 * |   |
|
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда |  Zbio-wikiNG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: |
|
Правила* Как проверить структуру белка? -- Помогите проверить структуру коллагена --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.
  |
 Student2012 |
 05.01.2012 00:33
 Наткнулся на структуру коллагена.  Автор заявляет, что эта модель сделана с точностью 1 пикометр. Подробности: Как проверить структуру коллагена хотя бы с точностью до нанометра? Сообщение было отредактировано Student2012 - 05.01.2012 00:38  Белки -- статья в Википедии
|
|
Flyamer Постоянный участник Москва |
05.01.2012 01:54
Сообщение было отредактировано Flyamer - 05.01.2012 01:55 Белки -- статья в Википедии
|
|
Nastja Постоянный участник Новосибирск |
05.01.2012 06:39
Сообщение было отредактировано NMR-guy - 05.01.2012 13:47
Белки -- статья в Википедии
|
|
Flyamer Постоянный участник Москва |
05.01.2012 07:52
(Nastja @ 05.01.2012 07:39)  Для начала надо перестать читать [ненаучную литературу] и начать читать научные статьи.Это точно =) Белки -- статья в Википедии
|
|
Student2012 |
05.01.2012 11:11
(Flyamer @ 05.01.2012 02:54) Рентгеноструктурный анализ? =)Коллаген относится к фибриллярным белкам, которые не кристаллизуются. А РСА (рентгено-структурный анализ) применим только к кристаллизующимся белкам. Белки -- статья в Википедии
|
|
Student2012 |
05.01.2012 11:21
(Nastja @ 05.01.2012 07:39) Для начала надо перестать читать [ненаучную литературу] и начать читать научные статьи.Благодарю за совет! А Вы не могли бы дать ссылку на научную статью, где опубликованы результаты исследования коллагена этого типа?   Мне удалось найти научную статью, где фибрилла коллагена состоит из 9 типов молекул.  Подробнее: В данном случае спираль коллагена состоит из молекул коллагена одного типа. Хотелось бы ознакомиться с результатами исследования такого типа коллагена. Если автор правильно построил модель коллагена, то я бы воспользовался его скриптом, который он бесплатно раздаёт всем желающим: -- Nanoworld Laboratory. Alexander Kushelev. Peptide pikotechnology - collagen model -- p = #() angx = #(-24,180,60,-45,-45); angy = #(-10.89167,83,0,15,15); angz = #(92,120,60,110,110) dx = #(2,1.5,1.6,2,2); dy = #(0.6,1,0.8,1,0.6); dz = #(-0.45,0,-0.6,-0.15,-0.45) --collagen kk = #(3,3,1,3,3,1,1,1,1,2,1,1,1,3,3,1,1,3,3,3,3,2,3,1,3,3,1,3,1,3,3,1,1,3, 1,1,3,3,1,3,1,1,3,1,3,3,1,4,1,3,1,1,1,3,3,3,1,3,1,1,3,1,1,1,1,1,3,3, 3,1,3,3,2,3,1,3,1,1,1,1,3,3,1,1,1,1,1,3,1,3,3,3,3,3,3,3,3,1,3,3,3,1, 1,1,3,1,1,1,3,3,1,2,1,3,1,1,1,1,1,3,1,1,1,3,1,1,1,2,1,3,3,1,1,3,3,3, 3,3,3,1,1,3,3,1,3,1,1,3,2,1,3,3,3,3,1,1,3,1,1,1,3,1,3,1,3,4,4,1,1,1, 1,1,1,1,1,1,1,3,1,1,3,3,1,1,1,3,3,1,1,1,3,1,1,1,4,3,3,1,1,1,1,1,1,1, 1,1,1,1,1,4,3,3,4,1,3,1,1,4,1,1,1,1,1,1,1,2,1,1,1,1,1,4,1,1,1,1,1,4, 1,4,1,1,1,4,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,4,1,1,1,1,4,1,4,1, 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,3,1, 4,1,1,1,1,4,3,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1, 1,1,1,1,3,1,1,1,3,1,1,1,1,4,3,3,1,1,1,3,4,1,1,4,1,4,1,1,1,1,1,1,1,1, 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,3,4,4,1,1,2,1,1,1,1,1,1,1, 1,3,2,1,1,1,1,1,3,4,1,1,1,3,1,1,4,3,1,3,2,2,1,1,3,2,4,3,1,1,1,4,4,1, 1,4,1,4,1,1,3,1,1,3,3,1,1,3,1,3,4,1,1,3,3,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1) peptide = box length:1 width:1 height:1 position:[0,0,-.5] wirecolor:[250,250,250]; Converttomesh peptide for k = 1 to 473 do( element = Hedra family:1 scalep:100 scaleq:100 scaler:100 radius:1 pos:[0,0,0] p:0.4; Converttomesh element attach peptide element; peptide.pivot = [0,0,0]; move peptide [dx[kk[k]],dy[kk[k]],dz[kk[k]]] rotate peptide angx[kk[k]] [1,0,0]; rotate peptide angy[kk[k]] [0,1,0]; rotate peptide angz[kk[k]] [0,0,1]) rotate peptide 30 [0,1,0]; move peptide [-21.5,5,0] Этот скрипт строит по композиционному генетическому коду модель одной молекулы. Дополнительный скрипт: for k = 1 to 48 do(dd = mod k 2; p[k] = copy peptide wirecolor: [250,250*dd,250*dd]; p[k].pivot = [0,0,0] ang = 30*k; rotate p[k] ang [0,0,1]; move p[k] [0,0,k*4.3]) gr1 = group #(peptide,p[1],p[2],p[3],p[4],p[5],p[6],p[7],p[8],p[9],p[10],p[11],p[12],p[13],p[14],p[15],p[16] ,p[17],p[18],p[19],p[20],p[21],p[22],p[23],p[24],p[25],p[26],p[27],p[28],p[29],p[30],p[31],p[32],p[3 3],p[34] ,p[35],p[36],p[37],p[38],p[39],p[40],p[41],p[42],p[43],p[44],p[45],p[46],p[47],p[48]) gr1.rotation.controller[3].controller.value = 0 animate on at time 100 gr1.rotation.controller[3].controller.value = 60 gr1.pos.controller[3].controller.value = 0 animate on at time 100 gr1.pos.controller[3].controller.value = 8.6 собирает из однотипных молекул спираль коллагена. Автор утверждает, что программа-скрипт строит модель любого белка, в т.ч. коллагена автоматически, по кодирующей его нуклеотидной последовательности. Человек не принимает в этом процессе участия. Не могу поверить, что эта спираль - случайное совпадение десятков геометрических параметров. Где можно было бы найти структуру именно этого коллагена и сравнить форму спирали (шаг спирали, длину молекулы, толщину спирали) с экспериментальными данными? Сообщение было отредактировано NMR-guy - 05.01.2012 13:49 Белки -- статья в Википедии
|
|
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
05.01.2012 13:56
Если у смоделлированной структуры настолько малая RMSD, что не привышает пикометров, то модель абсолютно бесполезная к решению практических задач (то есть - низкокачественная), так как в реальном коллагене атомы не могут настолько жестко находиться в пространстве, термодинамическая нестабильность в растворе должна некоторые участки расплетать и делать эти участки более гибкими, чем другие. То есть, для аффтара: сделать твердое тело из спирали такого размера конечно можно, загнав по соображениям симметрии все атомы на место. Только вот реальный коллаген в растворе к этому будет иметь весьма малое отношение  Как проверить структуру коллагена хотя бы с точностью до нанометра? Никак, забудьте об этом, мой Вам совет. Или займитесь просчетом релаксации коллагена в качественном поле на хорошем суперкомпьютере с явно заданным электролитом вокруг. Обязательно прочитайте работы по термодинамическому равновесию структур белка в растворах, по способам моделирования растворов in silico. Особо обратите внимание на понятие термодинамических колебаний структуры белка и ее термодиначической нестабильности, благодаря наличию которой белки и способны быть ферментами и рецепторами. Приведенный Вами скрипт ничего не строит, он подгоняет любые вводимые сиквенсы к однажды просчитанной пространственной укладке аминокислот молекулы коллагена. Довольно веселая развлекуха наверное должно быть запихнуть туда кучу триптофанов и посмотреть что будет. К реальному миру в растворе это имеет небольшое отношение, хотя, малая вероятность что это зачем-нибудь будет полезно имеется. Белки -- статья в Википедии
|
|
Student2012 |
05.01.2012 14:43
(NMR-guy @ 05.01.2012 14:56) Если у смоделлированной структуры настолько малая RMSD, что не привышает пикометров, то модель абсолютно бесполезная к решению практических задач (то есть - низкокачественная), так как в реальном коллагене атомы не могут настолько жестко находиться в пространстве, термодинамическая нестабильность в растворе должна некоторые участки расплетать и делать эти участки более гибкими, чем другие. Автор утверждает, что это - начальная конформация, т.е. то, что делает рибосома. В физрастворе при изменении PH геометрия молекулы может не просто меняться, а перестраиваться вплоть до полной денатурации. Но его алгоритм чисто геометрический, т.е. физику не учитывает вообще. Её можно учесть с помощью дополнительных алгоритмов, которые в его программе ещё не реализованы. Но он предлагает взять файл с координатами атомов, т.е. в стандарте PDB (Protein Data Base) и открыть с помощью браузера, в котором реализовано физико-химическое моделирование. И тогда можно будет хотя бы на уровне нанотехнологии увидеть динамику структуры белка. Но это будет нано-динамика. Для более точного моделирования, т.е. на уровне пико-динамики, нужно учесть форму элементов белка на уровне пикотехнологической модели. Тогда можно будет увидеть не нано-динамику, а пикодинамику молекулы. Естественно, что колебательные движения элементов белка меняют форму, но среднее положение атомов может быть определено с пикометрической точностью.  Та же четвертичная структура коллагена, где один многогранник изображает один аминокислотный остаток, т.е. точность упрощённой модели ~1нм.  А это - упрощённая пикотехнологическая модель одной молекулы коллагена с точностью ~1нм.  6 пикотехнологических (не упрощённых) моделей молекулы коллагена начинают образовывать спираль. Здесь точность уже пикотехнологическая (~1пм). Сообщение было отредактировано Student2012 - 05.01.2012 14:51 Белки -- статья в Википедии
|
|
Student2012 |
05.01.2012 14:54
Никак, забудьте об этом, мой Вам совет. Или займитесь просчетом релаксации коллагена в качественном поле на хорошем суперкомпьютере с явно заданным электролитом вокруг. Расчёт не подходит. Нужны экспериментальные данные о структуре этого коллагена. Или Вы точно знаете, что таких данных сегодня не существует? Белки -- статья в Википедии
|
|
Student2012 |
05.01.2012 15:02
Приведенный Вами скрипт ничего не строит, он подгоняет любые вводимые сиквенсы к однажды просчитанной пространственной укладке аминокислот молекулы коллагена. А почему тогда кодирующие последовательности разных белков дают на выходе скрипта разные формы? angx=#(-24,180,60,-45,-45); angy=#(-10.89167,83,0,15,15); angz=#(92,120,60,110,110) dx=#(2,1.5,1.6,2,2); dy=#(0.6,1,0.8,1,0.6); dz=#(-0.45,0,-0.6,-0.15,-0.45) kk=#(1,1,4,1,1,4,1,4,4,1,4,1,4,1,4,1,1,1,4,1,1,4,1,1,4,4,3,3,4,1,4,1,1,1,1,1,4,1,1,3,1,1,1,1,1,4,1,1 ,1,4,1,1,1,1,1,1) peptide=box length:1 width:1 height:1 position:[0,0,-.5] wirecolor:[250,250,250]; Converttomesh peptide for k = 1 to 56 do( element = Hedra family:1 scalep:100 scaleq:100 scaler:100 radius:1 pos:[0,0,0] p:0.4; Converttomesh element attach peptide element; peptide.pivot = [0,0,0]; move peptide [dx[kk[k]],dy[kk[k]],dz[kk[k]]] rotate peptide angx[kk[k]] [1,0,0]; rotate peptide angy[kk[k]] [0,1,0]; rotate peptide angz[kk[k]] [0,0,1]) По композиционному коду (массив kk) скрипт строит модель белковой молекулы, в частности, инсулина.   Лизоцим куриного яйца тоже хорошо узнаваем.  И фиброин...  Модель гамма-тубулина.  Модель альфа-тубулина. Субъединица A  Модель альфа-тубулина. Субъединица B  Система из A и B субъединиц альфа-тубулина  13 пар субъединиц под электронным микроскопом кажутся 6+7, но это - иллюзия. Просто субъединица A находится как бы внутри субъединицы B ...  Третья субъединица (Тау) (показана белым) присоединилась к первым двум A (красная) и B (зеленая). Конструкция Тау-субъединицы такова, что Тау (белая) может выполнять роль задвижки-домкрата, т.е. если её потянуть с небольшим усилием за хвостик, то центральная часть субъединицы раздвинет субъединицы A и B с большим усилием. При этом сначала хвостиком отодвинется крючок (зелёный), т.е. 13 элементов одного слоя микротрубочки расцепятся. А потом раздвинутся субъединицы A и B, что сделает невозможным сборку микротрубочки. Чтобы лучше разобраться в механике тубулина, желательно распечатать модели субъединиц на 3D-принтере и сложить их вместе не в 3DS Max, а в реальном мире. Тогда этот механизм можно будет смоделировать гораздо точнее, чем в неосязаемом виртуальном мире 3DS Max. Можно, конечно, было бы поработать и в виртуальном мире со специальными перчатками, но это сильно дороже, чем 3D-распечатка субъединиц. Конец цитаты. Сообщение было отредактировано Student2012 - 05.01.2012 15:04 Белки -- статья в Википедии
|
|
Student2012 |
05.01.2012 15:10
 Подробнее: При этом получаются формы известных белков, например, гистонов:  шаперонов:  А так выглядит вторичная структура белка, которую распечатывает программа 2D-пикотех:  Подробнее: Композиционный код находится в правом столбце. Именно его нужно вставить в скрипт в качестве массива kk() Автор предлагает всем желающим получить от него бесплатно пикотехнологическую модель интересующего их белка. Может быть кто-то сможет проверить, правильно строится модель или неправильно? Может быть имеет смысл пригласить автора на этот форум, чтобы задать ему вопросы? Сообщение было отредактировано Student2012 - 05.01.2012 15:14 Белки -- статья в Википедии
|
|
Flyamer Постоянный участник Москва |
05.01.2012 22:40
Белки -- статья в Википедии
|
|
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
06.01.2012 00:04
Судя по Вашим другим рассуждениям, Вы не поняли что я Вам посоветовал. А жаль, так как стабильная свертка - это результат работы именно электростатических сил притяжения и отталкивания, а только во вторую - геометрические соответствия поверхностей молекул (которые в случае чего могут быть компенсированы и молекулами воды). Поверьте, главное для структурного биолога - это не красивые картинки на экране и не отчеты с приставками нано-, обсужденные на сем форуме. Главное - это реалистичность представленных моделей. А когда прога берет и ищет имеющуюся свертку в базе данных структур, создает из них симметричную модель притирая в пространстве мономеры друг к другу по стерическим запретам, а потом красиво отрисовывает результат на экране - это принципиально не способно дать реалистичный НОВЫЙ результат. Структуру полимера колагена я не нашел в RCSB PDB. Пока дальше моделей дело не идет, или идет, но неопубликовано. Сравнить действительно не с чем. Кстати, я там увидел какие-то ноты в таблице с столбике. Это вообще что и зачем? Не затем, надеюсь, чтобы компенсировать нарушения физических законов при моделировании? Также прошу топикстартера разъяснить отношения с этим самым Кушелевым, неким Эрнстом Мулдашевым и Петром Гаряевым. Белки -- статья в Википедии
|
|
Nastja Постоянный участник Новосибирск |
06.01.2012 06:40
Белки -- статья в Википедии
|
|
Nastja Постоянный участник Новосибирск |
06.01.2012 06:41
Белки -- статья в Википедии
|
|
Guest IP-штамп: frhlocrrtUszc гость |
06.01.2012 09:25
(Flyamer @ 05.01.2012 22:40) А может автор построить структуру коннексина-26 (Cx26)? И его сборки в коннексон.Для этого ему нужна нуклеотидная кодирующая последовательность этого белка. Либо в стандарте Генбанка, т.е. файл с расширением dne, либо в стандарте fasta. Если дадите ссылку или сам файл, то я попробую с помощью этого скрипта: получить третичную структуру белка. Что касается сборки, то не гарантирую, но попытаюсь. Белки -- статья в Википедии
|
|
Student2012 |
06.01.2012 10:47
(NMR-guy @ 06.01.2012 01:04) Дело в том, что в реальном мире геометрия белковых сверток не существует без физики, так как большая часть атомов на поверхностях интерфейсов молекул сильно поляризована или заряжена. Просто упаковывать боковые цепи аминокислот в пространстве мало, часть атомов КАТЕГОРИЧЕСКИ не захотят находиться в пространстве рядом с другим атомом соседней молекулы. Структура сия в реальности существовать просто не будет.На первый взгляд кажется, что Вы правы, но если представить, что в генах закреплены удачные координаты атомов, а не случайные, то ситуация меняется. Естественный отбор отобрал те гены, где по программе атомы попадают на свои места, не нарушая законов физики. Неудачные комбинации генов отсечены естественным отбором. Если же генные инженеры начнут программировать форму белка без учётов законов физики и химии, то их синтетический белок, как Вы правильно написали, развалится с вероятностью близкой к единице. (NMR-guy @ 06.01.2012 01:04) Судя по Вашим другим рассуждениям, Вы не поняли что я Вам посоветовал. А жаль, так как стабильная свертка - это результат работы именно электростатических сил притяжения и отталкивания, а только во вторую - геометрические соответствия поверхностей молекул (которые в случае чего могут быть компенсированы и молекулами воды). Так я и не спорю. Вы совершенно правы. Только в генах можно продублировать позиции атомов, которые не противоречат законам физики, химии и геометрии. Согласны? Как говорится, поставить атомы на свои места, причём сразу, по программе. Причём автор в своей рассылке показал, как конкретно работает механизм композиционного кодирования. При доставке аминокислоты на сайт сборки белка в рибосоме, антикодон находится впереди и вращается вместе с транстпортной РНК.  Кинетической энергии тРНК достаточно, чтобы срезать комплементарный триплет иРНК,   Подробнее: который начинает вращаться вместе с тРНК, что связано с большой инерцией тРНК. Подробнее: При этом третий нуклеотид триплета иРНК остаётся свободным и вращается до тех пор, пока не встретит комплементарный нуклеотид рибосомальной РНК. Таким образом фиксируется угол поворота аминокислоты перед установкой её в растующую белковую цепь. После этого аминокислота вставляется в растущую белковую цепь под запрограммированным композиционным углом, согласно таблице композиционного генетического кода. тРНК поворачивается обратно, триплет иРНК возвращается на место, а тРНК сходит с рибосомы. Автор построил модель тРНК,  Подробнее: комплекса тРНК+аминокислота и комплекса тРНК+триплет иРНК. Объяснить все эти модели сумасшедшими геометрическими совпадениями не представляется возможным... (NMR-guy @ 06.01.2012 01:04) Поверьте, главное для структурного биолога - это не красивые картинки на экране и не отчеты с приставками нано-, обсужденные на сем форуме. Главное - это реалистичность представленных моделей. А когда прога берет и ищет имеющуюся свертку в базе данных структур, создает из них симметричную модель притирая в пространстве мономеры друг к другу по стерическим запретам, а потом красиво отрисовывает результат на экране - это принципиально не способно дать реалистичный НОВЫЙ результат. И снова Вы правы! Действительно таким способом ("притирая в пространстве мономеры друг к другу по стерическим запретам") реальную структуру молекулы белка не получить. Так с Вами никто и не спорит! Алгоритм автора совсем другой. В его основе лежит таблица композиционного генетического кода. Мономеры не притираются, а сразу устанавливаются согласно композиционным углам. Поэтому модель крупного белка (тысячи аминокислотных остатков) строится за несколько секунд на обычном компьютере. (NMR-guy @ 06.01.2012 01:04) Структуру полимера колагена я не нашел в RCSB PDB. Пока дальше моделей дело не идет, или идет, но неопубликовано. Сравнить действительно не с чем. Жаль. Тогда нужно найти белки с надёжно установленной структурой, чтобы проверить пикотехнологию на них. (NMR-guy @ 06.01.2012 01:04) Кстати, я там увидел какие-то ноты в таблице с столбике. Это вообще что и зачем? Не затем, надеюсь, чтобы компенсировать нарушения физических законов при моделировании? Ноты рассчитываются по формуле Томсона для радикалов аминокислот. Длина радикалов известна. Известна и масса атомных ядер. Это позволяет рассчитать резонансные частоты по смешанной формуле пружинного и математического маятников. Прослушивая музыку сборки белка можно на слух определить гармоничные сочетания звуков, которые соответствуют биологически активным центрам белка. В частности, при сборке коллагена звучит фрагмент вальса Штраусса: (NMR-guy @ 06.01.2012 01:04) Также прошу топикстартера разъяснить отношения с этим самым Кушелевым, неким Эрнстом Мулдашевым и Петром Гаряевым. Ничего личного  Меня интересуют только научные результаты, научный подход, "сухой остаток".
Белки -- статья в Википедии
|
|
Student2012 |
06.01.2012 10:58
(Nastja @ 06.01.2012 07:40) Была такая идея про композитный код когда-то давно, не подтвердилась, но некоторых она еще будоражит.А Вы не могли бы дать ссылку на исследование, где "не подтвердилось"? Очень не хочется тратить время на иллюзии... (Nastja @ 06.01.2012 07:41) Ну и кстати автору достаточно принять участие в следующем CASP, если он так уверен в своей программе. Сразу все оппоненты заткнутся.Кушелев утверждает, что жульничают они, организаторы CASP. Вот история участия лаборатории Наномир в CASP-3: Лаборатория Наномир проходила под номером 33. А вот переписка с организатором конкурса: Кушелев написал, что перед подведением итогов CASP3 5 участников из 33 исчезли из списка участников. Короче, тёмная история... Так что лучше иметь информацию из первых рук. У Вас лично есть данные о белках с надёжно установленной структурой? Хотелось бы на них проверить пикотехнологию. Если работает, буду пользоваться, если не работает, не буду время зря терять. Белки -- статья в Википедии
|
|
Student2012 |
06.01.2012 11:16
(Flyamer @ 05.01.2012 23:40) А может автор построить структуру коннексина-26 (Cx26)? И его сборки в коннексон.Вы не могли бы уточнить, какую кодирующую последовательность взять по этой ссылке: Давайте посмотрим, например, этот ген: Сообщение было отредактировано Student2012 - 06.01.2012 11:40 Белки -- статья в Википедии
|
|
Student2012 |
06.01.2012 11:39
CDS 145..825 ccgactcgga gcccctcggc ggcgcccggc ccaggacccg cctaggagcg caggagcccc agcgcagaga ccccaacgcc gagacccccg ccccggcccc gccgcgcttc ctcccgacgc agagcaaacc gcccagagta gaagatggat tggggcacgc tgcagacgat cctggggggt gtgaacaaac actccaccag cattggaaag atctggctca ccatcctctt catttttcgc attatgatcc tcgttgtggc tgcaaaggag gtgtggggag atgagcaggc cgactttgtc tgcaacaccc tgcagccagg ctgcaagaac gtgtgctacg atcactactt ccccatctcc cacatccggc tatgggccct gcagctgatc ttcgtgtcca cgccagcgct cctagtggcc atgcacgtgg cctaccggag acatgagaag aagaggaagt tcatcaaggg ggagataaag agtggattta aggacatcga ggagatcaaa acccagaagg tccgcatcga aggctccctg tggtggacct acacaagcag catcttcttc cgggtcatct tcgaagccgc cttcatgtac gtcttctatg tcatgtacga cggcttctcc atgcagcggc tggtgaagtg caacgcctgg ccttgtccca acactgtgga ctgctttgtg tcccggccca cggagaagac tgtcttcaca gtgttcatga ttgcagtgtc tggaatttgc atcctgctga atgtcactga attgtgttat ttgctaatta gatattgttc tgggaagtca aaaaagccag tttaacgcat tgcccagttg ttagattaag aaatagacag catgagaggg atgaggcaac ccgtgctcag ctgtcaaggc tcagtcgcta gcatttccca acacaaagat tctgacctta aatgcaacca tttgaaaccc ctgtaggcct caggtgaaac tccagatgcc acaatggagc tctgctcccc taaagcctca aaacaaaggc ctaattctat gcctgtctta attttctttc acttaagtta gttccactga gaccccaggc tgttaggggt tattggtgta aggtactttc atattttaaa cagaggatat cggcatttgt ttctttctct gaggacaaga gaaaaaagcc aggttccaca gaggacacag agaaggtttg ggtgtcctcc tggggttctt tttgccaact ttccccacgt taaaggtgaa cattggttct ttcatttgct ttggaagttt taatctctaa cagtggacaa agttaccagt gccttaaact ctgttacact ttttggaagt gaaaactttg tagtatgata ggttattttg atgtaaagat gttctggata ccattatatg ttccccctgt ttcagaggct cagattgtaa tatgtaaatg gtatgtcatt cgctactatg atttaatttg aaatatggtc ttttggttat gaatactttg cagcacagct gagaggctgt ctgttgtatt cattgtggtc atagcaccta acaacattgt agcctcaatc gagtgagaca gactagaagt tcctagtgat ggcttatgat agcaaatggc ctcatgtcaa atatttagat gtaattttgt gtaagaaata cagactggat gtaccaccaa ctactacctg taatgacagg cctgtccaac acatctccct tttccatgac tgtggtagcc agcatcggaa agaacgctga tttaaagagg tcgcttggga attttattga cacagtacca tttaatgggg aggacaaaat ggggcagggg agggagaagt ttctgtcgtt aaaaacagat ttggaaagac tggactctaa attctgttga ttaaagatga gctttgtcta cttcaaaagt taaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaa // Белки -- статья в Википедии
|
|
Student2012 |
06.01.2012 11:47
 Композиционный код, полученный по программе Prosolver: 1,3,1,1,4,4,1,4,1,4,4,3,4,1,3,1,1,1,1,3,2,1,1,1,1,1,1,1,1,3 ,3,1,3,1,1,1,3,4,3,2,1,1,4,1,2,3,1,1,1,1,3,1,1,1,1,4,1,2,1,1 ,1,1,4,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,4,2,1,1,4,1,4,1,1,4,1,4,2,4,1,2 ,4,1,1,1,4,1,1,4,3,3,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,2,1,3,2,3,1,1,1,1,1 ,1,3,1,1,1,1,1,1,3,1,1,4,1,1,1,1,2,1,1,1,1,1,4,1,1,1,3,1,1,1 ,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,4,4,1,1,1,1,1,3,3,1,1,3,4,1,1 ,3,4,1,4,1,4,1,1,3,1,1,2,4,1,1,3,2,4,3,2,3,1,1,4,4,3,1,3,3,1 ,3,3,1,2,3,3,3,3,3,4,1,2,3,1,2,3 Белок состоит из 226 аминокислотных остатков. Правильно? Сообщение было отредактировано Student2012 - 06.01.2012 11:49 Белки -- статья в Википедии
|
|
Student2012 |
06.01.2012 11:52
-- Nanoworld Laboratory. Alexander Kushelev. Peptide pikotechnology -- p = #() angx = #(-24,180,60,-45,-45); angy = #(-10.89167,83,0,15,15); angz = #(92,120,60,110,110) dx = #(2,1.5,1.6,2,2); dy = #(0.6,1,0.8,1,0.6); dz = #(-0.45,0,-0.6,-0.15,-0.45) -- Cx26 kk = #(1,3,1,1,4,4,1,4,1,4,4,3,4,1,3,1,1,1,1,3,2,1,1,1,1,1,1,1,1,3 ,3,1,3,1,1,1,3,4,3,2,1,1,4,1,2,3,1,1,1,1,3,1,1,1,1,4,1,2,1,1 ,1,1,4,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,4,2,1,1,4,1,4,1,1,4,1,4,2,4,1,2 ,4,1,1,1,4,1,1,4,3,3,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,2,1,3,2,3,1,1,1,1,1 ,1,3,1,1,1,1,1,1,3,1,1,4,1,1,1,1,2,1,1,1,1,1,4,1,1,1,3,1,1,1 ,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,4,4,1,1,1,1,1,3,3,1,1,3,4,1,1 ,3,4,1,4,1,4,1,1,3,1,1,2,4,1,1,3,2,4,3,2,3,1,1,4,4,3,1,3,3,1 ,3,3,1,2,3,3,3,3,3,4,1,2,3,1,2,3) peptide = box length:1 width:1 height:1 position:[0,0,-.5] wirecolor:[250,250,250]; Converttomesh peptide for k = 1 to 226 do( element = Hedra family:1 scalep:100 scaleq:100 scaler:100 radius:1 pos:[0,0,0] p:0.4; Converttomesh element attach peptide element; peptide.pivot = [0,0,0]; move peptide [dx[kk[k]],dy[kk[k]],dz[kk[k]]] rotate peptide angx[kk[k]] [1,0,0]; rotate peptide angy[kk[k]] [0,1,0]; rotate peptide angz[kk[k]] [0,0,1])  Оригинал: Третичная структура коннексина-26. В упрощённой пикотехнологической модели каждый аминокислотный остаток изображён одним 14-гранником. Сообщение было отредактировано Student2012 - 06.01.2012 12:06 Белки -- статья в Википедии
|
|
Flyamer Постоянный участник Москва |
06.01.2012 11:59
Или вот ATGGATTGGGGCACGCTGCAGACGATCCTGGGGGGTGTGAACAAACACTCCACCAGCATTGGAAAGATCTGGCTCACCGTCCTCTTCATTTTTCGCATTA TGATCCTCGTTGTGGCTGCAAAGGAGGTGTGGGGAGATGAGCAGGCCGACTTTGTCTGCAACACCCTGCAGCCAGGCTGCAAGAACGTGTGCTACGATCA CTACTTCCCCATCTCCCACATCCGGCTATGGGCCCTGCAGCTGATCTTCGTGTCCACGCCAGCGCTCCTAGTGGCCATGCACGTGGCCTACCGGAGACAT GAGAAGAAGAGGAAGTTCATCAAGGGGGAGATAAAGAGTGAATTTAAGGACATCGAGGAGATCAAAACCCAGAAGGTCCGCATCGAAGGCTCCCTGTGGT GGACCTACACAAGCAGCATCTTCTTCCGGGTCATCTTCGAAGCCGCCTTCATGTACGTCTTCTATGTCATGTACGACGGCTTCTCCATGCAGCGGCTGGT GAAGTGCAACGCCTGGCCTTGTCCCAACACTGTGGACTGCTTTGTGTCCCGGCCCACGGAGAAGACTGTCTTCACAGTGTTCATGATTGCAGTGTCTGGA ATTTGCATCCTGCTGAATGTCACTGAATTGTGTTATTTGCTAATTAGATATTGTTCTGGGAAGTCAAAAAAGCCAGTTTAA Это из генома (аннотированная собственно кодирующая последовательность). Белки -- статья в Википедии
|
|
Flyamer Постоянный участник Москва |
06.01.2012 12:00
Картинку-то покажите)) Белки -- статья в Википедии
|
|
Student2012 |
06.01.2012 12:18
(Flyamer @ 06.01.2012 12:59) Да, например эта пойдет. Или вот ATGGATTGGGGCACGCTGCAGACGATCCTGGGGGGTGTGAACAAACACTCCACCAGCATTGGAAAGATCTGGCTCACCGTCCTCTTCATTTTTCGCATTA TGATCCTCGTTGTGGCTGCAAAGGAGGTGTGGGGAGATGAGCAGGCCGACTTTGTCTGCAACACCCTGCAGCCAGGCTGCAAGAACGTGTGCTACGATCA CTACTTCCCCATCTCCCACATCCGGCTATGGGCCCTGCAGCTGATCTTCGTGTCCACGCCAGCGCTCCTAGTGGCCATGCACGTGGCCTACCGGAGACAT GAGAAGAAGAGGAAGTTCATCAAGGGGGAGATAAAGAGTGAATTTAAGGACATCGAGGAGATCAAAACCCAGAAGGTCCGCATCGAAGGCTCCCTGTGGT GGACCTACACAAGCAGCATCTTCTTCCGGGTCATCTTCGAAGCCGCCTTCATGTACGTCTTCTATGTCATGTACGACGGCTTCTCCATGCAGCGGCTGGT GAAGTGCAACGCCTGGCCTTGTCCCAACACTGTGGACTGCTTTGTGTCCCGGCCCACGGAGAAGACTGTCTTCACAGTGTTCATGATTGCAGTGTCTGGA ATTTGCATCCTGCTGAATGTCACTGAATTGTGTTATTTGCTAATTAGATATTGTTCTGGGAAGTCAAAAAAGCCAGTTTAA Это из генома (аннотированная собственно кодирующая последовательность). Да, это та самая последовательность. (Flyamer @ 06.01.2012 13:00) Эм, у меня почему-то 227 получилось, но это ладно.Картинку-то покажите)) 227-ой триплет - терминирующий кодон Этот белок не очень крупный, поэтому через несколько минут Вы сможете увидеть более детальную пикотехнологическую модель, построенную с помощью скрипта Савина-Кушелева Savin_s1.ms Сообщение было отредактировано Student2012 - 06.01.2012 12:32 Белки -- статья в Википедии
|
|
Flyamer Постоянный участник Москва |
06.01.2012 12:32
И можно ли посмотреть не в виде многогранников, а в виде, например, спиралек и/или слоев? Ну, странно, я трансляцию бластил, кажется... Ну, да не суть. Сообщение было отредактировано Flyamer - 06.01.2012 12:33 Белки -- статья в Википедии
|
|
Student2012 |
06.01.2012 12:34
(Flyamer @ 06.01.2012 13:32) А его сборку в коннексон получится? Гексамер, грубо говоря.И можно ли посмотреть не в виде многогранников, а в виде, например, спиралек и/или слоев? Автоматически строится только третичная структура. С четвертичной нужно "колдовать" вручную, прикладывая по-всякому одну субъединицу к другой. Желательно иметь дополнительную информацию, чтобы было понятно, что к чему прикладывать
Белки -- статья в Википедии
|
|
Student2012 |
06.01.2012 12:43
 Оригинал: Пикотехнологическая модель коннексина-26 (Cx26) / connexin-26. Каждый электрон поверхности изображён кольцом. Кушелев советует распечатывать субъединицы на 3D-принтере и пытаться составить из них четвертичную структуру. Конечно, можно попытаться сложить субъединицы в 3DS Max, как это удалось в случае спирали коллагена и слоя микротрубочки, образованной 13-ю субъединицами, состоящими из A,B и гамма-тубулина. Но в виртуальном пространстве сконструировать четвертичную структуру сложнее, чем из 3D-распечаток. Сообщение было отредактировано Student2012 - 06.01.2012 12:49 Белки -- статья в Википедии
|
|
Student2012 |
06.01.2012 13:13
(Flyamer @ 06.01.2012 13:32) И можно ли посмотреть не в виде многогранников, а в виде, например, спиралек и/или слоев? У Виктории Соколик есть программа, написанная Prosolver, которая будет выводить файл координат в стандарте PDB. Этот файл можно будет смотреть стандартным браузером. Только в той программе не все композиционные углы настроены. Она показывает то же, что и эта 2D-пикотех: (ссылку не пропускает спам-фильтр. Ему не понравилось слово "Народ") Можно попробовать убрать из модифицированной ссылки пробелы: a r o d.ru/20050216/index1.html Нужно нажать третью вкладку "Edit Source" и вставить туда код: 60FT FT source 1..10 FT CDS 1..681 XX SQ Sequence 250 BP; 36 A; 105 C; 78 G; 31 T; 0 other; ATGGATTGGG GCACGCTGCA GACGATCCTG GGGGGTGTGA ACAAACACTC CACCAGCATT GGAAAGATCT GGCTCACCGT CCTCTTCATT TTTCGCATTA TGATCCTCGT TGTGGCTGCA AAGGAGGTGT GGGGAGATGA GCAGGCCGAC TTTGTCTGCA ACACCCTGCA GCCAGGCTGC AAGAACGTGT GCTACGATCA CTACTTCCCC ATCTCCCACA TCCGGCTATG GGCCCTGCAG CTGATCTTCG TGTCCACGCC AGCGCTCCTA GTGGCCATGC ACGTGGCCTA CCGGAGACAT GAGAAGAAGA GGAAGTTCAT CAAGGGGGAG ATAAAGAGTG AATTTAAGGA CATCGAGGAG ATCAAAACCC AGAAGGTCCG CATCGAAGGC TCCCTGTGGT GGACCTACAC AAGCAGCATC TTCTTCCGGG TCATCTTCGA AGCCGCCTTC ATGTACGTCT TCTATGTCAT GTACGACGGC TTCTCCATGC AGCGGCTGGT GAAGTGCAAC GCCTGGCCTT GTCCCAACAC TGTGGACTGC TTTGTGTCCC GGCCCACGGA GAAGACTGTC TTCACAGTGT TCATGATTGC AGTGTCTGGA ATTTGCATCC TGCTGAATGT CACTGAATTG TGTTATTTGC TAATTAGATA TTGTTCTGGG AAGTCAAAAA AGCCAGTTTA A // Ссылка на программу "Пикотех-2D" не проходит через спам-фильтр этого форума, поэтому можете взять её на форуме лаборатории Наномир: Там же можно задать вопросы непосредственно Александру Кушелеву и Виктории Соколик.  Сообщение было отредактировано Student2012 - 06.01.2012 13:43 Белки -- статья в Википедии
|
|
Flyamer Постоянный участник Москва |
06.01.2012 13:36
Белки -- статья в Википедии
|
|
Student2012 |
06.01.2012 13:52
(Flyamer @ 06.01.2012 14:36) Ок. Теперь скажите, пожалуйста, похоже ли это на реальную структуру, ка Вам кажется? Давайте разберёмся...  Первое, что бросается в глаза, это длинные, прямые спиральные участки на модели из Nature. Например, TM4 имеет 7 витков альфа-спирали. Программа Пикотех-2D показывает, что в состав белка входит одна длинная спираль (6 витков) и та гнутая, т.е. состоит из двух коротких участков альфа-спирали, разделённых коротким участком 310-спирали. Как проверить, какая модель более правильная? Впечатляет то, что обе модели показывают одинаковую длину самого длинного участка с точностью до одного витка спирали. Понятно, что ошибка интерпретации данных РСА на любую величину может означать ошибку на один атом, а ошибка на один атом может означать ошибку на один аминокислотный остаток, если атом находится на границе между ними. Наконец, ошибка на один аминокислотный остаток может означать ошибку на один виток альфа-спирали, если атом находится на границе между витками. Таким образом длина самого длинного спирального участка совпала с точностью РСА. Что касается дальнего порядка расположения атомных групп, то здесь нужно разбираться отдельно. Ведь другие спиральные участки в модели из Nature существенно длиннее, чем показанные программой Пикотех-2D. Промежутки, которые меньше 1 витка альфа-спирали, рентгеноструктурный метод не всегда замечает, как мы только что выяснили. Это значит, что с точностью до ошибки РСА (1 виток альфа-спирали) модели можно считать идентичными Кстати, более внимательное изучение модели из Nature помогло заметить, что все спирали гнутые. Так что совпадение моделей ещё лучше, чем казалось вначале. Сообщение было отредактировано Student2012 - 06.01.2012 14:07 Белки -- статья в Википедии
|
|
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
06.01.2012 14:23
В силу экспериментального выявления отсутствия у автора на данный момент понятия о том, что значит "научность", крайне сбивчивой и скользкой аргументации, странностей в собственных рассуждениях, и, главное, при отсутствии понимания того простого факта, что результаты должны поддаваться простой проверке на достоверность, ему предлагается продолжать обсуждение данной темы в "Беседе", где его гипотезу о естественном отборе вальсов Шопена в генетическом коде всегда найдется кому поддержать (квалифицированных эволюционистов там для такой гипотезы вполне достаточно). Все последующие темы посвященные этим странным скриптам и картинкам будут переноситься в "Беседу", если их тут будет открываться слишком много, их авторы будут баниться за спам, гости будут баниться диапазонами айпи. Белки -- статья в Википедии
|
|
Student2012 |
06.01.2012 14:29
В настоящее время реализован чисто геометрический алгоритм. Он подходит для тех белков, которые не меняют форму в процессе работы. Если же белок может гнуться во время работы, например, на таких амино/имино-кислотах, как пролин, то форма модели может заметно отличаться от формы реальной молекулы. В таком случае можно попробовать довести модель вручную. Для этого нужно проверить, есть ли в составе белка пролин? Если есть, то в этих местах модель молекулы можно согнуть и посмотреть, будет ли она той же формы, что и реальная молекула? В будущем, можно создать более продвинутые версии пикотехнологии, где будут учтены физико-химические взаимодействия. А пока мы имеем дело с чисто-геометрическим алгоритмом... Тем не менее он может дать очень полезную информацию уже на уровне вторичной структуры, показывая где начинаются и где заканчиваются спиральные участки. А жёсткие участки белка, т.е. без пролина, геометрический алгоритм может показать с пикометрической точностью. Хотелось бы это проверить на белках, структура которых надёжно установлена. Белки -- статья в Википедии
|
|
Flyamer Постоянный участник Москва |
06.01.2012 14:31
В принципе, я вообще не специалист по структурам, мягко говоря, но тем не менее, интересно. Кстати, было бы интересно получить общее описание (на уровне идей) механизма работы программы. PS Я нисколько не поддерживаю эти методы, однако хочется найти реальные противоречия с экспериментальными данными, так сказать для честности. Белки -- статья в Википедии
|
|
Student2012 |
06.01.2012 14:32
(NMR-guy @ 06.01.2012 15:23) результаты должны поддаваться простой проверке на достоверность А если проверка сложная, то это уже ненаучно? Вы согласны, что РСА может ошибаться на один виток альфа-спирали? Показать на виток меньше или на виток больше, чем есть на самом деле? Белки -- статья в Википедии
|
|
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
06.01.2012 14:34
А то пока кроме ненужной никому пикометрической точности и веселых картинок ничего полезного не просматривается. Лично мне уже все ясно, поэтому дальше тут общайтесь без меня, здесь тема научной быть не обязана, главное - никого не обижать на персональном уровне. Белки -- статья в Википедии
|
|
Student2012 |
06.01.2012 14:42
(Flyamer @ 06.01.2012 15:31) Так, по-моему тут есть некоторая подмена понятий... Одно дело - определение вторичной структуры, которая, по Вашим словам, тут практически совпала (витки спиралей там...), и совсем другое - третичная, которая как раз нас и интересует.Не торопитесь делать выводы. Мы же решили разбраться, есть ли различия. Конечно, различия есть. На уровне первичной структуры они нулевые, т.к. аминокислотный состав определяется по таблице генетического кода. На уровне вторичной структуры различия уже заметны. В модели из Nature мы видим 5 сравнительно длинных, с изгибами спиральных участков. Программа Пикотех показывает значительно больше коротких спиральных участков. Какая из моделей точнее? Точность РСА такова, что не позволяет отличить длинный участок спирали от коротких, разделённых неспиральными участками. Ведь длину альфа-спирального участка РСА позволяет определить с погрешностью в целый виток, т.е. 4-5 аминокислотных остатков. Понимая это, можно сделать заключение, что с точностью РСА модели совпадают. Но точность РСА не позволяет строить 3D модель. Как Вы себе представляете пространственную модель, если нет определённости, что она состоит из целых, а не поломанных спиралей? Кстати, было бы интересно получить общее описание (на уровне идей) механизма работы программы. Первая статья на эту тему: В настоящее время готовится совместная статья Виктории Соколик и Александра Кушелева. Статья будет опубликована в течение ~50 дней. Сообщение было отредактировано Student2012 - 06.01.2012 14:48 Белки -- статья в Википедии
|
|
Flyamer Постоянный участник Москва |
06.01.2012 14:50
И про сходство третичной структуры Вы ничего не ответили. Белки -- статья в Википедии
|
|
Student2012 |
06.01.2012 14:51
(NMR-guy @ 06.01.2012 15:34) Как только запахнет научностью в обсуждении буду очень рад.А то пока кроме ненужной никому пикометрической точности и веселых картинок ничего полезного не просматривается. Лично мне уже все ясно, поэтому дальше тут общайтесь без меня, здесь тема научной быть не обязана, главное - никого не обижать на персональном уровне. Ваши эмоции мне понятны, но хотелось бы видеть и аргументы. Вы не ответили на вопрос, согласны ли Вы, что ошибка РСА может достигать витка альфа-спирали, т.е. 4-5 аминокислот? Если нет, то приведите аргументы в пользу своей точки зрения. Вы ведь за научный подход, верно?
Белки -- статья в Википедии
|
|
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
06.01.2012 14:53
Аргументы моей точки зрения очень долго придется Вам объяснять.  Потому я даже не буду начинать. Все главное я Вам в теме уже написал, вы просто не смогли понять выше написанное по какой-то причине.Про законы, работающие в настоящем ВСЕГДА на любом белковом объекте очень удачно обобщено в обзоре Белки -- статья в Википедии
|
|
Student2012 |
06.01.2012 14:58
(Flyamer @ 06.01.2012 15:50) Ну, вот тут-то и получается, что проверить эти модели нельзя, потому что Вы сразу же говорите, что РСА неточен. Учитывая, что нет другого полноценного метода определения структуры, модели непроверяемы.И про сходство третичной структуры Вы ничего не ответили. А кто говорит, что РСА точен? И что мешает проверить пикотехнологию с помощью не очень точного РСА. Ведь с точностью до РСА можно? Что касается других методов проверки, то они существуют. Например, если программа отличает типы белков, то это уже хорошо. А если данные программы Пикотех совпадат с данными РСА с точностью РСА, то это совсем хорошо. Разве нет? Что касается сходства третичной структуры, то с точностью РСА сходство есть. Ведь РСА не отличает длинные участки спирали от коротких, разделённых поворотами. Давайте попробуем найти способ более тщательной проверки. Точность РСА, как я понял, не устраивает ни Вас, ни меня. Белки -- статья в Википедии
|
|
Student2012 |
06.01.2012 15:03
(NMR-guy @ 06.01.2012 15:53) Вам там дело Настя посоветовала - если пройдете результатами работы своей программы CASP по их правилам, то в общем вне зависимости от наших персональных суждений Вас и Вашего Кушелева с Мулдашевым ждут заслуженное признание и почет, даже если Вы не будете объяснять как работает Ваша программа.У организаторов CASP, как я понял, "двойные стандарты", если число участников конкурса может уменьшаться с 33 до 28 перед финалом конкурса. Но в данном случае меня интересуют не Ваши эмоции, а Ваши аргументы, если, конечно, Вы на деле, а не на словах сторонник научного подхода. Поэтому хотелось бы в Вашем ответе услышать аргументы по поводу точности РСА, а не фамилию Мулдашева или ещё кого-то
Белки -- статья в Википедии
|
|
Flyamer Постоянный участник Москва |
06.01.2012 15:08
Не думаю, что РСА с 3,5 ангстремовым разрешением ошибается в том, спираль это или несколько. Кроме того, это РСА не одного белка, а целого канала, и все кусочки в нем хорошо складываются в целое, так что я склонен ему верить. Белки -- статья в Википедии
|
|
Student2012 |
06.01.2012 15:16
  Если заменить в программе таблицу композиционного генетического кода на случайную таблицу, то различие типов белков исчезнет:  Что касается ангстремного разрешения РСА. Допустим, что разрешение ангстремное. Но Вы согласны, что ошибаясь на 1 ангстрем можно ошибиться не только на 1 атом, но и на 1 аминокислотный остаток, если атом находится на границе между ними? А если это является границей между витками альфа-спирали, то ошибаясь на атом мы автоматически ошибаемся на виток альфа-спирали. Согласны? Кроме того, подтверждение витковой точности РСА легко найти в PDB. Ведь каждый год структуры белков уточняются, при этом новые структуры отличаются от старых числом спиральных участков... Сообщение было отредактировано Student2012 - 06.01.2012 15:18 Белки -- статья в Википедии
|
|
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
06.01.2012 15:19
Белки -- статья в Википедии
|
|
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
06.01.2012 15:22
(Student2012 @ 06.01.2012 07:03) У организаторов CASP, как я понял, "двойные стандарты", если число участников конкурса может уменьшаться с 33 до 28 перед финалом конкурса. Но в данном случае меня интересуют не Ваши эмоции, а Ваши аргументы, если, конечно, Вы на деле, а не на словах сторонник научного подхода.Поэтому хотелось бы в Вашем ответе услышать аргументы по поводу точности РСА, а не фамилию Мулдашева или ещё кого-то Просто пролистайте Выше, все мои аргументы Вам уже давно изложены, и они в отличие от Вашей позиции и картинок никогда не поменяются. Белки -- статья в Википедии
|
|
Student2012 |
06.01.2012 15:25
И хотелось бы услышать от Вас не только эмоции, но и аргументы. Напомню, что вопрос был задан о точности РСА. Вы согласны, что длину спиральных участков РСА позволяет определить с погрешностью в целый виток? Кстати, если бы организаторы CASP решили, что лаборатория Наномир - жулики, то почему они ежегодно присылают приглашения на CASP? Где логика? Почему они просят у жуликов структуры белков? Просто пролистайте Выше, все мои аргументы Вам уже давно изложены Я не нашёл Ваших аргументов в защиту точности РСА. Вы не могли бы их повторить "здесь и сейчас"? Сообщение было отредактировано Student2012 - 06.01.2012 15:29 Белки -- статья в Википедии
|
|
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
06.01.2012 15:46
Всем читателям полезно ознакомиться со следующимЫмДыбрЪ: Сие для меня было весьма удивительными подборками, никак не ожидал, что мое мнение так быстро совпадет с общественным при анализе научности материала в рамках всего-то этой темы. Белки -- статья в Википедии
|
|
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
06.01.2012 16:01
Белки -- статья в Википедии
|
|
Flyamer Постоянный участник Москва |
06.01.2012 16:05
Белки -- статья в Википедии
|
| « Предыдущая тема · Заблудшие темы · Следующая тема » |
 |
· Викимарт - все интернет-магазины в одном месте · Доска объявлений Board.com.ua ·
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---
Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Powered by Invision Power Board(Trial) v2.0.0 © 2023 IPS, Inc.