Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Синтез модифицированных олигов -- в первую очередь флюоресцентных --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Veshka
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 15.02.2017 13:42     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Коллеги, кто где заказывает? Синтол в глухой несознанке по этому поводу, попробовал в одном месте (пока не буду называть, может случайность) - сделали абсолютное УГ и в низкой концентрации...


Есть свежий позитивный опыт? mol.gif
Участник оффлайн! Nik-AD
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.02.2017 16:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Синтол тоже так себе делает, но делает. Альтернатив пока не нашли... Присоединяюсь к поиску.
Участник оффлайн! Veshka
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 15.02.2017 19:13     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

(Nik-AD @ 15.02.2017 14:58)
Ссылка на исходное сообщение  Синтол тоже так себе делает, но делает. Альтернатив пока не нашли... Присоединяюсь к поиску.


Так мне на вопрос об олигах дали...мэйл Кузубова и сказали "а спросите у него, БУДУТ делать или нет" Это пипец, извините.... confused.gif wall.gif
Guest
IP-штамп: fryeFLOjWSNnc
гость



 прочитанное сообщение 16.02.2017 17:35     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Мы тоже очень ищем такое место. Причем нам обязательно нужно чтобы было несколько (4-5) флуоресцентных меток на один олиг.
Пока нам такое сделали только в Lumiprobe. К сожалению, пока не могу точно сказать насколько адекватно они нам сделали зонды - до сих пор разбираемся с результатами.
Участник оффлайн! austinov

Москва



 прочитанное сообщение 16.02.2017 21:35     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

(Guest @ 16.02.2017 18:35)
Ссылка на исходное сообщение  Мы тоже очень ищем такое место. Причем нам обязательно нужно чтобы было несколько (4-5) флуоресцентных меток на один олиг.
Пока нам такое сделали только в Lumiprobe. К сожалению, пока не могу точно сказать насколько адекватно они нам сделали зонды - до сих пор разбираемся с результатами.


Спасибо, обращайтесь к нам, считайте онлайн https://ru.lumiprobe.com/order-oligo/. Сложные олиги и модификации это наш профиль, но и простые конечно делаем.

Если что-то не работает, пишите - мы отвечаем за качество и будем разбираться, в чем проблема. Несколько флуоресцентных красителей это не всегда более высокий уровень сигнала, часто возможны разные неожиданности.

С уважением,
Алексей Устинов
Lumiprobe / ООО "Биотех-Индустрия"
Guest
IP-штамп: frJnUpZA9X..w
гость



 прочитанное сообщение 20.02.2017 09:04     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

(LMP @ 16.02.2017 18:20)
Ссылка на исходное сообщение  Это уже после оплаты? eek.gif


Нет, у нас в Синтоле standing order. Написал Кузубову, кто-то из сотрудников ответил, попросил прислать последовательности, дальше опять лаг. Посмотрим, но в принципе такой подход вызывает, по меньшей мере, вопросы. При том, что раньше они вс делали, и делали хорошо.
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 20.02.2017 18:29     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

(Guest @ 16.02.2017 18:35)
Ссылка на исходное сообщение  Причем нам обязательно нужно чтобы было несколько (4-5) флуоресцентных меток на один олиг.

На фига зонду такое ожерелье, пардон за офтоп. confused.gif

А в ДНК синтез обращались?
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.02.2017 18:44     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

(Veshka @ 15.02.2017 11:42)
Ссылка на исходное сообщение  Коллеги, кто где заказывает? Синтол в глухой несознанке по этому поводу, попробовал в одном месте (пока не буду называть, может случайность) - сделали абсолютное УГ и в низкой концентрации...
Есть свежий позитивный опыт? mol.gif


Есть старый опыт. При попытке включить в один олиг пару флуорофоров получилось абсолютное УГ и в низкой концентрации. Это если концентрацию оценивать "строго на глаз", по окраске. Похоже, идёт не только тушение флуоресценции, но и снижение поглощения света. Причём последние явно противоречит общепринятым теоретическим представлениям.

Так что если засунуть в один олиг пять флуорофоров, то кроме УГ низкой концентрации ничего получить не удастся.

P.S.: кстати. А что такое "УГ"? confused.gif
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 20.02.2017 18:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

Ожерелье нужно для максимального подавления фона. Включается взвешенный биновый спектральный фильтр на ожерелье и фон уходит на 4-5 измерительных декад сигнала в ноль...

Товарищи хотят приблизиться по чуйствительности к радиометкамЪ.
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 20.02.2017 19:26     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

(NMR-guy @ 20.02.2017 19:46)
Ссылка на исходное сообщение  Включается взвешенный биновый спектральный фильтр на ожерелье и фон уходит на 4-5 измерительных декад сигнала в ноль...

Переведи. eek.gif
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 20.02.2017 21:52     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Они занимаются скорее всего флуоресцентной микроскопией и им важно колоркодить зонды не в 10 раз ярче фона (как с одним красителем), а в 100 000, как когда накладываются 5 независимых окон на спектральную развертку детектора флуоресценции. И перемножаются друг на друга. Шум по амплитуде не становится выше от умножения себя на себя (или при сложении, что в общем почти одно и то же), а вот полезный мультиплексный сигнал может возрасти при такой фильтрации на столько декад, сколько линейно независимых (или приведенных к такому состоянию силком фильтрацией в ноль всего вне узких полос) флуорофоров удастся повесить на зонд.
Участник оффлайн! ship
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 22.02.2017 12:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

УГ-унылое говно.
Общение с Синтолом - это чтото с чем-то, начиная от хамоватой тетки отвечающей на звонки, и кучи другх ньансов. Иногда чуть ли не 2 недели ждади заказ, иногда курьеры теряли олиги в других институтах, мрак вообщем. Они обыкновенные олиги то с ошибками варят, и у меня у коллег были случаи.
Предолату выбрали у них - и досвиданья.
У Карпова за 10 лет ни одной ошибки не было.
Участник оффлайн! Sky7walker
Участник



 прочитанное сообщение 22.02.2017 14:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

(NMR-guy @ 20.02.2017 22:52)
Ссылка на исходное сообщение  Они занимаются скорее всего флуоресцентной микроскопией


Это действительно так.

Хотим сделать очень чувствительный РНК-фиш. По протоколу полагается около 10 зондов - каждый из которых с 4-5 флуорофорами. Пока мы не преуспели.
Будем рады советам (извините за оффтоп в этой теме).
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 27.02.2017 01:10     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

Есть еще ДНК-СИНТЕЗ и в Питере открыли лабу в алкор-био, но мы у них пока ничего не заказывали.
Насколько мне известно вся флуоресцентная метка в олигах это пост продакшн. А единственный способ это сделать с множественным введением флуоресцентной метки-это введение мелкой устойчивой модификации в синтетический олиг, которую потом пост продакшн можно пометить флуоресцентным красителем.
Участник оффлайн! Nik-AD
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.03.2017 12:12     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

Спасибо за инфу.
В апреле (когда деньги появятся) будем пробовать заказывать. Нам нужно пару хороших RNA beacon сотворить.
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 27.06.2017 00:07     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

(ship @ 22.02.2017 13:05)
Ссылка на исходное сообщение Иногда чуть ли не 2 недели ждади заказ

Это очень для них немного. shuffle.gif
За последний год они сильно сдали...

Вероятно, синтез олигов на заказ перестал приносить прибыль и они им грузят только то время на синтезаторе, которое остаётся свободным от более дорогих заказов "под ключ" внутри своей фирмы.

В последнее время все предпочитают продавать не олиги, а наборы с ними, или готовые смеси. Поскольку имеющемуся безрукому контингенту потребителей с деньгами они удобнее, чтобы продавать свои "услуги" и "разработки".
Участник оффлайн! semi
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 28.06.2017 10:30     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

(Sky7walker @ 22.02.2017 15:17)
Ссылка на исходное сообщение  Это действительно так.

Хотим сделать очень чувствительный РНК-фиш. По протоколу полагается около 10 зондов - каждый из которых с 4-5 флуорофорами. Пока мы не преуспели.
Будем рады советам (извините за оффтоп в этой теме).

Возможно, уже поздно, но всё же..

Делали РНК-FISH с пробами Stellaris (48 олигов, помеченных одной молекулой флуорохрома каждый).
Пробы, которые были фирменного дизайна, работали очень хорошо и стабильно.

Пробы на наши мишени, сдизайненные при помощи их онлайн-программы, не сработали. Однако на сайте было предупреждение, что обычно нужно несколько подходов прежде, чем найдёшь рабочий вариант. У нас, к сожалению, денег на дополнительные попытки не было.

Думаю, если везти в кармане из-за бугра готовые пробы, будет намного дешевле, чем заказывать что-либо подобное здесь.
https://www.biosearchtech.com/products/rna-...aris-probe-sets

Сообщение было отредактировано semi - 28.06.2017 16:49

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Организация работы группы/лаборатории · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 21.10.17 09:48
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft