Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Поиск SNP -- секвенирование и поиск снипов --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! khrenpoimi

Київ



 прочитанное сообщение 05.06.2016 13:44     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Уважаемые форумчане, после секвенирования некоторые риды "косячные". Тут для примера, я выбрала участок более менее нормальный. Но все же, вопрос: как исключить риды в которых больше двух замен? Бывает что покрытие нормальное, а половина ридов не ахти.
Заранее спасибо.

Картинки:
картинка: kpm.png
kpm.png — (15.22к)   

Участник оффлайн! Flyamer
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 05.06.2016 13:50     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

По качеству отфильтровать?
Участник оффлайн! khrenpoimi

Київ



 прочитанное сообщение 05.06.2016 16:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

я не знаю как это делать)
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 08.06.2016 16:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

khrenpoimi, попробуйте какую-нибудь программу для коррекции ридов, могу выслать свежий обзор про них. Это, например, SGA, Coral, Karect. Там ничего сложного, только если у Вас диплоидный набор, то надо программу, которая это поддерживает.

И у меня еще вопрос - почему Вас беспокоят риды, в которых больше двух замен, и возникает желание их исключить?
Участник оффлайн! khrenpoimi

Київ



 прочитанное сообщение 09.06.2016 15:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

(Nastja @ 08.06.2016 17:11)
Ссылка на исходное сообщение  khrenpoimi, попробуйте какую-нибудь программу для коррекции ридов, могу выслать свежий обзор про них. Это, например, SGA, Coral, Karect. Там ничего сложного, только если у Вас диплоидный набор, то надо программу, которая это поддерживает.

И у меня еще вопрос - почему Вас беспокоят риды, в которых больше двух замен, и возникает желание их исключить?



буду очень рада обзору.
ну у нас тут устоявшееся мнение, что snp не может быть много) если их два и более в одном риде, то это ошибки...или я не права? Поэтому хочется, чтобы приступая к поиску снипов, анализировать только "чистые" риды.
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 13.06.2016 04:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

На самом деле SNP может быть и много, может быть несколько в одном риде, и даже несколько в одном кодоне. Риды с ошибками не так уж сильно мешают программе поиска SNP, особенно если покрытие достаточное. Если сомневаетесь, попробуйте сгенерировать набор ридов с ошибками и посмотрите, как меняется результат.
Обзор прилагаю.

Файл/ы:

скачать файл Alic_et_al_2016_Wiley_Interdisciplinary_Reviews__Computational_Molecular_Science.pdf
размер: 930.04к
кол-во скачиваний: 50



*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Биофизика и матметоды в биологии · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 13.12.17 16:09
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft