Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* аналоги AmpliTaq Gold DNA polymerase
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! VladimirX




 прочитанное сообщение 09.03.2007 10:41     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Не подскажет ли кто по опыту работы есть ли какие-то российские аналоги буржуйской AmpliTaq Gold DNA polymerase (Applied Biosystems). Необходима для мультиплексной ПЦР. И вообще, какие наши полимеразы хороши для мультиплекса с мечеными праймерами?
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 09.03.2007 11:13     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

(VladimirX @ 09.03.2007 09:41)
Ссылка на исходное сообщение  Не подскажет ли кто по опыту работы есть ли какие-то российские аналоги буржуйской АмплиТая Голд ДНА полымерасе (Апплиед Биосыстемс). Необходима для мультиплексной ПЦР. И вообще, какие наши полимеразы хороши для мультиплекса с мечеными праймерами?

амлитака голд - "химический хот-старт" при 95 градусов +/- 0.5 градуса -10 минут
пХ буффера (важно) 8.3
заточена на АБИ циклеры (важно)
аналог - у Фермантаса
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.03.2007 11:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Химический хот-старт что-то не очень. Лучше с моноклональными анитителами. Ещё есть вариант с комплексоном, связывающим магний. В общем, Вам лучше обсудить эту тему с кем-нибудь типа Крамарова или Патрушева.
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 09.03.2007 11:45     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

(genseq @ 09.03.2007 10:32)
Ссылка на исходное сообщение  Химический хот-старт что-то не очень. Лучше с моноклональными анитителами. Ещё есть вариант с комплексоном, связывающим магний. В общем, Вам лучше обсудить эту тему с кем-нибудь типа Крамарова или Патрушева.

вопрос про АмплиГолд - каков вопрос - таков ответ smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 09.03.2007 11:49     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

(genseq @ 09.03.2007 10:32)
Ссылка на исходное сообщение  Химический хот-старт что-то не очень. Лучше с моноклональными анитителами. Ещё есть вариант с комплексоном, связывающим магний. В общем, Вам лучше обсудить эту тему с кем-нибудь типа Крамарова или Патрушева.

что лучше ? у каждого "автоматического хотстарта" свой скелет в шкафу smile.gif


1: Nucleic Acids Res. 2000 Nov 1;28(21):E94
PCR hot start using primers with the structure of molecular beacons (hairpin-like structure).

* Kaboev OK,
* Luchkina LA,
* Tret'iakov AN,
* Bahrmand AR.

St Petersburg Nuclear Physics Institute, Russian Academy of Science, Gatchina 188350, Russia and Tehran Pasteur Institute, Iran. kaboev@omrb.pnpi.spb.ru

A new technique of PCR hot start using oligonucleotide primers with a stem-loop structure is developed here. The molecular beacon oligonucleotide structure without any chromophore addition to the ends was used. The 3'-end sequence of the primers was complementary to the target and five or six nucleotides complementary to the 3'-end were added to the 5'-end. During preparation of the reaction mixture and initial heating, the oligonucleotide has a stem-loop structure and cannot serve as an effective primer for DNA polymerase. After heating to the annealing temperature it acquires a linear structure and primer extension can begin.

PMID: 11058144 [PubMed - indexed for MEDLINE]
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 09.03.2007 11:53     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

[quote=VladimirX,09.03.2007 09:41]Ссылка на исходное сообщение Не подскажет ли кто по опыту работы есть ли какие-то российские аналоги буржуйской AmpliTaq Gold DNA polymerase (Applied Biosystems). Необходима для мультиплексной ПЦР. И вообще, какие наши полимеразы хороши для мультиплекса с мечеными праймерами?

1: Nucleic Acids Res. 2005 Aug 8;33(14):e126
Multiplex PCR: use of heat-stable Thermus thermophilus RecA protein to minimize non-specific PCR products.

* Shigemori Y,
* Mikawa T,
* Shibata T,
* Oishi M.

Kazusa DNA Research Institute 2-6-7 Kazusa-kamatari, Kisarazu, Chiba 292-0818, Japan.

In this paper we report that the inclusion of heat-resistant RecA protein from a thermophilic bacteria, Thermus thermophilus, and its cofactor (ATP) in PCR effectively eliminates non-specific PCR products. The effect of RecA protein, which catalyzes pairing between homologous DNA molecules with great fidelity in genetic recombination, is due to its promotion of precise priming in PCR (i.e. priming at sites where the primer sequence is completely complementary to that of the target sequence). In addition, the RecA protein substantially reduces the primer concentration required for PCR. These experimental results have led to the realization of multiplex PCR, which involves PCR for multiple sites in the same reaction mixture. We were able to successfully perform multiplex PCR with over a dozen reactions without affecting the amplification pattern of the PCR products.

PMID: 16087733 [PubMed - indexed for MEDLINE]
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 09.03.2007 11:55     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

[quote=genseq,09.03.2007 10:32]Ссылка на исходное сообщение Химический хот-старт что-то не очень. Лучше с моноклональными анитителами. Ещё есть вариант с комплексоном, связывающим магний. В общем, Вам лучше обсудить эту тему с кем-нибудь типа Крамарова или Патрушева.

1: Bioorg Khim. 1999 May;25(5):398-400.
[Hot start of the polymerase chain reaction using DNA helicase]
[Article in Russian]

* Kaboev OK,
* Shevelev IV,
* Luchkina LA,
* Tret'iakov AN,
* Shcherbakova OG.

A novel method for the hot start of PCR using DNA helicases is developed. The addition of a DNA helicase prevents the random annealing of primers and synthesis of nonspecific products during the preparation of the reaction mixture and initial heating. The hot start of PCR occurs automatically after inactivation of the DNA helicase upon heating of the reaction mixture.

PMID: 10495897 [PubMed - indexed for MEDLINE]
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 09.03.2007 12:04     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

(genseq @ 09.03.2007 10:32)
Ссылка на исходное сообщение  Химический хот-старт что-то не очень. Лучше с моноклональными анитителами. Ещё есть вариант с комплексоном, связывающим магний. В общем, Вам лучше обсудить эту тему с кем-нибудь типа Крамарова или Патрушева.

с антителами - всегда мучают сомнения типа этого frown.gif

1: J Clin Microbiol. 2000 Jan;38(1):345-50
Identification and characterization of immunoglobulin G in blood as a major inhibitor of diagnostic PCR.

* Al-Soud WA,
* Jonsson LJ,
* Radstrom P.

Applied Microbiology, Center for Chemistry, Lund Institute of Technology, Lund University, SE-221 00 Lund, Sweden.

A major inhibitor of diagnostic PCR in human plasma was identified and the mechanism of inhibition was characterized. Human blood was divided by centrifugation into buffy coat, plasma, platelets, and erythrocytes. All these blood fractions were found to be highly inhibitory to a standardized PCR mixture containing the thermostable DNA polymerase AmpliTaq Gold. PCR inhibitors in human plasma were purified by chromatographic procedures and were characterized by a process of elimination, so that the PCR-inhibitory effects of plasma fractions were tested after each purification step. The major inhibitor in human plasma, as determined by size-exclusion chromatography, anion-exchange chromatography, and chromatofocusing, was found to be immunoglobulin G (IgG) on the basis of N-terminal amino acid sequencing and electrophoretic analysis of the purified polypeptide. When different concentrations of purified plasma IgG (PIgG) were added to PCR mixtures containing 11 different thermostable DNA polymerases and 1 ng of Listeria monocytogenes DNA as template DNA, the only polymerase that resisted inhibition was rTth. The inhibitory effect was reduced when PIgG was heated at 95 degrees C before it was added to PCR or after the addition of excess nontarget DNA to the PCR mixture. However, heating of PIgG together with target DNA at 95 degrees C was found to block the amplification. Inhibition by PIgG may be due to an interaction with single-stranded DNA, which makes the target DNA unavailable for 10 of the DNA polymerases tested. The results show the danger of using boiling as a method of sample pretreatment or using a hot start prior to PCR. The effect of plasma PCR inhibition could be removed by mixing plasma with DNA-agarose beads prior to amplification, while plasma PCR inhibitors were found to bind to the DNA-agarose beads.

PMID: 10618113 [PubMed - indexed for MEDLINE]
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 09.03.2007 12:24     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

(VladimirX @ 09.03.2007 09:41)
Ссылка на исходное сообщение  Не подскажет ли кто по опыту работы есть ли какие-то российские аналоги буржуйской АмплиТая Голд ДНА полымерасе (Апплиед Биосыстемс). Необходима для мультиплексной ПЦР. И вообще, какие наши полимеразы хороши для мультиплекса с мечеными праймерами?

Вопрос по этой теме или по другой ?

http://www.promega.com/faq/str.html#q05
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 09.03.2007 13:21     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

(genseq @ 09.03.2007 10:32)
Ссылка на исходное сообщение  Химический хот-старт что-то не очень. Лучше с моноклональными анитителами. Ещё есть вариант с комплексоном, связывающим магний. В общем, Вам лучше обсудить эту тему с кем-нибудь типа Крамарова или Патрушева.

химический хотстарт не из-за полимеразы а из-за дерьмовых циклеров
которые не держат 95 Ц градусов 10 минут с ВЫСОКИЙ ТОЧНОСТьЮ - вот
она нафиг и не АКТИВИРУЕТСЯ frown.gif
у Квакагена хорошая ХИМИЧЕСКАЯ полимераза smile.gif
ФастСтарт (Рош) - тоже химия

Новая АБИ ФастМикс - "облегченная" АмплиГолъд - у нее менъше
степенъ изначальной инактивации потому как АБИ9800 имеет
скорость нагрева 5 градусов в секунду !
а как нас учат "хотстарт" в основном нужен чтоб за время пока
реакция с "холода" дошла до 95 - ничего не елонгировалось

Если переход с ХОЛОДА на 95 проиодит МГНОВЕННО - то хотстарт НЕ НУЖЕН

но циклерное барахло которое греет 1-2 град в сек -такого делать не может
поетому ВСЕ ОБЫЧНЫЕ хотстарты ПЕРЕИНАКТИВИРОВАННЫ (включая антитела)
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.03.2007 18:47     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

(VladimirX @ 09.03.2007 10:41)
Ссылка на исходное сообщение  Не подскажет ли кто по опыту работы есть ли какие-то российские аналоги буржуйской АмплиТая Голд ДНА полымерасе (Апплиед Биосыстемс). Необходима для мультиплексной ПЦР. И вообще, какие наши полимеразы хороши для мультиплекса с мечеными праймерами?

Я бы просто попробовал Ферментас TrueStart в параллель c AmpliTaq Gold
http://www.fermentas.com/pdf/flyers/fl_tru...otstart2007.pdf
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.03.2007 19:00     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

ТруСтарт у меня есть и я ее пробовал в сравнении с АБИ ФастМих .
ТакГолды нету потому как полимеразы которые нужно активировать 10-15 минут (Голд,Квиаген итд) я не использую
потому как у меня весъ ПЦР 30 циклов за 15 минут.

так что сравнителъных резалтов ТруСтарт против АмплиГолд к сожалению
представить не могу frown.gif
Участник оффлайн! serhiosus
Участник
Minsk



 прочитанное сообщение 09.03.2007 21:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

Вообще для мультиплекса рекомендуют использовать N-терминально делетированные варианты Taq-полимеразы (типа Stoffel фрагмент (дельта 289) или KlenTaq1(дельта 279)). Их преимущества: Работают при более высоком Mg (4-10 мМ) так что нет необходимости в оптимизации по этому параметру, дают меньше неспеца (они хуже удлинняют неправельно спаренный 3-OH конец), да и к тому же более термостабильны и лучше амплифицуируют короткие фрагменты (до 1000 п.о.). К сожелению российских аналогов я пока не встречал. Если вы из Беларуси - могу подкинуть на пробу.
PS. Все собираюсь попробовать термофильный RecA белок для мультиплекса, но пока еще его не получил. Может кто-нибуть работал и поделиться впе6чатлениями. А то слишком заманчиво-фотошопная картинка :-)) выплыла в одной статейке. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.f...l=pubmed_docsum
Участник оффлайн! VladimirX




 прочитанное сообщение 12.03.2007 12:35     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

Я из Томска. Работал как-то со Cмарт-ДНК-полимеразой, понравилась она шибко - неспецифики как не бывало и выход продукт а хороший, плюс капризные локусы работают без проблем. В данный момент ее нету. Кто нибудь работал с ней на мультиплексной ПЦР?
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 12.03.2007 12:58     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

(serhiosus @ 09.03.2007 20:47)
Ссылка на исходное сообщение  Вообще для мультиплекса рекомендуют использовать Н-терминально делетированные варианты Тая-полимеразы (типа Стоффел фрагмент (дельта 289) или КленТая1(дельта 279)). Их преимущества: Работают при более высоком Мг (4-10 мМ) так что нет необходимости в оптимизации по этому параметру, дают меньше неспеца (они хуже удлинняют неправельно спаренный 3-ОХ конец), да и к тому же более термостабильны и лучше амплифицуируют короткие фрагменты (до 1000 п.о.). К сожелению российских аналогов я пока не встречал. Если вы из Беларуси - могу подкинуть на пробу.
ПС. Все собираюсь попробовать термофильный РецА белок для мультиплекса, но пока еще его не получил. Может кто-нибуть работал и поделиться впе6чатлениями. А то слишком заманчиво-фотошопная картинка :-)) выплыла в одной статейке. хттп://щщщ.нцби.нлм.них.говентрез/яуеры.ф...л=пубмед_доцсум

работал с ДнаБ (хеликаза) то есть РекА /ДнаБ - по природе одна фигня -
РекА из Ттх япошки просто "украли " из русской статьи ( Кабоев О.К и др )



1: Bioorg Khim. 1999 May;25(5):398-400.
[Hot start of the polymerase chain reaction using DNA helicase]
[Article in Russian]

* Kaboev OK,
* Shevelev IV,
* Luchkina LA,
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 12.03.2007 13:06     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

(Guest @ 12.03.2007 11:58)
Ссылка на исходное сообщение  работал с ДнаБ (хеликаза) то есть РекА /ДнаБ - по природе одна фигня -
РекА из Ттх япошки просто "украли " из русской статьи ( Кабоев О.К и др )



1: Биоорг Хим. 1999 Маы;25(5):398-400.
[Hot start of the polymerase chain reaction using DNA helicase]
[Article in Russian]

* Кабоев ОК,
* Шевелев ИВ,
* Лучкина ЛА,


Хотя тут ничего странного нет smile.gif Азиаты своэ тупоумие компенсируют азиатской
"хитростью" smile.gif Хорошо сдирать чужие идеи и товары и выдавать их за "свои" smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 12.03.2007 13:20     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

(serhiosus @ 09.03.2007 20:47)
Ссылка на исходное сообщение  Вообще для мультиплекса рекомендуют использовать Н-терминально делетированные варианты Тая-полимеразы (типа Стоффел фрагмент (дельта 289) или КленТая1(дельта 279)). Их преимущества: Работают при более высоком Мг (4-10 мМ) так что нет необходимости в оптимизации по этому параметру, дают меньше неспеца (они хуже удлинняют неправельно спаренный 3-ОХ конец), да и к тому же более термостабильны и лучше амплифицуируют короткие фрагменты (до 1000 п.о.). К сожелению российских аналогов я пока не встречал. Если вы из Беларуси - могу подкинуть на пробу.
ПС. Все собираюсь попробовать термофильный РецА белок для мультиплекса, но пока еще его не получил. Может кто-нибуть работал и поделиться впе6чатлениями. А то слишком заманчиво-фотошопная картинка :-)) выплыла в одной статейке. хттп://щщщ.нцби.нлм.них.говентрез/яуеры.ф...л=пубмед_доцсум

Кстати ыще одна японохитрость - не ставить КОНТРОЛИ с термолабильными
DnaB/RecA lol.gif lol.gif lol.gif

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 26.01.20 05:15
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft