Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Очень чувствительный метод количественной оценки циркулирующей опухолевой ДНК

Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! slavak4609
Участник



 прочитанное сообщение 16.07.2014 18:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

картинка: ctDNA.pngРазработан очень чувствительный комплекс анализа опухолевой ДНК, циркулирующей в крови. Основные этапы методики – отбор только тех участков генома, где ожидаются аномалии, и их прочитывание несколько тысяч раз. Высокая чувствительность, информативность метода и его сравнительно невысокая стоимость позволяют рекомендовать метод в клиническую практику для диагностики и мониторинга различных раков.

Опухолевая ДНК, циркулирующая в кровотоке (circulating tumor DNA – ctДНК ), представляет собой многообещающий биомаркер для диагностики и оценки состояния раковых опухолей. Но разработанные до сих пор методы недостаточно чувствительны и не применимы ко всем пациентам, что препятствует их использованию в рутинной клинической практике.

Авторы разработали новую стратегию анализа ctДНК , названную CAPP-Seq (cancer personalized profiling by deep sequencing). Разработка проведена на модели немелкоклеточной карциномы легких (NSCLC), но может быть адаптирована ко многим другим ракам. Прежде всего, была модифицирована методика приготовления проб для секвенирования из малых количеств ДНК. Ключевым элементом модификации была разработка “селектора” - набора биотинилированных олигонуклеотидов, соответствующих участкам ДНК, в которых локализованы “повторяющиеся” аномалии, обнаруженные у многих пациентов с NSCLC или аномалии, подозреваемые на ассоциацию с этим раком. Для этого были использованы базы данных по мутациям, обнаруженных в нескольких тысячах опухолей. Селектор перекрывает 521 экзон и 13 интронов 139 повторно мутировавших генов. Судя по опубликованным данным, в анализируемых участках локализованы мутации >95% случаев NSCLC. Этот набор перекрывает лишь 0,004% генома, что радикально облегчает анализ. С помощью селектора выделены, а затем амплифицированы соответствующие участки ДНК, полученной из плазмы крови.

Сравнительно небольшой набор фрагментов ДНК, подлежащий анализу с помощью секвенирования нового поколения позволил провести “сверхглубокое” секвенирование нуклеотидных последовательностей с повторностью прочитывания каждого участка в среднем ~5000 раз. Для получения результата было достаточно ~4 нг исходной ДНК из плазмы.

Сt ДНК обнаруживалась в 100% случаев NSCLC на стадиях II-IV и в 50% на стадии I. Многократное прочитывание обеспечивало распознавание мутантных аллелей даже когда их доля не превышала ~0,02%.

Метод позволяет не только обнаруживать мутации, но и прослеживать состояние опухоли. Можно оценивать результаты терапии, при которых уменьшение размера опухоли приводит к уменьшению доли опухолевых аллелей в ctДНК. Результаты анализа ctДНК подтверждаются данными компьютерной томографии. Более того, анализ ctДНК оказался более чувствительным, чем компьютерная томография.

Полученные результаты показывают, что CAPP-Seq позволил провести сравнительно недорогой неинвазивный анализ ctДНК в подавляющем большинстве случаев NSCLC. Он может рутинно применяться в клинической практике и потенциально может ускорить персонализированную диагностику, выбор терапии и прослеживание результатов лечения рака. Кроме плазмы крови CAPP-Seq может быть применен для детекции раковой ДНК в других биологических пробах даже с низким содержанием раковых клеток и их ДНК.


Источник: Newman AM, Bratman SV, To J, Wynne JF, Eclov NC, Modlin LA, Liu CL, Neal JW, Wakelee HA, Merritt RE, Shrager JB, Loo BW Jr, Alizadeh AA, Diehn M. An ultrasensitive method for quantitating circulating tumor DNA with broad patient coverage. // Nat Med. 2014; V. 20: P. 548-554.

Подпись к рисунку: Принцип формирования селектора для CAPP-Seq и применение метода для анализа ctДНК.

Всего благодарностей: 15Поблагодарили (15): ship, Pharmaсol, semi, Bear, Julchik, Vadim Sharov, isotope, haurhot, Olezhek, impartial, Leysan, LMP, Danse, NMR-guy, Пасюк



Сообщение в колонке новостей: Наука: общая и молекулярная биологияСообщение в колонке новостей, раздел "Наука: общая и молекулярная биология"
25.07.2014 17:42
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  29.08.2014 15:01     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

http://sib.fm/news/2014/08/29/novosibirski...a-rannej-stadii
smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  15.10.2014 12:22     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

http://www.nature.com/ncomms/2014/140710/n...ncomms5361.html

smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  15.10.2014 12:24     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

http://www.nature.com/ncomms/2013/131025/n...ncomms3672.html

smile.gif
Участник оффлайн! PapaRabana




 прочитанное сообщение 28.08.2017 18:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Интересно! smile.gif
Участник оффлайн! crazymichael




 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.09.2018 18:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Everyone likes to UGG Australia shop, especially girls who like to sell things. Occasionally,Fila Outlet boys are no exception. Always go shopping on various consumer platforms, buy a lot of items, wait until the sellers send the goods, the courier delivers home,UGG Slippers and receives the goods by himself. When receiving one piece of express delivery,Cheap Kate Spade Handbag the delivery is a big deal in life.Victoria Secret Outlet Interesting things. I think that the demolition express is very fulfilling!
Shopping is the nature of girls, almost Cheap UGG Boots innate nature, but the only drawback is that buying things is not decisive, when considering the importance of money before consumption. People living in this world are absolutely inevitable to eat and wear,Victoria Secret Pink and they are with them for a lifetime. One pair is to show Nike Air Max a person's taste, style and status. Thus, from the clothing, we can see how tasteful,Coach Outlet status and rights a person has. If he is dressed in plain and cheap clothes, this means that his status may not be high.Adidas Superstar If he wears gold and silver, it is very luxurious, then his status is likely to be very high, a pair, in the eyes of ordinary people, as long as it is warm and comfortable,Cheap Nike Air Max 2018 no need to wear a gorgeous costume style and popular this year.Coach Factory Tangled in style.
Consumers often entangle their prices before consumption Adidas Originals Superstar and entangle their styles. In fact, these things are considered in different districts. The district thinks more.Coach Factory Outlet Store A very small number of people do not entangle these things. They think that they want to buy them. If they want to buy them, they will be happy with themselves. But sometimes this will become a whole. bad thing.Victoria Secret Outlet I was excited and excited, or I clicked on the mouse to buy it. It seems to be venting,Nike Air Vapormax but it is actually burning money. Before I buy it, I have to look at the right age that is not suitable for my Air Max Tn Plus current age. , clothing. It is said that people can't be seen, but beauty Cheap Nike Shoes is still indispensable.
The concept of consumption and the concept of consumption Most Victoria Secret Clothing people don't think too much about these cumbersome things, but these ideas and opinions are really helping you. It will ask you how to buy and consume correctly,Nike Air Max Tn and will not let you blindly consume. Blind purchase. But if it is too much to pursue these problems,UGG Outlet Store it is not good, just use the reasonable way to buy what you need in a reasonable way!Coach Outlet Sale The consumption of physical stores is more expensive than online shopping, but the quality and Kate Spade Outlet Store quality are more than the online purchase guarantee. The physical store purchase will not Coach Factory Outlet be as entangled as online shopping, because the physical store can be put on the test and the size is not suitable,Kate Spade Outlet you can also choose the style. The waiter always recommends the latest styles and the UGG Boots Sale most popular styles to you, and may also help you choose clothes according to Coach Outlet Online your own. Some people try to play clothes in the store, don't worry about buying, remember the style,Balenciaga Sneakers the color of the clothes, the name of the store, go to Taobao,UGG Outlet and then thousands of them, the prices are arranged from low to high. The clothes are for you to choose.Kate Spade Outlet This person is a smart person compared to reality,Balenciaga Shoes in a clever way, doing smart things, doing the right thing!Balenciaga Sneakers Therefore, the current storefront business is really no fire from the business on Taobao. Compared with Taobao, it is simple and convenient, and it is affordable. It can also be bargained.Fila Sandals It is at most civilian price. For ordinary families, this pressure is acceptable!
Therefore, when shopping for consumption, you must first consider Coach Outlet Store Online the feelings after you buy it. The convenience of consumption gives people happiness, and consumption cannot be blind.Coach Outlet Online We must be rational consumers.

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Колонка новостей · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 22.09.18 11:21
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft