Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Владимир Чепцов |
Сегодня узнал о новом для меня методе - Loop Mediated Isothermal Amplification (LAMP). Почитал, но так и не понял, может ли он быть альтернативой ПЦР для моей задачи. А задача у меня довольно обычная: идентификация чистых культур бактерий по последовательности гена 16S рРНК. Можно ли в этих целях заменить ПЦР на LAMP? Есть ли какие-то принципиальные ограничения применения метода? Насколько я понимаю, LAMP требует меньше оборудования (вместо амплификатора термостат или водяная баня), дает больший выход ДНК, менее чувствителен к загрязнениям, т.е. его применение должно быть удобнее и выгоднее, чем ПЦР. |
Pharmaсol Постоянный участник |
|
genseq Постоянный участник |
Японцы изобрели LAMP ещё в прошлом веке, но метод до сих пор не нашёл широкого применения. Наверное, это неспроста.
|
Pharmaсol Постоянный участник |
|
genseq Постоянный участник |
1. 2.
|
Владимир Чепцов |
Но у меня есть и другая задача для которой этот метод может быть интересен - исследование устойчивости ДНК к воздействию различных факторов. То есть там как раз будет достаточно определить, идет амплификация или нет, т.к. количественно оценивать повреждения мне пока не нужно, важно в принципе понять, остались ли целые молекулы. Как я понимаю, поврежденная (разорванная) молекула этим методом амплифицироваться не будет. Для такой задачи на мой взгляд плюс LAMP в том, что выход ДНК больше. При ПЦР есть риск, что если в эксперименте уцелеет слишком мало молекул, в ПЦР-продукте будет мало ДНК, что может помешать увидеть ее на форезе. Верны ли мои рассуждения, или я что-то напутал?) Я новичок в подобных делах, в основном имею только теоретические представления, практики было немного. |
Pharmaсol Постоянный участник |
но годится ли LAMP для этого, сложно сказать
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(genseq @ 01.04.2014 21:58) Но метода ПРОЩЕ и УНИВЕРСАЛЬНЕЕ PCR человечество еще нечего не придумало. Из изотермических на меня произвел впечатление RCA - содержимое пробирки становилось вязким |
ASDF Постоянный участник |
|
Pharmaсol Постоянный участник |
|
Flyamer Постоянный участник Москва |
Ну, и саентифичность эквипмента только ухудшает ситуацию.
|
R.J.Dio Постоянный участник |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Pharmaсol @ 01.04.2014 22:22) ДНК бактерий? В приципе можно такое замутить, по типу определения поврежденности мтДНК но годится ли LAMP для этого, сложно сказать Возможно, этот метод придет на смену комет-эссей. Главное - LongPCR возпроизводимо освоить... Количество локусов можно увеличить (чем больше, тем лучше), вместо интеркаляторов можно использовать специфические ТакМаны, да все это в одной пробирке... Фантази. |
Pharmaсol Постоянный участник |
|
watchesonline89 Постоянный участник |
|
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |