Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Технологии секвенирования следующего поколения. -- Куда двигаться дальше? --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Кураторы темы:* genseq
Чёрный список: Fikkefuchs
     NB! в теме нельзя обсуждать тех, кто внесён в чёрный список
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.09.2017 13:32     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(-Ъ- @ 25.09.2017 09:13)
Ссылка на исходное сообщение  
Генсек, охота тебе ликбезом заниматься. no.gif Способствуешь процветанию мракобесия чинуш в области "секвенаторостроения", вводишь в заблуждение неокрепшие умы, пардон.
А теперь что будем делать с порами, сужать или расширять? wink.gif 
Слава богу не поддался твоему вредному влиянию лет 10 или 15 назад.


Ликбезом заниматься неохота. Но иногда нужно. Не столько для чинуш и неокрепших умов, сколько для того, чтобы самому не отстать от жизни.

Поры будет местами расширять, а местами сужать. Еще было бы неплохо делать их с хеликазным доменом во входном вестибюле ионного канала. Сейчас прорабатываю TrwB из R388. Думаю, что существуют и другие варианты, которые после соответствующих модификаций могут оказаться лучше нынешней R9.5 (модифицированной CsgG).

А насчёт вредного влияния ты прав. Я и сам стараюсь ему не поддаваться. И не зацикливаться на устаревших технологиях NGS. wink.gif

**********************************************************

Почему-то незамеченным мировой общественностью осталось сообщение китайцев (BGI) о приёме заявок на полногеномное секвенирование (30х100PE, Q30>80%) за $600 на китайских же секвенаторах BGISEQ-500:
https://www.bgi.com/us/human-whole-genome-s...ncing-from-600/
BGISEQ-500 Service
Human Whole Genome Sequencing from $600
Including:
Sample QC, library construction and sequencing
High quality 30X 100PE data delivered in standard .fastq format
Multiple bioinformatics options available.

картинка: China_GeneBank.JPG
Машинный зал Китайского национального ГенБанка (150 BGISEQ-500)

Кстати, о китайцах. Их секвенаторы делают WGS одного генома за 2 дня. Иллюминовский NovaSeq 6000 на самых больших ячейках за то же время способен просеквенировать до 50 геномов человека. Т.е. китайские полторы сотни BGISEQ-500 эквивалентны трём американским NovaSeq 6000. rolleyes.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.10.2017 10:46     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Снова о секвенировании. Причём завтра, т.е. в пятницу, 13 октября: wink.gif

Сообщение было отредактировано genseq - 12.10.2017 22:07

Файл/ы:

скачать файл ________NGS_2017.ppt
размер: 4.27мб
кол-во скачиваний: 58




Всего благодарностей: 3Поблагодарили (3): LMP, dk, sceptique
Участник оффлайн! Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far



 прочитанное сообщение 12.10.2017 16:31     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(genseq @ 12.10.2017 08:46)
 Снова о секвенировании. Причём завтра, т.е. в пятницу, 13 октября:  wink.gif

Познавательно. Почерпнул для себя кое-что новое, хотя сам секвенировал на многих платформах (Roche 454, Illumina NextSeq MiSeq, PacBio RSII), некоторые из которых уже успели почить. В современных условиях на мой взгляд реализация подобных высокотехнологичных проектов в России невозможна по многим причинам.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.10.2017 21:06     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Компания Oxford Nanopore отказалась продавать секвенаторы MinION организациям, попавшим в санкционный список. Пока известно о двух таких организациях - МГУ и Санкт-Петербургский университет.
https://www.facebook.com/maria.log.794/post...204187752292013
https://www.facebook.com/nick.poyarkov/post...2%3A%22R0%22%7D

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): LMP, sceptique
Участник оффлайн! -bI




 прочитанное сообщение Сообщение на английском  18.10.2017 09:55     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

confused.gif wall.gif eek.gif

Сообщение было отредактировано -bI - 18.10.2017 09:57
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 19.10.2017 11:47     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(genseq @ 17.10.2017 22:06)
Ссылка на исходное сообщение  Компания Oxford Nanopore отказалась продавать секвенаторы MinION организациям, попавшим в санкционный список. Пока известно о двух таких организациях - МГУ и Санкт-Петербургский университет.
https://www.facebook.com/maria.log.794/post...204187752292013
https://www.facebook.com/nick.poyarkov/post...2%3A%22R0%22%7D

Это очень хорошо. umnik.gif
Такими темпами даже до наших завхозов и откатчиков в так называемой "академии" дойдёт, что деньги на исследования и технологии, которые они спёрли, им никогда не удастся заместить за счёт их западных друзей, их технологий и образцов для подражания. Логачёва правильно написала, ей действительно пора пересматривать картину своего аутичного мира на более реалистичную, в которой у её страны, университета и лаборатории всего два союзника в мире - Армия и Флот. Ну или валить отсюда работать сиделкой в СШП, если шок слишком сильный, поскольку в науке там тоже перманентный кризис и места с деньгами только для своих. Ну, и, какбе, убрать мифическую "эволюцию" уже наконец из названия своей лабы.

Кстати, на регистраторе патч-клямпа давно пора сделать прототип и, потом, свой поровый секвенатор. Если не хотим отстать навсегда. Если, конечно, у нас есть в стране ещё электроника такого класса, для засекания изменения сигнала с единичных пор-ячеек. Еще раз: если нанопоровские секвенаторы так хороши, как заявляют из производители, то через лет 5-10 других на рынке не останется и уже сейчас нужно срочно начинать делать свой.

Сообщение было отредактировано sceptique - 19.10.2017 11:55

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): kblag
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 20.10.2017 14:13     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо

(genseq @ 17.10.2017 22:06)
Ссылка на исходное сообщение  Компания Oxford Nanopore отказалась продавать секвенаторы MinION организациям, попавшим в санкционный список. Пока известно о двух таких организациях - МГУ и Санкт-Петербургский университет.
https://www.facebook.com/maria.log.794/post...204187752292013
https://www.facebook.com/nick.poyarkov/post...2%3A%22R0%22%7D

Нет, это была последняя капля - выдвигаю себя в Президенты! Сабчак может, а я нет?!
Долой тоталитаризм, каждому молбиолоху по минИОНУ!!! tongue.gif

Всего благодарностей: 3Поблагодарили (3): sceptique, ksm, dk
Участник оффлайн! ksm
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.10.2017 17:08     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Мне пах-био, пжалста!
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.10.2017 17:20     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

PacBio? Уже поздно. Их последняя разработка (Sequel) уступает оксфордскому MinION по всем параметрам. weep.gif
Участник оффлайн! ksm
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.10.2017 18:35     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(genseq @ 20.10.2017 18:20)
Ссылка на исходное сообщение  PacBio? Уже поздно. Их последняя разработка (Sequel) уступает оксфордскому MinION по всем параметрам.  weep.gif

так они ж теперь по ту сторону санкций!
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 20.10.2017 19:54     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Так PacBio - американцы, тоже, наверное, под санкциями? Отечественный Нанофор-5 - вот наш ответ империализму!
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 20.10.2017 22:52     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Может Собчак отправить к её друзьям за миниИОНами, а потом принять на работу в МГУ почетным профессором эволюционной теории и обойти таким образом санкции?
Участник оффлайн! ksm
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.10.2017 11:40     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

либо создать научный офшор на Бермудах. устроить туда на 1/100 инженера всех сотрудников, которые потом будут заказывать себе минИОНы и везти на себе все это добро на родину.
а в принципе подозреваю, что санкции санкциями, а тяжелую дорогую технику сила жадности вырвет из-за санкционного барьера.

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): Fanat MMM, LMP
Участник оффлайн! Fanat MMM

СПб



 прочитанное сообщение 21.10.2017 14:25     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(ksm @ 21.10.2017 12:40)
Ссылка на исходное сообщение  либо создать научный офшор на Бермудах. устроить туда на 1/100 инженера всех сотрудников, которые потом будут заказывать себе минИОНы и везти на себе все это добро на родину.
а в принципе подозреваю, что санкции санкциями, а тяжелую дорогую технику сила жадности вырвет из-за санкционного барьера.

Это точно. Сименс же продали санкционные газовые турбины
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 21.10.2017 21:44     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(ksm @ 21.10.2017 12:40)
Ссылка на исходное сообщение  либо создать научный офшор на Бермудах. устроить туда на 1/100 инженера всех сотрудников, которые потом будут заказывать себе минИОНы и везти на себе все это добро на родину.
а в принципе подозреваю, что санкции санкциями, а тяжелую дорогую технику сила жадности вырвет из-за санкционного барьера.

Мини тем и хороши, что они не тяжелые и не такие уж и дорогие, даже сейчас.
Плохи они тем, что расходка у них проприетарная и закрытая, а без неё они безполезны.
Участник оффлайн! ksm
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 23.10.2017 19:20     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

"3. Во избежание попадания в Список запрещенных к отгрузкам лабораторий запрещается передавать продукцию Oxford Nanopore Technologies третьим лицам.
4. Компания СкайДжин может поставить несколько стартовых наборов MinION для разных конечных пользователей в рамках одной организации. Если пользователи будут разные и не будут передавать приборы третьим лицам, и будут пользоваться ими по фактическому адресу лаборатории, то СкайДжин и Oxford Nanopore Technologies будут рады поставить новую технологию."

какая-то чушь! причем тут адрес лаборатории? закупает-то юр-лицо!
т.е. они предлагают сиеквенс запускать в отделе закупок?!)))

Сообщение было отредактировано ksm - 23.10.2017 19:22
Участник оффлайн! ksm
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 23.10.2017 19:54     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

на самом деле я знаю как решить их проблему, но это весьма темное колдунство:
человек, который будет работать на секвенаторе, посылает им собственную кровь вместо подписи.
Оксфорды высылают ему известную только им панель олигов по типу амплисека под сиквенс, и сами параллельно секвенируют ее. Пользователь обязан добавлять в каждый сиквенс собственноручно приготовленную из собственной крови библиотеку, в противном случае секвенатор взрывается и уничтожает пользователя.
КРОВАВОЕ БАРКОДИРОВАНИЕ!!!

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): sceptique, Horse-radish
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 24.10.2017 18:29     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(ksm @ 23.10.2017 20:20)
Ссылка на исходное сообщение  "3. Во избежание попадания в Список запрещенных к отгрузкам лабораторий запрещается передавать продукцию Oxford Nanopore Technologies третьим лицам.
4. Компания СкайДжин может поставить несколько стартовых наборов MinION для разных конечных пользователей в рамках одной организации. Если пользователи будут разные и не будут передавать приборы третьим лицам, и будут пользоваться ими по фактическому адресу лаборатории, то СкайДжин и  Oxford Nanopore Technologies будут рады поставить новую технологию."

какая-то чушь! причем тут адрес лаборатории?  закупает-то юр-лицо!
т.е. они предлагают сиеквенс запускать в отделе закупок?!)))

Это очень хороший договор на поставку.

Никто не мешает заключить договор на оказание услуг секвенирования между организациями и их оказывать с использованием этих приборов на их территориях по их адресам. А еще лучше - после заключения такой договор засекретить.
Участник оффлайн! LMP
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.10.2017 10:55     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

У СкайДжина, видимо представительства в ЕС нет. Так бы просто на себя закупали, а дальше уже их дело куда и кому везти.
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 25.10.2017 14:36     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(LMP @ 25.10.2017 11:55)
Ссылка на исходное сообщение  У СкайДжина, видимо представительства в ЕС нет. Так бы просто на себя закупали, а дальше уже их дело куда и кому везти.

Нет, с ними бы так не заключили договор. Я вообще удивлён, что англосаксы даже своим карманным "учёным" на нашей территории эти секвенаторы продали. Все договора на высокотехнологичные и наукоемкие изделия в ихней системе проходят одобрение комитетов по экспортному контролю, работающих по прецедентному принципу. Если СкайДжин, по данным ихнего извращенческого недогосударства, поставит хоть раз миниИОН каким-либо третьим лицам из стоп-списка (даже если купил на себя), то его дистрибьюторский договор немедленно разорвут (а он наверняка эксклюзивный) и заключат с кем-то ещё. Так что в плане этих приборов наши гейропейские друзья умеют делать за деньги из наших граждан и коллег весьма внимательных своих сотрудников при распространении приборов... shuffle.gif

Видать, боятся китайцев с их демпингом, хотят основать управляемый плацдарм присутствия на будущее. Чтобы когда о крупномасштабной интервенции на наш рынок пойдёт речь, среди наших аборигенов уже был кто-то кто сможет научить за короткий срок всех как на этом работать.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.10.2017 15:31     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

В начале года иллюминовцы обещали представить общественности до конца года секвенатор Firefly. Конец уже близок, поэтому на днях они продемонстрировали этот секвенатор публике. Отзывов ещё нет, но он уже, похоже, вполне работоспособен.

Картинки:
картинка: Firefly_.JPG
Firefly_.JPG — (24.49к)   

картинка: Firefly.JPG
Firefly.JPG — (31.06к)   

Участник оффлайн! kblag
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.10.2017 15:55     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

уродец какой-то
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 25.10.2017 16:37     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

кому интересно как он светится синей линией?

пусть длину ридов опубликуют, цену на 1 запуск и сколько ридов получается с 1 запуска.
Участник оффлайн! ksm
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.10.2017 18:27     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(sceptique @ 25.10.2017 17:37)
Ссылка на исходное сообщение  кому интересно как он светится синей линией?

пусть длину ридов опубликуют, цену на 1 запуск и сколько ридов получается с 1 запуска.

Sequencing error rates are already less than 1 percent, deSouza said. The instrument will generate around 1 gigabase of data per run and will be able to analyze between four to eight samples per run for about $100 per sample.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.10.2017 19:06     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(ksm @ 25.10.2017 16:27)
Ссылка на исходное сообщение  Sequencing error rates are already less than 1 percent, deSouza said. The instrument will generate around 1 gigabase of data per run and will be able to analyze between four to eight samples per run for about $100 per sample.


Это они говорили в начале года. Сейчас должна появиться свежая информация.
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 25.10.2017 19:29     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Таргетное секвенирование, сталбыть. 125килобаз - это один длинный ген с промотерной областью или 2-3 коротких. Как по мне - за 6000 рублей весьма неплохое соотношение цены и результата. А если он сам будет 2-3 мильона стоить - капиллярники с рынка он точно вытеснит.

Осталось узнать цену лицензии на медицинские цели. Её всегда продают отдельно и раз в 5 дороже самого прибора...

Сообщение было отредактировано sceptique - 25.10.2017 19:33
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.11.2017 11:15     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Ещё одно событие, незамеченное мировой общественностью.
На ASHG 2017 был представлен Saphyr - прибор для картирования никазных сайтов в очень длинных фрагментах ДНК:
https://bionanogenomics.com/products/saphyr/
От предшественника (Irys) отличается очень приличной производительностью. Одна ячейка выдаёт >640 Gb для фрагментов >100 т.п.о. или >320 Gb при увеличении их длины (>150 т.п.о.).
Может служить хорошим дополнением к флуоресцентным секвенаторам, позволяющим определять CNV и прочие геномные перестройки.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): sceptique
Участник оффлайн! Neo 777
Участник



 прочитанное сообщение 08.11.2017 18:02     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Что мешает нам сделать свой отечественный секвенатор, на полностью наших комплектующих? или уже все настолько плохо, что не сможем??
Участник оффлайн! kblag
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.11.2017 18:19     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Что-бы сделать хорошо нужен рынок сбыта и большой масштаб. Это не вопрос можем или нет, а кто будет покупать. Как показывает практика, приборы сделанные на коленке в единичных копиях стабильно работают только в руках авторов.

Из своих комплектующих мы пока даже пластик для ПЦР делать не можем.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): sceptique
Участник оффлайн! LMP
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.11.2017 10:59     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(kblag @ 08.11.2017 16:19)
Ссылка на исходное сообщение  
Из своих комплектующих мы пока даже пластик для ПЦР делать не можем.
сейчас прибежит яков из синтола и скажет, что это не так smile.gif А в целом всё верно frown.gif Нанофор-то обычный уже лет 17 как "доводят"...
Участник оффлайн! kblag
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.11.2017 11:15     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

сейчас прибежит яков из синтола и скажет, что это не так

про этот проект я в курсе, только вот не знаю, чем он завершился и где купить пластик smile.gif
хотя посыл верный - начинать нужно с малого
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 09.11.2017 13:52     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо

(LMP @ 09.11.2017 11:59)
Ссылка на исходное сообщение  сейчас прибежит яков из синтола и скажет, что это не так smile.gif А в целом всё верно frown.gif Нанофор-то обычный уже  лет 17 как "доводят"...

Партия прикажет - доведут, куда денутся. Но может уже обновленной командой. confused.gif
Даже Трамвай доводят и доводят уже 15 лет, все никак... А европя ведь ждет! weep.gif
Думаю, сначала решили Армату довести. smile.gif

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Алексей Солдатов
Участник оффлайн! Neo 777
Участник



 прочитанное сообщение 09.11.2017 18:30     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Господа и товарищи.
Т. е. представляете, что получается: допустим, в один прекрасный момент заграница взбеленится и скажет: все, налагаем вето на поставки в Россию любой электроники и оборудования. И что тогда будет со страной? Это очень опасно - ничего не уметь производить самим - начиная от компьютеров и сотовых телефонов до секвенаторов.
Получается, нас очень легко могут поломать, если захотят, в любой момент.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): sceptique
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 09.11.2017 18:43     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо

(Neo 777 @ 09.11.2017 19:30)
Ссылка на исходное сообщение  Господа и товарищи.
Т. е. представляете, что получается: допустим, в один прекрасный момент заграница взбеленится и скажет: все, налагаем вето на поставки в Россию любой электроники и оборудования. И что тогда будет со страной? Это очень опасно - ничего не уметь производить самим - начиная от компьютеров и сотовых телефонов до секвенаторов.
Получается, нас очень легко могут поломать, если захотят, в любой момент.

Господам всем тогда хана, а товарищи знают как в таком случае этому Западу надрать одно место. tongue.gif

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): kblag
Участник оффлайн! igm

Непостоянный участник



 прочитанное сообщение 09.11.2017 20:33     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(Neo 777 @ 09.11.2017 19:30)
Ссылка на исходное сообщение  Господа и товарищи.
Т. е. представляете, что получается: допустим, в один прекрасный момент заграница взбеленится и скажет: все, налагаем вето на поставки в Россию любой электроники и оборудования.
Эти санкции УЖЕ ВВЕДЕНЫ США в отношении энергетического сектора России и распространяются на все фирмы во всех странах.
Участник оффлайн! Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far



 прочитанное сообщение 09.11.2017 21:48     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(genseq @ 09.11.2017 14:56)
Ссылка на исходное сообщение  Попытался опубликовать на Geektimes некоторые соображения о задачах отечественного секвенаторостроения. wink.gif
Сейчас модераторы рассматривают мою заявку.  rolleyes.gif
Если опубликуют, то дам ссылку. beer.gif 
До появления на Geektimes можно посмотреть здесь: smile.gif

Молодец, genseq, грамотно изложил первоочередные задачи советской власти! Ты только это, последний абзац убери или перепиши как-нибудь от греха подальше. Можно то же самое сказать, но другими словами.
И ещё, как уже было отмечено другими участнегами, отсутствует целеуказание для чего же и кем же это геномное секвенирование будет использоваться. На примере США я могу сказать, что примерно три четверти (как бы не больше) секвенаторов гоняют в клинике для диагностики рака - мутационные и экспрессионные узко направленные панели. Полные геномы - без надобности. Исходя из этого, твои предпочтения по нанопоровому секвенированию мягко говоря неоправданы. Знаешь сколько PacBio машин простаивает, потому что супер-дорогие длинные риды никому не нужны?

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): sceptique
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 10.11.2017 14:52     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо

(genseq @ 09.11.2017 22:54)
Ссылка на исходное сообщение Нашей целью является разработка технологии регенерации таких ячеек, которая позволит в десятки (или даже в сотни) раз уменьшить стоимость нанопорового секвенирования.

Нет, Генсек, это не является нашей целью! Это унизительно сидеть и ждать...
Одноразовые штучки должны идти только прямым, кратчайшим путем в педальное ведро.
Сколько тебя учить, что мы должны идти своим путем - вперед и вверх. smile.gif
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 11.11.2017 13:46     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(Carbon Copy @ 09.11.2017 22:48)
Ссылка на исходное сообщение... Знаешь сколько PacBio машин простаивает, потому что супер-дорогие длинные риды никому не нужны?

ПакБИО - это мертворождённый прибор, незачем его брать ориентиром. И сколько их простаивает - это говорит о том, что и пендосня иногда тупит, ошибается и лажает, тратя напечатанные ими самими деньги впустую.

А дешевый модульный принцип секвенатора размером с флешку простаивать не будет, потому что себестоимость - копейки и риски почти нулевые произвести то, что никому не нужным будет. Я, правда, до сих пор сомневаюсь в качестве и безошибочности его работы, поскольку сырых данных кроме разработчиков в общий доступ пока никто не выкладывает и проверить против какой-нибудь секвенированной клеточной линии человека самому пока нельзя эти независимые от производителя данные. А значит обман не исключён пока.

Сверхдлинные риды нужны всем, кто занимается организмами сложнее дрожжей. Это факт, который знают все.

Сообщение было отредактировано sceptique - 11.11.2017 13:47
Участник оффлайн! Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far



 прочитанное сообщение 11.11.2017 19:29     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(genseq @ 11.11.2017 09:55)
Ссылка на исходное сообщение  Последний абзац переписал. wink.gif

Ничего ты не переписал. Кто пишет про взлом програмного обеспечения и реверс-инжиниринг открытым текстом? Тебе чего, анти-российских санкций мало? Ну так навалят ещё и прекратят поставки любого оборудования в Россию, так как вы там всё воруете и обьявляете об этом во всеуслышание на весь белый свет.

(sceptique)
  Сверхдлинные риды нужны всем, кто занимается организмами сложнее дрожжей. Это факт, который знают все.

Вот когда длинные риды будут стоить как иллюминовские короткие, тогда они действительно понадобятся многим, но опять же не всем. И да, в некоторых случаях без них не обойтись - например пре секвенировании геномов растений из-за огромного количества повторов. И в клинике - для гаплотипирования. Но, пока никто не хочет платить за банкет. Некоторые, правда, которым деньги подвозят самосвалами, секвенируют на PacBio так, что дым стоит коромыслом. И не надо про мертворожденность PacBio тут заливать - технология самая передовая, но к сожалению дорогая. MinIon стоит копейки, а за расходники к нему - цены тоже пока весьма кусательные.
Участник оффлайн! ksm
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.11.2017 19:30     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(sceptique @ 11.11.2017 14:46)
Ссылка на исходное сообщение  поскольку сырых данных кроме разработчиков в общий доступ пока никто не выкладывает блаблабла


да полноте, данных до *опы. http://nextgenseek.com/2014/09/oxford-nano...genome-is-here/ для примера.
вот в СРА (прости господи): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=minion миньоны
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.11.2017 12:13     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Сегодня на Geektimes появилась публикация "Задачи отечественного секвенаторостроения": beer.gif
https://geektimes.ru/post/295313/
В связи с этим убрал ранее выложенные здесь варианты.

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): ksm, dk
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 12.11.2017 16:05     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(Carbon Copy @ 11.11.2017 20:29)
Ссылка на исходное сообщение  Ничего ты не переписал. Кто пишет про взлом програмного обеспечения и реверс-инжиниринг открытым текстом? Тебе чего, анти-российских санкций мало? Ну так навалят ещё и прекратят поставки любого оборудования в Россию, так как вы там всё воруете и обьявляете об этом во всеуслышание на весь белый свет.

(sceptique)
  Сверхдлинные риды нужны всем, кто занимается организмами сложнее дрожжей. Это факт, который знают все.

Вот когда длинные риды будут стоить как иллюминовские короткие, тогда они действительно понадобятся многим, но опять же не всем. И да, в некоторых случаях без них не обойтись - например пре секвенировании геномов растений из-за огромного количества повторов. И в клинике - для гаплотипирования. Но, пока никто не хочет платить за банкет. Некоторые, правда, которым деньги подвозят самосвалами, секвенируют на PacBio так, что дым стоит коромыслом. И не надо про мертворожденность PacBio тут заливать - технология самая передовая, но к сожалению дорогая. MinIon стоит копейки, а за расходники к нему - цены тоже пока весьма кусательные.

Не прекратят - им самим нехило обратно достаётся, пендосам всяким и ихним корпорациям по оборудованию, никто не в обиде. lol.gif Потому и реверс-инжинирингом занимаются у нас всякие оборванцы с гика, а не серьезные конторы, работающие на результат, как в том же Китае. В статье есть важный момент про тот же нанопоровый МИНион - он оказывается не работает без онлайн-контроля через сеть в реальном времени "британскими учоными"©™.
Вские брюкеры-хрюкеры уже до того дошли, что здесь, в России, свои протоколы и софт разрабатывают мозгами и умами МГУ, а потом им же их коллеги отказываются готовые разработки продавать, ссылаясь на санкции. lol.gif А если и продают, то за 10-15-кратную стоимость их изготовления. Где был изготовлен первый прототип того, что сейчас называется масс-спектрометр Q-TOF? В нашей Черноголовке совместно с Питером, в середине 90-ых. Кто его сейчас продаёт нам же и почем? Поинтересуйтесь в сети, выпадете в осадок.

Деньги самосвалами подвозят тем, кто в сговоре с основателями ПакБИО, приборы которой были ущербены с самого начала своего существования, и если бы не тонны вонючей лжи про их "прорывной характер разработки", то и изначально никому нужны бы не были. А так они хоть как-то вынуждены демонстрировать востребованность, за свои же деньги, надеясь что у остальных получится еще хуже. А тут они сильно ошиблись в своем калифорнийском нездоровом оптимизме. Время работает не на них а против них, это уже понятно.

Когда ИОН раскрутится, он всё подомнет под себя, включая клинику, поскольку там себестоимость расходки нулевая почти в сравнении, а точность и безошибочность - оптимизируется анализом статистики прочтений и всячески по-другому дорабатывается.
Участник оффлайн! ksm
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.11.2017 18:10     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(genseq @ 12.11.2017 13:13)
Ссылка на исходное сообщение  Сегодня на Geektimes появилась публикация "Задачи отечественного секвенаторостроения": beer.gif
https://geektimes.ru/post/295313/
В связи с этим убрал ранее выложенные здесь варианты.

Генсек, там на ваш способ изучения, который вы лихо "взломом" величаете уже народ шипеть начал
Участник оффлайн! Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far



 прочитанное сообщение 12.11.2017 19:26     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(sceptique @ 12.11.2017 14:05)
Когда ИОН раскрутится, он всё подомнет под себя, включая клинику, поскольку там себестоимость расходки нулевая почти в сравнении, а точность и безошибочность - оптимизируется анализом статистики прочтений и всячески по-другому дорабатывается.

ИОН клинику не подомнёт под себя никогда. Вы все тут - теоретики, оторванные от практики и не знаете и не понимаете рынка услуг next-gen секвенирования. А клинический рынок - это практически полное отсутствие геномного секвенирования. Клиникам нужно очень много коротких ридов из большого числа образцов, только тогда это становится экономически выгодно. Мультиплицирование ограничено только набором баркодов и в клинике секвенируют всегда десятками и сотнями образцов. Гоняют они в основном РНК-сек для экспрессии раковых тканей, где 75 оснований иллюминовского рида - более, чем достаточно, либо же мутационные панели опять же на рак - и опять же короткие риды. Геномное секвенирование и длинные риды им даром не нужны.
Длинные риды нужны очень узкому кругу исследователей, которые сейчас юзают PacBio. И пожалуйста, прекратите обсирать технологию, тем более, что вы не знаете о ней ничего. Вот этих научных маргиналов вы собираете осчастливить ИОН-ом? Да таких в России-то может пара лабораторий наберётся. Да, кольцевой бактериальный геном без gap-ов за раз - зашибись. Да, геном пшеницы - селекционеры будут очень благодарны. Ну и что? Хотя, конечно, на безрыбье и ИОН - хорошо, хоть и стыренный, но надо же с чего-то начинать. Возможно, лишь ради престижа и инвестиции отбить не удастся никогда. А для практики ещё раз повторюсь - нужно очень много коротких ридов и мультиплицирование образцов. Именно это и определяет коммерческий успех Иллюмины, как лидера next-gen секвенирования на сегодня.
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 12.11.2017 22:34     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Командуйте у себя на кухне, пожалуйста. Хамство и эмоции не вернут рынок проигравшим ПакБио. Таргетное секвенирование будет полупроводниковым, пока живо. Потом будет поровым, поскольку поровое по расходке почти ничего не стОит. Себестоимость анализа на поровом севенаторе сравнима с биочипами, а ошибок уже сейчас в 3 раза меньше, чем там.

Если прибор по себестоимости изготовления стоит $100, а расходка на запуск - $20, то никакие шкафы за лимон баксов с расходкой за $1000 будут никому скоро не нужны. По крайней мере, на западе. А для наших будет самое то - купить приборы, распилить бюджеты и через год-другой остаться даже без китайской расходки и с санкциями и унизительными разрешениями на запуск этих волшебных британских палочек вне МГУ...

И ни один нормальный спец ни в клинике ни в науке не откажется от приборов, которые за в 10 раз меньшие деньги будут давать в 100 более длинные риды.

Сообщение было отредактировано sceptique - 12.11.2017 22:36
Участник оффлайн! Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far



 прочитанное сообщение 13.11.2017 01:25     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

sceptique, если из нас двоих кто-то и хамит, то это Вы. Жалоба модераторам уже отправлена, поэтому впредь следите пожалуйста за языком и фильтруйте базар. Я спокойно обрисовал положение вещей в настоящий момент, а в ваших тирадах ничего громе фантазий и оскорблений - нет. Если бы да кабы во рту росли грибы, машинка будет за $100 и рас ходники - за $20. Wishful thinking и маниловщина. Mне этот диалог уже наскучил. На genseq-a я бы вообше настучал куда следует, чтобы он прекратил публикацию подрывных материалов, в которых он ставит в одну линию уважаемые российские научные учреждения и нарушения авторских прав плюс взлом програмного обеспечения. На кого работаешь, genseq?
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.11.2017 08:51     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

О, он и здесь модераторам жалуется.
А тем временем на последнем АСКО уже были представлены результаты исследования о том, что лечение как минимум одного типа рака (люминальный B РМЖ, если правильно помню) по стандартам имеет лучшие показатели безрецидивной и общей выживаемости по сравнению с новомодными экспрессионными профилями. Не хотелось бы разочаровывать поклонников инноваций в медицине, но над всякими маммапринтами сгустились тучи.
Кстати, в раке мутационных панелей мало и нужны вообще-то еще крупные перестройки. Короткие риды за счет математики кое-как научились с этим справляться буквально последние год-два, но при наличии технологии, которая позволит эти перестройки ловить напрямую - все немедленно перейдут на нее.
А уже какое количество перестроек надо ловить в наследственных болячках - пока что работает связка аффиметрикса или аджилента плюс НЖС (и иногда MLPA), но единая технология (особенно, если будет дешевле) опять-таки вытеснит всех.

Поменьше слушайте вот таких теоретиков.
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 13.11.2017 12:02     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

> Wishful thinking и маниловщина.
Анализ патента и статьи про нутро миниИОНа и его поры поколения R9.
Из $100 себестоимости этой палочки основная часть - это микроконтроллер и цепи первичного усиления/АЦП. Собственно, всё. Предельная технологичность с высокими ошибками. Технологичность настолько высокая, что позволяет менять белок поры (который в основном и генерирует частоту ошибок) и усилительную микроэлектронику/АЦП отдельно друг от друга. Никаких wetware, сохнущих резинок, валов, бачков с реагентами и микронасосов. Никаких сверхчутких ФЭУ, сверхдорогих калиброванных фотолинеек, решеточных монохроматоров и прочего.
Ну, может 1-2 есть на прибор. Это по конструкции - лазерный принтер Хьюлетт-Паккард, изначально так умно и модульно сделанный, что не завоевать весь рынок он не может.

Я сомневался про ошибки, но если в 9 из 10 нуклеотидов он не ошибается, а ридов копит целое море, то слегка переплатив уже сейчас можно весь контиг восстанавливать многократными прочтениями. То есть $20 умножить на 3-4, или даже на 10, и получить за $200 себестоимости весь геном за 2 дня со всеми снипами, гетерозиготами и достоверностью. Получить в поле, портативно, на сотовом телефоне. Или внутри машины на прометИОНе, который размерами (и себестоимостью производства, наверняка) - с лазерный принтер при своей производительности.

Понятно, что для завхоза из африканского сельхоза они поставят ценник, иллюстрирующий для него на понятном ему языке цену его незнания физики и химии с математикой, технологий микроэлектроники и многое другое. Сейчас, в начале - это 800-1000% его себестоимости производства и разработки.
Но это - неизбежность, в принципе. Завхоз, не желающий разрабатывать свои секвенаторы и биотек будет скоро кормить разработчиков чужих. С награбленного. Мне лишь наш народ жаль. И генсека...

Сообщение было отредактировано sceptique - 13.11.2017 14:07
Участник оффлайн! LMP
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.11.2017 14:35     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(avial @ 13.11.2017 06:51)
Ссылка на исходное сообщение  Не хотелось бы разочаровывать поклонников инноваций в медицине, но над всякими маммапринтами сгустились тучи. Кстати, в раке мутационных панелей мало и нужны вообще-то еще крупные перестройки.
+, а подтвержденных совсем мало:
http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/drug_resistance
И дальше тестирования хромосомных аберраций в плане диагностики пока мало кто ушел.
Не хотелось бы разочаровывать поклонников инноваций в медицине, но над всякими маммапринтами сгустились тучи.
Так особо и не разочаруете. Раковые "подписи" они ж больше для научных представлений о типах и стадиях. Другое дело, когда изучают молекулярный механизм такого-то препарата, тогда транскриптом - лучший инструмент, хоть и дорогой пока что. Тут еще дело не столько в масштабировании анализов, сколько в их стандартизации.
Участник оффлайн! Neo 777
Участник



 прочитанное сообщение 14.11.2017 19:13     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Читаю Ваши диалоги, господа-товарищи, читаю... Спорите Вы спорите...
В ключе обсуждаемой темы становятся очевидными следующие положения.
1. Обладание аппаратурой, позволяющей быстро, качественно и дешево читать любой отрезок генома или геном полностью - это и важная стратегическая, и научная задача. Решать ее нужно обязательно. Кто знает, какие задачи медицины нам станут по силам, когда геном каждого конкретного человека мы сможем расшифровывать менее чем за сутки, при стоимости такого исследования равной обычному анализу крови - 200 руб.
Думаю, если мы будем параллельно нарабатывать базу корреляций между конкретными болезнями и изменениями последовательностей нуклеотидов в конкретных разных участках генома ("патогеномная сетка" - ПГС (pathogenome mesh - PGM)@) (что делается, но не в том виде, объеме, темпами), - это может кардинально изменить те или иные направления медицины.
Хотелось бы, чтобы родившемуся (или даже развивающемуся в утробе) младенцу помимо всех прочих анализов делали полное секвенирование генома.

2. Сопутствующий вопрос: на какой стадии эмбрионального развития человека мы уже сейчас можем делать полногеномное секвенирование?

3. Если мы до скончания веков будем сидеть на игле импортного оборудования от компьютеров и мобильных телефонов до секвенаторов, то это чревато. Отечественные секвенаторы, разной мощности, с полным циклом их производства на нашей территории, обязательно должны быть. Причем в принципе без разницы, скопируем мы что-то, или скопируем а потом улучшим, либо заново изобретем и т.д. Все все друг у друга копируют, а потом стараются улучшить, превзойти.

4. Сопутствующий вопрос: почему наше верховное руководство не шевелится в этом направлении?

Сообщение было отредактировано Neo 777 - 14.11.2017 19:14

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 13.12.17 01:01
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft