Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* амплификаторы -- help needed --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 11.05.2007 13:49     Сообщение для модератора       

(Ъ @ 11.05.2007 13:40)
Ссылка на исходное сообщение  Кажется я "нитку потерял". Для чего чтобы они (АС-праймеры) целовали эту несчастную одну букву своими 3 штрих хвостами цонфусед:

confused.gif confused.gif опять за старое smile.gif Оба праймера - прямой и ОБРАТНЫЙ -
аллеле специфик smile.gif
Ъ
IP-штамп: frh5mdI9nB8Yg
гость



 прочитанное сообщение 11.05.2007 14:11     Сообщение для модератора       

(Guest @ 11.05.2007 13:49)
Ссылка на исходное сообщение  confused.gif  confused.gif опять за старое smile.gif  Оба праймера - прямой и ОБРАТНЫЙ -
аллеле специфик smile.gif

В тетрапраймерах они так и "целуются" без просвета. А "сношаются" с другими двумя отдаленными confused.gif А между собой АС ни-ни confused.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 11.05.2007 14:15     Сообщение для модератора       

(Ъ @ 11.05.2007 14:11)
Ссылка на исходное сообщение  В тетрапраймерах они так и "целуются" без просвета. А "сношаются" с другими двумя отдаленными confused.gif А между собой АС ни-ни confused.gif

ну дык я и не даю -ДРУГИЕ ОТДАЛЕННЫЕ smile.gif Так че хош -не хош -
а цыловатся придется smile.gif
Ъ
IP-штамп: frh5mdI9nB8Yg
гость



 прочитанное сообщение 11.05.2007 14:38     Сообщение для модератора       

(Guest @ 11.05.2007 14:15)
Ссылка на исходное сообщение  ну дык я и не даю -ДРУГИЕ ОТДАЛЕННЫЕ smile.gif Так че хош -не хош -
а цыловатся придется smile.gif

А что в итоге?
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 11.05.2007 14:41     Сообщение для модератора       

(Ъ @ 11.05.2007 14:38)
Ссылка на исходное сообщение  А что в итоге?

ты мне надоел smile.gif

прочитанное сообщение вчера, 09:56 Сообщение для модератора
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей URL #95 множественное цитирование
(Yuri K @ 09.05.2007 20:04)
Ссылка на исходное сообщение Да папа он, папа, успокойся. Только статья была О ДРУГОМ. Если ты не видишь разницы между АС-ПЦР в 2х пробирках, по одному АС-праймеру в каждой, и в одной пробирке, где есть оба АС праймера сразу, тебе нужно еще очень серьезно повышать свое образование, друг мой.

Юр - попробуй сделатъ Двойной АС-ПЦР smile.gif и прямой и обратный праймер
перекрывают буковку на 3 конце и дают 40 бп пцр фрагмент -
а другие - подлиннее праймеры - и дают 46 бп фрагмент smile.gif
Я это делал smile.gif а ты - не знаю smile.gif
Ъ
IP-штамп: frh5mdI9nB8Yg
гость



 прочитанное сообщение 11.05.2007 14:48     Сообщение для модератора       

(Guest @ 11.05.2007 14:41)
Ссылка на исходное сообщение  ты мне надоел smile.gif

прочитанное сообщение вчера, 09:56    Сообщение для модератора     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #95 множественное цитирование
(Yuri K @ 09.05.2007 20:04)
Ссылка на исходное сообщение  Да папа он, папа, успокойся. Только статья была О ДРУГОМ. Если ты не видишь разницы между АС-ПЦР в 2х пробирках, по одному АС-праймеру в каждой, и в одной пробирке, где есть оба АС праймера сразу, тебе нужно еще очень серьезно повышать свое образование, друг мой.

Юр - попробуй сделатъ Двойной АС-ПЦР smile.gif и прямой и обратный праймер
перекрывают буковку на 3 конце и дают 40 бп пцр фрагмент -
а другие - подлиннее праймеры - и дают 46 бп фрагмент smile.gif
Я это делал smile.gif а ты - не знаю smile.gif

А другие, подлиннее, тоже перекрывают одну буковку confused.gif Это уже не "целуются" получается.... smile.gif Объяснить не можешь по-человечески frown.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 11.05.2007 15:02     Сообщение для модератора       

(Ъ @ 11.05.2007 14:48)
Ссылка на исходное сообщение  А другие, подлиннее, тоже перекрывают одну буковку confused.gif Это уже не "целуются" получается.... smile.gif Объяснить не можешь по-человечески frown.gif

другие - на другой аллель smile.gif а на хвост им быквы -чтоб на ГЕЛЕ различить smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 11.05.2007 15:04     Сообщение для модератора       

(Guest @ 11.05.2007 15:02)
Ссылка на исходное сообщение  другие - на другой аллель smile.gif  а на хвост  им быквы -чтоб на ГЕЛЕ различить smile.gif

1: Biotechniques. 2005 Dec;39(6):885-93. Links
High-throughput SNP genotyping by single-tube PCR with Tm-shift primers.

* Wang J,
* Chuang K,
* Ahluwalia M,
* Patel S,
* Umblas N,
* Mirel D,
* Higuchi R,
* Germer S.

Human Genetics Department, Roche Molecular Systems, Alameda, CA 94501, USA. jun.wang@roche.com

Despite many recent advances in high-throughput single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping technologies, there is still a great need for inexpensive and flexible methods with a reasonable throughput. Here we report substantial modifications and improvements to an existing homogenous allele-specific PCR-based SNP genotyping method, making it an attractive new option for researchers engaging in candidate gene studies or following up on genome-wide scans. In this advanced version of the melting temperature ™-shift SNP genotyping method, we attach two GC-rich tails of different lengths to allele-specific PCR primers, such that SNP alleles in genomic DNA samples can be discriminated by the Tms of the PCR products. We have validated 306 SNP assays using this method and achieved a success rate in assay development of greater than 83% under uniform PCR conditions. We have developed a standalone software application to automatically assign genotypes directly from melting curve data. To demonstrate the accuracy of this method, we typed 592 individuals for 6 SNPs and showed a high call rate (>98%) and high accuracy (>99.9%). With this method, 6-10,000 samples can be genotyped per day using a single 384-well real-time thermal cycler with 2-4 standard 384-well PCR instruments.

PMID: 16382908 [PubMed - indexed for MEDLINE]
Ъ
IP-штамп: frh5mdI9nB8Yg
гость



 прочитанное сообщение 11.05.2007 15:10     Сообщение для модератора       

(Guest @ 11.05.2007 15:02)
Ссылка на исходное сообщение  другие - на другой аллель smile.gif  а на хвост  им быквы -чтоб на ГЕЛЕ различить smile.gif

Теперь усе ясненько - попадались мне такие схемки, когда стоял вопрос - быть или не быть ТетраПраймеру. Так, о чем это мы? confused.gif
Отпуск окончательно испорчен - натели дожди, дожди weep.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 11.05.2007 15:15     Сообщение для модератора       

(Ъ @ 11.05.2007 15:10)
Ссылка на исходное сообщение  Теперь усе ясненько - попадались мне такие схемки, когда стоял вопрос - быть или не быть ТетраПраймеру. Так, о чем это мы?  confused.gif
Отпуск окончательно испорчен - натели дожди, дожди weep.gif

confused.gif confused.gif рано радуешся smile.gif у меня такие трюки проходили тока
на быстром циклере smile.gif
Ъ
IP-штамп: frh5mdI9nB8Yg
гость



 прочитанное сообщение 11.05.2007 19:02     Сообщение для модератора       

(Guest @ 11.05.2007 15:04)
Ссылка на исходное сообщение  1: Biotechniques. 2005 Dec;39(6):885-93. Links
    High-throughput SNP genotyping by single-tube PCR with Tm-shift primers.

        * Wang J,
        * Chuang K,
        * Ahluwalia M,
        * Patel S,
        * Umblas N,
        * Mirel D,
        * Higuchi R,
        * Germer S.

    Human Genetics Department, Roche Molecular Systems, Alameda, CA 94501, USA. jun.wang@roche.com

    Despite many recent advances in high-throughput single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping technologies, there is still a great need for inexpensive and flexible methods with a reasonable throughput. Here we report substantial modifications and improvements to an existing homogenous allele-specific PCR-based SNP genotyping method, making it an attractive new option for researchers engaging in candidate gene studies or following up on genome-wide scans. In this advanced version of the melting temperature ™-shift SNP genotyping method, we attach two GC-rich tails of different lengths to allele-specific PCR primers, such that SNP alleles in genomic DNA samples can be discriminated by the Tms of the PCR products. We have validated 306 SNP assays using this method and achieved a success rate in assay development of greater than 83% under uniform PCR conditions. We have developed a standalone software application to automatically assign genotypes directly from melting curve data. To demonstrate the accuracy of this method, we typed 592 individuals for 6 SNPs and showed a high call rate (>98%) and high accuracy (>99.9%). With this method, 6-10,000 samples can be genotyped per day using a single 384-well real-time thermal cycler with 2-4 standard 384-well PCR instruments.

    PMID: 16382908 [PubMed - indexed for MEDLINE]

Я задумался над этим umnik.gif Интересно! Это означает, что я это должен попробовать smile.gif Но конечно, не для дискриминации в геле. А сколько буковок ты добавлял 5-головке?
Yuri K
IP-штамп: fr5KDn9rv8TOA
гость



 прочитанное сообщение 12.05.2007 01:47     Сообщение для модератора       

(Ъ @ 11.05.2007 19:02)
Ссылка на исходное сообщение  Я задумался над этим umnik.gif Интересно! Это означает, что я это должен попробовать smile.gif Но конечно, не для дискриминации в геле. А сколько буковок ты добавлял 5-головке?

С плавлением не может быть хай срупут, по определению.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.05.2007 13:20     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Мне, кажется, удалось преодолеь проблему плохой дискриминации SNP. Теперь проблема в том, что один комплект таких универсальных прамеров, пригодных и для обычной ПЦР, и для Real-time, стоит около 300$ (минимальный синтез, на 1000 проб). Не слишком дорого, но при моей зарплате пока неподъёмно. Что касается описанного выше варианта Tm-shift, то в этом варианте дискриминация SNP улучшена, но не кардинальным образом.
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.05.2007 12:00     Сообщение для модератора         Личное письмо

(genseq @ 12.05.2007 14:20)
Ссылка на исходное сообщение  Мне, кажется, удалось преодолеь проблему плохой дискриминации СНП. Теперь проблема в том, что один комплект таких универсальных прамеров, пригодных и для обычной ПЦР, и для Реал-тиме, стоит около 300$ (минимальный синтез, на 1000 проб). Не слишком дорого, но при моей зарплате пока неподъёмно. Что касается описанного выше варианта Тм-шифт, то в этом варианте дискриминация СНП улучшена, но не кардинальным образом.

На медленных циклерах тяжело улучшить frown.gif
Нужно НЕ ДАВАТь полимеразе времени Протянуть мисматч -
а из кинетики связывания и протязки при ТИПИЧНЫХ концентрациях праймеров и
ПОЛИМЕРАЗЫ frown.gif Нужно оченъ быстро менять температуру смеси frown.gif
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.05.2007 12:05     Сообщение для модератора         Личное письмо

(genseq @ 12.05.2007 14:20)
Ссылка на исходное сообщение  Мне, кажется, удалось преодолеь проблему плохой дискриминации SNP. Теперь проблема в том, что один комплект таких универсальных прамеров, пригодных и для обычной ПЦР, и для Real-time, стоит около 300$ (минимальный синтез, на 1000 проб). Не слишком дорого, но при моей зарплате пока неподъёмно. Что касается описанного выше варианта Tm-shift, то в этом варианте дискриминация SNP улучшена, но не кардинальным образом.

http://www.clinchem.org/cgi/reprint/39/5/804
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.05.2007 12:07     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Это всё верно, но есть ещё одна, причём более важная, причина плохой дискриминации SNP. Если Вы её устраните, то и температуру быстро менять не понадобится tongue.gif .

Сообщение было отредактировано genseq - 13.05.2007 12:09
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.05.2007 12:30     Сообщение для модератора         Личное письмо

(genseq @ 13.05.2007 13:07)
Ссылка на исходное сообщение  Это всё верно, но есть ещё одна, причём более важная, причина плохой дискриминации СНП. Если Вы её устраните, то и температуру быстро менять не понадобится tongue.gif .

confused.gif confused.gif не люблю НАМЕКИ на ЧУДО -РЕШЕНИЕ smile.gif
Выкладуй и не темни smile.gif
Ъ
IP-штамп: frWBxqPTDNeUI
гость



 прочитанное сообщение 13.05.2007 12:35     Сообщение для модератора       

(genseq @ 13.05.2007 12:07)
Ссылка на исходное сообщение  Это всё верно, но есть ещё одна, причём более важная, причина плохой дискриминации SNP. Если Вы её устраните, то и температуру быстро менять не понадобится tongue.gif .

Генсек, действительно, не томи. Привет всем smile.gif
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.05.2007 12:37     Сообщение для модератора         Личное письмо

(Ъ @ 13.05.2007 13:35)
Ссылка на исходное сообщение  Генсек, действительно, не томи. Привет всем smile.gif

Привет сачкам и тунеядцам smile.gif
Ъ
IP-штамп: frWBxqPTDNeUI
гость



 прочитанное сообщение 13.05.2007 12:39     Сообщение для модератора       

(Guest1 @ 13.05.2007 12:37)
Ссылка на исходное сообщение  Привет сачкам и тунеядцам smile.gif

И ударникам капиталистического труда tongue.gif По выходным работать - no.gif грех
Я дома, но продолжаю отдыхать smile.gif
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.05.2007 12:42     Сообщение для модератора         Личное письмо

(Ъ @ 13.05.2007 13:39)
Ссылка на исходное сообщение  И ударникам капиталистического труда tongue.gif По выходным работать -  no.gif грех
Я дома, но продолжаю отдыхать smile.gif

Тем более сегодя "муттертаг" smile.gif Я матери позвонил - а жена обойдется smile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.05.2007 13:02     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Ъ @ 13.05.2007 10:35)
Ссылка на исходное сообщение  Генсек, действительно, не томи. Привет всем smile.gif


На то, чтобы понять причину плохой дискриминации SNP и изобрести способ борьбы с этой проблемой у меня ушло боле года и немало спонсорских денег (своих-то нет). Старых спонсоров напрягать стало уже неудобно, тем более, что они ненамного богаче. Ну а просто выкладывать информацию уже не могу, поскольку расходовал не свои деньги. Если у кого-либо появится желание вложиться в эту разработку, то можно будет обсудить детали.

Кстати, недавно кто-то не захотел делиться вполне тривиальным рецептом приготовления магносорбента shuffle.gif .
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.05.2007 13:07     Сообщение для модератора         Личное письмо

(genseq @ 13.05.2007 14:02)
Ссылка на исходное сообщение  На то, чтобы понять причину плохой дискриминации СНП и изобрести способ борьбы с этой проблемой у меня ушло боле года и немало спонсорских денег (своих-то нет). Старых спонсоров напрягать стало уже неудобно, тем более, что они ненамного богаче. Ну а просто выкладывать информацию уже не могу, поскольку расходовал не свои деньги. Если у кого-либо появится желание вложиться в эту разработку, то можно будет обсудить детали.

Кстати, недавно кто-то не захотел делиться вполне тривиальным рецептом приготовления магносорбента shuffle.gif .

lol.gif lol.gif это не я lol.gif lol.gif это твердый знак жмотился smile.gif
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.05.2007 13:22     Сообщение для модератора         Личное письмо

(genseq @ 13.05.2007 14:02)
Ссылка на исходное сообщение  На то, чтобы понять причину плохой дискриминации СНП и изобрести способ борьбы с этой проблемой у меня ушло боле года и немало спонсорских денег (своих-то нет). Старых спонсоров напрягать стало уже неудобно, тем более, что они ненамного богаче. Ну а просто выкладывать информацию уже не могу, поскольку расходовал не свои деньги. Если у кого-либо появится желание вложиться в эту разработку, то можно будет обсудить детали.

Кстати, недавно кто-то не захотел делиться вполне тривиальным рецептом приготовления магносорбента shuffle.gif .

если в смесь к сиквеназе добавить протеиназу -то минисиквенс на чипах
лучше будет smile.gif Протеиназа скушает сиквеназу до того как она мисматчи
потянет smile.gif
http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlere...bmedid=12136118
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.05.2007 13:27     Сообщение для модератора         Личное письмо

(genseq @ 13.05.2007 14:02)
Ссылка на исходное сообщение  На то, чтобы понять причину плохой дискриминации SNP и изобрести способ борьбы с этой проблемой у меня ушло боле года и немало спонсорских денег (своих-то нет). Старых спонсоров напрягать стало уже неудобно, тем более, что они ненамного богаче. Ну а просто выкладывать информацию уже не могу, поскольку расходовал не свои деньги. Если у кого-либо появится желание вложиться в эту разработку, то можно будет обсудить детали.

Кстати, недавно кто-то не захотел делиться вполне тривиальным рецептом приготовления магносорбента shuffle.gif .

1: Biotechniques. 2006 Mar;40(3):331-8. Links
Deoxynucleotides can replace dideoxynucleotides in minisequencing by arrayed primer extension.

* Tebbutt SJ,
* Mercer GD,
* Do R,
* Tripp BW,
* Wong AW,
* Ruan J.

James Hogg iCAPTURE Centre for Cardiovascular and Pulmonary Research, St Paul's Hospital, University of British Columbia, Vancouver, Canada. stebbutt@mrl.ubc.ca

Scientific literature describing arrayed primer extension and other array-based minisequencing technologies consistently cite the requirement for four fluorescent dideoxynucleotides (with concomitant absence/inactivation of deoxynucleotides) to ensure single-base extension and thus sequence-specific intensity data that can be interpreted as a base call or genotype. We present compelling evidence that fluorescent deoxynucleotides can reliably be used in microarray minisequencing experiments, generating fluorescent sequence extension intensity profiles that are homologous to the single-base extensions obtained with terminator dideoxynucleotides. Due to the almost 10-fold higher costs (and limited fluorophore choice) of many commercially available fluorescent dideoxynucleotides, compared to fluorescent deoxynucleotides, as well as other potentially constraining intellectual property and licensing issues, this hitherto dismissed microarray chemistry represents an important reevaluation in the field of array-based genotyping and related enzymology.

PMID: 16568822 [PubMed - indexed for MEDLINE]
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.05.2007 13:34     Сообщение для модератора         Личное письмо

(genseq @ 13.05.2007 14:02)
Ссылка на исходное сообщение  На то, чтобы понять причину плохой дискриминации SNP и изобрести способ борьбы с этой проблемой у меня ушло боле года и немало спонсорских денег (своих-то нет). Старых спонсоров напрягать стало уже неудобно, тем более, что они ненамного богаче. Ну а просто выкладывать информацию уже не могу, поскольку расходовал не свои деньги. Если у кого-либо появится желание вложиться в эту разработку, то можно будет обсудить детали.

Кстати, недавно кто-то не захотел делиться вполне тривиальным рецептом приготовления магносорбента shuffle.gif .

http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlere...bmedid=12140337
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.05.2007 13:34     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Не угадал tongue.gif .
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.05.2007 13:35     Сообщение для модератора         Личное письмо

(Guest1 @ 13.05.2007 14:22)
Ссылка на исходное сообщение  если в смесь к сиквеназе добавить протеиназу -то минисиквенс на чипах
лучше будет smile.gif Протеиназа скушает сиквеназу  до того как она мисматчи
потянет smile.gif
http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlere...bmedid=12136118

http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlere...bmedid=15767273
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.05.2007 13:38     Сообщение для модератора         Личное письмо

(genseq @ 13.05.2007 14:34)
Ссылка на исходное сообщение  Не угадал tongue.gif .

smile.gif ну и ладно - темнила smile.gif вы я смотрю с твердым знаком - два сапога -пара smile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.05.2007 13:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Опять мимо. Не стоит напрягаться. Причина простая, но она в известной мне литературе пока не обсуждалась.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.05.2007 13:41     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Guest1 @ 13.05.2007 11:38)
Ссылка на исходное сообщение  smile.gif ну и ладно - темнила smile.gif вы я смотрю с твердым знаком - два сапога -пара smile.gif


А вот теперь ты, похоже, угадал. Только он помоложе.
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.05.2007 13:43     Сообщение для модератора         Личное письмо

(genseq @ 13.05.2007 14:41)
Ссылка на исходное сообщение  А вот теперь ты, похоже, угадал. Только он помоложе.

confused.gif confused.gif Менее истоптан что-ли smile.gif
а смесъ протеазы с сиквеназой вроде не так уж и плоха smile.gif
http://www.biomedcentral.com/1471-2164/7/291
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.05.2007 13:50     Сообщение для модератора         Личное письмо

(Guest1 @ 13.05.2007 14:43)
Ссылка на исходное сообщение  confused.gif  confused.gif Менее истоптан что-ли smile.gif
а смесъ протеазы с сиквеназой вроде не так уж и плоха smile.gif
хттп://щщщ.биомедцентрал.цом/1471-2164/7/291

На неделе надо будет проспотить чип и проверить
сиквеназу +протеазу + обычные дНТП меченные smile.gif
Может мужики не врут что дидезокси не надо для минисиквенса на чипах smile.gif
Ъ
IP-штамп: frWBxqPTDNeUI
гость



 прочитанное сообщение 13.05.2007 20:38     Сообщение для модератора       

(Guest1 @ 13.05.2007 12:42)
Ссылка на исходное сообщение  Тем более сегодя "муттертаг"  smile.gif Я матери позвонил - а жена обойдется smile.gif

Но ты суровый мужик - жена ведь тоже человек smile.gif
Ъ
IP-штамп: frWBxqPTDNeUI
гость



 прочитанное сообщение 13.05.2007 21:00     Сообщение для модератора       

(Yuri K @ 12.05.2007 01:47)
Ссылка на исходное сообщение  С плавлением не может быть хай срупут, по определению.

Честно признаться, melting temperature ™-shift SNP меня не привлекает. В любом случае, центральным звеном метода является безупречно оптимизированная аллельспецифическая реакция.
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 14.05.2007 07:11     Сообщение для модератора       

(Ъ @ 13.05.2007 21:00)
Ссылка на исходное сообщение  Честно признаться, мелтинг температуре ™-шифт СНП меня не привлекает. В любом случае, центральным звеном метода является безупречно оптимизированная аллельспецифическая реакция.

confused.gif опять за старое smile.gif я тебе уроде прямо сказал - без твоих
дурацких "секретов" - на обычном циклере - И НЕ ДУМАЙ даже smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 14.05.2007 07:39     Сообщение для модератора       

(Ъ @ 13.05.2007 21:00)
Ссылка на исходное сообщение  Честно признаться, мелтинг температуре ™-шифт СНП меня не привлекает. В любом случае, центральным звеном метода является безупречно оптимизированная аллельспецифическая реакция.

Что - решил на TaqManMGB перейти smile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.05.2007 08:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Ъ @ 13.05.2007 19:00)
Ссылка на исходное сообщение  В любом случае, центральным звеном метода является безупречно оптимизированная аллельспецифическая реакция.


Вот именно. В общем виде решение я нашёл, причём теория была подтверждена экспериментально. А вот на "безупречную оптимизацию" потребуется ещё не менее одной пары довольно хитрых праймеров rolleyes.gif .
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 14.05.2007 08:26     Сообщение для модератора       

(genseq @ 14.05.2007 08:18)
Ссылка на исходное сообщение  Вот именно. В общем виде решение я нашёл, причём теория была подтверждена экспериментально. А вот на "безупречную оптимизацию" потребуется ещё не менее одной пары довольно хитрых праймеров rolleyes.gif .

Наладь синтез TaqManMGB и не мороч себе ...... голову smile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.05.2007 10:27     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Не нравятся мне эти TaqManы. Да и MGB что-то не привлекают. Всё должно быть просто, надёжно и универсально. Т.е. праймеры будут работать и в обычной, и в Real-time ПЦР. Кстати, горячий старт в духе Кабоева я в них тоже включил, причём в более эффективном варианте.
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 14.05.2007 10:34     Сообщение для модератора       

(genseq @ 14.05.2007 10:27)
Ссылка на исходное сообщение  Не нравятся мне эти ТаяМаны. Да и МГБ что-то не привлекают. Всё должно быть просто, надёжно и универсально. Т.е. праймеры будут работать и в обычной, и в Реал-тиме ПЦР. Кстати, горячий старт в духе Кабоева я в них тоже включил, причём в более эффективном варианте.

confused.gif confused.gif
тока сам хлестался , что аллеле-специфик ЛЮБАЯ ! Это НЕ НАДЕЖНО !!!!!!!!!!
Теперь ему ТакМанМГБ не НРАВЮТСЯ - хотя НАДЕЖНО confused.gif confused.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 14.05.2007 10:39     Сообщение для модератора       

(genseq @ 14.05.2007 10:27)
Ссылка на исходное сообщение  Не нравятся мне эти ТаяМаны. Да и МГБ что-то не привлекают. Всё должно быть просто, надёжно и универсально. Т.е. праймеры будут работать и в обычной, и в Реал-тиме ПЦР. Кстати, горячий старт в духе Кабоева я в них тоже включил, причём в более эффективном варианте.

А Спидциклер со Спидскан делают Лейден с TakManMGB smile.gif
http://www.analytik-jena.de/frontend/index..._id=387&&KAT=52
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.05.2007 11:51     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Guest @ 14.05.2007 08:34)
Ссылка на исходное сообщение  confused.gif  confused.gif
Это НЕ НАДЕЖНО !!!!!!!!!!
Теперь ему ТакМанМГБ не НРАВЮТСЯ - хотя НАДЕЖНО  confused.gif  confused.gif


Хотите верьте, хотите - нет,
но с надёжностью у меня проблем уже нет wink.gif .

Что касается ТакМанМГБ, то я, наверное, просто что-то не понима. Это, если не ошибаюсь, изначальный вариант Real-time с экзонуклеазным расщеплением короткого зонда. Чем короче зонд, тем он специфичнее дискриминирует SNP, поэтому в него добавляют МГБ (main groove binder ) - фиговинку, усиливающую гибридизацию зонда. Такие же фокусы возможны при помощи LNA, метилированного цитозина, аминоаденозина, 2-О-метилрибозидов и многих других модификаций, усиливающих гибридизацию комплементарных оснований.

МГБ, LNA и многие другие фокусы придумали наши забугорные соотечественники. За бугром ими и торгуют beer.gif . Правда, LNA уже делают и в Синтоле, но при ограниченном бюджете желательно обходиться без подобных наворотов.

Я прав, или просто плохо разбираюсь в подобных вопросах shuffle.gif ?
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 14.05.2007 13:38     Сообщение для модератора       

(genseq @ 14.05.2007 11:51)
Ссылка на исходное сообщение  Хотите верьте, хотите  - нет,
но с надёжностью у меня проблем уже нет wink.gif .

Что касается ТакМанМГБ, то я, наверное, просто что-то не понима. Это, если не ошибаюсь, изначальный вариант Реал-тиме с экзонуклеазным расщеплением короткого зонда. Чем короче зонд, тем он специфичнее дискриминирует СНП, поэтому в него добавляют МГБ (маин гроове биндер ) - фиговинку, усиливающую гибридизацию зонда. Такие же фокусы возможны при помощи ЛНА, метилированного цитозина, аминоаденозина, 2-О-метилрибозидов и многих других модификаций, усиливающих гибридизацию комплементарных оснований.

МГБ, ЛНА и многие другие фокусы придумали наши забугорные соотечественники. За бугром ими и торгуют beer.gif . Правда, ЛНА уже делают и в Синтоле, но при ограниченном бюджете желательно обходиться без подобных наворотов.

Я прав, или просто плохо разбираюсь в подобных вопросах shuffle.gif ?

smile.gif прекрасно усе понимаеш smile.gif что ТакМанМГБ это НЕ аллеле специфик геморройsmile.gif
Yuri K
IP-штамп: fr5KDn9rv8TOA
гость



 прочитанное сообщение 14.05.2007 20:04     Сообщение для модератора       

(genseq @ 14.05.2007 11:51)
Ссылка на исходное сообщение  Хотите верьте, хотите  - нет,
но с надёжностью у меня проблем уже нет wink.gif .

Что касается ТакМанМГБ, то я, наверное, просто что-то не понима. Это, если не ошибаюсь, изначальный вариант Real-time с экзонуклеазным расщеплением короткого зонда. Чем короче зонд, тем он специфичнее дискриминирует SNP, поэтому в него добавляют МГБ (main groove binder ) - фиговинку, усиливающую гибридизацию зонда. Такие же фокусы возможны при помощи LNA, метилированного цитозина, аминоаденозина, 2-О-метилрибозидов и многих других модификаций, усиливающих гибридизацию комплементарных оснований.

МГБ, LNA и многие другие фокусы придумали наши забугорные соотечественники. За бугром ими и торгуют beer.gif . Правда, LNA уже делают и в Синтоле, но при ограниченном бюджете желательно обходиться без подобных наворотов.

Я прав, или просто плохо разбираюсь в подобных вопросах shuffle.gif ?


Нет, это все не так. Изначальный вариант такМана, это обычная проба с ФАМ на 5-конце и ТАМРА на 3-конце, которая жрется полимеразой с 5-конца. Т к такой такМан хреново работал на АТ-богатых последовательностях, добавили МГБ. Это позволило укоротить пробу и решило в принципе проблему АТ-богатых последовательностей. Применение МГБ-ТаМана для СНИПов вроде тоже способствует, но в 1ю очередь не дискриминации, а опять же АТ-богатым.

МГБ, это действительно идея Игоря Кутявина. Про ЛНА я не уверен, что это кто-то из наших.
Участник оффлайн! jalex
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.05.2007 22:00     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

LNA - Кошкин А.А. и коллеги, Новосибирск 1998. Сейчас уже не Новосибирск frown.gif
Ъ
IP-штамп: frWBxqPTDNeUI
гость



 прочитанное сообщение 14.05.2007 23:31     Сообщение для модератора       

(Guest @ 11.05.2007 15:15)
Ссылка на исходное сообщение  confused.gif  confused.gif рано радуешся smile.gif у меня такие трюки проходили тока
на быстром циклере smile.gif

А какие такие трюки? С такой системой (две пары аллельспецифических праймеров в одной пробирке) мне кажется подойдет очень простая программа на быстром циклере 95 град. - 0 сек и на Темп. отж. - 0 сек. 30-40 циклов? confused.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 15.05.2007 06:45     Сообщение для модератора       

(Ъ @ 14.05.2007 23:31)
Ссылка на исходное сообщение  А какие такие трюки? С такой системой (две пары аллельспецифических праймеров в одной пробирке) мне кажется подойдет очень простая программа на быстром циклере 95 град. - 0 сек и на Темп. отж. - 0 сек. 30-40 циклов? confused.gif

smile.gif жулик ты однако beer.gif я ему говорю что у меня (Кабошы ) такой трюк
шел тока на "быстрых" smile.gif А он мне усе "ВЗАД" постит smile.gif Привет smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 15.05.2007 06:54     Сообщение для модератора       

(Ъ @ 14.05.2007 23:31)
Ссылка на исходное сообщение  А какие такие трюки? С такой системой (две пары аллельспецифических праймеров в одной пробирке) мне кажется подойдет очень простая программа на быстром циклере 95 град. - 0 сек и на Темп. отж. - 0 сек. 30-40 циклов? confused.gif

А ваще -ты ДВАЖДЫ жулик smile.gif Потому что пермым , кто это показал - был Карл
в своих запаяных стеклянных капиллярах smile.gif Но у него это никуда далъше
не пошло -потому как народ не хотел с капиллярами геморроится и газовой
горелкой концы капов запаивать для "быстрых аллеле специфик " PCR.
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 15.05.2007 12:00     Сообщение для модератора       

(Guest @ 15.05.2007 06:45)
Ссылка на исходное сообщение  smile.gif жулик ты однако  beer.gif я ему говорю что у меня (Кабошы ) такой трюк
шел тока на "быстрых" smile.gif А он мне усе "ВЗАД" постит smile.gif Привет smile.gif

А я-то подумал, что у вас (с Кабошей) были проблемы даже на быстрых циклерах. Тогда, конечно, получается я есть жулик и даже дважды smile.gif Текучка заедает, зараза, а так хотелось поболтать на эту тему. frown.gif

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 19.03.24 08:08
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft