|
| * | |
|
Molbiol.ru | БИОХИМИЯ | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Туризм | Работы и услуги | Биржа труда | ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · ILLUMINA SEQUENCING · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ · ИЗДАТЕЛЬСТВО КМК Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
* Учебник по ПЦР «в реальном времени»
![]() ![]() ![]() |
dr |
![]() В конце декабря 2008 в издательстве БИНОМ выходит первый отечественный учебник по ПЦР «в реальном времени». Книга написана сотрудниками научного подразделения ЗАО «НПФ ДНК-Технология» (ведущего разработчика оборудования и реагентов для ПЦР «в реальном времени»). Учебник освещает особенности метода и дает читателю точную, написанную доступным языком картину процессов, идущих в реакционной пробирке. В первую очередь, книга нацелена на сотрудников научно-исследовательских лабораторий и студентов, стремящихся разобраться в фундаментальных принципах и особенностях ПЦР «в реальном времени». Вместе с тем, каждая глава содержит много конкретных практических рекомендаций. Оглавление учебника в приложенном файле. Тираж всего 1000 экз, поэтому желающие наверняка получить экземпляр могут направить заявку на realtimepcr@mail.ru.
19.12.2008 15:01 |
|
Ъ IP-штамп: frNwv0U1khjS. гость |
. Не иметь что-то подобное и продавать прибор было бы странно. Поэтому я говорю - Да Но не имея собственных разработок, защищенных патентами и прочим, я бы не посмел... Короче, ждем-с. |
|
Guest IP-штамп: fr1nbL4xJci.A гость |
|
WytaliiУчастник |
Ошибка Недопустимый адрес Адрес realtimepcr@mail.ru. не существует или заблокирован. Письмо не было послано. Исправьте ошибку и отправьте письмо еще раз. Так что искать книгу придется только в магазинах или в самой редакции. |
|
Guest IP-штамп: frnmiS7jQrHuM гость |
она же в издательстве стоит 165р |
dr |
Про цену книги у нас: Коллеги, конечно, надо брать по 165 в издательстве. Разве что кому до Каширской на 135 руб ближе ехать, чем до Аваимоторной. А так - смысла нет преплачивать. Денис Сообщение было отредактировано dr - 21.12.2008 12:48 |
|
Ъ IP-штамп: frNwv0U1khjS. гость |
(dr @ 21.12.2008 11:42) В плане дискуссии к "Ъ IP-штамп: frNwv0U1khjS": "...не имея собственных разработок, защищенных патентами и прочим, я бы не посмел ..." - вот и не смейте Про цену книги у нас: Коллеги, конечно, надо брать по 165 в издательстве. Разве что кому до Каширской на 135 руб ближе ехать, чем до Аваимоторной. А так - смысла нет преплачивать. Денис Ребриков, я же не в обиду сказал и к тому же добавил "Да" А про патенты, все-таки, стоит задуматься. Собственные разработки давно появились, я про них написал давно, кстати, и патенты тоже, а кому надо их находят и читают. |
downshifterУчастник |
(Ъ @ 21.12.2008 16:38) Ребриков, я же не в обиду сказал и к тому же добавил "Да" А про патенты, все-таки, стоит задуматься. Собственные разработки давно появились, я про них написал давно, кстати, и патенты тоже, а кому надо их находят и читают. Вы случайно не curious67? |
|
Guest IP-штамп: fr53Mfolz7edU гость |
(downshifter @ 21.12.2008 18:23) Нет, он не Байрон, он другой |
|
guest: alenka IP-штамп: fr7mShmDOHghs гость |
|
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(dr @ 21.12.2008 11:42) В плане дискуссии к "Ъ ИП-штамп: фрНщв0У1хйС": "...не имея собственных разработок, защищенных патентами и прочим, я бы не посмел ..." - вот и не смейте Про цену книги у нас: Коллеги, конечно, надо брать по 165 в издательстве. Разве что кому до Каширской на 135 руб ближе ехать, чем до Аваимоторной. А так - смысла нет преплачивать. Денис Скромненько так "Книга написана сотрудниками научного подразделения ЗАО «НПФ ДНК-Технология» (ведущего разработчика оборудования и реагентов для ПЦР «в реальном времени»)"(ц) Biotechnology (N Y). 1993 Sep;11(9):1026-30 Kinetic PCR analysis: real-time monitoring of DNA amplification reactions. Higuchi R, Fockler C, Dollinger G, Watson R. Roche Molecular Systems, Inc., Alameda, CA 94501. We describe a simple, quantitative assay for any amplifiable DNA sequence that uses a video camera to monitor multiple polymerase chain reactions (PCRs) simultaneously over the course of thermocycling. The video camera detects the accumulation of double-stranded DNA (dsDNA) in each PCR using the increase in the fluorescence of ethidium bromide (EtBr) that results from its binding duplex DNA. The kinetics of fluorescence accumulation during thermocycling are directly related to the starting number of DNA copies. The fewer cycles necessary to produce a detectable fluorescence, the greater the number of target sequences. Results obtained with this approach indicate that a kinetic approach to PCR analysis can quantitate DNA sensitively, selectively and over a large dynamic range. This approach also provides a means of determining the effect of different reaction conditions on the efficacy of the amplification and so can provide insight into fundamental PCR processes. |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(dr @ 21.12.2008 11:42) В плане дискуссии к "Ъ IP-штамп: frNwv0U1khjS": "...не имея собственных разработок, защищенных патентами и прочим, я бы не посмел ..." - вот и не смейте Про цену книги у нас: Коллеги, конечно, надо брать по 165 в издательстве. Разве что кому до Каширской на 135 руб ближе ехать, чем до Аваимоторной. А так - смысла нет преплачивать. Денис Real-Time PCR —Russ Higuchi When late in 1986 I joined Cetus, the birthplace of PCR, "closed-tube" PCR using a thermostable DNA polymerase had just been achieved (1)(2). Before this, the thermolabile polymerase had to be added at each cycle. Tom White, our vice-president in charge of Research and Development, told me that what was needed now was some way to visualize the amplification product, also without opening the tube. Such closed-tube detection was termed "homogenous". A few years later I was working with Gavin Dollinger on his idea of "tagging" things that needed to be traced (e.g., explosives, money, and pharmaceuticals) with specific, amplifiable DNA sequences (3). We noticed that very high molecular weight DNA was occasionally generated in PCRs from such tagged substances. If we could reproducibly promote such large DNA, Gavin reasoned, it might be detected directly in the tube by light scatter. We set out to use biotinylated primers and streptavidin in the PCR to try to catalyze the formation of long branched chains of amplicons. We succeeded only in forming precipitates. To determine whether DNA was in the precipitates, we added ethidium bromide to the completed PCRs and held the tubes up to ultraviolet (UV)1 light. The precipitates were fluorescent, but the fluorescence was not specific to the presence of double-stranded DNA (dsDNA). Bob Griffith, who was helping us with these experiments, was directed to try some different conditions. He showed me the gel with the expected DNA band from the control without streptavidin and mentioned that, without thinking, he had added the ethidium bromide at the beginning of the PCR. I had two reactions. One was surprise that the PCR had worked at all in the presence of ethidium bromide, a known DNA polymerase inhibitor. Indeed, PCR would have been inhibited if the concentration of ethidium bromide had been somewhat higher. The second was to realize that because PCR creates much more dsDNA than is put into it, there should be more ethidium bromide fluorescence created as well. Such fluorescence would be detectable without opening the tube. The PCRs were repeated without streptavidin. When held up to a UV light, the tube containing the amplification target glowed brightly compared with negative controls (Fig. 1A ). Although this "endpoint" reading of PCR was of itself very useful, we thought that taking fluorescence readings on a cycle-by-cycle basis might provide a quantitative assay with a wide dynamic range (4). The fewer PCR cycles it took to detect an increase in fluorescence, the more copies of the target DNA sequence there were to begin with. To demonstrate this "real-time" reading of the PCR (which we later called "kinetic"), we attached one end of a bidirectional fiber optic cable to the open top of a PCR tube in a thermocycler and the other to a fluorescence spectrophotometer. With excitation at 500 nm, a fluorescence trace at 600 nm was recorded (Fig. 1B ). The ups and downs in fluorescence that corresponded to the downs and ups in temperature from thermocycling were seen, as well as the net gain in fluorescence at low temperature attributable to the accumulation of dsDNA PCR product. Figure 1. Real-time visualization of PCR. (A), three completed PCRs in microfuge tubes illuminated by UV light. All tubes contained ethidium bromide. The first tube on the left had target sequence cognate to the primers; the two others did not. (B), fluorescence traces from ethidium-bromide-containing PCRs taken with a fiber optic cable and a spectrophotometer. The upper trace is from a PCR begun with 20 ng of human male DNA and primers specific to a Y-chromosome sequence. The lower trace is from a control PCR with the primers but without the target DNA added. Fig. 1B was reprinted with permission from Biotechnology 1992;10:413–7. To assess the quantitative performance of PCR in this mode, it soon became clear that we needed a way of reading multiple amplifications in parallel. One way, ultimately adopted in the first commercial real-time PCR instrument, was to use multiple fiber optic cables (one per tube) and a rapid multiplexing system for sequentially exciting and reading the fluorescence from each tube. I thought that a simpler way would be to use digital imaging; Bob Watson and I therefore implemented such a system using a charge-coupled device (CCD) camera from a home-built, digital gel-documentation system (5)(6). The camera was set up in a darkroom looking down over the exposed tops of the closed PCR tubes set into the thermocycler block. UV lights were used to illuminate the tubes in the block, and at every annealing/extension phase of the PCR an image was "grabbed". At every well position in the image, the pixel values were summed. The cycle-by-cycle plot of these sums generated "growth curves" for each PCR. |
dr |
(guest: alenka @ 22.12.2008 08:11) Спросил издательство, почему не продают на сайте PDFы. Говорят - в России продажа PDFов не окупается, поскольку воровство сразу убивает и PDFы и бумагу. Cвоеобразный способ борьбы с пиратством - типа "пока будут пересканировать, может хоть что-то продадим". И все таки она наша. Наша Раша! |
dr |
Не вижу противоречия между "ведущими разработчиками" и "изобретателями". И в большинстве случаев - это как раз разные люди. А "ведущих разработчиков" готов доказать хоть отзывами, хоть продажами: рядом с серийным ДТ-384 - Roche и Applied нервно курят |
Guest1Постоянный участник |
(dr @ 22.12.2008 18:35) К Гуест ИП-штамп: фр45уХВгО7ЩЗ2Не вижу противоречия между "ведущими разработчиками" и "изобретателями". И в большинстве случаев - это как раз разные люди. А "ведущих разработчиков" готов доказать хоть отзывами, хоть продажами: рядом с серийным ДТ-384 - Роче и Апплиед нервно курят Рядом с "серийными 384-реалтаймерами" - все нервно курят в "предвкушении" пипетировать и миксить 384 смеси |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(dr @ 22.12.2008 17:35) К Гуест ИП-штамп: фр45уХВгО7ЩЗ2Не вижу противоречия между "ведущими разработчиками" и "изобретателями". И в большинстве случаев - это как раз разные люди. А "ведущих разработчиков" готов доказать хоть отзывами, хоть продажами: рядом с серийным ДТ-384 - Роче и Апплиед нервно курят Прочитав главу про "минеральное масло" закурят не только буржуины с железными нервами |
dr |
(Guest1 @ 22.12.2008 15:45) Рядом с "серийными 384-реалтаймерами" - все нервно курят в "предвкушении" пипетировать и миксить 384 смеси Кстати курят по причине интегрированности 384-го в пиппетирующую станцию (пока только в швейцарский Xiril, но работаем над расширением линейки). То есть единый софт плашку раскапывает, в амплификатор ее загружает (такими лапками железными), ПЦР запускает и на домашний e-mail результат сбрасывает. На работу можно не ходить. А вручную 384 тут никто не раскапывает, разве что где в америке вручную найдете |
dr |
(Guest @ 22.12.2008 16:00) Советую Вам таки прочесть эту главу, поскольку приведенная форма рассуждения косвенно указывает на возможное недопонимание особенностей использования в ПЦР минерального масла |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(dr @ 22.12.2008 18:59) Кстати курят по причине интегрированности 384-го в пиппетирующую станцию (пока только в швейцарский Xiril, но работаем над расширением линейки). То есть единый софт плашку раскапывает, в амплификатор ее загружает (такими лапками железными), ПЦР запускает и на домашний e-mail результат сбрасывает. На работу можно не ходить. А вручную 384 тут никто не раскапывает, разве что где в америке вручную найдете |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(dr @ 22.12.2008 18:59) Кстати курят по причине интегрированности 384-го в пиппетирующую станцию (пока только в швейцарский Хирил, но работаем над расширением линейки). То есть единый софт плашку раскапывает, в амплификатор ее загружает (такими лапками железными), ПЦР запускает и на домашний е-маил результат сбрасывает. На работу можно не ходить. А вручную 384 тут никто не раскапывает, разве что где в америке вручную найдете угу - "Терцик", интегрированный в маслоразливочную станцию |
Guest1Постоянный участник |
(dr @ 22.12.2008 20:06) Советую Вам таки прочесть эту главу, поскольку приведенная форма рассуждения косвенно указывает на возможное недопонимание особенностей использования в ПЦР минерального масла Может ыще главу про СНИпы в "реальном времени" предложите почитать ? СНИпы ТакМан -МГБ делают по "конечной точке" - для них реалтайм нафиг не нужен |
Evgeniy80Якутск / Москва |
(guest: alenka @ 22.12.2008 17:11) Книжка есть, сканер есть. На каникулах после НГ буду дежурить в лабе, тогда хочу ее отсканить |
|
Guest IP-штамп: fr0CXODQM332o гость |
(Guest @ 23.12.2008 09:22) Вовочка, перестать лизать масло и вообще отойди от Терцика! |
yamirenУчастник |
|
dr |
(yamiren @ 25.12.2008 11:19) Пожалуйста, все вопросы, пожелания, предложения (ОСОБЕННО замеченные опечатки и неточности) направляйте на адрес realtimepcr@mail.ru Заранее благодарен, Денис |
|
Ъ IP-штамп: frNwv0U1khjS. гость |
(dr @ 22.12.2008 17:35) |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(dr @ 22.12.2008 19:06) Советую Вам таки прочесть эту главу, поскольку приведенная форма рассуждения косвенно указывает на возможное недопонимание особенностей использования в ПЦР минерального масла Это тока указует на то , что в "ДНК-Технологии" не знали , что начиная с 1991 года масло в ПЦР не применяется потому как был выпущен циклер "второго поколения" Перкин-Елмер 9600 с ЗАПАТЕНТОВАННОЙ горячей крышкой и ЗАПАТЕНТОВАННЫМИ 0.2 мл тонкостенными ПЦР пробирками Biotechniques. 1991 Jan;10(1):102-3, 106-12 A high-performance system for automation of the polymerase chain reaction. Haff L, Atwood JG, DiCesare J, Katz E, Picozza E, Williams JF, Woudenberg T. Perkin-Elmer Corporation, Norwalk, CT 06859-0251. A high-performance PCR system has been developed which reduces the time required for PCR, increases the throughput, reduces reagent consumption and ensures reproducibility of amplification. Integration of sophisticated temperature control with optimally designed vessels has resulted in an amplification system which produces unique benefits. These include rapid amplification, the elimination of the need for oil, even for small volumes, and a microplate format which provides liquid handling automation benefits. |
metrimПостоянный участник |
|
dr |
(Evgeniy80 @ 24.12.2008 09:39) Как один из авторов книги - нормально смотрю на пиратство (лишь бы польза была людям Денис PS: кстати, кто-нть может мне подсказать, где нахаляву скачать: PCR Primer (a laboratory manual), Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press. А то у меня там глава, а эл. версии как в книге - нет. |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(dr @ 29.12.2008 14:00) Как один из авторов книги - нормально смотрю на пиратство (лишь бы польза была людям Денис ПС: кстати, кто-нть может мне подсказать, где нахаляву скачать: ПЦР Пример (а лабораторы мануал), Сецонд Едитион, Цолд Спринг Харбор Лабораторы Пресс. А то у меня там глава, а эл. версии как в книге - нет. нормально писанину от "ДНК-Технологии" - это АЙ-ЯЙ-ЯЙ - нарушение прав "издательства" "Рога и Копыта" |
fbbУчастник |
один только вопросик есть. в главе 3 дается краткий обзор различных детектирующих амплификаторов, но при этом ни слова не говорится об синтоловском АНК) что ж Вы так конкурентов то вниманием обошли?)))))
|
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(dr @ 21.12.2008 11:42) В плане дискуссии к "Ъ IP-штамп: frNwv0U1khjS": "...не имея собственных разработок, защищенных патентами и прочим, я бы не посмел ..." - вот и не смейте Про цену книги у нас: Коллеги, конечно, надо брать по 165 в издательстве. Разве что кому до Каширской на 135 руб ближе ехать, чем до Аваимоторной. А так - смысла нет преплачивать. Денис
|
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(dr @ 22.12.2008 17:35) К Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2Не вижу противоречия между "ведущими разработчиками" и "изобретателями". И в большинстве случаев - это как раз разные люди. А "ведущих разработчиков" готов доказать хоть отзывами, хоть продажами: рядом с серийным ДТ-384 - Roche и Applied нервно курят "А заместитель генерального директора по науке компании "ДНК-технологии" Денис Ребриков вспоминает, что он навалом времени проводил с бабушкой на приусадебном участке, где ставил эксперименты "как с растениями, так и с жучками. И я уже в раннем возрасте сказал, что буду биологом"."© |
Evgeniy80Якутск / Москва |
|
Allin |
А где ее можно скачать? |
dr |
Замечу также, что кроме АНК в книге не упомянут еще с десяток аппаратов, встречающихся на территории РФ (и некоторые - даже чаще АНК). В данном формате книги авторы не ставили задачу описания всех амплификаторов, а глава 3 демонстрирует лишь разные схемы организации приборов. И, наконец, отсутствие АНК в книге никак не умаляет достоинст этого отечественного прибора, которому, с появлением 96-луночной версии, можно прочить хорошее рыночное будущее. Денис |
-L-Участник |
|
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(dr @ 11.01.2009 10:08) Почти на всех описанных в главе 3 аппаратах авторы работали сами. Соответственно, имели некоторое мнение, которое частично и высказано в книге. А вот на АНК, будете смеяться, не довелось поработать. И рассуждать о "вкусе устриц" по рекламным материалам не сочли правильным.Замечу также, что кроме АНК в книге не упомянут еще с десяток аппаратов, встречающихся на территории РФ (и некоторые - даже чаще АНК). В данном формате книги авторы не ставили задачу описания всех амплификаторов, а глава 3 демонстрирует лишь разные схемы организации приборов. И, наконец, отсутствие АНК в книге никак не умаляет достоинст этого отечественного прибора, которому, с появлением 96-луночной версии, можно прочить хорошее рыночное будущее. Денис если у аффторов "термоциклер" идет под кликухой "амплификатор" - то представляю , что было "поработали на 3 аппаратах" и "сxемы организации приборов" |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(dr @ 11.01.2009 10:08) Почти на всех описанных в главе 3 аппаратах авторы работали сами. Соответственно, имели некоторое мнение, которое частично и высказано в книге. А вот на АНК, будете смеяться, не довелось поработать. И рассуждать о "вкусе устриц" по рекламным материалам не сочли правильным.Замечу также, что кроме АНК в книге не упомянут еще с десяток аппаратов, встречающихся на территории РФ (и некоторые - даже чаще АНК). В данном формате книги авторы не ставили задачу описания всех амплификаторов, а глава 3 демонстрирует лишь разные схемы организации приборов. И, наконец, отсутствие АНК в книге никак не умаляет достоинст этого отечественного прибора, которому, с появлением 96-луночной версии, можно прочить хорошее рыночное будущее. Денис АБИ получила "ФДА на диагностику" для 7500-Фаст- Дикс Из "3 аппаратов" - ни один "для диагностики" |
|
Guest IP-штамп: frBnlzIU3yRfM гость |
(Guest @ 13.01.2009 10:38) А надо? |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 14.01.2009 20:30) ну как вам сказать в приличных странах имеет "последствия" |
|
Guest IP-штамп: frBnlzIU3yRfM гость |
(Guest @ 20.01.2009 10:47) ну как вам сказать в приличных странах имеет "последствия" Я говорю - а нафига нам вообще ПЦР-диагностика? |
comp3vПостоянный участник Москва |
(dr @ 25.12.2008 13:11) Пожалуйста, все вопросы, пожелания, предложения (ОСОБЕННО замеченные опечатки и неточности) направляйте на адрес realtimepcr@mail.ruЗаранее благодарен, Денис а может, лучше сюда? - просто чтобы людям не слать десять раз одно и то же... Вот что у меня навскидку заметилось: с.8: мМ и мкМ - во-первых, если с большой буквой, то это, по идее, концентрация, а не количество в-ва, разве нет? во-вторых, милимоль написан с одной 'л' с.9: Technologies рис.2.3: там точно HincII имелся в виду? с.36: уж определитесь, у вас то Пелтье, то Пельтье с.37: пиппетирующих с.48: эммитанс - а по-русски нету аналога? с.61: храненятся с.61: пиипет. с.62: Roshe всё, дальше лень отмечать стало
|
Mirazh |
|
Transmare |
|
outsiderofbloodУчастник |
|
|
guest: L IP-штамп: frd.E/UJuIDMo гость |
|
Mks |
(Evgeniy80 @ 10.01.2009 12:53) есть возможность скачать эту книгу (получить ссылку) для личного пользования? |
| « Предыдущая тема · Колонка новостей · Следующая тема » |
![]() ![]() ![]() |