Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Очень чувствительный метод количественной оценки циркулирующей опухолевой ДНК

Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! slavak4609
Участник



 прочитанное сообщение 16.07.2014 18:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

картинка: ctDNA.pngРазработан очень чувствительный комплекс анализа опухолевой ДНК, циркулирующей в крови. Основные этапы методики – отбор только тех участков генома, где ожидаются аномалии, и их прочитывание несколько тысяч раз. Высокая чувствительность, информативность метода и его сравнительно невысокая стоимость позволяют рекомендовать метод в клиническую практику для диагностики и мониторинга различных раков.

Опухолевая ДНК, циркулирующая в кровотоке (circulating tumor DNA – ctДНК ), представляет собой многообещающий биомаркер для диагностики и оценки состояния раковых опухолей. Но разработанные до сих пор методы недостаточно чувствительны и не применимы ко всем пациентам, что препятствует их использованию в рутинной клинической практике.

Авторы разработали новую стратегию анализа ctДНК , названную CAPP-Seq (cancer personalized profiling by deep sequencing). Разработка проведена на модели немелкоклеточной карциномы легких (NSCLC), но может быть адаптирована ко многим другим ракам. Прежде всего, была модифицирована методика приготовления проб для секвенирования из малых количеств ДНК. Ключевым элементом модификации была разработка “селектора” - набора биотинилированных олигонуклеотидов, соответствующих участкам ДНК, в которых локализованы “повторяющиеся” аномалии, обнаруженные у многих пациентов с NSCLC или аномалии, подозреваемые на ассоциацию с этим раком. Для этого были использованы базы данных по мутациям, обнаруженных в нескольких тысячах опухолей. Селектор перекрывает 521 экзон и 13 интронов 139 повторно мутировавших генов. Судя по опубликованным данным, в анализируемых участках локализованы мутации >95% случаев NSCLC. Этот набор перекрывает лишь 0,004% генома, что радикально облегчает анализ. С помощью селектора выделены, а затем амплифицированы соответствующие участки ДНК, полученной из плазмы крови.

Сравнительно небольшой набор фрагментов ДНК, подлежащий анализу с помощью секвенирования нового поколения позволил провести “сверхглубокое” секвенирование нуклеотидных последовательностей с повторностью прочитывания каждого участка в среднем ~5000 раз. Для получения результата было достаточно ~4 нг исходной ДНК из плазмы.

Сt ДНК обнаруживалась в 100% случаев NSCLC на стадиях II-IV и в 50% на стадии I. Многократное прочитывание обеспечивало распознавание мутантных аллелей даже когда их доля не превышала ~0,02%.

Метод позволяет не только обнаруживать мутации, но и прослеживать состояние опухоли. Можно оценивать результаты терапии, при которых уменьшение размера опухоли приводит к уменьшению доли опухолевых аллелей в ctДНК. Результаты анализа ctДНК подтверждаются данными компьютерной томографии. Более того, анализ ctДНК оказался более чувствительным, чем компьютерная томография.

Полученные результаты показывают, что CAPP-Seq позволил провести сравнительно недорогой неинвазивный анализ ctДНК в подавляющем большинстве случаев NSCLC. Он может рутинно применяться в клинической практике и потенциально может ускорить персонализированную диагностику, выбор терапии и прослеживание результатов лечения рака. Кроме плазмы крови CAPP-Seq может быть применен для детекции раковой ДНК в других биологических пробах даже с низким содержанием раковых клеток и их ДНК.


Источник: Newman AM, Bratman SV, To J, Wynne JF, Eclov NC, Modlin LA, Liu CL, Neal JW, Wakelee HA, Merritt RE, Shrager JB, Loo BW Jr, Alizadeh AA, Diehn M. An ultrasensitive method for quantitating circulating tumor DNA with broad patient coverage. // Nat Med. 2014; V. 20: P. 548-554.

Подпись к рисунку: Принцип формирования селектора для CAPP-Seq и применение метода для анализа ctДНК.

Всего благодарностей: 15Поблагодарили (15): ship, Pharmaсol, semi, Bear, Julchik, Vadim Sharov, isotope, haurhot, Olezhek, impartial, Leysan, LMP, Danse, NMR-guy, Пасюк



Сообщение в колонке новостей: Наука: общая и молекулярная биологияСообщение в колонке новостей, раздел "Наука: общая и молекулярная биология"
25.07.2014 17:42
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  29.08.2014 15:01     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

http://sib.fm/news/2014/08/29/novosibirski...a-rannej-stadii
smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  15.10.2014 12:22     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

http://www.nature.com/ncomms/2014/140710/n...ncomms5361.html

smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  15.10.2014 12:24     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

http://www.nature.com/ncomms/2013/131025/n...ncomms3672.html

smile.gif
Участник оффлайн! PapaRabana




 прочитанное сообщение 28.08.2017 18:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Интересно! smile.gif

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Колонка новостей · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 13.12.17 12:03
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft