Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Доморощенные магносорбенты -- Где можно использовать? --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Кураторы темы:* genseq
Чёрный список: R.J.Dio, R.J. Dio
     NB! в теме нельзя обсуждать тех, кто внесён в чёрный список
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! ASDF
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.10.2014 14:26     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Спасибо.
Вы свои сорбенты не собираетесь для этого приспособить? Дело то хорошее и аналогов на рынке мало.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.10.2014 16:32     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Мне кажется, что в России у таких наборов нет коммерческой перспективы. Секвенированием занимаются исключительно бюджетные организации, которым проще закупать дорогие и проверенные наборы за бугром, чем связываться с дешёвыми наборами неизвестных отечественных поставщиков.

Если захотите поэкспериментировать со своими препаратами, то сорбентами обеспечу бесплатно и в любых количествах.
Участник оффлайн! ASDF
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.10.2014 18:34     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

эти наборы для бигДай ремув неоправдано дорогие. Большинство или откручивает или с гель-фильтрацией мучается. Это как раз ниша вообще не занятая, в отличии от ДНК/РНК изоляции или ПЦР клиан-ап.

Только экспериментировать никому не хочется, мне то точно. Нужен набор готовый с буферами. А если его будет легко купить, например в хеликоне, то ....
я бы с удовольствием покупал. Многие, я уверен тоже.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 23.10.2014 19:36     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Теоретически всё не сложно, но экспериментировать не с чем. Можно повозиться с сорбцией-десорбцией флуоресцентно меченых праймеров, но без БигДаев убедиться в их качественном ремуве не удастся.
Участник оффлайн! ASDF
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.10.2014 12:57     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(genseq @ 21.10.2014 10:58)
Ссылка на исходное сообщение  На практике не проверял, но теоретические основы таковы:
1. pH<7 (сильно закислять нет смысла).
2. Обязательно "посолить" (например, NaCl >0,3 M).
3. ЭДТА

Низкая pH снижает отрицательный заряд силики и концентрацию гидроксилов в растворе.
Соль предотвращает отталкивание ДНК отрицательно заряженной силикой. Достаточно 0,2 М, но для полной гарантии добавляют до 0,4 М.
ЭДТА - чтобы убрать магний. Связыванию ДНК он не мешает, но может затруднить десорбцию.

Так что можно попробовать (теоретически) NaAc 0,3 М + 1 mM ЭДТА pH 6,0.


А спирт здесь не нужен ?
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.10.2014 15:50     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Если теория верна, то вместо 70% спирта для отмывки БигДаев можно использовать обычную дистиллированную воду (pH 5...6). А для десорбции - Tris/HCl с pH 9...10.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.11.2014 10:21     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

По данным трёх испытательных лабораторий, мелкие частицы (< 1 мкм) после сорбции ДНК плохо ресуспендируются, поэтому пришлось увеличить размеры. В последней партии силикатного сорбента (двухлитровая, 5% по сухому весу) средний диаметр частиц - 1,6 мкм при довольно узком распределении (~0,2 мкм):
картинка: 1_6.JPG
Сорбционные свойства вопросов не вызывают. Они проверялись неоднократно. Осталось уточнить следующие вопросы:
1. Стоит ли "округлять" размеры частиц до 1,5 мкм (спустить половину частиц в унитаз)?
2. Какое название дать этому магносорбенту?

Главное - название, поскольку "как вы яхту назовёте, так она и поплывёт" (Врунгель).

Какие будут предложения?
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 25.11.2014 12:23     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо

МагноГен.
Конечно можно и МагноСеком назвать smile.gif
Распределение впечатляет.
Участник оффлайн! Cathie22
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 26.11.2014 07:14     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

МагноГен че-то тоже как-то... Хотя лучше МагноСека smile.gif
МагноСил, по-моему, есть уже. Силекс, само собой...
В моих складах названий есть неиспользованный УниМаг smile.gif
А не хотите просто, как на этикетке - магнитный силикагель?
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 27.11.2014 08:31     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Спасибо за идеи. Хотелось бы, чтобы название не затерялось в Интернете, т.е. оно должно быть достаточно уникальным. По этой причине MagnoGene и UniMag не подходят:

Magnogene is a medicine available in a number of countries worldwide.
http://www.drugs.com/international/magnogene.html

UNIMAG - это интерактивный журнал о моде, музыке, искусстве, событиях, интересных местах и персонах.
http://vk.com/unimagazine

www.unimag.ua
Интернет магазин - Экологичные товары: электровелосипеды, электросамокаты, электромобили, альтернативная энергетика, спорт, туризм, здоровье, ...

Пока лидирует последнее предложение - "Магнитный силикагель". Но оно подходит только для России, в которой потенциальных потребителей такого продукта можно пересчитать по пальцам. Хотелось бы иметь ещё и англоязычный вариант названия. Не уверен, что для этого подойдёт прямой перевод - "magnetic silica gel".
Участник оффлайн! Cathie22
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 27.11.2014 12:22     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Может, СиликаМаг?
Участник оффлайн! ASDF
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 27.11.2014 21:56     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

генсек, а стрептовидиновые бидсы вы готовите ?
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.11.2014 09:10     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(ASDF @ 27.11.2014 19:56)
Ссылка на исходное сообщение  генсек, а стрептовидиновые бидсы вы готовите ?


Чтобы приготовить стрептавидиновые бидзы нужно купить стрептавидин. umnik.gif
А чтобы что-то купить нужно что-то продать. frown.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 28.11.2014 12:44     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо

(genseq @ 28.11.2014 10:10)
Ссылка на исходное сообщение  Чтобы приготовить стрептавидиновые бидзы нужно купить стрептавидин. umnik.gif 
А чтобы что-то купить нужно что-то продать. frown.gif

.. или банк ограбить. tongue.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 26.12.2014 10:02     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

С силикатными магносорбентами всё уже понятно. Технология получения отработана. Осталось наладить распылительную сушку. Можно и без неё, но заливать пузырьки "под завязку" нельзя, поскольку сорбент нужно суспендировать встряхиванием. Если же рассылать пузырьки с "недоливом", то они булькают, что может не понравиться девушкам на почте. При отправке по России девушек можно уговорить, но на международный рынок с "бульканьем" прорваться не удастся. frown.gif

Ещё нужно получить аналог AMPure XP (или SPRI), т.е. карбоксилированные частицы в 20% ПЭГ c 2,5 М NaCl. Карбоксилирование недавно освоил, но в первой партии частицы получились со средним диаметром 0,6 мкм. Работать должны не хуже полуторамикронных, но могут хуже ресуспендироваться после промывки этанолом и подсушивания. Придётся укрупнять. rolleyes.gif

Сообщение было отредактировано genseq - 26.12.2014 10:07
Guest
IP-штамп: frSfVMJ6ZRZsc
гость



 прочитанное сообщение 03.01.2015 13:56     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

генсек, а вы cooh частицы пробовали в деле с ПЭГом? Если вам интересно я могу их потестировать на библиотеках и сравнить с АМпуром. Хотя у меня хороший запас АМпуров, они неоправданно дороги и я (да и не только я, как мне кажется) с удовольствием заменил бы их на местный продукт.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 03.01.2015 17:38     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Исходной задачей была именно разработка аналога AMPure. С ПЭГом пока не пробовал, поскольку для AMPure XP нужны частицы диаметром 1,5 мкм. У меня первая партия карбоксилированных частиц получилась с диаметром 0,5 мкм, а они после отмывки спиртом (если пересушить) плохо ресуспендируются. Да и примагничиваются медленнее:
картинка: COOH.jpg
Надеюсь в январе разобраться с размерами частиц, закупить ПЭГ 8000 (пока есть только ПЭГ 6000) и замесить первую партию препарата. Проверять хотел сам, но за помощь в этом деле буду очень признателен. beer.gif
Guest
IP-штамп: frSfVMJ6ZRZsc
гость



 прочитанное сообщение 03.01.2015 21:10     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

Генсек, да я вам даже ПЕГ8000 отсыплю, ради такого дела )). Проверять лучше сначала на маркере 50 и на геномке фрагментированной, потом и библиотеку можно взять ).
Участник оффлайн! ASDF
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  03.01.2015 21:12     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

ASDF
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.01.2015 21:41     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

А для целей обычной очистки из гелей или выделения ДНК чем карбоксилированные лучше обычных силикатных? Только упрощением протокола и отсутствием органики?

А XTerminator АБИшный - это какие частицы?

Сообщение было отредактировано avial - 04.01.2015 22:01
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.01.2015 10:04     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(avial @ 04.01.2015 19:41)
Ссылка на исходное сообщение  А для целей обычной очистки из гелей или выделения ДНК чем карбоксилированные лучше обычных силикатных? Только упрощением протокола и отсутствием органики?

А XTerminator АБИшный - это какие частицы?


Для обычной очистки ДНК из геля карбоксилированные ничем не лучше силикатных. Для выделения ДНК из таких источников как кровь, клетки и т.п. пригодны только силикатные. Карбоксилированные захватывают слишком много грязи. Преимущества карбоксилированных (осаждения ПЭГом) проявляются при очистке ДНК от дНТФ, ферментов, праймеров, праймерных димеров, а также мелких (<100...200 п.о.) и крупных (>500 п.о.) фрагментов. А это как раз то, что нужно в NGS для приготовления библиотек ДНК. Правда, ПЭГ можно заменить изопропиловым спиртом, но не всегда. С ПЭГом можно использовать и силикатные частицы, но это снижает качество очистки. Поэтому после завершения разработки силикатных частиц я даже не пытался сделать такую замену.

XTerminator - это, похоже, амфотерный ионообменник. Удаляет не только дНТФ, но и соли. Скорее всего, эпплайдовцы его усовершенствовали - покрыли ПАГом или каким-то другим мелкопористым гелем, предотвращающим связывание ДНК.

Сообщение было отредактировано genseq - 06.01.2015 12:57

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): avial
Участник оффлайн! criplenie
Участник



 прочитанное сообщение 13.01.2015 23:29     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

ПЭГом пцр-продукт великолепно чистится вообще без бус, но надо откручивать (попробовать можно но с бусами проще все же).

Аналог АМПура был бы полезен также тем кто занимается клонированием/мутагенезом и прочим лигированием, тут надо делать наборы и рекламироваться. Тем более при нынешнем курсе рубля.
Некотоыре извращенцы с ампуром даже плазмиды выделяют: http://openwetware.org/wiki/Lane:MagneticPlasmidPrep

Вот кстати еще идейка для набора: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002....25257/abstract

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Участник оффлайн! criplenie
Участник



 прочитанное сообщение 13.01.2015 23:38     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(genseq @ 03.01.2015 18:38)
Ссылка на исходное сообщение
Надеюсь в январе разобраться с размерами частиц, закупить ПЭГ 8000 (пока есть только ПЭГ 6000) и замесить первую партию препарата. Проверять хотел сам, но за помощь в этом деле буду очень признателен. beer.gif

Я с 6000 делал (и с ацетатом аммония вышло лучше чем с NaCl). Правда через полгода похоже растворчик окислился и теперь ингибирует ПЦР. Но первый месяц все работало.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.05.2015 16:38     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Расфасовал последнюю партию силикатного магносорбента. Получилось три десятка пузырьков по 20 мл "магнитного силикагеля" (5% w/v; 25% v/v). Однако, партия! wink.gif
картинка: MS_2_c.JPG
http://magno.ucoz.com/index/silica/0-6

Сообщение было отредактировано genseq - 21.05.2015 16:50
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 21.05.2015 17:15     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо

(genseq @ 21.05.2015 17:38)
Ссылка на исходное сообщение  Расфасовал последнюю партию силикатного магносорбента. Получилось три десятка пузырьков по 20 мл "магнитного силикагеля" (5% w/v; 25% v/v). Однако, партия! wink.gif

Пирамидкой красиво лежат, созревают, как вино. Беру. smile.gif

Сообщение было отредактировано -Ъ- - 21.05.2015 17:16

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Kapa Parla
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.05.2015 09:35     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(-Ъ- @ 21.05.2015 15:15)
Ссылка на исходное сообщение  Пирамидкой красиво лежат, созревают, как вино. Беру. smile.gif


Они не лежат, а стоят. Это вид сверху.

Одна девушка просила дать на пробу немного магносорбента. Предлагал отправить по почте, но она хочет забрать лично, причём именно у тебя. wink.gif
Если не возражаешь, на этой неделе привезу "пирамидку" к тебе (для раздачи девушкам). Для серьёзных потребителей на днях приготовлю ещё пару литров. Флаконы для неё (20 шт. на 100 мл) вчера заказал в Китае. Пора увеличивать объёмы производства. shuffle.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 29.05.2015 09:56     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Партию магносорбента отвёз в Москву. Желающие испытать и поделиться впечатлениями могут получить флакон (20 мл, 5%) бесплатно. Запросы - по E-mail или через сайт:
http://magno.ucoz.com/
Участник оффлайн! ASDF
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 29.05.2015 11:48     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Генсек, а вы сами то их тестировали? Что чистили ? ПЦР фрагменты ? или может РНК? Опять же буферы вы предлагаете самостоятельно делать?
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 29.05.2015 13:21     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

user posted image

Из 200 мкл цельной крови в 200 мкл воды (или ТЕ - тут не уверен), растворы почти без изменений взяты от колонок, 260/230 из-за плохо отмытого гуанидина.
Работают частицы.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Участник оффлайн! wyzandrea123




 прочитанное сообщение Сообщение на английском  02.06.2015 10:31     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

RNAi?
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.10.2015 12:00     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Подтвердилась теория хемосорбции ДНК/РНК на силикатах (пп.6,7) smile.gif :
http://magno.ucoz.com/index/silica/0-6
Исходя из неё причиной высокой специфичности связывания нуклеиновых кислот на таких сорбентах является образование связей Si-O-P при pH<7, гидролизующихся в щелочных условиях.
Оказывается, специалистам эта реакция давно известна. Вот что ответила на моё письмо ведущая специалистка Института химии силикатов Т.А.Кочина:
В принципе, в пп. 6 и 7 все изложено. Хемосорбция поверхностью силикагеля соединений фосфора была описана еще в 1971году. На первой стадии происходит замещение силанольных групп SiOH, которые всегда присутствуют на поверхности силикагеля, на Si-O-P, т.е. происходит прививка фосфорсодержащих соединений к поверхности силикагеля (хемосорбция). При последующем гидролизе происходит расщепление привитых групп Si-O-P с образованием групп P-OH и Si-OH (десорбция). Скорость гидролиза возрастает с увеличением рН среды.

Сообщение было отредактировано genseq - 18.10.2015 12:01
Участник оффлайн! Sileks




 прочитанное сообщение 12.12.2015 03:05     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Уважаемые форумчане, давно слежу за форумом и рассуждениями по поводу магнитных частиц и о проблемах, связанными с ними. В конце концов решил написать, так как в рассуждениях, высказывающихся на форуме, достаточно много ошибок и заблуждений. С вашего разрешения я изложу суть проблемы так, как я, в качестве производителя наборов с использованием магнитных частиц, вижу эту проблему.

1. Почему магнитные частицы
способностью сорбировать нуклеиновые кислоты, белки обладают огромное количество материалов начиная от металлов и не только металлов, их оксидов, сложных органических молекул и много-много других. Силика оказалась, что называется под рукой. Самой дешевой и достаточно эффективной. Комбинирование силикатного покрытия с магнитной основой просто логическое продолжение хорошо отработанного метода, дающее преимущество собирать частицы из большого объема без использования центрифуги. Сегодня существуют частицы с совершенно разными покрытиями, позволяющие избирательно выделять нуклеиновые кислоты или белки с определенными свойствами, характеристиками и размерами.

2. Почему каждый не синтезирует свои частицы
синтез магнитных частиц с любыми покрытиями при небольшой затрате времени можно найти в бесконечных количествах статей. Сегодня некоторые из таких частиц может синтезировать даже школьник у себя дома на кухне. Это не особенно сложно. И самое замечательное - эти частицы будут что-то выделять. Но основная проблема - приспособить частицы для конкретной задачи. И вот тут начинается та работа за которую наши уважаемые клиенты платят свои деньги. Частицы являются таким же компонентом набора, как и соли, и другие компоненты. Сами по себе они ничто. Только вместе с правильно подобранными компонентами в нужных соотношениях и последовательностях их использования достигается конечный эффект. Так что можно сказать, клиент покупает не магнитные частицы, а ноу-хау по их использованию. И в результате набор становится системой, позволяющей стандартизовать процедуру. Это очень важно при выделении из большого количества образцов, чтобы результат был воспроизводим и его можно было сопоставить с предыдущими результатами.

3. зачем переплачивать за чужие наборы
в любой работе каждый для достижения результата выбирает одно из двух - время или деньги. Если вам нужно быстро получить результат, а не осваивать азы по лабораторному практикуму - вы покупаете набор, выполняете работу, публикуетесь, становитесь известными в своей области, получаете гранты и работаете дальше. Если у вас нет денег и есть много времени, то вы вникаете в детали процедур, набиваете шишки и ломаете ноги о подводные камни и рано или поздно вы все будете знать, что и как должно быть в любом наборе и, может быть, откроете свою собственную фирму. Что выбирать - решать вам.

4. и все-таки, из чего состоят буфера для выделений
из разных компонентов. На разработку буферов уходит масса времени. Если кто-то на форуме пишет, что он понюхал и там 100% этанол, изопроп и т.д., а в буфере таком-то наверняка гуанидин, могу вам с почти 100% уверенностью сказать - в мясной сосиске есть мясо. Лучший способ узнать правду и получить правильный совет - не спрашивать на форумах, а обратиться к производителю. Если сможет - ответит. Если не сможет, по крайней мере не будет вводить в заблуждение.

Желаю всем успехов!

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): genseq, evgenyc
Участник оффлайн! blij
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.12.2015 04:14     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(Sileks @ 12.12.2015 02:05)
Ссылка на исходное сообщениеЛучший способ узнать правду и получить правильный совет - не спрашивать на форумах, а обратиться к производителю. Если сможет - ответит. Если не сможет, по крайней мере не будет вводить в заблуждение.

Лучший способ узнать загадочный состав - посмотреть список патентов, которые перечисляются в описании продукта. По кр. мере можно узнать в каком направлении копать. Спрашивать производителя - пустая трата времени и свидетельство потрясающей детской наивности вопрошающего.

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): NMR-guy, criplenie
пацанчег
IP-штамп: frblw0cK.g9Hg
гость



 прочитанное сообщение 12.12.2015 12:42     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

Аминь, брат.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 31.05.2016 09:06     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Как показало изучение монографии отечественных авторов (М.Г. Воронков, Е.А. Малетина, В.К. Роман. Кремнекислородные соединения неметаллов : производные азота и фосфора. 1998 г., 360 с.) , соединения со связями P-O-Si описаны во множестве публикаций. Так что хемосорбция ДНК силанолами сомнений не вызывает. Но в сорбции могут принимать участие и водородные связи силанольных групп с аминами и амидами. Сорбция амидов тоже не вызывает сомнений, поскольку этот тип связей неплохо изучен в связи с изучением флокулирующих свойств полиакриламида, широко используемого в водоочистке.
Исходя из этих литературных данных попытался приготовить частицы с полиакриламидным покрытием, пропитанным поликремниевой кислотой. Пробный вариант отличался повышенным дзета-потенциалом. Повысилась и сорбционная ёмкость. Оседают частицы "полиакриламидного силикагеля" не быстрее обычных, но диаметр увеличился примерно в 2 раза - до 2...3 мкм. Осталось проверить влияние сроков хранения. Если через год свойства не ухудшатся, то начну ими приторговывать. wink.gif
картинка: Lot_5.JPG

Сообщение было отредактировано genseq - 31.05.2016 09:07

Файл/ы:

скачать файл Lot_5___17.05.2016_2.pdf
размер: 206.06к
кол-во скачиваний: 93


Участник оффлайн! Panaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 31.05.2016 11:34     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(blij @ 12.12.2015 05:14)
Ссылка на исходное сообщение  Лучший способ узнать загадочный состав - посмотреть список патентов, которые перечисляются в описании продукта. По кр. мере можно узнать в каком направлении копать. Спрашивать производителя - пустая трата времени и свидетельство потрясающей детской наивности вопрошающего.


Не все так категорично. За спрос денег не берут, но иногда отвечают искренне. Прецеденты были. Конечно, не всегда.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.09.2016 09:33     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Guest @ 03.01.2015 11:56)
Ссылка на исходное сообщение  генсек, а вы cooh частицы пробовали в деле с ПЭГом? Если вам интересно я могу их потестировать на библиотеках и сравнить с АМпуром. Хотя у меня хороший запас АМпуров, они неоправданно дороги и я (да и не только я, как мне кажется) с удовольствием заменил бы их на местный продукт.


Dear ASDF,
прошу прощения за то, что переключился с разработки AMPure RU на обзоры и проекты по NGS. Обязуюсь до конца года вывести на рынок первую партию данного препарата, отличающегося от всех прочих аналогов особо низкой ценой и высоким качеством. Тем более, что деньги на реактивы появились. Спрос на магнитные штативы и сорбенты понемногу растёт. wink.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 05.09.2016 11:06     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо

Генсек камень точит. smile.gif
1 М хлорид натрия уже сам по себе антисептик. Но как среда для шариков - не помеха. Хотел сказать, что азид можно уже не добавлять. На своих добавляю побольше азида (до 0,1%) и держу рН ниже 8.
Про сроки хранения понятно (что может произойти со стеклом), но таки советую дать один год (для тебя же лучше - больше будут покупать. wink.gif

Сообщение было отредактировано -Ъ- - 05.09.2016 11:09
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 05.09.2016 13:15     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(-Ъ- @ 05.09.2016 09:06)
Ссылка на исходное сообщение  Генсек камень точит. smile.gif
1 М хлорид натрия уже сам по себе антисептик. Но как среда для шариков - не помеха. Хотел сказать, что азид можно уже не добавлять. На своих добавляю побольше азида (до 0,1%) и держу рН ниже 8.
Про сроки хранения понятно (что может произойти со стеклом), но таки советую дать один год (для тебя же лучше - больше будут покупать. wink.gif


Спасибо за дельные советы. Правда, с азидом всё не так просто. В магносорбенты он добавляется не столько для устранения прорастания, сколько для блокировки окисления магнетита. Правда, у меня частички и без него покрыты фосфатом, но азид, по крайней мере теоретически, может пролезать в "промежности", недоступные для фосфатов.
С pH ситуация понемногу проясняется. Оказалось, что сорбционные свойства зависят от дзета-потенциала, а он в щелочной среде понемногу снижается. В кислой среде перегруппировки силанольных связей не идут, поэтому дзета-потенциал намного стабильнее. Посему препараты теперь подкисляю. Нужно бы поставить серию экспериментов по оценке влияния pH на стабильность дзета-потенциала при длительном хранении, но своего прибора не имею, а заказывать такую серию накладно.
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 05.09.2016 13:51     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо

Заложи на хранение сорбенты в разной среде и рН и оценивай периодически по конечному показателю - выделению ДНК из какого нибудь стандартного образца. Я не мудрствуя моделирую с чистой ДНК фага лямбда, а следом - из крови.
А что есть дзетта потенциал даже не заморачиваюсь.
Ну конечно если это надо публиковать в Натуре... smile.gif wink.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 27.10.2016 20:32     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Сорбенты закислил. Азид не стал добавлять, поскольку при закислении он даёт летучую адотистоводородную кислоту, по токсичности ненамного уступающую синильной. Бутыли по 0,5 л заложил на хранение. Частицы сделал разного размера - ~0,75 мкм, ~1,5 мкм и ~2,5 мкм. Через пол года буду сравнивать их сорбционную ёмкость. wink.gif
Приятно работать, когда никто не торопит. wink.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 27.10.2016 21:35     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Шутка, забавная история
(genseq @ 27.10.2016 21:32)
Ссылка на исходное сообщение  
Приятно работать, когда никто не торопит.  wink.gif

Это точно!
А когда голова не болит где бы деньги достать на приятный отпуск... зимой umnik.gif - это ващеее. wink.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.12.2016 19:36     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(genseq @ 04.09.2016 07:33)
Ссылка на исходное сообщение  Dear ASDF,
прошу прощения за то, что переключился с разработки AMPure RU на обзоры и проекты по NGS. Обязуюсь до конца года вывести на рынок первую партию данного препарата, отличающегося от всех прочих аналогов особо низкой ценой и высоким качеством. Тем более, что деньги на реактивы появились. Спрос на магнитные штативы и сорбенты понемногу растёт. wink.gif


В сентябре имел неосторожность пообещать доделать AMPure RU. Тогда конец года казался очень далёким. Обещание выполнил, но только частично. Конечного продукта до сих пор нет. Зато удалось получить карбоксилированный магносорбент с диаметром частиц как у AMPure XP - 1,5 мкм. Причём по очень простой технологии. После Нового Года займусь масштабированием его производства и подбором рецептуры для стабилизации ПЭГ. Главное - не торопиться. Тем более, что торопиться некуда. wink.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 21.12.2016 10:53     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо

(genseq @ 20.12.2016 20:36)
Ссылка на исходное сообщение  В сентябре имел неосторожность пообещать доделать AMPure RU. Тогда конец года казался очень далёким. Обещание выполнил, но только частично. Конечного продукта до сих пор нет. Зато удалось получить карбоксилированный магносорбент с диаметром частиц как у AMPure XP - 1,5 мкм. Причём по очень простой технологии. После Нового Года займусь масштабированием его производства и подбором рецептуры для стабилизации ПЭГ. Главное - не торопиться. Тем более, что торопиться некуда.  wink.gif

Это в каком смысле стабилизировать?
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.12.2016 12:15     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(-Ъ- @ 21.12.2016 08:53)
Ссылка на исходное сообщение  Это в каком смысле стабилизировать?


Это в смысле подобрать анитоксиданты и т.п., которые замедлят или устранят накопление всякой гадости, образующейся при хранении растворов ПЭГ.
Немного информации на эту тему есть здесь:
http://magno.ucoz.com/index/ampure_xp/0-8

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): -Ъ-
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 21.12.2016 12:44     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо

(genseq @ 21.12.2016 13:15)
Ссылка на исходное сообщение  Это в смысле подобрать анитоксиданты и т.п., которые замедлят или устранят накопление всякой гадости, образующейся при хранении растворов ПЭГ.
Немного информации на эту тему есть здесь:
http://magno.ucoz.com/index/ampure_xp/0-8

В качестве антиоксидантов, не открывая америку: меркаптоэтанол, DTT, серосодержащую аминокислоту...
А в качестве консерванта, если рН позволяет (кстати, какой?), азида и проклинчика.
Хотя сомневаюсь, что нужна ли вообще стабилизация в среде с 2-3 М NaCI.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.03.2017 11:06     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Сегодня на сайте http://magno.ucoz.com/ счётчик насчитал 4000 посещений со дня его основание. В связи с юбилеем хотелось бы подвести некоторые итоги.

1. Налажен синтез силикатных магносорбентов. Не уверен, что лучших в мире, но уверен, что не худших. А по стоимости - самых дешёвых (20 мл 5% концентрата - 6 тыс. руб.). jump.gif
2. Разработана технология синтеза карбоксилированных магносорбентов. Выход магнитных частиц у неё в 5 раз меньше, чем у силикатных. Но если концентрат доводить до 1 % (по сухому весу), а не до 5% (как у силикатных), то конечный объём получится такой же - около 0,5 л за один цикл приготовления. Причём технология легко масштабируется, так что можно получать концентрат и литрами. wink.gif
3. Пора браться за главное - за разработку AMPure RU. Поэтому "прошерстил" литературу по накоплению перекисных соединений в эфирах (к которым относится и ПЭГ). Картинка начинает проясняться. Но однозначное решение отсутствует, поэтому со стабилизацией ПЭГ придётся поэкспериментировать. Надеюсь, что уже на следующей неделе. wall.gif

Сообщение было отредактировано genseq - 02.09.2017 14:03
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.05.2017 21:10     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Посмотрел фракционный состав двух последних партий силикатного магносорбента.
Частицы крупные (1,5....2,5 мкм), но лёгкие. Самопроизвольно оседают очень медленно. Перед проверкой тщательно суспендировались на вортексе, из-за чего образуется мелкая фракция (~0,5 мкм). При обычном суспендировании эта мелочь отсутствует (или присутствует в незначительных количествах).

По-моему, фракционный состав выглядит неплохо. Сорбционную ёмкость не проверял, но дзета потенциал, с которым она коррелирует, у этих частиц максимальный. А из-за понижения pH ещё и стабильный.

Lot №8
картинка: _1_.jpg

Lot №9
картинка: _2_.jpg
Участник оффлайн! Vadim Sharov
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 02.09.2017 23:03     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Вполне доморощенное магнитное (3D биопринтер российский)
http://www.biohab.ru/index.php?/topic/968-...ge-2#entry13311

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 20.10.17 21:03
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft