Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Готовые агарозные гели или формы для их заливки? -- Что делать? --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Кураторы темы:* genseq
Чёрный список: RJ Dio
     NB! в теме нельзя обсуждать тех, кто внесён в чёрный список
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 23.05.2012 14:22     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #51 множественное цитирование

(genseq @ 23.05.2012 09:12)
Ссылка на исходное сообщение  Купить очень просто. Заявки принимаются по E-mail. Гели высылаются по почте. Стоимость пересылки обычно включается в стоимость комплектов гелей.

Наибольшей популярностью готовые гели пользуются почему-то в Калининграде. Несколько заказов было из Москвы и Питера.

Много пробных комплектов раздавали бесплатно. Впечатлениями никто из халявщиков не поделился, поэтому такая практика была признана порочной.

Ушлые манаХеры говорят, чтои пробники тоже нужно ПРОДАВАТЬ eek.gif , тогда и появятся "впечатления". Не знаю, у меня бы на это рука не подналась... confused.gif ...
Так что, Генсек, в этом деле нам расти и расти, а там до пенсии... wink.gif

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.05.2012 18:43     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #52 множественное цитирование

(apoptos @ 22.05.2012 19:53)
Ссылка на исходное сообщение  Кстати, а где и как в Москве, Питере или России можно купить такое чудо?
И кто-нибудь пользовался реально этими гелями и как впечатление?
Заранее благодарен за любую информацию,

Я уже второй год пользуюсь. Объемы форезов у меня небольшие и возиться с заливкой агарозы просто лень. А были бы большие - было бы еще больше лень.
Гели как гели, самое ценное качество - можно гонять на них до тех пор, пока разваливаться не начинают. Форезов 10 выдерживают. Для производителя это минус, если честно, продажи падают smile.gif
Задачи у меня простые - ПЦР проверять, так что небольшая размытость б/у гелей не мешает.
Участник оффлайн! apoptos
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.05.2012 22:15     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #53 множественное цитирование

Спасибо за отзыв.

На счет ушлых продажников, так и хочется вспомнить ушлых ученых.
На счет бесплатных пробников, это к сожалению жизнь.
Если даешь бесплатно, то пробудет только 10%, за деньги все.
Поэтому, как это не обидно звучит, но история про бесплатные пробирки, это про людей, что даром, то в помойку.
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.05.2012 03:59     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #54 множественное цитирование

В целом сильно экономят время за весьма небольшие деньги. С качеством проблем не было, пачек 30 уже извел, а то и больше. А это четыре геля в каждой, да каждый гель минимум по 5 раз форезился - 600 форезов. Полоски бегают - чего еще надо?
Да, еще одно важное качество - температурный порог повыше агарозы. Иногда приходится превышать теплорассеивающие возможности камер, буфер греется прилично, так вот там, где агароза уже поплыла бы - эти держатся. Полоски размываются, но сами гели бодрячком.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Участник оффлайн! apoptos
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.05.2012 08:07     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #55 множественное цитирование

Еще раз большое спасибо за отзывы.
Так получается, что за один прогон себестоимость?
Генсек, пожалуйста, посчитайте.
Заранее благодарен,
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.05.2012 09:10     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #56 множественное цитирование

(apoptos @ 28.05.2012 06:07)
Ссылка на исходное сообщение  Еще раз большое спасибо за отзывы.
Так получается, что за один прогон себестоимость?
Генсек, пожалуйста, посчитайте.
Заранее благодарен,


Если считать для гелей ПА-4 (разрешение 4% агарозы) формата 4х12 (портретных) или 3х16 (альбомных), то стоимость одной дорожки (лунки) составляет около 2,3 рубля (440 руб./комплект, 110 руб./гель, 48 лунок/гель). Для ПА-2 немного ниже (2,2 руб.), а для ПА-8 немного выше (2,5 руб.). umnik.gif

Гели отличаются от чисто агарозных повышенной прозрачностью, температурой плавления и прочностью. Последнее привело к появлению любителей их многократного использования mad.gif , у которых стоимость дорожек измеряется уже не рублями, а копейками. rolleyes.gif

Файл/ы:

скачать файл IsoGel.pdf
размер: 670к
кол-во скачиваний: 124


Участник оффлайн! apoptos
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.05.2012 09:27     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #57 множественное цитирование

Большое спасибо, так это же замечательно.
Теперь только вопрос, если это стоит копейки за дорожку, то почему еще не все пользуются такими гелями.
Удачи, думаю надо купить для своего отца.
Сообщу ему про Ваши гели (он работате в Гамалея)
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 28.05.2012 10:03     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #58 множественное цитирование

(apoptos @ 28.05.2012 10:27)
Ссылка на исходное сообщение  Большое спасибо, так это же замечательно.
Теперь только вопрос, если это стоит копейки за дорожку, то почему еще не все пользуются такими гелями.
Удачи, думаю надо купить для своего отца.
Сообщу ему про Ваши гели (он работате в Гамалея)

Какой заботливый сын. cool.gif
Участник оффлайн! apoptos
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.05.2012 21:28     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #59 множественное цитирование

Почему бы и нет, тем более, таки вам скажу есть выгода и для меня.
По крайней мере в здоровье папы.
Участник оффлайн! vms




 прочитанное сообщение 10.07.2012 10:14     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #60 множественное цитирование

Опробовал готовые 4% гели на практике (гоняю фрагменты то по 60-70, то по 140-260 п.н.). Обычно использую 4.5%-5% гели из агарозы USB, которые в моем исполнениии получаются кривоватые и застывают порой довольно странно.
картинка: DPCF0140.jpg
картинка: DPCF0141.jpg
картинка: DPCF0142.jpg
Не разобрался, как здесь ставить спойлер.

Сообщение было отредактировано vms - 10.07.2012 10:18
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 13.07.2012 10:30     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #61 множественное цитирование

(avial @ 28.05.2012 03:59)
Ссылка на исходное сообщение  В целом сильно экономят время за весьма небольшие деньги. С качеством проблем не было, пачек 30 уже извел, а то и больше. А это четыре геля в каждой, да каждый гель минимум по 5 раз форезился - 600 форезов. Полоски бегают - чего еще надо?
Да, еще одно важное качество - температурный порог повыше агарозы. Иногда приходится превышать теплорассеивающие возможности камер, буфер греется прилично, так вот там, где агароза уже поплыла бы - эти держатся. Полоски размываются, но сами гели бодрячком.


гоняй в боратном буффере на 300 волт - даже легкоплавкая агароза не расплавится
http://www.biotechniques.com/multimedia/ar...02_O_36180a.pdf
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 13.07.2012 10:41     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #62 множественное цитирование

2vms -фрагменты 60-70 бп гоняются в 2.5% агарозе за 5 минут smile.gif
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15517972
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 13.07.2012 10:56     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #63 множественное цитирование

(avial @ 28.05.2012 03:59)
Ссылка на исходное сообщение  В целом сильно экономят время за весьма небольшие деньги. С качеством проблем не было, пачек 30 уже извел, а то и больше. А это четыре геля в каждой, да каждый гель минимум по 5 раз форезился - 600 форезов. Полоски бегают - чего еще надо?
Да, еще одно важное качество - температурный порог повыше агарозы. Иногда приходится превышать теплорассеивающие возможности камер, буфер греется прилично, так вот там, где агароза уже поплыла бы - эти держатся. Полоски размываются, но сами гели бодрячком.


если еще гонять в разведенном борате без триса - то економия составит по России 30 миллионов долларов в год smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 13.07.2012 11:02     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #64 множественное цитирование

(apoptos @ 28.05.2012 09:27)
Ссылка на исходное сообщение  Большое спасибо, так это же замечательно.
Теперь только вопрос, если это стоит копейки за дорожку, то почему еще не все пользуются такими гелями.
Удачи, думаю надо купить для своего отца.
Сообщу ему про Ваши гели (он работате в Гамалея)

Sodium boric acid electrophoresis buffer
20x SB buffer:
8g NaOH
45g Boric Acid
to 1L with MilliQ water

In this buffer, agarose gels can be run at higher voltage than in TBE/TAE (typically 10 V/cm). DNA fragment separation is therefore faster.

Ref:

Brody JR, Kern SE. "Sodium boric acid: a Tris-free, cooler conductive medium for DNA electrophoresis." Biotechniques. 2004 Feb;36(2):214-6. [PubMed]
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 13.07.2012 13:35     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #65 множественное цитирование

(Guest @ 13.07.2012 11:56)
Ссылка на исходное сообщение  если еще гонять в разведенном борате без триса - то економия составит по России 30 миллионов долларов в год smile.gif

А куда деть вырученные баксы confused.gif
no.gif Генсеку нельзя доверять - сам не ..... и другим не даст. lol.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.08.2012 20:41     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #66 множественное цитирование

Кстати, о баксах. На содержание счёта ООО "ИзоГель" в банке до конца года их хватит, но если гели будут продаваться в том же темпе, то пора готовиться к банкротству.
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 14.08.2012 10:33     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #67 множественное цитирование

Заказываю стопочку из 100 штук! umnik.gif - рано еще банкротиться, успеем... wink.gif

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): semi
Участник оффлайн! vtosha
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 24.08.2017 16:36     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #68 множественное цитирование

На правах рекламы.
При пробоподготовке NGS-библиотек микроРНК одна из важных задач на последнем этапе --- отделить адаптеры в 120 нт от финальных библиотек 150 нт. Допустимое количество адаптеров в сиквенсе - 10% чтений (ридов).
Мануалы (например, https://www.neb.com/~/media/Catalog/All-Pro...anualE7330.pdf) рекомендуют делать это на AMPure-гранулах (чистит плохо, проверили), 6% ПААГ (возни много, и адаптеров 5-15%), 3% агарозе.

genseq порекомендовал 4% агарозный гель с полисахаридыми добавками. Любезно проинструктировав о том, как его делать и пользоваться. Оказалось, что при приготовлении этого геля столько тонкостей, что "необученным академикам" (с) значительно проще заказать готовый гель. (Поскольку детали приготовления --- know how Генсека, пусть он ими при желании делится сам.) Чтобы не заморачиваться с форматами геля и лунок, проще всего было попросить готовый гель, который потом разлить в нужную форму.

Надо признаться, что гель неудобен в пользовании. Не такой прочный, как чисто агарозный, легко ломается (как мармелад по сравнению с желе), гнётся, из-за этого его нельзя класть на подложку, которая по формату меньше его. Достаточно долго застывает, несмотря на то, что 4%.
Для сравнения использовали 3% агарозу. Она прочная, с ней легко иметь дело.

Однако результаты использования 4% полисахаридного геля оказались сказочными. На данных биоаналайзера --- ни следа адаптеров, ровный библиотечный пик. Для библиотек, которые прогонялись на 3% агарозе, небольшой пик адаптеров всё же сохранялся. После сиквенса количество адаптеров составило: 1) для библиотек на 4% агарозе с полисахаридами - 2,1%, от 0,4-4% (из 8 библиотек); 2) для библиотек на 3% агарозе 4,7 (1-9%). 9% - это уже на пределе допустимого.

Таким образом, из всех опробованных вариантов очистки, включая рекомендуемые NEBом, лучшим оказался вариант genseq'а, который и решено применять в дальнейших исследованиях. Несмотря на все сложности использования, он проще ПААГа и при этом даёт самую лучшую очистку.
На рисунках - результаты фореза в Биоаналайзере готовых микроРНК-библиотек. Самый левый и самый правый пики - внутренние маркёры. Пик библиотек приходится примерно на 150 нт. Для случая 3% агарозы заметен небольшой пик адаптеров слева от основного.

Сообщение было отредактировано vtosha - 24.08.2017 16:37

Картинки:
картинка: Agarose_4_with_polysacc.png
Agarose_4_with_polysacc.png — (8.36к)   

картинка: Agarose_3.png
Agarose_3.png — (8.73к)   



Всего благодарностей: 3Поблагодарили (3): genseq, borigv, -Ъ-

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 11.12.17 14:31
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft