Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Искусственный синтез полипептидов -- возможно ли? насколько точно? --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Neo 777
Участник



 прочитанное сообщение 30.07.2017 17:30     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование
Вопрос
Народ,
если мне, условно, хочется синтезировать полипептид из 50 - 100 и более РАЗНЫХ (вплоть до 20) аминокислот заданной последовательности, - это возможно? сколько это стоит? к кому обращаться?
какая сейчас предельная длина полипептида, которую можно синтезировать искусственно? чтобы на выходе получалось достаточное количество требуемого белка (десятки грамм)?
есть ли гарантии точного синтеза?
Буду благодарен всем, кто откликнется.
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 30.07.2017 18:22     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Десятки грамм это не для длинного пептида. Длинный пептид например 100аа наверное до 1 г можно на твердофазнике сделать только это будет оочень дорогое мероприятие. Например 100мг 5-членника стоят от $1000? Соответственно 20членник будет раза в 3-5 дороже. А 100 членник скорее всего будут получать сшивкой 25 членников. До 10аа можно получать наверное и килограммы, только это уже будет не твердофазный синтез. Грантий никаких, точно так же как никаких гарантий при синтезе олигов, но точность пептидного синтеза, пожалуй не уступает олигонуклеотидному.

пообщайтесь вот с этим человеком по повуду петидного синтеза в промышленных масштабах
http://www.chemport.ru/forum/memberlist.ph...profile&u=26328
Участник оффлайн! Neo 777
Участник



 прочитанное сообщение 31.07.2017 15:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

ужасная дороговизна.
а насчет гарантий не совсем понятно...
условно говоря из 100 синтезированных молекул длиной 100аа сколько будут именно заданной мною конструкции?
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 31.07.2017 15:56     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Больше 99. Там проблема не ошибки, а целевой выход.

Сообщение было отредактировано MMM - 31.07.2017 15:58
Участник оффлайн! Neo 777
Участник



 прочитанное сообщение 31.07.2017 16:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

А именно?
Интересно есть ли в природе коллективы-энтузиасты, которые смогут выполнять такой синтез бесплатно?
На каком оборудовании осуществляется подобный синтез?
Участник оффлайн! Neo 777
Участник



 прочитанное сообщение 31.07.2017 16:28     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Осуществляется ли такой синтез полностью автоматически или все еще велика доля ручного труда?
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 31.07.2017 20:16     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

(Neo 777 @ 31.07.2017 17:25)
Ссылка на исходное сообщение  
Интересно есть ли в природе коллективы-энтузиасты, которые смогут выполнять такой синтез бесплатно?

Нееет! Там ведь еще и прекурсоры денег стоят не малых.
На каком оборудовании осуществляется подобный синтез?

Синтезаторы - конечно это агрегаты(достаточно дорогие это если речь идет и милиграмовых масштабах). Но ведь и обычный синтез это типа, как на кухне поварить, вроде как не больно тяжкий труд.
Осуществляется ли такой синтез полностью автоматически или все еще велика доля ручного труда?

Автоматически, то автоматически. Ну сама эта машина не едет, там очень много нюансов, что бы отпаханные циклы не привели к пшику и потере дорогих прекурсоров в педальное ведро, нужен не малый опыт общения как с машиной, так и с прекурсорами.

Сообщение было отредактировано MMM - 31.07.2017 20:22
Участник оффлайн! Neo 777
Участник



 прочитанное сообщение 01.08.2017 19:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Я не в курсе что такое ППГ.
И Ваш левый стеб мне безразличен.
По проблеме:
выходит, что все дорого, трудоемко. Да и не умеем мы многого.
Кто может указать какие-то прямые координаты лабораторий, смогущих осуществить качественный синтез полипептидов заданной последовательности в значительных объемах?
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.08.2017 19:38     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

Я же в первом же сообщении дал вам ссылку на человека, с которым эту проблему можно обсудит более предметно. Сам он вам ничего скорее всего синтезировать не будет по причине того, что организация его сугубо коммерческая, но информацией по теме он владеет, так как связан с ней непосредственно.

да, и уровень вашей квалификации не высок, что спецу будет видно за 5 сек. А разговор спеца со школьником начальной школы, имеет свою специфику. Имейте это ввиду.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Neo 777
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 01.08.2017 22:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Я помню как в моем пендосском прошлом нам один _АМЕРИКАНСКИЙ_ПРОФЕССОР_ синтезировал олигопептид длиной 28 а/к (он не ручками синтезировал а на автоматическом новеньком аминокислотном синтезаторе). У него не сошлась масса. Потом еще раз, уже безплатно - опять не сошлась. Потом он молча свалил в туман, так и не выполнив нормально заказ и мы с ним больше не общались, перезаказав это где-то в Йелле и переплатив сразу в 2 раза.

Граммы Вам никто варить не будет, забудьте.
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 03.08.2017 15:50     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

(Neo 777 @ 03.08.2017 16:30)
Вот - вот, - украсть, подсидеть, подслушать, стыбзить, присвоить, - это мы умеем.


Конкретные примеры будут кто, у кого, что и как украл?
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 19.08.2017 15:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

100 аминокислот это 300 нуклеотидов. Думаю синтезировать и вставить в экспрессионный ген займет от месяца до двух. Точность контролируется буквально на каждом этапе. Гипотетически если вам нужны граммовые количества из кишечной палки, если белок не выкаблучный(например токсичный для бактерий, или не принимающий нужную конформацию, или быстроразлагаемый в бактериях), то это дешевле чем синтез белка де ново из аминокислоных прекурсоров.
Да еще потребуется время на получениеш штамма продуцета и технологии очистки продукта из биомассы.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Neo 777
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 19.08.2017 19:30     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

А откуда вы взяли 100 ак? Пациент, тз очень туманно формулирует.
допустим, до 30 ак точно дешевле твердофазным синтезом. И быстрее.
30-60 фифтифифти зависит от объекта, больше 60 всетаки продуцент делать дешевле.
Участник оффлайн! avor
moderator



 прочитанное сообщение 24.08.2017 20:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

Пока делаю устное предупреждение всем.
Не надо переходить на личности и давать необоснованные оценки друг другу и мировому научному сообществу. Если будет продолжаться перепалка в духе: "какой я один умный, а все остальные дураки" Тема будет закрыта, а участники перепалки получат пока временные баны. Если они будут упорствовать, как это любит делать ППГ, то будут забанены навсегда.
Участник оффлайн! Neo 777
Участник



 прочитанное сообщение 06.09.2017 17:26     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

Итак, всю дискуссию постирали (скрыли).
Может оно и к лучшему - тему об искусственном синтезе полипептидов нужно сохранить.
Прошу всех, кто хочет принять участие в конструктивном диалоге по поводу нерешенных проблем науки, в том числе биологии и медицины, -
посещать форум "Беседа", тему "Безумные идеи"; это действительно более подходящая площадка для обсуждения неоднозначных тем.

Давайте заморочимся дальше непосредственно по данной теме.
Что получается:
1. Синтезировать белок заданной АА можно, но дорого и долго (для частного исследователя).
2. Синтезировать белок заданной АА можно как из непосредственно аминокислот, так и с помощью соответсnвующей mRNA, вырабатываемой организмом-продуцентом.
3. Синтезировать белок заданной АА в граммовых и килограммовых количествах - чрезвычайно проблематично для отдельного исследователя или маленького исследовательского коллектива.

Если пункты 1-3 где-то не соответствуют истине, поправьте меня.

Сможете помочь мне ответить и на такой вопрос (если ответ известен) - в организме, например, человека - наскольно вариабельны по нуклеотидной последовательности mRNA, кодирующие один и тот же белок? Известен ли какой-либо фактический материал по этому вопросу? Действительно ли понятие "каноническая последовательность mRNA" для каждого конкретного белка, или фактически это словосочетание - миф, не отражающий реальной ситуации? Ведь, повторюсь, теоретически каждый белок, найденный в организме, может кодироваться огромным количеством разных по нуклеотидной последовательности mRNA (по причине того, что часто одной аминокислоте соответствует несколько триплетов генетического кода).
Участник оффлайн! Neo 777
Участник



 прочитанное сообщение 06.09.2017 17:37     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

Ошибся:
"горячую часть" дискуссии перенесли в форум "Беседа", в тему "Выделено из Искусственный синтез полипептидов".
Прошу всех участников этой дискуссии передислоцироваться в форум "Беседа", в тему "Безумные идеи", -
там будем обсуждать острые, проблемные и перспективные направления науки, биологии, медицины.
С уважением.
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.09.2017 18:12     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

--Если пункты 1-3 где-то не соответствуют истине, поправьте меня.
Все относительно вы в своем футлярчике живете и все на него примеряете.
То что не возможно для вас, для Ротшильда говно-вапрос. Ну и так можно по каждому пункту. Только, как показал опыт бессмысленно. Ибо ваши цели туманны, а средства вообще неизвестны.

--Сможете помочь мне ответить и на такой вопрос (если ответ известен) - в организме, например, человека - насколько вариабельны по нуклеотидной последовательности mRNA, кодирующие один и тот же белок?

В Америке есть такая структура : National Center for Biotechnology Information она поддерживает в интернете не хилую тучу баз данных. В частности баз данных расшифрованных нуклеотидных последовательностей различных организмов. В чем мы не сомневаемся так это в том, что нуклеотидная последовательность mRNA комплементарна (и следовательно в некотором смысле идентична) последовательности в геномной ДНК. Соответственно все эти расшифрованные последовательности вы можете найти в этих базах данных и следовательно установить вариабельность тех или иных RNA для тех или иных белков в тех или иных организмах. Удачи вам так сказать в ваших изысканиях.
Участник оффлайн! Neo 777
Участник



 прочитанное сообщение 08.09.2017 19:06     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

Уважаемый МММ!
Спасибо за Ваши часто обстоятельные ответы.
Работал с разными базами данных, и, насколько понял, все-таки нуклеотидные последовательности mRNA могут быть вариабельны для одного и того же белка - в том числе у разных организмов. В целом, конечно, выяснение точного ответа на данный вопрос - тема отдельной кандидатской работы, - идею которой, как видите, дарю желающему через этот форум.
Все-таки с чисто теоретических позиций жаль, что словосочетание "каноническая последовательность mRNA" - термин, вероятно мало имеющий отношение к реальной ситуации.
Про Ротшильда и относительность - вполне с Вами согласен.
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.09.2017 22:00     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

Этих кандидатских уже , как грязи, наверное. Вы в заморозке были последние 20 лет?
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 10.09.2017 08:49     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

(Neo 777 @ 30.07.2017 15:30)
Ссылка на исходное сообщение  Народ,
если мне, условно, хочется синтезировать полипептид из 50 - 100 и более РАЗНЫХ (вплоть до 20) аминокислот заданной последовательности, - это возможно? сколько это стоит? к кому обращаться?
какая сейчас предельная длина полипептида, которую можно синтезировать искусственно? чтобы на выходе получалось достаточное количество требуемого белка (десятки грамм)?
есть ли гарантии точного синтеза?
Буду благодарен всем, кто откликнется.


Вопрос, конечно, интересный. Но химический синтез слишком сложен. А биотехнологический - через получение штаммов-продуцентов - для многих пептидов и белков часто невозможен из-за их плохой растворимости, токсичности для клетки и/или протеолиза.

Компромиссный вариант - бесклеточный синтез в сопряжённой системе транскрипции-трансляции. Даёт несколько миллиграмм целевого белка на миллилитр экстракта, т.е. на грамм белка нужно несколько сотен миллилитров. Если удешевить исходные компоненты, то стоимость продукта будет вполне терпимой. А если нужны микрограммы, то бесклеточный синтез - это самый лучший вариант.

Бесклеточный синтез отлично подходит, например, для получения мембранных белков, формирующих нанопоры в липидных бислойных мембранах. Один из таких белков (модифицированный CsgG, вариант 9.5) сейчас используется в нанопоровых секвенаторах компании Oxford Nanopore (MinION, GridION, PromethION). Скорее всего, эта нанопора - не более чем вершина айсберга. Надеюсь, найдутся и получше . И их применение позволит довести точность нанопорового секвенирования до Q20.

Сообщение было отредактировано genseq - 11.09.2017 18:47

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Neo 777
Участник оффлайн! Neo 777
Участник



 прочитанное сообщение 10.09.2017 18:27     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

Уважаемый genseg, спасибо за обстоятельный ответ по существу!
Обидно, конечно, что сегодня куда ни кинь взгляд - ничего-то мы толком не умеем в биологии и химии.
Касаемо обсуждаемой проблемы - хотелось бы, конечно, чтоб в наличии была "протеиноварка" - закинул в ее 20 отделений 20 аминокислот в виде порошка по 100 - 200 грамм каждая, загрузил через ноутбук в протеиноварку требуемую аминокислотную последовательность, нажал Enter - и через полчасика у тебя десятки грамм нужного белка.
Эх, средневековье, средневековье...

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 22.10.17 13:06
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft