Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Arlequin
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! microb
Участник



 прочитанное сообщение 13.02.2007 08:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Кто-нибудь считал статистику по Арлекину? wall.gif
Пожалуйста помогите разобраться!!! А существует-ли инструкция на более или менее понятном языке? confused.gif Help-help!!!

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): malteze
Участник оффлайн! Rhizon
Участник



 прочитанное сообщение 13.02.2007 13:31     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

А что Вы хотите считать? И где Вы?
Guest
IP-штамп: fr4nm6i88vv/M
гость



 прочитанное сообщение 15.02.2007 15:40     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Вам уже отвечали!
guest: Microb
IP-штамп: fr0Z0l8Lk2e9g
гость



 прочитанное сообщение 19.02.2007 12:57     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Я хочу посчитать частоты аллелей генов HLA и других. Но как это сделать в Арлекине, не знаю.
Guest
IP-штамп: fr4nm6i88vv/M
гость



 прочитанное сообщение 20.02.2007 10:33     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Где Вы? Вообще, частоты аллелей можно посчитать и без Арлекина.
В Арлекине есть образцы файлов, с которыми работает программа,
посмотрите, как там организованы данные.
Участник оффлайн! microb
Участник



 прочитанное сообщение 20.02.2007 12:23     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Я нахожусь в Челябинске, это что так важно?
"Вообще, частоты аллелей можно посчитать и без Арлекина". Во всех статьях по иммуногенетике частоты аллелей считают по этой программе. Очень хочется в ней разобраться.
Guest
IP-штамп: fr4nm6i88vv/M
гость



 прочитанное сообщение 20.02.2007 14:24     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

Если бы Вы были, скажем в Питере, я бы Вам показал.
Какая у Вас, кстати, версия программы? Я Вам пишу для 2.0
Откройте с помощью текстового редактора файл из папки datafiles
из проекта Microsat с названием 2popmic.arp. Посмотрите, там представлены данные по двум выборкам диплоидных организмов, по 4 локусам.
Вы можете создать такой файл в любом редакторе или воспользоваться
опцией Project Wizard из самой программы, - укажите тип данных, чем они разделены и.т.д. Потом Вам будет надо только вставить туда свои данные.
Все строчки, начинающиеся со знака # - это примечания, которые можно опустить.
Сделайте такой файл, выберите его из программы, укажите анализы, которые Вы хотите провести и нажмите кнопку RUN. Результаты будут записаны в отдельный файл.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): malteze
Guest
IP-штамп: fr0Z0l8Lk2e9g
гость



 прочитанное сообщение 22.02.2007 11:15     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Спасибочки за помощь, надеюсь разберусь!
Участник оффлайн! Sveta Tim
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 23.05.2007 18:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

Подскажите, пожалуйста, на файл какого расширения нужно ссылаться на вкладке Arlequin configuration в графе «текстовый редактор» для программы Arlequin 3.1. Очень нужно.
Участник оффлайн! aekalashnikov
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 10.03.2010 16:48     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Меня интересует тот же вопрос, что и Свету.
Участник оффлайн! Sveta Tim
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 10.03.2010 18:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

(aekalashnikov @ 10.03.2010 17:48)
Ссылка на исходное сообщение  Меня интересует тот же вопрос, что и Свету.


У нас просто стоит ссылка на путь к запускающему (exe) файлу нашего браузера.
Участник оффлайн! Den-N
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 10.03.2010 20:52     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

(Sveta Tim @ 10.03.2010 21:58)
Ссылка на исходное сообщение  У нас просто стоит ссылка на путь к запускающему (exe) файлу нашего браузера.

А при чём тут браузер? Browse - значит "просмотр". А путь нужно указать к текстовому редактору. Проще всего к блокноту: С:\WINDOWS\NOTEDAD.EXE.
Но это только если у вас:
1) Стоит операционная система WINDOWS, 2) Она стоит на диске C:\ и 3) При установке папка не переименовывалась и называется WINDOWS. Иначе нужно проследовать туда, где есть к/л текстовый редактор.
Участник оффлайн! PIVOvarich




 прочитанное сообщение 05.04.2010 14:49     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

Здравствуйте!

Подскажите пожалуйста – у нас в лаборатории встал вопрос использования arlequin 3.11 для генетического анализа RFLP, но, что называется, сломались в самом начале пути – не можем составить матрицу. Понимаю, что вопрос, вероятно, уже неоднократно обсуждался, но поиски в интернете пока не принесли результатов, поэтому спрашиваю помощи на форуме. Если не трудно, подскажите, как загнать в программу данные? Исходно у нас есть матрица, состоящая из 1710 «0» и «1» для каждой популяции (всего популяций 14ть). Эта матрица загнана в виде файлов программы Treecon (пример файла приложил к письму). Собственно, не можем понять, как эти данные загнать в «Арлекина», подскажите, пожалуйста. Если есть возможность – скиньте пример матрицы, может, так будет проще разобраться. Всем заранее спасибо!
Участник оффлайн! PIVOvarich




 прочитанное сообщение 05.04.2010 14:53     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

Простите, нажал «прикрепить файл», когда писал предыдущее сообщение, но файл не прикрепился… Вот, привожу здесь текстом, в каком виде у нас есть матрица:

>1.Semga Sop.
0000000011110101100000100000100000000000001000110000000010001111000110110000011100001001001000000101
00100010100100000100001100101010110101000000000000101101101010010010111 (и т.д., всего 1710 значений)
>2.Semga Utch.
0000000011110000100000100000100000000000101000010001000010001111001110110000001100001001101000000101
00100010100100000100001100101010100101000000101001101101101010010010111 (и т.д., всего 1710 значений в каждой популяции и всего 14ть популяций).
Участник оффлайн! Sonya




 прочитанное сообщение 16.08.2012 12:12     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

Подскажите, можно ли рассчитать Fst если известны только частоты аллелей (STR)?
Участник оффлайн! -Эн-




 прочитанное сообщение 19.08.2012 21:33     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

Наверное, нет, потому, что нужно знать вдобавок их вариансу. Формула расчета Fst= Var(p)/(p_средн*(1-p_средн)).
Участник оффлайн! alisa83




 прочитанное сообщение 03.10.2013 14:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

Доброго все времени суток!
Подскажите пожалуйста как вводить в Арлекин данные тетраплоидов (микросателлиты). По статьям известно, что возможно. Но когда вводим, программа ругается, говорит, что данные прочесть невозможно.
Участник оффлайн! silory




 прочитанное сообщение 16.01.2017 11:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

Здравствуйте, а есть более/мение понятная инструкция на версию 3,5? нужно посчитать частоты HLA

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Биофизика и матметоды в биологии · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 20.10.17 13:43
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft