Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Дисперсионный анализ в R -- сравнение выборок растений --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! RenS




 прочитанное сообщение 29.08.2016 17:45     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Здравствуйте!
Помогите, пожалуйста, разобраться, R я только начинаю осваивать.
Был проведен следующий эксперимент.
Семена фасоли одного урожая делили на 3 части: одна - контроль облучалась УФ, вторая - магнитным полем, третья - контроль подвергалась действию (не облучалась ничем). Семена после действия УФ и магнитного поля снова делили на части и высаживали в почву, в которую вносили медь и кадмий в виде солей в концентрациях 5 и 15 ПДК. Контрольные семена высаживали в условно чистую почву, без меди и кадмия. Т.о., были следующие варианты: контроль (необлученные семена в условно чистой почве); семена, облученные УФ, в почве с медью, при 5 и 15 ПДК, а также с кадмием в тех же концентрациях; семена после воздействия магнитного поля в почве с металлами как и после УФ. Итого 9 вариантов.
На 28 сутки растения измерили.
Надо оценить влияние воздействия излучения, поля и металлов на рост растений (данные в прикрепленном файле).
Возможна ли такая оценка вообще, если нет отдельных вариантов: например, облученные УФ семена, высаженные в чистую, без металлов почву, а также необлученные семена в почве с металлами?
Если да, то нужно проводить анализ для каждого металла с каждым физическим фактором? Например, для меди:
1. aov(height ~ conc * UF)
и
2. aov(height ~ conc * MF) ? И то же для кадмия?

Сообщение было отредактировано RenS - 30.08.2016 09:35

Файл/ы:

скачать файл ______.txt
размер: 1.29к
кол-во скачиваний: 39


Участник оффлайн! PS2004R
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 30.08.2016 23:25     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Ну увидеть данные то просто...

CODE

boxplot(height~., data[,-1], varwidth=T)


Но вот что видно по таким эффектам, Кадмий и Медь дают "крест" в сочетании с концентрациями, но эффект выражен в изменении дисперсии и смещении матожидания одновременно. УФ еще дополнительно дисперсию увеличивает. Тут некую микседэффект модель надо подгонять как минимум и за распределением остатков следить надо (судя по тому как ящики покорежило).

Картинки:
картинка: _________________2016_08_30_23_16_05.png
_________________2016_08_30_23_16_05.png — (17.9к)   

Участник оффлайн! RenS




 прочитанное сообщение 31.08.2016 23:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

(PS2004R @ 31.08.2016 00:25)
Ссылка на исходное сообщение  Ну увидеть данные то просто...

CODE

boxplot(height~., data[,-1], varwidth=T)


Но вот что видно по таким эффектам, Кадмий и Медь дают "крест" в сочетании с концентрациями, но эффект выражен в изменении дисперсии и смещении матожидания одновременно. УФ еще дополнительно дисперсию увеличивает. Тут некую микседэффект модель надо подгонять как минимум и за распределением остатков следить надо (судя по тому как ящики покорежило).


Спасибо за ответ.
Но ведь здесь же нет раздельного действия металла с разной концентрацией от облучения или поля: растения, выращенные в почве с каким-либо металлом, семенами подвергались действию либо УФ, либо магнитного поля, к сожалению, нет "чистого" эффекта металлов и физических полей.
Если же все-таки это не имеет значения, то физические факторы нужно брать в качестве фиксированных эффектов, а концентрации - случайных?
Участник оффлайн! PS2004R
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.09.2016 09:11     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

(RenS @ 31.08.2016 23:55)
Ссылка на исходное сообщение  Спасибо за ответ.
Но ведь здесь же нет раздельного действия металла с разной концентрацией от облучения или поля: растения, выращенные в почве с каким-либо металлом, семенами подвергались действию либо УФ, либо магнитного поля, к сожалению, нет "чистого" эффекта металлов и физических полей.
Если же все-таки это не имеет значения, то физические факторы нужно брать в качестве фиксированных эффектов, а концентрации - случайных?


Тут "дизайн" вообще адЪ&израиль frown.gif

По хорошему "рост" чего либо надо вообще записывать тупо _по_времени_ (дням, неделям), все остальное просто "доказательная ботаника" какая то, где куча дисперсии гетерохронностью развития "гуляет" frown.gif Потом fda (функциональный анализ данных) вполне мог эти индивидуальные ростовые кривые "нормализовать".

Параметры модели перебирать придется глядя на AIC.
Участник оффлайн! RenS




 прочитанное сообщение 01.09.2016 23:38     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

(PS2004R @ 01.09.2016 10:11)
Ссылка на исходное сообщение  Тут "дизайн" вообще адЪ&израиль frown.gif

По хорошему "рост" чего либо надо вообще записывать тупо _по_времени_ (дням, неделям), все остальное просто "доказательная ботаника" какая то, где куча дисперсии гетерохронностью развития "гуляет" frown.gif Потом fda (функциональный анализ данных) вполне мог эти индивидуальные ростовые кривые "нормализовать".

Параметры модели перебирать придется глядя на AIC.


Эксперимент не мой, планировал его химик. smile.gif Я решил попробовать что-нибудь из этих данных "вытащить".
Спасибо за советы!

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Биофизика и матметоды в биологии · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 16.12.17 06:32
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft