Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* MALDI-TOF, идентификация бактерий
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 08.08.2017 02:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование
Вопрос
Всем доброе время суток. Если написал не в тот раздел то заранее приношу свои извинения. Хотелось бы пообщаться с знающими людьми по поводу плюсов и минусов данного метода идентификации микроорганизмов.
1) Какова реальная стоимость проведения одной идентификации по расходникам? Интересуют именно расходники без стоимости самого спектрометра. Был на презентации известного Французского производителя, специалисты которого заявили, что на проведение 50 000 исследований затраты составят не более 150 т.р. Иными словами стоимость идентификации составляет 3 р. При стоимости спектрометра в 29 млн. может это и вполне возможно, или может это такой маркетинговый ход, а на деле себестоимость значительно выше.
2) Особенности идентификации данным методом подразумевает использование чистых культур микроорганизмов, выращенных на агаризированных питательных средах, т.е. бульонные культуры идентифицировать не получиться. Имеются ли у кого прецеденты опровергающие данное заключение? В качестве примера можно рассмотреть микоплазмы или лептоспиры, которые сложно культивировать на агаре.
3) Если ответ на второй вопрос положительный то можно ли идентифицировать культуру по её отдельным фрагментам? В качестве примера можно рассмотреть адгезивные антигены эшерихий т.е. пили, или токсины.
4) На сколько актуальна проблема связанная с идентификацией стрептококков? Сам неоднократно сталкивался с ситуацией когда секвенирование 16sRNA и масс спектрометрия демонстрировала различные результаты.
5) Имеется ли возможность идентификации неживых микроорганизмов? Здесь речь идёт о нескольких вариантах развития событий: 1) культура на агаре погибла. 2) культура инактивирована физическими или химическими методами.
6) Имеется ли возможность идентификации данным методом дрожжеподобных и микроскопических грибов?
7) В настоящее время мы не имеем собственного оборудования, но очень к этому стремимся и проводим идентификацию микроорганизмов в МО, что отнимает много времени и сил на транспортировку. Есть ли в Москве, среди форумчан, лица готовые проводить идентификацию микроорганизмов методом MALDI-TOF? Если ответ положительный, то прошу сообщить в личку с примерной стоимостью идентификации одной культуры. P.S. Речь идёт о 3-4 г.п.
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.08.2017 07:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Первый раз слышу об идентификации этим методом видов организмов. Хотя почему бы и нет. Вот только надежность идентификации вызывает сомнения. Раз вы в теме, то наверняка знакомы со статьями, в которых есть протоколы идентификации, сделать калькуляцию стоимости по протоколу можно самостоятельно. Опять же сведения о надежности и возможностях метода должны быть в литературе, если он хорошо изучен, а если он плохо изучен, то вам придется изучать его возможности самостоятельно.
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.08.2017 07:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

А, да! Себестоимость определения,расчитанная по протоколу может не иметь ничего общего с ценой определения в Москве.
Участник оффлайн! metrim
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 08.08.2017 09:11     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

(MMM @ 08.08.2017 08:39)
Ссылка на исходное сообщение  Первый раз слышу об идентификации этим методом видов организмов.
Есть такое направление фингерпринтинга, все бренды её продвигают для своих девайсов, у всех в аппликашках есть про енто. Дело в том, что лоббисты МАЛДИ вложили большие деньги в создание обширных библиотек (и это они молодцы), подписали на это дело крупные коллекции, так что БД - действительно есть
НО
Целесообразность - остается под большим вопросом. Достоверность - как и у любого фингерпринтинга. Применимость наверное ... ну для больших клинических лаб с большими потоками. Мне кажется что разнообразные вариации ПЦР зарулиавют такое исполнение в минуса. Скорее "идентификация микроорганизмов" это всего лишь дополнительный аргумент специалисту, что бы просить деньги у начальства на покупку многоцелевого прибора
150т.р. за 50килообразцов , это всеравно что рассчитывать стоимость секвенирования только по стоимости комплекта сменных капиляров для секвинатора.

В стоимости владения масспека (любого) еще куча вещей помимо его начальной цены и реактивов для приготовления матрицы. Главное, что нужно понять - это вам не амплификатор, который вы можете включить и выключить когда вам вздумается, масспек работает непрерывно, сжирая ваши деньги.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): sceptique
Участник оффлайн! Panaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.08.2017 09:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Помочь ничем не могу, но тема для меня интересная, поэтому несколько мыслей.
Почему при расчете себестоимости не учитывается аммортизация оборудования и трудозатраты?
Именно эти статьи будут самые тяжелые. Расходники для МС не сильно дорогие. Поэтому эти рассказы про три копейки - для лохов имхо. Просто я столько раз сталкивался с подобными недобросовестными расчетами, что все это вызывает горькую усмешку.

Вообще все реально, наверное. Я видел публикации по индентификации микобактерий. Правда там специфические миколовые кислоты.

5) - я думаю, что возможно. Тем более, что с 3-4 гр ПБА только так и получится. Я не думаю, что вы найдете МС с разрешением на работу с 3-4 гр.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): sceptique
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 08.08.2017 10:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Спасибо за участие.

По поводу себестоимости исследования я не учитываю стоимость самого масс спектрометра так как его цена мне известна, так же как и стоимость его содержания.
Понятно, что затратив огромную денежную сумму владелец не будет заинтересован проводить исследование за копейки, поэтому хотелось бы уточнить данный вопрос.
В настоящее время мы сами используем исключительно рутинные методы идентификации микроорганизмов, что нас вполне устраивает, но для сокращения сроков исследования рассматриваем приобретение масс спектрометра. При необходимости перезаказываем секвенирование, что обходится нам 5300 р. за один образец, или малди со стоимостью 600-1000 р. (в зависимости от исполнителей).

По поводу "Я не думаю, что вы найдете МС с разрешением на работу с 3-4 гр." я не соглашусь. В Серпуховском районе МО есть организация работающая с данными группами. При этом они используют живые бактерии.
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.08.2017 11:26     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

--В Серпуховском районе МО есть организация работающая с данными группами. При этом они используют живые бактерии.

Оболенск?
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.08.2017 11:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

-но для сокращения сроков исследования рассматриваем приобретение масс спектрометра.
Так если все равно требуется рассев на твердын среды с выделением колоний сильно ли это сократит сроки?

ПЦР должна работать на смеси прямо из бульона.
ПЦР машинка + форез дешевле по цене и эксплуатации.
Время анализа 45 образцов на одну мишень порядка 3ч.

Если программа ПЦР совпадает для разных идентифицируемых видов то можно порядка 25 видов определить за 3ч.
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 08.08.2017 14:30     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

Оболенск? - ДА

По поводу сокращения длительности исследования я с вами не могу абсолютно согласиться. Наш профиль это ветеринарная микробиология и эпизоотология ориентированная на промышленное поголовье. В настоящее время никто не присылает материал с целью исключения какой либо инфекции, а наоборот просят провести комплексную бактериологическую диагностику. Иными словами ставят задачу выделить, всё что только можно. Поскольку возбудители чаще всего имеют определённую локализованную предрасположенность то исследовать необходимо одновременно ряд паренхиматозных органов и тканей. В частности для выделения респираторных инфекций необходимо исследовать лёгочные ткани, для желудочно-кишечных - пищеварительную систему, для исключения клостридиозов - печень, для исключения коринебактериоза - лимфатические узлы и т.д. В итоге получается, что от одного животного берётся 5-6 образцов на исследования из которых выделяется по нескольку видов бактериальных агентов, т.е. общее количество изолятов достаточно большое. При этом зачастую происходит ситуация когда возбудитель выделяется не из типичного на первый взгляд органа. Например сальмонелла из лёгких у телят.
Благодаря использованию ряда диагностических сред мы на культуральном, морфологическом и тинкториальном уровне может произвести приблизительную родовую идентификацию, но нас чаще всего интересует именно видовая идентификация для установления этиологической значимости возбудителя, для чего необходимо использовать наборы биохимической идентификации. Сейчас у нас достаточно большой выбор таких средств, но они не экспрессивны и как раз таки требуют один день для накопления культуры, второй день для проведения идентификации. Да и сами наборы не дешевые, 600-1000 р. Помимо этого они способны идентифицировать узкий диапазон видовых представителей бактерий.

Вы сами проводите идентификацию бактерий ПЦР? Если да, то сколько стоит идентификация одной культуры?
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.08.2017 15:06     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

--Вы сами проводите идентификацию бактерий ПЦР? Если да, то сколько стоит идентификация одной культуры?

к сожалению(а может к счастью) - нет, но в клинической диагностике этим вовсю пользуются например для выявления возбудителей ИППП. Себестоимость такого определения исчисляется несколькими десятками ну может полуторосотнями рублей. Можете позвонить в Литех и уточнить сколько стоят их тест-системы на тех или иных возбудителей. На самом деле я понимаю, что микробиология штука неисчерпаемая в своем многообразии и далеко не каждый вид будет определятся столь дешево и просто, но это, то, от чего можно отталкиваться. Да и все это работает если вы сами или кто-то для вас или до вас разработал систему, которая работает. С нуля на разработку такой системы надо потратиь время и деньги. Ну точно так же как и определение по MALDI невозможно без создания протоколов анализа и баз данных спектров.

Конечно ПЦР хороша тем что она в принципе вообще не требует никаких посевов.
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 08.08.2017 15:37     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Я вас понял, но скорее всего мы говорим чуть о разных задачах.
Дело в том, что ПЦР достаточно чувствительная и специфичная реакция, что позволяет использовать данный метод для экспресс диагностики. Но список данных инфекций достаточно узкий, что позволяет разработать для каждого возбудителя набор качественно подтверждающий наличие возбудителя или его частиц в клиническом образце. Но если говорить именно о видовой идентификации ассоциированной культуры то ПЦР и секвенирование скорее всего окажутся мало достоверными. Поэтому идентификацию целесообразно проводить исключительно чистой культуры. Поэтому для данной цели чистая культура необходима.
Кроме того не все разработанные ПЦР наборы обладают достаточной специфичностью. Данная ситуация возникла при микоплазмозе у КРС, когда семя производителей исследованное в ПЦР является контаминированным возбудителем микоплазмоза. Но, данный метод определяет несколько видов рода микоплазм, в то время как этиологически значимых видом считается один. То есть ложно положительная реакция не является исключением.
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 08.08.2017 15:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

(AlexLai @ 08.08.2017 15:30)
Ссылка на исходное сообщение  Оболенск? - ДА

По поводу сокращения длительности исследования я с вами не могу абсолютно согласиться. Наш профиль это ветеринарная микробиология и эпизоотология ориентированная на промышленное поголовье. В настоящее время никто не присылает материал с целью исключения какой либо инфекции, а наоборот просят провести комплексную бактериологическую диагностику. Иными словами ставят задачу выделить, всё что только можно. Поскольку возбудители чаще всего имеют определённую локализованную предрасположенность то исследовать необходимо одновременно ряд паренхиматозных органов и тканей. В частности для выделения респираторных инфекций необходимо исследовать лёгочные ткани, для желудочно-кишечных - пищеварительную систему, для исключения клостридиозов - печень, для исключения коринебактериоза - лимфатические узлы и т.д. В итоге получается, что от одного животного берётся 5-6 образцов на исследования из которых выделяется по нескольку видов бактериальных агентов, т.е. общее количество изолятов достаточно большое. При этом зачастую происходит ситуация когда возбудитель выделяется не из типичного на первый взгляд органа. Например сальмонелла из лёгких у телят.
Благодаря использованию ряда диагностических сред мы на культуральном, морфологическом и тинкториальном уровне может произвести приблизительную родовую идентификацию, но нас чаще всего интересует именно видовая идентификация для установления этиологической значимости возбудителя, для чего необходимо использовать наборы биохимической идентификации. Сейчас у нас достаточно большой выбор таких средств, но они не экспрессивны и как раз таки требуют один день для накопления культуры, второй день для проведения идентификации. Да и сами наборы не дешевые, 600-1000 р. Помимо этого они способны идентифицировать узкий диапазон видовых представителей бактерий.

Вы сами проводите идентификацию бактерий ПЦР? Если да, то сколько стоит идентификация одной культуры?

Там чаще не возбудителей нужно искать, а те или иные островки патогенности. А это - никаким образом на МАЛДИ прямо из смеси не определить. А ПЦР-фингерпринтингом - в лоб, в 1 протокол на объём изолята и задёшево.
Тот же холерный вибрион, как самый яркий пример, может быть определен МАЛДИ, и быть низкопатогенным без холеротоксина на борту. И другой пример - эшерихию вообще никто не боится, но стоит в ней появится плазмиде с холероподобным токсином - то это будет не сильно легче в лечении и карантине, чем сама по себе "настоящая" вибрионная холера...

Сообщение было отредактировано sceptique - 08.08.2017 16:00
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 08.08.2017 16:06     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

Там чаще не возбудителей нужно искать, а те или иные островки патогенности. А это - никаким образом на МАЛДИ прямо из смеси не определить. А ПЦР-фингерпринтингом - в лоб, в 1 протокол на объём изолята и задёшево.

ТАМ - это про какой из методов? ПЦР?
В этом случае если ориентироваться только на островки патогенности. то стоит помнить, что они присутствуют далеко не у всех бактерий.
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 08.08.2017 16:23     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

Там - это в практике животноводства, и в медицине.

Если у бактерии нет островка патогенности - то она не патогенна. Если Вам интересны обзоры микрофлоры, а не наличие/отсутствие проблем в изоляте за кратчайшее время - то конечно Вам нужен МАЛДИ. Хотя уже сейчас можно действовать и полногеномными секвенаторами, делая библиотеки всего живого с объёма изолята. И примерно с теми же идентификационными результатами.

Полногеномники скоро будут стоить копейки, а расходка будет сильно дешеветь для них. МАЛДИ же не подешевеет никогда, это дорогой, сложный в производстве, опасный и дорогой в требующихся газах и обслуживании прибор. Как верно выше замечено - он питается электричеством постоянно, выключать его часто не рекомендуется, и на режим он выходить может неделю-две после включения обратно.

Сообщение было отредактировано sceptique - 08.08.2017 16:28
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 08.08.2017 16:28     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

Сейчас увидел скорректированное сообщение.

Понимаете, но вы тоже говорите о узко ориентированном направлении, т.е. об определённом виде, на который вы ориентируетесь. Или я не прав? Данная ситуация имеет существенное значение в эпидемиологическом плане, т.е. для людей, для которых каждый анализ является индивидуальным. Иными словами вы целенаправленно ориентируетесь на исключение или подтверждение наличие возбудителей инфекций в образце по назначению врача. Данный врач на основании эпидемиологических и клинических данных сам поставил задачу исключить ряд инфекций, на который ориентируются в лаборатории.
В эпизоотическом значении, т.е. для животных, никто не будет исследовать всё поголовье на все инфекционные агенты. Возьмут пару образцов от погибших или вынужденно убитых животных и на основании полученных данных будут лечить или профилировать всё поголовье. Если будут выделены какие либо возбудители нозологических единиц то это одно дело. Например если будет сальмонелла, то можно поставить диагноз сальмонеллёз. Если будет выделен стафиллококк, то диагноз стаффиллококкоз поставить не совсем правильно. Так как нужно доказать, что данный агент является патогенным для лабораторных животных. Обратная ситуация при пастереллёзе, возбудитель которого не всегда патогенный.
В этом случае использование молекулярно биологических методов диагностики также не ко всему применимо.

sceptique можете озвучить примерную стоимость идентификации методом пцр например стрептококка?
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 08.08.2017 16:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

96 определений примерно 5000 р за кит и 500 000 р за РТ-амплификатор.

96 определений происходят за два часа, если с раскапыванием. Выделение ДНК еще час и 40-50р на образец добавьте.

Рублей 300 за определение (с учетом рабочего времени лаборанта) на образец получится.

Разработка нового кита с нуля на нового высеянного возбудителя - 60-70т.р. и 3-4 месяца времени.

Сообщение было отредактировано sceptique - 08.08.2017 16:45
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 08.08.2017 17:16     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

Ясно, а теперь давайте посмотрим на то о каком виде стрептококков идёт речь. По последней классификации их сейчас 117 видов. Разработанный набор ориентирован только на 1 из них. В итоге для того, чтобы идентифицировать все виды нужно 117 наборов? Так?
Здесь становится целесообразно использовать данный метод при необходимости исключения какой либо определённой инфекции. Например для проведения эпизоотического мониторинга, ввиду быстрого воспроизведения анализа.

Кроме того ПЦР как и ряд серологических реакций в бактериологии не могут являться средством постановки окончательного диагноза. При том же сальмонеллёзе диагноз устанавливается при выделении чистой культуры сальмонелл. Так как ПЦР может среагировать на вакцинный антиген. а серологические реакции на наличие поствакцинальных антител.

P.S. Мы чуть отошли от первоначальной темы топика. Не хочу, чтобы создалось впечатление, что я пропагандирую какие либо определённые методы, просто всё сугубо специфично и интересует мнение именно по поводу малди.
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 08.08.2017 17:27     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

В итоге для того, чтобы идентифицировать 117 видов нужно "десяток-другой" ПЦР-РВ и библиотека сочетаний разных факторов патогенности в этих 117 видах. Как и в МАЛДИ. Но дешевле и включать-выключать можно и покупать/не покупать когда нужно-не нужно.

МАЛДИ - весьма капризный на практике метод. Те, кто на нём будут работать еще всё успеют 10 раз проклясть. Как и те, кто выберут эту технологию. Детекция ДНК в изолятах химически проще и надёжнее детекции белка. Хорошо отработана и технологична. Сделать же из МАЛДИ прибор для большого потока анализов на мой взгляд принципиально невозможно в силу его технологической сложности и "капризности".
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.08.2017 17:30     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

(AlexLai @ 08.08.2017 16:37)
Ссылка на исходное сообщение  Я вас понял, но скорее всего мы говорим чуть о разных задачах.

Да, нет, я понимаю, что ваши задачи существенно отличаются, а наборы привел в качестве примера, с которым можно сравнивать и на которые можно ориентироваться в плане организации работы и затрат. Безусловно под ваши задачи нужны специально разработанные наборы.
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 08.08.2017 17:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

Я вас услышал.
А что в отношении себестоимости проведения одного анализа пцр, малди и руинными бактериологическими методами?

Например какая стоимость проведения идентификации пяти различных видов бактерий выделенных из одного образа методом пцр.
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.08.2017 18:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

--Ясно, а теперь давайте посмотрим на то о каком виде стрептококков идёт речь. По последней классификации их сейчас 117 видов. Разработанный набор ориентирован только на 1 из них. В итоге для того, чтобы идентифицировать все виды нужно 117 наборов? Так?

Не, не так. Я не силен в геномах бактерий. Но на самом деле гипотетически возможно разработать ПЦР тест, который будет выявлять скопом все стрептококи. И тест, который может выявить один единственный вид стрептокока. Насколько это возможно в реальности - это нужно проводить биоинформационный анализ геномов этих бактерий по базам данных. А если этой информации нет, то делать геномное секвенирование. Так же возможен тест, который будет выявлять, какой-то один токсин у разных видов.

--Например какая стоимость проведения идентификации пяти различных видов бактерий выделенных из одного образа методом пцр.

Sceptique привел вполне реальный уровень затрат на один ПЦР анализ. При чем если формат сделать форезным(, а не qPCR) это будет еще дешевле, но будет требовать более высокой квалификации персонала и занимать на час больше времени.

Что касается MALDI там тоже не все радужно, ибо априорно избирательность специфичность и надежность этого метода вызывает сомнения. Кроме всего прочего, как разработка ПЦР теста зависима от геномных данных по бактериям, так MALDI зависит от масспектрометрических данных по бактериям. При чем если все геномные данные находятся в общедоступных базах, то масспектры, как правило являются достоянием частных собственников и распространяются платно, а от качества и объема этих данных на прямую зависит качество анализа.

К преимуществам ПЦР можно отнести очень быструю и простую пробоподготовку в подавляющем числе случаев достаточно мазков и смывов. Практически не нужна классическая микробиологическая кухня.
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 08.08.2017 19:34     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

(sceptique @ 08.08.2017 17:42)
Ссылка на исходное сообщение  96 определений примерно 5000 р за кит и 500 000 р за РТ-амплификатор.

96 определений происходят за два часа, если с раскапыванием. Выделение ДНК еще час и 40-50р на образец добавьте.
Рублей 300 за определение (с учетом рабочего времени лаборанта) на образец  получится.
Разработка нового кита с нуля на нового высеянного возбудителя - 60-70т.р. и 3-4 месяца времени.

Около 2 недель и не более 30 тыс руб. - и qPCR кит для идентификации бактерий готов! Скептик - теоретик no.gif . Испытывай - не хочу! smile.gif
В такое стремительное время живем! Все компоненты синтезируется, полимеразы - на любой вкус, отработанные модели и т.д.
Если идентификация на основе НК - конкуренту ПЦР и другим амплификационным методам пока еще в ближайшие 50 лет не предвидится, имхо.
Себестоимость ПЦР китов приближается к 1 руб, но однако рыночная стоимость растет также неуклонно как и бензин.
Так что колоть гнилые орехи золотым молотком в наше время чревато.
Масс-спек конечно тоже грандиозный метод, но для других целей, не для идентификации бактерий!
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 08.08.2017 21:26     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

А Вы, -Ъ-, способны работать на договоре с конфиденциальностью и РАЗДЕЛОМ прав интеллектуальной собственности + эксклюзивностью поставок в России? (я не о бактериях, а о снипах по геномке человека)

С учетом практики разработок с себестоимостью 30 т.р. как раз и стоит заряжать цену 60-70, чтобы всё нормально заключалось.

Сообщение было отредактировано sceptique - 08.08.2017 21:29
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.08.2017 21:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

[quote=-Ъ-,08.08.2017 17:34]Ссылка на исходное сообщение  Около 2 недель и не более 30 тыс руб. - и qPCR кит для идентификации бактерий готов!

Не все так, конечно, кучеряво.
3 млн руб, не считая затрат самого заказчика и полтора года работы. В итоге непонятно что, а не набор. Исполнитель - литех. Не советую.
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 08.08.2017 21:37     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование

Если объект сложен в культивации и выделении - то может и вообще миллиарда не хватить. И отдельный культиватор с биозащитой и средами уникальными, а то и животными, покупать придётся.

Я написал про классический случай "выкачали мы кубик гноя из гангрены". Там обычно проблем с выделением и культивацией никаких.
С кубика выделяется тотальная геномка, потом делается библиотека - и в NGS-секвенатор. После чего собираются контиги и элайнятся на базу данных геномов патогенов пабмеда или на свои внутренние наработки. А также на базу всех типо- и видоспецифических факторов патогенности. После чего выделяются самые редкие или ни на что не алайнящиеся и ищется гомология. По гомологии можно и новые островки открыть, что методом малди заколебешься эту кашу разбирать из такого изолята де-ново. Особенно с учетом, что секвенирующая чувствительность может поднять с этого кубика и единичные копии чего-то, а на МАЛДИ чел увидит в лучшем случае что-то начиная с уровня миллионов копий одного и того же, и то если это "что-то" из матрицы хорошо полетит параллельно триллионам копий мажорных белков.

Сообщение было отредактировано sceptique - 08.08.2017 21:44
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 08.08.2017 23:00     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #26 множественное цитирование

(sceptique @ 08.08.2017 22:26)
Ссылка на исходное сообщение  А Вы, -Ъ-, способны работать на договоре с конфиденциальностью и РАЗДЕЛОМ прав интеллектуальной собственности + эксклюзивностью поставок в России? (я не о бактериях, а о снипах по геномке человека)

С учетом практики разработок с себестоимостью 30 т.р. как раз и стоит заряжать цену 60-70, чтобы всё нормально заключалось.

Если снипы, да, себестоимость вырастет на один зонд, но здесь речь вроде идет об идентификации бактерюх, а именно стрептококков. Идентификация имеется в виду, как я понимаю, обнаружение (качественная реакция), а не определение (количественная реакция). А если микроб не культивируется, это как раз по ПЦР-ной части - меньше работы. smile.gif, баба с возу потехе час. Повторюсь, я говорю о самом простом элементарном обнаружении специфической ДНК.
В 90-х, особенно в начале, "разрабатывали" годами. eek.gif, это было сумасшедшее время.
sceptique, всегда готов работать! wink.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 08.08.2017 23:03     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #27 множественное цитирование

[quote=vb,08.08.2017 22:32]Ссылка на исходное сообщение  [quote=-Ъ-,08.08.2017 17:34]Ссылка на исходное сообщение  Около 2 недель и не более 30 тыс руб. - и qPCR кит для идентификации бактерий готов!

Не все так, конечно, кучеряво.
3 млн руб, не считая затрат самого заказчика и полтора года работы. В итоге непонятно что, а не набор. Исполнитель - литех. Не советую.
[/quote]
Да уж, добавить нечего. Мучительно долго пилили.
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 08.08.2017 23:03     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #28 множественное цитирование

Тогда и ПЦРциклеры были размерами с микроволновку и подключались поверх мойки к воде... Интересно, эти динозавры еще есть в рабочем состоянии у кого?
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 08.08.2017 23:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #29 множественное цитирование

(-Ъ- @ 09.08.2017 00:00)
Ссылка на исходное сообщение  Если снипы, да, себестоимость вырастет на один зонд, но здесь речь вроде идет об идентификации бактерюх, а именно стрептококков. Идентификация имеется в виду, как я понимаю, обнаружение (качественная реакция), а не определение (количественная реакция). А если микроб не культивируется, это как раз по ПЦР-ной части - меньше работы. smile.gif, баба с возу потехе час. Повторюсь, я говорю о самом простом элементарном обнаружении специфической ДНК.
В 90-х, особенно в начале, "разрабатывали" годами. eek.gif, это было сумасшедшее время.
sceptique, всегда готов работать! wink.gif

Если какой бактероид присутствует в титре 10-50 шт на мл - МАЛДИ его без шансов ловить. А ПЦР-библиотека-секвенатор или детектирующий ПЦР-кит вполне покажет что зараза эта есть.
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 08.08.2017 23:28     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #30 множественное цитирование

По поводу: "Но на самом деле гипотетически возможно разработать ПЦР тест, который будет выявлять скопом все стрептококи" не совсем ясно. Если один набор единовременно идентифицирует все стрептококки то имеется ввиду до уровня рода или вида? Если рода, то такой набор скорее всего не будет иметь никакой значимости так как он должен быть специфичным.
По поводу идентификации речь как раз идёт о определение видовой принадлежности. У нас именно с стрептококками возникает проблема достоверности идентификации методом спектрометрии. В остальных случаях проблем зафиксировано не было.

А кто может подсказать по идентификации микроскопических грибов. В настоящее время это достаточная проблема, так как идентификация проводится при визуальной оценке выросших колоний и микроскопировании. Кто либо работал с идентификацией грибов молекулярно биологическими методами?

-Ъ- вы в состоянии произвести секвенирование 16 sRNA мо? Если да, то можете написать в личку? Может сойдёмся во взаимных интересах.
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 09.08.2017 00:28     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #31 множественное цитирование

Виды и серотипы стрептококков, как и всех остальных бактерий, сейчас дифференцируются по морфологии колоний, морфологии клеток и наличию тех или иных белковых факторов на борту. Всё это контролируется генетически. Генетические видовые и серотипические маркеры АБСОЛЮТНЫ по специфичности, и почти абсолютны по чувствительности (несколько клеток на мл.). Более того, новые виды и серотипы стректококков вначале открываются сейчас по генетическим следам, а потом высеваются и характеризуются. Посему не очень понимаю, как можно в эталонном по специфичности и чувствительности методе говорить что "он должен быть специфичным".
От гиперчувствительности генетических методов бывают другие проблемы (гипердиагностика), поскольку почти отсутствующее следовое количество патогена обычно не приводит к болезни. Но если есть факт болезни - то чувствительнее и специфичнее амплификационных генетических методов ничего нет сейчас.

Проблем же у Вас зафиксировано не было из-за низкой чувствительности. Вы их просто не видите, они наверняка замаскированы.

Про грибы и прочее - наверняка у каких-то закрытых коллекций имеются генетические профили множества грибов, но, понятное дело, они даются дорогой ценой и просто так этими библиотеками генопрофилей никто делиться не будет.
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.08.2017 00:28     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #32 множественное цитирование

https://fnkc-fmba.ru/ - в КДЛ стоит брюкеровский масс-спек, заточенный на человечьи патогены. Плюс антибиотикочувствительность вроде бы - можете попробовать пообщаться, при взаимном интересе им поток платных анализов вряд ли помешает.
Насколько я понимаю, перечень определяемых зависит только от подключаемых библиотек.
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 09.08.2017 13:56     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #33 множественное цитирование

sceptique
По поводу "Виды и серотипы стрептококков, как и всех остальных бактерий, сейчас дифференцируются по морфологии колоний, морфологии клеток и наличию тех или иных белковых факторов на борту. Всё это контролируется генетически." не могу в полной мере согласиться.
Так как культуральные, морфологические и тинкториальные свойства видов стрептококков стоит считать одинаковыми. Исключением для некоторых видов является гемолиз и пигмент. Иными словами данные свойства являются недостаточными для видовой идентификации.
Затем Вы как то неожиданно перешли от рутинных методов к молекулярно биологическим, минуя протеолитические и сахаролитические свойства изучение которых позволяет произвести их идентификацию. Просто это разные методические подходы. Лаборатория молекулярной биологии чаще всего находится отдельно от лаборатории микробиологии для исключения рисков контаминации. Поэтому чаще всего лаборатория микробиологии использует рутинные методы исследования по схеме изучения: культуральных, морфологических, тинкториальных, биохимических, серологических, биологических свойств.
При наличии лаборатории мб чаще всего нет необходимости в использовании всего набора рутинных методов.
По поводу того, что все эти показатели можно изучить генетическими методами.
По поводу специфичности метода, я не совсем понял почему метод не должен быть специфичным. Давайте представим ситуацию когда нам необходимо идентифицировать стрептококк до уровня вида, нам не достаточно чтобы набор показал результат Streptococcus spp., нужно, чтобы он показал именно вид, в противном случае набор в диагностическом смысле не может считаться специфичным. В качестве примера можно рассмотреть серологическую диагностику, например в ИФА сендвич варианте, когда мы пытаемся зафиксировать наличие в исследуемом материале определённые антигены, например тот пиогенный стрептококк. Если ИФА не будет специфичным то он будет фиксировать наличие любого вида стрептококка, а не изначально искомого, показывая ложноположительную реакцию.

По поводу возможности серотипизации микроорганизмов пцр это вполне возможно. Но на сколько это применимо в практическом использовании при потоке исследований?
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 09.08.2017 13:56     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #34 множественное цитирование

avial - Спасибо за сообщение.
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 09.08.2017 19:10     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #35 множественное цитирование

Простите, но я Вам не смогу объяснить, скорее всего, почему хорошо и чисто сделанная поисковая генетика скоро уберет необходимость изучения функциональной активности стрептококков. Я попробовал - у меня не получилось. Жаль, играйте с белками на МАЛДИ.

Сообщение было отредактировано sceptique - 09.08.2017 19:10
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 09.08.2017 23:51     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #36 множественное цитирование

sceptique Надеюсь я вас ничем не оскорбил. Просто мы с самого начала ведём речь разных методах достижения одного результата. Стоит задача упростить ежедневные рутинные исследования, заменив часть их на более экспрессивные методики. Каждый исследуемый образец подразумевает возможность выделения различных бактериальных агентов, которых в свою очередь огромное множество. Для решения данной задачи ранее было высказано предложение по разработке определённого набора (речь шла про стрептококки). Который будет идентифицировать все виды данного возбудителя. Но его нет в коммерческой реализации, на, что было сделано предложение просто его разработать. На что мало кто согласится из-за длительности и стоимости разработки, но основной проблемой будет то что это лишь один вид возбудителей. Разработка будет целесообразна лишь при наличии существенного экономического выхода. Положительные примеры данной ситуации наблюдаются в случае необходимости обнаружения возбудителей имеющих существенное этиологическое значение - ящур, чума, туберкулёз и т.д. Я ни разу не встречал пцр наборы позволяющие идентифицировать все виды какого либо определённого рода.

В отношении того, что поисковая генетика скоро уберёт рутинные методы диагностирования, к сожалению также есть некоторое недопонимание. Когда это скоро произойдёт? Мы живём в настоящем и не можем надеяться на то что скоро всё измениться, ввиду чего ориентируемся на существующие реалии. Я не говорю про то что масспек это панацея от всего, цель топика была именно в том, чтобы пообщаться по его положительных и отрицательных сторонах, а они есть у всего. Разговор в основном шёл про стрептококки потому что сами столкнулись с недостатками малди в отношении данного мо, на основании чего для их идентификации при депонировании и размещении в коллекции используем секвенирование. Но в случаях идентификации иных видов бактерий, таких сложностей не встречалось.
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 10.08.2017 12:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #37 множественное цитирование

У МАЛДИ аналитическая чувствительность в миллион раз меньше. И он, в отличие от электроспрея, не вешается вторым измерением на хроматограф. Это - тупиковая и очень дорогая ветвь эволюции. В нём невозможно организовать фрагментацию ионов в детекторе о газовые занавески, невозможно сделать ионную ловушку для фрагментации и последующего анализа фрагментов. Даже с учетом каких-то библиотек и протоколов - из него конфетку не слепить никогда, тем более - для большого потока. Это крайне капризный и нетехнологичный аналитический прибор. Хорош только для чистых белковиков, да и то, лишь для тех, кто не признаёт приборную фрагментацию и кто привык к протеолитическим протоколам анализа.

Кроме откатов за покупку самих этих чудовищно дорогих приборов ветка эта ничем не значима.

Сообщение было отредактировано sceptique - 10.08.2017 12:11
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 10.08.2017 13:31     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #38 множественное цитирование

(AlexLai @ 09.08.2017 00:28)
Ссылка на исходное сообщение  По поводу: "Но на самом деле гипотетически возможно разработать ПЦР тест, который будет выявлять скопом все стрептококи" не совсем ясно. Если один набор единовременно идентифицирует все стрептококки то имеется ввиду до уровня рода или вида? Если рода, то такой набор скорее всего не будет иметь никакой значимости так как он должен быть специфичным.
По поводу идентификации речь как раз идёт о определение видовой принадлежности. У нас именно с стрептококками возникает проблема достоверности идентификации методом спектрометрии. В остальных случаях проблем зафиксировано не было.

А кто может подсказать по идентификации микроскопических грибов. В настоящее время это достаточная проблема, так как идентификация проводится при визуальной оценке выросших колоний и микроскопировании. Кто либо работал с идентификацией грибов молекулярно биологическими методами?

-Ъ- вы в состоянии произвести секвенирование 16 sRNA мо? Если да, то можете написать в личку? Может сойдёмся во взаимных интересах.

AlexLai откровенно говоря я не разобрался что конкретно Вам нужно типировать - виды, по чувствительности (устойчивости) к антибиотикам, что наиболее актуально, или же другое хитрое генотипирование?
Я секвенированием по Сенгеру 16S, ессно, не занимаюсь (прошлый век и неинтересно) и не планирую. Сейчас полные геномы штампуются? Инфо - море.
В моем арсенале есть несколько китов по Streptococcaceae, из них наиболее актуальными (продаются) являются Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae и Streptococcus pyogenes, для простого обнаружения без наворотов.
Опишите Вашу проблему вкратце (что Вы пытаетесь сделать на масспеке), можно в личку.
Проблема идентификации стрептококков масспеком возможна из-за АТ-богатого генома. confused.gif
Скептик уболтает насмерть, он это дело любит. smile.gif
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 10.08.2017 14:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #39 множественное цитирование

Интересно, почему же при всех таких замечательных характеристиках генетического анализа в медицинской рутине все же используются баканализаторы? Кстати, приличные модели стоят больше 10 миллионов, что не сильно отличается от стоимости того же биотайпера брюкеровского (около 20).
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 10.08.2017 14:54     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #40 множественное цитирование

Потому что у медицины задачи гораздо уже, а требования к надежности результатов максимально высокие. Но дело не в этом, а в том, что MALDI в этом отношении ничуть не лучше чем ПЦР. А вообще лучше всего, когда есть все.
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 10.08.2017 19:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #41 множественное цитирование

А на ПЦР антибиотикоустойчивость тоже смотрят?
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 10.08.2017 20:30     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #42 множественное цитирование

Ну, поднять ген к примеру лактамазы,которая гасит пенициллин, наверное не сверхзадача. Но во-первых: если ее из общего бульона подымать, то не будет ясно какому именно штаму она принадлежит. Так что рассев на твердые среды в этом случае все равно необходим. Во-вторых наличие гена еще не означает наличие устойивости, зато отсутствие гена одназначно означает отсутствие устойчивости.

Сообщение было отредактировано MMM - 10.08.2017 20:32
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 10.08.2017 21:48     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #43 множественное цитирование

-Ъ- Сначала:
1) Изначально стояла цель оценить преимущества и недостатки масспека для видовой идентификации всех бактерий.
2) Я подтвердил, что для видовой ИДЕНТИФИКАЦИИ стрептококков мы используем преимущественно СЕКВЕНИРОВАНИЕ 16 s RNA.
3) Позднее общее мнение форумчан привело к тому, что лучше молекулярно биологических методов для диагностирования в принципе нет.

Но вы сами написали, что являетесь авторов коммерческих наборов для обнаружения видов Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae и Streptococcus pyogenes. Иными словами речь идёт именно о трёх видах возбудителя, для каждого из которых нужно 3 кита. В то время как общее количество видов более 100, каждый из которых необходимо идентифицировать. Мне сообщили, что вполне возможно разработать набор, который единовременно способен идентифицировать все ВИДЫ данного рода. С чем в теории можно согласиться, но я думаю, стоимость такого набора не позволит его использовать повсеместно ввиду высокой цены. Возможно я ошибаюсь и это не так.

Кроме того, ещё раз подчеркну то что стрептококки приведены исключительно для примера, так как на практике сталкиваются с огромным многообразием родовых представителей. При этом изначально не знаешь, что будет выделено, а следовательно то что необходимо искать.

Кроме того я уверен, что молекулярно генетические методы при использовании для диагностики бактериальных инфекционных патологий будут экономически не выгодны.

Если кто либо способен подсчитать, какая будет стоимость выделения ВСЕХ жизнеспособных мо из одного клинического или секционного образца ПЦР, то буду благодарен. Но я уже уверен, что цена такого исследования будет весьма существенной, поэтому и интересовала реальная стоимость по расходке для малди.
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 10.08.2017 22:02     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #44 множественное цитирование

(avial @ 10.08.2017 15:46)
Ссылка на исходное сообщение  Интересно, почему же при всех таких замечательных характеристиках генетического анализа в медицинской рутине все же используются баканализаторы? Кстати, приличные модели стоят больше 10 миллионов, что не сильно отличается от стоимости того же биотайпера брюкеровского (около 20).

Инерция мышления, привычка и удобство. Сеять всё равно иногда приходится, если что-то совсем редкое попалось, и не ловится библиотекой. Дороговизна - это в странах типа нашей, ЮАР, Бразилии - тоже плюс. И по тем же причинам - откаты. Чем дороже - тем лучше.

Чем дольше будут копиться генетические банки патогенов и островков патогенности, генов, мутаций и прочего - тем реже будут надобиться баканализаторы и извращения типа МАЛДИ-тайпинга.

16S к патогенности никакого отношения не имеет, она с ними не сцеплена вообще.

Сообщение было отредактировано sceptique - 10.08.2017 22:05
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 10.08.2017 22:08     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #45 множественное цитирование

(avial @ 10.08.2017 20:21)
Ссылка на исходное сообщение  А на ПЦР антибиотикоустойчивость тоже смотрят?

Да, и уже несколько лет как.
При этом если в биообразце есть мощный сигнал гена белка устойчивости, то смысла типировать что за возбудитель нет никакого. Кто бы это не был - нужно травить чем-то другим. Даже если ген на борту у эндогенной эшерихии-симбионта, они при первой попытке затравить патоген с удовольствием им "поделятся".

Сообщение было отредактировано sceptique - 10.08.2017 22:10
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 10.08.2017 23:43     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #46 множественное цитирование

А кто ранее утверждал обратное? -16S к патогенности никакого отношения не имеет, она с ними не сцеплена вообще.
Участник оффлайн! metrim
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 11.08.2017 00:34     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #47 множественное цитирование

Пардон за дилетантский вопрос: ну а если вроде последовательности и 16S и факторов патогенностей вроде известны, отчего чипы с нуклеотидными зондами не являются еще удовлетворительным решением для данной задачи?


Ну а MALDI-TOF покупать под такие задачи (поверив сказкам менагеров) не опробовав метод "вживую" - .....
Это ж вы в любом случае ограничены культивируемостью да еще на совершенно определенно среде и только когда вы уже имеете отчетливый клон вы вместо индикативных сред используете дорогущий самовар. Где же тут "экспрессность" ?
Ну и кроме того, если вы с масспеком не работали, вам не очень отчетливо понимается, что девайс не скажет "не знаю", он вам выдаст лист претендентов, в котором достоверность будет варьироваться от 30 до 90%

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): sceptique
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 11.08.2017 01:19     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #48 множественное цитирование

metrim - Хмм.
Я конечно понимаю, что данный форум ориентирован по поводу молекулярной биологии, но давайте ещё раз вернёмся к первоначальным вопросам. Так как всё сводится к тому что малди это недостойная вещь.

Кроме того что вы подразумеваете под " вместо индикативных сред используете дорогущий самовар"? Какая на ваш взгляд дифференциально-диагностическая среда способна идентифицировать все виды рода? Прошу назвать, буду её активно использовать.

Как я понимаю все больше ориентированы на вирусологические исследования, в случае которых использование пцр позволяет поставить диагноз. В этом случае прошу привести методические указания или аналогичный регламент по диагностике бактериальных инфекций животных в котором указано, что окончательный диагноз может быть установлен посредством пцр.
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.08.2017 07:22     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #49 множественное цитирование

- В этом случае прошу привести методические указания или аналогичный регламент по диагностике бактериальных инфекций животных в котором указано, что окончательный диагноз может быть установлен посредством пцр.

Это не честный подход. Потому что аналогичные возможности у MALDI еще ниже чем у ПЦР.

Ну если говорить о диагнозах, которые ставятся в быту, то они чаще и надежней ставятся по клинической картине заболевания типа дифтерии и скарлатины. Никогда в быту не сталкивался с тем что бы, например, врач подбирал антибиотик после анализа мазка на антибиотикоустойчивость.

Насчет вирусов вы несовсем или даже в большинстве не правы. Вирусы очень часто диагностируют не ПЦР, а по наличию антител в крови и используют для этого иммунохимические методы и они считаются надежней ПЦР.
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 11.08.2017 09:49     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #50 множественное цитирование

Вирусы - это отдельная тема, я про нее не писал тут пока ничего. Вирусы - это системная дрянь обычно, имеющая входные ворота и мишень, где оне гнездятся и множатся. Часть вирусов не оставляет ДНК-следов вообще, а среди скопища эндогенных провирусов, иногда регулирующих вполне физиологические функции в клетках и тканях и не являющиеся патогенными, найти сигнатуру причины всех бед и патогена бывает довольно сложно. Именно по этой причине диагностикум на ВИЧ, да и вообще сам ВИЧ, не выделялся и не светился, не ловился и не ПЦРился лет 10-15, с начала 80-ых, когда стали подозревать, что он есть и стали его искать чем могли. Именно по этой печальной причине (разнородность поведения, временные исчезновения из тканевых жидкостей, маскировка под эндогенные ДНК и РНК) вирусы ПЦР-диагностикой в большинстве ловятся хуже, чем природным иммунитетом организма, а потом - по его антителам иммунохимией.

Но у иммунохимии есть свой недостаток - требуется дорогое и качественное производство этих диагностических антител и/или антигенов. А их нельзя производить, не выделив вирус или его белок для промышленной иммунизации. А выделить их можно лишь "попав" с тем, откуда, когда и чем их можно выделить.

Уверен, что и в ветеринарии есть типирующие киты. Их можно разрабатывать там, и только там, где есть доступ к большим коллекциям возбудителей. Их просто секвенируют и выделяют дифференциальную часть их генома, отличающую их от аналогов других видов. Даже если это набор снипов - уже вполне можно делать кит для дифдиагностики. Просто если бы ее 20 лет подряд не распиливали свои же, эту ветеринарию, то и коллекции бы были разных возбудителей и свои геномные библиотеки патогенов бы были и по ним бы разрабатывали тотальные генодиагностические чипы и панели. Но так как наши застарелые завхозы избавились 20 лет назад ото всех, кто им мешал пилить и обогащаться - то сейчас товаром являются уже они сами, для разработчиков МАЛДИ за 50 млн. р. и проч. "томографической техники".

Методические указания про ПЦР появятся после того, как ударит очередная "молния". И все откатчики зачешутся как так - в африке они уже есть для всякой опасной заразы (часто еще - и нашими стараниями), а у них еще нет. Или поколение "больничных сеяльщиков" вымрет, и эти указания напишут и внедрят сразу же. То что их сейчас нет - это заслуга производителей дорогого и ненужного в своих странах лабораторного железа, которые скидываются и договариваются, чтобы их не утверждали пока, пока они в своих странах не переквалифицируют свое производство на ДНК-технологии, а процесс это небыстрый. В итоге, может так случиться, что универсальные поровые секвенаторы и приложения для них за следующие несколько лет вообще сделают ненужными все культивационные методы. Культивировать и спрашивать "а почему нет методик для ДНК-диагностики?" будут другу друга ветврачи лишь в Афганистане, Гондурасе и Сомали.

Сообщение было отредактировано sceptique - 11.08.2017 09:58

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 20.10.17 11:52
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft