Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Технологии секвенирования следующего поколения. -- Куда двигаться дальше? --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Кураторы темы:* genseq
Чёрный список: GMO
     NB! в теме нельзя обсуждать тех, кто внесён в чёрный список
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.09.2011 11:07     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Выложил сегодня в соседнем топике сочинение на указанную тему. Хотелось бы обсудить его отдельно, поскольку там всё уже очень запущено и загажено.
Буду признателен за любые замечания, а также за выявление грамматических, орфографических и стилистических ошибок в этом опусе.

скачать файл Roadmap.pdf
размер: 1.59мб
кол-во скачиваний: 20169



Конструктивные предложения приветствуются. Все неконструктивные замечания и ссылки без комментариев будут удаляться. mad.gif
В обсуждении принимают участие только зарегистрированные посетители форума. wink.gif

Сообщение было отредактировано genseq - 08.09.2011 12:01

Всего благодарностей: 3Поблагодарили (3): AlexRez, DaDa-Bu, Dima11
GG
IP-штамп: frxJRxzd0uSPA
гость



 прочитанное сообщение 08.09.2011 11:16     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Для меня лично, наиболее интересное развитие NGS - это секвенирование с параллельным определением метилирования цитозина, без предварительной модификации ДНК бисульфитом. Была не так давно статья в Натуре по этому методу, типа пруф оф принсипл.

ЗЫ: в Адобе можно выбрать оптимизацию ПДФ, размер реально сокращается в разы.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.09.2011 11:27     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

(GG @ 08.09.2011 09:16)
Ссылка на исходное сообщение ЗЫ: в Адобе можно выбрать оптимизацию ПДФ, размер реально сокращается в разы.


Буду очень признателен за такую компрессию. Адоба не имею. Конвертировал doc-файл через zamzar.com , а там всё без вариантов.

Сообщение было отредактировано genseq - 04.04.2015 18:58

Файл/ы:

скачать файл Chip_Washing_Station.pdf
размер: 1.06мб
кол-во скачиваний: 254


Участник оффлайн! basil2
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.09.2011 11:46     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

(genseq @ 08.09.2011 12:27)
Ссылка на исходное сообщение  Буду очень признателен за такую компрессию. Адоба не имею. Конвертировал doc-файл через zamzar.com , а там всё без вариантов.

here you go

Файл/ы:

скачать файл Roadmap_8_09_2011_1_rs.pdf
размер: 1.59мб
кол-во скачиваний: 1026


Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.09.2011 11:59     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

(basil2 @ 08.09.2011 09:46)
Ссылка на исходное сообщение  here you go


Большое спасибо!
Уже заменил Вашим вариантом. beer.gif

Сообщение было отредактировано genseq - 08.09.2011 12:04
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 08.09.2011 12:05     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

(GG @ 08.09.2011 11:16)
Ссылка на исходное сообщение  Для меня лично, наиболее интересное развитие NGS - это секвенирование с параллельным определением метилирования цитозина, без предварительной модификации ДНК бисульфитом. Была не так давно статья в Натуре по этому методу, типа пруф оф принсипл.

ЗЫ: в Адобе можно выбрать оптимизацию ПДФ, размер реально сокращается в разы.

http://www.nature.com/nmeth/journal/v7/n6/...nmeth.1459.html
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.09.2011 17:39     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

Спасибо куратору за предоставление прав модератора. jump.gif
Ссылки без комментариев буду удалять. mad.gif
Особенно от незарегистрированных пользователей. wink.gif

Картинки:
картинка: DNA_Shearase.JPG
DNA_Shearase.JPG — (46.8к)   

Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 09.09.2011 09:34     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

(-Ъ- @ 08.09.2011 15:55)
Ссылка на исходное сообщение  В Зиморесёче тихим сапом полезные киты делают.  umnik.gif


купи быстрый РНК-выделялка кит от Зимо - не пожалеешь smile.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 20.09.2011 19:24     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

Генсек, когда начнем в нанобол играть? smile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.09.2011 20:26     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Если бесплатно, то уже можно начинать. Если за деньги, то нужно немного подождать.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.09.2011 09:59     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Это иллюстрации к сегодняшнему докладу:
скачать файл Biomics_2011_.ppt
размер: 9.48мб
кол-во скачиваний: 1191




То же, но для Уфы:
скачать файл Biomics_2011.ppt
размер: 9.39мб
кол-во скачиваний: 619




Сообщение было отредактировано genseq - 25.09.2011 08:49
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 22.09.2011 10:45     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

некоторые каммены к "докладу" smile.gif
ХиСек2000 - 600Гб - Если МедГенетика - это "персональный геном" - то полупроводниковый Ион Торрент никогда его не сделает smile.gif

Епигенетику тоже забудь на Ион Торренте smile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.09.2011 11:03     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

HiSeq 2000 в рекордных ранах делает и по 1 Tb, но это - деньги на ветер. Качество чтения при увеличении длины значительно уменьшается. Для широкого круга юзеров весной они обозначили максимальную производительность в 500 Gb. Давно не следил за цифрами.
600 Gb - это нынешний стандарт для всех юзеров, или уровень, демонстрируемый особо скрупулёзными экспериментаторами?

Ion Torrent уже сделал один персональный геном, но для этого потребовалось 1000 чипов. Через пару лет будет достаточно 10...100 чипов, а лет через 5 геномы он будет делать на 1...10 чипах.

Про эпигегетику, вроде, не забыл (см. предпоследний слайд).

Сообщение было отредактировано genseq - 24.09.2011 12:50
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 22.09.2011 14:18     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

(genseq @ 22.09.2011 11:03)
Ссылка на исходное сообщение  ХиСея 2000 в рекордных ранах делает и по 1 Тб, но это - деньги на ветер. Качество чтения при увеличении длины значительно уменьшается. Для широкого круга юзеров весной они обозначили максимальную производительность в 500 Мб. Давно не следил за цифрами.
600 Мб - это нынешний стандарт для всех юзеров, или уровень, демонстрируемый особо скрупулёзными экспериментаторами?

Ион Торрент уже сделал один персональный геном, но для этого потребовалось 1000 чипов. Через пару лет будет достаточно 10...100 чипов, а лет через 5 геномы он будет делать на 1...10 чипах.

Про эпигегетику, вроде, не забыл (см. предпоследний слайд).


"Для широкого круга юзеров весной они обозначили максимальную производительность в 500 Gb." (ц) smile.gif генсек - Ссылку на сцену , чтоб языком не трепал smile.gif

Сообщение было отредактировано genseq - 24.09.2011 12:51
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 22.09.2011 15:07     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

(genseq @ 22.09.2011 11:03)
Ссылка на исходное сообщение  ХиСея 2000 в рекордных ранах делает и по 1 Тб, но это - деньги на ветер. Качество чтения при увеличении длины значительно уменьшается. Для широкого круга юзеров весной они обозначили максимальную производительность в 500 Мб. Давно не следил за цифрами.
600 Мб - это нынешний стандарт для всех юзеров, или уровень, демонстрируемый особо скрупулёзными экспериментаторами?

Ион Торрент уже сделал один персональный геном, но для этого потребовалось 1000 чипов. Через пару лет будет достаточно 10...100 чипов, а лет через 5 геномы он будет делать на 1...10 чипах.

Про эпигегетику, вроде, не забыл (см. предпоследний слайд).


ню-ню - геном на одном чипе smile.gif примерно какого размера в литрах будет "емульшн ПЦР" для такого "чипа" ? посчитай надосуге smile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.09.2011 18:02     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

При использовании для секвенирования ДНК-наноболлов шаг сенсорных пикселов можно уменьшить до 0,5 мкм. Миллиард таких пикселов занимает поверхность площадью 2,5 см2. Кстати, площадь сенсорной поверхности у чипа Ion 316 равна примерно 4 см2, т.е. на ней может разместиться 1.6 млрд. сенсорных пикселов с шагом 0,5 мкм. Если работать будут не все, а только 1 млрд., то при длине ридов 100 п.о. за один заход можно получить 100 млрд.п.о., а это 33-кратное прочтение генома.

Объём миллиарда ДНК-наноболлов диаметром 300 нм посчитайте сами.
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 23.09.2011 14:22     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

(genseq @ 22.09.2011 18:02)
Ссылка на исходное сообщение  При использовании для секвенирования ДНК-наноболлов шаг сенсорных пикселов можно уменьшить до 0,5 мкм. Миллиард таких пикселов занимает поверхность площадью 2,5 см2. Кстати, площадь сенсорной поверхности у чипа Ион 316 равна примерно 4 см2, т.е. на ней может разместиться 1.6 млрд. сенсорных пикселов с шагом 0,5 мкм. Если работать будут не все, а только 1 млрд., то при длине ридов 100 п.о. за один заход можно получить 100 млрд.п.о., а это 33-кратное прочтение генома. 

Объём миллиарда ДНК-наноболлов диаметром 300 нм посчитайте сами.


Иллуминовский Геномный Аналайзер (ГА2Х) сейчас делает 100гб за один прогон smile.gif
Зачем ждать мифические "нацболы" ? smile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 24.09.2011 08:33     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

(Guest @ 23.09.2011 12:22)
Ссылка на исходное сообщение 
Зачем ждать мифические "нацболы" ? smile.gif


Спасибо за название. Пользоваться западной терминологией не хочется, а сам ничего хорошего не придумал. Пусть будут "нацболы".

Та же презентация, но в формате pdf:

Файл/ы:

скачать файл Biomics_2011_.pdf
размер: 1.93мб
кол-во скачиваний: 688


Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 26.09.2011 22:55     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

(KaterinaBat @ 12.09.2011 15:49)
Ссылка на исходное сообщение  Ну не расстраивайтесь smile.gif Вот вам Приглашение smile.gif))))
ПРИГЛАШАЕМ НА СЕМИНАР ИЛЛЮМИНА 27 сентября!!! Подробнее тут: http://www.interlabservice.ru/about/news/?id=5491

Это из лички: Господин Твердый Знак, чем же я лично Вам так насолила, что Вы каждое мое сообщение орденом Спам обвесили? smile.gif Или у Вас от ИЛСа несварение? Чем мы обидели Вас?

Дэвушка, у тебя папамама есть...? frown.gif
Участник оффлайн! k7riYg
Участник



 прочитанное сообщение 27.09.2011 17:32     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

(-Ъ- @ 26.09.2011 23:55)
Ссылка на исходное сообщение  Это из лички: Господин Твердый Знак, чем же я лично Вам так насолила, что Вы каждое мое сообщение орденом Спам обвесили? smile.gif Или у Вас от ИЛСа несварение? Чем мы обидели Вас?

Дэвушка, у тебя папамама есть...? frown.gif


не очень-то это красиво, цитировать ЛС.
кстати, на этом самом семинаре любопытно было smile.gif Солдатов проговорил целый час наверное, нахрен "закопал" всякие солиды и прочие торренты smile.gif

Сообщение было отредактировано k7riYg - 27.09.2011 17:32
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 27.09.2011 17:53     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

(k7riYg @ 27.09.2011 17:32)
Ссылка на исходное сообщение  не очень-то это красиво, цитировать ЛС.
кстати, на этом самом семинаре любопытно было smile.gif Солдатов проговорил целый час наверное, нахрен "закопал" всякие солиды и прочие торренты smile.gif


интересно, что солдатов "откопал" за этот час ? smile.gif
Участник оффлайн! k7riYg
Участник



 прочитанное сообщение 27.09.2011 17:56     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

(Guest @ 27.09.2011 18:53)
Ссылка на исходное сообщение  интересно, что солдатов "откопал" за этот час ? smile.gif

майсек хвалил, ну и хайсек само собой.
ещё говорил, что вообще-то самое важное это компьютеры и советовал всем биологам учиться биоинформатике smile.gif

Сообщение было отредактировано k7riYg - 27.09.2011 18:02
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 27.09.2011 19:36     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

(k7riYg @ 27.09.2011 18:56)
Ссылка на исходное сообщение  майсек хвалил, ну и хайсек само собой.
ещё говорил, что вообще-то самое важное это компьютеры и советовал всем биологам учиться биоинформатике smile.gif

Понятное дело, каждый кулик (исправлено) ... или по другому ... а вшивый о ... праально yes.gif smile.gif

слишком раздутые "научные кАмпании" отвлекают средства от основной науки - вот что меня бесит в последнее время... frown.gif

В детстве, помню, читал на каком то плакате и врезалось "Богат багет, а корма нет confused.gif " - устами говорящей коровы.

Такие времена-с..., пардон за плагиат. wink.gif

Сообщение было отредактировано -Ъ- - 28.09.2011 10:26
Участник оффлайн! k7riYg
Участник



 прочитанное сообщение 27.09.2011 20:31     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

(-Ъ- @ 27.09.2011 20:36)
Ссылка на исходное сообщение  
слишком раздутые "научные кАмпании" отвлекают средства от основной науки - вот что меня бесит в последнее время... frown.gif


Эх... если б это было единственным поводом для бешенства относительно нашей науки, я был бы счастлив frown.gif
Есть вещи существенно более неприглядные.
Ладно, это уже не про технологии секвенирования, а про некоторые другие "технологии"... Распила и отката.
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 28.09.2011 09:45     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование

(-Ъ- @ 27.09.2011 19:36)
Ссылка на исходное сообщение  Понятное дело, каждый сверчок ... или по другому ... а вшивый о ... праально yes.gif  smile.gif

слишком раздутые "научные кАмпании" отвлекают средства от основной науки - вот что меня бесит в последнее время... frown.gif

В детстве, помню, читал на каком то плакате и врезалось "Богат багет, а корма нет confused.gif " - устами говорящей коровы.

Такие времена-с..., пардон за плагиат. wink.gif


почему солдатов должен хвалить иллумину, как "шесток" ? smile.gif у него насколько помню СОЛИД для сиквинирования 1000 геномов smile.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 28.09.2011 10:04     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #26 множественное цитирование

(Guest @ 28.09.2011 10:45)
Ссылка на исходное сообщение  почему солдатов должен хвалить иллумину, как "шесток" ? smile.gif у него насколько помню СОЛИД для сиквинирования 1000 геномов smile.gif

А может его купили илюминаты wink.gif ...Впрочем, не знаю. Генсек расследует, выяснит и выложит тут эту ценнейшую инфу. smile.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 28.09.2011 10:12     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #27 множественное цитирование

(k7riYg @ 27.09.2011 18:56)
Ссылка на исходное сообщение  майсек хвалил, ну и хайсек само собой.
ещё говорил, что вообще-то самое важное это компьютеры и советовал всем биологам учиться биоинформатике smile.gif

Если бы даже платили мне как футболисту Самуэлю Д"Это, не согласился заниматься подобной наукой - строить из кирпичиков-ридов здания-геномы. Понимаю, что утрирую yes.gif , но... no.gif
Как уже говорил, не интересны "фабричные дела"... no.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 29.09.2011 10:17     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #28 множественное цитирование

(k7riYg @ 27.09.2011 17:56)
Ссылка на исходное сообщение  майсек хвалил, ну и хайсек само собой.
ещё говорил, что вообще-то самое важное это компьютеры и советовал всем биологам учиться биоинформатике smile.gif


"и советовал всем биологам учиться биоинформатике " (ц) пускай лучше биоинхфарматики учут биологию smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 29.09.2011 13:38     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #29 множественное цитирование

(-Ъ- @ 26.09.2011 22:55)
Ссылка на исходное сообщение  Это из лички: Господин Твердый Знак, чем же я лично Вам так насолила, что Вы каждое мое сообщение орденом Спам обвесили? smile.gif Или у Вас от ИЛСа несварение? Чем мы обидели Вас?

Дэвушка, у тебя папамама есть...? frown.gif



http://ifirms.ru/firm/44843 smile.gif))))))))))))
guest: Beta
IP-штамп: frmowljDJ6WhA
гость



 прочитанное сообщение 29.09.2011 22:21     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #30 множественное цитирование

а что правда, в России уже есть ИонТорренты? интересно, у кого и для каких целей?
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 30.09.2011 12:52     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #31 множественное цитирование

(genseq @ 22.09.2011 18:02)
Ссылка на исходное сообщение  При использовании для секвенирования ДНК-наноболлов шаг сенсорных пикселов можно уменьшить до 0,5 мкм. Миллиард таких пикселов занимает поверхность площадью 2,5 см2. Кстати, площадь сенсорной поверхности у чипа Ион 316 равна примерно 4 см2, т.е. на ней может разместиться 1.6 млрд. сенсорных пикселов с шагом 0,5 мкм. Если работать будут не все, а только 1 млрд., то при длине ридов 100 п.о. за один заход можно получить 100 млрд.п.о., а это 33-кратное прочтение генома. 

Объём миллиарда ДНК-наноболлов диаметром 300 нм посчитайте сами.


вчера с одной дорожки ХиСека получил 185 миллионов 50 бп РНК-Секов ридов для "генекспрессии" - сколько нужно чипов торрента на этот експеримент ? smile.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 30.09.2011 13:12     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #32 множественное цитирование

(Guest @ 08.09.2011 18:08)

Более управляемую фрагментацию ДНК делаю ПЦР-ом, причем с пришитыми "чем надо". smile.gif Единственный продолжительный этап - RCA...
По Генсеку полчаса-час, но на самом деле намного больше - до 10 часов.
По моим рассчетам, с пробоподготовкой можно уложиться в рабочий день.

Космонавтом быть хочу,
Пусть меня научат. tongue.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 30.09.2011 13:33     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #33 множественное цитирование

(-Ъ- @ 30.09.2011 13:12)
Ссылка на исходное сообщение  Более управляемую фрагментацию ДНК делаю ПЦР-ом, причем с пришитыми "чем надо". smile.gif  Единственный продолжительный этап - РЦА...
По Генсеку полчаса-час, но на самом деле намного больше - до 10 часов.
По моим рассчетам, с пробоподготовкой можно уложиться в рабочий день.

      Космонавтом быть хочу,
      Пусть меня научат. tongue.gif


попробуй пофрагментировать хроматин пошитый формалдегидом для Чип-Секов - получишь райское наслаждение smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 30.09.2011 15:12     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #34 множественное цитирование

(-Ъ- @ 30.09.2011 13:12)
Ссылка на исходное сообщение  Более управляемую фрагментацию ДНК делаю ПЦР-ом, причем с пришитыми "чем надо". smile.gif  Единственный продолжительный этап - RCA...
По Генсеку полчаса-час, но на самом деле намного больше - до 10 часов.
По моим рассчетам, с пробоподготовкой можно уложиться в рабочий день.

      Космонавтом быть хочу,
      Пусть меня научат. tongue.gif

http://www.jbc.org/content/early/2011/05/0...8.abstract?etoc
Участник оффлайн! Redactor
admin.
Берлин, Германия



 прочитанное сообщение 30.09.2011 15:16     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #35 множественное цитирование

Вообще-то хотелось сказать немного другое umnik.gif . И даже казалось, что получилось. Ан нет, судя по пересказу wall.gif .


(k7riYg @ 27.09.2011 16:32)
Ссылка на исходное сообщение Солдатов проговорил целый час наверное, нахрен "закопал" всякие солиды и прочие торренты smile.gif

(k7riYg @ 27.09.2011 16:56)
Ссылка на исходное сообщение  майсек хвалил, ну и хайсек само собой.


Я хотел сказать нечто более интересное (более рискованное утверждение). По моему мнению, Applied Biosystems уже решила, что гонка Illumina/SOLiD проиграна. И на сегодня это самый существенный фактор при сравнении машин Illumina и SOLiD.
PS. К Ion Torrent это не относится, и про него я почти ничего не сказал, так как опыта работы с этой машиной у меня нет. Кстати, интересно, что в гонке, опережающей закон Мура, ABI решила поставить на "электронную" машину.




#######################
(k7riYg @ 27.09.2011 16:56)
Ссылка на исходное сообщение ещё говорил, что вообще-то самое важное это компьютеры и советовал всем биологам учиться биоинформатике smile.gif

(-Ъ- @ 28.09.2011 09:12)
Ссылка на исходное сообщение  Если бы даже платили мне как футболисту Самуэлю Д"Это, не согласился заниматься подобной наукой - строить из кирпичиков-ридов здания-геномы.


Ещё сильнее недолёт. Судя по пересказу, я посоветовал всем быть красивыми и здоровыми.

На самом деле, когда я говорил о биоинформатике, то сравнивал нынешнюю ситуацию со временем появления массовых персоналок. Тогда тоже многие считали, что им удасться отвертеться от основ работы на персональном компьютере. Сейчас практически все базовыми навыками владеют.

То же самое, по моему мнению, будет с биоинформатикой (для биологии) и прогностической/превентивной медициной (для медицины). Независимо от индивидуальных предпочтений, через сравнительно короткое время все будут владеть базовыми навыками. А совет был -- заняться этим заранее, чтобы знания, которыми так и так придётся овладеть, были плюсом в карьерном росте.
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 30.09.2011 15:20     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #36 множественное цитирование

Редактор - а какой такой чип-сек программой получил всего 89 пиков на геном? smile.gif

Вроде это мировой антирекорд ? smile.gif

http://www.jbc.org/content/early/2011/05/0...8.abstract?etoc
Участник оффлайн! Redactor
admin.
Берлин, Германия



 прочитанное сообщение 30.09.2011 15:35     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #37 множественное цитирование

(Guest @ 30.09.2011 14:20)
Ссылка на исходное сообщение  Редактор - а какой такой чип-сек программой получил всего 89 пиков на геном? smile.gif

Вроде это мировой антирекорд ? smile.gif

http://www.jbc.org/content/early/2011/05/0...8.abstract?etoc



Первый раз увидел эту статью сходив по Вашей ссылке. Но очень удивлюсь, если Marie-Laure Yaspo выпустила в печать явную ерунду и Ваше глумление оправдано smile.gif
Участник оффлайн! k7riYg
Участник



 прочитанное сообщение 30.09.2011 15:38     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #38 множественное цитирование

(Redactor @ 30.09.2011 16:16)
PS. К Ion Torrent это не относится, и про него я почти ничего не сказал, так как опыта работы с этой машиной у меня нет. Кстати, интересно, что в гонке, опережающей закон Мура, ABI решила поставить на "электронную" машину.


ну как -- сказали, что унего пока низка производительность, и что он не делает paired end чтения. Если это не называется "закопать", то что тогда называется smile.gif confused.gif

Насчёт биоинформатики согласен, неправильно передал нюансы.
Участник оффлайн! Redactor
admin.
Берлин, Германия



 прочитанное сообщение 30.09.2011 15:48     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #39 множественное цитирование

(k7riYg @ 30.09.2011 14:38)
Ссылка на исходное сообщение  ну как -- сказали, что  унего пока низка производительность, и что он не делает paired end чтения. Если это не называется "закопать", то что тогда называется smile.gif  confused.gif

По производительности Ion Torrent и MiSeq очень близки и оба сильно отстают от больших братьев (SOLiD и HiSeq).

Paired end чтения в предлогаемом комплекте Ion Torrent нет, но я не понимаю, что может помешать переворачивать цепь так же, как это делается на Illumin'овских платформах. Скорее всего это либо маркетинговое, либо патентное затруднение. В обоих случаях, можно наладить прямо у себя в лаборатории.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 30.09.2011 15:52     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #40 множественное цитирование

(guest: Beta @ 29.09.2011 20:21)
Ссылка на исходное сообщение  а что правда, в России уже есть ИонТорренты? интересно, у кого и для каких целей?


В сентябре пришли 3 шт. в Москву. Точно не знаю, но, кажется, в Геноаналитику, в Центр биоинженерии и в МГУ. В ноябре должен прийти один в Калининград. Ещё скоро один должен появиться в Новосибирске (тендер уже завершён). Возможно, это ещё не всё, но больше ничего не знаю. Буду признателен за дополнения.
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 30.09.2011 16:00     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #41 множественное цитирование

(Redactor @ 30.09.2011 15:48)
Ссылка на исходное сообщение  По производительности Ион Торрент и МиСея очень близки и оба сильно отстают от больших братьев (СОЛиД и ХиСея).

Паиред енд чтения в предлогаемом комплекте Ион Торрент нет, но я не понимаю, что может помешать переворачивать цепь так же, как это делается на Иллуминьовских платформах. Скорее всего это либо маркетинговое, либо патентное затруднение. В обоих случаях, можно наладить прямо у себя в лаборатории.


Мисек удобно для быстрых прогонов например для Чип-Сек - чтоб потом на Хисеках не получать "удивительные резалты"
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 30.09.2011 17:29     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #42 множественное цитирование

(Guest @ 30.09.2011 14:33)
Ссылка на исходное сообщение  попробуй пофрагментировать хроматин пошитый формалдегидом для Чип-Секов - получишь райское наслаждение smile.gif

Тебе подавай только экстрим...для наслаждений.
С таким же успехом может не справиться и ДНК-аза. Впрочем, не знаю... confused.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.10.2011 11:25     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #43 множественное цитирование

(Redactor @ 30.09.2011 13:48)
Ссылка на исходное сообщение  По производительности Ion Torrent и MiSeq очень близки и оба сильно отстают от больших братьев (SOLiD и HiSeq).


Основное различие в том, что NGS-технология, используемая в MiSeq, уже приблизилась к пику своего развития, а полупроводниковое секвенирование только набирает обороты и его потенциал ещё далеко не исчерпан.
Участник оффлайн! Redactor
admin.
Берлин, Германия



 прочитанное сообщение 01.10.2011 13:07     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #44 множественное цитирование

(genseq @ 01.10.2011 10:25)
Ссылка на исходное сообщение  Основное различие в том, что NGS-технология, используемая в MiSeq, уже приблизилась к пику своего развития, а полупроводниковое секвенирование только набирает обороты и его потенциал ещё далеко не исчерпан.


А несуществующая технология Васи Пупкина даже ещё не начала растрачивать свой потенциал. Выходит, она вообще самая крутая.

Если разновариваем, то может будем придерживаться "обсуждаемых" аргументов?
Участник оффлайн! Redactor
admin.
Берлин, Германия



 прочитанное сообщение 01.10.2011 13:11     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #45 множественное цитирование

(Guest @ 30.09.2011 15:00)
Ссылка на исходное сообщение  Мисек удобно для быстрых прогонов например для Чип-Сек - чтоб потом на Хисеках не получать "удивительные резалты"


И не только, есть ещё применения. Но, Вы правильно указываете, что малые и большие машины -- совершенно разные аппараты с отдельными областями применения.

Мы и Сенгеровским сиквенсом довольно часто пользуемся. Это же не повод начать говорить, что он "лучше" или "хуже" NGS.
Участник оффлайн! Dima11
Участник



 прочитанное сообщение 02.10.2011 14:48     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #46 множественное цитирование

Во ! что и постоянно талдычу
Ложка - к обеду, разные задачи - разные приборы! smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  05.10.2011 16:17     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #47 множественное цитирование

http://www.mdc-berlin.de/en/news/2011/2011...s_bu/index.html

smile.gif))))))))))))))))))))))
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 05.10.2011 16:20     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #48 множественное цитирование

(Guest @ 05.10.2011 16:17)


Тимофееву-Ресовскому подарили ПакБио посмертно
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  06.10.2011 12:50     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #49 множественное цитирование

Genome Biol. 2011 Aug 25;12(8):125. [Epub ahead of print]
The real cost of sequencing: higher than you think!
Sboner A, Mu XJ, Greenbaum D, Auerbach RK, Gerstein MB.
Source

Program in Computational Biology and Bioinformatics, Yale University, New Haven, CT 06520, USA. mark.gerstein@yale.edu.
Abstract

ABSTRACT: Advances in sequencing technology have led to a sharp decrease in the cost of 'data generation'. But is this sufficient to ensure cost-effective and efficient 'knowledge generation'?

PMID:
21867570
[PubMed - as supplied by publisher]
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.10.2011 18:39     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #50 множественное цитирование

(Guest @ 06.10.2011 10:50)
Ссылка на исходное сообщение  Genome Biol. 2011 Aug 25;12(8):125. [Epub ahead of print]
The real cost of sequencing: higher than you think!
Sboner A, Mu XJ, Greenbaum D, Auerbach RK, Gerstein MB.
Source

Program in Computational Biology and Bioinformatics, Yale University, New Haven, CT 06520, USA. mark.gerstein@yale.edu.
Abstract

ABSTRACT: Advances in sequencing technology have led to a sharp decrease in the cost of 'data generation'. But is this sufficient to ensure cost-effective and efficient 'knowledge generation'?

PMID:
    21867570
    [PubMed - as supplied by publisher]


Для доступа к этой статье требуется подписка. Не сможете ли поделиться текстом?

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 17.10.17 18:05
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft