Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Банальный вопрос. Статистические методы. Интактные, контрольные группы, дозы препарата. -- Банальный вопрос. Статистические методы. --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! belykh




 прочитанное сообщение 01.06.2016 03:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование
Вопрос
Коллеги, прошу помощи!

К несчастью, почему-то не сумел найти адекватных аналогий на форуме.

Имеются:
1) интактная группа крыс Вистар, которая находится в стандартных условиях (взята, чтобы проверить адекватность экспериментальной модели);
2) контрольная группа, на которой моделируется экспериментальное воздействие;
3) опытная группа 1, с экспериментальным воздействием и введением препарата в дозе 1;
4) опытная группа 2, с экспериментальным воздействием и введением такого же препарата в дозе 2;
5) опытная группа 3, с экспериментальным воздействием и введением такого же препарата в дозе 3;
6) и т.д.
У всех перечисленных выше животных забирается кровь для получения различных биохимических анализов.

Вначале использовал Стьюдента/Манна-Уитни для сравнения интактных и контроля (чтобы узнать, работает ли модель), а затем – для сравнения контроля последовательно с каждой из опытных групп (чтобы узнать, работает ли препарат в той или иной дозе). Как интерпретировать понятно, но не понятно – правильна ли логика?!

Далее попробовал one-way ANOVA и Краскела-Уолиса: сравнивал контроль и все опытные группы одновременно (без интактных, т.к. учитывал, что Стьюдент/Манн-Уитни установил адекватность модели). Не вполне понимаю, как интерпретировать дисперсионный анализ в данном случае, да и результаты получились почти те же, что и выше. В качестве апостериорного анализа - критерий Тьюки, но опять ничего нового – где была достоверность на Стьюденте, там и осталась, по большому счету. Хотя, разумеется, появились новые данные при сравнении опытных групп между собой, но я не знаю, как их интерпретировать опять же (да и корректно ли так вообще сравнивать).

В общем, какая-то путаница в голове. Отсюда вопросы:

1) Какие методы стат. обработки использовать, чтобы оценить способность препарата корригировать последствия экспериментального воздействия?
2) Как интерпретировать полученные данные?
3) Правильны ли мои действия?
4) Если все же нужно выполнять дисперсионный анализ, корректно ли писать об использовании Стьюдента/Манна-Уитни для выявления различий между конкретными группами или нужно говорить только об апостериорных критериях?
5) Существуют ли «непараметрические» апостериорные критерий?

Прошу прощения, что так путано и длинно. Спасибо!
Участник оффлайн! Panaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.06.2016 04:31     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Не считаю себя знатоком статистики, но пару мыслей выскажу. Как мне кажется, вы тут что-то беспокоитесь беспричинно.
1. Обычно классика для подобных исследований - дисперсионный анализ. Но если у вас даже Стьюдент показал достоверность различий, то, в принципе, достаточно и его.
2. Что значит, как интерпретировать? Если у вас дисперсия между группами достоверно выше, чем внутри групп, то препарат оказывает какое-то действие.
3. Правильны. Немного избыточны. Но, я так понимаю, диплом? Завалите их критериями - пусть сами разбираются smile.gif.
4. Обычно обходятся только дисперсионным. По-моему.
5. Затрудняюсь с ответом.

Сообщение было отредактировано Panaev - 01.06.2016 04:31

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): belykh
Участник оффлайн! Flyamer
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 01.06.2016 10:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

5 - Манна-Уитни с поправкой на множественное тестирование?
Участник оффлайн! belykh




 прочитанное сообщение 01.06.2016 15:30     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

(Panaev @ 01.06.2016 05:31)
Ссылка на исходное сообщение Как мне кажется, вы тут что-то беспокоитесь беспричинно...

Panaev, большое спасибо! У нас далеко не все разбираются в статистике, поэтому у своих не могу получить исчерпывающие ответы.

Дело в том, что в похожих по структуре исследованиях бывали случаи, когда рецензенты спрашивали, почему не была использована ANOVA? Отсюда и вопросы, и избыточность, ведь хочется, чтобы комар носа не подточил. smile.gif))

Но ведь дисперсионный анализ показывает, что в принципе где-то между группами есть различия. Мне же нужно еще указать, какие именно дозы оказались эффективны. А вот выяснение различий между конкретными группами - это уже дело post hoc tests, насколько я понимаю. И здесь Стьюдент вроде как некорректен.

С другой стороны (поэтому я и спрашиваю про интерпретацию), post hoc также включает сравнение и между опытными группами с различными дозами препарата. В таком случае не ясно, что даёт мне появление достоверности при сравнении одной и другой дозы между собой.

Ведь смысл моего исследования - показать, что модель адекватна (т.е. сравнить контроль и интактных), а затем - что та или иная доза работает (т.е. сравнение будет с контрольной группой).
Участник оффлайн! belykh




 прочитанное сообщение 01.06.2016 15:35     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

(Flyamer @ 01.06.2016 11:57)
Ссылка на исходное сообщение  5 - Манна-Уитни с поправкой на множественное тестирование?

Flyamer, большое спасибо!

Однако я, к сожалению, никогда не слышал, про такие поправки в контексте Манна-Уитни (обычно при Стьюденте из используют, вроде как). При поверхностном гуглении обнаружил статьи, где авторы используют такой метод, но самой методики пока что не нашел.

Правильно ли я понимаю, что для непараметрики также можно применить поправку Бонферрони?

Читал, что она достаточно грубая и негибкая. Возможно есть еще какие-то варианты?
Участник оффлайн! Flyamer
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 01.06.2016 15:53     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Поправки применяют с любыми тестами, если имеется множественное тестирование. Кроме Бонферрони есть много вариантов, Бенджамини-Хохберг довольно популярен...

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): belykh
Участник оффлайн! belykh




 прочитанное сообщение 01.06.2016 17:41     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

(Flyamer @ 01.06.2016 16:53)
Ссылка на исходное сообщение  Поправки применяют с любыми тестами, если имеется множественное тестирование. Кроме Бонферрони есть много вариантов, Бенджамини-Хохберг довольно популярен...

Спасибо!

Flyamer, а как Вы считаете: нужно ли в моем случае выполнять дисперсионный и апостериорный анализ? Или достаточно достоверности по Стьюденту/Манну-Уитни?
Участник оффлайн! belykh




 прочитанное сообщение 01.06.2016 17:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

И еще вопросы: корректно ли я использую дисперсионный анализ, исследуя контрольную группу и 3 группы с препаратом в разных дозах, если за нулевую гипотезу принимаю мысль "Исследуемый препарат не действует в данных условиях"?

Если учесть еще и проверку модели, то следует применять двух-факторный анализ, не так ли? Другими словами, тогда будут две нулевые гипотезы "Препарат не влияет на исследуемый показатель" и "Экспериментальное воздействие не влияет на исследуемый показатель".

Нужен ли он в моём случае двух-факторный дисперсионный анализ, если Стьюдент уже показал различие между контролем и интактными животными?

Спасибо!
Участник оффлайн! Flyamer
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 01.06.2016 18:20     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

(belykh @ 01.06.2016 18:41)
Ссылка на исходное сообщение  Спасибо!

Flyamer, а как Вы считаете: нужно ли в моем случае выполнять дисперсионный и апостериорный анализ? Или достаточно достоверности по Стьюденту/Манну-Уитни?


Ну, можно и дисперсионный сделать... Или непараметрический аналог.
guest: bubnilkin
IP-штамп: frN0bRtsxoBKY
гость



 прочитанное сообщение 06.06.2016 13:38     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

belykh,

а что такое
"2) контрольная группа, на которой моделируется экспериментальное воздействие;"
?
Участник оффлайн! belykh




 прочитанное сообщение 08.06.2016 15:22     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

(guest: bubnilkin @ 06.06.2016 14:38)
Ссылка на исходное сообщение  belykh,

а что такое
"2) контрольная группа, на которой моделируется экспериментальное воздействие;"
?

Интактные животные все время эксперимента содержатся в стандартных условиях + им вводится физ. раствор в эквивалентных опытным группам количествах.

На контрольных животных моделируется экспериментальное воздействие (например, острый панкреатит, кожная рана, гепатит, эндотелиальная дисфункция, стресс, лихорадка и т.д. или что-то еще). Плюс этим животным также вводится физ. раствор в эквивалентном опытным группам объеме.

На опытных группа моделируется такое же воздействие, что и на контрольной, но только вместо физ. раствора вводится препарат в той или иной дозе.
guest: bubnilkin
IP-штамп: frN0bRtsxoBKY
гость



 прочитанное сообщение 15.06.2016 16:35     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

Спасибо, освежили в памяти smile.gif.

Из моего небольшого объёма знаний по (биомедицинской) статистике вспоминается дисперсионный анализ. Коллеги его уже упоминали. При статистически значимом результате переходите к попарным сравнениям. Далее задумайтесь о практической/биологической значимости полученных результатов.

Если вы на этапе планирования экспериментов, не поленитесь просчитать требуемые объёмы выборок. Это важно.

Скорее всего вашу задачу можно (а может быть и нужно) решить с помощью computer-intenssive методов (например, "Шитиков, Розенберг. Рандомизация и бутстреп: тстистический анализ в биологии и экологии с использованием R. Тольятти. Кассандра. 2013", есть в сети, есть и другие источники!). Это позволит вам идти в ногу со временем (на каком-то этапе).

Не забывайте про допущения (assumptions). Упоминание их проверки в отчёте/статье укажет на понимание вами сути статистического анализа.

HTH

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Биофизика и матметоды в биологии · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 21.10.17 22:17
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft