Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* LAMP - применение метода
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Владимир Чепцов




 прочитанное сообщение 01.04.2014 17:41     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Здравствуйте.

Сегодня узнал о новом для меня методе - Loop Mediated Isothermal Amplification (LAMP). Почитал, но так и не понял, может ли он быть альтернативой ПЦР для моей задачи. А задача у меня довольно обычная: идентификация чистых культур бактерий по последовательности гена 16S рРНК. Можно ли в этих целях заменить ПЦР на LAMP? Есть ли какие-то принципиальные ограничения применения метода?

Насколько я понимаю, LAMP требует меньше оборудования (вместо амплификатора термостат или водяная баня), дает больший выход ДНК, менее чувствителен к загрязнениям, т.е. его применение должно быть удобнее и выгоднее, чем ПЦР.
Участник оффлайн! Pharmaсol
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.04.2014 20:03     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

В LAMP продукт амплификации - набор ампликонов возрастающей длины. Т.е. если в вашем случае принцип определения да-нет (идет амплификация/не идет), то годится, кроме того, можно и форез не делать, Сибр в пробирку и под синий диод. Но соответственно, праймеров там поболее 4-6, два из которых длинные, по 40-46 п.н. Плюс bst-полимераза вместо Taq

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Владимир Чепцов
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.04.2014 20:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Сначала замучаетесь конструировать праймеры. Потом замучаете вопросами окружающих, которые о LAMP имеют в лучшем случае сугубо теоретические представления.

Японцы изобрели LAMP ещё в прошлом веке, но метод до сих пор не нашёл широкого применения. Наверное, это неспроста.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Владимир Чепцов
Участник оффлайн! Pharmaсol
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.04.2014 20:12     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

ну почему же, для детекции всяких там инфекционных агентов - во всю используется, в пабмед достаточно набрать Loop Mediated Isothermal Amplification.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.04.2014 20:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Набрал. Давненько не интересовался этой темой. Ужас что творится! Например:
1. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24643211
2.
скачать файл Quadraticrecyclingamplification.pdf
размер: 1.93мб
кол-во скачиваний: 447


Участник оффлайн! Владимир Чепцов




 прочитанное сообщение 01.04.2014 21:03     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Всем спасибо за ответы, видимо для идентификации широкого разнообразия бактерий этот метод не подойдет. В этом случае принцип да/нет не подойдет, мне нужна последовательность.

Но у меня есть и другая задача для которой этот метод может быть интересен - исследование устойчивости ДНК к воздействию различных факторов. То есть там как раз будет достаточно определить, идет амплификация или нет, т.к. количественно оценивать повреждения мне пока не нужно, важно в принципе понять, остались ли целые молекулы. Как я понимаю, поврежденная (разорванная) молекула этим методом амплифицироваться не будет. Для такой задачи на мой взгляд плюс LAMP в том, что выход ДНК больше. При ПЦР есть риск, что если в эксперименте уцелеет слишком мало молекул, в ПЦР-продукте будет мало ДНК, что может помешать увидеть ее на форезе.

Верны ли мои рассуждения, или я что-то напутал?) Я новичок в подобных делах, в основном имею только теоретические представления, практики было немного.
Участник оффлайн! Pharmaсol
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.04.2014 21:22     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

ДНК бактерий? В приципе можно такое замутить, по типу определения поврежденности мтДНК
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24371283
но годится ли LAMP для этого, сложно сказать

Всего благодарностей: 3Поблагодарили (3): Владимир Чепцов, semi, -Ъ-
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 01.04.2014 22:10     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

(genseq @ 01.04.2014 21:58)
Ссылка на исходное сообщение  Набрал. Давненько не интересовался этой темой. Ужас что творится!

Но метода ПРОЩЕ и УНИВЕРСАЛЬНЕЕ PCR человечество еще нечего не придумало. smile.gif
Из изотермических на меня произвел впечатление RCA - содержимое пробирки становилось вязким eek.gif
Участник оффлайн! ASDF
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.04.2014 22:48     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

у меня другой вопрос - почему реал-таймеры так дОроги до сих пор? все что в них есть выпускается китайской промышленностью миллиоными тиражами по цена 2 юаня за штуку. Когда в каждом доме будет по реал-таймеру ????
Участник оффлайн! Pharmaсol
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.04.2014 23:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

это вопрос разряда почему морозильник саньо стоит в 5 раз дороже аналогичного бытового либхера? потому что он Scientific Equipment
Участник оффлайн! Flyamer
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 01.04.2014 23:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Потому что "тираж" рилтаймеров во много раз меньше, чем у вполне сопоставимой по сложности (но не сопоставимой по цене), бытовой техники.
Ну, и саентифичность эквипмента только ухудшает ситуацию.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): R.J.Dio
Участник оффлайн! R.J.Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 02.04.2014 10:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

натурально, почему центрифуга стоит от штуки, а пылесос -от 100? По сути, одно и то же, а поди ж ты? Короче, вопрос из серии- почему мы руки моем, а ноги-нет
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 02.04.2014 12:56     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

(Pharmaсol @ 01.04.2014 22:22)
Ссылка на исходное сообщение  ДНК бактерий? В приципе можно такое замутить, по типу определения поврежденности мтДНК
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24371283
но годится ли LAMP для этого, сложно сказать

Возможно, этот метод придет на смену комет-эссей. umnik.gif
Главное - LongPCR возпроизводимо освоить... Количество локусов можно увеличить (чем больше, тем лучше), вместо интеркаляторов можно использовать специфические ТакМаны, да все это в одной пробирке... shuffle.gif
Фантази. smile.gif
Участник оффлайн! Pharmaсol
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 02.04.2014 16:52     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

На смену едва ли, но как дополнение к батерее тестов на генотоксичность, несомненно. Здесь два важных момента 1) комет-эссей поврежденность мтДНК не посмотреть, а доказательств важности мтДНК как генотоксической мишени все больше, посему в данном аспекте конечно, можно сказать, что подход прорывной 2) для геномной ДНК по сравнению с комет есть один важный недостаток - при комет эссей анализ идет на уровне отдельных клеток, при longPCR - совокупности ДНК всех клеток. По сути получается тот же метод щелочной элюции, который с появлением комет-эссей отошел на второй план. Еще важно учитывать стоимость оборудования - реал тайм машины пока еще неоправданно дороги.
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  03.12.2021 19:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

https://replicawatches24.tumblr.com/post/64...lica-watches-uk
https://ello.co/replicawatchesuk/post/ubut9ig9g4glx-q6nyphka
https://www.evernote.com/shard/s451/client/...%2BWatches%2BUK
https://www.bloglovin.com/@rolexrelicawatch...replica-watches
https://www.designspiration.com/watcheshutuk/saves/
https://write.as/fakerolexwatches/hints-to-...lica-watches-uk
https://www.dailystrength.org/journals/hint...lica-watches-uk
https://issuu.com/replicawatchesuk/docs/dif...he_replica_watc
https://www.keepandshare.com/discuss2/5601/...lica-watches-uk
https://penzu.com/public/9e250377
https://bestreplicawatc.livejournal.com/336.html
https://www.pearltrees.com/replicawatchesuk/item349627941
https://www.intensedebate.com/people/watches24
https://anonfiles.com/N039Qf66q9/Guide_On_H...atch_Online_pdf
Участник оффлайн! watchesonline89
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  28.12.2022 11:03     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

https://omegawatches89.mystrikingly.com/
https://www.deviantart.com/omegawatches89/j...pular-930508248
https://eatsleepride.com/c/383270
https://fortunetelleroracle.com/fashion/ama...s-online-737627
https://www.intensedebate.com/people/omegawatches89
https://fortunetelleroracle.com/fashion-acc...-popular-737613
https://anotepad.com/notes/ykiydhnj
https://medium.com/@omegawatches89/amazing-...ne-b4863ed55af0
https://omegawatches90.mystrikingly.com/
https://62e8ce2ae5d50.site123.me/blog/repli...ve-items-online
https://62e8da780bf7c.site123.me/
https://padlet.com/omegawatches89/9ibenzfwbcer7k71
https://omegawatches89.simplesite.com/452939012
https://62e8da780bf7c.site123.me/blog/excit...-replica-online
https://62e8ce2ae5d50.site123.me/blog/advan...replica-watches

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 29.03.24 11:33
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft