Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Доморощенные магносорбенты -- Где можно использовать? --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Кураторы темы:* genseq
Чёрный список: R.J.Dio, R.J. Dio
     NB! в теме нельзя обсуждать тех, кто внесён в чёрный список
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 18.10.2013 15:57     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #51 множественное цитирование

(arndt @ 18.10.2013 13:00)
Ссылка на исходное сообщение  я уже заказал пробнички этих "чудо-колонок" - посмотрим на цена-качество smile.gif

Хлебом не корми, дай человеку поиграться. smile.gif
Мы все, во главе с Генсеком, будем рады результатам твоих испытаний! yes.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.10.2013 15:58     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #52 множественное цитирование

http://www.ibch.ru/structure/groups/synthpolym/127

2011–2013 Контракт № 1 от 01.02.2009 г. между ИБХ РАН и ООО "Амбер" (г. Санкт-Петербург) в рамках выполненияГосударственного контракта № 9411.1003702.13.031 ("Разработка и оптимизация высокоэффективной комплексной системы одноэтапного выделения, очистки и концентрирования нуклеиновых кислот для ПЦР-анализа с целью выявления и идентификации микроорганизмов и ДНК-маркеров», шифр "Биопроба") - Ответственный исполнитель. Синтез сорбентов, разработка биосепарирующих элеиентов. Ведение технической и финансовой документации.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): avial
Участник оффлайн! arndt
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.10.2013 16:16     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #53 множественное цитирование

(-Ъ- @ 18.10.2013 16:57)
Ссылка на исходное сообщение  Хлебом не корми, дай человеку поиграться. smile.gif
Мы все, во главе с Генсеком, будем рады результатам твоих испытаний! yes.gif


с чем сравнить - могу с ЗимоКвик smile.gif

http://www.zymoresearch.com/dna-purificati...-gdna-microprep
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 18.10.2013 16:45     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #54 множественное цитирование

(genseq @ 18.10.2013 16:58)
Ссылка на исходное сообщение  http://www.ibch.ru/structure/groups/synthpolym/127

2011–2013  Контракт № 1 от 01.02.2009 г. между ИБХ РАН и ООО "Амбер" (г. Санкт-Петербург) в рамках выполненияГосударственного контракта № 9411.1003702.13.031 ("Разработка и оптимизация высокоэффективной комплексной системы одноэтапного выделения, очистки и концентрирования нуклеиновых кислот для ПЦР-анализа с целью выявления и идентификации микроорганизмов и ДНК-маркеров», шифр "Биопроба") - Ответственный исполнитель. Синтез сорбентов, разработка биосепарирующих элеиентов. Ведение технической и финансовой документации.

Силика, покрытая полианилином, пористая (70А)... нет, не знаком с такой фишкой.
Да и мало ли модифицированных силикагелей используется для узкоспецифического применения. confused.gif в хроматографии.
Участник оффлайн! arndt
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.10.2013 16:54     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #55 множественное цитирование

(-Ъ- @ 18.10.2013 17:45)
Ссылка на исходное сообщение  Силика, покрытая полианилином, пористая (70А)... нет, не знаком с такой фишкой.
Да и мало ли модифицированных силикагелей используется для узкоспецифического применения. confused.gif в хроматографии.

http://www.google.de/patents/US7772152

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Участник оффлайн! arndt
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.10.2013 17:04     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #56 множественное цитирование

самый крутой тест на ингибиторы - выделить ДНК из чернозема smile.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 18.10.2013 17:19     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #57 множественное цитирование

(arndt @ 18.10.2013 17:16)
Ссылка на исходное сообщение  с чем сравнить - могу с ЗимоКвик smile.gif

http://www.zymoresearch.com/dna-purificati...-gdna-microprep

Вот нашел, надеюсь, речь об этом методе:
http://www.rjbc.ru/arc/29/3/0310-0315.pdf

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 18.10.2013 17:48     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #58 множественное цитирование

(arndt @ 18.10.2013 18:04)
Ссылка на исходное сообщение  самый крутой тест на ингибиторы - выделить ДНК из чернозема smile.gif

Иишо круче - асфальт с черноземом в смеси с кровью eek.gif

Недастатки (основные и навсидку) метода выд. ДНК с сорбентом, покрытым полианилином:
1. Лизис клеток придется проводить с использованием традиционных растворов с детергентами и Протеиназой К и, в связи с этим, еще больше разбавляешь исходный анализируемый образец.
2. ВсЁ задерживается на сорбенте, в том числе низкомолекулярные компоненты, детергенты и Протеиназа К (в чем очень сомневаюсь), а чистая ДНК, но уже сильно разбавленная пролетает сорбент и собирается в пробирке-приемнике. А если ДНК мало в образце, придется концентрировать. Но как ???? Методов конц-рования конечно много, но confused.gif Меня волнует следы Протеиназы К, но больше всего - возможные и вечно сопутствующие выделению ДНК полисахариды, типа гепарина и т.д

Сообщение было отредактировано -Ъ- - 18.10.2013 18:04
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.10.2013 17:51     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #59 множественное цитирование

Да, да, угадали правильно - именно Капустин.
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 18.10.2013 18:16     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #60 множественное цитирование

Сижу и думаю - это ведь действительно классный сорбент, но для другого формата выделения. На основе его можно предлагать экспресс методы типа кипячения Chelex 100 - Добавил к образцу или суспензии клеток, встряхнул, термостатировал, ЦФ и на анализ. Идеально для плазмы и сываротки для массового скрининга. cool.gif
Guest
IP-штамп: frlHGMHi8Zz/M
гость



 прочитанное сообщение 19.10.2013 02:31     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #61 множественное цитирование

а для выделения РНК ваши сорбенты сможете приспособить?
kloun
IP-штамп: frfmrU8oUAU2w
гость



 прочитанное сообщение 19.10.2013 06:29     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #62 множественное цитирование

Про РНКу для сиквенса.
Мне бы пригодились колонки или 96-чашки, как у Zymo, но чтобы связывали всего 500нг - 1 мкг РНКи и можно было сконцентрировать в 3-5мкл воды всего - такая типа мини-плашки для РНКи.
Тогда ОД не нужно было бы мерить)
Участник оффлайн! arndt
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.10.2013 10:43     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #63 множественное цитирование

(kloun @ 19.10.2013 07:29)
Ссылка на исходное сообщение  Про РНКу для сиквенса.
Мне бы пригодились колонки или 96-чашки, как у Зымо, но чтобы связывали всего 500нг - 1 мкг РНКи и можно было сконцентрировать в 3-5мкл воды всего - такая типа мини-плашки для РНКи.
Тогда ОД не нужно было бы мерить)


вроде ест ПЦРные 96 плашки покрытые стеклом там связывание неболшое но одинаковое хотя можно шарики с адаптерами
Участник оффлайн! arndt
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.10.2013 10:47     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #64 множественное цитирование

(kloun @ 19.10.2013 07:29)
Ссылка на исходное сообщение  Про РНКу для сиквенса.
Мне бы пригодились колонки или 96-чашки, как у Зымо, но чтобы связывали всего 500нг - 1 мкг РНКи и можно было сконцентрировать в 3-5мкл воды всего - такая типа мини-плашки для РНКи.
Тогда ОД не нужно было бы мерить)


надоело нормализоват мултиплекс библиотеки для Иллумины ? smile.gif
Участник оффлайн! arndt
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.10.2013 11:17     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #65 множественное цитирование

(kloun @ 19.10.2013 07:29)
Ссылка на исходное сообщение  Про РНКу для сиквенса.
Мне бы пригодились колонки или 96-чашки, как у Zymo, но чтобы связывали всего 500нг - 1 мкг РНКи и можно было сконцентрировать в 3-5мкл воды всего - такая типа мини-плашки для РНКи.
Тогда ОД не нужно было бы мерить)

http://supportres.illumina.com/documents/d..._15044364_a.pdf
kloun
IP-штамп: frtsd0eQyf7/o
гость



 прочитанное сообщение 21.10.2013 09:48     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #66 множественное цитирование

(arndt @ 20.10.2013 10:47)
Ссылка на исходное сообщение  надоело нормализоват мултиплекс библиотеки для Иллумины ? smile.gif

Не совсем - мы можем сделать сотни и тысячи библиотек для РНК-сика даже руками за 2 дня - стоит несколько баксов на лунку - но нужно вносить образцы с малой разницей по массе - ну или мерить массу - что геморно.
А вот если пронормализовать все РНКи даже с потерей по массе - то можно тысячи в день варить.
Участник оффлайн! arndt
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.10.2013 11:10     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #67 множественное цитирование

(kloun @ 21.10.2013 10:48)
Ссылка на исходное сообщение  Не совсем - мы можем сделать сотни и тысячи библиотек для РНК-сика даже руками за 2 дня - стоит несколько баксов на лунку - но нужно вносить образцы с малой разницей по массе - ну или мерить массу - что геморно.
А вот если пронормализовать все РНКи даже с потерей по массе - то можно тысячи в день варить.


этож сколько нужно Хисеков 2000 на 1000 РНКаСеков confused.gif eek.gif
Участник оффлайн! arndt
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.10.2013 14:16     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #68 множественное цитирование

(kloun @ 21.10.2013 10:48)
Ссылка на исходное сообщение  Не совсем - мы можем сделать сотни и тысячи библиотек для РНК-сика даже руками за 2 дня - стоит несколько баксов на лунку - но нужно вносить образцы с малой разницей по массе - ну или мерить массу - что геморно.
А вот если пронормализовать все РНКи даже с потерей по массе - то можно тысячи в день варить.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P...one.0066883.pdf
kloun
IP-штамп: frDDLWOzZTiAA
гость



 прочитанное сообщение 22.10.2013 07:41     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #69 множественное цитирование

(arndt @ 21.10.2013 11:10)
Ссылка на исходное сообщение  этож сколько нужно Хисеков 2000 на 1000 РНКаСеков  confused.gif  eek.gif

Просто много разных сиквенсов РНКа существует. Тот же бактериальный, да есть и пара других методов у человека, которые уже посланы, но пока не вышли в печать - там достаточно 2-10М пар - что при выхлопе ХайСика в 2-3 ярда позволит сделать от 100 до 1000 образцов зараз. Сейчас сделать 1 библиотеку стоит в фасилити около 400 баксов - то есть, только сделать 1000 библиотек займёт почти пол-ляма грина - очень дорого.
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 22.10.2013 10:12     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #70 множественное цитирование

(Guest @ 19.10.2013 03:31)
Ссылка на исходное сообщение  а для выделения РНК ваши сорбенты сможете приспособить?

Вопрос ко мне или Генсеку?

В том формате выделения, в каком используются магнитные шарики - сорбция в объеме - вряд ли, только суммарные НК. На микроколоночках - другое дело, но это уже из другой оперы.
Участник оффлайн! arndt
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.10.2013 10:51     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #71 множественное цитирование

(-Ъ- @ 22.10.2013 11:02)
Ссылка на исходное сообщение  Ты от Генсека клизму заработал за офтоп.


почему оффтоп - генсек же главный пропагандист полупроводниковых РНК-сек smile.gif

http://bgiamericas.com/ion-proton-rna-seq-service/
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 23.10.2013 15:35     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #72 множественное цитирование

(arndt @ 22.10.2013 11:51)
Ссылка на исходное сообщение  почему оффтоп - генсек же главный пропагандист полупроводниковых РНК-сек smile.gif

http://bgiamericas.com/ion-proton-rna-seq-service/

Но песня все равно не о нем - Генсек сейчас делает магносорбент, может быть даже лучший и дешевый в мире! smile.gif
srcamb
IP-штамп: frtrF6yHEF6zM
гость



 прочитанное сообщение 23.10.2013 21:34     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #73 множественное цитирование

А есть возможность подключится к этим вашим испытаниям? Я, правда, занимаюсь иммунопреципитацией, антитела свои, частицы импортные (причем будут нано и микронные, в сравнении). Вот если бы ещё и частицы были отечественные. Так скажем укрепление обороноспособности smile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 23.10.2013 21:37     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #74 множественное цитирование

(srcamb @ 23.10.2013 19:34)
Ссылка на исходное сообщение  А есть возможность подключится к этим вашим испытаниям? Я, правда, занимаюсь иммунопреципитацией, антитела свои, частицы импортные (причем будут нано и микронные, в сравнении). Вот если бы ещё и частицы были отечественные. Так скажем укрепление обороноспособности smile.gif


Пишите на E-mail. Адрес здесь:
http://www.genseq.ru/racks.html
Участник оффлайн! arndt
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 23.10.2013 22:00     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #75 множественное цитирование

(genseq @ 23.10.2013 22:37)
Ссылка на исходное сообщение  Пишите на Е-маил. Адрес здесь:
хттп://щщщ.генсея.ру/рацкс.хтмл

генсек нехорошо заманиват молоденких девушек smile.gif
srcamb
IP-штамп: frtrF6yHEF6zM
гость



 прочитанное сообщение 23.10.2013 22:10     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #76 множественное цитирование

Увы и ах, не молоденькая и не девушка smile.gif У меня хемиселлы четырех видов, обещают вот-вот флюидмаг. Сейчас я пока гибридому разгоняю, маловато АТ даёт и асцитогенность не очень. А вообще, это больше джаст фо фан smile.gif у меня магистрская.
зы Про обороноспособность я пошутил, если что smile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 24.10.2013 08:27     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #77 множественное цитирование

(genseq @ 23.10.2013 19:37)
Ссылка на исходное сообщение  Пишите на E-mail. Адрес здесь:
http://www.genseq.ru/racks.html


Насколько я понял, Вам желательно иметь магносорбенты с белками A или G. Ещё лучше - с теми же белками, но для повышения сорбционной ёмкости иммобилизоваными на агарозной оболочке магнетитных микросфер. Или ещё проще - смесь клеток стафилококка с частицами магнетита, заключенными в агарозные гранулы.

В 80-е кто-то производил препараты формализированных стафилококковых клеток, предназначенных для иммуносорбции (лиофильно высушенные, в больших ампулах). По нынешним временам это, наверное, не катит.

Может быть, кто-нибудь имеет продуценты A/G белков (или сами белки в неограниченных количествах)?
srcamb
IP-штамп: frtrF6yHEF6zM
гость



 прочитанное сообщение 24.10.2013 08:57     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #78 множественное цитирование

Не обязательно с белками а/г, но, по всей видимости, проще будет с ними работать. Ещё раз оговорюсь, задача у меня учебная, и какие-то глобальные исследования проводить просто нет времени. А хотел я сравнить, что вот микронные частицы с такой эффективностью извлекаю, нано с такой. Объект — листерии. Нужно выделить из большого объёма, молока допустим, и потом либо на пцр, либо на чашки. То есть ещё показать насколько вредны нано для последующего культивирования. Самому попробовать делать делать частицы интересно, но время…
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 24.10.2013 12:38     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #79 множественное цитирование

Пока я ориентируюсь исключительно на ДНК. С иммунологами знакомства имею, так что если они проявят интерес, то сделаю и для них. Если у Вас интерес не пропадёт, то напишите через пару месяцев. Может быт,ь к тому времени появится что-нибудь и для иммуносорбции.

Сообщение было отредактировано genseq - 24.10.2013 12:40
Участник оффлайн! srcamb




 прочитанное сообщение 24.10.2013 18:00     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #80 множественное цитирование

Ок, интерес не пропадет.
Участник оффлайн! E-Student




 прочитанное сообщение 25.11.2013 18:40     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #81 множественное цитирование

Здравствуйте!
Прошу совета у опытных людей.
У меня диплом по магнитным частицам. Я синтезирую магнетит, а потом покрываю его силикагелем путем гидролиза ТЭОС в сильно щелочной среде. На полученные частицы я пытаюсь адсорбировать ДНК лосося и РНК дрожжей из раствора. Условия адсорбции - 5М раствор гуанидина тиоцианата и слабокислый рН (взято из литературы).
Так вот ДНК адсорбируется отлично, а РНК совсем нет. Если кто-либо сталкивался в своей работе с подобной проблемой, подскажите в какую сторону копать. Буду очень признателен за любую помощь smile.gif
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.11.2013 18:49     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #82 множественное цитирование

А может РНК просто валится быстро?
Участник оффлайн! distemper
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 26.11.2013 03:12     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #83 множественное цитирование

(E-Student @ 25.11.2013 16:40)
Ссылка на исходное сообщение  Здравствуйте!
Прошу совета у опытных людей.
У меня диплом по магнитным частицам. Я синтезирую магнетит, а потом покрываю его силикагелем путем гидролиза ТЭОС в сильно щелочной среде. На полученные частицы я пытаюсь адсорбировать ДНК лосося и РНК дрожжей из раствора. Условия адсорбции - 5М раствор гуанидина тиоцианата и слабокислый рН (взято из литературы). 
  Так вот ДНК адсорбируется отлично, а РНК совсем нет. Если кто-либо сталкивался в своей работе с подобной проблемой, подскажите в какую сторону копать. Буду очень признателен за любую помощь smile.gif

а вы сорбируйте РНКу в 2М гуанидине:50% этанол, сядет как миленькаяsmile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 26.11.2013 07:07     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #84 множественное цитирование

Подозреваю, что дело не в посадке РНК, а в её плохой десорбции. shuffle.gif

В кислой среде идёт химическая реакция образования связей P-O-Si, которые при защелачивании гидролизуются. Двунитевая ДНК из-за жёсткой вторичной структуры связывается силикатной поверхностью в отдельных точках, а РНК отличается повышенной гибкостью, связывается гораздо прочнее и смывается (гидролизуются все связи) медленнее. umnik.gif

Если это правда, то смывать РНК нужно не спеша. Дайте сорбенту с ней постоять часок-другой в слабощелочном буфере (pH~9). Вы будете смеяться, но, судя по всему, ионная сила при смывании ДНК/РНК значения не имеет. tongue.gif

Сообщение было отредактировано genseq - 28.11.2013 09:51
Участник оффлайн! E-Student




 прочитанное сообщение 27.11.2013 19:35     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #85 множественное цитирование

(distemper @ 26.11.2013 07:12)
Ссылка на исходное сообщение  а вы сорбируйте РНКу в 2М гуанидине:50% этанол, сядет как миленькаяsmile.gif

Спасибо, попробую!

(genseq @ 26.11.2013 11:07)
Ссылка на исходное сообщение  Подозреваю, что дело не в посадке РНК, а в её десорбции. shuffle.gif 

В кислой среде идёт химическая реакция образования связей P-O-Si, которые при защелачивании гидролизуются. Двунитевая ДНК из-за жёсткой вторичной структуры связывается силикатной поверхностью в отдельных точках, а РНК отличается повышенной гибкостью, связывается гораздо прочнее и смывается (гидролизуются все связи) медленнее.  umnik.gif

Если это правда, то смывать РНК нужно не спеша. Дайте сорбенту с ней постоять часок-другой в слабощелочном буфере (pH~9). Вы будете смеяться, но, судя по всему, ионная сила при смывании ДНК/РНК значения не имеет.  tongue.gif


Дело именно в адсорбции. Измеряю оптическую плотность раствора ДНК или РНК, затем инкубирую его с частицами, потом опять измеряю оптическую плотность. В случае ДНК она уменьшается, а в случае РНК - нет.
Участник оффлайн! ASDF
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 27.11.2013 21:02     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #86 множественное цитирование

А есть разница в сорбции двухцепочечной или одноцепочечной ДНК на силику?
VZ
IP-штамп: fr3WKvPfRtoWk
гость



 прочитанное сообщение 03.01.2014 18:32     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #87 множественное цитирование

(ASDF @ 27.11.2013 21:02)
Ссылка на исходное сообщение  А есть разница в сорбции двухцепочечной или одноцепочечной ДНК на силику?


Похоже, особой разницы нет. rolleyes.gif
Guest
IP-штамп: frQVZIqPyXv.U
гость



 прочитанное сообщение 10.01.2014 03:03     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #88 множественное цитирование

разница есть, даже патент есть на эту тему, сцылку искать лень
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.02.2014 09:46     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #89 множественное цитирование

Суспензии силикатных магносорбентов при длительном хранении нестабильны. Частицы норовят слипнуться. Высушил пол грамма. Через пол года суспендировал. Хорошо сохранились! Суспендируются отлично. Фракционный состав не изменился.

Похоже, нужно переходить на сухие препараты.
Guest
IP-штамп: frdPTpqcWQV5A
гость



 прочитанное сообщение 11.06.2014 07:40     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #90 множественное цитирование

И когда будут сухие препараты?
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.07.2014 08:41     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #91 множественное цитирование

Для сухих препаратов нужна лиофильная сушка и большие количества сорбентов rolleyes.gif .

На днях обнаружил по соседству сушилку. Надеюсь, с её хозяевами удастся договориться beer.gif . Приготовил несколько стограммовых препаратов. Постараюсь сегодня оценить их фракционный состав и засушить smile.gif .
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 31.07.2014 08:32     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #92 множественное цитирование

Вчера высушил на лиофильной сушке 15 грамм. jump.gif
Исходная партия оседала очень медленно и легко ресуспендировалась. Сухие почему-то ресуспендироваться в воде не желают. Быстро оседают на дно. weep.gif
Похоже, придётся или искать распылительную сушилку, или не выпендриваться и делать как все - поставлять в виде суспензии. confused.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 01.08.2014 13:23     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #93 множественное цитирование

(genseq @ 31.07.2014 09:32)
Ссылка на исходное сообщение  Вчера высушил на лиофильной сушке 15 грамм.  jump.gif
Исходная партия оседала очень медленно и легко ресуспендировалась. Сухие почему-то ресуспендироваться в воде не желают. Быстро оседают на дно.  weep.gif
Похоже, придётся или искать распылительную сушилку, или не выпендриваться и делать как все - поставлять в виде суспензии.  confused.gif

Правильно, не выпендривайся smile.gif .
Замени среду Ц/Ф-нием пару раз, добавь забуференную среду с консервантами и на 4 оС. Главнее - нанести плотный надежный слой силики.
И привези на испытания.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.08.2014 16:58     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #94 множественное цитирование

(-Ъ- @ 01.08.2014 11:23)
Ссылка на исходное сообщение  Правильно, не выпендривайся smile.gif .
Замени среду Ц/Ф-нием пару раз, добавь забуференную среду с консервантами и на 4 оС. Главнее - нанести плотный надежный слой силики.
И привези на испытания.


Ценрифугированием - это слишком сложно. Проще примагнитить. Среду забуферивать тоже не нужно. Потом придётся разбуферивать. Слои за отчётный период наловчился наносить любой толщины. Но для их уплотнения нужно время. Так что поставил пол кило частиц на созревание и уехал отдыхать. Через пару недель вернусь и с ближайшей оказией передам или сам привезу на испытания.

Сообщение было отредактировано genseq - 01.08.2014 18:51
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 30.09.2014 18:47     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #95 множественное цитирование

Летние испытания показали, что мелкие частицы (0,6 мкм) после сорбции ДНК слишком сильно слипаются и плохо ресуспендируются wall.gif . Пришлось увеличить средний размер частиц до 3 мкм. smile.gif
Проверку эта партия прошла успешно. beer.gif Осталось её (0,6 л) разлить по пузырькам (по 20 мл, т.е. ~30 шт.). shuffle.gif Главная проблема - соорудить приличные этикетки типа:

Сообщение было отредактировано genseq - 01.10.2014 10:10

Картинки:
картинка: MS1.JPG
MS1.JPG — (36.4к)   

Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 01.10.2014 11:06     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #96 множественное цитирование

Главное - придумать короткое и уникальное название.
Я так и не забрал образец на испытание у соседей.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.10.2014 18:27     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #97 множественное цитирование

Продолжается отработка технологии приготовления магнитного силикагеля. При использовании в качестве реакторов полуторалитровых бутылей получается примерно 50 г (сухой вес). Это достаточно для приготовления 1 литра суспензии со стандартной концентрацией 5% (или 5 литров с концентрацией 1%).

Пора переходить на реакторы объёмом 5...10 л. wink.gif
Участник оффлайн! ASDF
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 16.10.2014 10:03     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #98 множественное цитирование

полуторалитровые бутыли, надеюсь, из-под пива ? tongue.gif
Участник оффлайн! ASDF
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.10.2014 09:29     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #99 множественное цитирование

genseq посоветуйте буфер для связывания одноцепочечных коротких последовательностей (после реакции сиквенса) на колонке с силикой. У меня Binding buffer кончился вот от этого :
http://www.zymoresearch.com/dna/dna-clean-...ng-clean-up-kit
А колонок много, и их регенирировать можно.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.10.2014 09:58     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(ASDF @ 21.10.2014 07:29)
Ссылка на исходное сообщение  genseq посоветуйте буфер для связывания одноцепочечных коротких последовательностей (после реакции сиквенса) на колонке с силикой. У меня Binding buffer кончился вот от этого :
http://www.zymoresearch.com/dna/dna-clean-...ng-clean-up-kit
А колонок много, и их регенирировать можно.


На практике не проверял, но теоретические основы таковы:
1. pH<7 (сильно закислять нет смысла).
2. Обязательно "посолить" (например, NaCl >0,3 M).
3. ЭДТА

Низкая pH снижает отрицательный заряд силики и концентрацию гидроксилов в растворе.
Соль предотвращает отталкивание ДНК отрицательно заряженной силикой. Достаточно 0,2 М, но для полной гарантии добавляют до 0,4 М.
ЭДТА - чтобы убрать магний. Связыванию ДНК он не мешает, но может затруднить десорбцию.

Так что можно попробовать (теоретически) NaAc 0,3 М + 1 mM ЭДТА pH 6,0.

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 14.12.17 01:41
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft