Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* MALDI-TOF, идентификация бактерий
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 11.08.2017 10:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #51 множественное цитирование

Чем же он не честный? Мы говорим о реальной ситуации.
По поводу постановки диагноза по клинической картине, вы уверены что правы? Диагноз на заболевание устанавливается на основании эпизоотических данных, клинических признаков и результатов патологоанатомического исследования, окончательный диагноз устанавливается на основание результатов лабораторной диагностики. И прошу обратить внимание, что лаборатория не во всех случаях устанавливает сама диагноз, так как ей не известны необходимые данные, мы проводим анализ поступивших образцов, данные которого использует ветеринарный специалист предприятия. Диагноз может быть установлен в лаборатории если речь идёт о выделении особо опасных возбудителей, или возбудителей вызывающих определённые нозологические единицы.

Каким образом по вашему мнению врач применяет антибиотики в медицинской практике без их подтитровки? (Как я понимаю написав про дифтерию и скарлатину вы имели ввиду именно медицину).

Кроме того, почему вы переиначили моё раннее сообщение? (Как я понимаю все больше ориентированы на вирусологические исследования, в случае которых использование пцр позволяет поставить диагноз.) В чём я не прав? Вот доказательство: Методические указания по диагностике лейкоза крупного рогатого скота. Диагноз на лейкоз можно поставить посредством пцр. Примеры могу привести ещё.
По поводу серологических методов диагностики я не отрицаю их диагностическую значимость, но речь шла не о них.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 11.08.2017 10:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #52 множественное цитирование

Кроме того, расписывая все преимущества пцр, никто не захотел отвечать на вопрос:

Если кто либо способен подсчитать, какая будет стоимость выделения ВСЕХ жизнеспособных мо из одного клинического или секционного образца ПЦР, то буду благодарен. Но я уже уверен, что цена такого исследования будет весьма существенной, поэтому и интересовала реальная стоимость по расходке для малди.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник онлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 11.08.2017 10:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #53 множественное цитирование

(metrim @ 11.08.2017 01:34)
Ссылка на исходное сообщение  Пардон за дилетантский вопрос: ну а если вроде последовательности и 16S и факторов патогенностей вроде известны, отчего чипы с нуклеотидными зондами не являются еще удовлетворительным решением для данной задачи?

У чипов, печатаемых сейчас, очень высокий процент брака диагностических точек. Там 15% (это лучшее из того что есть) точек получаются бракованными. Поэтому обычно нужно несколько чипов для верификации. Себестоимость - низкая, допускается полная автоматизация анализа, но проблемы с надёжностью диагноза. При этом если мы говорим о методе первичного экспресс-скрининга - то они уже являются удовлетворительным решением для данной задачи. Как и экспресс-иммунологические панели. Если сеять негде, и физически нет возможности ни ждать 2-3 дня, ни возиться - то ДНК и иммуночипы просто в повторности делают и ставят диагноз.
Участник онлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 11.08.2017 10:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #54 множественное цитирование

(AlexLai @ 11.08.2017 11:32)
Ссылка на исходное сообщение
Если кто либо способен подсчитать, какая будет стоимость выделения ВСЕХ жизнеспособных мо из одного клинического или секционного образца ПЦР, то буду благодарен. Но я уже уверен, что цена такого исследования будет весьма существенной, поэтому и интересовала реальная стоимость по расходке для малди.

Вы как-то странно мыслите.
Какова себестоимость обогащения 1г оружейного плутония из урановой руды? Я вот тоже уверен, что она будет весьма высока.
Но из этого совершенно не следует, что плутоний никому будет этот не нужен, и что МАЛДИ - хороший метод экспресс анализа патогенов в ветеринарии.

Сообщение было отредактировано sceptique - 11.08.2017 10:37
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 11.08.2017 10:53     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #55 множественное цитирование

Вы можете просто ответить на мой вопрос без приведения неясных аналогий? Цена 2, 3, 4, 5 тысяч рублей или сколько?

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник онлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 11.08.2017 11:12     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #56 множественное цитирование

А Вы можете просто не спрашивать вопросы на которых нет ответа? Вы объясните, с какой целью Вы интересуетесь? Чтобы обосновать что МАЛДИ лучше и дешевле?

Вам уже тут написали, и это правда, что культиваторы и анализ посевов действительно дороже в пересчете на 1 мл непонятно чего, чем МАЛДИ. Хотя и они, и МАЛДИ иногда будут ошибаться, пропуская причинные патогены. Первые - по причине некультивируемости какого-то редкого патогена на имеющихся средах, второй - по причине непопадания патогена в хиты библиотек или низкой чувствительности анализа.

МАЛДИ - это никому не нужное дорогое прошлое. Я бы его себе сейчас покупать не стал бы ни за какие откаты и проценты. Либо - NGS-скрининг библиотеки, выделенной из 1 мл неважно чего с поиском по подключаемой библиотеке хитов, либо старый и дорогой, но автоматизированный, посев и бак-анализатор. Эти два метода способны в комбинации закрыть всю поляну того, что Вам может попасться. И Вы не пропустите ни следовые титры опасных патогенов, ни то, чего еще нет в геномных библиотеках (что можно будет выделить в бак-анализаторе, вытащить, выделить тотальную ДНК, секвенировать её и дополнить свою поисковую библиотеку NGS). А производители МАЛДИ пусть в своих странах впаривают эту свою замену всему.

Сообщение было отредактировано sceptique - 11.08.2017 11:12
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 11.08.2017 11:23     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #57 множественное цитирование

(AlexLai @ 10.08.2017 22:48)
Ссылка на исходное сообщение  -Ъ-
Кроме того я уверен, что молекулярно генетические методы при использовании для диагностики бактериальных инфекционных патологий будут экономически не выгодны.

Если кто либо способен подсчитать, какая будет стоимость выделения ВСЕХ жизнеспособных мо из одного клинического или секционного образца ПЦР, то буду благодарен. Но я уже уверен, что цена такого исследования будет весьма существенной, поэтому и интересовала реальная стоимость по расходке для малди.

Странная у Вас уверенность в "экономической невыгодности" . confused.gif Я уже писал, что себестоимость по расходке ПЦР китов при масштабировании приближается к 3 руб. Другое дело рыночная стоимость, которая в последние годы неадекватно резко пошла вверх. Но это из другой оперы про монополизм и любовь к ... smile.gif
Нужно быть не знаю кем чтобы ставить 100 реакций на все известные стрептококки confused.gif Кому такая инфа нужна и какие образцы при этом анализируются confused.gif патогенные с непатогенными в куче!
В исследовании определяется стратегия, направленная для извлечения максимума полезной инфы при минимальных затратах, и 100 реакций никто не ставит только чтобы выдать "на гора". no.gif Другое дело если барин этого желает. smile.gif
На Вашем месте я, как частник до..., сделал бы так на примере стрептококков:
1. Одна реакция на Strep. spp., т.е. на весь род! Умные люди в этом направлении уже работали, наверняка, можно доработать с учетом вала инфы за последние годы.
2. Группоспецифические реакции (не помню сколько их там - А,В ...) - это связь заболеваниями и тд.
3. Можно на отдельные виды из групп, наиболее часто встречаемые, как я и делаю.
4. По непатогенным тоже можно пару реакций поставить. если надо.
Итого не более 10 последовательных реакций и масса полезной инфы. umnik.gif
А если делать по 3-4 реакции в одной пробирке по все каналам - это ващеее!

На этом прощаюсь, как никогда целую портянку накатал smile.gif .
Скептика и МММ не слушайте - теоретики они по ПЦР, понимаете. tongue.gif

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): sceptique
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 11.08.2017 11:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #58 множественное цитирование

Тогда прошу сообщить где именно применяется предложенная вами схема диагностики инфекционных болезней. Не в виде единичного исследования, а в потоке. И почему нет ответа на вопрос касаемый стоимости? Если вы утверждаете что такая услуга есть и она используетмя, то она должна иметь стоимость.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник онлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 11.08.2017 11:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #59 множественное цитирование

Да, меня не слушайте.

Учитесь думать своей головой и не ведитесь на козни маркетологов и собственную жадность - окажетесь в такой глубокой эээ.... западне, что никакие эксперты-практики типа Ъ, который "никогда не ошибается"™ tongue.gif , не помогут вылезти. Потому как деньги будут потрачены, а спроса и пользы почти не будет.

Сообщение было отредактировано sceptique - 11.08.2017 11:36

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): -Ъ-
Участник онлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 11.08.2017 11:40     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #60 множественное цитирование

(AlexLai @ 11.08.2017 12:32)
Ссылка на исходное сообщение  Тогда прошу сообщить где именно применяется предложенная вами схема диагностики инфекционных болезней. Не в виде единичного исследования, а в потоке. И почему нет ответа на вопрос касаемый стоимости? Если вы утверждаете что такая услуга есть и она используетмя, то она должна иметь стоимость.

Вы еще и лентяй, к тому же:

1. 300 р за 1 шт, 3 р - на потоке 100 тыс.шт.
2. 3х пункт 1.
3. 3х пункт 1.
4. 3х пункт 1.

10х = 3000р за 1 штуку, 30 р - на потоке 100 тыс.шт.

+500 000р за прибор вместо 50 000 000.

Так умные и бережливые делают завхозов своими рабами навсегда.

Сообщение было отредактировано sceptique - 11.08.2017 11:42
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 11.08.2017 11:54     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #61 множественное цитирование

(AlexLai @ 11.08.2017 12:32)
Ссылка на исходное сообщение  Тогда прошу сообщить где именно применяется предложенная вами схема диагностики инфекционных болезней. Не в виде единичного исследования, а в потоке. И почему нет ответа на вопрос касаемый стоимости? Если вы утверждаете что такая услуга есть и она используетмя, то она должна иметь стоимость.

Схему я сочинил только что, исходя из собственного опыта.
А ответы на остальные вопросы (инфо про киты, стоимостьююю) - получится реклама, чего не допускается на данном форуме.
Параллельно можно общаться через личку, что я часто практикую.
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 11.08.2017 12:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #62 множественное цитирование

Великолепно, вы меня очень порадовали. Теперь скажите где я могу провести исследование материала с целью обнаружения всех бактериальных агентов содержащегося в нём за 3000 р. методом пцр. Как я понимаю вы же говорите не о каких либо теоретически существующих наборах, а о тех которые есть и используются.
Я серьёзно предлагаю Вам в понедельник привезти материал на исследование, заплатить 3000 р. чтобы вы проведя исследования сказали мне, какие виды бактерий содержаться в материале.

Вы скорее всего не поняли то что нужно подсчитатьfrown.gifподсчитать, какая будет стоимость выделения ВСЕХ жизнеспособных мо из одного клинического или секционного образца ПЦР, то буду благодарен).
Но поскольку лентяй я, то я не в праве утверждать, что вы ошиблись.

Кроме того почему вы действительно говорите о каких либо теоретически существующих наборах позволяющих проводить данного рода исследования.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.08.2017 12:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #63 множественное цитирование

(AlexLai @ 11.08.2017 11:32)
Ссылка на исходное сообщение
Если кто либо способен подсчитать, какая будет стоимость выделения ВСЕХ жизнеспособных мо из одного клинического или секционного образца ПЦР, то буду благодарен. Но я уже уверен, что цена такого исследования будет весьма существенной, поэтому и интересовала реальная стоимость по расходке для малди.


А вы знаете сколько это ВСЕХ? Ведь ПЦР можно обнаружить и те виды, которые не культивируются. И вы их не увидите ни классическим рассевом, ни MALDI.

А теперь задайте себе вопрос сколько будет стоить такое же исследование на MALDI и сколько при этом видов будет потеряно? А сколько ложно обнаружено.

Вам уже написали что в идеале минимальная себестоимость одного определения 3р(ну 10р) в максимале не себестоимость, а коммерческая цена - 300р.

А число видов ВСЕЙ микробиоты в смыве это вам лучше знать. Я не специалист, но где-то читал, что когда в НИР по изучению микробиоты стали использовать молекулярно генетические методы, то количество определямых видов в сравнении с классическим посевом выросло на порядок, два. Если вы хотите проскринировать все и получить наиболее полную картину, то проще и дешевле чем ПЦР будет поставить NGS(которое на первом этапе, все равно использует ПЦР). Тогда вы фактически получите обширнейшую библиотеку по микробиоте образца за цену от 150000 до 500000р и вы будете приятно/или неприятно поражены сколько всего там увидит секвенатор, о чем вы никогда и не подозревали раньше. Только вот зачем вам это? Ведь у вас клинические задачи стоят, а как они решаются с помощью ПЦР вам доступно обрисовал Ъ.

Вы все время требуете регистрации методик. Но ведь методики MALDI тоже не зарегистрированы. Поэтому, как мне кажется - это не честно при сравнении методов от одного требовать наличия регистрации сертификации и тп, а от другого не требовать.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): sceptique
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 11.08.2017 12:16     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #64 множественное цитирование

Это Вы мне?
Про "жизнеспособность" лучше в баклаб. ПЦР-ом я это пока не делаю, но тоже реально - на основе проницаемости клеточных стенок некоторыми орг.соединениями.
Это пока не просите! smile.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 11.08.2017 12:20     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #65 множественное цитирование

МММ канешна теоретик, но какие мудрые речи! umnik.gif Согласен.
Да, нужна ясность.

Сообщение было отредактировано -Ъ- - 11.08.2017 12:22
Участник онлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 11.08.2017 12:37     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #66 множественное цитирование

(AlexLai @ 11.08.2017 13:01)
Ссылка на исходное сообщение  Великолепно, вы меня очень порадовали. Теперь скажите где я могу провести исследование материала с целью обнаружения всех бактериальных агентов содержащегося в нём за 3000 р. методом пцр. Как я понимаю вы же говорите не о каких либо теоретически существующих наборах, а о тех которые есть и используются.
Я серьёзно предлагаю Вам в понедельник привезти материал на исследование, заплатить 3000 р. чтобы вы проведя исследования сказали мне, какие виды бактерий содержаться в материале.

Вы скорее всего не поняли то что нужно подсчитатьfrown.gifподсчитать, какая будет стоимость выделения ВСЕХ жизнеспособных мо из одного клинического или секционного образца ПЦР, то буду благодарен).
Но поскольку лентяй я, то я не в праве утверждать, что вы ошиблись.

Кроме того почему вы действительно говорите о каких либо теоретически существующих наборах позволяющих проводить данного рода исследования.

Если из Вашего вопроса убрать весьма вредное и не относящееся к сути проблемы слово "жизнеспособный" (жизнеспособность они могли необратимо потерять уже в Вашем образце, как только были вытащены из трупа или организма хоста!), то методом NGS ваш миллилитр гноя можно охарактеризовать за примерно 100 т.р. полностью. То есть, всё, что присутствует там с ДНК на борту в количестве большем чем 5-10 копий будет охарактеризовано и положено на диск, после чего выдано Вам. В распознанном и сыром виде.

Через пару лет это будет стоить 30-40 т.р.

Сообщение было отредактировано sceptique - 11.08.2017 12:39
Участник онлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 11.08.2017 12:43     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #67 множественное цитирование

(MMM @ 11.08.2017 13:13)
Ссылка на исходное сообщение  А вы знаете сколько это ВСЕХ? Ведь ПЦР можно обнаружить и те виды, которые не культивируются. И вы их не увидите ни классическим рассевом, ни MALDI.

А теперь задайте себе вопрос сколько будет стоить такое же исследование на MALDI  и сколько при этом видов будет потеряно? А сколько ложно обнаружено.

Вам уже написали что в идеале минимальная себестоимость одного определения 3р(ну 10р) в максимале не себестоимость, а коммерческая цена - 300р.

  А число видов ВСЕЙ микробиоты в смыве это вам лучше знать. Я не специалист, но где-то читал, что когда в НИР по изучению микробиоты стали использовать молекулярно генетические методы, то количество определямых видов в сравнении с классическим посевом выросло на порядок, два. Если вы хотите проскринировать все и получить наиболее полную картину, то проще и дешевле чем ПЦР будет поставить NGS(которое на первом этапе, все равно использует ПЦР). Тогда вы фактически получите обширнейшую библиотеку по микробиоте образца за цену от 150000 до 500000р и вы будете приятно/или неприятно поражены сколько всего там увидит секвенатор, о чем вы никогда и не подозревали раньше. Только вот зачем вам это? Ведь у вас клинические задачи стоят, а как они решаются с помощью ПЦР вам доступно обрисовал Ъ.

Вы все время требуете регистрации методик. Но ведь методики MALDI тоже не зарегистрированы. Поэтому, как мне кажется - это не честно при сравнении методов от одного требовать наличия регистрации сертификации и тп, а от другого не требовать.

На МАЛДИ он увидит только то, что с миллиона копий и больше. Эти методы просто нельзя сравнивать в голой поисковой задаче поиска патогена de novo.
Участник онлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 11.08.2017 12:52     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #68 множественное цитирование

И еще, определитесь уже - или Вам нужно всё что живое и содержит ДНК характеризовать и искать, или типировать что-то конкретное, да еще с условием жизнеспособности, которое никакой МАЛДИ Вам не подтвердит, как и ПЦР tongue.gif , и кроме бак-посева или анализатора ничто не поможет.

Алгоритм условного определения до вида - дан, за 10 реакций в 4 этапа (2 смены рабочих, можно подряд, если вы ночью капаете), цена поисковой задачи на ВСЁ что есть - тоже.

Алгоритма как Вам обосновать покупку безполезного брахла за 50 млн тут не ждите - спросите в своих ветеринарных форумах, как такое сотворить. Или вон можете обратиться к этим, у которых оно есть, из сообщения авиала - Вам помогут с творчеством, если поделитесь smile.gif .
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 11.08.2017 13:06     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #69 множественное цитирование

Как я понимаю, мы не пришли к чему то определённому. Поэтому давайте подождём практического специалиста по идентификации мо масспеком и послушаем его мнение о изначально заданных вопросах.

Мне все начали утверждать, что для диагностики целесообразно использовать методы молекулярной биологии, но в ветеринарной практике это не всегда применимо. Так как ни на одну инфекционную патологию бактериальной природы не возможно поставить окончательный диагноз методом пцр. Кроме того, почему то начали доказывать что данным методом можно исследовать любые образцы в потоке исследований за маленькие деньги, давая заключение о всех выявленных мо. ЭТО НЕ ТАК. Для того, чтобы меня переубедить прошу привести пример лаборатории где всю диагностику бактериальных инфекций проводят в пцр. Где эти универсальные наборы? Дайте мне их, я буду ими пользоваться.

МММ говоря по поводу регистрации методик, вы что имеете ввиду? То что ни пцр ни малди не является средством постановки окончательного диагноза в бактериологических исследованиях? Вы можете это доказать? Я готов опровергнуть ваше умозаключение.

Вы согласны с тем, что при выполнении исследований на диагностику не можете игнорировать государственные рекомендации по проведению её? Или вы будете делать так как сами захотите наплевав на регламентирующие документы?

Если вы согласны с этим то я очень рад.
В этих документах указано, что диагноз устанавливается при выделении культуры того или иного возбудителя т.е. при использовании микробиологических методов. Так? Меня интересует малди не с целью замены микробиологических методов, а с целью замены рутинных методов биохимической идентификации микробиологического исследования. Т.Е. по упрощённой схеме: Первый день - сделали посев на ряд питательных сред, второй день - получили чистую культуру, третий день - поставили идентифицировать культуру, четвёртый день - учли результаты идентификации. Использование малди как раз таки интересует для исключения третьего и четвёртого дня как наиболее экономически затратного. В этом случае мы изначально зафиксировали наличие живого возбудителя в материале. А то какими средствами мы его идентифицировали, это наше дело, так как регламенты не запрещают использование данных средств. Аналогично идентификацию мы выделенных бактерий мы можем провести секвенированием бактерий, но это более затратно и это не противоречит регламентам.

У нас право на 2-4 г.п., что даёт нам возможность выполнения более широкого спектра выполняемых работ, чем у других организаций. Но даже это не позволяет нам игнорировать общепринятые правила, а наоборот требует более жёсткого отношения к их выполнению. Именно поэтому не стоит считать, что какие либо теоретически существующие или в ближайшее время производимые средства позволят моментально пересмотреть все гос регламенты.

Каким то образом мы все втянулись в дискусиию о вопросах не касающихся первоначальной цели данного топика.
Ещё раз всем спасибо за столь увлекательные беседы, но к сожалению я уверен, что в ближайшее время на мои вопросы ответов получено не будет. Поэтому предлагаю просто подождать мнения практика по масс спектральной идентификации бактерий.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.08.2017 13:51     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #70 множественное цитирование

--МММ говоря по поводу регистрации методик, вы что имеете ввиду? То что ни пцр ни малди не является средством постановки окончательного диагноза в бактериологических исследованиях? Вы можете это доказать? Я готов опровергнуть ваше умозаключение.

Диагноз в топку запихните.
Приведите зарегистрированную , акrредитованную, и сертифицированную методику MALDI, по которой ставится диагноз инфекционного заболевания. А сертифицированных ПЦР наборов поищите в Литехе. Диагноз по ним не ставят, но при постановке диагноза их используют во всю. Беременность по двум полоскам тоже не ставят, но сертифицированных тестов вы найдете в любом ларьке.
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.08.2017 13:53     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #71 множественное цитирование

--Каким то образом мы все втянулись в дискусиию о вопросах не касающихся первоначальной цели данного топика.

Это вы всех втянули в нелепую дискуссию, потому что не понимаете сути обсуждаемых методов, а экспертным оценкам не доверяете.

Сообщение было отредактировано MMM - 11.08.2017 13:54

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): sceptique
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 11.08.2017 14:10     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #72 множественное цитирование

MMM это ваше мнение.
Если я вам приведу такой документ, вы согласитесь, что были не правы по поводу диагноза который в топку? Вы противоречите сами самому фразой: Диагноз по ним не ставят, но при постановке диагноза их используют во всю. Предположительный диагноз и окончательный это зачастую абсолютно разные вещи.

Чтобы подтвердить свои, может для кого-то бредовые, умозаключения, я приведу вам яркий пример такой методики. Как вы назвали её - зарегистрированную , акrредитованную, и сертифицированную.

МР 4.2.0089-14 Использование метода времяпролетной масс-спектрометрии с матрично-активированной лазерной десорбцией/ионизацией (MALDI-ToF MS) для индикации и идентификации возбудителей I-II групп патогенности.

Дойдя до пункта 5.3. станет ясным, что метод является официально утверждённым и рекомендованным Россельхознадзором для работы с 1-4 г.п.

Вас это устроит? Или вы будете искать очередной повод пренебречь общепринятой практикой утверждая, что всё неправда и провокация. Кроме того хочу заметить тот факт, что регламенты Роспотребнадзора и Россельсхознадзора, касающиеся инфекционных болезней, являются смежными для обоих структур. Поэтому эти рекомендации применимы и в эпидемиологическом плане и в эпизоотическом.

Заранее прошу прощения, я ни в коем разе не пытаюсь Вас оскорбить, но это делаете вы своим отвратительным мнением в отношении "диагноза в топке".

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 11.08.2017 14:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #73 множественное цитирование

Это вы всех втянули в нелепую дискуссию, потому что не понимаете сути обсуждаемых методов, а экспертным оценкам не доверяете.

Ещё раз простите, вы эксперт какой области, какой шифр?

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник онлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 11.08.2017 14:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #74 множественное цитирование

(AlexLai @ 11.08.2017 15:10)
Ссылка на исходное сообщение  MMM это ваше мнение.

Это и моё мнение тоже.

Вы определитесь для начал чего Вы хотите, а потом спрашивайте как и почём это получить. Если Вы продаёте сами МАЛДИ и решили тут устроить скрытую рекламу этой тупиковой затее - сочувствую Вашей невыполнимой задаче, но помочь не могу.

Так как откаты очень серьезные, а приборы дорогие, то в скорости утверждения "методик" сомнений никаких нет. Особенно в ветеринарии. Но для людей, которые понимают что происходит, это ничего не значит.

Сообщение было отредактировано sceptique - 11.08.2017 14:34
Участник онлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 11.08.2017 14:33     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #75 множественное цитирование

(AlexLai @ 11.08.2017 15:13)
Ссылка на исходное сообщение 
Ещё раз простите, вы эксперт какой области, какой шифр?

Не ветеринар, настучать не удастся. tongue.gif
Участник онлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 11.08.2017 14:52     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #76 множественное цитирование

Цитаты оттуда, из этих "методических рекомендаций":

Методические рекомендации по использованию метода масс-спектрометрии с матрично-активированной лазерной десорбцией/ионизацией для идентификации возбудителей чумы, холеры и туляремии включают описание применения масс-спектрометрии для видовой идентификации микроорганизмов - возбудителей опасных инфекционных заболеваний.


Ни слова ни о милиллитре биоматериала и всём жизнеспособном, ни прочего бреда.
Три организма всего: ирсении пестис, вибрио холерэ и франциселла туляренсис или как она там. Кроме этих трёх - больше никакого словоблудия. Как и стрептококков.

Собранные в процессе анализа спектры исследуемых микроорганизмов могут сравниваться с референсными спектрами, присутствующими в базе данных, поставляемых производителями вместе с оборудованием для MALDI-ToF MS. При определенном проценте совпадений выводится результат о таксономической принадлежности исследуемого объекта.

Если неназванный проиводитель, как и писал выше авиал, поставит подключаемую библиотеку - лаба будет способна находить возбудителей чумы, холеры и туляремии. Не поставит, или специально удалит белковый фингерпринт какого-либо штамма из библиотеки - лаба на этом приборе никогда не найдёт то, что с точки зрения производителя прибора МАЛДИ-ТОФ (в РФ их нет, уже лет 20-25) наши люди не должны найти.
Вы это самое, с закрытыми библиотеками идентификации от западных производителей железа пришли на этот форум продавать?

В приведенном Вами "документе" вторая его часть - это протоколы культивации и пробоподготовки к анализу на МАЛДИ возбудителей особо опасных инфекций. То есть: без лицензированной культивационной лаборатории для культивации патогенов I-IV классов эти указания не применимы (периметр 5 км вокруг забора и прочие радости). Эти указания - общие правила работы для имеющихся государственных центров, куда лоббисты уже затащили эти приборы и как-то обосновали их использование.

Зачем было открывать тему об альтернативах - непонятно. Альтернативы есть и они дешевы и технологичны. Стоят в 10 раз дешевле и работают безотказно. И в диагностике незаменимы. Причины такого скоропостижного внедрения МАЛДИ в работу этих изолированных от внешнего мира НИИ тоже понятны. Но на открытый окружающий мир они не распространяются, по крайней мере - пока.

Огласите пожалуйста, что Вы хотите тут в этой теме добиться?

Сообщение было отредактировано sceptique - 11.08.2017 15:00
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 11.08.2017 14:53     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #77 множественное цитирование

Насколько вперёд шагнули технологии. Возможно меня не понимают из за того, того что я кортавлю, но чтобы это передавалось через текстовые сообщения, для меня это ново.

Я просто хочу узнать в какой сфере деятельности МММ является экспертом, или хотя бы направления деятельности. Потому что в первых сообщениях было указано, что МММ впервые услышал об данном методе, а позже высказал недовольство о том, что я не ориентируюсь на экспертов. А кто эксперт то? Меня интересует именно масспек.

По поводу: Вы определитесь для начал чего Вы хотите, а потом спрашивайте как и почём это получить. Я знаю чего хочу и это озвучено в названии топика - ИДЕНТИФИКАЦИЯ БАКТЕРИЙ не рутинными методами, а также ответы на мои вопросы.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник онлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 11.08.2017 15:07     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #78 множественное цитирование

Вы их все получили. И продолжаете пихать свой никому здесь не нужный масспек.

Я работал студентом еще с людьми, которые строили в СССР-России первые эти приборы МАЛДИ с времяпролетным детектором. Потом их купили и увезли на запад вместе с разработками. Сейчас появились Вы и чего-то такое непонятное пытаетесь вытащить из людей, которые знают что по чём и не купятся (потому что денег столько нет да и не надо).

Вам написали, что и без 50млн-прибора ДНК-диагностика может провести поиски и характеризацию до вида конкретных возбудителей, уже сейчас, за несколько тысяч рублей, без лабораторий с периметром 5км вокруг забора и МАЛДИ.

Если стоит задача не найти то, что подозревают, а просто ПОЛНОСТЬЮ охарактеризовать что есть в биообразце - это 100-500 т.р. и тоже никакого МАЛДИ рядом не валялось.
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 11.08.2017 15:22     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #79 множественное цитирование

Уважаемый sceptique. Ткните пожалуйста в во все ответы на эти вопросы. Заранее благодарен.

1) Какова реальная стоимость проведения одной идентификации по расходникам? Интересуют именно расходники без стоимости самого спектрометра. Был на презентации известного Французского производителя, специалисты которого заявили, что на проведение 50 000 исследований затраты составят не более 150 т.р. Иными словами стоимость идентификации составляет 3 р. При стоимости спектрометра в 29 млн. может это и вполне возможно, или может это такой маркетинговый ход, а на деле себестоимость значительно выше.
2) Особенности идентификации данным методом подразумевает использование чистых культур микроорганизмов, выращенных на агаризированных питательных средах, т.е. бульонные культуры идентифицировать не получиться. Имеются ли у кого прецеденты опровергающие данное заключение? В качестве примера можно рассмотреть микоплазмы или лептоспиры, которые сложно культивировать на агаре.
3) Если ответ на второй вопрос положительный то можно ли идентифицировать культуру по её отдельным фрагментам? В качестве примера можно рассмотреть адгезивные антигены эшерихий т.е. пили, или токсины.
4) На сколько актуальна проблема связанная с идентификацией стрептококков? Сам неоднократно сталкивался с ситуацией когда секвенирование 16sRNA и масс спектрометрия демонстрировала различные результаты.
5) Имеется ли возможность идентификации неживых микроорганизмов? Здесь речь идёт о нескольких вариантах развития событий: 1) культура на агаре погибла. 2) культура инактивирована физическими или химическими методами.
6) Имеется ли возможность идентификации данным методом дрожжеподобных и микроскопических грибов?
7) В настоящее время мы не имеем собственного оборудования, но очень к этому стремимся и проводим идентификацию микроорганизмов в МО, что отнимает много времени и сил на транспортировку. Есть ли в Москве, среди форумчан, лица готовые проводить идентификацию микроорганизмов методом MALDI-TOF? Если ответ положительный, то прошу сообщить в личку с примерной стоимостью идентификации одной культуры. P.S. Речь идёт о 3-4 г.п.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник онлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 11.08.2017 15:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #80 множественное цитирование

Еще раз, уже наверное пятый по счету тыкаю:
1) Идентификации чего? Того чего нет в их библиотеках вы не найдёте ни за 3, ни за 30, ни за 30 000 000 рублей на их Французском приборе. Искать что-то конкретное на больших потоках можно и сейчас ПЦР-скринингом за 3р по расходке, без стоимости самого прибора. Искать "то - не знаю что", за 3 рубля, просто чтобы ИСКАТЬ и доложить, что не найдено, хотя оно там может быть? Вам оно надо?
2) У меня нет. Я микробиологией, правда, и не занимаюсь.
3) -
4) Не знаю на сколько актуальна для других. Для меня - вообще не актуальна.
5) Имеется, любой организм или клетка организма при выделении ДНК должна сдохнуть в любом случае. Более того, в биоматериале спор и временно "заснувших" и некультивируемых бактерий всегда больше, чем активно персистирующих. Как показал тотальны ДНК-скрининг микробиомов, сопряженный с параллельным высеванием и культивацией.
6) Да. Даже растений и водорослей.
7) Я - нет. У меня такого прибора нет (и не будет - я ни себе ни нашему государству и согражданам не враг!! лучше уж miniION... rolleyes.gif ). Есть один у знакомых одних, но я Вам их не порекомендую - разоритесь. lol.gif

Простите, но на сём я здесь больше не отвечаю. На мой взгляд, здесь понаписано достаточно уже, чтобы разобраться.

Сообщение было отредактировано sceptique - 11.08.2017 15:45
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.08.2017 19:37     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #81 множественное цитирование

Обзорная книжка рекомендую ознакомится.
Manual of Commercial Methods in Clinical Microbiology International Edition
John Wiley & Sons, 28 мар. 2016 г

Клинические рекомендации по стрептококам. Наряду с классическими методиками содержат и рекомендации для ПЦР и MALDI.
http://www.fedlab.ru/upload/medialibrary/83e/_-_1_-_1_.pdf

Ссылки на некоторые коммерчески доступные и следовательно сертифицированные наборы
http://www.agrodiagnostica.ru/pcr/
http://ids-lab.ru/catalog/pcr-nabory/ptsr-...alnogo-vremeni/
http://vita-ros.ru/content/pcr-interlabservice-vet-bacterii
http://www.lytech.ru/data/file/product2017.xls
http://www.lytech.ru/articles_137.htm

http://www.kogene.co.kr/eng/productlist/con.php
http://www.r-biopharm.com/products/clinica...ostics/bacteria
http://www.pcrdiagnostics.eu/files/documen...linfections.pdf
http://www.mdgsb.com.my/products/animal-re...ease-kit-series
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.08.2017 19:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #82 множественное цитирование

(AlexLai @ 11.08.2017 15:53)
Я просто хочу узнать в какой сфере деятельности МММ является экспертом, или хотя бы направления деятельности. Потому что в первых сообщениях было указано, что МММ впервые услышал об данном методе, а позже высказал недовольство о том, что я не ориентируюсь на экспертов. А кто эксперт то? Меня интересует именно масспек.


О данном методе(MALDI) я впервые услышал лет 20 назад, стал его использовать в своей исследовательской практике. Лет 15 назад. Работаю непосредственно с MS приборами(MALDI, ESI) года 3-4. А впервые я услышал, что MALDI используют для клинической идентификации бактериальных штаммов. Так что не надо делать слишком широких обобщений.

А специализация моя как раз соответствует названию раздела форума "Молекулярная и клеточная биология" Ну, еще есть более узкие области, например белковая химия. Диссертация кабана по специальности Клеточная биология.

Ну и собственно. Зачем ходить и что-то спрашивать людей, которым не верите. Или скажем так, когда их ответы перестали совпадать с сложившимся вашим мнением, вы перестали им доверять.

Сообщение было отредактировано MMM - 11.08.2017 19:52
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 11.08.2017 20:44     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #83 множественное цитирование

Публично прошу у всех прощения, за своё неумение донести искомую цель.
Пишу заключительное сообщение по данному топику, так как зашёл в тупик.

Давайте ещё раз представим нашу ситуацию, с которой сталкиваются в любой микробиологической лаборатории. На вашем примере. У вас заболела собачка, вы пришли к врачу который говорит, что необходима лабораторная диагностика и даёт направление на биохимию крови, бак анализ и т.д. На данном уровне врач не знает, что необходимо исключить, так как клинические признаки многих болезней имеют общие черты. На месте берут анализ для проведения комплексной лабораторной диагностики и отправляют в лабораторию. В лаборатории получают анализ и говорят, без проблем сделаем в ПЦР, с вас 100 т.р. Вы с удовольствием соглашаетесь, почему бы и нет, ведь сумма на ваш взгляд вполне разумная. При этом каждый раз выделяется различная флора. В свою очередь лаборатория с удовольствием выполняет такую работу, потому что каждый день у них по 50-150 анализов.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.08.2017 21:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #84 множественное цитирование

Смотрю я на это все и понимаю, что общего языка ученый с врачом не найдет никогда. Ну и ладно.
Подкину дровишек - и микрофлекс брюкеровский и даже литеховский бактоскрин (тоже малди) имеют регистрационные удостоверения. Иначе продать их в больницу можно было бы только в качестве подставки под цветок.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.08.2017 21:31     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #85 множественное цитирование

(AlexLai @ 11.08.2017 21:44)
Давайте ещё раз представим нашу ситуацию, с которой сталкиваются в любой микробиологической лаборатории. На вашем примере. У вас заболела собачка, вы пришли к врачу который говорит, что необходима лабораторная диагностика и даёт направление на биохимию крови, бак анализ и т.д. На данном уровне врач не знает, что необходимо исключить, так как клинические признаки многих болезней имеют общие черты. На месте берут анализ для проведения комплексной лабораторной диагностики и отправляют в лабораторию. В лаборатории получают анализ и говорят, без проблем сделаем в ПЦР, с вас 100 т.р. Вы с удовольствием соглашаетесь, почему бы и нет, ведь сумма на ваш взгляд вполне разумная. При этом каждый раз выделяется различная флора. В свою очередь лаборатория с удовольствием выполняет такую работу, потому что каждый день у них по 50-150 анализов.


Счаз вас собачники заржут. Вы описываете гипотетическую ситуацию, которых в реальной жизни не бывает. И она никакая не ваша и не наша - она ничья. Ну, да, и фиг с ним. Зачем вы ее описываете? Вот в чем вопрос. Какую пользу вы хотите извлечь из таких описаний? Что вас волнует? Что вы хотите узнать?

Сообщение было отредактировано MMM - 11.08.2017 21:33

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): sceptique
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 11.08.2017 22:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #86 множественное цитирование

Как не случится? Вы меня очень расстроили.
Всё это время мне доказываете, что именно пцр позволяет получить наиболее полную картину, именно в аналогичной ситуации когда необходима диагностика. А не выполнение мегагрантов, бюджет которого может подразумевать данную работу. Конечно платить такие деньги за один рутинный анализ это хохма.
Мы ежедневно проводим кучу анализов. По вышеприведённой схеме, т.е. посев, получение чистой культуры, видовая идентификация, серотипирование, подтитровка АБП, по необходимости биопроба. Если подняться в первый пост то меня интересовала возможность использования малди на этапе идентификации, т.е. при работе с чистой культурой. Конечно такая ситуация (при стоимости в 100 т.р.) не случится, тогда зачем утверждать, что именно пцр для этих целей великолепно подойдёт?
По поводу пользы из моего описания, я думаю она была ясна. Вы сами согласитесь платить такую цену за один анализ? Каким образом вы видите возможность внедрения указанных методик в поточную работу лабораторий?
Именно с этим мы сталкиваемся каждый день. Если вспомнить первый мой вопрос, то он касался именно себестоимости проведения одной идентификации с использованием малди. На самом ли деле это так, что стоимость проведения 50 т. исследований по расходке составляет 150 т.р.
Кроме того меня уже неоднократно пытались обвинить в аффилированности к данной методике, что в свою очередь я игнорирую за необоснованностью.
Если вы лично не использовали данный метод для идентификации прошу игнорировать мои сообщения в дальнейшем. Спасибо.
Не хотел уже отвечать, но всё же.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.08.2017 22:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #87 множественное цитирование

Тема - прекрасная иллюстрация того, почему в РФ 95% реагентики в инвитро-диагностике - импорт. И никакие гранты этого не изменят, могу дать ссылки на три гранта по 6 миллионов рублей в трех разных институтах, выданных на разработку тест-системы на мутации EGFR. Кто мне подскажет, где я могу купить результаты этих разработок? 18 миллионов рублей государство выкинуло на ветер, а ведь наверное тоже все было просто и понятно - и себестоимость в 3 рубля. Только продукта вот нет, незадача.

Приходит врач, спрашивает о недостатках и преимуществах некоей методики, существующей на рынке, которую он прям завтра может купить и начать использовать, а ему в ответ - ты дурак, ПЦР все решает, ты только разработай. Коллеги, а вы уверены, что это его задача? Чего-то там разрабатывать, искать тех, кто сможет разработать и прочая чушь? Вы вообще адекватные?
Либо вы даете продукт здесь и сейчас (и поверьте, при нормальной разработке и последующей регистрации вы потратите на порядок больше упомянутых 50 тыс. на одну тест-систему), либо идете лесом - врачу надо работать, а не в ваших обещаниях разбираться. Увы, но такова правда жизни. Может ПЦР и НЖС и решает все проблемы, но вот только сейчас этого решения под ключ у нас на рынке не купить, а все остальное - разговоры в пользу бедных.
guest: Sergey
IP-штамп: frlbfbSqS0Xpc
гость



 прочитанное сообщение 11.08.2017 23:31     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #88 множественное цитирование

http://www.ssi.shimadzu.com/products/liter...ch/mo347_v1.pdf
http://www.labmanager.com/product-focus/20...gy#.WY4S2EdSD3R
http://edu.znate.ru/tw_files/28641/d-28640361/7z-docs/1.pdf
"MALDI-TOF и PLEX-ID технологии идентификации микроорганизмов:
каковы перспективы?"
http://mycology.szgmu.ru/konference2014/pr...ogramma_XVI.pdf
Участник онлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 11.08.2017 23:40     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #89 множественное цитирование

Да на здоровье, лечите своих богатых и ихних собак. Но когда к вам придут бедные, разоренные этими богатыми за ваши привычки говорить только в пользу богатых и жить чужим умом за деньги - не обижайтесь. Вас предупреждали.

Он не может ее "купить и начать использовать". Если бы Вы внимательно читали, то обнаружили бы, что он возит образцы на анализ в Оболенск. Чтобы купить и использовать в работе МАЛДИ ему нужно культивировать и сеять культуры того, что он на них будет анализировать. Вы что, считаете что ему кто-то продаст лицензию (даже за взятку) на культивацию патогенов I группы опасности посреди Москвы, чтобы он мог подтащить культивированное к МАЛДИ??? Я не знаю, решится ли кто даже за взятку на такое. Это ж себе нужно быть врагом.

Сообщение было отредактировано sceptique - 11.08.2017 23:52
guest: Sergey
IP-штамп: frlbfbSqS0Xpc
гость



 прочитанное сообщение 11.08.2017 23:47     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #90 множественное цитирование

Для России MALDI-TOF в применении к врачебной диагностики практически не применима!!!! Это будет ОЧЕНЬ , ОЧЕНЬ, ОЧЕНЬ дорого !!!!
Иногда используется MALDI-TOF для инфекционного скрининга при беременности
http://meddaily.info/?cat=article&id=1062
Non-invasive prenatal detection of achondroplasia in size-fractionated
cell-free DNA by MALDI-TOF MS assay / Y. Li, G. C. Page - Christiaens, J. J. Gille
[et al.] // Prenat. Diagn. – 2007. – Vol. 27, № 1. – P. 11 - 17.

Оптимизация микробиологической диагностики оппортунистических инфекций у беременных и новорожденных на основе протеометрических и молекулярно-генетических методов
http://www.dslib.net/micro-biology/optimiz...infekcij-u.html
Участник онлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 11.08.2017 23:51     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #91 множественное цитирование

Вопрос того, что это дорого для современной лаб-диагностики вторичен. Первичен вопрос какой откат и дорог ли прибор. Чем дороже - тем лучше, и тем выше шансы на то, что оно будет применимо. А остальное вон Вам выше пишут - "разговоры в пользу бедных" у них...
Участник онлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 12.08.2017 00:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #92 множественное цитирование

Теперь по поводу грантов и того, что продукты нельзя купить.

Вы что, серьезно считаете что кто-то в сегодняшнем мире способен за вонючие 100 тысяч долларов разработать диагностикум для соматических мутаций, замаскированный фоном нормальных клеток без них? Вы вообще представляете, сколько бабла и времени затратил Рош на его разработку и отработку? При имеющихся пиросеквенаторах уже в активе и чувствительности не выше 1%. Это вам не родню и собутыльников по 3 институтам подкармливать несколько лет... Реальные задачи требуют риска и совсем других денег для решения.
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.08.2017 00:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #93 множественное цитирование

Да ради бога - продайте врачам зарегистрированное ПЦР или НЖС решение хотя бы для 3-4 групп, почему сразу для первой надо?
Только вот прям завтра КП выставьте со сроком поставки максимум в 90 дней. Ах, разработать надо? Ну вот и разрабатывайте, а пока не мешайте людям работать.
Вы сравниваете теплое с мягким. Да, может ПЦР и НЖС лучше, вот только врачам анализы надо делать, а не разбираться в перспективных методиках. А уж на чем делать - на малди, или баканализаторах, уже второй вопрос. А шапкозакидательные настроения при ужасающей ситуации в области более-менее сложной генетической диагностики в отечественной лабораторной практике уже начинают утомлять. За 25 лет только инфекции и научились делать.
Все всё умеют разрабатывать, 3 рубля себестоимость, быстро, весело, задорно, шаг в сторону от инфекций - всё, импорт.

А что касается жутко сложных соматических мутаций - китайцам расскажите, которые без зазрения совести скопировали киаген и прекрасно его продают. Мы даже скопировать не можем. Кстати, для ткани чувствительность необходима 5% и три раза по 100 тысяч долларов вполне достаточно для этой задачи. Подскажу, что основные деньги там в клинику уйдут, а не в тест-систему. Опять вы врачей никчемными идиотами считаете, а без них даже тест-систему разработать неспособны.

Сообщение было отредактировано avial - 12.08.2017 00:17

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Vadim Sharov
Guest
IP-штамп: frlbfbSqS0Xpc
гость



 прочитанное сообщение 12.08.2017 00:32     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #94 множественное цитирование

Avial прав, что в России кроме ПЦР и НГС практически нет инструментов для анализа и идентификации бактерий. Проблема с сиквенаторами тоже есть , так как мед. РУ на них тоже нет. Не берем игры Шипулина с отзывом РУ на Илумину. Эплайд не имеет регистрированных сиквенаторов для врачей. Это большая проблема подогнать научный метод диагностики для рутинных операций врача. Проблемы были видны давно, но до 2014 года за нефтедоллары могли все КУПИТЬ, а потом доллары кончились , а разработчики уехали или ушли из науки.
С уважением Сергей
Участник онлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 12.08.2017 01:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #95 множественное цитирование

В Китае нет патентного права. От слова ВООБЩЕ. Если бы у нас его упразднили тоже - я бы в своей зоне ответственности первый всё бы подчитую у пендосов передрал. ПРичем в науке всем плевать - а вот в медицину с его нарушением лучше не лезть. Это после феррейна и его ветеринарного инсулина все поняли.
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.08.2017 01:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #96 множественное цитирование

Не можем - это не значит, что не пытались. Просто на самом деле не можем. Видимо, инфекции - это потолок.
Участник онлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 12.08.2017 01:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #97 множественное цитирование

(avial @ 12.08.2017 01:13)
Ссылка на исходное сообщение  а без них даже тест-систему разработать неспособны.

Это Вы их своими эхомасковскими прибаутками типа "разговоры в пользу бедных" за идиотов считаете. Они и рады соответствовать.

Как, предположим, мне, разработать тест-систему без своего прибора и своей химии, которую всю подчистую ваши "богатые" друзья в 90-е годы отсюда вывезли и уничтожили? А останки пилят откровенно последние гранты, отчитываясь перед всякими дружками откровенной лажей, строят жилье на территории своих институтов и на это живут? Одни из вас вопят что наши ни на что не способны, другим дают деньги, но они ничего не разрабатывают (потому что не способны и мозги по наследству не переданы, а напропалую врут, чем лишь усиливают позиции откатчиков на всём западном, еще и про патенты с лицензиями для IVD вспоминая), а третьи вопят по форумам не считайте врачей за идиотов, дайте им в руки срочно французский прибор за 500 млн рублей им собачку лечить не на чем.

При этом собственные разработки до внедрения почти не доходят, их авторы/ведущие конструкторы на конечном этапе вдруг НИ С ТОГО НИ С СЕГО исчезают то за рубеж, то на пенсию, то еще куда, лицензирование не проходится и опять продолжается песня про белого бычка. А если и выходят, то ПО НЕОБЪЯСНИМЫМ ПРИЧИНАМ вдруг все равно покупают французское - для него же уже и регламент есть и РУ - а нашего готового продукта-то нет, все ж у вас бедные - дибилы местные, не способные понять врачей, ведут разговоры исключительно в пользу бедных. Правильно, дорогой авиал? yes.gif
Участник оффлайн! AlexLai




 прочитанное сообщение 12.08.2017 01:26     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #98 множественное цитирование

sceptique вы такой скептик.
Как уже было сказано ранее мой профиль это микробиология и инфекционные болезни промышленного поголовья, т.е. крс, свиньи, птица и т.д. Пример на собаках был приведён, для того чтобы вы просто сориентировались.

Касаемо вопроса: Если бы Вы внимательно читали, то обнаружили бы, что он возит образцы на анализ в Оболенск. Возможно я не правильно высказался, но вроде указал, что по необходимости перезаказываем секвенирование. Речь не идёт о перезаказе всего, а лишь о единичных образцах. Если вы хотите я объясню для чего это нам нужно. У нас государственная коллекция патогенных штаммов, в том числе производственных для изготовления биопрепаратов. Данную коллекцию мы поддерживаем и пополняем эпизоотическими изолятами. Т.Е. выделив из материала какой либо интересный агент его целесообразно сохранить для последующего изучения, депонирования и оформления патента. Благодаря профилю нашей работы мы способны обеспечить организации необходимый потенциал в виде охраняемых научных результатов. Кроме того, поскольку в России небольшое количество организаций проводящих патентное депонирование штаммов то они имеют свои требования. Например, чтобы провести депонирование в ВГНКИ необходимо предоставить результаты секвенирования 16 s rna. Именно этим обусловлен наш перезаказ. Кроме того, как уже было описано ранее за секвенирование мы платим в среднем 5 т.р., и эту сумму мы оплачиваем своими силами, а не силами заказчиков. Например сейчас мы готовимся к депонированию 17 штаммов как пригодных для изготовления биопрепаратов. В этом случае мы ориентируемся на ПЦР, но лишь потому, что это требует порядок депонирования.

По поводу диагностики особо опасных болезней относящихся к 1-2 г.п. Вы вернитесь к приведённым мною рекомендациям которые описывают проведение идентификации с малди. Кроме того если вы ориентируетесь в эпизоотиях и диагностики, то каким образом вы мне можете доказать, что в лабораторию с правом на 3-4 г.п. не поступит материал содержащий агенты 1-2 гр? Этот риск есть всегда, поскольку работа построена именно на биологических рисках. И как в этом случае поступить?
Чтобы облегчить вам задачу я объясню. На примере сиб. яз. Лаборатория с 3-4 гп. диагностику данного заболевания не делает, а в случае обращения с данным запросом обязана сообщить в соответствующие инстанции. Но если поступил материал с целью проведения комплексной диагностики, и указано, что животные подвергались всем необходимым обработкам, то поводов отказываться нет. А региональные лаборатории при сббж отказать вообще не имеют право.
Но в случае если мы на чашке обнаруживаем колонии похожие на рост с сиб. палочки, то уже на этом этапе мы вызываем соответствующих лиц, всё опечатываем и т.д.

Вообще откуда поступила идея, что наша цель это работа именно с особо опасными видами? Где вы это высмотрели? Мы ориентируемся на 3-4, но имеем право на 2-4, т.к. поддерживаем коллекцию. И опять же если вести речь о производственных штаммах 2 группы то стоит помнить, что они относятся к 3. Например производственный штамм сиб. 55-ВНИИВВиМ не смотря на принадлежность вида к 2 группе относится к 3.

Почему то многие пытаются сказать, да в топку диагностику, но это отвратительное мнение. Вы сами хотите кушать мясо полученное от животного болевшего непонятно чем, так как лаборатория не захотела следовать инструкциям?
Участник онлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 12.08.2017 01:37     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #99 множественное цитирование

(Guest @ 12.08.2017 01:32)
Ссылка на исходное сообщение Эплайд не имеет регистрированных сиквенаторов для врачей.



скачать файл dc245944_R.pdf
размер: 5.57мб
кол-во скачиваний: 7





скачать файл 28329_R.pdf
размер: 1.11мб
кол-во скачиваний: 10




Иллюмина на ТЕКУЩИЙ момент имеет РУ на свои секвенаторы, никто их не изымал.
Рош вроде тоже еще производит и поддерживает свою дорогую линейку. Они только джуниор с продажи и производства сняли.

А эпплайд доит за капиллярники судебку, как и 10 и 15 лет назад:

скачать файл 49055_R.pdf
размер: 671.83к
кол-во скачиваний: 5




скачать файл 64499_R.pdf
размер: 1.47мб
кол-во скачиваний: 16


Участник онлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 12.08.2017 01:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

(AlexLai @ 12.08.2017 02:26)
Ссылка на исходное сообщение  sceptique вы такой скептик.
Как уже было сказано ранее мой профиль это микробиология и инфекционные болезни промышленного поголовья, т.е. крс, свиньи, птица и т.д. Пример на собаках был приведён, для того чтобы вы просто сориентировались.

Касаемо вопроса: Если бы Вы внимательно читали, то обнаружили бы, что он возит образцы на анализ в Оболенск. Возможно я не правильно высказался, но вроде указал, что по необходимости перезаказываем секвенирование. Речь не идёт о перезаказе всего, а лишь о единичных образцах. Если вы хотите я объясню для чего это нам нужно. У нас государственная коллекция патогенных штаммов, в том числе производственных для изготовления биопрепаратов. Данную коллекцию мы поддерживаем и пополняем эпизоотическими изолятами. Т.Е. выделив из материала какой либо интересный агент его целесообразно сохранить для последующего изучения, депонирования и оформления патента. Благодаря профилю нашей работы мы способны обеспечить организации необходимый потенциал в виде охраняемых научных результатов. Кроме того, поскольку в России небольшое количество организаций проводящих патентное депонирование штаммов то они имеют свои требования. Например, чтобы провести депонирование в ВГНКИ необходимо предоставить результаты секвенирования 16 s rna. Именно этим обусловлен наш перезаказ. Кроме того, как уже было описано ранее за секвенирование мы платим в среднем 5 т.р., и эту сумму мы оплачиваем своими силами, а не силами заказчиков. Например сейчас мы готовимся к депонированию 17 штаммов как пригодных для изготовления биопрепаратов. В этом случае мы ориентируемся на ПЦР, но лишь потому, что это требует порядок депонирования.

По поводу диагностики особо опасных болезней относящихся к 1-2 г.п. Вы вернитесь к приведённым мною рекомендациям которые описывают проведение идентификации с малди. Кроме того если вы ориентируетесь в эпизоотиях и диагностики, то каким образом вы мне можете доказать, что в лабораторию с правом на 3-4 г.п. не поступит материал содержащий агенты 1-2 гр? Этот риск есть всегда, поскольку работа построена именно на биологических рисках. И как в этом случае поступить?
Чтобы облегчить вам задачу я объясню. На примере сиб. яз. Лаборатория с 3-4 гп. диагностику данного заболевания не делает, а в случае обращения с данным запросом  обязана сообщить в соответствующие инстанции. Но если поступил материал с целью проведения комплексной диагностики, и указано, что животные подвергались всем необходимым обработкам, то поводов отказываться нет. А региональные лаборатории при сббж отказать вообще не имеют право.
Но в случае если мы на чашке обнаруживаем колонии похожие на рост с сиб. палочки,  то уже на этом этапе мы вызываем соответствующих лиц, всё опечатываем и т.д.

Вообще откуда поступила идея, что наша цель это работа именно с особо опасными видами? Где вы это высмотрели? Мы ориентируемся на 3-4, но имеем право на 2-4, т.к. поддерживаем коллекцию. И опять же если вести речь о производственных штаммах 2 группы то стоит помнить, что они относятся к 3. Например производственный штамм сиб. 55-ВНИИВВиМ не смотря на принадлежность вида к 2 группе относится к 3.

Почему то многие пытаются сказать, да в топку диагностику, но это отвратительное мнение. Вы сами хотите кушать мясо полученное от животного болевшего непонятно чем, так как лаборатория не захотела следовать инструкциям?

Если у Вас есть лицензии на 2-4, есть на ВАШЕЙ территории возможность культивирования и коллекции готовые - переводите это всё на NGS-секвенаторе в полногеномные библиотеки всех штаммов (вы же их МОЖЕТЕ легально культивировать и хранить - этого 95% ваших коллег даже в НИИ не могут других, не говоря про микробиологов из обычных диагностических вет-лабораторий!), после чего регистрируйте эти библиотеки и разрабатывайте СВОИ ПЦР-диагностикумы по минимально-достоверным различиям генома штаммов. Настоятельно в этом рекомендую сотрудничать с -Ъ-!!! Это один из лучших нуклеинщиков, оставшихся в России. Я с ним лично не знаком, знаю лишь качество его выделительных китов. Которые одна из 2 вершин в РФ по качеству готового ДНК. Особенно - для ПЦР сложных шаблонов всяких.

Если Вы сейчас свернете на белки и покупку МАЛДИ - хотя бы купите такой вариант диагностической библиотеки, которую можно дополнять безо всяких французов. А потом ее ещё и засекретьте, как значимо дополните. Не сглупите - не купите закрытый софт без полномочий дополнения и сохранения своих библиотек. Вы сидите на золотом дне, не дайте себя обокрасть как Колумб туземцев, меняя золото у них на стеклянные бусы.

P.S. Идея про 1 класс поступила из того, что Вы сослались на зарегистрированный регламент работы на малди в чумных институтах. И упоминали Оболенск.

Сообщение было отредактировано sceptique - 12.08.2017 01:53

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 19.10.17 22:51
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft