ЗЫ: в Адобе можно выбрать оптимизацию ПДФ, размер реально сокращается в разы.

  Буду очень признателен за такую компрессию. Адоба не имею. Конвертировал doc-файл через zamzar.com , а там всё без вариантов.

  here you go

  Для меня лично, наиболее интересное развитие NGS - это секвенирование с параллельным определением метилирования цитозина, без предварительной модификации ДНК бисульфитом. Была не так давно статья в Натуре по этому методу, типа пруф оф принсипл.

ЗЫ: в Адобе можно выбрать оптимизацию ПДФ, размер реально сокращается в разы.

  В Зиморесёче тихим сапом полезные киты делают. 

  ХиСея 2000 в рекордных ранах делает и по 1 Тб, но это - деньги на ветер. Качество чтения при увеличении длины значительно уменьшается. Для широкого круга юзеров весной они обозначили максимальную производительность в 500 Мб. Давно не следил за цифрами.
600 Мб - это нынешний стандарт для всех юзеров, или уровень, демонстрируемый особо скрупулёзными экспериментаторами?

Ион Торрент уже сделал один персональный геном, но для этого потребовалось 1000 чипов. Через пару лет будет достаточно 10...100 чипов, а лет через 5 геномы он будет делать на 1...10 чипах.

Про эпигегетику, вроде, не забыл (см. предпоследний слайд).

  ХиСея 2000 в рекордных ранах делает и по 1 Тб, но это - деньги на ветер. Качество чтения при увеличении длины значительно уменьшается. Для широкого круга юзеров весной они обозначили максимальную производительность в 500 Мб. Давно не следил за цифрами.
600 Мб - это нынешний стандарт для всех юзеров, или уровень, демонстрируемый особо скрупулёзными экспериментаторами?

Ион Торрент уже сделал один персональный геном, но для этого потребовалось 1000 чипов. Через пару лет будет достаточно 10...100 чипов, а лет через 5 геномы он будет делать на 1...10 чипах.

Про эпигегетику, вроде, не забыл (см. предпоследний слайд).

  При использовании для секвенирования ДНК-наноболлов шаг сенсорных пикселов можно уменьшить до 0,5 мкм. Миллиард таких пикселов занимает поверхность площадью 2,5 см2. Кстати, площадь сенсорной поверхности у чипа Ион 316 равна примерно 4 см2, т.е. на ней может разместиться 1.6 млрд. сенсорных пикселов с шагом 0,5 мкм. Если работать будут не все, а только 1 млрд., то при длине ридов 100 п.о. за один заход можно получить 100 млрд.п.о., а это 33-кратное прочтение генома. 

Объём миллиарда ДНК-наноболлов диаметром 300 нм посчитайте сами.

 
Зачем ждать мифические "нацболы" ?

  Ну не расстраивайтесь Вот вам Приглашение ))))
ПРИГЛАШАЕМ НА СЕМИНАР ИЛЛЮМИНА 27 сентября!!! Подробнее тут: http://www.interlabservice.ru/about/news/?id=5491

  Это из лички: Господин Твердый Знак, чем же я лично Вам так насолила, что Вы каждое мое сообщение орденом Спам обвесили? Или у Вас от ИЛСа несварение? Чем мы обидели Вас?

Дэвушка, у тебя папамама есть...?

  не очень-то это красиво, цитировать ЛС.
кстати, на этом самом семинаре любопытно было Солдатов проговорил целый час наверное, нахрен "закопал" всякие солиды и прочие торренты

  интересно, что солдатов "откопал" за этот час ?

  майсек хвалил, ну и хайсек само собой.
ещё говорил, что вообще-то самое важное это компьютеры и советовал всем биологам учиться биоинформатике

  
слишком раздутые "научные кАмпании" отвлекают средства от основной науки - вот что меня бесит в последнее время...

  Понятное дело, каждый сверчок ... или по другому ... а вшивый о ... праально  

слишком раздутые "научные кАмпании" отвлекают средства от основной науки - вот что меня бесит в последнее время...

В детстве, помню, читал на каком то плакате и врезалось "Богат багет, а корма нет " - устами говорящей коровы.

Такие времена-с..., пардон за плагиат.

  почему солдатов должен хвалить иллумину, как "шесток" ? у него насколько помню СОЛИД для сиквинирования 1000 геномов

  майсек хвалил, ну и хайсек само собой.
ещё говорил, что вообще-то самое важное это компьютеры и советовал всем биологам учиться биоинформатике

  майсек хвалил, ну и хайсек само собой.
ещё говорил, что вообще-то самое важное это компьютеры и советовал всем биологам учиться биоинформатике

  Это из лички: Господин Твердый Знак, чем же я лично Вам так насолила, что Вы каждое мое сообщение орденом Спам обвесили? Или у Вас от ИЛСа несварение? Чем мы обидели Вас?

Дэвушка, у тебя папамама есть...?

  При использовании для секвенирования ДНК-наноболлов шаг сенсорных пикселов можно уменьшить до 0,5 мкм. Миллиард таких пикселов занимает поверхность площадью 2,5 см2. Кстати, площадь сенсорной поверхности у чипа Ион 316 равна примерно 4 см2, т.е. на ней может разместиться 1.6 млрд. сенсорных пикселов с шагом 0,5 мкм. Если работать будут не все, а только 1 млрд., то при длине ридов 100 п.о. за один заход можно получить 100 млрд.п.о., а это 33-кратное прочтение генома. 

Объём миллиарда ДНК-наноболлов диаметром 300 нм посчитайте сами.

  http://www.zymoresearch.com/product/dsdna-...19-50-e2019-200

  Более управляемую фрагментацию ДНК делаю ПЦР-ом, причем с пришитыми "чем надо".   Единственный продолжительный этап - РЦА...
По Генсеку полчаса-час, но на самом деле намного больше - до 10 часов.
По моим рассчетам, с пробоподготовкой можно уложиться в рабочий день.

      Космонавтом быть хочу,
      Пусть меня научат.

  Более управляемую фрагментацию ДНК делаю ПЦР-ом, причем с пришитыми "чем надо".   Единственный продолжительный этап - RCA...
По Генсеку полчаса-час, но на самом деле намного больше - до 10 часов.
По моим рассчетам, с пробоподготовкой можно уложиться в рабочий день.

      Космонавтом быть хочу,
      Пусть меня научат.

Солдатов проговорил целый час наверное, нахрен "закопал" всякие солиды и прочие торренты

  майсек хвалил, ну и хайсек само собой.

ещё говорил, что вообще-то самое важное это компьютеры и советовал всем биологам учиться биоинформатике

  Если бы даже платили мне как футболисту Самуэлю Д"Это, не согласился заниматься подобной наукой - строить из кирпичиков-ридов здания-геномы.

  Редактор - а какой такой чип-сек программой получил всего 89 пиков на геном?

Вроде это мировой антирекорд ?

http://www.jbc.org/content/early/2011/05/0...8.abstract?etoc

PS. К Ion Torrent это не относится, и про него я почти ничего не сказал, так как опыта работы с этой машиной у меня нет. Кстати, интересно, что в гонке, опережающей закон Мура, ABI решила поставить на "электронную" машину.

  ну как -- сказали, что  унего пока низка производительность, и что он не делает paired end чтения. Если это не называется "закопать", то что тогда называется  

  а что правда, в России уже есть ИонТорренты? интересно, у кого и для каких целей?

  По производительности Ион Торрент и МиСея очень близки и оба сильно отстают от больших братьев (СОЛиД и ХиСея).

Паиред енд чтения в предлогаемом комплекте Ион Торрент нет, но я не понимаю, что может помешать переворачивать цепь так же, как это делается на Иллуминьовских платформах. Скорее всего это либо маркетинговое, либо патентное затруднение. В обоих случаях, можно наладить прямо у себя в лаборатории.

  попробуй пофрагментировать хроматин пошитый формалдегидом для Чип-Секов - получишь райское наслаждение

  По производительности Ion Torrent и MiSeq очень близки и оба сильно отстают от больших братьев (SOLiD и HiSeq).

  Основное различие в том, что NGS-технология, используемая в MiSeq, уже приблизилась к пику своего развития, а полупроводниковое секвенирование только набирает обороты и его потенциал ещё далеко не исчерпан.

  Мисек удобно для быстрых прогонов например для Чип-Сек - чтоб потом на Хисеках не получать "удивительные резалты"

  хттп://щщщ.мдц-берлин.деен/нещс/2011/2011...с_бу/индех.хтмл

))))))))))))))))))))))

  Genome Biol. 2011 Aug 25;12(8):125. [Epub ahead of print]
The real cost of sequencing: higher than you think!
Sboner A, Mu XJ, Greenbaum D, Auerbach RK, Gerstein MB.
Source

Program in Computational Biology and Bioinformatics, Yale University, New Haven, CT 06520, USA. mark.gerstein@yale.edu.
Abstract

ABSTRACT: Advances in sequencing technology have led to a sharp decrease in the cost of 'data generation'. But is this sufficient to ensure cost-effective and efficient 'knowledge generation'?

PMID:
    21867570
    [PubMed - as supplied by publisher]