Глава 1. Цели, принципы и понятия молекулярной эволюции

1.1. Задачи молекулярной эволюции как науки
1.2. Нуклеотидные последовательности
1.3. Аминокислотные последовательности
1.4. Генетический код
1.5. Мутации
1.6. Нуклеотидные замены
   1.6.1. Транзиции и трансверсии
   1.6.2. Синонимичные и несинонимичные замены
1.7. Нуклеотидный и аминокислотный состав, использование кодонов
1.8. Эволюция нуклеотидной последовательности
1.9. Консенсусные последовательности
1.10. Гомологичные и сходные признаки, конвергенция
1.11. Естественный отбор и неодарвинизм
1.12. Закрепление мутации в популяции
1.13. Концепция молекулярных часов
1.14. Нейтральная теория молекулярной эволюции
1.15. Эволюционная систематика
1.16. Проведение эволюционного анализа

Глава 2. Выравнивание генетических последовательностей

2.1. Цели выравнивания последовательностей
2.2. Принципы выравнивания последовательностей
2.3. Алгоритмы выравнивания двух последовательностей
   2.3.1. Принцип матрицы точек
   2.3.2. Алгоритмы Нидлмена-Вунша и Смита-Уотермена, глобальное и локальное выравнивание
   2.3.3. Общие принципы динамического программирования при выравнивании последовательностей
   2.3.4. Методы слов
2.4. Множественное выравнивание

Глава 3. Модели эволюции и эволюционные дистанции между генетическими последовательностями

3.1. Наблюдаемые, истинные и расчетные эволюционные дистанции
3.2. Модели эволюции и дистанции между нуклеотидными последовательностями
   3.2.1. Модель Джукса-Кантора
   3.2.2. Модель Кимуры
   3.2.3. Модель Таджимы-Неи
   3.2.4. Другие модели эволюции нуклеотидных последовательностей
   3.2.5. Гамма-дистанции
   3.2.6. Сравнение различных моделей
3.3. Синонимичные и несинонимичные дистанции и их отношение
3.4. Аминокислотные дистанции, матрицы вероятностей аминокислотных замещений
3.5. Учет делеций и отсутствующей информации

Глава 4. Филогенетический анализ

4.1. Филогенетические деревья
4.2. Дистанционные методы построения филогенетических деревьев
   4.2.1. Принципы дистанционных методов
   4.2.2. Метод UPGMA
   4.2.3. Метод трансформированной дистанции
   4.2.4. Метод минимума эволюции
   4.2.5. Методы связей между соседями
   4.2.6. Метод присоединения соседей
   4.2.7. Установление длин ветвей
4.3. Методы анализа дискретных признаков
   4.3.1. Принципы методов анализа дискретных признаков
   4.3.2. Метод максимальной экономии
   4.3.3. Метод максимального правдоподобия
4.4. Статистическая оценка дерева, бутстрэп-анализ
4.5. Таксономия: фенетика и кладистика
4.6. Сравнение филогенетических методов
4.7. Другие филогенетические методы

Глава 5. Отдельные задачи эволюционного анализа

5.1. Рекомбинационный анализ
5.2. Анализ нуклеотидного и аминокислотного состава и использования кодонов
   5.2.1. Смещения нуклеотидного состава
   5.2.2. Различия в использовании кодонов
   5.2.3. Анализ нуклеотидного состава и использования кодонов в филогенетических исследованиях
5.3. Анализ молекулярных часов
   5.3.1. Вопросы, связанные с концепцией молекулярных часов
   5.3.2. Установление и калибровка молекулярных часов – тест относительных скоростей эволюции
   5.3.3. Другие подходы к установлению молекулярных часов
   5.3.4. Проблемы филогенетического анализа, связанные с несоблюдением модели молекулярных часов
   5.3.5. Анализ молекулярных часов в эволюции высших организмов
   5.3.6. Анализ молекулярных часов в эволюции вирусов
   5.3.7. Молекулярные часы в эволюции ВИЧ-1 и их использование для датирования начала эпидемий и эволюционных событий
5.4. Анализ митохондриальной ДНК
   5.4.1. Особенности эволюционного анализа митохондриальной ДНК
   5.4.2. Концепция митохондриальной Евы и использование анализа мтДНК при изучении происхождения человека
5.5. Молекулярная эпидемиология
   5.5.1. Задачи и принципы молекулярной эпидемиологии
   5.5.2. Установление источника заражения
   5.5.3. Анализ эпидемиологических сетей

Глава 6. Компьютерные программы для эволюционного анализа

6.1. Типы компьютерных программ
6.2. Программы для хранения и редактирования последовательностей
6.3. Международные базы генетических данных
6.4. Программы для выравнивания последовательностей
6.5. Программы для филогенетического анализа
6.6. Другие программы

  А можно сюда ещё список литературы выложить?

  Судя по оглавлению, весьма интересно.  Только по ссылке я что-то не нашел  на сайте редакции никакой информации о книге, дайте прямую ссылку.

  Я сам - не против, но такие вопросы - решает издательство. Я с ними поговорю. Насколько я знаю, они разрешают давать в интернете оглавление и предисловие, другое - не знаю.

  Тогда просто напишите сколько ссылок всего и в т.ч.: статьи, научные книги и учебники. Это поможет сориентироваться.

  Дайте нормальную ссылку на веб-страницу где книга имеется. Я долго рыскал так и ничего и не нашел...
С уважениею, Я.
П.С. Я такую книгу давно искал.

  Сообщите, пожалуйста, когда книга будет в продаже в Питере.

Хотелось бы поделиться замечанимями, которые, возможно, автор сочтёт полезными при переиздании:[list]
[*] "Число нуклеотидных последовательностей в международной базе генетических данных GenBank превышает 70 миллионов, а их общая длина—80 миллиардов нуклеотидов" (стр. 5)
Однако согласно приведённому рисунку эти цифры даны по cостоянию на конец 2006 года.

Только что провёл скрининг GenBank и получил такую статистику...

Почему именно медицинских сотрудников, а, скажем, не преподавателей биологии в средних учебных заведениях или учеников школ с углублённым изучением естественно-научных дисциплин?

Кажется некорректным называть вирусы доклеточной формой жизни, т.к. исторически они не могли предшествовать клеточной форме жизни, будучи её паразитами.

"механизмы пребиотической эволюции" (стр. 9) Сам факт существования пребиотической эволюции является спорным, поэтому упоминание о её механизмах в учебнике представляется по крайней мере преждевременным.

Рис. 1.1. (стр.10). Опечатки в формулах цитидин монофосфата и гуанозин монофосфата (четырёхвалентный азот и пятивалентный углерод).

"В молекуле нуклеиновой кислоты различают кодирующие и некодирующие участки. Первые кодируют белки, вторые ..." (стр.11).

выделяют алифатические (с дальнейшим делением на моноаминомонокарбоновые, оксимоноаминокарбоновые и т. д.)..." (стр.11).
Почему такое противопоставление?

Таблица 1.2 (стр.14). Дважды фенилаланин в однобуквенном коде назван P, а не F.

  Обратите внимания на шкалу - там последние данные на август 2007 г. Там цель - показать именно динамику, насколько рос объем информации до и после 1997 г. - колоссальный скачок! И в GenBank'e - была хорошая историческая таблица, которая - каждые два месяца это дело меряла, то есть - именно помесячно динамику можно показать. Но что-то они ее не обновляли с тех пор (по крайней мере, когда я последний раз проверял перед сдачей книги).

Так у меня там - в частности, регуляторные элементы. Но, понятно - не только же регуляторные элементы.

Тут я, честно говоря - не понял вопроса. Вопрос - к химикам. Алифатические ак - действительно, делятся на моноаминомонокарбоновые, оксимоноаминокарбоновые и т. д.. Т.д. - это серосодержащие, моноаминодикарбоновые и амиды моноаминодикарбоновых.

  На самом деле это не очень честные цифры - нельзя формально суммировать все базы данных, например Database: All GenBank+EMBL+DDBJ+PDB sequences (but no EST, STS,GSS,environmental samples or phase 0, 1 or 2 HTGS sequences) или Database: Unfinished High Throughput Genomic Sequences с Database: Database of GenBank+EMBL+DDBJ sequences from EST Divisions. Первые - это, как правило, результат многократных независимых секвенирований, а вторые - однократные, притом во множестве дублей.

Про белки нет оговорки "в частности".

Применение термина "моноаминомонокарбоновые" порождает желание увидеть термин "оксимоноаминомонокарбоновые", хотя, конечно, первые из них могут быть и дикарбоновыми, а вторые - нет.

  Наконец-то в мои руки попала сама книга. Бегло просмотрел. Обратил внимание на рисунок 4.5  (стр.100). Могу его здесь разместить, но не знаю на сколько это будет законно. На мой взгляд в нём допущено сразу несколько опечаток, что превращает его в ребус (не думаю, что неподготовленный читатель сможет понять как именно этот рисунок должен был выглядеть на самом деле). Вот мои замечания:

• во множественном выравнивании в последовательности B зачем-то указан первый нуклеотид, хотя он совпадает с последовательностью A;
  
• во второй матрице перепутаны названия колонок и строк: колонки должны быть C, D и E, а строки - AB, C и D;
  
• было бы полезно объяснить как четыре выделенных в матрицах числа (0.0699, 0.1279 и т.д.) были конвертированы в значения, отложенные на шкале последнего древа, а также указать, что эта шкала применима и к трём остальным деревьям.
  

  Спасибо! Опять-таки, все это - редакционные опечатки, в моей рукописи - все правильно было. Мой рисунок - приложен.

  А гранки они не дают смотреть?

[
Ой, тут -море спорных вопросов. Собственно - являются ли вирусы формой жизни вообще, в принципе? Очень многие - уже с этим не согласятся (Viruses are most often considered replicators rather than forms of life.) Я - в книге использовал устоявшийся оборот, без развертывания дискуссии по этому поводу. Английский вариант (non-cellular life) - мне тоже не очень нравится. Неклеточная форма жизни - которая суть-то и живет исключительно в клетке?

  Спасибо за книжку! Интересно, читаем...

  Спасибо за книжку! Интересно, читаем...

  В Питере продаётся?