Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Биологический адронный коллайдер -- прошу дядю Факсера заценить... --
Компания Biocommerce - официальный дистрибьютер продукции компаний Miltenyi Biotec GmbH (Германия) и RanD S.r.l. (Италия).
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! чайник555
Постоянный участник
Сибир-р-р-ръ



 прочитанное сообщение 31.05.2010 14:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

http://news.ngs.ru/more/65476/

В Новосибирске создан биологический адронный коллайдер

В Новосибирске создан и доведен до прототипа, готового к коммерческому внедрению, цитометр BioUniScan, позволяющий исследовать состав любых биологических жидкостей на принципиально новом уровне.

Сегодня в лаборатории цитометрии и биокинетики Института химической кинетики и горения СО РАН состоялась презентация анализатора, который его создатели называют «биологическим адронным коллайдером», приравнивая его к известному проекту ЦЕРНа по уникальности проводимого анализа.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Dr. Maltsev
Участник оффлайн! Гест Гестович
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 31.05.2010 15:11     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

М-да... и зачем только Скулачёв 300 000 фунтов на англицкую цацку потратил... А вот интересно было бы его средство от катаракты померять этим "коллайдером".
Э, так это же счётчик клеток! А растворы он меряет?

Сообщение было отредактировано Гест Гестович - 31.05.2010 15:14
Участник оффлайн! TAOLI
Участник



 прочитанное сообщение 31.05.2010 15:28     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

А еще интересно сколько он будет стоить?хотя бы примерно
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 31.05.2010 15:34     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

(чайник555 @ 31.05.2010 13:36)
Ссылка на исходное сообщение  http://news.ngs.ru/more/65476/

В Новосибирске создан биологический адронный коллайдер

В Новосибирске создан и доведен до прототипа, готового к коммерческому внедрению, цитометр BioUniScan, позволяющий исследовать состав любых биологических жидкостей на принципиально новом уровне.

Это что, наконец-то воплотили в "железе" свои идеи по многпараметрическому анализу рассеяния, что ли? В таком контексте заявление о том, что:
«По возможностям он превосходит любые коммерческие (анализаторы), основное его использование — анализатор клеток крови, накрываете прототип крышкой, и можно ставить в клинику», — отметил он.
- бред сивой кобылы umnik.gif
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 31.05.2010 15:37     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Как пояснили в пресс-службе Президиума СО РАН, в отличие от стандартных измерителей анализатор позволяет с высокой точностью измерить и описать за миллисекунду каждую клетку крови (500-1000 клеток в секунду), включая параметры, не учитываемые в обычных анализах с применением микроскопов, и накопить высокую статистику популяции клеток для данных анализа, что в разы увеличивает его достоверность.

Ну да, оно и есть.

P.S. Г-ну Мальцеву, видимо, невдомек, что макс. скорости в 500-1000клеток/с были на проточниках...лет эдак 20 назад.

В общем, материал, как обычно- перл на перле + "родина снанослонов"

P.P.S. Хотя, сама идея ( об анализе доп. скаттер-параметров)- весьма интересна. Вкупе с "супермногоцветкой", которой дядька Робинсон занимается.
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 01.06.2010 08:08     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

(Гест Гестович @ 31.05.2010 19:11)
Ссылка на исходное сообщение 
Э, так это же счётчик клеток! А растворы он меряет?


Вы абсолютно правы. Но, к сожалению, счетчик клеток - это устоявшийся термин, который относится к анализаторам различной сложности. Мы предпочитаем использовать термин «проточный цитометр». Создали в лаборатории сканирующий проточный цитометр, который относим к следующему поколению анализаторов, так как на нем можно проводить все существующие анализы, но он способен на многое другое.
Измеряет он частицы в средах. Если Вас интересуют частицы в растворе, то это к нам. Частицы не должны быть размером меньше, чем 500 нм.

Здесь много информации http://cyto.kinetics.nsc.ru/
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 01.06.2010 08:16     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

(TAOLI @ 31.05.2010 19:28)
Ссылка на исходное сообщение  А еще интересно сколько он будет стоить?хотя бы примерно


В настоящее время в лаборатории студенты, аспиранты и сотрудники работают на двух модификациях сканирующего проточного цитометра (СПЦ). Еще один, самый первый вариант, в нерабочем состоянии. В виде экспериментальных установок есть еще СПЦ в Клинике университета г. Антверпен (Бельгия) и в Центре исследования океана (Фраскати, Италия). Два последних естественно собрали мы. Самый последний вариант СПЦ обошелся Новосибирскому госуниверситету за 4.5 млн. руб. Предыдущий изготовлен на средства Агентства по инновациям за 2.5 млн. руб. Вы можете заказать изготовление такого цитометра у нашего производителя за цену в этом диапазоне. Все зависит от комплектации.
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 01.06.2010 08:24     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

(Дядя ФАКСер @ 31.05.2010 19:34)
Ссылка на исходное сообщение  Это что, наконец-то воплотили в "железе" свои идеи по многпараметрическому анализу рассеяния, что ли?


У Вас мысли обгоняют пальцы. Воплотить идеи в железе по анализу - это трудно представить. Но по существу Вы правы, что идеи анализа многоуглового светорассеяния на одиночных клетках теперь можно попытаться реализовать, так как СПЦ измеряет именно индикатрису светорассеяния одиночных клеток.

В таком контексте заявление о том, что:…..
- бред сивой кобылы 


Вы же понимаете, что это рекламная статья на публичном ресурсе. Хоть автор и приводит мои слова, но в ограниченном контексте это выглядит ….

Сообщение было отредактировано Dr. Maltsev - 02.06.2010 05:35
Участник оффлайн! чайник555
Постоянный участник
Сибир-р-р-ръ



 прочитанное сообщение 01.06.2010 08:26     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

А причём тут растворы ? Рассеивающая частица в жидкой среде. И какая разница - вода это или вода с 0,9 % хлорида натрия ? Нарастают ошибки при решении обратной задачи ? В чём отличие нового прибора (кроме протока, конечно) от Малверна, что куплен был Сагдеевым в 80-е годы ?
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 01.06.2010 08:33     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

(Дядя ФАКСер @ 31.05.2010 19:37)
Ссылка на исходное сообщение  Ну да, оно и есть.

P.S. Г-ну Мальцеву, видимо, невдомек, что макс. скорости в 500-1000клеток/с были на проточниках...лет эдак 20 назад.


Ну, почему невдомек. В курсе. К сожалению, для измерения индикатрисы пришлось пожертвовать скоростью записи информации. Это ограничения режима сканирования, но, с другой стороны, у сканирование есть сильное преимущество - одно ФЭУ измеряет всю индикатрису. Сейчас мы работаем при особой необходимости набрать статистику на скоростях 300 - 400 клеток в секунду. Это без оптимизации оптики, электроники и программного обеспечения. Оценки показывают, что можно повысить до 1000 клеток в сек. Это меньше 60000 к/сек, но возможностей для анализа больше.



P.P.S. Хотя, сама идея ( об анализе доп. скаттер-параметров)- весьма интересна. Вкупе с "супермногоцветкой", которой дядька Робинсон занимается.


Кстати, буквально две недели назад с Робинсоном встречались сотрудники лаборатории в ходе ISAC конгресса в Сиэтле. Очень здоровый интерес к нашим работам и полная благожелательность. Нам стоит у них этому поучиться.
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 01.06.2010 08:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

(чайник555 @ 01.06.2010 12:26)
Ссылка на исходное сообщение  Нарастают ошибки при решении обратной задачи ?


Ох, как нарастают. Боремся.

В чём отличие нового прибора (кроме протока, конечно) от Малверна, что куплен был Сагдеевым в 80-е годы ?


Этот Malvern, кстати, у нас сейчас в лабе пылится. Главное отличие в том, что Malvern пытается решать обратную задачу по анализу светорассеяния от АНСАМБЛЯ частиц, а СПЦ позволяет решать обратную задачу светорассеяния от ОДИНОЧНОЙ частицы. Первая задача, по моему убеждению, не имеет решения даже для сферических гомогенных частиц.

Сообщение было отредактировано Dr. Maltsev - 01.06.2010 08:40
Участник оффлайн! чайник555
Постоянный участник
Сибир-р-р-ръ



 прочитанное сообщение 01.06.2010 09:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

(Dr. Maltsev @ 01.06.2010 06:39)
Ссылка на исходное сообщение  
Этот Malvern, кстати, у нас сейчас в лабе пылится. Главное отличие в том, что Malvern пытается решать обратную задачу по анализу светорассеяния от АНСАМБЛЯ частиц, а СПЦ позволяет решать обратную задачу светорассеяния от ОДИНОЧНОЙ частицы. Первая задача, по моему убеждению, не имеет решения даже для сферических гомогенных частиц.


Поскольку я не в теме, то вопрос: По сигналу видно, что в измерительном объёме две частицы, а не одна ?
И каков объём измерительного объёма (сорри за тавтологию) ?
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 01.06.2010 09:45     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

(Dr. Maltsev @ 01.06.2010 07:33)
Ссылка на исходное сообщение  Ну, почему невдомек. В курсе. К сожалению, для измерения индикатрисы пришлось пожертвовать скоростью записи информации. Это ограничения режима сканирования, но, с другой стороны, у сканирование есть сильное преимущество - одно ФЭУ измеряет всю индикатрису.

Ну да, тут все верно. Хотя,с другой стороны: что мешает разместить несколько приемников? Разве что только стоимость железа.

C другой стороны, сколько не регистрируй рассеяние во всевозможных направлениях, без маркеров все равно не обойтись (пулы Т/B/NK/NKTи т.д. определить)-следовательно, на подобных задачах вышеописанная система будет уступать даже самому бюждетному традиционному проточнику.

Вот ежели имеются сильные различия в клеточной морфологии - то да, подход имеет право на жизнь.

С другой стороны, есть еще "гибридный" метод от AMNIS - cкорости тоже не выше 1000 клеток/c ( ибо с каждой клетки делается snapshot)
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 01.06.2010 10:22     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

(чайник555 @ 01.06.2010 13:15)
Ссылка на исходное сообщение  По сигналу видно, что в измерительном объёме две частицы, а не одна ?


Извините, а по какому сигналу? Может я что-то пропустил?

И каков объём измерительного объёма (сорри за тавтологию) ?


Типично (зависит от эксперимента): диаметр струи 20 мкм и длина зоны измерения 600 мкм, т.е. 12000 фемтолитров. Объем эритроцита 100 фемтолитров.
Участник оффлайн! чайник555
Постоянный участник
Сибир-р-р-ръ



 прочитанное сообщение 01.06.2010 10:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

(Dr. Maltsev @ 01.06.2010 08:22)
Ссылка на исходное сообщение  
Типично (зависит от эксперимента): диаметр струи 20 мкм и длина зоны измерения 600 мкм, т.е. 12000 фемтолитров. Объем эритроцита 100 фемтолитров.


Как узнать, что в 12 000 фемтолитах только 1 эритроцит ? А если 2 ?
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 01.06.2010 10:35     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

С эритроцитами достаточно сложно работать на цитометре- ибо размер их близок к размеру частиц дебриса.
1-2-3...-много- сугубо проблема дискриминации сигнала.
Вот ссылка на вводную матчасть по проточке
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 01.06.2010 10:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

(Дядя ФАКСер @ 01.06.2010 13:45)
Ссылка на исходное сообщение  Хотя,с другой стороны: что мешает разместить несколько приемников? Разве что только стоимость железа.


Вы знаете сколько приходится трудиться, чтобы правильно позиционировать расположение одного фотоприемника? В лабе это умеют делать только несколько сотрудников. Для записи индикатрисы надо разместить не менее 20 приемников, чтобы надеется на устойчивость решения обратной задачи. Очевидно, что настройка такой машины - отдельная технологическая задача. От точности расположения приемника сильно зависит точность измеряемой индикатрисы, ее соответствие теоретическим расчетам. Так что все попытки реализовать измерение индикатрисы с многими фотоприемниками - не технологичны. Другое дело фото матрица, но там другие проблемы.


C другой стороны, сколько не регистрируй рассеяние во всевозможных направлениях, без маркеров все равно не обойтись (пулы Т/B/NK/NKTи т.д. определить)-следовательно, на подобных задачах вышеописанная система будет уступать даже самому бюждетному традиционному проточнику.


Традиционный проточник по маркерам измеряет ТОЛЬКО количество клеток определенного типа. Редко кто интересуется качеством. Это тоже самое, что считать количество коров, не принимая во внимание жирность молока. Это грубое сравнение, но думаю понятное. Подсчитать количество клеток - это задача идентификации. Задача характеризации намного сложнее.

С другой стороны, есть еще "гибридный" метод от AMNIS - cкорости тоже не выше 1000 клеток/c ( ибо с каждой клетки делается snapshot)


Хорошее замечание. Тупиковый путь: плохая точность анализа. Любой snapshot искажен дифракцией. Это в лучшем случае, когда можно искажения уточнить. А если размер клетки не сильно превышает длину волны или внутренняя структура с размерами порядка длины волны, то искажения существенные. В результате вы приходите к нашей задаче: решение обратной задачи светорассеяния. Мы этим и занимаемся.
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 01.06.2010 10:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

(чайник555 @ 01.06.2010 14:29)
Ссылка на исходное сообщение  Как узнать, что в 12 000 фемтолитах только 1 эритроцит ? А если 2 ?


Это с какой-то степенью вероятности гарантируется разведением пробы. С другой стороны если в зоне измерения две клетки, то это хорошо видно по наличию двух триггерных импульсов и двух индикатрис, и такая запись отбрасывается при анализе данных.
Участник оффлайн! чайник555
Постоянный участник
Сибир-р-р-ръ



 прочитанное сообщение 01.06.2010 10:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

(Dr. Maltsev @ 01.06.2010 08:42)
Ссылка на исходное сообщение   С другой стороны если в зоне измерения две клетки, то это хорошо видно по наличию двух триггерных импульсов и двух индикатрис, и такая запись отбрасывается при анализе данных.


Вот это точно ? Именно это я и спрашивал...
Участник оффлайн! чайник555
Постоянный участник
Сибир-р-р-ръ



 прочитанное сообщение 01.06.2010 10:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

(Dr. Maltsev @ 01.06.2010 08:39)
Ссылка на исходное сообщение  Подсчитать количество клеток - это задача идентификации. Задача характеризации намного сложнее.


Какие характеристики клеток сейчас возможно достоверно получать ?
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 01.06.2010 11:09     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

(чайник555 @ 01.06.2010 14:58)
Ссылка на исходное сообщение  Какие характеристики клеток сейчас возможно достоверно получать ?


Вот здесь http://cyto.kinetics.nsc.ru/CYBILab/achiev..._rus.html#blood обобщение. Детали в статьях на том же ресурсе.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Леонид В
Участник оффлайн! Гест Гестович
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 01.06.2010 11:09     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

(Dr. Maltsev @ 01.06.2010 09:08)
Ссылка на исходное сообщение  Вы абсолютно правы. Но, к сожалению, счетчик клеток - это устоявшийся термин, который относится к анализаторам различной сложности. Мы предпочитаем использовать термин «проточный цитометр».

В оригинальной новости написано "позволяющий исследовать состав любых биологических жидкостей на принципиально новом уровне" и "универсальный анализатор". Поэтому я и подумал о растворах. После Ваших разъяснений понятно, о чём речь.
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 01.06.2010 16:49     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

(Dr. Maltsev @ 01.06.2010 09:39)
Ссылка на исходное сообщение 
Традиционный проточник по маркерам измеряет ТОЛЬКО количество клеток определенного типа. Редко кто интересуется качеством

Не соглашусь. Разве Вам не знакомы методы количественного определения жкспрессии поверхностных маркеров (с референсными бидзами, к примеру)?
Я же речь веду о другом, а именно: только по скаттеру Вы даже T от B Не отличите, не говоря уже о типировании.
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 01.06.2010 16:53     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

(Dr. Maltsev @ 01.06.2010 09:39)
Ссылка на исходное сообщение  Тупиковый путь: плохая точность анализа. Любой snapshot искажен дифракцией. Это в лучшем случае, когда можно искажения уточнить. А если размер клетки не сильно превышает длину волны или внутренняя структура с размерами порядка длины волны, то искажения существенные. В результате вы приходите к нашей задаче: решение обратной задачи светорассеяния. Мы этим и занимаемся.

Не тупиковый. Snapshots - в нем дополнение к обычным PMTs на флуоканалах. Собственно, как и в multispectral fingerprints Робинсона - 64-канальная матрица идет, как надстройка к традиционной "скамейке". Ибо у матричного приемника есть ахиллесова пята- низкая чувствительность по сравнению с PMT.
Помню из беседы с Робинсоном год назад в Модене.
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 01.06.2010 16:54     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование

В общем, будущее цитометрии- в синтезе подходов. beer.gif
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 02.06.2010 05:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #26 множественное цитирование

(Дядя ФАКСер @ 01.06.2010 20:49)
Ссылка на исходное сообщение   Разве Вам не знакомы методы количественного определения жкспрессии поверхностных маркеров (с референсными бидзами, к примеру)?


Во-первых, таких работ не очень много. Можно пересчитать по пальцам.
Во-вторых, этот метод работает только в случае высокой аффинности рецептора и лиганда. В случае низкой аффинности распределение по количеству рецепторов искажается влиянием диссоциации комплексов. Здесь необходимо использовать полную кинетическую схему процесса (ссылка).

Вы даже T от B Не отличите, не говоря уже о типировании.


То ли еще будет (ссылка)!

Если нужны PDF файлы статей, дайте знать. Copyright не позволяет выкладывать в открытую.

(Дядя ФАКСер @ 01.06.2010 20:54)
Ссылка на исходное сообщение  В общем, будущее цитометрии- в синтезе подходов. beer.gif


Замечательные слова. Хороший ответ на вопрос стартера этой ветки.

Сообщение было отредактировано Dr. Maltsev - 02.06.2010 05:32
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 02.06.2010 11:48     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #27 множественное цитирование

(Dr. Maltsev @ 02.06.2010 04:29)
Ссылка на исходное сообщение  
То ли еще будет (ссылка)!

Если нужны PDF файлы статей, дайте знать. Copyright не позволяет выкладывать в открытую.

Ок, давайте в личку.

P.S. Думаю, что данную тему стоит перенсти в соответствующий раздел- "Цитометрия и сортинг"

P.P.S.

The main difference in morphology of T- and B-lymphocytes is found to be the larger mean diameters of the latter.However, the difference is smaller than the natural biological variability of a single cell.


Вот Вы и сами отвечаете на вопрос о возможности точной детерминации лимфоцитов.
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 02.06.2010 11:53     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #28 множественное цитирование

(Dr. Maltsev @ 02.06.2010 04:29)
Ссылка на исходное сообщение  Во-первых, таких работ не очень много. Можно пересчитать по пальцам.

Да нет, вполне себе рутинный метод:
Quantitative Flow Cytometric Analysis of Membrane Antigen Expression
Участник оффлайн! Леонид В
Постоянный участник
Квебек



 прочитанное сообщение 02.06.2010 23:10     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #29 множественное цитирование

(Dr. Maltsev @ 01.06.2010 04:09)
Ссылка на исходное сообщение  Вот здесь http://cyto.kinetics.nsc.ru/CYBILab/achiev..._rus.html#blood обобщение. Детали в статьях на том же ресурсе.

Ссылка, увы, не работает.
Есть ли работающие ссылки?
Участник оффлайн! Леонид В
Постоянный участник
Квебек



 прочитанное сообщение 02.06.2010 23:20     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #30 множественное цитирование

(Dr. Maltsev @ 01.06.2010 04:09)
Ссылка на исходное сообщение  Вот здесь http://cyto.kinetics.nsc.ru/CYBILab/achiev..._rus.html#blood обобщение. Детали в статьях на том же ресурсе.


Пока web-мастеровые Новониколаевска приводят в порядок сервер, не могли бы Вы назвать 3 наиболее переспективных направления развития сканирующей проточной цитометрии в которых она превзойдёт обычную на взгляд разработчиков.

В рекламной статье журналист указывает, что клиническое внедрение требует только крышки на прототип. Какие именно виды анализа, при каких патологиях (либо отклонениях от нормы невыясненного генеза) можно будет диагностировать и анализировать при помощи СканПЦ успешнее, чем с использованием обычной ПЦ.
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 03.06.2010 05:56     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #31 множественное цитирование

(Дядя ФАКСер @ 02.06.2010 15:48)
Ссылка на исходное сообщение  Ок, давайте в личку.


Сделал. Будут вопросы - пообщаемся.

P.P.S.
Вот Вы и сами отвечаете на вопрос о возможности точной детерминации лимфоцитов.


Да, точное замечание. Но мы же в решении обратной задачи использовали достаточно простую модель клетки (сфера с оболочкой), вот и не хватает точности в характеризации клеток. Следует отметить, что сфера с оболочкой это максимальная сложность, для которой на сегодняшний день можно решать обратную задачу светорассеяния. Предполагаем, что неоднородности ядра могут добавить количество характеристик клетки и соответственно могут появиться различия между Т и В лимфоцитами. Еще у нас есть запасной аэродром в виде поляризации светорассеяния и двумерной индикатрисы (ссылка).

Сообщение было отредактировано Dr. Maltsev - 03.06.2010 06:54
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 03.06.2010 06:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #32 множественное цитирование

(Леонид В @ 03.06.2010 03:10)
Ссылка на исходное сообщение  Ссылка, увы, не работает. Есть ли работающие ссылки?


Извините, что-то с сервером лабораторным в последнее время проблемы. Перезапустил. Будем следить.

….не могли бы Вы назвать 3 наиболее переспективных направления развития сканирующей проточной цитометрии в которых она превзойдёт обычную на взгляд разработчиков.


Могу:
1. Расширенная характеризация эритроцитов по статическим и динамическим индексам (ссылка)
2. Измерение константы агрегации тромбоцитов (ссылка)
3. Измерение константы роста бактериальных клеток за один клеточный цикл.
Это только то, чем мы сейчас впрямую занимаемся.
Обычная цитометрия эти проблемы в принципе решить не может.

Какие именно виды анализа, при каких патологиях (либо отклонениях от нормы невыясненного генеза) можно будет диагностировать и анализировать при помощи СканПЦ успешнее, чем с использованием обычной ПЦ.


Конкретно на этот вопрос трудно ответить, так как все работающие СПЦ стоят в лаборатории института, а не в диагностической лаборатории клиники. Необходимо поставить СПЦ в клинику и проводить одновременный анализ с обычным ПЦ. Только зав. клинической лаборатории должен быть весьма образованным и заинтересованным в такой работе человеком. Так мы работали в Бельгии. Были случаи, когда Coulter Epics выдавал невнятные результаты анализа и пробу уносили на обычную микроскопию. Мы по этим пробам готовы были предоставить дополнительную характеризацию клеток. К сожалению, в систему эти исследования не вылились. Зав. лаб. ушел в другую организацию. Но старт был очень эффективный.

Из общих соображений дополнительные возможности СПЦ связаны с отклонениями морфологических характеристик клеток. Причем не только статическая фиксация отклонений, а и динамическое описание процесса изменения морфологии с определением динамических характеристик клеточной популяции. Хороший пример это статья по эритроцитам (ссылка).

Сообщение было отредактировано Dr. Maltsev - 03.06.2010 06:56
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 03.06.2010 10:53     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #33 множественное цитирование

Навскидку, могу дополнить список потенциальных приложений:
1) Дифференцировка мегакариоциты->тромбоциты
2) Морфологический анализ опухолевых клеток
3) Клеточный стресс и активация

(Dr. Maltsev @ 03.06.2010 04:56)
Ссылка на исходное сообщениеПредполагаем, что неоднородности ядра могут добавить количество характеристик клетки и соответственно могут появиться различия между Т и В лимфоцитами. Еще у нас есть запасной аэродром в виде поляризации светорассеяния и двумерной индикатрисы (ссылка).

Что касается детерминации лимфоцитов только по скаттерам, то увы: то, что хорошо работает в модельной системе, увы, при столкновении с обычной биовариабельностью параметров, работать перестает. Увы, и неоднородности ядра и другие параметры у сих пулов ( так же и у NK) весьма сходны. Впрочем, ничто не мешает скомбинировать Ваш подход с традиционным.
Вот, к примеру, для разделения моноциты-нейтрофилы-дендритки только по морфологии- самое оно будет. Равно же как и для смешанных популяций опухолевых клеток.
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 03.06.2010 11:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #34 множественное цитирование

(Дядя ФАКСер @ 03.06.2010 14:53)
Ссылка на исходное сообщение 
Впрочем, ничто не мешает скомбинировать Ваш подход с традиционным.


Может я не четко обозначил: СПЦ в текущем состоянии может измерять флуоресценцию в режиме обычного проточного цитометра. Для этого используется ортогональный канал СПЦ. Сейчас это две флуоресценции, но можно легко довести их число до разумной величины с помощью дихроичных зеркал и интерференционных фильтров. Мы называем его триггерный канал и постоянно им пользуемся. Но кроме этого СПЦ позволяет измерять индикатрису светорассеяния. Возможно грубое сравнение: обычный цитометр - это черно-белый телевизор, а СПЦ - цветной. Хотя в случае измерения многоцветной флуоресценции сравнение нужно инвертировать. Обычный цитометр - это много цветов на экране телевизора, СПЦ - к цветам добавляются контуры объектов.
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 03.06.2010 13:06     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #35 множественное цитирование

Спасибо, уже увидел (на схеме аппарата в статье).
Кстати, а Вы не пробовали, к примеру, поиграться с near UV или с "белыми" лазерами в вашей схеме?
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 03.06.2010 14:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #36 множественное цитирование

(Дядя ФАКСер @ 03.06.2010 17:06)
Ссылка на исходное сообщение  Кстати, а Вы не пробовали, к примеру, поиграться с near UV или с "белыми" лазерами в вашей схеме?


Так как у нас инструментальная платформа, то мы легко меняем источники излучения и приемники. В частности, на одном СПЦ мы работаем с бактериями, E.coli, и для измерения светорассеяния используем лазер на 405 нм. Это реальное near UV нам необходимо, чтобы поднять отношение сигнал шум за счет короткой длины волны. Так как бактерии существенно меньше клеток крови, то и рассеивают слабо. Хоть на длине волны отыграемся.

«Белый» лазер особой выгоды нам не даст, так как пространственно распределение надо будет интегрировать по длине волны и решение обратной задачи усложнится.
Участник оффлайн! Леонид В
Постоянный участник
Квебек



 прочитанное сообщение 03.06.2010 19:44     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #37 множественное цитирование

(Dr. Maltsev @ 02.06.2010 23:18)
Перезапустил.

спасибо,
очень интересно, хотя часть работ уже читал ранне, когда мы с Вами нащупывали почву для «плотного контакта».

1. Расширенная характеризация эритроцитов по статическим и динамическим индексам 

это очень интересно, но ... «страшно далеко от народа». Впрочем, при установке прибора в клинике можно, наверное, набрать базу данных по эритропатиям. Возможно что-нибудь интересное вылезет. Но нужен гематолог. Речь, разумеется, идёт не столько о статических, сколько о динамических характеристиках.



2. Измерение константы агрегации тромбоцитов

Сугубо клиническое направление.
Но, виноват, не смог найти в статье сравнение (стоимость, время, персонал) с классическим методом. Без этого .... сами понимаете.


3. Измерение константы роста бактериальных клеток за один клеточный цикл.

А вот это может быть интересно (жаль ссылки нет). При срочной антибиотикограмме (сепсис, меннингит и проч.) может найти ого-го какое применение. Возможно Вы уже сделали это, но позволю себе подсказать срочное патентование данного применения.

К сожалению, в систему эти исследования не вылились. Зав. лаб. ушел

тут можно поработать. Если у Вас есть стабильно работающий прототип (в эпоху ранних наших с Вами контактов этого не было) и, главное, опыт его установки и обслуживания в удалённых лабораториях, то можно попробовать повернуть дело в конкретное русло.


По прежнему Ваш, «запасной аэродром» т.е. анализ поляризации представляется весьма переспективным.

Могу также предложить подумать (если, конечно, Вы еще не ...) о дегрануляции нейтрофилов и тесте на общую «возбужденность» этих клеток (ранняя диагностика воспалительных процессов, «отсеивание» доноров крови, аллергические пробы. Последнее может иметь весьма солидное практическое применение. Весьма!)

Всех и всяческих успехов на пути внедрения СканПЦ
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 03.06.2010 21:57     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #38 множественное цитирование

(Леонид В @ 03.06.2010 18:44)
Ссылка на исходное сообщение  дегрануляции нейтрофилов и тесте на общую «возбужденность» этих клеток (ранняя диагностика воспалительных процессов, «отсеивание» доноров крови, аллергические пробы. Последнее может иметь весьма солидное практическое применение. Весьма!)

Верно. У них изменения в морфологии даже в обычной FS vs SS видны хорошо. А с доп. анализом можно вытащить кучу полезной информации.
Участник оффлайн! Леонид В
Постоянный участник
Квебек



 прочитанное сообщение 03.06.2010 22:38     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #39 множественное цитирование

(Дядя ФАКСер @ 03.06.2010 14:57)
Ссылка на исходное сообщение  Верно. У них изменения в морфологии даже в обычной FS vs SS видны хорошо. А с доп. анализом можно вытащить кучу полезной информации.


На самом деле не ранний, но средний и, само-собой, поздний апоптоз должен быть отлично виден. Но кому он нужен в клинике?

Иное дело в исследовательской лаборатории. Там вместо наборов на Аннексин можно будет использовать инструмент. Учитывая стоимость наборов - есть шанс активно внедриться.

Но, на мой несовершенный взгляд, господам разработчикам прямой резон стучаться как можно скорее в клинику. Хотя бы с одним, но верным тестом.
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 04.06.2010 05:33     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #40 множественное цитирование

(Леонид В @ 03.06.2010 23:44)
Ссылка на исходное сообщение 
Но, виноват, не смог найти в статье сравнение (стоимость, время, персонал) с классическим методом. Без этого .... сами понимаете.


Классику даже сравнивать нет возможности, так как с ее помощью измеряется «температура в Париже». Измерение агрегации по измерению оптической плотности - это ни о чем.

Если у Вас есть стабильно работающий прототип (в эпоху ранних наших с Вами контактов этого не было) и, главное, опыт его установки и обслуживания в удалённых лабораториях, то можно попробовать повернуть дело в конкретное русло.


Тот прототип, который изображен на фотографиях - это третья генерация СПЦ. Наиболее удачная. Аспиранты легко работают на цитометре и обеспечивают профилактическое обслуживание. Студенты делают под их руководством лабораторные работы на цитометре. Однако опыта работы на СПЦ персонала, не прошедшего начальную подготовку в лаборатории, у нас нет.

Для конкретной работы можно предложить два варианта:
1. Совместная аспирантура.
2. Пост-док позиция в вашей лаборатории.

В обоих случаях необходимо вашей организации приобрести СПЦ. Срок изготовления- от 6 до 10 месяцев. Про стоимость я уже отвечал.

В аспирантуру готов отправить своего сотрудника осенью.
На пост-док позицию можно будет заслать через 1.5 года.

По прежнему Ваш, «запасной аэродром» т.е. анализ поляризации представляется весьма переспективным.


Да, там все очень интересно и неизвестно, хотя наши возможности в решении прямой задачи светорассеяния позволяют нам предсказывать результаты поляризационных экспериментов для очень сложных частиц. За лето должны получить обнадеживающие результаты.

Могу также предложить подумать (если, конечно, Вы еще не ...) о дегрануляции нейтрофилов и тесте на общую «возбужденность» этих клеток (ранняя диагностика воспалительных процессов, «отсеивание» доноров крови, аллергические пробы. Последнее может иметь весьма солидное практическое применение. Весьма!)


Спасибо. Это очень ценное предложение. К сожалению, оно несколько запоздало, чтобы организовать эту работу прямо сейчас. Дарья Орлова, которая специализировалась по нейтрофилам, сейчас в совместной аспирантуре с Институтом биофизики (Брно, Чехия) и переключилась на диффузию белков в клеточных ядрах. Но я обязательно постараюсь организовать такую работу в будущем, так как нийтрофилы - самые сложные клетки с точки зрения оптики и нам интересно на них испытывать возможности современной фундаментальной науки.

В наше обсуждение по мере необходимости будут подключаться сотрудники лаборатории, с которыми можно детально обсуждать конкретные проблемы.
Участник оффлайн! slawas




 прочитанное сообщение 04.06.2010 05:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #41 множественное цитирование

(Леонид В @ 03.06.2010 23:44)
Ссылка на исходное сообщение  спасибо,
очень интересно, хотя часть работ уже читал ранне, когда мы с Вами нащупывали почву для «плотного контакта».
это очень интересно, но ... «страшно далеко от народа». Впрочем, при установке прибора в клинике можно, наверное, набрать базу данных по эритропатиям. Возможно что-нибудь интересное вылезет. Но нужен гематолог. Речь, разумеется, идёт не столько о статических, сколько о динамических характеристиках.
Сугубо клиническое направление.

Наверное микроскоп тоже в свое время был "страшно далек от народа" - а спустя энное время стал очень даже близок smile.gif
Участник оффлайн! slawas




 прочитанное сообщение 04.06.2010 06:12     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #42 множественное цитирование

(Леонид В @ 03.06.2010 23:44)
Сугубо клиническое направление.
Но, виноват, не смог найти в статье сравнение (стоимость, время, персонал) с классическим методом. Без этого .... сами понимаете.

Всех и всяческих успехов на пути внедрения СканПЦ

Вопрос о стоимости, конечно же, важен, но также важно обратить внимание на то, что в настоящий момент, насколько мы понимаем, в стандартных клинических диагностиках, когда речь идет про исследование тромбоцитарного статуса пациента, медики получают результаты в некоторых "попугаях". Такими попугаями являются, обычно, параметры изменения оптической плотности исследуемой пробы.
А прямой и ясной физической интерпретации оптическая плотность в терминах констант димеризации тромбоцитов - нету. То есть медики по данным с агрегометрам вам говорят - "дорогой пациент, первый попугай вашей крови лежит в пределах нормы, а вот второй попугай - выходит за рамки нормы. Будем вас лечить." . А вот что это значит с точки зрения фундаментальных параметров, с точки зрения биокинетических констант процесса агрегации - совершенно неизвестно.


Стараемся. И вот такие вот дискуссии, на мой взгляд, очень полезны для нас, биофизиков, чтобы узнать взгляды практиков со стороны биологии/медицины на возможные применения наших работ. smile.gif

Сообщение было отредактировано slawas - 04.06.2010 06:23
Участник оффлайн! slawas




 прочитанное сообщение 04.06.2010 07:20     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #43 множественное цитирование

(Дядя ФАКСер @ 02.06.2010 15:53)
Ссылка на исходное сообщение  Да нет, вполне себе рутинный метод:
Quantitative Flow Cytometric Analysis of Membrane Antigen Expression

С вашего позволения, позволю себе прокомментировать этот рутинный метод.
Какие основные недостатки, с нашей точки зрения, существуют у этого метода?
1. Проведения методики в насыщающих концентрациях. Это требует больших расходов антител.
2. Даже если вы работаете в насыщающих концентрациях, вы все равно не видите все посадочные места, из-за существование обратной реакции. А какая ошибка может быть из-за неучета этого фактора - совершенно неизвестно до тех пор, пока вы не умеете определять кинетические константы этого процесса.
3. Раз вы не измеряете кинетику, значит вы не можете заметить долю возможного неспецифического взаимодействия исследуемых антител с рецепторами. А оно вполне может играть существенную роль, особенно в насыщающих концентрациях антител.
4. Есть еще один возможный недостаток, который может возникать в случаях большой плотности рецепторов на поверхности клеток. Если антитело, реагирующее с рецептором, после присоединения к рецептору закрывает за счет геометрических размеров не только "свой" рецептор, но и несколько соседних рецепторов, то по стационарным измерениям вы не сможете правильно оценить число посадочных мест. Вы получите сильно заниженную оценку числа рецепторов. Единственный вариант правильного исследования в таких случаях - это строить корректную кинетическую модель с учетом этого фактора и ставить кинетические эксперименты.

p.s. На всякий случай уточню, что я - один из сотрудников лаборатории Dr. Maltseva

Сообщение было отредактировано slawas - 04.06.2010 07:31
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 04.06.2010 07:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #44 множественное цитирование

(Леонид В @ 03.06.2010 23:44)
Ссылка на исходное сообщение
Всех и всяческих успехов на пути внедрения СканПЦ


Не нравится мне термин «внедрение». Внедрение - это проникновение в сопротивляющуюся среду. Предпочитаю использовать термин «коммерциализация». Хотя реально все процессы с СПЦ очень похожи на внедрение.
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 04.06.2010 10:30     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #45 множественное цитирование

(slawas @ 04.06.2010 06:20)
Ссылка на исходное сообщение 
1. Проведения методики в насыщающих концентрациях. Это требует больших расходов антител.
2. Даже если вы работаете в насыщающих концентрациях, вы все равно не видите все посадочные места, из-за существование обратной реакции. А какая ошибка может быть из-за неучета этого фактора - совершенно неизвестно до тех пор, пока  вы не умеете определять кинетические константы этого процесса.
3. Раз вы не измеряете кинетику, значит вы не можете заметить долю возможного неспецифического взаимодействия исследуемых антител с рецепторами. А оно вполне может играть существенную роль, особенно в насыщающих концентрациях антител.
4. Есть еще один возможный недостаток, который может возникать в случаях большой плотности рецепторов на поверхности клеток. Если антитело, реагирующее с рецептором, после присоединения к рецептору закрывает за счет геометрических размеров не только "свой" рецептор, но и несколько соседних рецепторов, то по стационарным измерениям вы не сможете правильно оценить число посадочных мест. Вы получите сильно заниженную оценку числа рецепторов. Единственный вариант правильного исследования в таких случаях - это строить корректную кинетическую модель с учетом этого фактора и ставить кинетические эксперименты.


1) Как и любой стейнинг. Ничего страшного. Честно говоря, совершенно непонятна фраза про "большой расход антител".
2) Задача не "увидеть" посадочные места а количественно оценить число сайтов связывания. Само собой, "нет в мире совершенства", однако все вполне работает.Кинетика связывания "антитело- рецептор" тут никого не интересует. По сути, задача- "картирования" идет, апрори предполагая, что Кдисс. <<< Ксв.
3) К кинетике связывания сие не имеет никакого отношения. Для кинетических экспериментов в системе "лиганд-рецептор"- юзать FRET, к примеру
4) Само собой, однако: во-первых- в коньюгатах не полноразмерные антитела, а Fab-фрагменты "сшитые" с флуорохромом, во вторых- рецепторы не сидят никогда так плотно друг к другу, дабы создать вышеупомянутые стерические затруднения.
Участник оффлайн! VVolkov
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.06.2010 10:36     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #46 множественное цитирование

"Но мы же в решении обратной задачи использовали достаточно простую модель клетки (сфера с оболочкой), вот и не хватает точности в характеризации клеток. Следует отметить, что сфера с оболочкой это максимальная сложность, для которой на сегодняшний день можно решать обратную задачу светорассеяния. " Dr. Maltsev


Нда, очень продуктивный подход. smile.gif Главное - биологически как замечательно. lol.gif Вообще такой подход имеет какой-то смысл хотя бы? smile.gif То есть - полученные результаты практически полезны хоть чуть-чуть и совпадают с другими методами?

Про эритроциты и другие клетки - они часто слипшиеся плавают. Вы специальные проводили тесты на слипшиеся клетки - то есть показать что сигнал отличается (у Вас же все одна сфера будет с оболочкой smile.gif - только диаметр разный).

Повышать скорость - для чего? Всю кровь не посчитаете в организме (часы и сутки нужны для человека, например, - мышь меньше smile.gif)? smile.gif

Название темы - полный абсурд. Один из примитивных методоффф. smile.gif Спектофотометр увеличили и рекламу раздули. smile.gif))
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 04.06.2010 10:38     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #47 множественное цитирование

Вадим, не говори глупостей (про клетки, методологию и скорости).
Спектрофотометр тут совершенно ни при чем.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Dr. Maltsev
Участник оффлайн! slawas




 прочитанное сообщение 04.06.2010 11:03     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #48 множественное цитирование

(Дядя ФАКСер @ 04.06.2010 14:30)
 1) Как и любой стейнинг. Ничего страшного. Честно говоря, совершенно непонятна фраза про "большой расход антител".
2) Задача не "увидеть" посадочные места а количественно оценить число сайтов связывания. Само собой, "нет в мире совершенства", однако все вполне работает.Кинетика связывания "антитело- рецептор" тут никого не интересует.  По сути, задача- "картирования" идет, апрори предполагая, что Кдисс. <<< Ксв.
3) К кинетике связывания сие не имеет никакого отношения. Для кинетических экспериментов  в системе "лиганд-рецептор"- юзать FRET, к примеру
4) Само собой, однако: во-первых- в коньюгатах не полноразмерные антитела, а Fab-фрагменты "сшитые" с флуорохромом, во вторых- рецепторы не сидят никогда так плотно друг к другу, дабы создать вышеупомянутые стерические затруднения.

1. Имеется ввиду "большой" по сравнению с тем, который мог бы быть, если использовать более экономичные варианты. Не в насыщении. Впрочем, некоторым это и правда может быть неважно, если стоимость расходников их не интересует.
2. Вообще-то нехорошо сравнивать между собой две величины, имеющих разную размерность. Если вас устраивает точность, ну например в 10-20%, то наверное можно и не обращать внимание на диссоциацию, но тогда на этом пути совершенства и не достичь. Сама по себе кинетика связывания "антитело-рецептор" - всего лишь инструмент, необходимый для получения количества сайтов связывания.
3. Немного вас не понял - почему неспецифическое взаимодействие не имеет отношения к кинетике?
Вот смотрите, вы загоняете систему в насыщение. Помимо специфики возникает и неспецифика. Если вы смотрите это по паре стационарных концентрационных точек - вы этого не заметите. А в кинетике неспецифика будет заметна.
4. Наверное в большинстве реальных систем для большинства рецепторов это действительно так. Хотя, например, на фирменных латексах, покрытых антителами, такая ситуация вполне возможна, когда плотность посадки высока.
(например сейчас мы работаем над одной модельной системой - агрегацией латексов, покрытых биотином. По предварительным данным получается что на латексе микронных размеров помещается более миллионов штук биотина, что соответствует тому, что на один биотин приходится площадь менее чем 1 кв. нанометр)

Сообщение было отредактировано slawas - 04.06.2010 11:31
Участник оффлайн! чайник555
Постоянный участник
Сибир-р-р-ръ



 прочитанное сообщение 04.06.2010 11:30     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #49 множественное цитирование

А с гематологами в Барнауле не пытались общаться ? Момот Андрей Павлович - весьма конструктивный человек...
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 04.06.2010 12:04     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #50 множественное цитирование

(slawas @ 04.06.2010 10:03)
Ссылка на исходное сообщение  1. Имеется ввиду "большой" по сравнению с тем, который мог бы быть, если использовать более экономичные варианты. Не в насыщении. Впрочем, некоторым это и правда может быть неважно, если стоимость расходников их не интересует.

Если красить клетки "не в насыщении"- то не покрасишь, увы. Что поделать: у каждого метода свои рестрикции.

(slawas @ 04.06.2010 10:03)
Ссылка на исходное сообщение  
2. Вообще-то нехорошо сравнивать между собой две величины, имеющих разную размерность. Если вас устраивает точность, ну например в 10-20%, то наверное можно и не обращать внимание на диссоциацию, но тогда на этом пути совершенства и не достичь. Сама по себе кинетика связывания "антитело-рецептор" - всего лишь инструмент, необходимый для получения количества сайтов связывания.

Видимо, Вы все таки не до конца поняли принцип метода. А принцип такой: все рецепторы- покрашены. Каждый коньюгат- несет в среднем известное количество молекул флуорохрома. А далее- просто сравнение с линейкой бидзов стандартной светимости (по MESF - собственно, потому то , вт основном, FITC используется в подобных китах). Точность - да, не лучше, чем 2хСV характеристического пичка. Кинетика в данной системе - за бортом.

(slawas @ 04.06.2010 10:03)
Ссылка на исходное сообщение 
3. Немного вас не понял - почему неспецифическое взаимодействие не имеет отношения к кинетике?

Имеет, имеет. Просто задача совершенно другая.
(slawas @ 04.06.2010 10:03)
Ссылка на исходное сообщение 
4. Наверное в большинстве реальных систем для большинства рецепторов это действительно так. Хотя, например, на фирменных латексах, покрытых антителами, такая ситуация вполне возможна, когда плотность посадки высока.
(например сейчас мы работаем над одной модельной системой - агрегацией латексов, покрытых биотином. По предварительным данным получается что на латексе микронных размеров помещается более миллионов штук биотина, что соответствует тому, что на один биотин приходится площадь менее чем 1 кв. нанометр)

Так нас и интересует реальная система, т.е.- клетка.

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Клеточные технологии · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 18.10.17 01:31
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft