Rambler's Top100
 		Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* отсортировать дупликаты
Компания Biocommerce - официальный дистрибьютер продукции компаний Miltenyi Biotec GmbH (Германия) и RanD S.r.l. (Италия).
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

 
 Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! dan14444
Участник
 прочитанное сообщение 05.10.2018 20:37     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование
Кто знает, как из суспензии частиц, содержащих уникальные флуоресцентные коды (n красок с m разных интенсивностей) - отсортировать все дупликаты?

Как я понимаю, стандартный софт для FACS это не умеет?...
В идеале нужно что-то, совместимое с Aria.

В общем, любые мысли или ссылки на ресурсы приветствуются.
А если б кто написал скриптик за участие в статье или денежку небольшую - так совсем здорово было б...
Участник оффлайн! Annabel
Участник
Бостон, США
 прочитанное сообщение 05.10.2018 23:40     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование
Брутфорсом все равно быстрее настроить, чем скрипт под Диву писать, имхо
Участник оффлайн! dan14444
Участник
 прочитанное сообщение 09.10.2018 19:44     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование
А как это настроить брутфорсом?? Уникальных тэгов там от десятков тысяч и выше...

Сообщение было отредактировано dan14444 - 09.10.2018 19:45
Участник оффлайн! dan14444
Участник
 прочитанное сообщение 10.10.2018 19:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование
Может, кто посоветует профильный форум или саппорт какой?...
Участник оффлайн! Леонид В
Постоянный участник
Квебек
 прочитанное сообщение 11.10.2018 07:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование
(dan14444 @ 10.10.2018 12:04)
Ссылка на исходное сообщение  Может, кто посоветует профильный форум или саппорт какой?...

http://www.cyto.purdue.edu/content/cytometry-list
Участник оффлайн! dan14444
Участник
 прочитанное сообщение 11.10.2018 20:30     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование
http://www.cyto.purdue.edu/content/cytometry-list
Имеется ввиду общецитометрический "discussion list"? Конкретно по DiVa народ нигде не общается?...
Участник оффлайн! dan14444
Участник
 прочитанное сообщение 18.10.2018 21:50     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование
Поставлю вопрос иначе - знает ли кто-то 12 или 16 цветный сортер (пофиг чувствительность и производительность) с софтом, позволяющим втыкать плагины? Или хотя бы с дровани на железо, шоб свой софт собрать?
Под ту же задачу что и выше, ессно...
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum
 прочитанное сообщение 19.10.2018 22:10     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование
Сортер- нет, а вот "open bench" анализаторы- это вот сюда: http://www.kineticriver.com/
Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): dan14444
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum
 прочитанное сообщение 19.10.2018 22:11     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование
А для чего именно дублеты клеточные? Они же в потоке нестабильны.
Тут разве что, для сортинга,вот такой апроач подойдет: https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-86...Fshowall%3Dtrue
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum
 прочитанное сообщение 19.10.2018 22:13     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование
(dan14444 @ 05.10.2018 19:37)
Ссылка на исходное сообщение  отсортировать все дупликаты?

даблеты по каким параметрам? "Все"? С чистотой "выше 99%" Ну-ну, флаг в руки smile.gif
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum
 прочитанное сообщение 19.10.2018 22:14     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование
(Annabel @ 05.10.2018 22:40)
Ссылка на исходное сообщение  Брутфорсом все равно быстрее настроить, чем скрипт под Диву писать, имхо

не получится, бо CV не бывает нулевым smile.gif
Участник оффлайн! dan14444
Участник
 прочитанное сообщение 25.10.2018 21:28     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование
> А для чего именно дублеты клеточные?

Не дублеты и не клеточные ). Надо из суспензии микросфер с уникальными оптическими ID убрать все дупликаты. Чтобы микросфер с каждым ID было не более одной.

Зачем?
Это один из вариантов для постройки моего гибрида цитометра и Drop-Seq, детали тут: International Patent Application No. PCT/US2018/052172.

За http://www.kineticriver.com/ благодарствую, возможно чего-то у них и закажу.
Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Дядя ФАКСер
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum
 прочитанное сообщение 25.10.2018 21:56     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование
А, ну отсечь, а не отсортировать. Так на обычном цитометре стандартно- играя с FSC'A'vs 'FSC'H, SSC'H vs SSC'W
Участник оффлайн! dan14444
Участник
 прочитанное сообщение 25.10.2018 22:06     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование
Боюсь, Вы не поняли проблему... Есть, скажем, 65тыс РАЗНЫХ тэгов (комбинаций красок). Надо оставить по одной частице с каждой.
Не "убрать все", а "убрать все после первой".
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum
 прочитанное сообщение 26.10.2018 14:05     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование
Может он сформулирована была некорректно изначально?
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum
 прочитанное сообщение 26.10.2018 14:07     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование
По сути же последнего - принцип, как у FlexSet или Luminex

надеюсь, что 65К тегов- не на одном канале, а разбиты хотя бы на 6-8?
Участник оффлайн! dan14444
Участник
 прочитанное сообщение 26.10.2018 18:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование
Разумеется разбиты, в этом примере 2^16 имеется ввиду, 16 каналов и краска либо есть либо нет.

Что подразумевается под "принцип, как у FlexSet или Luminex"?... Если много разных тэгов - то да, хотя у них всего 10^3 вроде бы максимум. Мне на 2-4 порядка больше надо...

Если речь про их инструмент - то мне больше каналов надо, можно в ущерб чутью и диапазону... и у них же сортера вроде нет?..

Если же есть способ их софтинку куда-то к многоканальнику прикрутить или ещё чего замоддить на их базе - то это было бы очень интересно, детали в студию, пожалуйста.

Сообщение было отредактировано dan14444 - 27.10.2018 08:54
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum
 прочитанное сообщение 27.10.2018 13:14     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование
Либо есть либо нет-какой интенсивности? Яркость метки варьирует или стандартизована?
Участник оффлайн! dan14444
Участник
 прочитанное сообщение 29.10.2018 22:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование
Да, в простейшем случае каждая краска либо есть либо нет. Краски много, вариабельность небольшая.
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum
 прочитанное сообщение 29.10.2018 23:19     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование
Вообще проблемы не вижу тогда на аппаратном уровне.
Участник оффлайн! dan14444
Участник
 прочитанное сообщение 30.10.2018 17:06     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование
Так там её и нет ) Проблема в софте, ессно ))

У BD, например, даже драйверов к устройствам получить нереально. Никакие плагины, ессно, не поддерживаются.

КинетикРивер продаёт цитометры с открытым софтом, но они сортеры пока не умеют. А у остальных, кого смотрел - всё закрыто, "не влезай - убъю".
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum
 прочитанное сообщение 31.10.2018 00:02     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование
C Cytek связаться еще можно- они старое барахло мучают. Может закастомизуют Vantage или первую Aria refurbished. А что у BD, что у Coulter- все закрыто.
Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): dan14444
Guest
IP-штамп: frGhpw4XOJRLU
гость
 прочитанное сообщение 15.11.2019 05:51     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование
(dan14444 @ 30.10.2018 17:06)
Ссылка на исходное сообщение  Так там её и нет ) Проблема в софте, ессно ))

У BD, например, даже драйверов к устройствам получить нереально. Никакие плагины, ессно, не поддерживаются.

КинетикРивер продаёт цитометры с открытым софтом, но они сортеры пока не умеют. А у остальных, кого смотрел - всё закрыто, "не влезай - убъю".

smile.gif
Участник оффлайн! watchesonline89
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  05.01.2023 11:49     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование
https://omegawatches89.mystrikingly.com/
https://www.deviantart.com/omegawatches89/j...pular-930508248
https://eatsleepride.com/c/383270
https://fortunetelleroracle.com/fashion/ama...s-online-737627
https://www.intensedebate.com/people/omegawatches89
https://fortunetelleroracle.com/fashion-acc...-popular-737613
https://anotepad.com/notes/ykiydhnj
https://medium.com/@omegawatches89/amazing-...ne-b4863ed55af0
https://omegawatches90.mystrikingly.com/
https://62e8ce2ae5d50.site123.me/blog/repli...ve-items-online
https://62e8da780bf7c.site123.me/
https://padlet.com/omegawatches89/9ibenzfwbcer7k71
https://omegawatches89.simplesite.com/452939012
https://62e8da780bf7c.site123.me/blog/excit...-replica-online
https://62e8ce2ae5d50.site123.me/blog/advan...replica-watches

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики 		Назначение кнопок:
   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -  
   *
« Предыдущая тема · Клеточные технологии · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 16.04.24 18:47
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft
Powered by Invision Power Board(Trial) v2.0.0 © 2024  IPS, Inc.