Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Готовые полиакриламидные гели
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Кураторы темы:* genseq
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


страницы (15): « < 6 7 8 9 10 > »  
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 07.06.2007 12:43     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(genseq @ 07.06.2007 11:32)
Ссылка на исходное сообщение  Ну а если всё-таки суп отделить от мух?

1. Ирина при конструировании праймеров использовала Кабоевский способ горячего старта, т.е. шпильку, образуемую 3ь и 5ь-концами. Недостаток подобных шпилек - это синтез комплементарных нитей, у которых 3ь-конец комплементарен синтезированной нити. Следствие - образование шпилечных ампликонов, содержащих только один праймер и асимметрия реакции. 
2. Быстрый амплификатор к этому горячему старту отношения не имеет.
3. Понимание важнее знания.

еффективность праймирования Такой на праймерах меньше 15 нт -
фиговая - а таких шпилек никто и не делает smile.gif поентому не надо тут про "концы" smile.gif
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 07.06.2007 13:49     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Guest @ 07.06.2007 12:27)
Ссылка на исходное сообщение  плохому танцору smile.gif

Так у меня-то что, у меня все ок, у меня лучше всех. Генсек серьезный человек и дасть соврать. no.gif . Речь о том куда катимся, сплошная неграмотность... frown.gif На фига ты немцев обучаешь, возвращайся назад mad.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 07.06.2007 14:04     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Ъ @ 07.06.2007 13:49)
Ссылка на исходное сообщение  Так у меня-то что, у меня все ок, у меня лучше всех. Генсек серьезный человек и дасть соврать. no.gif . Речь о том куда катимся, сплошная неграмотность... frown.gif  На фига ты немцев обучаешь, возвращайся назад mad.gif

"фарш невозможно провернуть назад" frown.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 07.06.2007 14:07     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Ъ @ 07.06.2007 13:49)
Ссылка на исходное сообщение  Так у меня-то что, у меня все ок, у меня лучше всех. Генсек серьезный человек и дасть соврать. no.gif . Речь о том куда катимся, сплошная неграмотность... frown.gif  На фига ты немцев обучаешь, возвращайся назад mad.gif

я в ГДР - а это как в СССР smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 07.06.2007 14:09     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Ъ @ 07.06.2007 13:49)
Ссылка на исходное сообщение  Так у меня-то что, у меня все ок, у меня лучше всех. Генсек серьезный человек и дасть соврать. no.gif . Речь о том куда катимся, сплошная неграмотность... frown.gif  На фига ты немцев обучаешь, возвращайся назад mad.gif

и когда я им говорю по-русски - они быстрее понимают , чем ты smile.gif
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 07.06.2007 14:10     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Guest @ 07.06.2007 14:04)
Ссылка на исходное сообщение  "фарш невозможно провернуть назад" frown.gif

Ладно, черт с тобой. Больше не попадайся под горячую руку... frown.gif Меня сегодня довели до белого каления. Я целый день буду злой smile.gif
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 07.06.2007 14:13     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Guest @ 07.06.2007 14:09)
Ссылка на исходное сообщение  и когда я им говорю по-русски - они быстрее понимают , чем ты smile.gif

Русский язык богатый, а я бедный smile.gif (я не арменин no.gif )
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 07.06.2007 14:13     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Ъ @ 07.06.2007 14:10)
Ссылка на исходное сообщение  Ладно, черт с тобой. Больше не попадайся под горячую руку... frown.gif Меня сегодня довели до белого каления. Я целый день буду злой smile.gif

питъ вчера менъше надо было lol.gif lol.gif lol.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 07.06.2007 14:15     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Ъ @ 07.06.2007 14:13)
Ссылка на исходное сообщение  Русский язык богатый, а я бедный smile.gif  (я не арменин no.gif )

вот и попробуй сдать "кандидатский минимум по-русскому " как основной иностранный lol.gif lol.gif lol.gif
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 07.06.2007 14:16     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Guest @ 07.06.2007 14:13)
Ссылка на исходное сообщение  питъ вчера менъше надо было  lol.gif  lol.gif  lol.gif

Я человек в меру пьющий, а по российским меркам - непьющий beer.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 07.06.2007 14:19     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Ъ @ 07.06.2007 14:16)
Ссылка на исходное сообщение  Я человек в меру пьющий, а по российским меркам - непьющий  beer.gif

врал бы да не завирался - кто грозился нажратся на радостях ? confused.gif confused.gif confused.gif опять склероз ? lol.gif lol.gif
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 07.06.2007 14:19     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Guest @ 07.06.2007 14:15)
Ссылка на исходное сообщение  вот и попробуй сдать "кандидатский минимум по-русскому " как основной иностранный  lol.gif  lol.gif  lol.gif

У меня в жизни все сдано на отл. (тьфу, тьфу и тьфу smile.gif и по дереву).
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 07.06.2007 14:21     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Ъ @ 07.06.2007 14:19)
Ссылка на исходное сообщение  У меня в жизни все сдано на отл. (тьфу, тьфу и тьфу smile.gif и по дереву).

дк и у них русский сдан - включая канцлера-физика Ангелу Меркелъ smile.gif
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 07.06.2007 14:30     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Guest @ 07.06.2007 14:19)
Ссылка на исходное сообщение  врал бы да не завирался - кто грозился нажратся на радостях ?  confused.gif  confused.gif  confused.gif опять склероз ?  lol.gif  lol.gif

Рассказал бы все как было (ничего небыло, будет сегодня), но от Генсека с Редактором клизму получим ..... smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 07.06.2007 15:04     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Ъ @ 07.06.2007 14:30)
Ссылка на исходное сообщение  Рассказал бы все как было (ничего небыло, будет сегодня), но от Генсека с Редактором клизму получим ..... smile.gif

ну теперь понятно ты почему злой - пянка сорвалась smile.gif
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 07.06.2007 15:21     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Guest @ 07.06.2007 15:04)
Ссылка на исходное сообщение  ну теперь понятно  ты почему злой - пянка сорвалась smile.gif

Нет, не сорвалась, вчера у них там на курсе по своему, а сегодня - в семейном кругу smile.gif , а послезавтра... , после послезавтра.., блин вот жизнь пошла frown.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 07.06.2007 16:59     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(genseq @ 06.06.2007 15:58)
Ссылка на исходное сообщение  В действительности всё не так, как на самом деле.
Семафорная маркировка, т.е. зелёные и красные метки, дающие в смеси жёлтый цвет, распространены очень широко. Даже изображения биочипов, меченых Цы3 и Цы5, обрабатывают и представляют в псевдоцветах семафора, которые лучше всего воспринимаются глазом.

Проблема не в окраске, а в чёткости дифференциации одиночных мутаций. Трёхнуклеотидная делеция Ф508 тестируется сравнительно легко, а вот добиться чёткости для однонуклеотидных полиморфизмов (СНП) - это задачка, над которой трудятся не десятки, а сотни умников. Есть очень неплохие решения, но мне хотелось бы сделать универсальные праймеры, работающих и при электрофоретическом анализе аипликонов, и в Реал-тиме ПЦР, причём показывающие совершенно однозначные результаты в любых руках. При этом электрофоретический анализ даже предпочтительнее, поскольку поволит сделать мультиплексное тестирование. Отсюда и мой личный интерес к готовым гелям для электрофореза ДНК с высоким разрешением.

Может они на чипах и ИЗОБРАЖАЮТ симафоры токма по собственному опыту -
красный СИМАФОР (Cy5) летом тухнет и приходится ждать зимы smile.gif
тут в Аппендиксе на странице 22 написано как симафор починять smile.gif
http://www.implen.de/pdfs/Array350%20Proto...%2010-19-04.pdf
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.06.2007 09:47     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Разговорчики в строю mad.gif ! Стоило ненадолго отлучиться, как тут наговорили столько, что уже и непонятно, о чём шла речь. Ну а речь шла о готовых гелях для электрофореза и немного - о тестировании SNP, для которого эти гели могут пригодиться.

1. Некоторые товарищи считают, что для праймирования ДНК-полимеразной реакции нужны олиги длиной не меньше 15n. Ошибаетесь, товарищи учёные! Внутрипраймерные шпильки 3'-концов способны загадить праймеры даже при длине 4...5n.
2. Не следует принижать температуру плавления внутрипраймерных шпилек в Кабоевском горячем старте. Хоть их длина и невелика (8...9n), но Tm вполне на высоте (~50 град.). На плавление внутрипраймерных шпилек не распространяются обычные правила расчёта температуры плавления праймеров.
3. Проблемы с Cy5 известны. Этот краситель (в отличие от Cy3) легко переходит в бесцветную лейкоформу. Интересно, что зелёный свет (532 нм) способен переводить лейкоформу в нормальнное состояние. Такое переключение используется в новом методе оптической микроскопии, имеющей разрешение порядка 10 нм. Методы оптической микроскопии с нанометровым разрешением, основанные на регистраци флуоресценции единичных молекул флуорофоров, сейчас разрабатываются и в России:
http://online.stack.net/~klimov/Nanoscop.htm
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=155598
Альтернативный подход, разрабатываемый немцами в Вашем любимом Йелле - STED, что тоже неплохо, но возни с ним не меньше.
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 08.06.2007 10:10     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

генсек - пока ты тут пхилософии пхилосопхиш - народ кабоевскими праймерами
снипы мерит smile.gif
1: Clin Diagn Lab Immunol. 2004 Jul;11(4):766-9.Click here to read Click here to read Links
Novel hairpin-shaped primer assay to study the association of the -44 single-nucleotide polymorphism of the DEFB1 gene with early-onset periodontal disease.
Boniotto M, Hazbón MH, Jordan WJ, Lennon GP, Eskdale J, Alland D, Gallagher G.

Department of Oral Biology, University of Medicine and Dentistry of New Jersey, Newark, New Jersey 07103-2714, USA.

A powerful, cost-effective new method for studying single-nucleotide polymorphisms (SNPs) is described. This method is based on the use of hairpin-shaped primers (HP), which give a sensitive and specific PCR amplification of each specific allele, without the use of costly fluorophore-labeled probes and any post-PCR manipulation. The amplification is monitored in real-time using SYBR Green I dye and takes only 2 h to yield results. The HP assay has a simple design and utilizes a conventional real-time PCR apparatus. The -44 C-->G transversion in the DEFB1 gene (which encodes human beta-defensin 1) has been previously associated with Candida carriage in oral epithelia. In this study, we analyzed the association between early-onset periodontal disease (EOP) and the -44 SNP. We used an HP assay to study the distribution of the -44 SNP in 264 human DNAs obtained from two cohorts of EOP patients and healthy controls from different ethnic backgrounds. The results indicate that the -44 SNP has a similar distribution between EOP and healthy patients, suggesting that it is not associated with the disease.

PMID: 15242954 [PubMed - indexed for MEDLINE]
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  08.06.2007 10:12     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlere...bmedid=16385065
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  08.06.2007 10:14     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

http://jcm.asm.org/cgi/content/full/42/3/1...g&pmid=15004082
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  08.06.2007 10:15     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

http://cvi.asm.org/cgi/content/full/11/4/7...g&pmid=15242954
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 08.06.2007 10:21     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

генсек -а флуоресцентно меченные праймеры ВААЩЕ Тм не посчитать smile.gif
и твоя "нездоровая" тяга к меченным праймерам тебя погубит smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 08.06.2007 10:25     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(genseq @ 08.06.2007 09:47)
Ссылка на исходное сообщение  Разговорчики в строю mad.gif ! Стоило ненадолго отлучиться, как тут наговорили столько, что уже и непонятно, о чём шла речь. Ну а речь шла о готовых гелях для электрофореза и немного - о тестировании СНП, для которого эти гели могут пригодиться.

1. Некоторые товарищи считают, что для праймирования ДНК-полимеразной реакции нужны олиги длиной не меньше 15н. Ошибаетесь, товарищи учёные! Внутрипраймерные шпильки 3ь-концов способны загадить праймеры даже при длине 4...5н.
2. Не следует принижать температуру плавления внутрипраймерных шпилек в Кабоевском горячем старте. Хоть их длина и невелика (8...9н), но Тм вполне на высоте (~50 град.). На плавление внутрипраймерных шпилек не распространяются обычные правила расчёта температуры плавления праймеров.
3. Проблемы с Цы5 известны. Этот краситель (в отличие от Цы3) легко переходит в бесцветную лейкоформу. Интересно, что зелёный свет (532 нм) способен переводить лейкоформу в нормальнное состояние. Такое переключение используется в новом методе оптической микроскопии, имеющей разрешение порядка 10 нм. Методы оптической микроскопии с нанометровым разрешением, основанные на регистраци флуоресценции единичных молекул флуорофоров, сейчас разрабатываются и в России:
хттп:/онлине.стацк.нет/~климов/Наносцоп.хтм
хттп://молбиол.ру/форумс/индех.пхп?шощтопиц=155598
Альтернативный подход, разрабатываемый немцами в Вашем любимом Йелле -  СТЕД, что тоже неплохо, но возни с ним не меньше.



стед - из дрыгого места smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 08.06.2007 10:26     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Guest @ 08.06.2007 10:25)
Ссылка на исходное сообщение  стед - из дрыгого места smile.gif

http://www.letsgodigital.org/en/11610/leica_microscope/
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 08.06.2007 10:32     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(genseq @ 08.06.2007 09:47)
Ссылка на исходное сообщение  Разговорчики в строю mad.gif ! Стоило ненадолго отлучиться, как тут наговорили столько, что уже и непонятно, о чём шла речь. Ну а речь шла о готовых гелях для электрофореза и немного - о тестировании SNP, для которого эти гели могут пригодиться.

1. Некоторые товарищи считают, что для праймирования ДНК-полимеразной реакции нужны олиги длиной не меньше 15n. Ошибаетесь, товарищи учёные! Внутрипраймерные шпильки 3'-концов способны загадить праймеры даже при длине 4...5n.
2. Не следует принижать температуру плавления внутрипраймерных шпилек в Кабоевском горячем старте. Хоть их длина и невелика (8...9n), но Tm вполне на высоте (~50 град.). На плавление внутрипраймерных шпилек не распространяются обычные правила расчёта температуры плавления праймеров.
3. Проблемы с Cy5 известны. Этот краситель (в отличие от Cy3) легко переходит в бесцветную лейкоформу. Интересно, что зелёный свет (532 нм) способен переводить лейкоформу в нормальнное состояние. Такое переключение используется в новом методе оптической микроскопии, имеющей разрешение порядка 10 нм. Методы оптической микроскопии с нанометровым разрешением, основанные на регистраци флуоресценции единичных молекул флуорофоров, сейчас разрабатываются и в России:
http://online.stack.net/~klimov/Nanoscop.htm
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=155598
Альтернативный подход, разрабатываемый немцами в Вашем любимом Йелле -  STED, что тоже неплохо, но возни с ним не меньше.



1: Anal Chem. 2004 Oct 1;76(19):5960-4.Click here to read Links
Single-molecule reader for high-throughput bioanalysis.
Hesse J, Sonnleitner M, Sonnleitner A, Freudenthaler G, Jacak J, Höglinger O, Schindler H, Schütz GJ.

Biophysics Institute, Johannes-Kepler-University Linz, Altenbergerstrasse 69, A-4040 Linz, Austria.

We report here the development of a device for single-molecule imaging on large surface areas. A CCD camera operated in time delay and integration mode is synchronized with the movement of a sample scanning stage, enabling continuous data acquisition. Experiments on single fluorescent lipid molecules in supported lipid bilayers and on stained living cells demonstrate the capabilities of the method. Areas of up to 5 x 5 mm(2) were recorded within 11 min at a pixel size of 129 nm.

PMID: 15456321 [PubMed - indexed for MEDLINE]
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  08.06.2007 10:34     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Guest @ 08.06.2007 10:32)
Ссылка на исходное сообщение  1: Anal Chem. 2004 Oct 1;76(19):5960-4.Click here to read Links
    Single-molecule reader for high-throughput bioanalysis.
    Hesse J, Sonnleitner M, Sonnleitner A, Freudenthaler G, Jacak J, Höglinger O, Schindler H, Schütz GJ.

    Biophysics Institute, Johannes-Kepler-University Linz, Altenbergerstrasse 69, A-4040 Linz, Austria.

    We report here the development of a device for single-molecule imaging on large surface areas. A CCD camera operated in time delay and integration mode is synchronized with the movement of a sample scanning stage, enabling continuous data acquisition. Experiments on single fluorescent lipid molecules in supported lipid bilayers and on stained living cells demonstrate the capabilities of the method. Areas of up to 5 x 5 mm(2) were recorded within 11 min at a pixel size of 129 nm.

PMID: 15456321 [PubMed - indexed for MEDLINE]

http://dnaresearch.oxfordjournals.org/cgi/...nt/full/13/1/37
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.06.2007 10:39     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Если перевести эти пулемётные очереди ссылок на общедоступный язык, то суть в следующем:
Кабоевский принцип горячего старта с 2004 года активно используется для тестирования снипов, поскольку заметно повышает специфичность их дифференциации. Т.е. моё желание использовать шпилечные праймеры за последние 2...3 года было хорошо обосновано.

Отмечу только, что в моих конструкциях этот принцип введён как вспомогательный. Горячий старт можно сделать и не шпилечным, а на магниевых комплексонах. Для дифференциации снипов в моей семафорной системе это не имеет существенного значения.

Нижайшая просьба все ссылки сопровождать хотя бы небольшими комментариями, поскольку у меня зреет подозрение, что ссылающийся сам не читает эти статьи и не разбирается в их содержании.

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): afanasev_max, comp3v
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.06.2007 11:21     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

...
Он уважать себя заставил
И лучше выдумать не мог.
А.С. Пушкин
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 08.06.2007 11:23     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(genseq @ 08.06.2007 11:21)
Ссылка на исходное сообщение  ...
Он уважать себя заставил
И лучше выдумать не мог.
                                        А.С. Пушкин

куратор фигов smile.gif

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 08.06.2007 15:38     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(genseq @ 08.06.2007 11:21)
Ссылка на исходное сообщение  ...
Он уважать себя заставил
И лучше выдумать не мог.
                                        А.С. Пушкин

smile.gif smile.gif smile.gif
1: Methods Mol Biol. 2007;374:239-52.Click here to read Links
Application of quantum dots to multicolor microarray experiments: four-color genotyping.
Karlin-Neumann G, Sedova M, Falkowski M, Wang Z, Lin S, Jain M.

Highly multiplexed genomics assays are challenged by the need for a sufficient signal-to-noise ratio for each marker scored on a microarray-detection platform. Typically, as the number of markers scored (or target complexity) increases, either more assay-target material must be applied to the array or the specific activity of each marker must be proportionately increased. However, hybridization of excessive amounts of target to the microarray can result in elevated nonspecific binding and consequent degradation of information. We have found that quantum dots provide a successful alternative to organic dyes for achieving highly multiplexed (>20,000-plex) and highly accurate, four-color genotyping and have the additional advantage of being excitable by a single wavelength of light despite their distinct emission wavelengths.

PMID: 17237543 [PubMed - in process]
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 08.06.2007 15:46     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(genseq @ 08.06.2007 10:39)
Ссылка на исходное сообщение  Если перевести эти пулемётные очереди ссылок на общедоступный язык, то суть в следующем:
Кабоевский принцип горячего старта с 2004 года активно используется для тестирования снипов, поскольку заметно повышает специфичность их дифференциации. Т.е. моё желание использовать шпилечные праймеры за последние 2...3 года было хорошо обосновано.

Отмечу только, что в моих конструкциях этот принцип введён как вспомогательный. Горячий старт можно сделать и не шпилечным, а на магниевых комплексонах. Для дифференциации снипов в моей семафорной системе это не имеет существенного значения.

Нижайшая просьба все ссылки сопровождать хотя бы небольшими комментариями, поскольку у меня зреет подозрение, что ссылающийся сам не читает эти статьи и не разбирается в их содержании.

Симафорчик твой токма 3 цвета - а тут 8 цветов smile.gif
1: Anal Chem. 2006 Apr 15;78(8):2478-86.Click here to read Links
Polychromatic microarrays: simultaneous multicolor array hybridization of eight samples.
Shepard JR.

Wadsworth Center, New York State Department of Health, Albany, New York 12208, USA. jason_shepard@hotmail.com

High-throughput microscale platforms have transformed modern analytical investigations. Traditional microarray analyses involve a comparative approach, with two samples, a known control and an unknown sample, hybridized side-by-side and then contrasted for genetic differences. The samples are labeled with separate dyes and hybridized together, providing a differential expression pattern based on the reporter intensities. In contrast, the fiber-optic microarray platform described herein is analyzed with a microscope, thereby enabling the use of virtually any reporter, including quantum dots. The instrumentation takes advantage of the narrow emission bands characteristic of quantum dots to perform multiplexed detection of Bacillus anthracis. Advancing beyond the standard red/green microarray experiment, a panel of eight reporters were linked to eight B. anthracis samples and simultaneously analyzed in a microarray format. The ability to employ an assortment of reporters, along with the capacity to simultaneously hybridize eight samples confers an unprecedented flexibility to array-based analyses, providing a 4-fold increase in throughput over standard two-color assays.

PMID: 16615753 [PubMed - indexed for MEDLINE]
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.06.2007 15:48     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Семафор трёхцветен, но полосок в геле может быть несколько. Да и зацикливаться не трёх цветах не стоит. Сейчас Синтоловцы уже делают и синюю метку. Это если оценивать флуоресценцию "строго на глаз". Да и не в семафоре дело, а в дифференциации снипов umnik.gif .

Сообщение было отредактировано genseq - 08.06.2007 15:54
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.06.2007 15:57     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Guest @ 08.06.2007 13:38)
Ссылка на исходное сообщение  smile.gif  smile.gif  smile.gif
1: Methods Mol Biol. 2007;374:239-52.Click here to read Links
    Application of quantum dots to multicolor microarray experiments: four-color genotyping.
    Karlin-Neumann G, Sedova M, Falkowski M, Wang Z, Lin S, Jain M.

    Highly multiplexed genomics assays are challenged by the need for a sufficient signal-to-noise ratio for each marker scored on a microarray-detection platform. Typically, as the number of markers scored (or target complexity) increases, either more assay-target material must be applied to the array or the specific activity of each marker must be proportionately increased. However, hybridization of excessive amounts of target to the microarray can result in elevated nonspecific binding and consequent degradation of information. We have found that quantum dots provide a successful alternative to organic dyes for achieving highly multiplexed (>20,000-plex) and highly accurate, four-color genotyping and have the additional advantage of being excitable by a single wavelength of light despite their distinct emission wavelengths.

PMID: 17237543 [PubMed - in process]


Ну а комментировать кто будет confused.gif ? Пушкин? mad.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 08.06.2007 16:06     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(genseq @ 08.06.2007 15:48)
Ссылка на исходное сообщение  Семафор трёхцветен, но полосок в геле может быть несколько. Да и зацикливаться не трёх цветах не стоит. Сейчас Синтоловцы уже делают и синюю метку. Это если оценивать флуоресценцию "строго на глаз". Да и не в семафоре дело, а в дифференциации снипов umnik.gif .

я щас делаю такую штучку типа как в Тарту токма минисиквенс СНИпов на чипе
мултиплексный со стандартными Бигдай терминаторами и ОДНИМ
488 нм лазером с "гиперспекрал имаджинг" smile.gif а у естонцев 4 лазера надо smile.gif
http://www.asperbio.com/APEX.htm
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 08.06.2007 16:08     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(genseq @ 08.06.2007 15:57)
Ссылка на исходное сообщение  Ну а комментировать кто будет confused.gif ? Пушкин? mad.gif

Ты куратор - ты и работай smile.gif мне за енто денъги не платют - токма клизмы вставляют smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 08.06.2007 16:15     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Guest @ 08.06.2007 16:06)
Ссылка на исходное сообщение  я щас делаю такую штучку типа как в Тарту токма минисиквенс СНИпов на чипе
мултиплексный со стандартными Бигдай терминаторами и ОДНИМ
488 нм лазером с  "гиперспекрал имаджинг" smile.gif а у естонцев 4 лазера надо smile.gif
http://www.asperbio.com/APEX.htm

Appl Opt. 2006 Aug 20;45(24):6283-91.Click here to read Links
Hyperspectral confocal microscope.
Sinclair MB, Haaland DM, Timlin JA, Jones HD.

Department 1824, Sandia National Laboratories. Mail Stop 1411, Albuquerque, New Mexico 87185, USA. mbsincl@sandia.gov

We have developed a new, high performance, hyperspectral microscope for biological and other applications. For each voxel within a three-dimensional specimen, the microscope simultaneously records the emission spectrum from 500 nm to 800 nm, with better than 3 nm spectral resolution. The microscope features a fully confocal design to ensure high spatial resolution and high quality optical sectioning. Optical throughput and detection efficiency are maximized through the use of a custom prism spectrometer and a backside thinned electron multiplying charge coupled device (EMCCD) array. A custom readout mode and synchronization scheme enable 512-point spectra to be recorded at a rate of 8300 spectra per second. In addition, the EMCCD readout mode eliminates curvature and keystone artifacts that often plague spectral imaging systems. The architecture of the new microscope is described in detail, and hyperspectral images from several specimens are presented.

PMID: 16892134 [PubMed - indexed for MEDLINE]
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 08.06.2007 16:19     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

2 генсек - сейчас пока на двух лазерах АТГЦ читаем -
зато ридер лучше чем у американосов smile.gif
http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlere...bmedid=15888208
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 08.06.2007 16:22     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Guest @ 08.06.2007 16:06)
Ссылка на исходное сообщение  я щас делаю такую штучку типа как в Тарту токма минисиквенс СНИпов на чипе
мултиплексный со стандартными Бигдай терминаторами и ОДНИМ
488 нм лазером с  "гиперспекрал имаджинг" smile.gif а у естонцев 4 лазера надо smile.gif
хттп://щщщ.аспербио.цом/АПЕХ.хтм

конечная задача все 4 дидеоксы за ОДИН скан читать и "базе каллинг" делать smile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.06.2007 17:01     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Ну а я сейчас зациклился на параллельном лигазном секвенировании с красками типа BigDye. Несколько "блинов" было "комом", но к осени надеюсь сдвинуться с мёртвой точки. В качестве сканера пока ориентируюсь на конфокал TCP SP5 (Leuca), но в перспективе хотелось бы иметь специализированную машинку, способную "4 дидеоксы за ОДИН скан читать и "базе каллинг" делать".
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.06.2007 17:06     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Guest @ 08.06.2007 14:08)
Ссылка на исходное сообщение  Ты куратор - ты и работай smile.gif мне за енто денъги не платют - токма клизмы вставляют smile.gif


Клизмы делаю бесплатно wink.gif . Главное - чтобы польза была tongue.gif .
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 08.06.2007 17:10     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(genseq @ 08.06.2007 17:01)
Ссылка на исходное сообщение  Ну а я сейчас зациклился на параллельном лигазном секвенировании с красками типа БигДые. Несколько "блинов" было "комом", но к осени надеюсь сдвинуться с мёртвой точки. В качестве сканера пока ориентируюсь на конфокал ТЦП СП5 (Леуца), но в перспективе хотелось бы иметь специализированную машинку, способную "4 дидеоксы за ОДИН скан читать и "базе каллинг" делать".

сделай сам smile.gif найди народ кто спектралъным имаджингом заниматся -
а микроскоп -туфта как у американосов - надо ШИРОКОПОЛьНУЮ делатъ
как в гелъ документации - у меня лазерная линия 20 мм - и сканирует всю
ширину предметного стекла на котором можно 84 субаррея наспотить
на 84 пациента smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 08.06.2007 17:12     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Guest @ 08.06.2007 17:10)
Ссылка на исходное сообщение  сделай сам smile.gif найди народ кто спектралъным имаджингом заниматся -
а микроскоп -туфта как у американосов - надо ШИРОКОПОЛьНУЮ делатъ
как в гелъ документации - у меня лазерная линия 20 мм - и сканирует всю
ширину предметного стекла на котором можно 84 субаррея наспотить
на 84 пациента smile.gif

http://www.clinchem.org/cgi/reprint/52/2/202
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.06.2007 18:00     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Баловство это всё. Минисиквенсы, микроэрреи, SNP и т.п. Для разминки подойдёт, но целиться нужно сразу на секвенирование полных геномов, а на худой конец - на ресеквенирование транскриптомов. Ну а начинать - с зарабатывания денег на готовых гелях. В голове уже, кажется, всё устаканилось.

Стеклорез купил. После праздников приступаю к заливке гелей.
Участник оффлайн! Panaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.06.2007 09:32     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Немного офф, но все же...
Какая НТД нужна, чтобы продавать продукцию ДЛЯ НАУЧНЫХ ЦЕЛЕЙ? Меня больше не гели, а антитела и и антигены интересуют.
Пока у меня сложилось представление, что достаточно утвердить ТУ (вроде бы центры метроологии и стандартизации это делают), и на каждую серию - паспорт.
Есть иные мнения?
Участник оффлайн! Shadow
Постоянный участник
Минск



 прочитанное сообщение 09.06.2007 22:37     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(genseq @ 08.06.2007 16:00)
Ссылка на исходное сообщение  Стеклорез купил. После праздников приступаю к заливке гелей.

Практический совет: купите еще вольфрамовый шнур - он натягивается вместо полотна на ножовку - с помощью него отлично пропиливаются "уши" wink.gif

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 11.06.2007 08:36     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(genseq @ 08.06.2007 18:00)
Ссылка на исходное сообщение  Баловство это всё. Минисиквенсы, микроэрреи, СНП и т.п. Для разминки подойдёт, но целиться нужно сразу на секвенирование полных геномов, а на худой конец - на ресеквенирование транскриптомов. Ну а начинать - с зарабатывания денег на готовых гелях. В голове уже, кажется, всё устаканилось.

Стеклорез купил. После праздников приступаю к заливке гелей.

smile.gif сегодня обнаружил готовый агарозный гель с этидием внутри
срок хранения которого истек в марте прошлого года а он всю дорогу
валялся в тумбочке при комнатной температуре smile.gif сегодня проверю smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 11.06.2007 08:45     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Guest @ 11.06.2007 08:36)
Ссылка на исходное сообщение  smile.gif сегодня обнаружил готовый агарозный гель с этидием внутри
срок хранения которого истек в марте прошлого года а он всю дорогу
валялся в тумбочке при комнатной температуре smile.gif сегодня проверю smile.gif

9.5х6 см 20 лунок 4% NuSieve 3:1 Plus agarose Reliant gel system
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 11.06.2007 10:22     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Guest @ 11.06.2007 08:36)
Ссылка на исходное сообщение  smile.gif сегодня обнаружил готовый агарозный гель с этидием внутри
срок хранения которого истек в марте прошлого года а он всю дорогу
валялся в тумбочке при комнатной температуре smile.gif сегодня проверю smile.gif

теперь они кажется начили лить агарозу под голубые трансиллуминаторы
с ГелСтаром - закажу на пробу smile.gif
http://www.lonzabioscience.com/Lonza_CatNa...prodoid=Reliant
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 11.06.2007 10:49     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(genseq @ 08.06.2007 18:00)
Ссылка на исходное сообщение  Баловство это всё. Минисиквенсы, микроэрреи, СНП и т.п. Для разминки подойдёт, но целиться нужно сразу на секвенирование полных геномов, а на худой конец - на ресеквенирование транскриптомов. Ну а начинать - с зарабатывания денег на готовых гелях. В голове уже, кажется, всё устаканилось.

Стеклорез купил. После праздников приступаю к заливке гелей.

Купи "454" и целится "на полные геномы" не надо будет .

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 19.03.24 12:30
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft