Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Лаборатория молекулярной биологии -- организация --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Vorkol




 прочитанное сообщение 21.10.2011 19:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Здравствуйте!
Прошу прошение за пафосное название, лучше не смог придумать.
Прошу совета по расположению частей лаборатории (рисунок прикреплен)
Косые линии это двери. Правильно ли так располагать "отделы". Может быть есть какие то общие правила и рекомендации? Был бы признателен за ссылку.

Картинки:
картинка: ____.png
____.png — (11.2к)   

Участник оффлайн! basil2
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.10.2011 20:06     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

А почему спектрофотометр в пост-ПЦРной части? Основные измерения (у нас в лабе в общем-то ВСЕ) ДО, соот-но Вам придется исключительно аликвоты из пре-ПЦР таскать, что не есть удобно.
Еще. Если дверь из раскапки напрямую к амплификаторам ведет, натаскаете грязи практически неизбежно. У нас путь идет через длинный коридор, который моется каждый день.

Сообщение было отредактировано basil2 - 21.10.2011 20:08
Участник оффлайн! Vorkol




 прочитанное сообщение 21.10.2011 20:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Спасибо за дельные замечание. То есть нанодроп надо поставить в ПЦР-ную? На нем мы мерим только после выделения ДНК, вобщем и все. Вобще лаба у нас очень маленькая, длинного коридора конечно нет. Входить в науку, так сказать, мы только начинаем, сотрудники, если можно так сказать-студенты и аспиранты, соответственно опыт почт нулевой. Могли бы вы предложить вариант реорганизации? Может аплификатор переставить, хотя смысл наверно не измениться
Участник оффлайн! basil2
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.10.2011 20:31     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

(Vorkol @ 21.10.2011 21:18)
Ссылка на исходное сообщение  ... нанодроп надо поставить в ПЦР-ную?

если Вы имеете в виду то, что обозначено как "Раскапка ПЦР", то да, там ему и место. Есс-но никакой амплифицированной ДНК на нем мерить нельзя.
Участник оффлайн! RJ Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.10.2011 20:35     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

засретесь как пить дать. Базиль прав, нужна еще 1 изолированная комната, иначе никак

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): NMR-guy
Участник оффлайн! Vorkol




 прочитанное сообщение 21.10.2011 20:41     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Ито хорошо, что мои опасения были верными.
Отдельная комната для чего? Для секвенатора? Извините за навязчивость, но опытиа мало в этих вопросах. basil2 да ее я и имел в виду. А нет ли какой книженции по организации лаб?
Участник оффлайн! basil2
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.10.2011 20:51     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

(Vorkol @ 21.10.2011 21:41)
Ссылка на исходное сообщение А нет ли какой книженции по организации лаб?

гугль ссылок дофига выдает:
http://www.google.com/search?q=organization+of+pcr+lab
Участник оффлайн! Vorkol




 прочитанное сообщение 21.10.2011 21:10     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

На аглицком. smile.gif
Спасибо за помощь, будем курить потихоньку
Участник оффлайн! AlexRez
Постоянный участник
Екатеринбург



 прочитанное сообщение 21.10.2011 21:40     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

Схема организации ПЦР лаборатории четко регламентирована санитарными правилами и нормами. Особенно если Вы хотите лицензироваться. "Принципиальных схем размещения ПЦР-лаборатории" в интернете полно. Нужны ТРИ изолированные зоны: "А" - чистая зона подготовки растворов и смесей (у Вас это раскапка ПЦР) в ней абсолютно чистый материал, отдельный вход (по новым СП с тамбуром и душевой кабиной); "В" - зона пробоподготовки (выделение НК из материала и манипуляции с ней), ее у Вас вообще нет, обычно смежная с этой зоной комната с амплификаторами. С - грязная зона в которой работают с ампликонами (форезная). Все зло от зоны "С", поэтому она должна находиться подальше, в конце коридора, на другом этаже и т.д. Из нее материал сразу идет в утилизацию. Основное правило в зоне "А" и "В" не открывают пробирки с ампликонами. Если спектрофотометр планируете использовать на этапе пробоподготовки (измерение количества НК после выделения), поставьте его в зону "В", если после амплификации то в зону "С". Что недопустимо: это секвенатор. Секвенирование требует очистки ампликонов перед терминацией. Он относится к "грязным" приборам и обычно выносится вообще в отдельную зону со своей манипуляционной.
Участник оффлайн! AlexRez
Постоянный участник
Екатеринбург



 прочитанное сообщение 21.10.2011 21:52     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

(basil2 @ 21.10.2011 21:06)
Ссылка на исходное сообщение  Если дверь из раскапки напрямую к амплификаторам ведет, натаскаете грязи практически неизбежно.


Сами амплификаторы "грязи" в виде ампликонов не создают. Ампликоны в пробирках, пробирки закрыты, ампликоны из низ не выпрыгнут. Открывать пробирки рядом с амплификаторами после ПЦР нет нужды. Аварии следует исключить. Поэтому, амплификаторы можно поставить и рядом с пробоподготовкой.
Участник оффлайн! Vorkol




 прочитанное сообщение 21.10.2011 22:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Спасибо, очень дельно.
Для выделения ДНК у нас есть отдельная комната (это не критично, что оттуда мы таскаем в ПЦР-ную?).
1)А можно ли поставить амплификатор в зону А? Или оттуда лишь выносят готовые пробирки для постановки в амплификатор?
2) То есть секвенатор стоит вобще убрать из этой лабы и перенести в отдельную?
3) Спектрафотометр используется либо до либо после? И там и там нельзя?
Участник оффлайн! AlexRez
Постоянный участник
Екатеринбург



 прочитанное сообщение 21.10.2011 23:08     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

1. Готовые пробирки для постановки в амплификатор выносят из зоны "В". В зоне "В" из материала выделяют НК, вносят их в пробирки с реакционной смесью, измеряют количество на спектрофотометре, закрывают пробирки и ставят в амплификатор. Спектрофотометр лучше поставить прямо в этой комнате. Амплификатор можно ставить рядом с этой комнатой или если она достаточно большая то в ней. Главное после амплификации не открывать пробирки прямо здесь. Для зоны "В" подходит "Раскапка ПЦР" на схеме.

В Зоне "А" (чистой) работают с реактивами, которые в стоке не контактируют с исследуемым материалом. Например в ней разводят праймеры, dNTP, буферы, смешиваю все это и т.д., готовят все необходимое для ПЦР, но не заносят туда исследуемый материал и материалы из зоны "В" и тем более из зоны "С". Если у Вас есть отдельная комната для выделения ДНК (видимо на схеме не указана) лучше организовать чистую зону в ней.

2. Сам секвенатор система более открытая, чем амплификатор (НК в нем не герметично закрыты). И, особенно, перед секвенирование и в процессе требуются манипуляции с ампликонами. Лучше перенести его в отдельное место или выделить для манипуляций с НК для секвенирования отдельное место. Не стоит ставить секвенатор в форезную (зона "С"), хотя можно рядом с ней. Терминация это не амплификация, она не боится контаминации ампликонами. Хотя лишняя грязь Вам не нужна. Следует учесть, что терминация идет в амплификаторе, и если у Вас нет отдельного амплификатора, то придется носить пробирки в зону "В".

3. Если очень надо, делают обычно так: спектрофотометр (нанодроп) ставят в форезную (зона "С") и там смотрят все, что нужно после ПЦР. Из других зон "А" и "В" приносят отлитый отдельно, разведенный образец, измеряют его и выбрасывают в утилизацию (обратно его возвращать нельзя!). Обычно это очень напрягает т.к. после ПЦР, обычно измерять нечего (все видно на форезе), а при выделении и всяких манипуляциях до ПЦР измерять есть что.

Зональность предполагает отдельную одежду (халаты) для каждой зоны и смену перчаток. Поэтому, хождение напрягает переодеванием.
Участник оффлайн! basil2
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.10.2011 23:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

(AlexRez @ 21.10.2011 22:52)
Ссылка на исходное сообщение  Сами амплификаторы "грязи" в виде ампликонов не создают. Ампликоны в пробирках, пробирки закрыты, ампликоны из низ не выпрыгнут. Открывать пробирки рядом с амплификаторами после ПЦР нет нужды. Аварии следует исключить. Поэтому, амплификаторы можно поставить и рядом с пробоподготовкой.

Аварии конечно неплохо бы исключить, вот только рано или поздно крышки у пробирок вышибет, замнуться они или еще какая протечка случиться. В общем, к амплификаторам однозначно стоит относиться как к зачумленным smile.gif
Участник оффлайн! ship
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 22.10.2011 00:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

вообще задумайтесь о том, что молекулярная биология - не есть пцр диагностика
Участник оффлайн! ship
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 22.10.2011 01:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

самое главное!!! забыли комнату где чай пить будете.

а вообще, ребята, если хотите делать диагностику -то почитайте тогда госты чтоле, там написано что где и как капать и куда носить. а если нет - то и париться не надо.

Всего благодарностей: 3Поблагодарили (3): RJ Dio, Strannik, NMR-guy
Участник оффлайн! basil2
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.10.2011 01:10     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

(ship @ 22.10.2011 02:01)
Ссылка на исходное сообщение  самое главное!!! забыли комнату где чай пить будете.

а вообще, ребята, если хотите делать диагностику -то почитайте тогда госты чтоле, там написано что где и как капать и куда носить. а если нет - то и париться не надо.

Диагностика - оно конечно, должны быть какие-то госты или как они сейчас называются. Но, извините, "париться" надо всегда. Когда на кону проекты хорошо, если на десятки, а не на сотни тыщ, массовый засер будет стоит многих волос, выдранных из всяких деликатных мест...
Участник оффлайн! ship
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 22.10.2011 01:16     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

(basil2 @ 21.10.2011 23:10)
Ссылка на исходное сообщение  Но, извините, "париться" надо всегда. Когда на кону проекты хорошо, если на десятки, а не на сотни тыщ, массовый засер будет стоит многих волос, выдранных из всяких деликатных мест...

ну если просто аккуратно работать без параноидальных мер предосторожности - то все будет ок. лично отпцрил адовое количество образцов без всяких спецальных комнат.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): dk
Участник оффлайн! basil2
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.10.2011 01:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

Это от многих факторов зависит. Если используются одни и те же праймеры для всех реакций, то зависимость в основном от времени. А когда студенты бегают косяками, зависимость пропорциональна их количеству и степени "одаренности" wink.gif
Участник оффлайн! AlexRez
Постоянный участник
Екатеринбург



 прочитанное сообщение 22.10.2011 07:43     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

(basil2 @ 22.10.2011 00:42)
Ссылка на исходное сообщение  Аварии конечно неплохо бы исключить, вот только рано или поздно крышки у пробирок вышибет, замнуться они или еще какая протечка случиться. В общем, к амплификаторам однозначно стоит относиться как к зачумленным  smile.gif


Амплифицирую уже СЕМЬ лет и на отечественных и на импортных и на ручных и на автоматах (когда блок сам закрывается/открывается) амплификаторах. И ни разу (тьфу-тьфу через левое плечо) ничего не открывалось и не вылетало. Потом, УФ никто не отменяет. Обезараживать надо любую зону, включая амплификаторы.
Участник оффлайн! Vorkol




 прочитанное сообщение 22.10.2011 10:09     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

AlexRez, большое спасибо за развернутый ответ. Да, ДНК мы выделяем в отдельной комнате, и кроме нее и той что на картинки комнат больше нет (мы базируемся на факультете, который имеет ну очень маленькую площадь)
ship, ну мы не паримся, просто хочется подойти к этому делу ответственно, а где эти ГОСТы можно найти, точнее по какому запросу smile.gif
AlexRez под раскапкой я подразумевал и приготовление ПЦР-смеси, и добавление в нее ДНК, принесенный из комнаты выделения, правильно ли я понимаю, что это не совсем "безопасно"?

PS чуть не забыл, в форезной у нас стоит холодильник, в нем буферы и другие реактивы для секвенатора, их стоит оттуда убрать?

Сообщение было отредактировано Vorkol - 22.10.2011 10:11
Участник оффлайн! ship
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 22.10.2011 10:54     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

тут еще есть момент связанный и интенсивностью работы. если вы будет 1-2 реакции в день ставить, то это одно дело а если 100 то другое, во втором случае риск контаминации конечно повышается.

ну вот наппример http://www.ld.ru/PCR/ilist-4339.html
Участник оффлайн! AlexRez
Постоянный участник
Екатеринбург



 прочитанное сообщение 22.10.2011 11:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

(Vorkol @ 22.10.2011 11:09)
Ссылка на исходное сообщение  под раскапкой я подразумевал и приготовление ПЦР-смеси, и добавление в нее ДНК, принесенный из комнаты выделения, правильно ли я понимаю, что это не совсем "безопасно"?


Лучше их поменять местами. В отдельной комнате делать все, что не связано с исследуемым материалом в т.ч. и приготовление ПЦР смесей. А в комнате на схеме выделять НК и вносить ее в пробирки. Соответственно из этой комнаты в отдельную, чистую ничего носить нельзя.

(Vorkol @ 22.10.2011 11:09)
Ссылка на исходное сообщение 
PS чуть не забыл, в форезной у нас стоит холодильник, в нем буферы и другие реактивы для секвенатора, их стоит оттуда убрать?


В чистый бокс их точно перекладывать не стоит. Но т.к. у Вас нарисовано Вы сейчас эти реактивы носите из грязной зоны в зону пробоподготовки и вместе с ними ампликоны (в переносном смысле).
Участник оффлайн! Vorkol




 прочитанное сообщение 22.10.2011 12:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

Всем спасибо за помощь!
Участник оффлайн! basil2
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.10.2011 14:09     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

(AlexRez @ 22.10.2011 08:43)
Ссылка на исходное сообщение  Амплифицирую уже СЕМЬ лет и на отечественных и на импортных и на ручных и на автоматах (когда блок сам закрывается/открывается) амплификаторах. И ни разу (тьфу-тьфу через левое плечо) ничего не открывалось и не вылетало. Потом, УФ никто не отменяет. Обезараживать надо любую зону, включая амплификаторы.

Вы правда считаете, что 7 лет это много? smile.gif Всякое бывает, поверьте.
А УФ мало чем поможет, насосет грязь вентилятором, забъется под крышку и т.д.
Участник оффлайн! Vorkol




 прочитанное сообщение 25.10.2011 08:38     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование

Возник еще один вопрос.
AlexRez, вы писали что "в зоне "А" и "В" не открывают пробирки с ампликонами"
То есть если мы хотим делать рестрикцию, то нужно ее вобще в отдельной комнате делать? Ведь придется забирать аплифицированную ДНК.


ПС я забыл сказать что мы вобщем-то уже года три работаем с ПЦР, а эти вопросы возникли в связи с покупкой секвенатора, ну и не получалось иногда, может из-за параметров реакции, может еще из-за чего
Участник оффлайн! CowDoc
Постоянный участник
Middle East



 прочитанное сообщение 25.10.2011 19:51     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #26 множественное цитирование

а что, УФ помогает? и что же происходит с НК?
почему возник вопрос, ибо беседовал давеча с одним специалистом в области ПЦР, так он убеждал меня, что, даже в пробах обработанных формалином, азиридинами, и пр. инактивантами, совершенно спокойно определяет наличие первоисточника. Почему и вопрос, если таковое происходит после воздействия данных хим.препаратов, то УФ, вообще, никак не может повлиять при сильном загрязнении рабочей зоны (просто давным-давно занимался различными методами инактивации, и смотрел, что поисходит с НК вирусов после физической и химической инактивации)
Участник оффлайн! BVS
Участник



 прочитанное сообщение 27.10.2011 14:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #27 множественное цитирование

(CowDoc @ 25.10.2011 17:51)
Ссылка на исходное сообщение  а что, УФ помогает? и что же происходит с НК?
почему возник вопрос, ибо беседовал давеча с одним специалистом в области ПЦР, так он убеждал меня, что, даже в пробах обработанных формалином, азиридинами, и пр. инактивантами, совершенно спокойно определяет наличие первоисточника. Почему и вопрос, если таковое происходит после воздействия данных хим.препаратов, то УФ, вообще, никак не может повлиять при сильном загрязнении рабочей зоны (просто давным-давно занимался различными методами инактивации, и смотрел, что поисходит с НК вирусов после физической и химической инактивации)


А в чём проблема с формалином? Он для белков страшен, но не для НК - посмотрите классическую методику выделения ДНК - там её от белков как раз-таки формалинчикоми чистят smile.gif . А вот УФ, как раз мешает ПЦРить, поскольку при облучении ДНК, образуются тимин-тиминовые сшивки, которые зело препятствуют работе такполимеразки umnik.gif
Участник оффлайн! BVS
Участник



 прочитанное сообщение 27.10.2011 14:23     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #28 множественное цитирование

(Vorkol @ 25.10.2011 06:38)
Ссылка на исходное сообщение  Возник еще один вопрос.
AlexRez, вы писали что "в зоне "А" и "В" не открывают пробирки с ампликонами"
То есть если мы хотим делать рестрикцию, то нужно ее вобще в отдельной комнате делать? Ведь придется забирать аплифицированную ДНК.
ПС я забыл сказать что мы вобщем-то уже года три работаем с ПЦР, а эти вопросы возникли в связи с покупкой секвенатора, ну и не получалось иногда, может из-за параметров реакции, может еще из-за чего


А что Вам мешает ставить рестрикцию в форезной комнате?
Участник оффлайн! CowDoc
Постоянный участник
Middle East



 прочитанное сообщение 27.10.2011 14:33     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #29 множественное цитирование

(BVS @ 27.10.2011 14:18)
Ссылка на исходное сообщение  формалинчикоми чистят  smile.gif

))) может вы с хлороформчиком, тритончиком, фенольчиком спутали ))), если уж говорить о классики. Перепроверьтесь umnik.gif

Много-много лет назад, все отказались от инактивации вирусных и бак препаратов с использованием УФ в протоке, из-за низкой воспроизводимости, постоянных проблемах с валидацией, и наличием перманентных проблем с остаточной вирулентностью. А фармолинчиком на заре юности моей, специально обрабатывал препараты НК, и смотрел, что же с чистенькой НК происходит в сравнении с др. хим-физ инактивации. Не обращайте внимания, это так, провокационный вопрос был. Устаешь от борьбы с нашими ...упыми СЭСами и пр. далекими от практики проверяющими, которым вот нужнО чтобы лампочки были натыканы, и доводы, что уже в мире (прогрессивном) от этого каменного топора давно отказываются, на них не действует: "А должно, быть! А шобы було!"

Сообщение было отредактировано CowDoc - 27.10.2011 14:50

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): BVS
Участник оффлайн! BVS
Участник



 прочитанное сообщение 27.10.2011 14:45     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #30 множественное цитирование

ОЙ!!!! Вот ведь ДА!!! Прошу прощения великодушно - результат двух бессонных ночей наружу лезет smile.gif Конечно ФЕНОЛ! mol.gif Ещё раз - звыняйте mol.gif
Участник оффлайн! Vorkol




 прочитанное сообщение 31.10.2011 13:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #31 множественное цитирование

(BVS @ 27.10.2011 15:23)
Ссылка на исходное сообщение  А что Вам мешает ставить рестрикцию в форезной комнате?


Это не повлияет на картину фореза?
До этого капали всегда в ПЦР-ной
Участник оффлайн! BVS
Участник



 прочитанное сообщение 01.11.2011 12:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #32 множественное цитирование

(Vorkol @ 31.10.2011 11:29)
Ссылка на исходное сообщение  Это не повлияет на картину фореза?
До этого капали всегда в ПЦР-ной


Однозначно никак не повлияет! У Вас же во время рестрикции ничего амплифицироваться не будет wink.gif
Главное - в каждой зоне пользоваться закреплённым для этой зоны набором пипеток и будет Вам счастье smile.gif
Участник оффлайн! BVS
Участник



 прочитанное сообщение 01.11.2011 14:00     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #33 множественное цитирование

(Vorkol @ 31.10.2011 11:29)
Ссылка на исходное сообщениеДо этого капали всегда в ПЦР-ной


Всё, что попало в форезную, ни в коем случае не должно возвращаться в предыдущие зоны! Просто воспринимайте форезную, как последнюю комнату в лабораторном потоке, куда многое что попадает, но никогда не возвращается - такое "молекулярное кладбище" lol.gif
Участник оффлайн! Vorkol




 прочитанное сообщение 02.11.2011 01:51     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #34 множественное цитирование

BVS, спасибо!
Вот набросал 2 схемки. К сожалению размеры факультета не позволят нам вынести секвенатор в отдельную комнату.
Какая по вашему мнения более удачна, может вобще никакая? smile.gif

Картинки:
картинка: __________.png
__________.png — (10.82к)   

картинка: __________1.png
__________1.png — (10.83к)   

Участник оффлайн! BVS
Участник



 прочитанное сообщение 02.11.2011 02:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #35 множественное цитирование

Vorkol, а куда исчез форез? Вы нашли для него отдельное помещение? Тогда смело выкидывайте туда же секвенатор (хотя это конечно не полный комильфо, но жить можно). Если не нашли отдельного помещения, то, учитывая Вашу стеснённость в выборе площадей, могу посоветовать следующую компоновку (на основе схемы №2): Раскапка остаётся на своём месте (в аппендиксе), выделение НК переезжает в комнату для секвенирования, ну а секвенатор, совместно с электрофорезом - в помещение с отдельным входом, т.е. - туда, где на схеме №2 предполагается выделение НК.
Такая компоновка связана с тем, что секвенатор - прибор грязный (с точки зрения опасности кроссконтаминации) и в условиях стеснённости в площадях, считаю допустимым его объединение в одной грязной зоне с электрофорезом (опять же - не айс, но деваться некуда). К этой грязной зоне относиться надо, как к зачумлённой, потому она ни в коем случае не должна быть смежной с другими зонами. В идеале зона форезной детекции должна находиться в другом здании и обслуживаться другим персоналом. В случае расположения зоны электрофореза в одном здании с зонами приготовления реакционных смесей и пробоподготовки, необходимо оборудовать её (форезную) автономной вентиляцией, расположить как можно дальше от предыдущих зон, обеспечить собственным набором халатов, бахил, перчаток, пипеток и проч.
Вообще, могу посоветовать следующую последовательность работы в лабе:
1. Зона приготовления реакционных смесей - 2. Зона пробоподготовки (выделения НК) - 3. Зона амплификации - 4. Зона электрофореза/секвенирования. Только в таком порядке должны двигаться материалы и ни в коем случае не в обратном направлении! В форезной всё должно умирать! Вообще, постарайтесь организовать работу так, чтобы посещение форезной, было завершающим этапом работы в лабе на текущий день. Ну и конечно - старайтесь работать чисто smile.gif
Guest
IP-штамп: frc6odmaYqDhQ
гость



 прочитанное сообщение 02.11.2011 09:02     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #36 множественное цитирование

Спасибо! Форезную мы переносим на другой этаж. А вот с секвенатрорм не полуится, он сам достаточно большой, плюс стол с компьютером. Но это полбеды: дело в том, что там где сейчас на схеме "сиквенс" организована комната под него - поставлена вытяжка и кондиционер, для поддержания стабильной температуры. С форезом как я сказал проблему решили. Планировалаось вобще закрыть дверь между "раскапкой" и "сиквенс", но нет средств для того чтобы сделать другую дверь. Поэтому думаем сделать окно, а через комнату с секвенатром просто проходить, без материала. К тому же поток у нас врядли будет большим. Но тем не менее спасибо за совет и вобще очень приятно что люди обращают внимание на проблему и оказывают помощь smile.gif
Еще один вопрос: из начала обсуждения я вынес, что амплификатор лучше ставить в комнату с выделением ДНК (если нет другой возможности). В различных "рекомендациях" пишут, что в комнату приготовление ПЦР-смесей. Может я что-то не так понял?
Участник оффлайн! Cathie22
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.01.2012 07:35     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #37 множественное цитирование

Ловите, наверное, поможет wink.gif

Файл/ы:

скачать файл 04_20_2____2010.doc
размер: 230.5к
кол-во скачиваний: 999




Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Агроном
Участник оффлайн! DK.
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.01.2012 22:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #38 множественное цитирование

А если весь пост- ПЦР вдобавок еще и под тягу - не снижает опасность кросс-контаминации?
Участник оффлайн! Агроном
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 27.06.2013 19:10     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #39 множественное цитирование

Кстати, работа с ампликонами в ламинаре (см. методицеские указания)... Не будут ли потом засосавшиеся в фильтры ламинара ампликоны сыпаться сверху на рабочее поле?
Участник оффлайн! Еленамак




 прочитанное сообщение 04.03.2016 18:06     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #40 множественное цитирование

кстати, лабораторное оборудование можно купить здесь. Они реализуют и поверки сами делают. Стоит недорого вроде, там акции у них на поверку бывают приличные

Это СПАМ!
Это сообщение — спам.
NMR-guy
guest: Ирина
IP-штамп: frzaZh/WRdkL2
гость



 прочитанное сообщение 11.05.2017 20:51     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #41 множественное цитирование

Если вы ПЦР-ите обьекты, представляющими потенциальную биологическую опасность (I-IVгруппа патогенности и с подозрением на патогенность), Роспотребнадзор "попросит" вас соблюдать вот эти правила: ОРГАНИЗАЦИЯ РАБОТЫ ЛАБОРАТОРИЙ, ИСПОЛЬЗУЮЩИХ МЕТОДЫ АМПЛИФИКАЦИИ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ ПРИ РАБОТЕ
С МАТЕРИАЛОМ, СОДЕРЖАЩИМ МИКРООРГАНИЗМЫ I - IV ГРУПП ПАТОГЕННОСТИ
Методические указания МУ 1.3. 2569 -09. И получить лицензию.

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Организация работы группы/лаборатории · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 17.10.17 03:05
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft