

...

всю ночь не спал
Участник оффлайн! yahont
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.06.2003 12:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

to all:
Так вы по сайтам выше перечисленным посмотрели. Кликнуть на линк сил хватает? smile.gif
Участник оффлайн! .
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.06.2003 12:35     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

зачем кликать, люди все уже сделали и кликнули где надо smile.gif

http://cubic.bioc.columbia.edu/PEP/

Тут уже все есть, в одном месте. И вообше SRS штука очень удобная, все рекомендую.

[Текст переведён с транслита]
Участник оффлайн! yahont
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.06.2003 12:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

Вот вам еще одна

http://swissmodel.expasy.org/SM_FIRST.html

Как же я тебя забыл-то?
Участник оффлайн! petermoz
Участник



 прочитанное сообщение 11.06.2003 12:37     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

Автор - yahont:
Но могу сказать, что конкурентов у вас - хоть отбавляй. (ето пишчя для вашего самолюбия    smile.gif    ) Только как же вы без биоинформатики хотите справиться?
Да не, у меня-то как раз все вроде бы с биоинформатикой вообще не то чтобы плохо. Это я про то, что с биоинформатическим подходом на данной стадии развития этой отрасли, выцепить оттуда ничего толкового не выходит, у меня по крайней мере. Хотя и у конкурентов тоже не особенно, как выясняется
Участник оффлайн! yahont
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.06.2003 12:40     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование

to .:
A govorish', "Superman!" smile.gif smile.gif


Homer got into trouble again:
"No, I'm not praying! Not at all! But if you exsist, help me SUPERMAN!!!"
Участник оффлайн!




 прочитанное сообщение 11.06.2003 14:24     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #26 множественное цитирование

Не поперхнитесь, смеямшись. А то вечно жить не получится. По техническим причинам. smile.gif И никакой академик Анисимов не поможет wink.gif И другие академики тоже.

Эти ссылки известны. Причем они-то как раз и не самые интересные. Эти программы работают довольно тупо. Как раз для соответствующего контингента, интересующегося третичными структурами smile.gif Ознакомьтесь, tupoi&Ko wink.gif

Я о другом. На биоинформатических сайтах очень мало информации о четвертичных структурах. Ссылок, между прочим, никто из вас на подобные вещи не привел. Так что не нужно зря диафрагмой кол*** wink.gif
У меня две такие ссылки есть, но к сожалению старые.
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 11.06.2003 14:34     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #27 множественное цитирование

Четвертичную структуру обычно получают с помощью protein-protein докинга третичных структур.
Участник оффлайн! yahont
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.06.2003 15:07     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #28 множественное цитирование

то БиоинфЧайник:
Любая программа на данный момент работает тупо, ни одной "умной" программы мне еще не попадалось. (Минимум Енергы вообще не работает.) С каждым сеэуенсом нужно работать отдельно и очень напряжённо. А потом если повезёт, то может и получится угадать. Угадать и не более того (я имею в виду, конечно, не близницев-братьев, а когда идентиты <25%).

Ну, если вас это не устроило, и вы сами уже всё знаете - извините.

[Текст переведён с транслита]
Участник оффлайн!




 прочитанное сообщение 11.06.2003 15:23     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #29 множественное цитирование

Nastja, спасибо. Дополнительное ключевое слово пригодится.
Я ищу на "quaternary".
Найдено вот что: http://www.ebi.ac.uk/msd/index.html Далее путь такой: Searches > PQS

Пока это все находки.
Участник оффлайн!




 прочитанное сообщение 11.06.2003 15:52     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #30 множественное цитирование

"Тупо" - это всего лишь кивок в сторону моих давних знакомых wink.gif

А вообще все эти программы действительно туповато работают. Матрица есть - будет структура, нет матрицы - "сижу, курю" smile.gif Да и с матрицей тоже не все проблемы решаются: на что натянешь, то и получишь. На форуме этот вопрос уже обсуждался.
У меня проблема такая. Матрица есть, но неполная: 3D-структура получена только по средней части сиквенса белка, начало и конец отсутствуют. Так бывает, когда структура получена на основании старого рентгеноструктурного анализа с не очень высоким разрешением. Соответственно, когда я "натягиваю" на эту матрицу мой белок, то начальный и конечный его участок остаются неструктурированнными и болтаются в виде loops.
Есть ли какие-либо методы, чтобы заструктурировать и эти "хвосты"?
Следующий вопрос - как из полученной 3D-структуры субъединицы получить более или менее адекватную модель четвертичной структуры моего белка? Количество субъединиц в реальном белке известно. Четвертичные структуры подобных белков сейчас ищу. Вчера нашлась одна похожая. Но белок слишком дальний родственник моему. Прямо - седьмая вода на киселе smile.gif
Участник оффлайн! yahont
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.06.2003 18:27     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #31 множественное цитирование

Автор - <БиоинфЧайник>:
  3D-структура получена только по средней части сиквенса белка, начало и конец отсутствуют. Так бывает, когда структура получена на основании старого рентгеноструктурного анализа с не очень высоким разрешением.
interesno, interesno...
no vot v tom otryvke, kotoryj ja procitiroval, ja chestno govorja ne vsjo ponjal. Mozhno popodrobnee.

A v celom, absoljutno soglasen s predydush'im dokladchikom. Tol'ko odna remarka: tak delo-to kak-raz na 70% i sostoit v tom chtoby matricu najti, kogda similarity uzhe ne ostalos'. T.e. matric vokrug uzhe dostatochno mnogo, no kak kakoj-to konkretnyj sequence k odnoj iz nih privjazat' (i tak chtoby ne za ushi smile.gif ) - vopros.
No mozhet eto tozhe uzhe obsuzhdalos', i ljapnul ja polnuju dlja etogo foruma banal'nost', ja zdes' - chelovek novyj.
Участник оффлайн! yahont
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.06.2003 18:49     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #32 множественное цитирование

Da, i popovodu chetvertichnoj.
Dlja menja eto dejstvitel'no ochen' slozhno. Mysl' otsekalas' kak ne vypolnimaja.
T.e. dlja pdb-fila, dumaju, problem net; a chtob tak ot sequensa, ne umejushego vysokoj stepeni gomologii (kak, kstati, similarity skazat' po-russki?) s ljuboj iz izvestnyh matric, ja dumal, chto vy izdevalis'.

Skol'ko ostatkov byvaet dostatochno dlja dimerizacii?
Foldom tut tochno ne obojdjoshsja, v konechnom itoge sidechains pridjotsja s tochnost'ju do angstrema rastavljat' smile.gif . I naskol'ko eto tochno poluchitsja?

P.S. A smeh, chto ne govorite, dni nashi udlinnnnnnjaet, t.e. prodlevvvvaet smile.gif
Участник оффлайн!




 прочитанное сообщение 11.06.2003 21:20     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #33 множественное цитирование

Kак из полученной 3D-структуры субъединицы получить более или менее адекватную модель четвертичной структуры моего белка?

Protein-protein docking
Участник оффлайн!




 прочитанное сообщение 11.06.2003 21:53     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #34 множественное цитирование

To yahont
Интересно! Ваше рассуждение о поиске матрице мне, как ни странно, помогло. Кажется, я знаю как построить структуру начального участка. Нашлась матрица с "началом".
Спасибо!
Гомология первой упомянутой мной матрицы (без начального и конечного участка) и моего белка - 90%. Причем это ферменты из одной группы и с аналогичной функцией, даже субстратная специфичность одинакова. А вот вторая матрица моему белку даже не родственник. Ну, посмотрим, что получится...
О четвертичной структуре. Нет, построение четвертичной структуры пойдет не от сиквенса, а именно от pdf-файла. Сначала сиквенс сворачиваем в 3D, строим pdf-файл, а там - посмотрим. Далее мне еще идти не приходилось (я не так давно с этим работаю smile.gif ).

To Mishka

Спасибо. Nastja уже сказала про protein-protein docking. Вы наверное подумали, что я на англ.яз не переведу? wink.gif Я уже ищу и на protein-protein docking. Но мне помнится здесь в старых темах были ссылки на соответствующие программы. Я сейчас поищу и если найду, то кину сюда, чтоб поближе лежало smile.gif
Участник оффлайн!




 прочитанное сообщение 11.06.2003 22:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #35 множественное цитирование

Я знаю хорошую программу для докинга, но она под линукс, я её использовал и даже получил кое-какие обнадёживающие результаты. Так что если с линуксом ладите, могу дать ссылку.

[Текст переведён с транслита]
Участник оффлайн! .
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.06.2003 22:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #36 множественное цитирование

имхо все программы докинга целых белков а не белка-субстрат (пептид или небольшая органическая молекула - грош им цена.
надеюсь не нужно обьяснять почему.

[Текст переведён с транслита]
Участник оффлайн!




 прочитанное сообщение 11.06.2003 22:52     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #37 множественное цитирование

Почему же грош цена для моделирования взаимодействий двух белковых молекул?? Обьясните пожалуйста smile.gif

[Текст переведён с транслита]
Участник оффлайн! .
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.06.2003 23:33     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #38 множественное цитирование

потому что степенеи свободы слишком много, чтобы это в приемлемый срок посчитать. в случае пептид-белок, пептид находится в глобальном минимуме, который посчитать несложно. в случае белок-белок минимизация скорее всего локальная (теория о том что белок в растворе всегда находится в глобальном минимуме в последние годы все чаше подвергается сомнениям)
энергетическое поле белка в воде смоделировать очень сложно, а когда добавляется еше один белок...короче, никаких линуксовских кластеров не хватит чтобы это высчитать.


[Текст переведён с транслита]
Участник оффлайн!




 прочитанное сообщение 11.06.2003 23:59     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #39 множественное цитирование

Ссылки здешние не нашлись - тема слишком давно была. Но по ключевым словам обнаружилась куча программ на google.ru.
To Mishka
Нет, под линукс пока не надо, спасибо.
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 12.06.2003 15:31     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #40 множественное цитирование

Mishka: может обменяемся хорошими программами для докинга? smile.gif
У меня AutoDock.

БиоинфЧайник: боюсь, без линукса Вам тяжко будет.

.: по поводу кучи степеней свободы - на то есть essential dynamics и прочие извращения. Глобальный минимум - это по определению то место, в котором основное время находится белок в растворе, естественно не о потенциальной энергии идет речь, а о свободной, так что можете не подвергать сомнению.
Участник оффлайн! .
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.06.2003 16:56     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #41 множественное цитирование

Настя:

1. essential dynamics и прочая, это, по вашему же выражению, изврашения. ничего обшего это с енергетикой живых белков не имеет.
2. глобальный минимум относится к внутремолекулярной энергии белка, а не к его месту в растворе.
3. не подвергать сомнению что?
4. http://capri.ebi.ac.uk/

В общем, работать еше докерам и работать, пока кто нибудь решится воспользоваться результатами их работы в "мокрой" лаборатории.

[Текст переведён с транслита]
Участник оффлайн!




 прочитанное сообщение 12.06.2003 17:00     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #42 множественное цитирование

To Nastja
Я ползовал 3D-Dock и мне очень понравилось smile.gif Плюс к этому пакету идёт програма Multidock, которая после получения комплекса крутит-вертит ак остатки и находит, естественно не глобальный минимум ( а нужен ли он), а достаточно хорошо делает refinement полученной структуры. А Autodock - ато для лиганд-протеин взаимодействий, а 3D-dock для протеин-протеин. Ссылка: http://www.bmm.icnet.uk/docking/. Если нужно, то поясню как устанавливать smile.gif

[Текст переведён с транслита]

[Текст переведён с транслита]
Участник оффлайн! Lex
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.06.2003 20:50     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #43 множественное цитирование

zaidite na Scripps Institute webpage, naidite labu Abagyana, u nego mnoogo chego est' + superkompy, vot oni docking delayut.
Участник оффлайн!




 прочитанное сообщение 12.06.2003 21:51     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #44 множественное цитирование

Институт Скриппа и лабу Абагяна нашли. Вот ссылки:

http://scripps.edu
http://abagyan.scripps.edu/lab/web/man/frames.htm

Действительно много всего!
Надо время, чтоб разобраться.
Что ж, "будем посмотреть" smile.gif
Участник оффлайн!




 прочитанное сообщение 12.06.2003 21:53     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #45 множественное цитирование

Исправляю ссылку
http://www.scripps.edu
Участник оффлайн! Lex
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.06.2003 22:03     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #46 множественное цитирование

Osoblivo obraschayu vnimanie na parnya po imeni Juan (Fernández-Recio), on mne kak-to sdelal docking dvukh belkov, odin iz kotorykh ne byl X-resolved, i samoe glavnoe - eto sovpalo potom s GST pool-down i dr.
Участник оффлайн! Dimych
Постоянный участник
Kr-sk - Puschino - NYS - Calgary... Круг замкнулся



 прочитанное сообщение 13.06.2003 00:19     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #47 множественное цитирование

"Белок и его место в растворе".... Хорошая тема для сочинения. Пойнт таки прав. Если бы могли минимизировать целые белки, то структуры бы уже считали "на раз", но опять таки, как он же правильно заметил, не для всех белков.

[Текст переведён с транслита]
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 13.06.2003 05:48     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #48 множественное цитирование

.: 2. Внутримолекулярная энергия белка - достаточно небольшая составляющая его свободной энергии, так и зачем о ней говорить? А в терминах свободной энергии "теория о том что белок в растворе всегда находится в глобальном минимуме в последние годы все чаше подвергается сомнениям" эквивалентно утверждению "в последнее время атомные бомбы все реже попадают в свой эпицентр".
3. теорию, см.выше

Dimych: целые белки собирают из кусочков, получается не всегда, но достаточно часто для того чтобы люди этим занимались.

Mishka: спасибо, посмотрю.
Участник оффлайн! yahont
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.06.2003 17:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #49 множественное цитирование

то Настя:
Извините, что вмешиваюсь в вашу с . дискуссию, но просто не удержался.
Вы написали: "Глобальный минимум - это по определению то место, в котором основное время находится белок в растворе...". Но это никак не аргумент. Простите за банальности, но биология - это не математика, хотя и пытается с ней подружиться. Фраза "по определению", в том случае, когда вы говорите о реальных явлениях, не может являтся аргументом. Это аргумент только тогда, когда вы говорите о чём-то, что и не претендует на существование (в биологии, это например, систематические таксоны).
Представте себе ситуацию, что кому-то, .-у например, удалось доказать что белок в растворе существует в равновесной смеси тысячи различных форм с различными значениями свободной энергии, при чём ниодна из них не привалирует. Куда вы в этом случае засуните этот глобальный минимум с его определением? "Глобальный минимум" - это всего лишь модель, неболее!

P.S. Как говорил, и видимо недаром, мой папа, никогда так и не доучившийся до "верхнего" образования, любому молодому инженеру, приходящему на завод сразу после института: "Забудь обо всём, чему тебя учили."

P.P.S. Всё выше сказанное ни в коем случае не значит, что я согласен с . или с вами.
Участник оффлайн! .
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.06.2003 18:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #50 множественное цитирование

Автор - Настя:


... получается не всегда, но достаточно часто для того чтобы люди этим занимались.

 
люди много чем занимаются, к тому же если им за это платят (даже если и недоплачивают иногда wink.gif )
ни одна уважаюшая себя биологическая лабораторя не будет пользоваться результатами докинга как основной предпосылкой...не дорос он еше пока.
на кнопки нажимать (я этим занимался пару лет, так что не в обиду) это одно, а PCRы делать это совсем другое.

[Текст переведён с транслита]

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Софт · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 29.03.24 05:05
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft