Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Биология вне НИИ -- как быть если вы работаете не в НИИ --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! KCN




 прочитанное сообщение 07.10.2011 13:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Добрый день, уважаемые коллеги!
Если челоек ушёл из НИИ, например на пенсию, но желаени что-то делать в науке осталось и есть 5-20 свободных часов чистого времени в неделю - можно ли проводить исследования и публиковаться, имея под рукой только компьютер? Я говорю о биоинформатике и теоретических методах в биологии. Ведь не секрет, что сырых данных накапливается в десятки раз больше, чем их успевают обработать. Давайте обсудим, что для этого нужно:
1. Темы исследований.
2. Компьютерная конфигурация и ОС, канал интернета.
2. Программы и онлайн-ресурсы.
3. Языки программирования.
4. Где можно публиковать работы (статьи, написанные по полученным данным).
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 07.10.2011 17:14     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Ваши расчёты должны подтверждаться хотя бы in vitro, кем-то у кого есть возможность с Вами коллаборироваться и быть соавтором работ. Если до пенсии Ваши моделирования не подтверждались или не имеют каких-либо практических применений уже сейчас, то вероятность того, что Вы будете нужны как биоинформатик-фрилансер крайне мала. Таких очень много, и часть из них закрывает весьма небольшую необходимость практиков в таком моделировании.

А компьютер, который потянет современные рассчётные пакеты биоинформатики стоит весьма дорого. Канал связи и программы - дело совсем вторичное, равно как и языки программирования, которые для каждого программного пакета - свои. Там если что нужно, программисты всегда на подхвате и дописывают всё что просят.
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 07.10.2011 20:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

А у меня дома микроскоп, посоветуйте, что еще можно купить, чтобы заниматься экспериментальной биологией?

На самом деле вопрос надуманный, если человек ушел на пенсию, то он и так знает, чем заниматься, и для успешной научной деятельности ему будет достаточно браузера и почтового клиента, программами пусть аспиранты занимаются.
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 08.10.2011 00:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Анастасия, Вам нужна к микроскопу серверная стойка с парой сотен ядер Xeon и оптикой между лезвиями, что-то мне подсказывает. Чтобы на пенсии было чем развлечься smile.gif
Участник оффлайн! Mike Shelk
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 08.10.2011 23:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Господи, биоинформатику можно делать хоть на ноутбуке, лишь бы идеи были!

Сообщение было отредактировано Mike Shelk - 08.10.2011 23:21
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 08.10.2011 23:24     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Большую часть моих идей можно было проверить лишь на очень мощных вычислительных "фермах", ждать месяцы результатов, равно как и ползти вперёд на предоставленных костылях по онлайн-интерфейсу БЛАСТа мне было не интересно...
Участник оффлайн! ihlindham
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.01.2012 21:54     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

(NMR-guy @ 07.10.2011 18:14)
Ссылка на исходное сообщениеА компьютер, который потянет современные рассчётные пакеты биоинформатики стоит весьма дорого...


(Mike Shelk @ 09.10.2011 00:21)
Ссылка на исходное сообщение  Господи, биоинформатику можно делать хоть на ноутбуке, лишь бы идеи были!


(NMR-guy @ 09.10.2011 00:24)
Ссылка на исходное сообщение  Большую часть моих идей можно было проверить лишь на очень мощных вычислительных "фермах", ждать месяцы результатов, равно как и ползти вперёд на предоставленных костылях по онлайн-интерфейсу БЛАСТа мне было не интересно...


Так я так и не понял - на ноутбуке считать или на кластере нужно время заказывать ? confused.gif

Сообщение было отредактировано ihlindham - 17.01.2012 21:55
Участник оффлайн! ihlindham
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.01.2012 22:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

(KCN @ 07.10.2011 14:01)
Ссылка на исходное сообщениеГде можно публиковать работы (статьи, написанные по полученным данным).


http://www.springer.com/life+sciences/bioc...s/journal/11030
http://pubs.acs.org/page/jcisd8/about.html
http://onlinelibrary.wiley.com/journal/10....nformation.html
http://www.jcheminf.com/about
http://www.springer.com/chemistry/physical...y/journal/10822
http://www.tandf.co.uk/journals/journal.as...936x&linktype=1
http://onlinelibrary.wiley.com/journal/10....nformation.html
http://onlinelibrary.wiley.com/subject/code/CHD0/titles
http://onlinelibrary.wiley.com/subject/code/000131
http://www.journals.elsevier.com/journal-o...ng/#description
http://www.journals.elsevier.com/bioorgani...inal-chemistry/
Участник оффлайн! Mike Shelk
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 18.01.2012 00:52     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

(ihlindham @ 17.01.2012 22:54)
Ссылка на исходное сообщение  Так я так и не понял - на ноутбуке считать или на кластере нужно время заказывать ?  confused.gif


Скажу так: если вы решаете стандартные задачи стандартными методами, как то:
а)Собираете геномы de novo
б)Делаете молдинамику больших систем на значительных промежутках времени
в)Строите огромные филогенетические деревья
и кое что ещё, то
Вам не обойтись без мощного кластера.

Если же Вы сами ставите новые задачи или придумываете новые методы, то Вам, в дополнение к мозгу, нужен лишь Core2Duo (на втором ядре во время вычислений можно фильмы смотреть)

Почитайте крупнейшие биоинформатические журналы, например PLOS Computational Biology, BMC Bioinformatics, Oxford Journals Bioinformatics, и Вы найдёте там множество работ, которые требуют преимущественно аналитических и творческих способностей автора. Или, например, зайдите на сайт ребят Гельфанда, rtcb.iitp.ru, и посмотрите их статьи.

Короче, всё зависит от Вас. В биоинформатике, при хорошем воображении, легко можно придумать тему, для которой хватит самого простого компьютера.

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): NMR-guy, pApA2017
Участник оффлайн! Сухова Наталья
Участник



 прочитанное сообщение 14.06.2014 16:48     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Вот уж реально - проблем нет. Вы вышли на пенсию, реально можете спокойно обсчитывать результат, коли уж так получилось, сотрудничать со своими бывшими коллегами... и вместе публиковаться...
Единственно что удивительно - уходя на пенсию вам некому было оставить работу или некому обсчитывать? Почему не подготовили смену? Или понабрали одних лаборантов или учителей математики и менталитет соответствующий, которым далеко до тяму? Если нормальная пенсия - можно просто сотрудничать, если проблема - можно подключиться на контрактной основе - так, подработать... и сохранить связи.
Guest
IP-штамп: frXuVLWc4rjiI
гость



 прочитанное сообщение 13.07.2014 02:01     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

(Nastja @ 07.10.2011 20:42)
Ссылка на исходное сообщение  А у меня дома микроскоп, посоветуйте, что еще можно купить, чтобы заниматься экспериментальной биологией?

На самом деле вопрос надуманный, если человек ушел на пенсию, то он и так знает, чем заниматься, и для успешной научной деятельности ему будет достаточно браузера и почтового клиента, программами пусть аспиранты занимаются.
Guest
IP-штамп: frXuVLWc4rjiI
гость



 прочитанное сообщение 13.07.2014 02:12     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

(Nastja @ 07.10.2011 20:42)
Ссылка на исходное сообщение  А у меня дома микроскоп, посоветуйте, что еще можно купить, чтобы заниматься экспериментальной биологией?

На самом деле вопрос надуманный, если человек ушел на пенсию, то он и так знает, чем заниматься, и для успешной научной деятельности ему будет достаточно браузера и почтового клиента, программами пусть аспиранты занимаются.


А у меня дома камера Горяева + стекла для нее полированные , еще времен СССР, покупал по 52 коп. 10=ток, в бумажку вощеную завернуты, предметные и покровные стекла, канадский бальзам сухой из Канады, меланжеры лейкоцитарные и эритроцитарные, автоматические пипетки Ленпипет, бинокулярная лупа МБС-9, и два биологических микроскопа.
Еще есть термостата, и сухожаровой шкаф - на даче, хотел использоватьи их для копчения, А также 2 магнитные мешалки и три микротома - все Лейтц!

А на даче стоит работоспособный FACS scan 5 центрифуг! Одна даже с охлаждением.

А еще гениальные идеи - как разгадать проблемы иммунологической толерантности и иммунологической памяти.
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 13.07.2014 14:44     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

Да ладно, 3 микротома для дачи многовато - абсолютно бесполезная без своих резаков вещь, а резаки для них наверное уже и не производят. Как и факс совершенно бесполезен без флуоромеченных зондов и меток - а откуда их взять, если синтез на коленке невозможен, а купить - дорого и без известной аффилиации покупателя я б не продал такое никому.

Центрифуги вот зато в хозяйстве на даче очень полезны, если откручивать на них самодельное вино от жмыха и прочее, особенно не нарушая температурный режим брожения в погребе (+4), то есть крутя с охлаждением, можно ОЧЕНЬ неплохое вино гнать домашнее!
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 16.07.2014 06:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

Я бы себе в квартиру вытяжной шкаф поставила, причем даже без вытяжки, а просто чтобы там приготовление еды локализовать. Будет неплохо смотреться в пару с серверным шкафом.
Участник оффлайн! tac14
Участник



 прочитанное сообщение 22.07.2014 18:24     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

(Nastja @ 07.10.2011 21:42)
Ссылка на исходное сообщение  А у меня дома микроскоп, посоветуйте, что еще можно купить, чтобы заниматься экспериментальной биологией?



Такая же история, купил было микроскоп, теперь стоит пылится ... набаловался вроде как посмотрел бактерии (хотя их плохо было видно точки небольшие), ну и так ребенку всякую мелочь показывал ... Вот и толку от него smile.gif

Единственно, понял что пока не будет денег на секвенатор - ничего суваться в экспериментальную биологию smile.gif

А биоинформатикой - да успешно занимаюсь "типа на пенсии" smile.gif

Сообщение было отредактировано tac14 - 22.07.2014 18:25
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 23.07.2014 11:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

Их никогда не будет. Там расходники дороже самого прибора в пересчете на жизненный цикл. К тому же, если не знать что искать заранее, секвенатор - абсолютно бесполезный хлам. Как показывают куча противоречащих друг дружке исследований GWAS.
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 25.07.2014 10:34     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

tac14, бактерии довольно скучны, крупных простейших надо смотреть.
Guest
IP-штамп: frJsuiia8dM6.
гость



 прочитанное сообщение 03.08.2014 20:57     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

(NMR-guy @ 23.07.2014 11:11)
Ссылка на исходное сообщение  Их никогда не будет. Там расходники дороже самого прибора в пересчете на жизненный цикл. К тому же, если не знать что искать заранее, секвенатор - абсолютно бесполезный хлам. Как показывают куча противоречащих друг дружке исследований GWAS.


Ооо батенька а ничего что большинство GWAS сделаны на SNP array + если анализировать умно (с учетом linkage disequilibrium, combinatorial SNPs и gene network propagation), то пересечение разумное есть? umnik.gif umnik.gif umnik.gif

Наверное вы со своим NMR совсем себе мозги засветили

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): pApA2017
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 04.08.2014 15:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

>"если анализировать умно"
Вот каждые 2-3 года каждый такой гений со своими сверхценными идеями, всё более и более умными, своим очередным GWASом опровергает (до следующего гения, то есть на следующие 2-3 года) результаты предыдущих даунов и обезьян, которые все конечно никогда ни о чем подобном ("linkage disequilibrium, combinatorial SNPs и gene network propagation") не слышали, ибо КТО КРОМЕ ВАС может об этом толково рассказать то? lol.gif

>"Наверное вы со своим NMR совсем себе мозги засветили"
Да, моё NMR оно такое было, да, забористое. Мозгов у меня правда никогда не было, лишь головной межушной ганглий... Вы мне льстите! shuffle.gif
Участник оффлайн! Золотая рыбка




 прочитанное сообщение 11.09.2017 10:04     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

(NMR-guy @ 07.10.2011 18:14)
Ссылка на исходное сообщение  Ваши расчёты должны подтверждаться хотя бы in vitro, кем-то у кого есть возможность с Вами коллаборироваться и быть соавтором работ. Если до пенсии Ваши моделирования не подтверждались или не имеют каких-либо практических применений уже сейчас, то вероятность того, что Вы будете нужны как биоинформатик-фрилансер крайне мала. Таких очень много, и часть из них закрывает весьма небольшую необходимость практиков в таком моделировании.

А компьютер, который потянет современные рассчётные пакеты биоинформатики стоит весьма дорого. Канал связи и программы - дело совсем вторичное, равно как и языки программирования, которые для каждого программного пакета - свои. Там если что нужно, программисты всегда на подхвате и дописывают всё что просят.



Совсем не обязательно тратиться на дорогущий мощный компьютер, когда можно купить б/у. Конечно, тоже не за копейки, но гораздо дешевле, чем если бы покупать новый. Сама прошлой весной такой взяла, когда в Украине еще жили. Заказывала из этого интернет-магазина. Прекрасно справляется со своими задачами. Я, правда, еще трехлетнюю гарантию оформляла, но это уже совсем не по теме.

Сообщение было отредактировано Золотая рыбка - 11.09.2017 10:04

Это СПАМ!
Это сообщение — спам.
Дядя ФАКСер
Участник оффлайн! Золотая рыбка




 прочитанное сообщение 11.09.2017 10:06     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

(Золотая рыбка @ 11.09.2017 11:04)
Ссылка на исходное сообщение  Совсем не обязательно тратиться на дорогущий мощный компьютер, когда можно купить б/у. Конечно, тоже не за копейки, но гораздо дешевле, чем если бы покупать новый. Сама прошлой весной такой взяла, когда в Украине еще жили. Заказывала из этого интернет-магазина. Прекрасно справляется со своими задачами. Я, правда, еще трехлетнюю гарантию оформляла, но это уже совсем не по теме.


Главное, что у человека желание есть. А ресурсы найдутся всегда, я считаю.

Это СПАМ!
Это сообщение — спам.
Дядя ФАКСер

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Биофизика и матметоды в биологии · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 14.12.17 16:05
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft