Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* анализ доза-эффект в клеточных тестах -- проблема при вычислении ED50 --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Panaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.06.2016 09:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Наверняка кто-то сталкивался с подобной проблемой.
Изучаем противовирусную активность препаратов стандартным методом, описанным в ГФ для интерферона. Учет результатов ведется по оптической плотности окрашенных лунок. То есть, чем эффективнее препарат защищает клетки от вируса, тем выше ОП. Каждая проба/контроль в 4-х дублях.

Получается, к примеру, такая картина:
ОП контроля (интактные клетки без вируса, без препарата)
1,939
1,861
1,76
1,756
сред 1,829

ОП контроля токсичности препарата (клетки без вируса с макс дозой препарата)
2,078
2,299
2,322
2,069
сред 2,192

ОП отр контроля (клетки с рабочей дозой вируса без препарата)
0,561
0,647
0,836
0,789
сред 0,708

Исследование препарата:
Доза вируса 100
Разведение
препарата
0,5E-6 0,25E-6 0,13E-6 6,3E-8 3,1E-8 1,6E-8 7,8E-9
Оптическая плотность
1,991 1,98 1,774 1,523 1,428 1,263 0,967
1,869 1,853 1,586 1,595 1,46 1,367 1,124
1,934 2,049 1,896 1,772 1,276 1,027 1,106
1,914 1,679 1,68 1,571 0,996 0,858 0,96
Среднее
1,927 1,890 1,734 1,615 1,290 1,129 1,039

Я дальше разведения приводить не буду, так как по ним вопросов нет.
Вопрос, собственно возникает, что делать, если при высоких дозах препарата даже с вирусом ОП выше, чем у интактных контрольных клеток?
Результаты мы обрабатываем с помощью аппроксимации логистической функцией и вычисления ED50. При аппроксимации в качестве ОП макс логично было бы использовать ОП контроля интактных клеток. Однако в реальности она ниже, чем максимальная ОП на графике зависимости ОП от дозы препарата. Можно сказать: не морочьте голову и используйте эту максимальную ОП при максимальной дозе препарата. Но проблема в том, что далеко не всегда можно заранее знать, что мы выйдем на плато. Более того, в такой ситуации сложно предугадать, где будет этот самый максимум. Да и препарата может быть ограниченное количество - не хватит на повторы.
В общем, что делать непонятно.
Участник оффлайн! bubnilkin
Участник



 прочитанное сообщение 18.06.2016 21:07     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

"что делать, если при высоких дозах препарата даже с вирусом ОП выше, чем у интактных контрольных клеток?"
простите, но если (как я понял) необходимо титровать\разводить препарат до тех пор, пока его ОП не сравняется с фоном (ОП контроля - интактные клетки без вируса, без препарата), то значит титруйте... нет?

"Результаты мы обрабатываем..."
ваши результаты это серия точек, которая на графике располагается в виде сигмоидной кривой?
Участник оффлайн! Panaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.06.2016 04:48     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

(bubnilkin @ 18.06.2016 22:07)
Ссылка на исходное сообщение  "что делать, если при высоких дозах препарата даже с вирусом ОП выше, чем у интактных контрольных клеток?"
простите, но если (как я понял) необходимо титровать\разводить препарат до тех пор, пока его ОП не сравняется с фоном (ОП контроля - интактные клетки без вируса, без препарата), то значит титруйте... нет?

Нет. Если мы будем титровать препарат (а мы это и делаем), то ОП будет падать. ОП интактных клеток, наоборот, теоретически должна быть равна максимуму. Но в реальности несколько ниже. В этом вся проблема - при логистической аппроксимации получается логарифм отрицательного числа -> ошибка вычислений.
Более того, даже, если за максимум мы примем среднюю ОП при максимальных концентрациях препарата, то часть дублей, из которых эта средняя складывается, будет выше этого максимума -> ошибка.

(bubnilkin @ 18.06.2016 22:07)
Ссылка на исходное сообщение 
"Результаты мы обрабатываем..."
ваши результаты это серия точек, которая на графике располагается в виде сигмоидной кривой?

Да.
Участник оффлайн! Den-N
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.06.2016 22:10     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Я немного работал с 4PL и Михаэлисом-Ментен, но мне далеко не всё понятно в вопросе, лучше бы график с наглядной демонстрацией противоречия. Если правильно понял, то то, что должно быть меньше (ниже) в действительности больше (выше).

1) Если речь идёт об эффектах на разных планшетах - такое может быть и чтобы избавиться от этого можно ОП на что-то отнормировать: принять то, что выполняет на планшете функцию калибровочного вещества за 100%, а остальные пересчитать в % от ОП калибровки. Это сделает результаты на разных планшетах более сопоставимыми.

2) Если же речь идёт о противоречиях, наблюдаемых в пределах одного планшета, т.е. одной системы, то их вообще не разрешить математикой и/или статистикой - нужно разбираться с теорией и методологией. Насколько понимаю, вы совсем не обязаны наблюдать непротиворечивый эффект во всём диапазоне концентраций. Кинетика ферментативных реакций - штука сложная и нелинейная, вдали от центра системы может быть совсем не то, что нарисовано/описано в учебниках. Поэтому, вероятно, методикой, которой вы работаете, предусмотрен вполне определённый диапазон рабочих концентараций, в котором система должна вести себя предсказуемо.

В том, что кривая не выходит не плато не вижу никакой проблемы: функция всё равно аппроксимирует экспериментальные данные и если формулой такое плато предусмотрено оно будет вычислено по любому. Другое дело, что если основная масса наблюдений сосредоточена в центре системы, то параметры связанные с минимальным и максимальным (плато) значениями будут вычислены с большой погрешностью.

Прошу прощения за "рамочные" ответы, ибо пока сути проблемы не понялsmile.gif

Сообщение было отредактировано Den-N - 21.06.2016 22:29
Участник оффлайн! Panaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.06.2016 05:38     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Ладно, нарисую. Давеча читал европейскую фармакопею по этому поводу. Все замечательно расписано, правда, что делать с моей проблемой не написано.
Участник оффлайн! Panaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.06.2016 06:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Еще раз. Другой пример.
Два препарата с разной противовирусной активностью.
К инт клетки - контроль интактных клеток
К вируса - контроль клеток, зараженных рабочей дозой тест-вируса без препаратов.
К преп1 и К преп2 - контроли токсичности препаратов (клетки+ препараты в 5-кратной от максимальной дозы без тест-вируса).
При логистической аппроксимации необходимо задать Ymax и Ymin.
Ymin безусловно будет равно К вируса.
За Ymax можно принять как К инт клетки, так и К преп1 и К преп2, если препараты, кроме противовирусного, оказывают другое существенное воздействие на клетки. Тут возможны варианты. Пусть для простоты будет Ymax=ОП К инт клетки.
При расчете коэффициентов логистической регрессии вычисляется функция Z=Lg((Ymax-Ymin)/(Yi-Ymin)-1).
Обведенные красным точки дают ошибку при вычислении этой функции, так как, если Yi=Ymax, то вычисляется Lg(0),
если Yi>Ymax или Yi<Ymin, то вычисляется Lg отрицательного числа,
если Yi=Ymin, деление на 0.
Вопрос: что делать с этими точками?

Сообщение было отредактировано Panaev - 22.06.2016 07:09

Картинки:
картинка: _______________.jpg
_______________.jpg — (107.82к)   

Участник оффлайн! PS2004R
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.06.2016 10:02     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

(Panaev @ 22.06.2016 06:57)
Ссылка на исходное сообщение  Еще раз. Другой пример.
Два препарата с разной противовирусной активностью.
К инт клетки - контроль интактных клеток
К вируса - контроль клеток, зараженных рабочей дозой тест-вируса без препаратов.
К преп1 и К преп2 - контроли токсичности препаратов (клетки+ препараты в 5-кратной от максимальной дозы без тест-вируса).
При логистической аппроксимации необходимо задать Ymax и Ymin.
Ymin безусловно будет равно К вируса.
За Ymax можно принять как К инт клетки, так и К преп1 и К преп2, если препараты, кроме противовирусного, оказывают другое существенное воздействие на клетки. Тут возможны варианты. Пусть для простоты будет Ymax=ОП К инт клетки.
При расчете коэффициентов логистической регрессии вычисляется функция Z=Lg((Ymax-Ymin)/(Yi-Ymin)-1).
Обведенные красным точки дают ошибку при вычислении этой функции, так как, если Yi=Ymax, то вычисляется Lg(0),
если Yi>Ymax или Yi<Ymin, то вычисляется Lg отрицательного числа,
если Yi=Ymin, деление на 0.
Вопрос: что делать с этими точками?


А почему "К преп1" (да и остальные "К ...") это "точечные оценки"? Это явно невозможная ситуация, и вместо них надо рисовать доверительный интервал (скорее всего односторонний). Думаю "ограничение сверху" и "ограничение снизу" на соответствующие контроли должны решить проблему.
Участник оффлайн! Panaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.06.2016 10:38     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

(PS2004R @ 22.06.2016 11:02)
Ссылка на исходное сообщение  А почему "К преп1" (да и остальные "К ...") это "точечные оценки"? Это явно невозможная ситуация, и вместо них надо рисовать доверительный интервал (скорее всего односторонний). Думаю "ограничение сверху" и "ограничение снизу" на соответствующие контроли должны решить проблему.

Нарисовать-то я могу. Это средние по 3-4 дублям.
Но как мне использовать эти интервалы в аппроксимирующей функции? Я же там должен какое-то конкретное значение подставить.
Участник оффлайн! PS2004R
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.06.2016 11:00     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

(Panaev @ 22.06.2016 10:38)
Ссылка на исходное сообщение  Нарисовать-то я могу. Это средние по 3-4 дублям.
Но как мне использовать эти интервалы в аппроксимирующей функции? Я же там должен какое-то конкретное значение подставить.


Я и написал -- У "верхнего" ставить "ограничение сверху", у нижнего "ограничение снизу". Но не на "среднее", а на "значение варианты выборки".

PS

Ну и второе --- если уж до конца смотреть вариант, когда "начало" и "конец" кривой в процедуру фитинга идут в виде "средних", то и промежуточные точки должны идти в таком же "агрегированном" виде?

Сообщение было отредактировано PS2004R - 22.06.2016 11:11
Участник оффлайн! Panaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.06.2016 11:52     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

(PS2004R @ 22.06.2016 12:00)
Ссылка на исходное сообщение  Я и написал -- У "верхнего" ставить "ограничение сверху", у нижнего "ограничение снизу". Но не на "среднее", а на "значение варианты выборки".

PS 

Ну и второе --- если уж до конца смотреть вариант, когда "начало" и "конец" кривой в процедуру фитинга идут в виде "средних", то и промежуточные точки должны идти в таком же "агрегированном" виде?

Ну я понял. Где-то должно сработать, но все равно возможны варианты, когда точки будут выбиваться за доверительные интервалы.

А по поводу использования средних для аппроксимации - последние две точки препарата 1 и по средним будут выше средних К.
Участник оффлайн! PS2004R
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.06.2016 12:11     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

(Panaev @ 22.06.2016 11:52)
Ссылка на исходное сообщение 
А по поводу использования средних для аппроксимации - последние две точки препарата 1 и по средним будут выше средних К.


даже если бутстрепом моду (или медиану) распределения выборочного среднего у экспериментальных точек взять?

Сообщение было отредактировано PS2004R - 22.06.2016 12:18
Участник оффлайн! Panaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 23.06.2016 04:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

(PS2004R @ 22.06.2016 13:11)
Ссылка на исходное сообщение  даже если бутстрепом моду (или медиану) распределения выборочного среднего у экспериментальных точек взять?

Я полагаю, что принципиально ничего не изменится. Ну так, на глаз.
Да и усложняет это анализ значительно. Тут и так от дисперсии клеток, сред, вируса голова кругом. А ещё если замороченную статистику
Участник оффлайн! PS2004R
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 23.06.2016 08:30     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

(Panaev @ 23.06.2016 04:29)
Ссылка на исходное сообщение  Я полагаю, что принципиально ничего не изменится. Ну так, на глаз.
Да и усложняет это анализ значительно. Тут и так от дисперсии клеток, сред, вируса голова кругом. А ещё  если замороченную статистику



Это буквально пару строчек на R.
Присоедините данные по которым построен график в треде, что бы не надо было реверсить smile.gif

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Биофизика и матметоды в биологии · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 14.12.17 11:22
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft