СтормовЪ - лаборатория для профессионалов спонсор проекта: компания "СтормовЪ"   Rambler's Top100
 		Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | БИОХИМИЯ | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Туризм | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZBIO

ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · ILLUMINA SEQUENCING · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ · ИЗДАТЕЛЬСТВО КМК

Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Что такое STS? Чем отличается mRNA от CDS? -- в файловом формате Genbank --
Cинтез простых и модифицированных олигонуклеотидов, зондов для реал-тайм ПЦР
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

 
 Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Alexy
Постоянный участник
 прочитанное сообщение 29.04.2010 15:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование
Вот кусок хромосомы (длиной в 2 гена) в формате Genbank

... gene complement(12186..14801)
/gene="nhr-80"
/locus_tag="H10E21.3"
/note="Nuclear Hormone Receptor family"
/db_xref="GeneID:175167"
/db_xref="WormBase:WBGene00003670"
mRNA complement(join(12186..12401,12476..12627,12965..13391,
13464..13682,13812..14083,14522..14686,14741..14801))
/gene="nhr-80"
/locus_tag="H10E21.3"
/transcript_id="NM_064725.3"
/db_xref="GI:193210024"
/db_xref="GeneID:175167"
/db_xref="WormBase:WBGene00003670"
mRNA complement(join(12189..12401,12476..12627,12965..13391,
13464..13682,13812..14083,14522..14753))
/gene="nhr-80"
/locus_tag="H10E21.3"
/transcript_id="NM_181901.1"
/db_xref="GI:32564283"
/db_xref="GeneID:175167"
/db_xref="WormBase:WBGene00003670"
CDS complement(join(12189..12401,12476..12627,12965..13391,
13464..13682,13812..14083,14522..14686,14741..14753))
/gene="nhr-80"
/locus_tag="H10E21.3"
/inference="similar to RNA sequence, EST (same
species):INSD:AU110482.2"
/inference="similar to RNA sequence, EST (same
species):INSD:AU114413.1"
/inference="similar to RNA sequence, EST (same
species):INSD:AV197155.1"
/inference="similar to RNA sequence, EST (same
species):INSD:BJ755322.1"
/inference="similar to RNA sequence, EST (same
species):INSD:BJ779487.1"
/inference="similar to RNA sequence, EST (same
species):INSD:BJ796495.1"
/inference="similar to RNA sequence, other RNA (same
species):INSD:CB405648.1"
/codon_start=1
/protein_id="NP_497126.1"
/db_xref="GI:17553874"
/db_xref="GeneID:175167"
/db_xref="WormBase:WBGene00003670"
CDS complement(join(12189..12401,12476..12627,12965..13391,
13464..13682,13812..14083,14522..14753))
/gene="nhr-80"
/locus_tag="H10E21.3"
/inference="similar to RNA sequence, mRNA (same
species):INSD:CK584504.1"
/inference="similar to RNA sequence, other RNA (same
species):INSD:BI174764.1"
/codon_start=1
/protein_id="NP_871630.1"
/db_xref="GI:32564284"
/db_xref="GeneID:175167"
/db_xref="WormBase:WBGene00003670"
STS 13103..14054
/standard_name="H10E21.3"
/db_xref="UniSTS:312656"
STS 15681..17220
/standard_name="H10E21.1"
/db_xref="UniSTS:313206"
gene 16180..17279
/locus_tag="H10E21.1"
/db_xref="GeneID:186718"
/db_xref="WormBase:WBGene00019182"
mRNA join(16180..16251,16521..16938,17148..17279)
/locus_tag="H10E21.1"
/transcript_id="NM_064726.3"
/db_xref="GI:71987598"
/db_xref="GeneID:186718"
/db_xref="WormBase:WBGene00019182"
CDS join(16807..16938,17148..17279)
/locus_tag="H10E21.1"
/inference="similar to RNA sequence, other RNA (same
species):INSD:BI175370.1"
/inference="similar to RNA sequence, other RNA (same
species):INSD:CV122816.1"
/inference="similar to RNA sequence, other RNA (same
species):INSD:CV122817.1"
/codon_start=1
/protein_id="NP_497127.2"
/db_xref="GI:32564149"
/db_xref="GeneID:186718"
/db_xref="WormBase:WBGene00019182"...

А что такое STS?
Чем отличается mRNA от CDS?
Тем, что CDS получены картированием реально транслируемых с хромосомы белков?
А mRNA получены именно в виде РНК?
Участник оффлайн! bluebird

Tartu, Estonia
 прочитанное сообщение 02.05.2010 18:06     Сообщение для модератора         Личное письмо  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование
Процитирую Bioinformatics for Dummies
"CDS (CoDing Segment) introduces a complex section that describes the gene’s open reading frame (ORF). The first line indicates the coordinates of the ORF from its initial ATG to the last nucleotide of the first stop codon TAA. Each of the following lines (indented at the same level) gives the name of a protein product, indicates the reading frame to use, the genetic code to apply, and a number of IDs for the protein sequence. /translation, the final keyword of the CDS section, introduces the conceptual amino-acid sequence of the coding segment. This sequence is a computer translation that uses the coordinates, reading frame, and genetic code indicated in the preceding lines."

а из GeneBank glossary:
"STS
A short DNA segment that occurs only once in the human genome, the exact location and order of bases of which are known. Because each is unique, STSs are helpful for chromosome placement of mapping and sequencing data from many different laboratories. STSs serve as landmarks on the physical map of the human genome."

Сообщение было отредактировано bluebird - 02.05.2010 18:19
Участник оффлайн! Alexy
Постоянный участник
 прочитанное сообщение 05.05.2010 08:12     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование
Большое спасибо!
Ещё из GenBank glossary http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.f...ook&part=A1237:

mRNA
messenger RNA. mRNA describes the section of a genomic DNA sequence that is transcribed, and can include the 5' untranslated region (5'UTR), CDS, and 3' untranslated region (3'UTR). Successful translation of the CDS section of an mRNA results in the synthesis of a protein

CDS
coding region, coding sequence. CDS refers to the portion of a genomic DNA sequence that is translated, from the start codon to the stop codon, inclusively, if complete. A partial CDS lacks part of the complete CDS (it may lack either or both the start and stop codons). Successful translation of a CDS results in the synthesis of a protein

contig
A contiguous segment of the genome made by joining overlapping clones or sequences. A clone contig consists of a group of cloned (copied) pieces of DNA representing overlapping regions of a particular chromosome. A sequence contig is an extended sequence created by merging primary sequences that overlap. A contig map shows the regions of a chromosome where contiguous DNA segments overlap. Contig maps provide the ability to study a complete and often large segment of the genome by examining a series of overlapping clones, which then provide an unbroken succession of information about that region.

Сообщение было отредактировано Alexy - 02.06.2010 16:00
Участник оффлайн! Alexy
Постоянный участник
 прочитанное сообщение 20.05.2010 21:27     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование
Если на http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/seq_re...m=1&to=81195210 поставить Sequence Format: "GenBank"
и "Display" напрмимер последний из 6-и контигов, то на экране появится текст несколько отличный от того, который сохраняется в файле, если нажать "Save to Disk"?

Почему есть разница?
Отличием является только отсутствие в тексте, появляющемся при нажатии "Display", нуклеотидной последовательности?
Участник оффлайн! Alexy
Постоянный участник
 прочитанное сообщение 20.05.2010 21:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование
Оба на!!!
Зашел в другую хромосому, а потом вернулся опять к 17-ой
и содержательная часть файла формата GenBank, открываемого нажатием "Display", имеет такой вид:
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..9412842
                     /organism="Homo sapiens"
                     /mol_type="genomic DNA"
                     /db_xref="taxon:9606"
                     /chromosome="17"
CONTIG      join(AC069061.11:1..178558,complement(AC129926.4:1..130041),
            AC026254.9:15357..154906,complement(AC090615.9:1..66843),
            complement(AC069366.8:1..145619),complement(AC015688.11:1..107220),
            AC130289.11:10591..136599,AC005697.1:47205..174503,
            AC090287.9:1983..90543,AC100852.2:11683..157980,
            complement(AC061975.6:1..126154),complement(AC002094.1:1..82934),
            complement(AC015917.30:1..111927),complement(AC005726.1:1..144810),
            AC010761.10:9964..111393,FJ695200.1:1..559,
            AC010761.10:111952..177765,AC024267.18:18763..175020,
            AC024619.16:15006..198666,complement(AC005412.8:1..178439),
            AC068025.12:98369..190194,complement(AC068588.20:1..45567),
            AC090698.14:15750..87777,complement(AC104564.11:1..168116),
            complement(AC023389.13:1..91555),complement(AC087510.7:1..20709),
...
    complement(AC005549.1:1..145416),complement(AC011193.3:1..173588),
            AC012336.9:37369..40405,complement(AC005691.1:1..154820),
            complement(AC110605.5:1..39374),complement(AC005552.3:1..136841),
            complement(AC022903.12:1..170680),complement(AC004223.2:1..95219),
            AC022916.11:57312..215786,AC022706.7:76418..162474,
            complement(AC060766.8:1..102842),AC015911.8:25270..181561,
            complement(AC004134.1:1..113841),complement(AC006237.1:1..80166),
            complement(AC015849.5:1..131235),AC004675.1:48819..128501,
            complement(AC069363.10:1..116685),AC003976.1:58430..123925,
            complement(AC131056.5:1..167732))
//
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NT_010...&report=genbank

А при предыдущем заходе сюда же, имела нормальный вид (с CDS, STS и тому подобным)!!! http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NT_024...&report=genbank
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник
 прочитанное сообщение 20.05.2010 22:41     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование
(Alexy @ 20.05.2010 22:27)
Ссылка на исходное сообщение  Если на хттп://щщщ.нцби.нлм.них.гов/мапвиещ/сея_ре...м=1&то=81195210 поставить Сеяуенце Формат: "ГенБанк"
и "Дисплаы" напрмимер последний из 6-и контигов, то на экране появится текст несколько отличный от того, который сохраняется в файле, если нажать "Саве то Диск"?

Почему есть разница?
Отличием является только отсутствие в тексте, появляющемся при нажатии "Дисплаы", нуклеотидной последовательности?


Леш - а поподробней и без пальцев веером ? Ты по-русски ваащетто говорищь ?
Участник оффлайн! rikitiki
Участник
 прочитанное сообщение 25.05.2010 20:35     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование
вопрос - сколько контигов, по вашему, в хромосоме человека номер 17?
Участник оффлайн! Alexy
Постоянный участник
 прочитанное сообщение 27.05.2010 18:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование
6, судя по http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/seq_re...m=1&to=81195210
А название контига идет очевидно в первой же строке (например для третьего контига "LOCUS NT_024862 596398 bp DNA linear CON")?

Сообщение было отредактировано Alexy - 31.05.2010 12:54
Участник оффлайн! Alexy
Постоянный участник
 прочитанное сообщение 27.05.2010 19:09     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование
Что означает запись в конце генбанковского файла, например, последнего из 6 контигов - NT_010663.15:
...
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..1436161
                     /organism="Homo sapiens"
                     /mol_type="genomic DNA"
                     /db_xref="taxon:9606"
                     /chromosome="17"CONTIG      join(AC174470.1:1..42029,complement(AC145207.2:1..143777),
            AC137723.6:5964..57644,AC135056.4:5024..96066,
            complement(AC129510.15:1..56438),complement(AC132872.17:1..159935),
            complement(AC132938.9:1..120842),AC124287.10:89496..162180,
            AC124283.11:30001..143744,AC024361.21:4513..111473,
            complement(AC068014.16:1..63353),AC068584.11:21492..65598,
            AC087222.21:15050..70000,complement(AC130371.4:13265..180858),
            AC144831.2:2908..30461,complement(AC139099.2:1..119467))
//
Почему используются слова "complement", если нету описания генов?
Можно ли из этого описпания взять информацию о началах и концах генов и о началах и концах интронов и экзонов? Если нет, ТО ОТКУДА ее БРАТЬ?

"source" в любом из 6 контигов начинается с позиции 1? В каждом контиге своя нумерация от начала этого контига?

Длины gap-ов, указанные в http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/seq_re...m=1&to=81195210, кончаются как минимум 4 нулями. Эти длины наверное очень приблизительно определены?

Сообщение было отредактировано Alexy - 27.05.2010 19:18
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник
 прочитанное сообщение 03.06.2010 18:56     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование
(bluebird @ 02.05.2010 19:06)
Ссылка на исходное сообщение  Процитирую Биоинформатицс фор Думмиес
"ЦДС (ЦоДинг Сегмент) интродуцес а цомплех сецтион тхат десцрибес тхе гене’с опен реадинг фраме (ОРФ). Тхе фирст лине индицатес тхе цоординатес оф тхе ОРФ фром итс инитиал АТГ то тхе ласт нуцлеотиде оф тхе фирст стоп цодон ТАА. Еач оф тхе фоллощинг линес (индентед ат тхе саме левел) гивес тхе наме оф а протеин продуцт, индицатес тхе реадинг фраме то усе, тхе генетиц цоде то апплы, анд а нумбер оф ИДс фор тхе протеин сеяуенце. /транслатион, тхе финал кейщорд оф тхе ЦДС сецтион, интродуцес тхе цонцептуал амино-ацид сеяуенце оф тхе цодинг сегмент. Тхис сеяуенце ис а цомпутер транслатион тхат усес тхе цоординатес, реадинг фраме, анд генетиц цоде индицатед ин тхе прецединг линес."

а из ГенеБанк глоссары:
"СТС
А шорт ДНА сегмент тхат оццурс онлы онце ин тхе хуман геноме, тхе ехацт лоцатион анд ордер оф басес оф щхич аре кнощн. Бецаусе еач ис унияуе, СТСс аре хелпфул фор чромосоме плацемент оф маппинг анд сеяуенцинг дата фром маны дифферент лабораториес. СТСс серве ас ландмаркс он тхе пхысицал мап оф тхе хуман геноме."



Интересная "птичка" из Тарту - Естония ? Вы случайно Андреаса Метспалу не знаете ? wink.gif
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник
 прочитанное сообщение 03.06.2010 19:04     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование
(bluebird @ 02.05.2010 19:06)
Ссылка на исходное сообщение  Процитирую Биоинформатицс фор Думмиес
"ЦДС (ЦоДинг Сегмент) интродуцес а цомплех сецтион тхат десцрибес тхе гене’с опен реадинг фраме (ОРФ). Тхе фирст лине индицатес тхе цоординатес оф тхе ОРФ фром итс инитиал АТГ то тхе ласт нуцлеотиде оф тхе фирст стоп цодон ТАА. Еач оф тхе фоллощинг линес (индентед ат тхе саме левел) гивес тхе наме оф а протеин продуцт, индицатес тхе реадинг фраме то усе, тхе генетиц цоде то апплы, анд а нумбер оф ИДс фор тхе протеин сеяуенце. /транслатион, тхе финал кейщорд оф тхе ЦДС сецтион, интродуцес тхе цонцептуал амино-ацид сеяуенце оф тхе цодинг сегмент. Тхис сеяуенце ис а цомпутер транслатион тхат усес тхе цоординатес, реадинг фраме, анд генетиц цоде индицатед ин тхе прецединг линес."

а из ГенеБанк глоссары:
"СТС
А шорт ДНА сегмент тхат оццурс онлы онце ин тхе хуман геноме, тхе ехацт лоцатион анд ордер оф басес оф щхич аре кнощн. Бецаусе еач ис унияуе, СТСс аре хелпфул фор чромосоме плацемент оф маппинг анд сеяуенцинг дата фром маны дифферент лабораториес. СТСс серве ас ландмаркс он тхе пхысицал мап оф тхе хуман геноме."


напомионает вечную дружбу" финно-уггорсских и англо-сакссонсских языков" -
узнав про 16 естонсских финно-угорских падежов англо-сакс покончил жизнь самоповешением smile.gif
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник
 прочитанное сообщение 03.06.2010 19:14     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование
(bluebird @ 02.05.2010 19:06)
Ссылка на исходное сообщение  Процитирую Биоинформатицс фор Думмиес
"ЦДС (ЦоДинг Сегмент) интродуцес а цомплех сецтион тхат десцрибес тхе гене’с опен реадинг фраме (ОРФ). Тхе фирст лине индицатес тхе цоординатес оф тхе ОРФ фром итс инитиал АТГ то тхе ласт нуцлеотиде оф тхе фирст стоп цодон ТАА. Еач оф тхе фоллощинг линес (индентед ат тхе саме левел) гивес тхе наме оф а протеин продуцт, индицатес тхе реадинг фраме то усе, тхе генетиц цоде то апплы, анд а нумбер оф ИДс фор тхе протеин сеяуенце. /транслатион, тхе финал кейщорд оф тхе ЦДС сецтион, интродуцес тхе цонцептуал амино-ацид сеяуенце оф тхе цодинг сегмент. Тхис сеяуенце ис а цомпутер транслатион тхат усес тхе цоординатес, реадинг фраме, анд генетиц цоде индицатед ин тхе прецединг линес."

а из ГенеБанк глоссары:
"СТС
А шорт ДНА сегмент тхат оццурс онлы онце ин тхе хуман геноме, тхе ехацт лоцатион анд ордер оф басес оф щхич аре кнощн. Бецаусе еач ис унияуе, СТСс аре хелпфул фор чромосоме плацемент оф маппинг анд сеяуенцинг дата фром маны дифферент лабораториес. СТСс серве ас ландмаркс он тхе пхысицал мап оф тхе хуман геноме."


Кстати, Птичка - первый раз сллышу што-то вразумительное из чухонской деревни smile.gif
Вам что , делать нечего - жизнь гробить в Тарту ? frown.gif
Участник оффлайн! artemka
Участник
 прочитанное сообщение 03.06.2010 20:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование
(bluebird @ 02.05.2010 19:06)
Ссылка на исходное сообщение  Процитирую Биоинформатицс фор Думмиес
"ЦДС (ЦоДинг Сегмент) интродуцес а цомплех сецтион тхат десцрибес тхе гене’с опен реадинг фраме (ОРФ). Тхе фирст лине индицатес тхе цоординатес оф тхе ОРФ фром итс инитиал АТГ то тхе ласт нуцлеотиде оф тхе фирст стоп цодон ТАА. Еач оф тхе фоллощинг линес (индентед ат тхе саме левел) гивес тхе наме оф а протеин продуцт, индицатес тхе реадинг фраме то усе, тхе генетиц цоде то апплы, анд а нумбер оф ИДс фор тхе протеин сеяуенце. /транслатион, тхе финал кейщорд оф тхе ЦДС сецтион, интродуцес тхе цонцептуал амино-ацид сеяуенце оф тхе цодинг сегмент. Тхис сеяуенце ис а цомпутер транслатион тхат усес тхе цоординатес, реадинг фраме, анд генетиц цоде индицатед ин тхе прецединг линес."

а из ГенеБанк глоссары:
"СТС
А шорт ДНА сегмент тхат оццурс онлы онце ин тхе хуман геноме, тхе ехацт лоцатион анд ордер оф басес оф щхич аре кнощн. Бецаусе еач ис унияуе, СТСс аре хелпфул фор чромосоме плацемент оф маппинг анд сеяуенцинг дата фром маны дифферент лабораториес. СТСс серве ас ландмаркс он тхе пхысицал мап оф тхе хуман геноме."


похоже "птичка" всетаки" ЦИТИРОВАЛА ТЕКСТ" - и "наезд" на "птичку" необоснован smile.gif

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики 		Назначение кнопок:
   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -  
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте.  ·  Новая сауна в Москве для парения.  ·  здесь можно скачать фильмы бесплатно  · 
--- сервер арендован в компании euhoster.ru, Финляндия, г.Хельсинки ---
 ·  term paper  ·  free dating sites  ·  Если нужна работа, заходите на Slando  · 
--- администрирование сервера: Intervipnet ---
 ·  Купить bluetooth гарнитуру на SotMarket.ru  ·  отличный выбор ванны чугунные с доставкой  ·  недорогие межкомнатные двери в интернет-магазине  · 

Синтол · Millipore · Диаэм · Axygen · ДНК-синтез · БиоЛайн · Beckman Coulter · Хеликон · Химмед · Биосан · Merck KGaA · Waters · Elite-Genetix
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 07.09.10 14:24
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft
Powered by Invision Power Board(Trial) v2.0.0 © 2010  IPS, Inc.