Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Технологии секвенирования следующего поколения. -- Куда двигаться дальше? --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Кураторы темы:* genseq
Чёрный список: Fikkefuchs
     NB! в теме нельзя обсуждать тех, кто внесён в чёрный список
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 06.10.2011 21:35     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #51 множественное цитирование

Скинул в личку.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.10.2011 19:37     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #52 множественное цитирование

Здесь можно прослушать целую лекцию на тему "Evaluating Ion Personal Genome Machine Sequencer":
http://www.youtube.com/watch?v=dWpLrUQ_0es...layer_embedded#!
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  10.10.2011 14:30     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #53 множественное цитирование

http://2429-genomeweb.voxcdn.com/illumina-...e-tools-vendors

http://www.reuters.com/article/2011/10/07/...ype=companyNews

http://www.biospace.com/news_story.aspx?St...D=235234&full=1
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.10.2011 09:31     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #54 множественное цитирование

(Guest @ 10.10.2011 12:30)


И что?
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 11.10.2011 11:20     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #55 множественное цитирование

(genseq @ 11.10.2011 09:31)
Ссылка на исходное сообщение  И что?


ничего - похоже в России слишком много приборов для сиквинирования "геномов русских" smile.gif

пора сокращать клиентов

(genseq @ 11.10.2011 09:31)
Ссылка на исходное сообщение  И что?


smile.gif

http://www.i-gene.ru/faq#ans_%D0%A7%D1%82%...%93%D0%B5%D0%BD
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.10.2011 16:57     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #56 множественное цитирование

Попытаюсь угадать ход Ваших мыслей.

Первая серия ссылок касалась падения на 6...7% стоимости акций компаний, конкурирующих на рынке приборов и услуг NGS, и о небольшом сокращении персонала в Вашингтонском геномном центре. Основные причины - урезание бюджета NHI, выделяемого на научные разработки, а также сезонные колебания затрат на НИР в III квартале (период отпусков). Последняя ссылка - на российскую компанию "Мой Ген" (Геноаналитика), пытающуюся "обувать" лохов при помощи гибридизационных ДНК-чипов на 5 тысяч SNP (Illumina) и типирования их "Здоровья" и "Происхождения".

Из всего этого делается вывод о том, что в России слишком много секвенаторов.

Правильно ли я Вас понял?
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 11.10.2011 17:11     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #57 множественное цитирование

(genseq @ 11.10.2011 16:57)
Ссылка на исходное сообщение  Попытаюсь угадать ход Ваших мыслей.

Первая серия ссылок касалась падения на 6...7% стоимости акций компаний, конкурирующих на рынке приборов и услуг НГС, и о небольшом сокращении персонала в Вашингтонском геномном центре. Основные причины - урезание бюджета НХИ, выделяемого на научные разработки, а также сезонные колебания затрат на НИР в ИИИ квартале (период отпусков). Последняя ссылка - на российскую компанию "Мой Ген" (Геноаналитика), пытающуюся "обувать" лохов при помощи гибридизационных ДНК-чипов на 5 тысяч СНП (Иллумина) и типирования их "Здоровья" и "Происхождения".

Из всего этого делается вывод о том, что в России слишком много секвенаторов.

Правильно ли я Вас понял?


1. ну не 6-7 % , а в этом году 40-80 %

2. дешевых халявных госденег на "геномы русских" не будет - поетому это "не сезон отпусков"

3. ГенноАналитика вроде имеет : Ион Торрент , СОЛИД4 и ГА2Х и позиционирует себя ,
как "провайдер НГС сервисов" - но "ценники за услуги" не лезут ни в какие ворота smile.gif

Итого - в России приборов много , но нафиг они кому нужны за такие деньги ? smile.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 11.10.2011 18:07     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #58 множественное цитирование

(Guest @ 11.10.2011 18:11)
Ссылка на исходное сообщение  1. ну не 6-7 % , а в этом году 40-80 %

2. дешевых халявных госденег на "геномы русских" не будет - поетому это "не сезон отпусков"

3. ГенноАналитика вроде имеет : Ион Торрент , СОЛИД4 и ГА2Х и позиционирует себя ,
как "провайдер НГС сервисов" - но "ценники за услуги" не лезут ни в какие ворота smile.gif

Итого - в России приборов много , но нафиг они кому нужны за такие деньги ? smile.gif

Ход мыслей, конечно, интересный... yes.gif
Если существует и процветает (а может и нет confused.gif ) Геноаналитика - значит ЭТО кому-то нужно!? confused.gif Я не про звезды, которые на небе... wink.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.10.2011 09:14     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #59 множественное цитирование

(Guest @ 11.10.2011 15:11)
Ссылка на исходное сообщение  1. ну не 6-7 % , а в этом году 40-80 %


Виноват. Был не прав.
-6...7% - это "температура в среднем по больнице".
За сентябрь стоимость акций упала весьма ощутимо:
Pacific Biosciences - -54,66%;
Complete Genomics - -35,21%;
Illumina - -21,46%;
Life Technologies - -8,5%.
Caliper - +39,23%.
картинка: StockPrices.JPG
http://www.persistentchange.com/companies/...h-months-tools/

Обвал стоимости акций у PacBio (PACB) и у Complete Genomics (NASDAQ:GNOM) был вполне предсказуем, причём предсказывался ещё 4 года назад. Удивляет только, что они продержались так долго. Возможно, эта паника отразилась и на "ближайших соседях", хотя свой вклад внесло и снижение финансирования NIH (~1%), и сезонный фактор. Но не стоит преувеличивать влияние нестабильности финансового рынка на развитие NGS.
Объём рынка секвенирования ещё 2...3 года будет медленно но верно расти (на 20...30% в год), а после перехода NGS с академических задач на решение прикладных проблем (Clinical NGS) может резко увеличиться (в 10...100 раз).

Кстати, о Clinical NGS:

Сообщение было отредактировано genseq - 12.10.2011 10:05

Файл/ы:

скачать файл Clinical_Next_Gen_Sequencing.pdf
размер: 20.84к
кол-во скачиваний: 379


Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 12.10.2011 13:26     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #60 множественное цитирование

"а после перехода НГС с академических задач на решение прикладных проблем" (ц)

Даеш НГС в каждую поликлинику ! Ударим автопробегом по .... smile.gif

"Рогаев Е. Генетические факторы и полигенные модели болезни Альцгеймера " smile.gif

Похоже ХиСек 2000 у Рогаева долго не освободится от пациентов smile.gif

http://www.asna.ru/med_info/news/med/58
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.10.2011 09:00     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #61 множественное цитирование

(Guest @ 08.09.2011 15:08)


Попытался разобраться с ДНКазной фрагментацией. Похоже, "фрагментаза". используемая для пробоподготовки у PGM - это NEBNext® dsDNA Fragmentase™:
http://www.neb.com/nebecomm/products/productM0348.asp
Является смесью рекомбинантных ДНКаз из Vibrio vulnificus и фага T7. Расход на пробу - ~2$

Что касается dsDNA Shearase™, предлагаемой компанией Zymo Research, то по всем параметрам она напоминает ДНКазу Serratia marcescens, известную также как "Benzonase". Расход на пробу копеечный. jump.gif

В старину валялся у меня в холодильнике пузырёк ДНКазы Sma отечественного производства. Интересно, сейчас её у нас чистят, или и это захирело? weep.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 19.10.2011 11:18     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #62 множественное цитирование

(genseq @ 17.10.2011 09:00)
Ссылка на исходное сообщение  Попытался разобраться с ДНКазной фрагментацией. Похоже, "фрагментаза". используемая для пробоподготовки у ПГМ - это НЕБНехт® дсДНА Фрагментасе™:
хттп://щщщ.неб.цом/небецомм/продуцтс/продуцтМ0348.асп
Является смесью рекомбинантных ДНКаз из Вибрио вулнифицус и фага Т7. Расход на пробу - ~2$

Что касается дсДНА Шеарасе™, предлагаемой компанией Зымо Ресеарч, то по всем параметрам она напоминает ДНКазу Серратиа марцесценс, известную также как "Бензонасе". Расход на пробу копеечный. jump.gif

В старину валялся у меня в холодильнике пузырёк ДНКазы Сма отечественного производства. Интересно, сейчас её у нас чистят, или и это захирело? weep.gif


обычный ултразвук "horn cup" в еппендорфаг за 10 минут все делает прекрасно

http://genomics.med.tufts.edu/documents/pr...els_and_PCR.pdf
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 19.10.2011 14:30     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #63 множественное цитирование

(Guest @ 19.10.2011 09:18)
Ссылка на исходное сообщение  обычный ултразвук "horn cup" в еппендорфаг за 10 минут все делает прекрасно

http://genomics.med.tufts.edu/documents/pr...els_and_PCR.pdf


Только после ультразвука нужно ещё концы "тупить". weep.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 24.10.2011 12:06     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #64 множественное цитирование

(genseq @ 19.10.2011 14:30)
Ссылка на исходное сообщение  Только после ультразвука нужно ещё концы "тупить". weep.gif

http://www.fermentas.com/en/products/all/m...-dna-end-repair
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 24.10.2011 12:31     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #65 множественное цитирование

Спасибо за ссылку. Неплохая смесь:
картинка: Fermentas.JPG
Но после ультразвука часть 3'-концов будет фосфорилирована. Как с ними посоветуете бороться? Добавить предварительную фосфатазную обработку с инактивацией фермента перед затуплением концов?
А нельзя ли попроще?
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 24.10.2011 16:03     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #66 множественное цитирование

вроде 3-фосфатаза уже в ферментасовсском ките ? smile.gif

"НГС звуковые мойки" подорожали до 20.000 евров smile.gif

http://www.diagenode.com/en/catalog/equipm...ruptor-ngs-2277
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 24.10.2011 18:57     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #67 множественное цитирование

(Guest @ 24.10.2011 14:03)
Ссылка на исходное сообщение  вроде 3-фосфатаза уже в ферментасовсском  ките ? smile.gif

"НГС звуковые мойки"  подорожали до 20.000 евров smile.gif

http://www.diagenode.com/en/catalog/equipm...ruptor-ngs-2277


Виноват. Проглядел. Не знал, что полинуклеотидкиназа обладает 3'-фосфатазной активностью. Век живи - век учись!

"Мойки", действительно, дороговаты wall.gif . ДНКазная фрагментация, не требующая затупления, явно лучше beer.gif . Но лично мне больше нравится ПЦР-фрагментация. Для неё вообще почти ничего не нужно, да ещё и адапторы сразу пристыковываются. jump.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 24.10.2011 19:11     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #68 множественное цитирование

(genseq @ 24.10.2011 18:57)
Ссылка на исходное сообщение  Виноват. Проглядел. Не знал, что полинуклеотидкиназа обладает 3ь-фосфатазной активностью. Век живи - век учись!

"Мойки", действительно, дороговаты wall.gif . ДНКазная фрагментация, не требующая затупления, явно лучше beer.gif . Но лично мне больше нравится ПЦР-фрагментация. Для неё вообще почти ничего не нужно, да ещё и адапторы сразу пристыковываются. jump.gif


мне для хроматиновых Чип-Секов только ультразвук подходит smile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 24.10.2011 20:24     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #69 множественное цитирование

(Guest @ 24.10.2011 17:11)
Ссылка на исходное сообщение  мне для хроматиновых Чип-Секов только ультразвук подходит smile.gif


А чем ДНКазы хуже?
Участник оффлайн! comp3v
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 25.10.2011 00:26     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #70 множественное цитирование

а что такое ПЦР-фрагментация?
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 25.10.2011 07:28     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #71 множественное цитирование

(genseq @ 24.10.2011 20:24)
Ссылка на исходное сообщение  А чем ДНКазы хуже?


днказы в закрытый хроматин не лезут , "ДНКз1 гиперсенситиве сайтс" мне картировать не нужно smile.gif
трансфаки ДНКазы могут "отфутпринтить" до фрагментов 10-15 бп -
ну и как сиквинировать 10 бп вставки ? smile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.10.2011 08:55     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #72 множественное цитирование

(comp3v @ 24.10.2011 22:26)
Ссылка на исходное сообщение  а что такое ПЦР-фрагментация?


PCR-фрагментация ДНК / Л.А.Железная и др. // Биохимия. – 1999. – Т.64, вып.4. - с.447-453.
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 25.10.2011 09:24     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #73 множественное цитирование

(Guest @ 25.10.2011 08:28)
Ссылка на исходное сообщение  днказы в закрытый хроматин не лезут , "ДНКз1 гиперсенситиве сайтс" мне картировать не нужно smile.gif
трансфаки ДНКазы могут "отфутпринтить" до фрагментов 10-15 бп -
ну и как сиквинировать 10 бп вставки ? smile.gif

Я об этом предупреждал...
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 25.10.2011 09:26     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #74 множественное цитирование

(genseq @ 24.10.2011 18:57)
Ссылка на исходное сообщение  Виноват. Проглядел. Не знал, что полинуклеотидкиназа обладает 3ь-фосфатазной активностью. Век живи - век учись!

"Мойки", действительно, дороговаты wall.gif . ДНКазная фрагментация, не требующая затупления, явно лучше beer.gif . Но лично мне больше нравится ПЦР-фрагментация. Для неё вообще почти ничего не нужно, да ещё и адапторы сразу пристыковываются. jump.gif


генсек - твой бзик по "ускорению -удешевлению" производства НГС библиотек - не имеет смысла smile.gif даунстриим "биоинформатик боттлнек" - угробит все твои "наноболы" и Ионы Торренты smile.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 25.10.2011 09:44     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #75 множественное цитирование

(genseq @ 25.10.2011 09:55)
Ссылка на исходное сообщение  PCR-фрагментация ДНК / Л.А.Железная и др. // Биохимия. – 1999. – Т.64, вып.4. - с.447-453.

По Железной - очень громоздко и нерационально. Был еще в те годы и DOP-PCR (термин можно использовать в поиске).
Примерная схема, как я планирую:
1. ПЦР, двухстадийная,
2. рестрикция очень крупно (редко),
3. очистка продукта,
4. лигирование,
5. RCA.
1 раб. день. Если даже два - не принципиально... Готовые ДНК наноболы для желающих "поиграть в новую игру". smile.gif

Но любителям экстрима (модификация ДНК формальдегидом и прочей годостью) - не пойдет сходу, надо помучиться, как положено. wink.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 25.10.2011 09:49     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #76 множественное цитирование

(-Ъ- @ 25.10.2011 09:44)
Ссылка на исходное сообщение  По Железной - очень громоздко и нерационально. Был еще в те годы и ДОП-ПЦР (термин можно использовать в поиске).
Примерная схема, как я планирую:
1. ПЦР, двухстадийная,
2. рестрикция очень крупно (редко),
3. очистка продукта,
4. лигирование,
5. РЦА.
1 раб. день. Если даже два - не принципиально... Готовые ДНК наноболы для желающих "поиграть в новую игру". smile.gif

Но любителям экстрима (модификация ДНК формальдегидом и прочей годостью)  - не пойдет сходу, надо помучиться, как положено. wink.gif


за 10 минут 1% формалин сильно не гадит и классическая "Лигейшн Медиейтед ПЦР" прекрасно делает Иллуниновские библиотеки smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 25.10.2011 09:55     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #77 множественное цитирование

(-Ъ- @ 25.10.2011 09:44)
Ссылка на исходное сообщение  По Железной - очень громоздко и нерационально. Был еще в те годы и ДОП-ПЦР (термин можно использовать в поиске).
Примерная схема, как я планирую:
1. ПЦР, двухстадийная,
2. рестрикция очень крупно (редко),
3. очистка продукта,
4. лигирование,
5. РЦА.
1 раб. день. Если даже два - не принципиально... Готовые ДНК наноболы для желающих "поиграть в новую игру". smile.gif

Но любителям экстрима (модификация ДНК формальдегидом и прочей годостью)  - не пойдет сходу, надо помучиться, как положено. wink.gif


Геном Неандерталца однако отсиквинировали - а ето тебе не формалин smile.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 25.10.2011 09:56     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #78 множественное цитирование

(Guest @ 25.10.2011 10:49)
Ссылка на исходное сообщение  за 10 минут 1% формалин сильно не гадит и классическая "Лигейшн Медиейтед ПЦР" прекрасно делает Иллуниновские библиотеки smile.gif

Ну тогда тебя тоже берем в команду "наноболистов" smile.gif !.

Надо будет почитать на досуге как иллюминаты свои библиотеки делают, но уже в деталях. yes.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 25.10.2011 10:11     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #79 множественное цитирование

(Guest @ 25.10.2011 10:55)
Ссылка на исходное сообщение  Геном Неандерталца однако отсиквинировали - а ето тебе не формалин smile.gif

Но мой взгляд там матрица попроще, "модифицирована" ДНК-азами и кислородом.. confused.gif
Кусочки нормальной ДНК, но оооочень короткой... confused.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 25.10.2011 10:50     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #80 множественное цитирование

(-Ъ- @ 25.10.2011 09:56)
Ссылка на исходное сообщение  Ну тогда тебя тоже берем в команду "наноболистов" smile.gif !.

Надо будет почитать на досуге как иллюминаты свои библиотеки делают, но уже в деталях. yes.gif


делают по Булату и Велшу - два длинных арбитрари праймера 60нт А и Б ПЦРят только фрагменты с разными концами : ) одинаковые хвосты А-А , Б-Б "спрессируются" по Еврогену и Ко smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 25.10.2011 10:59     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #81 множественное цитирование

(-Ъ- @ 25.10.2011 09:56)
Ссылка на исходное сообщение  Ну тогда тебя тоже берем в команду "наноболистов" smile.gif !.

Надо будет почитать на досуге как иллюминаты свои библиотеки делают, но уже в деталях. yes.gif

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P...?tool=pmcentrez
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.10.2011 16:35     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #82 множественное цитирование

Учитесь у классика! umnik.gif

Картинки:
картинка: Soldatov.JPG
Soldatov.JPG — (44.97к)   



Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): MrDmitry
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 25.10.2011 16:49     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #83 множественное цитирование

сайз-селекшн посли лигирования этих дудацких иллуминофских Y-адаптеров я не делаю особенно когда всего 5 нанограмм чип ДНК smile.gif

отПЦРил , а уж потом "сайз-селекшн" smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  26.10.2011 08:09     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #84 множественное цитирование

http://www.sumobrain.com/patents/wipo/Meth...2010064040.html

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): -Ъ-
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  26.10.2011 08:23     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #85 множественное цитирование

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P.../ukmss-4024.pdf

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): -Ъ-, haurhot
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 26.10.2011 10:21     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #86 множественное цитирование

(genseq @ 25.10.2011 08:55)
Ссылка на исходное сообщение  ПЦР-фрагментация ДНК / Л.А.Железная и др. // Биохимия. – 1999. – Т.64, вып.4. - с.447-453.


Генсек - займись производством китов для Иллумины - намного полезней чем из Новосибирсского синтезатора олигов делать восьмиканальный Ион Торрент smile.gif

http://www.biooscientific.com/NGSProducts....on%20Sequencing
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 26.10.2011 10:40     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #87 множественное цитирование

русская компания "Хеликон" увеличила производительность Иона Торрента до 100 миллионов "чтений" smile.gif
http://www.helicon.ru/catalog/detail.php?I...ELEMENT_ID=4334

Это СПАМ!
Это сообщение — спам.
ksm
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 26.10.2011 12:01     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #88 множественное цитирование

(Guest @ 26.10.2011 11:40)
Ссылка на исходное сообщение  русская компания "Хеликон" увеличила производительность Иона Торрента до 100 миллионов "чтений" smile.gif
http://www.helicon.ru/catalog/detail.php?I...ELEMENT_ID=4334

Завидуешь? smile.gif Все еще впереди.
Guest
IP-штамп: frEiFPK2ZWkzc
гость



 прочитанное сообщение 26.10.2011 12:29     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #89 множественное цитирование

(-Ъ- @ 26.10.2011 12:01)
Ссылка на исходное сообщение  Завидуешь? smile.gif  Все еще впереди.

chemu zavidovat' - tomu, chto rebyata iz helikona ne otlichayut chteniya ot nukleotidov? confused.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 26.10.2011 13:03     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #90 множественное цитирование

(genseq @ 25.10.2011 08:55)
Ссылка на исходное сообщение  ПЦР-фрагментация ДНК / Л.А.Железная и др. // Биохимия. – 1999. – Т.64, вып.4. - с.447-453.


Генсек - из вот этой Российсской штуки за полдня производится американский Биораптер ценой 20000 евров
переверни его вверх ногами и насади стаканчик подключаемый к 4 градуса циркулируюйщей водяной помпе

получиш суперприбор для создания библиотек для NGS smile.gif

http://www.petsonic.ru/uzo-02-02-01.shtml
Участник оффлайн! vadich
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 26.10.2011 16:43     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #91 множественное цитирование

(Guest @ 26.10.2011 11:22)
Ссылка на исходное сообщение  Да нет - просто обалдел откуда у "Хеликона" 318-й чип и откуда 100 миллионов "ридов" на Торренте ? smile.gif


Производительность Ion Torrent сейчас на 314-м чипе составляет от 10 Мб (максимум сейчас до 100Мб), 316-м чипе от 100 Мб (максимум сейчас до 600 Мб), 318-м чипе от 1 Гб (анонсирован будет в конце этого года). https://www3.appliedbiosystems.com/cms/grou.../cms_094139.pdf
Скоро будут Paired End чтения, при этом длина чтения фрагментов больше 400 нуклеотидов: http://www.iontorrent.com/lib/images/PDFs/...ppnote_v12b.pdf

Сообщение было отредактировано vadich - 26.10.2011 16:55
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  26.10.2011 19:10     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #92 множественное цитирование

(Guest @ 26.10.2011 06:23)


Картинки:
Fif._1.JPG - кликните, чтобы открыть увеличенную картинку
Fif._1.JPG — (60.47к)   

Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 27.10.2011 09:08     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #93 множественное цитирование

генсек - найди 10 различий с твоей картинкой smile.gif

http://genomics.med.tufts.edu/documents/pr...eq_Adapters.pdf
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 29.10.2011 14:24     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #94 множественное цитирование

(Guest @ 27.10.2011 07:08)
Ссылка на исходное сообщение  генсек - найди 10 различий с твоей картинкой smile.gif

http://genomics.med.tufts.edu/documents/pr...eq_Adapters.pdf


Различий практически нет. Просто из протокола Illumina выброшен один ненужный этап, для чего пришлось немного изменить праймеры. rolleyes.gif

Читал протоколы пробоподготовки SOLID. Поражают изобилием ненужных манипуляций. То же самое наблюдается и у Illumina. Клиенты терпят, поскольку боятся экспериментировать. Очень уж дорого стоят стандартные киты. wall.gif А если кто-то и отваживается что-нибудь слегка модифицировать, то это выдают за принципиально новый подход, да ещё и патентуют. Дурдом!
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 29.10.2011 14:52     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #95 множественное цитирование

(Guest @ 22.09.2011 12:18)
Ссылка на исходное сообщение  "Для широкого круга юзеров весной они обозначили максимальную производительность в 500 Gb." (ц) smile.gif  генсек - Ссылку на сцену , чтоб языком не трепал smile.gif


Вы были правы. Приношу свои извинения за ошибочную информацию. Производительность HiSeq 2000 весной должна была возрасти до 600 Gb. Правда, с выпуском новых наборов, если не ошибаюсь, была какая-то заминка. Впрочем ошибаюсь я всё чаще и чаще. Сосуды головного мозга прочищает водка, а столько, сколько нужно, мне уже не выпить. weep.gif

600 Gb HiSeq Reagent Kits:
http://www.illumina.com/documents//product...seq_systems.pdf
Участник оффлайн! downshifter
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 30.10.2011 00:18     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #96 множественное цитирование

(genseq @ 29.10.2011 15:52)
Ссылка на исходное сообщение  Вы были правы. Приношу свои извинения за ошибочную информацию. Производительность HiSeq 2000 весной должна была возрасти до 600 Gb. Правда, с выпуском новых наборов, если не ошибаюсь, была какая-то заминка. Впрочем ошибаюсь я всё чаще и чаще. Сосуды головного мозга прочищает водка, а столько, сколько нужно, мне уже не выпить. weep.gif 

600 Gb HiSeq Reagent Kits:
http://www.illumina.com/documents//product...seq_systems.pdf


Ну вот тут в соседней комнате 510 ГБ получили smile.gif
А уж какие у них версии реагентов я не знаю frown.gif
Надо спросить wink.gif
Участник оффлайн! downshifter
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 31.10.2011 21:42     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #97 множественное цитирование

(bee1 @ 31.10.2011 22:27)
Ссылка на исходное сообщение  на таких оверлодах программы Чип-сек и РНК-Сек не работают - передай соседям smile.gif
биоинхфарматики всех стран smile.gif
ты хоть раз пробовал 500 гб сунуть хоть в одну программку Миши Гелфанада ? smile.gif


ну очень содержательный комментарий!
мне неясны только три вопроса:
1) при чём тут рна-сек и чип-сек?
2) при чём тут Гельфанд?
3) при чём тут я? я так, мимо проходил....

confused.gif eek.gif confused.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.12.2011 17:27     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #98 множественное цитирование

Проект для России. Кто первый будет ругаться? rolleyes.gif

Сообщение было отредактировано genseq - 07.12.2011 17:29

Файл/ы:

скачать файл puzzle.pdf
размер: 528.08к
кол-во скачиваний: 1429


Участник оффлайн! papa Karlo
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.12.2011 21:06     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #99 множественное цитирование

Вы знаете ... я бы вам посоветовал не гонятся за людьми у которых денег куры не клюют и сосредоточиться на чем-нибудь альтернативном с высоким ПиАр выхлопом.
Вы же вроде там где-то в Пущино обитаете? Так вот сейчас в мире пошла волна спроса на оборудование для биологов-любителей, к примеру [ Open PCR project ]. Рзебята из Штатов собрали за 2 месяца 12 000$ с миру по нитке [ Kickstarter] и сделали допотопный Пущинский ПЦРник и продают его за 600$... по всему миру. Можно купить набор сделай сам а можно и уже собранный вариант.

Вам бы там заняться бы дизайном и мелким производством наборов Сделай Сам ну скажем секвенаторов расчитанных именно на любителей. Вот он там что-то от-ПЦРил на той самодельной мыльнице и естественно хотел бы и отсеквенировать. Но на рынке нет пока секвенатора для любителей.... вот вам и ниша .... 2-3 тысячи клиентов по миру наберется. Практически все кто купили этоит ПЦРник захотят и секвенатор прикупить.... но цена должна быть очень низкая , пусть даже и качество не лучшее....

А тот факт что прибор из России только прибавит популярности в этой среде био-хакеров. Они его сами до ума доведут и будут этим жутко гордиться.

Сообщение было отредактировано papa Karlo - 07.12.2011 21:10

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Участник оффлайн! Guest-111




 прочитанное сообщение 07.12.2011 22:50     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Очень дельное предложение!

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 16.12.17 06:37
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft