Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Smisl |
|
guest: ммм IP-штамп: frwHRv5zEzGDY гость |
--Но попытки найти экспериментальные доказательства этого не на двух-трех белках, а на многих, не дали результата. Приведите ссылки на эти безрезультатные попытки. --Если есть ссылки на такое детальное...... На какое такое детальное, что изучать то должны исследователи? Детали чего? Когда сформулируете Pubmed вам в помощь ключевые слова в поисковую строку и вперед. |
Guest IP-штамп: frOMzGhUtCMYI гость |
(guest: ммм @ 09.04.2014 11:33) Дайте определение колинеарности?
--Но попытки найти экспериментальные доказательства этого не на двух-трех белках, а на многих, не дали результата. Колинеарность - точное и однозначное соответствие кодона или кодонов (в случае синонимии) кодируемым аминокислотам в белке. Приведите ссылки на эти безрезультатные попытки. Это мои попытки, возможно, недостаточные. В пабмеде не нашел. --Если есть ссылки на такое детальное...... На какое такое детальное, что изучать то должны исследователи? Детали чего? Должно быть однозначное соответствие между кодоном и/или син. кодонами мРНК и кодируемыми ими аминокислотами. Когда сформулируете Pubmed вам в помощь ключевые слова в поисковую строку и вперед. |
Smisl |
|
R.J.Dio Постоянный участник |
|
R.J.Dio Постоянный участник |
|
ship Постоянный участник Moscow |
|
Smisl |
(R.J.Dio @ 09.04.2014 14:13) Корана к белковому коду имеет косвенное отношение. Модель ген. кода - это Нобель М.Ниренбергу (1968г.). Да и Ф. Крик внес существенный вклад - адапторная и Вобл-гипотезы. Наш акад РАН Овчинников, однако, предложил идею ВТОРОРОГО ГЕН. КОДА. Слыхали? |
R.J.Dio Постоянный участник |
(ship @ 09.04.2014 14:18) вот не пойму почему именно генетический код и кодоны и прочее привлекают всевозможных "исследователей"? потому что слово "догма" -как красная тряпка быку. Со вторым началом термодинамики та же фигня
|
Дядя ФАКСер Постоянный участник Nothern Maccaronia, Ticinum |
P.S. Опять "торсионно-волновой фантом" залетел, что ли? |
Guest IP-штамп: frjoQya/mDoAs гость |
(Smisl @ 09.04.2014 13:40) Нет, не слыхали. Скорее просветите. |
Pharmaсol Постоянный участник |
(Smisl @ 09.04.2014 14:40) Наш акад РАН Овчинников, однако, предложил идею ВТОРОРОГО ГЕН. КОДА. Слыхали? это как у мондошаванов что-ли? Сообщение было отредактировано Pharmaсol - 09.04.2014 15:36 |
Tuco Ramires Постоянный участник Rio Grande |
|
Smisl |
ЧТО И КАК ЗАКОДИРОВАНО В мРНК «Если мы за- дадим вопрос, можно ли, имея перед собой последовательность нуклеотидов какой-либо иРНК, таблицу генетического кода и зная, что трансляция иРНК идет в направлении от 5’- к 3’-концу, а белковая цепочка растет от N-конца к C-концу, написать последовательность аминокислот белка, закодированного в этой иРНК, то будем вынуждены ответить на поставленный вопрос отрицательно» «Все приведенные примеры нарушения общих правил кодирования так или иначе связаны с суще- ствованием определенного контекста в мРНК. Этот контекст или перекодирующие сигналы иногда на- зывают вторым генетическим кодом» (стр. 14) |
ship Постоянный участник Moscow |
(Smisl @ 09.04.2014 20:50) [Овчинников Л.П., Московский Государственный Университет ЧТО И КАК ЗАКОДИРОВАНО В мРНК «Если мы за- дадим вопрос, можно ли, имея перед собой последовательность нуклеотидов какой-либо иРНК, таблицу генетического кода и зная, что трансляция иРНК идет в направлении от 5’- к 3’-концу, а белковая цепочка растет от N-конца к C-концу, написать последовательность аминокислот белка, закодированного в этой иРНК, то будем вынуждены ответить на поставленный вопрос отрицательно» «Все приведенные примеры нарушения общих правил кодирования так или иначе связаны с суще- ствованием определенного контекста в мРНК. Этот контекст или перекодирующие сигналы иногда на- зывают вторым генетическим кодом» (стр. 14) это называется "смотрю в книгу - вижу фигу".
|
Smisl |
(R.J.Dio @ 09.04.2014 14:16) да и что Корана! Что мне Гекуба...Я вот я последние 20 лет гены синтезирую, полагаясь на коЛЛинеарность, до сих пор без проколов. 20 лет-это мало? Боюсь, правда, до ста не дотянуть...А может, сначала Тотальный диктант автору написать, выучить правописание слов, а потом переосмысливать молбиологию? Да, вторая Л в слове коллинеарность, по мысли автора, запросто снимает проблему. Но вы можете без проколов синтезировать ДНК последовательности до ста и более лет, но это никак не приблизит вас к пониманию истинной роли не синонимических кодонов, а их 32. Стоит также вспомнить Признание Крика и Ниренберга в 1964 г. Январь. LXXXII, вып. 1 УСПЕХИ ФИЗИЧЕСКИХ НАУК ФИЗИКА НАШИХ ДНЕЙ 576.1 + 547.963.3 ГЕНЕТИЧЕСКИЙ КОД*) Ф. Крик, М. Ниренберг "Белок, синтезируемый поли-U, состоит не только из лейцина, но и из фенилаланина, причем на каждую молекулу лейцина приходится 20—30 молекул фенилаланина. При отсутствии в растворе фенилаланина поли-U использует лейцин в количестве, равном половине обычно используемого количества фенилаланина. Молекулярное объясне- ние этой неопределенности неизвестно". Приведу также очень сильное высказывание Ф.Крика из его книги "Безумный поиск. Личный взгляд на научное открытие", стр. 98: "Важно отметить, что структура генетического кода не имеет очевидного смысла...". Что следует понимать, видимо, что он имел в виду НЕ ОЧЕВИДНЫЙ смысл генетического кода. Что это за смысл, видевшийся Ф.Крику, нам уже не узнать. Возможно, этот смысл увидел Л.П.Овчинников, как "второй генетический код"? Если дело обстоит так, то нужна ревизия основ генетического кодирования... |
Smisl |
(ship @ 10.04.2014 00:31) Позвольте спросить, а что видите Вы, кроме фиги? |
ship Постоянный участник Moscow |
статья про то, что мРНК это не просто молекула, кодирующая белок, но и в ней самой присутствует множество элементов, регулирующих ее функциональность. напрмиер последовательность Козака, наличие шпилек в 5'НТО, нынче вот еще и сайты микроРНК в 3'НТО, регулирующие стабильность можно добавить и тп.
|
Smisl |
(Smisl @ 10.04.2014 00:40) То же, что и Л.П.Овчинников. И больше. |
Smisl |
(ship @ 10.04.2014 01:08) я вижу отличную образовательную статью, которую сам читал во времена поступления в аспирантуру. статья про то, что мРНК это не просто молекула, кодирующая белок, но и в ней самой присутствует множество элементов, регулирующих ее функциональность. напрмиер последовательность Козака, наличие шпилек в 5'НТО, нынче вот еще и сайты микроРНК в 3'НТО, регулирующие стабильность можно добавить и тп. Это все понятно. В биосинтезе белков находят все новые регуляторные функции. Однако парадокс - чем больше тактических деталей, тем дальше уходим от стратегии кодирования белков. И, как следствие, ГМ продукты питания, Синтии Крэйга Вентера, заселение планеты трансгенными растениями, животными, бактериями. Нарушение эволюционных темпов, однако. И возможный генетический коллапс биосферы. |
Smisl |
Или мы хотим быть святее его? |
AlexRez Постоянный участник Екатеринбург |
(Smisl @ 10.04.2014 09:14) Это все понятно. В биосинтезе белков находят все новые регуляторные функции. Однако парадокс - чем больше тактических деталей, тем дальше уходим от стратегии кодирования белков. И, как следствие, ГМ продукты питания, Синтии Крэйга Вентера, заселение планеты трансгенными растениями, животными, бактериями. Нарушение эволюционных темпов, однако. И возможный генетический коллапс биосферы. Вы покопайте поглубже и найдете кроме стандартного генетического кода еще с десяток нестандартных (например митохондриальный), и тогда вам совсем страшно жить станет в коллапсирующей биосфере По моему, было бы гораздо неуютнее, если бы было все просто, линейно, а следовательно примитивно. Сообщение было отредактировано AlexRez - 10.04.2014 09:45 |
AlexRez Постоянный участник Екатеринбург |
(Smisl @ 10.04.2014 09:16) Ну во первых "не сотвори себе кумира", а во вторых - в чем он ошибался? В том, что неосторожно сказал что сам не до конца еще все понял? |
R.J.Dio Постоянный участник |
|
Guest IP-штамп: frxGOYQklo76Y гость |
(Guest @ 09.04.2014 12:36) Это мои попытки, возможно, недостаточные. В пабмеде не нашел. Рассказали бы что-нибудь про свои попытки, что ли... Что за Д(Р)НК и белки? |
Smisl |
(AlexRez @ 10.04.2014 10:39) Вы покопайте поглубже и найдете кроме стандартного генетического кода еще с десяток нестандартных (например митохондриальный), и тогда вам совсем страшно жить станет в коллапсирующей биосфере По моему, было бы гораздо неуютнее, если бы было все просто, линейно, а следовательно примитивно. Это уже школьниками дают: Код не универсален. Существует 18 белковых кодов для митохондрий и разных видов организмов: The Standard Code The Vertebrate Mitochondrial Code The Yeast Mitochondrial Code The Mold, Protozoan, and Coelenterate Mitochondrial Code and the Mycoplasma/ Spiroplasma Code The Invertebrate Mitochondrial Code The Ciliate, Dasycladacean and Hexamita Nuclear Code The Echinoderm and Flatworm Mitochondrial Code The Euplotid Nuclear Code The Bacterial and Plant Plastid Code The Alternative Yeast Nuclear Code The Ascidian Mitochondrial Code The Alternative Flatworm Mitochondrial Code Blepharisma Nuclear Code Chlorophycean Mitochondrial Code Trematode Mitochondrial Code Scenedesmus Obliquus Mitochondrial Code Thraustochytrium Mitochondrial Code Но проблема-то не ушла. Те же триплетные коды, только некоторые кодоны поменяли семантику по сравнению со стандартным кодом. И та же проблема: половина кодонов - синонимы. Вторая половина остается с неоднозначным кодированием. То, что сразу обнаружил Ниренберг на одном примере UUU кодона. А таких еще 31. На самом деле кодируют дублеты кодонов. 3'-5' кодон-антикодоновые пары "воблируют", т.е. случайны по Ф.Крику. Отсюда автоматическое разделения кодонов на две группы - 31 кодон синонимичны и однозначны, отсюда изоакцепторные тРНК. Другая половина кодонов неоднозначна. Что сильно обеспокоило У.Лагеквиста [Lagerkvist U. “Two out of Three”: an alternative method for codon reading.Proc. // Natl. Acad. Sci. USA., 1978.v. 75. p. 17591762. ], поскольку возможны как бы неизбежные ошибки при выборе аминокислот рибосомой на мРНК. Но чтобы спасти модель кода, Лагерквист соврал, что, мол, неоднозначные встречаются редко, поэтому-де не страшно. И действительно, не страшно. Синтез белка исключительно точен. НО точен вопреки формальной и неправильной логике модели кода Ниренберга-Крика. Тут-то и работает "второй" код Овчинникова, хотя НИГДЕ пояснений от него не последовало, что за "второй". И не тут-ли "неочевидный" смысл структуры кода, на который намекнул Ф.Крик перед уходом в мир иной. Сообщение было отредактировано Smisl - 10.04.2014 13:34 |
R.J.Dio Постоянный участник |
ну и ладушки, вот вы все себе и объяснили- чего общественность будоражить? Сделайте свой дизайн, пихните в колю, получите полипептид, определите аа состав, и продолжим трындеж |
guest: smisl IP-штамп: frOMzGhUtCMYI гость |
(R.J.Dio @ 10.04.2014 13:57) На самом деле кодируют дублеты кодонов. ну и ладушки, вот вы все себе и объяснили- чего общественность будоражить? Сделайте свой дизайн, пихните в колю, получите полипептид, определите аа состав, и продолжим трындеж Общественности объяснить труднее. В колю пихать зачем, если уже есть анализ. По крайней мере, должен быть. Но не найду. Ведь вопрос не тривиальный. Модель кода - лажа или нет. Допустим, лажа, подгонка под Нобеля. Тогда как быть? |
Panaev Постоянный участник |
(guest: smisl @ 10.04.2014 23:32) Общественности объяснить труднее. В колю пихать зачем, если уже есть анализ. По крайней мере, должен быть. Но не найду. Ведь вопрос не тривиальный. Модель кода - лажа или нет. Допустим, лажа, подгонка под Нобеля. Тогда как быть? Вам никогда не говорили, что теория проверяется практикой? Или вы не умеете в колю пихать? |
AlexRez Постоянный участник Екатеринбург |
(guest: smisl @ 10.04.2014 23:32) Не найдете? Так может и нет? Может галики? С чего взяли, что должно быть? |
Smisl |
(Panaev @ 11.04.2014 07:13) Нет, ну это забавно. И в который раз. Как что-будь напишу в молбиоле, с моей точки зрения существенное, как тут же ошибочная комбинаторика моих ударов по клаве стирает текст. Не говоря уже о банных манипуляциях со мной. Ладно, не поленюсь и наберу еще раз. Итак, благодарю за ценный совет насчет теории и практики. Экспериментальная проверка всегдашней или не всегдашней применимости принципа коллинеарности не так прост, как видится на первый взгляд. Беглый просмотр мРНК последовательностей по банкам данных в гугле показал, что не указывают точное положение кодонов, в т.ч. стартовых. И не сопоставляют с белками. Поэтому сопоставлять с аминокислотными последовательностями соответствующих белков невозможно. Опять же надо учитывать возможные прыжки рибосом по мРНК. Поэтому логический анализ по лит. данным становится проблематичным. А если самим взяться за практику, как вы советуете, то это большая и дорогая работа, не входящая в наши планы. И главное. Меня вполне устраивает чисто логический анализ святой канонической таблицы классического генетического кода. Его проделал еще аспирантом каф. мол. биологии биол. ф-та МГУ. Только не забудьте о Криковском воблировании 3'-5' кодон-антикодоновой пары, НЕ УЧАСТВУЮЩЕЙ в кодировании. Гарантирую, получите несравненное удовольствие от ущучивания Нобелиатов. Но это и печально... |
Panaev Постоянный участник |
А зачем вам вообще что-то искать в базах? Синтезируете ген с нужными вам кодонами, запихиваете в плазмиду, плазмиду в колю. Коля вам экспрессирует белок, сиквенируете белок, сравниваете две последовательности - ответ на вопрос. А то чем вы занимаетесь здесь - словесный онанизм.
|
Smisl |
(Panaev @ 11.04.2014 09:57) Ну ладно, вы не умеете анализировать последовательности. Бывает. А зачем вам вообще что-то искать в базах? Синтезируете ген с нужными вам кодонами, запихиваете в плазмиду, плазмиду в колю. Коля вам экспрессирует белок, сиквенируете белок, сравниваете две последовательности - ответ на вопрос. А то чем вы занимаетесь здесь - словесный онанизм. Сир, вы недостаточно воспитаны. Что, вообще, является стилем и даже методом общения тут. То, что вы предлагаете, для меня не осуществимо и не очень интересно по многим причинам, часть которых указал. Да и не имеет смысла для меня. Так, из любопытства убедиться в собственной правоте. Мы работаем с другими уровнями генетического кодирования, эпигенетическими, которые, в частности, позволяют нам программировать стволовые клетки. И это косвенно доказывает, что кодирование белков - лишь часть генетических программ. И "второй" генетический код, тихо и без объяснений провозглашенный акад. РАН Л.П.Овчинниковым (кстати, без ссылки на меня... нехорошо, лёва...), составляет один из многих кодов. |
R.J.Dio Постоянный участник |
|
R.J.Dio Постоянный участник |
|
Smisl |
|
Дядя ФАКСер Постоянный участник Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Smisl @ 11.04.2014 07:08) Его проделал еще аспирантом каф. мол. биологии биол. ф-та МГУ...... Только не забудьте о Криковском воблировании 3'-5' кодон-антикодоновой пары, НЕ УЧАСТВУЮЩЕЙ в кодировании..... N-е пришествие...И что дедушке дома не сидится спокойно? |
Smisl |
(AlexRez @ 10.04.2014 10:43) Ну во первых "не сотвори себе кумира", а во вторых - в чем он ошибался? В том, что неосторожно сказал что сам не до конца еще все понял? Несмотря на суровую критичность в конце своей жизни, Ф.Крик очень тонко и умнО оценил их с М.Ниренбергом работу. Он сказал о НЕ ОЧЕВИДНОСТИ знаковой структуры кода. Это означает, что он интуитивно чувствовал ее, эту не очевидность. Скорее всего, его мучал результат с поли-U РНК, когда выявилась НЕ ОДНОЗНАЧНОСТЬ кодирования аминокислот. Он и Ниренберг искали и не находили ответ о природе этой неоднозначности на молекулярном уровне. А ведь не однозначность кодирования, даже в случае одного триплета UUU, фактически опровергала их модель. Поиск ответа на молекулярном уровне был ошибкой. Не однозначность кодирования аминокислот и стопов следует из ЛИНГВИСТИЧНОСТИ генетического кодирования. А это уже совершенно иная область работы генома. |
AlexRez Постоянный участник Екатеринбург |
(Smisl @ 11.04.2014 12:17) Ну если не осуществимо, так что вы лезете со своим бездоказательным бредом. Для большинства здесь присутствующих это осуществимо и проделано многократно и никаких проблем с генетическим кодом не возникало. |
AlexRez Постоянный участник Екатеринбург |
(Smisl @ 11.04.2014 15:13) Он сказал о НЕ ОЧЕВИДНОСТИ знаковой структуры кода. Это означает, что он интуитивно чувствовал ее, эту не очевидность. Скорее всего, его мучал результат ... Вы придаете словам сложный магический смысл. Может не стоит выстраивать целую теорию всемирного заговора нобелевских лауреатов на паре не имеющих смысла фраз? |
AlexRez Постоянный участник Екатеринбург |
(Smisl @ 11.04.2014 09:08) ... Только не забудьте о Криковском воблировании 3'-5' кодон-антикодоновой пары, НЕ УЧАСТВУЮЩЕЙ в кодировании. Гарантирую, получите несравненное удовольствие от ущучивания Нобелиатов... (Smisl @ 11.04.2014 15:13) Как то пахнуло Гаряевским волновым геномом |
Guest IP-штамп: frOMzGhUtCMYI гость |
(AlexRez @ 11.04.2014 16:31) Ну если не осуществимо, так что вы лезете со своим бездоказательным бредом. Для большинства здесь присутствующих это осуществимо и проделано многократно и никаких проблем с генетическим кодом не возникало. Вы не понимаете простого: генетический код сам по себе и его модель в ваших головах - это не одно и то же. Еще раз - генетический код работает великолепно и является результатом либо миллиарднолетней эволюции, либо сознательным актом творения. О возможности последнего говорят блестящие исследования В.И Щербака, показавшего чисто математически, что генетический код оперирует понятием нуля, что недостижимо чистой физико-химии взаимодействия всех фигурантов белкового синтеза. А вам, любезный и вежливый, полезно было бы посидеть над канон таблицей ген кода и увидеть, наконец, что половина кодонов (их дублеты) не однозначно кодируют аминокислоты и стоп-позиции. И еще раз, если отскакивает от медного лба, этот факт чисто экспериментально доказал М.Ниренберг на одном из неоднозначных кодонов, точнее, на поли U РНК. Не поняли гигантского значения этого ни он, ни Ф.Крик. Отсюда и пошел коленопреклоненный идиотизм почитания их модели кода, идиотизм, который таки осознал Ф.Крик. Даже пытался отказаться от Нобелевской. |
Guest IP-штамп: frOMzGhUtCMYI гость |
(AlexRez @ 11.04.2014 16:58) Вы придаете словам сложный магический смысл. Может не стоит выстраивать целую теорию всемирного заговора нобелевских лауреатов на паре не имеющих смысла фраз? Никакой магии и заговора, но чистая логика, из которой следует, что базовая концепция генетического кодирования, принятая пока повсеместно, - колосс на глиняных ногах, научный голем современности. Но колосс уже грохнулся, поскользнувшись на ГМО и Синтиях Мексиканского залива, где умирает все живое, включая людей на побережье. Такова цена ошибочной модели Ниренберга-Крика. |
Smisl |
|
Tuco Ramires Постоянный участник Rio Grande |
(AlexRez @ 11.04.2014 18:35) Коллега, без обид: Посадили трех индейцев в тюрьму. В первый день Могучий Бизон пытался разогнуть решетку - не осилил. На второй день Проворный Олень пробовал выскочить в окошко - но и он не преуспел. И только на третий день Орлиный Глаз заметил, что в тюрьме отсутствует четвертая стена.
|
R.J.Dio Постоянный участник |
|
Tuco Ramires Постоянный участник Rio Grande |
(R.J.Dio @ 12.04.2014 13:32) ура, Синтия. ГМО. НЛО. Инопланетяне на Луне. Взрыв кальдеры Йелустоуна. Астероид столкнется с Землей. Ванга предсказала конец света. HIV-биооружие, разработанное ЦРУ. Как страшно жить. Держитесь там, не теряйте Smisl жизни Еще Нибиру с рептилоидами!!! Не стоит их недооценивать.... |
R.J.Dio Постоянный участник |
|
guest: Smisl IP-штамп: frOMzGhUtCMYI гость |
|
vb Постоянный участник |
петр петрович, кончайте кликушествовать. идите на природу, пожарьте шашлыка, выпейте водки, потетешкайтесь со внуками... внуки-то есть? |
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |