 * |   |
|
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда |  Zbio-wikiNG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: |
|
Правила
* GenBank -- поиск --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.
   |
 downshifterПостоянный участник  |
 20.01.2009 01:48
Не знает ли кто-нибудь, есть ли возможность проводить поиск в GenBank на NCBI минуя Web интерфейс? То есть 1) не устанавливая локальную базу, 2) не используя браузер. Есть ли программы, которые это могут делать, а еще лучше опубликованные протоколы для общения с этой базой минуя Web интерфейс. Буду очень благодарен за ответ. |
|
comp3v Постоянный участник Москва |
 20.01.2009 01:57
|
|
Гест Гестович Постоянный участник Россия |
20.01.2009 02:01
|
|
downshifter Постоянный участник |
20.01.2009 02:08
(comp3v @ 20.01.2009 01:57)  Спасибо! Но насколько я понимаю там есть некоторые ограничения на варианты поиска. Присутствует только поиск BLAST - это не совсем поиск в GenBank - нельзя искать по ключевым словам и т.д. Кроме этого протоколы вшиты в программу, и в хэлпе указаны только ключи для использования программы. Ну и отсутствие интерфейса. А если хочется написать некоторый свой вариант? Есть ли открытые протоколы? Сообщение было отредактировано downshifter - 20.01.2009 02:18 |
|
Mykhaylo Постоянный участник Україна |
20.01.2009 08:29
Кажется, это можно делать через эл. почту. Через электронку отменили года 3-4 назад. А было удобно. Хотя может где-то гейты и работают. |
|
comp3v Постоянный участник Москва |
20.01.2009 09:15
(downshifter @ 20.01.2009 00:08) Спасибо! Но насколько я понимаю там есть некоторые ограничения на варианты поиска. Присутствует только поиск BLAST - это не совсем поиск в GenBank - нельзя искать по ключевым словам и т.д. Кроме этого протоколы вшиты в программу, и в хэлпе указаны только ключи для использования программы. Ну и отсутствие интерфейса. А если хочется написать некоторый свой вариант? Есть ли открытые протоколы? а, это совсем другая песня. Читать
|
|
AnnVG Участник |
14.02.2009 14:11
|
|
ecoli.ru Москва |
14.02.2009 18:53
1. Найти в GenBank accession number нуклеотидной последовательности полного генома фага лямбда (подсказываю - J02459). 2. Пойти в мышиный геномный BLAST (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/seq/BlastGen/BlastGen.cgi?taxid=10090) 3. В поле "Enter an accession, gi, or a sequence in FASTA format:" написать J02459. 4. Установить параметры: Database - genome (reference only) Program - BLASTN Expect - 10 Filter - NONE 5. Нажать кнопку Begin search. 6. На открывшейся странице нажать кнопку View report. |
|
vrida Постоянный участник |
21.05.2020 13:45
|
|
watchesbiz Постоянный участник |
22.10.2021 18:37
|
| « Предыдущая тема · Софт · Следующая тема » |
 |
· Викимарт - все интернет-магазины в одном месте · Доска объявлений Board.com.ua ·
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---
Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Powered by Invision Power Board(Trial) v2.0.0 © 2024 IPS, Inc.