Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Программа для построения 3D модели молекул и определения их размера
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! hella
Участник
Казань



 прочитанное сообщение 19.12.2008 12:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

доброго времени суток!
подскажите, пожалуйста, какую программу можно использовать чтобы по химической формуле вещества построить трехмерную структуру его отдельной молекулы и определить ее угловые размеры. это нужно для определения возможности взаимодействия субстрата с активным центром фермента (влезет не влезет, как расположется и т.д.)
заранее большое спасибо!!!
guest: гость
IP-штамп: frNVjPT6S76SU
гость



 прочитанное сообщение 19.12.2008 17:23     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Это задача для суперкомпьютеров и специального ПО, т.е. в ваших условиях она невыполнима.
Участник оффлайн! Nik-AD
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  19.12.2008 18:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

See this site: http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/
It could be useful for this task... But the site is working for the small molecules only.
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 24.12.2008 08:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Ну, если у Вас есть не только химическая формула, но и картинка, или есть химик, способный нарисовать картинку, тогда можно сделать 3Д модель в ChemOffice. А потом докинг в AutoDock. Что-то ни одной задачи для суперкомпьютера не вижу.

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): Chlorum, hella
Ax
IP-штамп: frlnAsDr.5x7A
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  25.12.2008 19:54     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=173922
Guest
IP-штамп: frSrA/q9KZ6P2
гость



 прочитанное сообщение 26.12.2008 00:36     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

(Nastja @ 24.12.2008 08:01)
Ссылка на исходное сообщение  Ну, если у Вас есть не только химическая формула, но и картинка, или есть химик, способный нарисовать картинку


Вы скажите электронам, которые летают не шариками по орбитам вокруг атомов, а хитрозагнутыми волновыми функциями. Если б это были шарики, лекарства от всех типов рака разработали бы еще лет двадцать назад.

А картинки эти - [...], извините за прямоту, годятся только для красивого оформления презентаций и дипломов, субстрат-ферментное взаимодействие ими не просчитаешь. Ну разве что понять можно, влезет данная байда в core фермента или не влезет. И то, лишь с мелочевкой будет работать. Если речь идет о больших лигандах, то там и этого не поймешь.

Сообщение было отредактировано Aglaya - 29.12.2008 17:51
Участник оффлайн! Chlorum
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 26.12.2008 02:09     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

Вы просто не умеете их готовитьwink.gif
Nastja_len'_vhodit'
IP-штамп: frZzWjR5Q2PYM
гость



 прочитанное сообщение 26.12.2008 12:30     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

субстрат-ферментное взаимодействие я не предлагаю считать, а для "влезет-не влезет" хватит и красивой картинки.

Гость, получается, что для Вас единственная проблема для получения лекарств от всех типов рака - несовершенство методов докинга? Вы уже подготовили свою нобелевскую речь?

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): dlinnosheee, hella
Guest
IP-штамп: fryHnz2BiLlSY
гость



 прочитанное сообщение 16.05.2016 19:39     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

Вот программа wink.gif
http://avogadro.ru.uptodown.com/

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Karetnikova
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 17.05.2016 05:03     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Да, поддерживаю, Avogadro хорошая программа для рисования молекул.

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Биофизика и матметоды в биологии · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 23.10.17 18:15
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft