Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
ssh Участник |
(LK @ 06.05.2005 17:04) Ну да, только хуже Бонферрони ничего нет, не считая вообще отсутствия всякой коррекции...
|
avial Постоянный участник |
(ssh @ 06.05.2005 17:18) Процедура Benjamini and Hochberg (1995), описанная в Вашей ссылке, слишком упрощенная, мне особенно не нравится, что "they are guaranteed to control the false discovery rate only with independent p-values that are uniformly distributed under their respective null hypotheses". Во-во. Они мне этим и не понравились. Суть - все равно варианты Бонферрони со всеми его недостатками. Поэтому сейчас на рандомизацию и Монте-Карло больше смотрю. Да и вообще как-то мировая мысля в этом направлении сдвигается. Кстати, вот этой книжки ни у кого нет в электронном виде? Westfall, P.H. and Young, S.S. (1993), Resampling-Based Multiple Testing: Examples and Methods for p-Value Adjustment, New York: John Wiley & Sons, Inc. |
ssh Участник |
(avial @ 06.05.2005 19:13) Рандомизация существует очень давно, а FDR - это совсем новая идея, она антитеза FWE (family-wise error), каковую по смыслу часто не нужно контролировать. Хотя это сильно зависит от задачи. Что касается допущений, то вроде бы последующие версии от них стали уходить, кроме того, на моделях показывали, что влиянием отклонений от них можно пренебрегать (опять же, мб, не для всякой задачи). Вышепомянутый Корн с коллегами, как я уже сказал, это совмещение обоих подходов.
|
avial Постоянный участник |
Ну жалко людям выбрасывать на помойку важное научное открытие из-за какого-то там Бонферрони. За ссылки спасибо, пойду читать. Хотя бы для самообразования и для ощущения, что "все правильно сделал"
|
ssh Участник |
(avial @ 06.05.2005 20:40) Очень точно сказано!
|
Статистик молбиол.ру |
Сообщение было отредактировано Статистик - 08.02.2006 20:10 |
error Постоянный участник 192.168.0.1 |
|
Dimserg Постоянный участник |
(Статистик @ 08.02.2006 17:09) Ну что же господа коллеги. Можно подвести некоторый приблизительный итог данного опроса. Из 43 проголосовавших на данный момент примерно половина (47%) вполне допускает возможность творческого вмешательства в сухие циферки отчетов. Что по мнению другой половины (правда бОльшей) и есть ни что иное как фальсификация научных данных. Интересно следует ли из этого то, что около половины опубликованных статей имеют «некоторые неточности» в материалах? Именно-именно! Половина и есть! Если без конкретики, то надо было недавно просмотреть литературу по влиянию длины повтора в кодирующей части гена на риск развития заболеваний, ассоциированных с этим явлением. Вроде бы, понятен механизм действия длинного или короткого (относительно наиболее частых вариантов нормы) аминокислотного тракта, эксперименты на клеточных культурах со сравнением активности белкового продукта опубликованы и т.д. Но меня в первую очередь интересовали цифры отношения шансов и их доверительные интервалы в разных case-control study. Количество статей с положительным результатом оказалось почти равно таковым с отрицательным (причем иногда практически для одной и той же популяции). Вроде бы межпопуляционные различия не должны были влиять столь значительно, это же не просто сцепленный с чем-то маркер, все-таки связано с функциональными свойствами продукта этого гена........Ну стал смотреть статьи детально...и нашел много занимательного. БОльшая часть статей с отсутствием ассоциации характеризовалась следующим: качественные порядковые данные обсчитывались необоснованным применением критерия Стьюдента (в результате чего авторы, например, радостно сообщали, что средняя длина повтора составила 23,45 тринуклеотида), размер выборки 30-40 больных и столько же контроля (хотя можно было заранее рассчитать чувствительность и увидеть, что и сотни будет мало) и т.п. В общем, одним абстрактам в этом деле веры нет..... |
Wolf Постоянный участник |
|
CowDoc Постоянный участник Middle East |
Сообщение было отредактировано CowDoc - 09.02.2006 00:25 |
Tom1 Постоянный участник |
Наверное имеется ввиду великий русский учоный ( украинского происхождения ) Трафим денисович Лысенко????? Про украинского происхождения заминствовано у Мак-1 ....
|
Dimserg Постоянный участник |
Врач: Я тут забил в свою таблицу Ваши данные по метилированию промотора ...., у меня получилось другое р. Она: А каким критерием пользовались? Врач: В смысле? Она: Ну Фишером, хи-квадрат, я это имею в виду. Врач: Эээ..Я в STATISTICA 6.0. считал. Она: Да бог с ней, с программой. Там должна быть обычная таблица 2х2, которую надо двусторонним Фишером.. Врач: Ну уж это я не знаю, а только у меня почему-то вышло не так. И т.д. |
fung-bac Участник |
В.И. Л. А теперь представьте, господа, что при расчете прогнозов численности рыбы, по которым потом расчитывают квоты на вылов ВААЩЕ не используется вариационная статистика... |
PVOzerski Постоянный участник Санкт-Петербург |
Еще вопрос: Кто-нибудь юзал в качестве стат-пакета GNUmeric и если да, то каковы впечатления? Сообщение было отредактировано PVOzerski - 09.02.2006 15:28 |
Гест Гестович Постоянный участник Россия |
(Tom1 @ 09.02.2006 01:33) Это гибрид Тараса Григорьевича с Трофимом Денисовичем. Оттого и Сообщение было отредактировано Гест Гестович - 16.05.2011 14:04 |
бутанол Постоянный участник Новосибирск |
Сохранение статистических показателей в независимых экспериментах, на чуть менее однородной выборке (нелинейные мыши, люди и т.д.) должно свидетельствовать об устойчивости модели. А нет какой-нибудь поправки на устойчивость результатов? Все-таки когда мы берем линейных мышей, проводим эксперимент в один день и все максимально синхронизировано, потом на одной плашке в нескольких повторностях каждую пробу тестируем, затем народ выбрасывает "статистические выбросы"и перебирает методики позволяющие получить прогнозируемый результат... В природе нет настолько однородных объектов. Может нужно учитывать и нижнюю границу дисперсии показателей при которой результаты тоже стоит считать недостоверными?
|
PS2004R Постоянный участник |
(бутанол @ 12.06.2016 08:24) а мне интересно если мы делаем эксперимент в котором учитываем 10 параметров, то мы вводим поправку бонферони. А если мы проводим десять похожих экспериментов в которых учитываем 1-2 параметра то не вводим.... Это мотивирует ограничивать число параметров. Например, можно сделать предварительный эксперимент и повторить на большей выборке но с меньшим числом параметров. А кто-то выбросит "лишние" параметры чтобы уменьшить "негативное" влияние поправки на P-value. Это все мотивирует "не делать попарных сравнений" и "не заменять эксплораторные методы проверкой статгипотез" А повторные эксперименты безусловно хорошо, и вообще воспроизводимость эксперимента необходимый признак, что бы эксперимент можно было отнести к научной деятельности. PS С "наблюдениями" безусловно все сложнее |
Vovchick Участник Санкт-Петербург |
(Статистик @ 02.05.2005 16:43) Тесты мат. статистики - это и есть протоколы, сухие только для тех, кто применяет их слепо, не пытаясь понять, каким графическим представлениям соответстует тот или иной тест. Они все из картинок вышли, и вот когда Вы считаете и параллельно строите соответствующие графики (в каждом модуле статпакета нужные кнопки натыканы), разрыв между видением исходных данных и цифрой в конце исчезает. А чтобы это делать, нужно хотя бы немного почитать, информации навалом - популярной, специальной, промежуточной, весь интернет утыкан. Не согласен. Во всех учебниках пишут, что методы статистики не дают однозначного результата в применении к медико-биологическим исследованиям. Всегда есть вероятность, что критерий выдаст достоверность там, где её нет. И вообще критерий не выдаёт достоверность (формулировка звучит примерно "с вероятностью 97% имеющиеся данные не противоречат гипотезе"). Грубо говоря, если в одном исследовании р=0,04 (вероятность 96%), но плохо понятно, что это значит, и в чём причина, то это можно публиковать; а в другом исследовании р=0,06 (вероятность 94%), и это всё хорошо объясняется, и это перспективно, и это (условно) прорыв в науке, то публиковать нельзя, т.к. р>0,05. А пока там выборку увеличиваешь, тебя обойти могут. 2. Критерий надо правильный выбирать, а это почти никто не делает. У меня у колллег в эксперименте 10 человек подопытных и 10 контрольных. Спокойно критерием стьюдента считают без проверки на нормальность. Отчёты пишут, статьи. И никто не придирается. р же хороший получился, причём честно, без "подгонки". А то, что это не корректно, никто не смотрит. 3. В аспирантуре ходил на занятия по философии науки. Пришел к выводу, что успешный учёный, это тот, который: а. Искренне верит в то, что он что-то новое ценное открыл б. Убедил в этом научное сообщество. А вот каким образом он убедил сообщество (при условии соблюдения пунка а), не важно. Подгонял статистику, громче всех кричал, сажал оппонентов в тюрьмы/расстреливал. Если сам верит, и других убедил, значит молодец. |
ИНО Постоянный участник Донецк |
|
Vovchick Участник Санкт-Петербург |
А по существу-то какие претензии? Что вижу (видел) о том и пою: биологи и медики в математике плохо разбираются, хотя формально статистику все "проходили". Многие некорретно критерии используют (если 10 опытных и 10 контрольных человек, то надо критерий Мана-Уитни использовать, а не Стьюдента), многие (кому в лаборатоии статистического софта не купили) статистику просто рисуют (они бы сами лучше ничего не "рисовали", но проверяющие просят). Мало кто понимает, что р<0,05 (0,01; 0,001) само по себе (отдельно от всего остального) доказательством являться не может (и это во всех учебниках пишут). И это проблема науки не только в РФ. В Германии с тем же сталкивался. PS. Сейчас задумался, вот с фактом именно "подгонки" ни разу не сталкивался. Сталкивался только с тем, что статистику просто "рисовали". Но это меня возмущает гораздо меньше, чем случаи, когда статистика честно но бездумно считалась. PSS. С пунктом 3 предыдущего поста меня, конечно, понесло. Тогда просто про Лысенко рассуждали: он искренне верил в свои идеи, распространял их как мог (а возможности были). Ну неграмотный просто был, но старался, и в чём-то преуспел. Сообщение было отредактировано Vovchick - 14.06.2016 16:06
|
ИНО Постоянный участник Донецк |
Прикладная статистика - не самый элегантный, но единственно известный способ, уйти от субъективизма в выводах. Конечно не всегда ее применение необходимо, например, для простого вывода что днем светлее чем ночью, совсем не обязательно замерять освещенность и анализировать данные статистическими методами, это и так очевидно. Но к сожалению, очевидные открытия в большистве своем уже сделаны, нынешнему поколению исследователей приходится копать там, где ничего очевидного на первый взгляд нет. И, допустим, замечена закономерность, кажется что лекарство А немного эффективнее лекарства Б. Но как доказать самому себе и окружающим, что это не просто кажется, а с большой вероятностью и есть на самом деле? Только статистическими методами. Многие некорретно критерии используют (если 10 опытных и 10 контрольных человек, то надо критерий Мана-Уитни использовать, а не Стьюдента) Весьма смелое и спорное заявление, которое ИМХО показывает, что "просвещать по поводу статистики" Вам покамест рановато, самим малость просветиться надо бы. Процесс этот долгий и муторный (особенно для человека с не математическим складом ума, по себе знаю: сколько лет уже грызу гранит этот, а выгрыз только малюсенький кусочек), но иначе никакой "хороший софт" не поможет. А то, что многие некорректно статметоды используют, в том числе в буржуйских странах, - есть такая беда, но равняться на них не стоит. Сталкивался только с тем, что статистику просто "рисовали". Но это меня возмущает гораздо меньше, чем случаи, когда статистика честно но бездумно считалась. Это зря, в таких случаях надо просто рвать и метать. А вот если кто-то по незнанию, а не по злому умыслу, что-то некорректно применил, то как смягчающее обстоятельство можно назвать отсутствие нормального преподавания данного предмета в биологически вузах. Нас тоже, помнется, одному только Стьюденту с Маном-Уитни учили, и проверке нормальности хи-квадратом. |
Vovchick Участник Санкт-Петербург |
(ИНО @ 14.06.2016 17:42) Весьма смелое и спорное заявление, которое ИМХО показывает, что "просвещать по поводу статистики" Вам покамест рановато, самим малость просветиться надо бы. Процесс этот долгий и муторный (особенно для человека с не математическим складом ума, по себе знаю: сколько лет уже грызу гранит этот, а выгрыз только малюсенький кусочек), но иначе никакой "хороший софт" не поможет. . Понятно, что тут больше конкретики надо. В данном конкретном случае я "почти уверен" в Ман-Уитни)) А вот в том, что Стьюдента там нельзя использовать, я на 100% уверен. |
ИНО Постоянный участник Донецк |
|
Vovchick Участник Санкт-Петербург |
А вот учёный-по-профессии (которых сейчас подавляющее большинство) должен отрабатывать свой оклад, свои гранты и т.д. Он должен всё строго и формально делать: статистику высчитывать, выступать на конференциях, отчёты писать, заявки на гранты (по всем правилам, вплоть до запятой). Он, в частности, должен перепроверять открытия учёного-по призванию. И вот то, что он при помощи критерия Стьюдента перепроверят любую гипотезу, меня как раз и возмущает. Т.е. человек фактически деньги получает за то, что всё формализует, и при этом неправильно формализует. PS. Я от философских догм не открестился. Просто не вижу смысла о "догмах" спорить. Просто хочу добавить, что помимо Лысенко (учёного с самым большим индексом цитирования в России в ХХ веке), был, например, Мендель. Он в жизни написал всего пару статей в журналы с очень маленьким тиражом. И только сильно после его смерти его законы "переоткрыли", а толь ко потом нашли те статьи и признали его первенство. В чём был смысл его деятельности, если он никого ни в чём не убедил? |
ИНО Постоянный участник Донецк |
А для него какая статистика, когда тут ТАКОЕ происходит? Во многих случаях, для того чтобы доказать, что это "ТАКОЕ" происходит в природе а не в голове "ученого по призванию", без статистики (реальной. а не "нарисованной") не обойтись. Конечно, далеко не всегда это так, например, для утверждения о том. что колорадский жук ест картофель достаточно простого наблюдения. Но вот для того, чтобы адекватно оценить урон от этого дела картофелеводству статистика необходима. А провести независимую проверку в биологии, в отличие, например, от физики, далеко не всегда представляется возможным, живая природа - река, в которую нельзя войти дважды, и совсем не факт, что явление, описанное исследователем, сохранится к моменту перепроверки. Часто приходится в той или иной мере полагаться на авторитет автора и верить ему на слово, при этом надеясь, что подкреплено оно реальными данными, а не липовыми, как Вы безответственно предлагаете. Сообщение было отредактировано ИНО - 10.01.2017 12:10 |
Fury-of-Bury |
(Vovchick @ 14.06.2016 16:59) Многие некорретно критерии используют (если 10 опытных и 10 контрольных человек, то надо критерий Мана-Уитни использовать, а не Стьюдента) Внезапно Стьюдент впервые продемонстрировал свой метод на выборках с n в районе 10 (оригинальную статью в англ. вики можно найти). И вообще про анализ малых выборок есть куча статей, которые реально удивляют (ибо нас в универе учили столбиком считать эти критерии, например...). Прикрепил одну. Я после нее долго репу чесал и понял, что вообще нуб (коим и отаюсь). Файл/ы:
|
lanaromaba Москва |
|
whghcbuo Москва |
|
ИНО Постоянный участник Донецк |
|
guest: 123 IP-штамп: frJhOCvSv9ICE гость |
|
guest: 123 IP-штамп: fr4iy3.kHUw02 гость |
|
guest: 123 IP-штамп: frAWeMdOsBSXM гость |
|
« Предыдущая тема · Биофизика и матметоды в биологии · Следующая тема » |