Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* MALDI-TOF, идентификация бактерий
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 12.08.2017 02:20     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

К сожалению мы пришли не к тому выводу. По поводу того, что у нас уже есть в наличии давайте не будем обсуждать, так как с этим проблем нет.

Суть была именно в минимизации затрат на проведение исследования в частности идентификацию. Поэтому топик и имеет данное название.
Вы согласны, что пцр в случае практической работы с идентификацией неизвестно чего очень не дешевая вещь?

Кроме того вы согласитесь с тем, что в предложенной вами ранее методе по использованию пцр для детекции бактерий есть недостаток в том, что их необходимо получить в чистом виде? Или с этим вы не согласитесь?
Представьте, что вы выделили из материала: бацилку, кокк, две энтеробактерии и что то из семейства пастерелл. Но на этом исследование мы не можем закончить, так как нам нужно идентифицировать эти культуры, желалательно до вида. Хорошо рутинными методами мы это сделали, потратив по 600 р. на идентификацию по биохим свойствам. Т.Е. 3 т.р. только на идентификацию.

Аналогичная работа в ПЦР будет существенно дороже. Так? Поэтому мы рассматриваем малди, при этом уточняя ряд вопросов по данной методике, так как было услышано о копеечной стоимости исследования.

Помещать в коллекцию и дальше изучать все культуры не имеет смысла, так как чаще всего они не имеют определённого значения. И из того, что мы разместили у себя в коллекцию в патенты уйдёт единицы. Например за этот од было выделено и частично изучено около 300 штаммов пригодных для использования, из которых только 17 депонируем так как доказали их значение. А с остальными продолжаем работу. Общее количество изолятов превышало тысячи.

По поводу 1 гр.п. если вы обратите внимание на сообщение МММ, то заметите, что он запросил хоть один нормативный документ позволяющий с утверждённой методикой использования малди. Я его привёл. Кроме того пункт 5.3. указывает что данный метод можно использовать для идентификации всех групп патогенности.
Участник онлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 12.08.2017 09:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Где я писал что для ПЦР нужны в чистом виде? Это для Вашего МАЛДИ нужны только в чистом виде. Для ПЦР годятся в любом виде.

Вы вообще понимаете что Вам пишут? Или 50 млн. сразу за дешевую расходку-матрицу для МАЛДИ - это всё о чём Вы мечтаете и больше ни о чем слышать не хотите?

Значение иногда возникает у коллег и ретроспективно. А у Вас уже будет массспек характеристический с него в библиотеке. Депонировать в коллекцию вам незачем, но библиотеку дополнять распознавательную новыми штаммами (которой нужно несколько мегабайт на диске на каждый новый спектр) Ваша программа обязана уметь, если Вы все же втравитесь в МАЛДИ, и без каких-то французов.

Сообщение было отредактировано sceptique - 12.08.2017 10:03
guest: Влад
IP-штамп: frx8v492DEIi.
гость



 прочитанное сообщение 12.08.2017 10:54     Сообщение для модератора       

Скорее всего подразумевалось необходимость выделения чистой культуры после пцр, чтобы поместить штамм в коллекцию.
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.08.2017 11:12     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

-Вы согласны, что пцр в случае практической работы с идентификацией неизвестно чего очень не дешевая вещь?

Несогласен, если есть разработанный тест , то дешевая.

Я не очень понимаю чего вы хотите от, теста. Но если, мы имеем какой - то клинический случай допустим трудно идентифицируемый по клинической картине. Обычно подозревается не более 5 возможных патогенов. Если у вас есть ПЦР тесты на эти патогены, то
за небольшую денежку в районе 100-500 р вы за 2-3ч найдете виновника.
Это дорого?

--Кроме того вы согласитесь с тем, что в предложенной вами ранее методе по использованию пцр для детекции бактерий есть недостаток в том,что их необходимо получить в чистом виде? Или с этим вы не согласитесь?

Я (и не я один)как раз утверждал прямо противоположное.

Аналогичная работав ПЦР будет существенно дороже. Так?
Не так. Опять же при условии наличия наборов это будет стоить до 1000р в идеале 100р.

Я чувствую вам нужно прочитать научно-техническую часть вопроса, иначе вы не пронимаете о чеъм вообще вкесь сыр-бор.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): sceptique
Участник онлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 12.08.2017 11:20     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Ему нужно обосновать закупку прибора, ничего читать он не будет, уже и так всё знает потому что. Прибор дорогой, ставкам лаборанток-культиваторов в отличие от мол.генетики не угрожает, все остаются при привычных делах. При этом французы у него уже друзья-спасители с дешевой расходкой на идентификацию поверх его культивационной лаборатории-хранилища. И есть оратор, который всё остальное уже обозвал "разговоры в пользу бедных".

Ситуация знакомая, так нашу страну и допиливают эти завхозы. Которые ни к медицине, ни к реальным медицинским задачам никакого отношения не имеют.
Участник онлайн! metrim
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 12.08.2017 11:57     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail

AlexLai, похоже не в одну мою параноидальную башку пришла мысль, что вы создали тему просто что бы потренировать "работу с возражениями".
Здесь априори публика ориентирована на ПЦР-решения, а вы уже четко решили купить себе самовар и вам просто нужно обосновать эту покупку для начальства, которое знает, что тренд решения сабжевых задачь сейчас метагеномика.
Ну а помимо малди существует еще куча методов хемотаксономического фингерпринтинга. Тот же "шерлок" например для липидомного анализа.

Ну и через всю тему проходит, что вы упираете на анализ КУЛЬТИВИРУЕМЫХ штаммов, при том что куча реальных патогенов не будет расти на ваших чашках. В том то и причина такого расцвета метагеномики, что она позволяет наконец хотя бы сквозь замочную скважину взглянуть на ту самую The unseen majority

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): sceptique
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 12.08.2017 13:27     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Всё всё, вы меня убедили. Для выполнения наших задач необходимо использовать как раз таки вами предлагаемые наборы.
То есть я всех своих коллег буду убеждать что мы должны наплевать на существующие регламенты по проведению диагностических исследований, и перейдём на диагностику в пцр. Я думаю все поддержат меня.
О какой работе с возражениями вы говорите? Я вам привожу документы в которых чётко сказано, как проводится диагностика, и что там указано, что пцр не может являться средством постановки окончательного диагноза. Мы можем использовать пцр исключительно для идентификации при выделении живых микроорганизмов. Если вы считаете, что это придумал я так прошу пообщаться с другими специалистами данного направления. А вы мне доказываете, что полный геномный анализ образцов позволит получить наиболее достоверный результат. Да это так, но вы продвиньте эту методику в практическое использование, в этом случае мы при диагностике с удовольствием будем использовать ваши наборы. Кроме того если вы говорите что всё это возможно, то прошу ВАС ВСЕХ дайте нам пожалуйста эти замечательные наборы которые позволяют идентифицировать всё и вся. Сейчас. Почему вы говорите, что где то такая методика есть, что кто-то её активно использует, что такие-наборы активно продаются. Где это где-то. Я вам поставил свои задачи и реальные условия в которых мы работаем (а кроме нас ещё огромное количество диагностических лабораторий), а вы мне начинаете утверждать, что всё это бред и диагностику нужно делать не так.
Это не правильно.
Тем более вы мне доказываете, что анализ образца в пцр позволит выделить все имеющиеся антигены в нём, в том числе не культивируемые и не живые. Тогда объясните мне какой диагноз должен быть поставлен? Знаете почему диагноз устанавливается при выделении живой культуры? А представьте то, что в ваших реакциях вы ловите даже остатки от бактериальных антигенов которые когда то были в организме. То есть будет огромный перечень всего что только можно. Вы как специалист лабораторной диагностики передаёте этот список врачу, а тот ломает голову, что в настоящее время вызвало заболевание.

Мне надоели всякие обвинения касаемые того, что тема создана для продажи оборудования или каких либо тренировок. Ввиду чего считаю, что по данному вопросу общий язык не найден. Всем спасибо, я ваше мнение услышал. Давайте больше не будем возвращаться в данный топик.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник онлайн! metrim
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 12.08.2017 13:54     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail

AlexLai, вы совершенно зря обижаетесь. Просто дело в том, что в данном топике все говорят со своих колоколен, это оборотная сторона, когда вы общаетесь с хорошими, но узкими специалистами. С другой стороны, возможно сами вы, в отличии от многих здесь присутствующих нне столь много сталкивались: на сколько росказни продающих приборы менеджеров далеки от лабораторных реалий. У меня например мертвым грузом стоит несколько дорогих приборов, которое начальство купило, восхитившись баснями на презентациях ,а когда прибор приезжает и его подключает сервисник, он по полу катается от смеху "вы такие большие, а в сказки верите, этот девайс наименее предназначен для решения означенных задач".
Вы говорите о нормативной документации, говорящей о том что "приемлема молбиолидентификация только выделенных штаммов", ну допустим ( я вообще далек от клинической диагностики), но неужели уже есть нормативная документация и аккредитованные в РФ методики, принимающие идентификацию патогенов по МАЛДИ-фингерпринтингу ?? У коллег стоят МАЛДИ, но что то они все равно используют для идентификации секвенирование.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): sceptique
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.08.2017 16:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

(sceptique @ 11.08.2017 23:17)
Ссылка на исходное сообщение   Правильно, дорогой авиал?  yes.gif

Совершенно верно. Основная причина такого положения дел - неумение выстраивать диалог. И именно это прекрасно видно на примере этой ветки, как я уже и сказал. Вечная беда наших ученых - они на самом деле считают, что лучше врачей знают, что же этим врачам надо.
А все остальное - это уже приложение. Можно разрабатывать и у нас. Вот только ни ученые без врачей ни на что неспособны, ни врачи без ученых. Но каждый считает себя пупом земли. Ну считайте дальше)

Кстати, а интересный вопрос всем - сколько по времени занимает анализ до выдачи готового результата на баканализаторах, малди и НЖС? В реальных условиях от момента получения биологического образца?

Сообщение было отредактировано avial - 12.08.2017 16:29

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 14.08.2017 13:31     Сообщение для модератора         Личное письмо

Не поленился и прочитал все посты аффтара - туманные представления у чела о "родном" ему масспеке и, особннно, о ПЦР. Завхоз, менеджер. confused.gif
Более тупого диалога на молбиоле я давно не видел.
Кстати, такое часто случается, когда собеседник не работает "на вход" - разговор о переливании из пустого в порожнее frown.gif Пардон.
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 14.08.2017 13:37     Сообщение для модератора         Личное письмо

(avial @ 12.08.2017 17:25)
Ссылка на исходное сообщение  
А все остальное - это уже приложение. Можно разрабатывать и у нас. Вот только ни ученые без врачей ни на что неспособны, ни врачи без ученых. Но каждый считает себя пупом земли. Ну считайте дальше)

Да нет никакой проблемы выслушать врачей и разобраться, что им надо.
Другое дело если врач "начитан" всякой мурой, необходимой только для его карьеры, и работает только "вход".
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.08.2017 16:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Им надо законно (автоматически подразумевается РУ), поставка со склада и чтобы было или лучше аналогов, или хотя бы дешевле.
А вот тут в стенаниях про НЖС я аргументов насчет лучше и дешевле не увидел.

Ну вот реально - КДЛ выдает стандартный результат на четвертый день (с резистентностью), если надо быстро, то могут и через два выдать, определение вида - могут и на следующий день, если очень хорошо попросить. Как я буду просить майсек выдать мне результат на следующий день - я слабо представляю.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.08.2017 17:34     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Я тут пока шел сыр бор. Написал опус о сравнении MALDI vs PCR не полный, дописывать не стал, потому как смысла в этом опусе не вижу. Но если найдется хотя бы трое, кто хотел бы почитать и обсудить могу выложить отдельной темой.

(avial)
А вот тут в стенаниях про НЖС я аргументов насчет лучше и дешевле не увидел.

Вы о чем? Какие стенания о НЖС? Никто НЖС в КДЛ не предлагал, в КДЛ предлагали только PCR.
Просто ТС заявил, что он хочет выявлять одним махом всю микрофлору, видимо сам недопонимая, чего хочет. Вот тогда ему и предложили NGS и то с оговоркой, что для КДЛ это несусветная глупость.
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.08.2017 17:45     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

ПЦР на одновременное определение любого из сотен патогенов, включая грибы? И плюс резистентность? А на рынке такое решение есть? Зашел на сайт биотайпера - там более тысячи записей в базе данных по человечьим. Какое ПЦР-решение есть аналогичное?

Еще вопрос с грибками интересен - как их чувствительность устанавливать с помощью ПЦР.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.08.2017 18:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

--ПЦР на одновременное определение любого из сотен патогенов, включая грибы? И плюс резистентность?

Где это КДЛ сотню патогенов за 4 дня делает с резистентностью каждого из 100. У нее и на полочке даже такого количества антибиотиков не наберется. Вы вообще о чем?

И не надо сравнивать посевы и мазки с PCR. Вы сравнивайте MALDI и PCR.

Скажите мне. Когда врач/ветеринар ставит диагноз в скольки патогенах он обычно сомневается? У него 100!!! кандидатов на подозрение в патогены? Это стандартная клиническая ситуация? Мне казалось обычно круг подозреваемых ограничен 2-3 вариантами, редко 5, 10 вариантов это запредел.

Вы думаете вы сдадите на MALDI чашку с колониями и они вам на следующий день выдадут описание до штамма каждой колонии с резистентностью? Очень сомлеваюсь.
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 14.08.2017 18:01     Сообщение для модератора         Личное письмо

Ребята, не отвлекайтесь! Про НЖС в КДЛ - это Генсека "владение" smile.gif, он все по полочкам красиво расставит, правда немножко отвлеченно от реальной жизни.

МММ, ну выкладывайте опус о сравнении, обсудим, раз пришлось попотеть, сообразим на троих yes.gif. Может и Третьяк тоже подтянется, если в сознании. wink.gif
Удивительно, сколько же у нас на форуме энту-за-зизма!
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.08.2017 18:43     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Третьяк здесь серьезно обсуждать ничего не будет, так, потролит. Он на нас давно уже болт забил и ходит сюды развлекатьси. А с вами собственно и обсуждать нечего, вы и так все знаете. Мой текст скорее для врачей-любителей малознакомых с темой, а не для спецов.
Так что мне трудно ваши пожелания даже за одного желающего зачесть, а я хотел бы хотя бы трех.
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 14.08.2017 19:49     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Ну как так то?
Почему меня никто не хочет услышать.

На вопрос: Где я писал что для ПЦР нужны в чистом виде? Это для Вашего МАЛДИ нужны только в чистом виде. Для ПЦР годятся в любом виде.

Это не вы писали, это общепринятая методика в ветеринарной бактериологии. Диагноз может быть установлен при выделении чистой культуры возбудителя. Об этом я ранее вам уже говорил. Я согласен с тем, что для малди наличие чистой культуры является обязательным условием. Но в данном случае это его плюс, по крайней мере для нашей сферы деятельности. Я не понимаю почему Вы вместе с МММ и твёрдым знаком старайтесь убедить меня в том, что я не компетентен в своей сфере деятельности? Вы сами постарались вникнуть в суть вопроса?
В очередной раз постараюсь взвесить все плюсы и минусы того, что вы предлагаете:
1) Вы говорите, что ПЦР это наше всё.
Я с этим конечно согласен.

2) Вы говорите, что взять и происследовать один клинический или секционный образец на наличие бактериальных агентов целесообразнее именно в пцр так как он покажет всё, что есть в данном образце. И по вашему обоюдному мнению данный метод будет более достоверным. С одной стороны я готов согласиться, но так нельзя. ПЦР за счёт своей чувствительности поймает всё, что есть в образце. В том числе живой, инактивированный и вакцинный антиген. Поэтому в заключении будет указаны те виды бактерий, вирусов и др. компонентов которые в настоящем клиническом случае не имеет никакого этиологического значения. Например при обследовании поголовья крупного рогатого скота вашим методом мы будем вынуждены сжечь весь скот, так пцр покажет наличие сиб. язвы, эмкара, бруцеллёза, сальмонеллёза, пастереллёза и т.д. так как они ежегодно подвергаются вакцинопрофилактике инактивированными и живыми вакцинами. Каким образом вы предлагаете врачу ставить диагноз? Как он должен отличить вакцинный антиген или антиген от естественного переболевания с живым антигеном циркулирующим в организме в настоящее время?
Кроме того мы говорили о том, что поддерживаем и расширяем коллекцию. Поэтому получение чистой культуры это само собой разумеющиеся. Кроме того по вашей общей логике как образом должно происходить исследование? Может быть по следующей схеме? Поступил материал, мы его подготовили для пцр - провели пцр - получили результаты - поняли, что нам нужен какой то определённый изолят - отдали материал на микробиологию - произвели выделение кучи изолятов - начали идентифицировать эти изоляты. Согласитесь, что очень глупо. Так что не нужно говорить, что ваша методика подходит для этого случая.

Топик изначально содержит цель исключительно про идентификацию бактерий. То есть по ранее описанной схеме:
Первый день - сделали посев на ряд питательных сред, второй день - получили чистую культуру, третий день - поставили идентифицировать культуру, четвёртый день - учли результаты идентификации. Использование малди как раз таки интересует для исключения третьего и четвёртого дня как наиболее экономически затратного. В этом случае мы изначально зафиксировали наличие живого возбудителя в материале. А то какими средствами мы его идентифицировали, это наше дело, так как регламенты не запрещают использование данных средств. Аналогично идентификацию мы выделенных бактерий мы можем провести секвенированием бактерий, но это более затратно и это не противоречит регламентам.
Индикация и идентификация это разные вещи.

3) Вы вообще понимаете что Вам пишут?
Да, понимаю.

4) MMM. Несогласен, если есть разработанный тест , то дешевая.
Понятно что дешевле. Хорошо, а как мне узнать какой набор мне использовать в случае поступления в лабораторию материала с целью проведения комплексной лабораторной диагностики? Каким образом мы можем догадаться, что сейчас нужно выявить пастерелл, сальмонелл, стафилококков, клостридий, энтерококков, бацилл, энтеробактерий и т.д. ТТО, что материал чаще всего приходит именно с такой целью диагностики я ранее уже упоминал. Почему вы пытаетесь узнать у меня какого возбудителя нужно выделить? Я же вам говорю, что каждый раз выделяются различные бактериальные агенты, наличие которых по внешнему виду мы не можем предполагать. Только по диагностике.

5) Ситуация знакомая, так нашу страну и допиливают эти завхозы. Которые ни к медицине, ни к реальным медицинским задачам никакого отношения не имеют.
В чём это у меня проявляется?

6) Вы говорите о нормативной документации, говорящей о том что "приемлема молбиолидентификация только выделенных штаммов", ну допустим ( я вообще далек от клинической диагностики), но неужели уже есть нормативная документация и аккредитованные в РФ методики, принимающие идентификацию патогенов по МАЛДИ-фингерпринтингу ??
Я же приводил пример метод рекомендаций: МР 4.2.0089-14 Использование метода времяпролетной масс-спектрометрии с матрично-активированной лазерной десорбцией/ионизацией (MALDI-ToF MS) для индикации и идентификации возбудителей I-II групп патогенности.

7) Не поленился и прочитал все посты аффтара - туманные представления у чела о "родном" ему масспеке и, особннно, о ПЦР. Завхоз, менеджер.
Это то откуда взялось? Я не спрашивал вас о ПЦР, я задавал вполне конкретные вопросы по масспеку.

8) И еще, определитесь уже - или Вам нужно всё что живое и содержит ДНК характеризовать и искать, или типировать что-то конкретное, да еще с условием жизнеспособности, которое никакой МАЛДИ Вам не подтвердит, как и ПЦР tongue.gif , и кроме бак-посева или анализатора ничто не поможет.
А что тут не ясного. Вам же было сказано, что диагноз может быть поставлен при выделении чистой культуры, иными словами живой. Где вы увидели, что нам необходимо на маспеке выделять неживой антиген? Вопрос был: Здесь речь идёт о нескольких вариантах развития событий: 1) культура на агаре погибла. 2) культура инактивирована физическими или химическими методами. То есть культура в обоих случаях это отдельная чистая колония. Такая необходимость приходит в случаях работы с не долгоиграющими видами бактерий - гемофилы, гистофилюсы, эризопилотриксы и т.д. Я же указал, что речь идёт именно о культуре.

9) Просто ТС заявил, что он хочет выявлять одним махом всю микрофлору, видимо сам недопонимая, чего хочет.
Это вы в чём усмотрели? Почему вы путаете выявление (детекцию) с ИДЕНТИФИКАЦИЕЙ? Покажите мне где я указал данную необходимость? Я вам расписал механизм проведения диагностики - посеял для получения культур микроорганизмов - потом с помощью масспека каждую ИДЕНТИФИЦИРОВАЛ. Это мне начали говорить, что есть возможность за несколько тестов произвести идентификацию всего. Я попросил дать мне их.
ПРОШУ НЕ ПУТАЙТЕ ПОНЯТИЕ ВЫЯВЛЯТЬ И ИДЕНТИФИЦИРОВАТЬ.

10) И не надо сравнивать посевы и мазки с PCR. Вы сравнивайте MALDI и PCR.
Почему не нужно? Ясно же было сказано и неоднократно подчёркнуто, что малди необходим исключительно для видовой идентификации бактерий полученных в ходе микробиологического анализа. Посеял - получил чистую культуру - вместо наборов биохимической идентификации за 600 - 1000 рублей используешь масс спектрометрию.

Я конечно понимаю, что никто меня не хочет принимать всерьёз, но я это перетерплю.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.08.2017 21:48     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

--Вы говорите, что взять и происследовать один клинический или секционный образец на наличие бактериальных агентов целесообразнее именно в пцр так как он покажет всё, что есть в данном образце.

Если под ВСЕ понимается вся микробиота образца, то нет, не покажет, и никто этого не говорил. Это вы намекали что хотите такого, но такого обычно и не нужно. И если вы такое утверждаете вы плохо понимаете, что такое ПЦР. Если вы говорите о том, что если мы анализируем, какой-то штамм или вид. То да ПЦР может выявить и крайне малое его количество и мажорное. При чем оно вам еще может подсказать насколько его мало или много.

--В том числе живой, инактивированный и вакцинный антиген.
Живой, да. Инактивированный - да, но ПЦР может быть полуколичественным и количественным, как вы думаете может ли быть инактивированный микроб находится в наибольшем количестве в пробе и при этом быть основной причиной заболевания.

Вакцинный, да еще антиген, ПЦР не определяет в принципе(это иммунные методы могут). Это еще раз говорит о том что вы не очень хорошо понимаете, что такое ПЦР.

--Кроме того мы говорили о том, что поддерживаем и расширяем коллекцию. Поэтому получение чистой культуры это само собой разумеющиеся. Кроме того по вашей общей логике как образом должно происходить исследование? Может быть по следующей схеме? Поступил материал, мы его подготовили для пцр - провели пцр - получили результаты - поняли, что нам нужен какой то определённый изолят - отдали материал на микробиологию - произвели выделение кучи изолятов - начали идентифицировать эти изоляты. Согласитесь, что очень глупо. Так что не нужно говорить, что ваша методика подходит для этого случая.

Не путайте исследовательскую деятельность с клинической. То что вы описываете это исследовательская деятельность. А для исследовательской деятельности вам MALDI такой же помощник, как и ПЦР. Вы что думаете вам MALDI неизвестный штам определит и отнесет его к виду и роду, а заодно и устойчивость ко всем антибиотикам определит. Хрена лысого, он вам это сделает.

--Понятно что дешевле. Хорошо, а как мне узнать какой набор мне использовать в случае поступления в лабораторию материала с целью проведения комплексной лабораторной диагностики?

Не знаю как там у вас ветеринаров и врачей принято это называть анамнез, диагноз, результаты вскрытия, разве не указывают на происхождение болезни и ее возбудителя? Вряд ли вы будите искать лейкоз у коровы с сибирской язвой?

--Это вы в чём усмотрели?
Вот ваши слова:
Если кто либо способен подсчитать, какая будет стоимость выделения ВСЕХ жизнеспособных мо из одного клинического или секционного образца ПЦР, то буду благодарен. Но я уже уверен, что цена такого исследования будет весьма существенной, поэтому и интересовала реальная стоимость по расходке для малди.


--Почему не нужно? Ясно же было сказано и неоднократно подчёркнуто, что малди необходим исключительно для видовой идентификации бактерий полученных в ходе микробиологического анализа. Посеял - получил чистую культуру - вместо наборов биохимической идентификации за 600 - 1000 рублей используешь масс спектрометрию.

Потому что посевы никто не отменит ни ПЦР, ни MALDI, и сравнивать посев с этими методами поэтому нельзя. А вот использовать ПЦР и MALDI для идентификации можно и сравнивать их в этом смысле можно и нужно.



Допустим ваш диагноз и анамнез говорят о пяти вероятных возбудителях. Вы ставите ПЦР на все пять(500р) и выявляете один, как доминантный и основной и ответ у вас уже через 2,5 час. Во-первых у вас есть основной подозреваемый и вы можете начать с ним борьбу, еще до получения результатов анализа посевов, во-вторых вы можете резко сократить затраты на посевы. В третьих после посевов вы может использовать ПЦР уже для более узкой и точной идентификации штаммов после посевов(Одно важное условие. У вас должна быть довольно богатая база данных геномов микробиоты(например база данных вашей коллекции), но вы можете вовсю пользоваться базами данных генбанка и геномов, которые тоже содержат весьма богатый материал, собранный исследователями со всего мира). MALDI даст вам возможность определять, только те виды, которые есть в базе данных MALDI. насколько эти базы данных хорошо отражают микробиоту России большой вопрос. Я неоднократно сталкивался с тем, что одна и таже линия клеток позвоночных из разных коллекций не только морфологически различны, но имеет разную биохимию и генетически отличны (тому есть веские биологические причины, но это другая история) Микробиом вариабилен ибо смена поколений происходит быстро и порой штаммы одного вида отличаются биохимически и генетически друга от друга больше чем некоторые штаммы разных видов между собой. Где гарантия, что библиотека MALDI полученная на чужой коллекции будет надежно работать на нашей территории. Нет, таких гарантий. Где гарантия, что если штамм новый MALDI определит хотя бы его видовую принадлежность не говоря о родовой. А анализ результатов ПЦР и посевов могут выдать такую информацию.
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.08.2017 21:59     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

(MMM @ 14.08.2017 16:01)
Ссылка на исходное сообщениеГде это КДЛ сотню патогенов за 4 дня делает с резистентностью каждого из 100.  У нее и на полочке даже такого количества антибиотиков не наберется. Вы вообще о чем?

Да везде. Бакпосев - определение вида патогена (включая грибы) и антибиотикоустойчивость/чувствительность к препаратам (а здесь от ширины панели зависит). Неужели вы думаете, что врач пишет в направлении - "а найдите-ка мне здесь стафилококк"?

(MMM @ 14.08.2017 16:01)
Ссылка на исходное сообщение
И не надо сравнивать  посевы и мазки с PCR. Вы сравнивайте MALDI и PCR.

Малди - это всего лишь метод анализа. Культура подрощенная все равно должна быть. А при ее наличии не один ли фиг, чем анализировать?

(MMM @ 14.08.2017 16:01)
Ссылка на исходное сообщение
Скажите мне. Когда врач/ветеринар ставит диагноз  в скольки патогенах он обычно сомневается?  У него 100!!! кандидатов на подозрение в патогены? Это стандартная клиническая ситуация? Мне казалось обычно круг подозреваемых ограничен 2-3 вариантами, редко 5, 10 вариантов это запредел.

Да неужели? Врачу больше вот делать нечего, как перебирать варианты. Давайте я расскажу как оно присходит в реальной жизни - пациенту показана антибиотикотерапия, ему сразу исходя из клиники и опыта врача/клинфармоколога назначают антибиотик еще без всяких анализов и в этот же момент отдают на посев. А через 72 часа уже будет либо клинический ответ на назначенный (причем не раньше), либо понимание как и чем лечить дальше. И что будет, если ваш ПЦР из списка подозрений хотя бы через 72 часа не выдаст ответ? Перебирать дальше на ПЦР? А пациент подождет? А своего родственника вы по такой схеме бы рискнули лечить? Пусть недельку врач варианты поподбирает, а ты полежи с пневмонией.
Максимум что выбирает врач в самом начале при совете с клинфармокологом - это грамположительные или грамотрицательные давить. Угадывайте ПЦРом внутри этих групп, флаг в руки, как говорится.

(MMM @ 14.08.2017 16:01)
Ссылка на исходное сообщение
Вы думаете вы сдадите на MALDI чашку с колониями и они вам на следующий день выдадут описание до штамма каждой колонии с резистентностью? Очень сомлеваюсь.

Зря сомневаетесь. Как я и написал - вид определяется на следующий день, если попросить. Кстати, и без малди, просто 12-тичасовая культура. Резистентность подольше, само собой, с малди это уже не связано.
А грибы на мазке или что другое вам опытный цитолог через пять минут после получения стеклышка кажет.

Теперь понимаете, что вашему любимому ПЦР в реальной жизни места в КДЛ пока нет при таких характеристиках? Об этом вам и пытался написать ТС, но вы же все умные, вы же лучше врачей знаете, как лечить.

Сообщение было отредактировано avial - 14.08.2017 22:00

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.08.2017 22:06     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

(MMM @ 14.08.2017 19:48)
Ссылка на исходное сообщениеДопустим ваш диагноз и анамнез говорят о пяти вероятных возбудителях. Вы ставите ПЦР на все пять(500р) и выявляете один, как доминантный и основной и ответ у вас уже через 2,5 час. Во-первых у вас есть основной подозреваемый и вы можете начать с ним борьбу, еще до получения результатов анализа посевов, во-вторых вы можете резко сократить затраты на посевы.

Бред с самого начала. Нет никаких вероятных возбудителей. Из этой ложной предпосылки и все остальные выводы не имеют смысла. Вы у пациента с пневмонией на фоне химиотерапии каких вероятных возбудителей будете подозревать? Когда там клиника смазана химией так, что условно-патогенная даже иммунитетом не контролируется? Или у вас пациент - это идеальный случай из учебника с чистым фенотипом и с написанным на лбу диагнозом?

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.08.2017 22:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

--Бред с самого начала. Нет никаких вероятных возбудителей. Из этой ложной предпосылки и все остальные выводы не имеют смысла. Вы у пациента с пневмонией на фоне химиотерапии каких вероятных возбудителей будете подозревать? Когда там клиника смазана химией так, что условно-патогенная даже иммунитетом не контролируется? Или у вас пациент - это идеальный случай из учебника с чистым фенотипом и с написанным на лбу диагнозом?

А чем вы ему тогда поможете?
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.08.2017 22:22     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

--Да везде. Бакпосев - определение вида патогена (включая грибы) и антибиотикоустойчивость/чувствительность к препаратам (а здесь от ширины панели зависит). Неужели вы думаете, что врач пишет в направлении - "а найдите-ка мне здесь стафилококк"?

100 видов??? Давайте я завтра в СЭС зайду спрошу? Определят ли они мне 100 видов?
--И что будет, если ваш ПЦР из списка подозрений хотя бы через 72 часа не выдаст ответ?

И что будет если даст через 3 ч? И почему вы уверены что посев даст результат через 72 часа. Вон в Германии дрянь какую-то с огурцов так и не выделили и не идентифицировали.

-Как я и написал - вид определяется на следующий день, если попросить.
Жаль, но я не могу этого проверить. Но мой опыт работы на MALDI показывает, что если геном отсутствует в базе данных и нет базы спектров - MALDI бессилен.
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.08.2017 22:34     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

(MMM @ 14.08.2017 20:22)
Ссылка на исходное сообщениеА чем вы ему тогда поможете

Антибиотиком широкого спектра спектра действия с одновременным бакпосевом. Который и грибы покажет в том же анализе, если что. Я же это написал уже?

(MMM @ 14.08.2017 20:22)
Ссылка на исходное сообщение
100 видов??? Давайте я завтра в СЭС зайду спрошу? Определят ли они мне 100 видов?

Все клинически значимые. Сколько ПЦР надо будет ставить хотя бы для такого результата?

(MMM @ 14.08.2017 20:22)
Ссылка на исходное сообщение
И что будет если даст через 3 ч? И почему вы уверены что посев даст результат через 72 часа. Вон в Германии дрянь какую-то с огурцов так и не выделили и не идентифицировали.

Вы правда с таким подходом собираетесь пациентов лечить? А что будет "если"? Вы понимаете, что те, кому ответа ПЦР не даст - тоже люди. И тоже хотят жить? Бакпосев ничего не гарантирует, но он хотя бы не заставляет врача перебирать. А поставить ПЦР и потом мучится тем, что не угадал с выбором предполагаемого патогена - вам не кажется, что предлагаемый метод должен упрощать диагностику, а не усложнять ее?

(MMM @ 14.08.2017 20:22)
Ссылка на исходное сообщение
-Как я и написал - вид определяется на следующий день, если попросить.
Жаль, но я не могу этого проверить. Но мой опыт работы на MALDI показывает, что если геном отсутствует в базе данных и нет базы спектров - MALDI бессилен.

А малди тут вообще не причем. Хотя с ним быстрее.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 14.08.2017 22:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

МММ Я дико извиняюсь, но как я понимаю вам плевать о чем спорить, лишь бы не молчать. Я заметил, что вы отрицаете свои предыдущие доводы.

Если под ВСЕ понимается вся микробиота образца, то нет, не покажет, и никто этого не говорил.

ВОТ ВАШЕ БОЛЕЕ РАННЕЕ СООБЩЕНИЕ.

Если вы хотите проскринировать все и получить наиболее полную картину, то проще и дешевле чем ПЦР будет поставить NGS(которое на первом этапе, все равно использует ПЦР). Тогда вы фактически получите обширнейшую библиотеку по микробиоте образца за цену от 150000 до 500000р и вы будете приятно/или неприятно поражены сколько всего там увидит секвенатор, о чем вы никогда и не подозревали раньше.

По поводу: Вакцинный, да еще антиген, ПЦР не определяет в принципе(это иммунные методы могут). Это еще раз говорит о том что вы не очень хорошо понимаете, что такое ПЦР.

Вы меня вообще насмешили. Давайте по порядку. Что такое вакцинный антиген? Это выращенный (чаще всего глубинным методом) штамм микроорганизмов, прошедший инактивацию, объединение с адъювантом и консервантом препарат. Т.Е. основная часть этого препарата состоит именно из инактивированного микроорганизма. Конечно есть маслянные препараты в которых объём адъюванта доходит до 70%. Но вы указывате на то, что пцр поймает всё в маленьком объёме и поймает инактивированный антиген.

Кроме того, серологические методы диагностики чаще всего ориентированы не на антиген, а на антитела. Исключением можно считать сендвич вариант ифа, но в ветеринарии я их не встречал.

А при ее наличии не один ли фиг, чем анализировать?
Без проблем, я же писал, что мы иногда заказываем секвенирование. Но это лишь для патентного депонирования.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 14.08.2017 23:21     Сообщение для модератора         Личное письмо

Сто лет существовал масспек и,слава богу, наконец-то начали приспосабливать под идентификацию мо. Осталось теперь научить микобактерии ускоренными темпами размножаться чтобы одновременно со стрептококками успевали красиво вливаться в общий поток "ионизации".
Извините, если есть чистая культура под рукой, ее и дурак идентифицирует! О чем речь, что с чем сравнивается?

Если есть такое боевое задание, тогда канешна надо пилить, Шура, но долго и упорно. lol.gif
https://www.youtube.com/watch?v=RlWv2qrUGI4
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.08.2017 00:16     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

--Все клинически значимые.
Что-то буквально чуть выше вы утверждали, что клиническая картина значения не имеет.
И это бред и смотреть надо всегда все подряд.

-Ссколько ПЦР надо будет ставить хотя бы для такого результата?

Какого конкретно результата. Сколько родов и видов надо выявить при посеве к примеру от инфекционной пневмонии. 5, 50, 500, 50000? Не надо довать точный ответ приведите оценочное количество. Скажем 20-25 видов, а 150 уже не имеет смысла, потому что это будет пустая трата времени и реактивовов. Это ж ПЦР тут нужно назвать реальную цифру. А не гипотетическую или такую, которую хотелось бы, что бы выяснить всю реальную и гипотетическую экологию микробиоты на данной пробе.

--А поставить ПЦР и потом мучится тем, что не угадал с выбором предполагаемого патогена - вам не кажется, что предлагаемый метод должен упрощать диагностику, а не усложнять ее?

А он ее упрощает. Зачем мучаться? Поставили вы ПЦР на 5 патогенов и он не дал вам ответа. Уже не плохо 5 патогенов можно исключить. Следующий ПЦР можно поставить на 20 новых патогенов. Вопрос к вам какова вероятность, что если выбор патогенов делать обосновано из клинически значимых видов, что результат будет нулевым? И вот вы потратили 5-7 часов 2500р и имеете ответ о 25 видах.
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.08.2017 00:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Клинически значимые - это не связанные с клиникой конкретного пациента, а способные в принципе вызывать заболевания. И для стационара это оппортунистические инфекции в том числе.
Поэтому да, список очень и очень немаленький.

Конкретный результат - это ЧТО выросло и ЧЕМ точно не надо лечить. Врача не волнует, сколько там может быть родов и видов при пневмонии. Он хочет знать как лечить пациента, просто назначив бакпосев. ПЦР может обеспечить сравнимый с текущим уровнем результат? Нет. Никто не будет перебирать и угадывать - вы просто зайдите в любое отделение, посидите около врача полдня и все поймете. Вы думаете у врача один пациент? Их 10-15 сразу и надо каждому помнить, какой этап анализа назначен, положительный он или нет, надо ли угадывать следующие 20 патогенов? Заняться больше врачу нечем?

А в лаборатории еще и полностью менять логистику, сохраняя пробы ДНК для повторных анализов.
Революционеры хреновы. А потом врачи с учеными связываться не хотят - наслушаются вот таких откровений. Либо вы встраиваете свой метод в текущую диагностическую цепочку, либо он нахер никому не нужен. Увы, каким бы он отличным не был. У вас просто банально нет ресурсов, чтобы эти самые диагностические цепочки менять. И чем быстрее это поймут наши ученые - тем быстрее будет меняться эта неприятная цифра в 95% импорта.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.08.2017 00:56     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

- Поэтому да, список очень и очень немаленький.
Какой не маленький дайте конкретную оценку иначе не от чего отталкиваться.
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.08.2017 01:26     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

-- ПЦР может обеспечить сравнимый с текущим уровнем результат?
Во-первых я не знаю, потому что вы не даете данных, на которых можно было бы сделать такую оценку. Во-вторых я нигде не утверждал, что посевы можно заменить ПЦР. В-третьих даже если вы правы ваши доводы не выглядят убедительно.

-- ВОТ ВАШЕ БОЛЕЕ РАННЕЕ СООБЩЕНИЕ.
И где там написано, что ПЦР можно вскрыть всю микробиоту. Там написано что NGS можно вскрыть микробиоту, а это совсем не тождественные методики. И дальше там написано, что для клинических исследований, такая информация избыточна.

--Вы меня вообще насмешили. Давайте по порядку. Что такое вакцинный антиген?

Антиген вакцинный или не вакцинный - это молекула, а не микроорганизм,, вызывающая имунный ответ и выработку антител против этой самой молекулы. В подавляющем большинстве случаев ДНК не является антигеном. То что для вакцин и создания искуственного иммунитета исользуют целостные микроорганизмы( ибо технологическеи и методологически так проще и надежнее), еще не значит, что этот самый микрорганизм и есть антиген - он всего лишь его носитель. ПЦР конечно может обнаружить ДНК, которая была в вакцине, если вакцинация была недавно и если забор пробы был из той части организма через, которую вводилась вакцина. А так организм просто деградирует все содержимое вакцины, и я думаю, довольно быстро срок исчисляемый несколькими сутками и от вакцины не останется ничего кроме клеток памяти иммунитета и антител, которые можно будет обнаружить имунными методами, а вот ПЦР ничего необнаружить.
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.08.2017 01:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

-,А малди тут вообще не приче,м. Хотя с ним быстрее.
А че 'мы тогда здесь обсуждам.
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.08.2017 01:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Смотрим ту же инвитру только лишь на пневмонию:
H. influenzae, S. pneumoniae и M. catarrhalis, грамотрицательные бактерии семейства Enterobacteriaceae, P. aeruginosa, S. aureus (включая MRSA), S. pyogenes, Acinetobacter sp., грибы рода Candida.
Дополняем УПМками для легкого:
Prevotella spp., Fusobacterium spp., Klebsiella spp., Pseudomonas spp., Prevotella spp., C.psittaci, C.pneumoniae - легионеллу и прочую экзотику не включил, но она ведь тоже может быть?

Как там, ПЦРке еще не поплохело? И это только лишь по одному заболеванию, добавляем горло, желудок, кишку, половые органы, любой гнойный очаг - каждый даст еще 10-20 своих микробов/грибов.
А самое смешное, что ПЦР-то должна быть количественная, надо точно установить соотношения между выявляемыми патогенами, а это либо калибраторы, либо свой софт - не будет же лаборант в экселе пороговые циклы считать? Потому что истинный возбудитель может быть только один, ответ надо давать в привычных врачу единицах.
А если объектом была не мокрота, а лаваж - предлагаете еще раз бронхоскопию сделать для очередного анализа? А сколько она стоит - знаете? Особенно с седацией? С побочкой знакомы? Много уже наэкономили на ПЦР? А может еще пару раз пункцией слазим в абсцесс? Это же так весело - в живого человека тыкать. И сами процедуры ничего не стоят, как и время, и работа врача? Особенно если вспомнить, что реальная стоимость самого первого анализа - менее 1000 рублей. Сейчас лень лезть в тарифы ОМС.

Извините, что немного резок, но вы даже представления не имеете о реальной больничной деятельности, но взялись поучать топикстартера. Он же вас не учит на ваших масс-спектрах работать. Может стоит догадаться, что и он о своей работе знает немного больше вас и не нуждается в советах типа "масс-спектр херня, разрабатывай ПЦР"?

Сообщение было отредактировано avial - 15.08.2017 01:36

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник оффлайн! X34




 прочитанное сообщение 15.08.2017 01:51     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

я вот тут уже пару дней наблюдаю интеллектуальную дуэль в этой ветке и мужественно не встреваю. хотя повод есть. специально для ТС история из реальной жизни. не вдаваясь в подробности в двух словах было так:
коллеги микробиологи очень хотели спектры кой-каких белков из е коли выделенной вот прям из пардон говна человека разумного. не вопрос сказали мы, несите, счаз форез двумерный прогоним, сколем и на масс-спек. поставили, скололи, затрипсинили и сняли спектры. а они не ищутся епт!!! ну мы ж умные, думаем нам и правда е палку дали и искали только через нее в маскоте. в итоге выясняется что это не палка вовсе а какой-то бактеройдес, спектры легли с заоблачными скорами. ну мы и у коллег так осторожно интересуемся, а как вы кишечную палку свою идентифицировали, а они в ответ на голубом глазу отвечают, что мол биотайпер нам всю правду сказал.
вот и вся история с ответом топикстартеру

Сообщение было отредактировано X34 - 15.08.2017 01:51

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): sceptique
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.08.2017 08:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Пару раз лазить в организм не надо с одной пробы можно поставить несколько десятков ПЦР. Я так насчитал пока менее 50 видов по вашей оценке. При чем я так понял вы выбрали в качестве примера не самый тривиальный случай. Так что ПЦР ке не поплохело.
Ну, да, количественная, все количественные, да и не количественные, наборы содержат стандарты - обычно в виде плазмиды.

Да, и все таки напомню, что я не утверждаю, что ПЦР должна заменить посев. А топик стартер вообще интересовлся методом идентификации после рассева, который мог бы заменить биохимию.

Сообщение было отредактировано MMM - 15.08.2017 08:07
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 15.08.2017 11:19     Сообщение для модератора         Личное письмо

Ха-ха, ПЦР не поплохело, а наоборот, стало хорошо аж до пяток. smile.gif
Авиал, Вы отстаете от жизни!
О лаборантах, екселе, калибраторах и всякой муре "количественные должна быть" ничего говорить не буду.
Меня удивляет Ваша забота о врачах и как Вы уводите обсуждение от основной темы.
Я понимаю, Вы думаете о своем наболевшем и пытаетесь заодно обсудить с текущей теме. Открывайте свою тему вперед и вверх! Не хотел подсказывать, сами напросились.

Масспек как детектор, особенно в сочетании с HPLC - грандиозный инструмент для более тонкого исследования молекул любого заряда и массы, в том числе вновь синтезированных. Но опускать его до уровня школьного микроскопа - это, я бы сказал, криминал!
Деньги пилят, а дурачки на научных форумах это обсуждают. Фу, гадость mad.gif
Пардон.

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): X34, sceptique
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.08.2017 11:40     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

(MMM @ 15.08.2017 06:04)
Ссылка на исходное сообщение  Пару раз лазить в организм не надо с одной пробы можно поставить несколько десятков ПЦР.

Еще раз повторяю - любое изменение существующего порядка вещей - у вас жизни не хватит внедрить эти новшества. Либо встраиваетесь в то, что есть, либо продолжаете мечтать на форумах)

(MMM @ 15.08.2017 06:04)
Ссылка на исходное сообщение
Я так насчитал пока менее 50 видов по вашей оценке. При чем я так понял вы выбрали в качестве примера не самый тривиальный случай. Так что ПЦР ке не поплохело.
Ну, да, количественная, все количественные, да и не количественные, наборы содержат стандарты - обычно в виде плазмиды.

Аа, так есть наборы хотя бы на перечисленный мной список? И что из себя будет анализ представлять для одного пациента? 50 штук ПЦРок? А если образцов 20 в день придет? В баклабе будет стоять 20 чашек на столе, а в ПЦР? Лаборанты в мыле будут ставить сотни пробирок? Или квантстудио 12к с опенэррем купим примерно за половину стоимости биотайпера?


(MMM @ 15.08.2017 06:04)
Ссылка на исходное сообщение
Да, и все таки напомню, что я не утверждаю, что ПЦР должна заменить посев. А топик стартер вообще интересовлся методом идентификации после рассева, который мог бы заменить биохимию.

Ну а тогда зачем она вообще нужна, если еще и посев не заменять? Еще один лишний и совсем не очевидный инструмент?

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.08.2017 11:48     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

(-Ъ- @ 15.08.2017 09:19)
Ссылка на исходное сообщение  Ха-ха, ПЦР не поплохело, а наоборот, стало хорошо аж до пяток. smile.gif

Могу на что угодно поспорить, что в том виде и для тех целей, как упоминается здесь в теме, ПЦР при нашей жизни в КДЛ не придет. В виде НЖС на одномолекулярниках - возможно, но не ПЦР.

(-Ъ- @ 15.08.2017 09:19)
Ссылка на исходное сообщение
Меня удивляет Ваша забота о врачах и как Вы уводите обсуждение от основной темы.
Я понимаю, Вы думаете о своем наболевшем и пытаетесь заодно обсудить с текущей теме. Открывайте свою тему вперед и вверх! Не хотел подсказывать, сами напросились.

Я о себе забочусь. Очень неприятно, знаете ли, переубеждать врачей после общения с коллегами. Смотрят как на дебила. И не без оснований, надо заметить.
Вот только из недавнего одной из наших многоуважаемых биотех фирм на конференции врачам в ответ на их просьбу дать то, что нужно им, было заявлено, что они ничего не понимают и надо брать, что дают великие ученые. Вы как думаете, как далеко эту фирму послали? А потом ходят друг на друга обижаются.

(-Ъ- @ 15.08.2017 09:19)
Ссылка на исходное сообщение
Масспек как детектор, особенно в сочетании с HPLC - грандиозный инструмент для более тонкого исследования молекул любого заряда и массы, в том числе вновь синтезированных. Но опускать его до уровня школьного микроскопа - это, я бы сказал, криминал!

А речь уже вообще не о массспеке, а о легкости внедрения новых методик. 3 рубля и раз плюнуть.

Сообщение было отредактировано avial - 15.08.2017 11:52

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 15.08.2017 12:58     Сообщение для модератора         Личное письмо

(avial @ 15.08.2017 12:48)
Ссылка на исходное сообщение  
А речь уже вообще не о массспеке, а о легкости внедрения новых методик. 3 рубля и раз плюнуть.

Я об этом уже писал, что себестоимость ПЦР тоже приближается к минимуму.
А простота в работе типа Директ-ПЦР и "просто добавь ДНК" - это фантастика в экономии рабского лаборантского труда, на порядок.
Кстати, на ПЦР свет клином не сошелся - многое можно заменить изотермическими реакциями, и значит высвобождается ресурс циклеростроения smile.gif , необходимый для более рационального развития...
Да, признаю, что культуральный метод, как золотой стандарт СРАВНЕНИЯ, тоже надо развивать, но не через одно место!
С врачами "общался" вдоволь в свое время, и теперь я их ненавижу, мрак... не буду отвлекаться. Возможно, я бы тоже им также ответил.
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 15.08.2017 13:28     Сообщение для модератора         Личное письмо

(AlexLai @ 14.08.2017 20:49)
Ссылка на исходное сообщение 
10) И не надо сравнивать посевы и мазки с PCR. Вы сравнивайте MALDI и PCR.
Почему не нужно? Ясно же было сказано и неоднократно подчёркнуто, что малди необходим исключительно для видовой идентификации бактерий полученных в ходе микробиологического анализа. Посеял - получил чистую культуру - вместо наборов биохимической идентификации за 600 - 1000 рублей используешь масс спектрометрию.

...за 50 млн. руб lol.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 15.08.2017 13:33     Сообщение для модератора         Личное письмо

Ребята, если хотите чтобы вас услышали, пишите коротко и ясно.
На профессиональном форуме эти портянки не все читают. По себе сужу. yes.gif
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.08.2017 13:34     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

--Аа, так есть наборы хотя бы на перечисленный мной список?
Это самый актуальный вопрос. На которм вы можете сшибить всех адептов ПЦР.
Я и Ъ придерживаемся мнения что даже если их нет, никаких препятствий их изготовить в довольно короткие сроки и за небольшие деньги нет sceptique и вы считатет, что это не или не всегда так, если быть более объективным. Я на самом деле в этой области не имею достаточного опыта что бы уверенно что-то утверждать это просто моя оценка на основании моего опыта работы с ПЦР.

-- А если образцов 20 в день придет? В баклабе будет стоять 20 чашек на столе, а в ПЦР? Лаборанты в мыле будут ставить сотни пробирок?
Да нет это не проблема вы все передергиваете. И насчет 20 чашек их будет отнюдь не 20 а больше сотни потому что культуру нужно раститровать и посеять на селективные среды а потом еще и на аналитические среды. И насчет мыла я уже десять лет рассказываю историю про то как в ПЦР диагностике две лаборантки ставят 800проб в день и уходят с работы в 3 ч дня, и третья с 3 до 5 часов видит эти пробы на форезе.
Я наблюдаю это в течении 10 лет. При чем начиналось это на 4 терциках с маслом в пробирках, сейчас это с горячими крышками делают.
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.08.2017 13:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

--Ну а тогда зачем она вообще нужна, если еще и посев не заменять? Еще один лишний и совсем не очевидный инструмент?

Во первых он быстрее, во вторых он если работает, то более надежный. Вам уже тут намекали, что посевной метод тоже не безгрешен , а также имеет свои ограничения. И наконец если рассев дополнить генетической идентификацией это сильно увеличивает надежность и результативность анализа.
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.08.2017 14:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

(-Ъ- @ 15.08.2017 11:28)
Ссылка на исходное сообщение  ...за 50 млн. руб lol.gif

Ну оне как бы считают, что им по гранту какому его купят. Поэтрму, он типа бесплатный.
допустим.
но вот почему никого не волнуют трудозатраты и затраты на эксплуатацию, а там только регулярное то в круглую сумму обойдется, доя меня вопрос.... ох уж эта русская экономика.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): metrim
Сантехник
IP-штамп: frFnJIvk9KWQk
гость



 прочитанное сообщение 15.08.2017 16:47     Сообщение для модератора       

Посев крови на стерильность: аэробную / анаэробную микрофлору/ грибы с последующей идентификацией и определением чувствительности к антибиотикам (Используется оборудование: «Bactec» Bact/alert,; MALDI-TOF MS; VITEC

1,550 р.

Посев центрального венозного катетера (ЦВК): определение м/о количественным методом, идентификация бактерий до вида - MALDI-TOF MS,идентификация дрожжевых и плесневых грибов до вида, определение чувствительности- VITEC.

900 р.

Посев биоптатов: микроскопическое исследование с окраской по Граму, Цилю-Нильсену, люминесцентная микроскопия на грибы,идентификация бактерий до вида - MALDI-TOF MS,идентификация дрожжевых и плесневых грибов до вида, определение чувствительности

1,430 р.

http://fnkc.ru/fnkc/index.jsp?load=med_price&id=450

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): metrim
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.08.2017 21:30     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Ну вот мы опять и пришли к необходимости разработки и изготовления ПЦР-наборов. А кто это должен делать - врач? А зачем это ему, если есть уже готовые методы?
Я не сомневаюсь, что сделать можно все, в том числе и изотермалку (даже мультиплексную, удобную и сразу из образца без выделения) на кучу микробов. Вот только этим, во-первых, явно должен голову забивать себе не врач, а во-вторых, разработка - это только начало внедрения, потом нужно долго и нудно доказывать, что результаты ПЦР как минимум не сильно расходятся с результатами стандартных методик.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 16.08.2017 09:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

--Ну вот мы опять и пришли к необходимости разработки и изготовления ПЦР-наборов.
А мы от нее никуда не уходили.
--А кто это должен делать - врач?
Конечно лечащий врач или врач-микробиолог эти заниматься не должен, но есть еще врачи исследователи. Есть биологи, есть генетики.
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 16.08.2017 12:18     Сообщение для модератора         Личное письмо

(avial @ 15.08.2017 22:30)
Ссылка на исходное сообщение  Ну вот мы опять и пришли к необходимости разработки и изготовления ПЦР-наборов. А кто это должен делать - врач? А зачем это ему, если есть уже готовые методы?
Я  не сомневаюсь, что сделать можно все, в том числе и изотермалку (даже мультиплексную, удобную и сразу из образца без выделения) на кучу микробов. Вот только этим, во-первых, явно должен голову забивать себе не врач, а во-вторых, разработка - это только начало внедрения, потом нужно долго и нудно доказывать, что результаты ПЦР как минимум не сильно расходятся с результатами стандартных методик.

Ну это уже истерика no.gif . Много трещите, уважаемый, плохой Вы танцор. no.gif
Наборы есть, тем более на актуальные позиции, а долго, дорого и нудно работают отстойные некомпетентные и просто неграмотные. Единственное проблема - просто нет "стандартных" методик, как Вы сказали, с чем бы новинки можно было сравнивать. Нет их в природе!
Есть к китам РУ, патенты, ТМ, оригинальный формат, годы хранения при комнатной температуре и т.д. ну что еще надо для полного счастья smile.gif . И не надо тут голову морочить людям какие мы несчастные да убогие. mad.gif

Масспеки не покупаются на частные деньги (я бы не купил и даже не принял бы в дар tongue.gif ), их покупают на бюджетные или благотворительных фондов (ссылка на посте Сантехника) деньги, а обслуживание такого оборудования - тоже халява. И представьте себе желание при "себестоимости 3 рубля" делать на этом оборудовании коммерч.исследования по 5000 руб.! Деньги понятное дело не в бюджет возвращаются.С NGS ситуация еще хуже.
Почему такое происходит - тема не этой ветки, лучше в Беседу.
guest: Влад
IP-штамп: frIWpW8./DJ8.
гость



 прочитанное сообщение 16.08.2017 18:53     Сообщение для модератора       

А, что не так? Вам привели стоимость исследование за указанную сумму нализов с использованием maldi tof ms, с учётом видовой идентификации. 


-ь- вы способны провести аналогичное исслндование за аналогичную сумму. тем более я не заметил, откуда вы взяли сумму в 50 млн. Тс обозначал 29.
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.08.2017 08:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

(-Ъ- @ 16.08.2017 10:18)
Ссылка на исходное сообщение  
Наборы есть, тем более на актуальные позиции, а долго, дорого и нудно работают отстойные некомпетентные и просто неграмотные. Единственное проблема  - просто нет "стандартных" методик, как Вы сказали, с чем бы новинки можно было сравнивать. Нет их в природе!

Да ладно? А сейчас КДЛ, видимо, на кофейной гуще гадает? Какие новинки, вы сначала хотя бы озвученный список покажите. Начните с малого. Мне рассказывать, как космические корабли бороздят просторы лабораторий, не надо, я не врач, не куплюсь на такое.
Нет готовых наборов на весь необходимый спектр патогенов и прям завтра не будет. А врачу надо завтра. Сделать можно, но ведь речь не об этом?

(-Ъ- @ 16.08.2017 10:18)
Ссылка на исходное сообщение 
Есть к китам РУ, патенты, ТМ, оригинальный формат, годы хранения при комнатной температуре и т.д. ну что еще надо для полного счастья smile.gif . И не надо тут голову морочить людям какие мы несчастные да убогие. mad.gif

Ну хорошо, берем первую попавшуюся статью по малди - сравниваются биотайпер и витек. В базе около 1000 микробов, чувствительность выше 80%, специфичность выше 90% (на память). Покажете аналогичные результаты ПЦР на том же списке? С РУ.
И да, обвинять витек (производителя баканализаторов) в том, что он фигню с малди сделал - ну как минимум не сильно умно. Уж у них-то явно была возможность сделать метод, сравнимый с их основной продукцией. Пусть дань моде, но я сейчас только о технических характеристиках.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник онлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 17.08.2017 15:00     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

(avial @ 17.08.2017 09:36)
Ссылка на исходное сообщение  Да ладно? А сейчас КДЛ, видимо, на кофейной гуще гадает? Какие новинки, вы сначала хотя бы озвученный список покажите. Начните с малого. Мне рассказывать, как космические корабли бороздят просторы лабораторий, не надо, я не врач, не куплюсь на такое.
Нет готовых наборов на весь необходимый спектр патогенов и прям завтра не будет. А врачу надо завтра. Сделать можно, но ведь речь не об этом?
Ну хорошо, берем первую попавшуюся статью по малди - сравниваются биотайпер и витек. В базе около 1000 микробов, чувствительность выше 80%, специфичность выше 90% (на память). Покажете аналогичные результаты ПЦР на том же списке? С РУ.
И да, обвинять витек (производителя баканализаторов) в том, что он фигню с малди сделал - ну как минимум не сильно умно. Уж у них-то явно была возможность сделать метод, сравнимый с их основной продукцией. Пусть дань моде, но я сейчас только о технических характеристиках.

Если Вы не врач - почему говорите за них? mad.gif
Когда речь идет о часах (роды, сепсис, перитонит, зараженная глубокая и запущенная рана, фурункул периходящий в сепсис - к примеру), то Вам Ваши МАЛДИ поверх высева на чашки 1-3-дневного даже за все отданные назад государству откаты с французов не помогут.

А нормальный инфекционный мультиплекс по схеме, описанной, Ъ, может через 3 часа уже дать как предварительную инфу о патогене, так и об его а/б устойчивости. Поскольку белки а/б устойчивости и факторы патогенности (по генам) распознать для врача важнее, чем определить у какого они патогена на борту.

Коров же и собак со свиньями лично мне не жалко - пусть олигархи-скотоводы и птичники в своих хозяйствах развлекаются с МАЛДИ как хотят. Первая же их повальная эпидемия с этими "анализами", не попавшими в библиотеки распознавания - колосальные убытки - и придётся кое-кому драпать во францию, к своим откатам. Потому что в ветеринарии с прибылями не шутят.

Сообщение было отредактировано sceptique - 17.08.2017 15:04

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 20.10.17 15:25
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft