Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Расчет в ELISA
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Rob
Участник



 прочитанное сообщение 18.08.2017 21:48     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Здравствуйте,

я с вопросами по расчету ELISA. Есть стандарт, и надо по нему отпределить концентрацию образца...Образец разведен в 40 80 160 320 раз.
Данные анализирую в программе Graph Prism. Не могу понять, как анализивать данные. Четыре разведения выдают одинаковую концентрацию без учета разведения...
Стандарт
ng/mL OD
500 2.8225
250 2.43265
125 1.7096
62.5 0.86645
31.25 0.3989
15.625 0.166
7.8125 0.08605



OD Образец
1.6365 концентрация Graph Prism 102.7582683 разведение 40
1.33515 концентрация Graph Prism 101.973191 разведение 80
0.96395 концентрация Graph Prism 101.2534448 разведение160
0.4887 концентрация Graph Prism 100.5314145 разведение320

Как из этих цифр высчитывать финальную концентрацию?
Graph Prism выставлен на Asymmetric Sigmoidal, 5PL, X is log(concentration).
Если кто знает, как расчтывать в экселе, буду очень признателен.
Спасибо.
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.08.2017 23:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

я не знаю конкретно программ Graph Prism
но, если у вас применяется для анализа метод 5PL, то в результате не может быть для каждого разведения своя концентрация.
там анализируются данные по всем разведениям образца и выдается одна концентрация. что-то где-то неправильно настроили.

единственно, мне кажется, X is log(concentration) нужно убрать. у вас же на входе и на выходе не логарифмированные концентрации.

Сообщение было отредактировано vb - 18.08.2017 23:22
Участник оффлайн! Rob
Участник



 прочитанное сообщение 19.08.2017 00:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

В том и загвоздка, что не выдается общая концентрация, а считается только по каждому разведению отдельная цифра.... и какую из точек брать за главную?

Может быть подскажите, как в Экселе сделать анализ на 5PL?
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 19.08.2017 10:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

(Rob @ 18.08.2017 22:58)
Ссылка на исходное сообщение  В том и загвоздка, что не выдается общая концентрация, а считается только по каждому разведению отдельная цифра.... и какую из точек брать за главную?

Может быть подскажите, как в Экселе сделать анализ на 5PL?


Нельзя брать какую-то точку за главную.
в крайнем случае, если хотите по одному разведению, то нужно выбирать разведение в середине калибровочной кривой, между минимумом и максимумумом насыщения. Но это не 5PL, а какаянибудь регрессия будет - логистическая или линейная. Для линейной данные лучше логарифмировать, потом обратно.

в экселе реализовать этот метод не так просто. Там нужно будет на бейсике вставлять процедуры (не помню, как там этот инструмент называется). Я 4PL пытался реализовать, замучался и плюнул.
Участник оффлайн! Rob
Участник



 прочитанное сообщение 19.08.2017 16:50     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Вот OD моего образца как раз внутри интервала относително стандарта....И как быть, брать среднее значение ? И в таком случает, какой брать фактор разведения, если их несколько? Если это не 5PL, то тогда каким параметрам считать? EC50 ведь выщитывается по S-обрразной кривой...Путаница
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 19.08.2017 18:59     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Вам концентрацию нужно или EC50? Если первое, то с небольшой погрешностью вы ее получите, если второе, то находите оптическую плотность, соответствующую EC50 вручную и тоже получите. Ну небольшая погрешность будет, но, мне кажется, что в пределах погрешности метода. Ифа как бы сам по себе предполагает 10-20% ошибку.
Участник оффлайн! Rob
Участник



 прочитанное сообщение 19.08.2017 22:08     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

Как я думаю, что по EC50 стандарта высчитывается концентрация образца.

Можете мне описать метод высчитывания.
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 24.08.2017 09:53     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

(Rob @ 19.08.2017 20:08)
Ссылка на исходное сообщение  Как я думаю, что по EC50 стандарта высчитывается концентрация образца.

Можете мне описать метод высчитывания.

Не совсем правильно думаете. Вы почитайте всетаки про методы анализа, начние с регрессий поостеньких.
Впрочем, можно проще.
вот наше сайтик для расчетов. В том числе и 5pl
Myassay.com
Правда не знаю, насколько можно доверять результатам. Рекомендую отвалидировать расчеты.
Участник оффлайн! Rob
Участник



 прочитанное сообщение 27.08.2017 17:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

Спасибо за ответ.

Конфьюзность вопроса в том, что различные источники предлагают разные варианты расчета, переводить концентрацию в логарифмическую систему, исходя из Молярной концентрации или оставлять в mg/mL.
Также разные источники прделагают линейную зависимоть расчета или синусоидную....Что есть правда и какие методы применимы для корректного анализа мне не понятно.

Но все сходятся в том, что это расчеты ЕС50.
И видя по тому, что в моей теме ответов, кроме Ваших, нету...то четких ответов ни у кого нету и какая из метод корректная - остается под вопросом.
Участник оффлайн! Rob
Участник



 прочитанное сообщение 27.08.2017 17:43     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Друзья - коллеги!
Подключайтесь к обсуждению вопроса корректного метода расчета концентрации образца по ЕС50 стандарта!!!
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 27.08.2017 22:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Для пяти параметрической логистической модели в отличии от алгебраического многочлена(частным случаем, которого является линейная регрессия) параметры не находится с помощью аналитического решения, а решаются численными методами. Так же известно, что для более менее корректного нахождения 5 неизвестных параметров нужно иметь измерения градуировочной кривой хотя бы в 8-10 точках.

Далее. Совершенно неизвестно о каком ИФА идет речь.

Если это все тот же печальноизвестный сэндвич на IgG человека, в котором у вас в качестве стандарта один белок, а в качестве аналита совершенно другой белок, то приведение всех измерений к химическим эквивалентам очевидно необходимо и источники такого пересчета уходят корнями в конец 18 века начало 19века.

Какая модель апроксимации лучше?

На самом деле сэндвич- элиза прекрасно апроксимируется линейной регрессией и большинство производителе для сэндвич-ИФА в своих наборах рекомендуют линейную регрессию. Логистические функции апроксимации в основном используются для конкурентных схем ИФА. Можно долго обьяснять почему это так, но это не для форума.
Участник оффлайн! Rob
Участник



 прочитанное сообщение 28.08.2017 00:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

(MMM @ 27.08.2017 23:15)
Ссылка на исходное сообщение  
Какая модель апроксимации лучше?

На самом деле сэндвич- элиза прекрасно апроксимируется линейной регрессией и большинство производителе для сэндвич-ИФА в своих наборах рекомендуют линейную регрессию. Логистические функции апроксимации в основном используются для конкурентных схем ИФА. Можно долго обьяснять почему это так, но это не для форума.


На самом деле производители рекомендуют 5PL расчеты.

Конкретные вопросы:
Надо ли переводить концентрацию mg/mL в М? При этом молекулярная масса образцов идентична.
Если переводить в М, то тогда необоходимо работать с логарифмической сигмоидальной кривой.
Как определять "cut off" образца? Какие из точек титрования брать для анализа топовой концентрации образца?
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.08.2017 06:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

--На самом деле производители рекомендуют 5PL расчеты.
Мне вот не надо об этом рассказывать. Если на сэндвич ИФА рекомендуют 5PL модель, то лучше с такой ИФА вообще не работать.

Хорошо, М образцов идентична. А образцов и стандартов идентична? Можете не переводить в М, а просто ввести поправочный коэфициент учитывающий соотношение масс образца и стандарта.

- Если переводить в М, то тогда необоходимо работать с логарифмической сигмоидальной кривой.
Это откуда вы такое взяли? Закон действия масс не зависит от масштабных единиц измерения количества вещества, точнее он неизменен с точность до коэфициента пропорциональности.

-- Какопределять "cut off" образца? Какие из точек титрования брать для анализа топовой концентрации образца?
А зачем вам определять cut off образца? И зачем вам определять топовые концентрации? И вообще, что вы под этим понимаете?

Вот у меня на столе стоит тарелка супа. Какая в нем топовая коцентрация соли? Вообще там одна концентрация соли или несколько?

Любая ИФА система рассчитана на определенный рабочий диапазон концентраций аналита именно в этом дипазоне и надо работать. Этот диапазон обычно указывается производителем в документации на набор. Лучше всего работать в середине рабочего диапазона, а не вблизи его границ.

Сообщение было отредактировано MMM - 28.08.2017 06:28
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.08.2017 07:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

(Rob @ 27.08.2017 22:58)
Ссылка на исходное сообщение  На самом деле производители рекомендуют 5PL расчеты.

Конкретные вопросы:
Надо ли переводить концентрацию mg/mL в М? При этом молекулярная масса образцов идентична.
Если переводить в М, то тогда необоходимо работать с логарифмической сигмоидальной кривой.
Как определять "cut off" образца? Какие из точек титрования брать для анализа топовой концентрации образца?

Зачем переводить? Что вам это даст?
одно с другим вообще никак не связано.

Поправка:
Необходимость логарифмирования связана с кратный изменением концентрации при титровании. Поэтому при интерполяции одни точки будут иметь больший вес , чем другие. Чтобы сблизить их веса, проводят логарифмирование по концентрации. .

катофф - это термин из качественного или полуколичественного анализа. Если у вас количественный ифа, то что вы под этимподразумеваете?
твою ж мать...
есче раз, если вы используете 4пл, 5 пл, метод параллельных прямых, то нужно брать все точки.
если вы используете интерполяцию, линейну ли, логистическую ли, нужно брать разведение, близкое к середине калибровочной кривой.
Большего через интернет вы не добьетесь. Либо разбирайтесь сами, либо наймите понимающего.

Сообщение было отредактировано vb - 28.08.2017 08:22
Участник оффлайн! Rob
Участник



 прочитанное сообщение 28.08.2017 15:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

MMM и vb, благодарю за полезную информацию.

Относительно cut off...Есть данные, если линейная регрессия, то надо отрезать и не брать в анализ участки, котррые лежат на плато сверху и снизу...Мне очень понравилось сравненис с тарелкой супа. Я титрую этот суп на восемь точек, чтобы узнать топовую концентрацию, какие точки брать, а какие убирать?
Вот Стандарт:
2.28763
1.86928
1.27768
0.78833
0.33603
0.19103
0.09518
А вот образец, концентрацию которого мне надо узнать:
2.3905
2.2335
1.95785
1.48005
0.90775
0.5636
0.2859
0.1364
Я думаю, что в образце надо два верхних разведения и одно нижнее убрать. А то, что осталось анализировать, как среднее значение, которое и даст мне топовую концентрацию. Вот под этим подразумевается cut off. Поправте меня, пожалуйста, если не правильно рассуждаю.
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.08.2017 17:02     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

(Rob @ 28.08.2017 16:15)
Ссылка на исходное сообщение   какие точки брать, а какие убирать?

Ответ прост те точки где градуировочная функция нелинейна.

А где она линейна/нелинейна по вашим данным сказать нельзя, так как в них не указаны значения концентраций стандарта и разведений аналита.

Сообщение было отредактировано MMM - 28.08.2017 17:02
Участник оффлайн! Rob
Участник



 прочитанное сообщение 28.08.2017 18:20     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

Спасибо,
Стандарт: 500 , 250, 125, 62.5, 31.25, 15.6....ng/mL

Для образца разведение: 600, 1200, 2400, 4800, 9600, 19200, 38400, 76800.

В обоих случаях, разведние с шагом 2.
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.08.2017 19:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

Сверху я бы отсек все что выше сигнала 1,5-1,7, а снизу все что ниже 0,08
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.08.2017 23:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

расчет концентрации Логит-анализом (типа 4PL)

и методом параллельных линий

так как дублей нет, то статистика не очень корректно считается.

Сообщение было отредактировано vb - 28.08.2017 23:19

Картинки:
картинка: molbiol_Logit.jpg
molbiol_Logit.jpg — (170.73к)   

картинка: molbiol_PL.jpg
molbiol_PL.jpg — (161.25к)   

Участник оффлайн! Rob
Участник



 прочитанное сообщение 29.08.2017 01:34     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

(MMM @ 28.08.2017 20:55)
Ссылка на исходное сообщение  Сверху я бы отсек все что выше сигнала 1,5-1,7, а снизу все что ниже 0,08


Я поступил так же....И построил в экселе линейный график...Исходя из него, концентрация вышла 0,91mg/mL примерно.
Участник оффлайн! Rob
Участник



 прочитанное сообщение 29.08.2017 01:38     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

(vb @ 29.08.2017 00:18)
Ссылка на исходное сообщение  
так как дублей нет, то статистика не очень корректно считается.


Были дубли, но я их усреднил...

Эти два расчета одного образца дают, как мне кажеться, большой разбег в концентрации между 0,7 и 0,8 млг/мл. Это норма?

Благодарю...скажите, это Вы показали образец расчета? Вы могли бы со мной поделиться такими чудесными таблицами?
Участник оффлайн! Rob
Участник



 прочитанное сообщение 29.08.2017 01:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

Если не возражаете, я еще один вопрос хочу задать.

Я титровал свой образец вначале с более незначительного разведения....80,160,320,640,1280,2560, 5120.. и конечно ОД стояло на месте, в районе 2,500 на верхних пяти точках....потом начало снижаться. Правильно ли я сделал, что провел дополнительное титрование к большей концентрации...или может было бы достаточно увидить скачок вниз и рачитывать концентрацию по этой точке скачка?
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 29.08.2017 07:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

(Rob @ 28.08.2017 23:38)
Ссылка на исходное сообщение  Были дубли, но я их усреднил...

Эти два расчета одного образца дают, как мне кажеться, большой разбег в концентрации между 0,7 и 0,8 млг/мл. Это норма?

Благодарю...скажите, это Вы показали образец расчета? Вы могли бы со мной поделиться такими чудесными таблицами?

Это же разные методы. У вас при линкйной регрессии третье получилось, чего удивительного?
это не образец, это расчет уже.
одной поделюсь. Позже.
Второй нет, это чужое.
Участник оффлайн! Rob
Участник



 прочитанное сообщение 29.08.2017 15:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

(Rob @ 29.08.2017 02:47)
Ссылка на исходное сообщение  Если не возражаете, я еще один вопрос хочу задать.

Я титровал свой образец вначале с более незначительного разведения....80,160,320,640,1280,2560, 5120.. и конечно ОД стояло на месте, в районе 2,500 на верхних пяти точках....потом начало снижаться. Правильно ли я сделал, что провел дополнительное титрование к большей концентрации...или может было бы достаточно увидить скачок вниз и рачитывать концентрацию по этой точке скачка?

Вот ОД цифры и первое титрование, с шагом 2.
2.1367 40
2.1006 80
2.1435 160
2.14095 320
2.1595 640
1.99925 1280
1.7204 2560
1.1728 5120
После этой плитки я пошел с более сильным титрованиием:
2.3905 600
2.2335 1200
1.95785 2400
1.48005 4800
0.90775 9600
0.5636 19200
0.2859 38400
0.1364 76800

Правильно ли с делал?
Простите, что задаю столько вопросов. От этого зависит моя оценка.
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 05.09.2017 22:52     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование

Правильно. Дайте данные всех дублей, я вам посчитаю в нормальной программе как вы хотите 5pl
Участник оффлайн! Rob
Участник



 прочитанное сообщение 06.09.2017 15:09     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #26 множественное цитирование

Если Вы сможете просчитать вашей программой было бы здорово. Я хотя бы смог сверить с расчетами с Graph Prism.
Спасибо, за таблицу в экселле.

Файл/ы:

скачать файл forum.zip
размер: 6.79к
кол-во скачиваний: 8


Участник оффлайн! LK
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 06.09.2017 18:29     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #27 множественное цитирование

Мы иногда пользуемся вот этой, нормально работает:

A logit regression program in Excel
https://ednieuw.home.xs4all.nl/Calibration/Logit/Logit.htm
Участник оффлайн! Rob
Участник



 прочитанное сообщение 06.09.2017 20:28     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #28 множественное цитирование

(LK @ 06.09.2017 19:29)
Ссылка на исходное сообщение  Мы иногда пользуемся вот этой, нормально работает:

A logit regression program in Excel
https://ednieuw.home.xs4all.nl/Calibration/Logit/Logit.htm


Благодарю, попробую
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.09.2017 22:12     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #29 множественное цитирование

(Rob @ 06.09.2017 13:09)
Ссылка на исходное сообщение  Если Вы сможете просчитать вашей программой было бы здорово. Я хотя бы смог сверить с расчетами с Graph Prism.
Спасибо, за таблицу в экселле.

отправил через файлообменник.
вот еще картинка до кучи.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Rob
Участник оффлайн! Rob
Участник



 прочитанное сообщение 07.09.2017 18:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #30 множественное цитирование

(vb @ 06.09.2017 23:12)
Ссылка на исходное сообщение  отправил через файлообменник.
вот еще картинка до кучи.

Благодарю.

Концентрация на Graph Prism 5PL расчет выдается 1.514mg/mL
полулогарифмический расчет в той же Graph Prism 1.782mg/mL
расчет в эксель логарифмический 1.436mg/mL

Ваш расчет дал 1.457mg/mL

Все очень близко, как мне кажеться. Или наоборот, разбег слишком большой.?
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.09.2017 18:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #31 множественное цитирование

Для ИФА - это очень близко.
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.09.2017 22:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #32 множественное цитирование

Обычно для ифа критерий валидности - отклонение вычисленной концентрации положительного контроля или референса не более 20%. Из этого и исходите.
у вас, кстати, оп дублей на редкость близки.
Участник оффлайн! Rob
Участник



 прочитанное сообщение 07.09.2017 22:50     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #33 множественное цитирование

(vb @ 07.09.2017 23:13)
Ссылка на исходное сообщение  Обычно для ифа критерий валидности - отклонение вычисленной концентрации положительного контроля или референса не более 20%. Из этого и исходите.
у вас, кстати, оп дублей на редкость близки.


Извините, не понял...референс ведь идет в совсем других концентрациях...как я могу определить 20% отклонения?

Какой Вы программой пользуетесь для таких красивых расчетов? Это коммерческий продукт или просто чье то творчество?
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.09.2017 07:52     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #34 множественное цитирование

(Rob @ 07.09.2017 20:50)
Ссылка на исходное сообщение  Извините, не понял...референс ведь идет в совсем других концентрациях...как я могу определить 20% отклонения?

Какой Вы программой пользуетесь для таких красивых расчетов? Это коммерческий продукт или просто чье то творчество?

Это к вашему вопросу о разнице в расчетах разными методами. До сих пор нормой доя ифа считается ошибка до 20%. Если у вас разные методы укладываются в эту ошибку, то зачем платить больше?
а дальше я просто проиллюстрировал ОДИН из критериев валидности ифа.
Смотрите, для стандарта у вас есть номиналтная концентрауия (та что написана производителем, или полученная вами другим, более точным методом) и есть концентрация, вычисленная по полученному в ходе аппроксимации уравнению. Причем доя нескольких разведений.
так вот обычно средняя разница межлу ними для всех разведений не должна превышать 10%, а для отдельного разведения 20%., для положительного контроля еще проще - вы его вычисляете, также, как образец и сравниваете с номинальной концентрацией.

Сообщение было отредактировано vb - 08.09.2017 08:03
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.09.2017 07:56     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #35 множественное цитирование

Последний раз я вам считал программой CombiStats.
есть еще неплохая программа PLA. Мне она даже больше нравится, но у меня ее нет, в другой организации пользовался. Да, это все коммерческие продукты. Combistats 300 euro per year. Pla Точно не помню, но стоимость порятка 5-7 тыс евро.
кстати, учтите, обычно на сайтах производителей есть демонстрационные версии или онлайн версии. Если вам два-три раза посчитать, то почему бы и не воспользоваться?
Давным давно у меня был богатый опыт ифа, потом маленько отстал от жизни, другим занимался. Так случилось, что ваши вопросы на форуме совпали с моей необходимостью освежить знания и освоить последние программы и рекомендованные методы анализа smile.gif. Иначе вряд ли я бы столько времени тратил smile.gif. Хотя, я лучше вам помогу, чем....

Сообщение было отредактировано vb - 08.09.2017 09:13
Участник оффлайн! Rob
Участник



 прочитанное сообщение 08.09.2017 16:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #36 множественное цитирование

(vb @ 08.09.2017 08:56)
Ссылка на исходное сообщение   Combistats 300 euro per year. Pla Точно не помню, но стоимость порятка 5-7 тыс евро.
Иначе вряд ли я бы столько времени тратил smile.gif. Хотя, я лучше вам помогу, чем....


Это очень дорого, в моем случае, заполучить такие программы.

Поверьте мне, благотворительность, ВСЕГДА вернется вам сторицей. И время потраченное на объяснения тут мне, начинающему практику, окупиться.
Участник оффлайн! Rob
Участник



 прочитанное сообщение 08.09.2017 17:02     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #37 множественное цитирование

Как вижу, эта программа, CombiStats, очень удобно выдает предполагаемую топовую конецентрацию образца.
В моих случаях, вычисляя в экселе или на Graph Prism, надо проявлять немного творчества т.к. дается концентрация каждого отдельного разведения. И надо прикидывать, что отбросить, а что взять в расчет. Что тоже вводит меня в замешательство.

Благодарю, очень помогли мне
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.09.2017 18:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #38 множественное цитирование

(Rob @ 08.09.2017 14:57)
Ссылка на исходное сообщение  Это очень дорого, в моем случае, заполучить такие программы.

Вы все-таки триальные версии гляньте. Возможно, что вам сойдет.
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.09.2017 18:28     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #39 множественное цитирование

Чем больше параметров в модели тем больше надо делать точек разведений. Для 5 параметрической модели надо не менее 10 точек снимать и в максимальном диапазоне.
Участник оффлайн! Rob
Участник



 прочитанное сообщение 08.09.2017 18:49     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #40 множественное цитирование

К сожалению, программа полностью инвалидная...триальная версия дает только картинку стартовой страницы. Так что, загрузил и теперь - удалил

В любом случае, я попробовал....останусь тогда с тем, что есть в использовании и доступно.
Участник оффлайн! Rob
Участник



 прочитанное сообщение 08.09.2017 18:50     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #41 множественное цитирование

vb и MMM, или МММ и vb, спасибо вам огромное, вы -лучшие.
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.09.2017 21:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #42 множественное цитирование

(MMM @ 08.09.2017 16:28)
Ссылка на исходное сообщение  Чем больше параметров в модели тем больше надо делать точек разведений. Для 5 параметрической модели надо не менее 10 точек снимать и в максимальном диапазоне.

Насчет максимального диапазона согласен, насчеь мин 10 точек - нет. 5 обычно минимально достаточно, если в диапазон попали, 7 - с запасом. А откуда мнение про 10?
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.09.2017 00:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #43 множественное цитирование

Потому что, что бы провести линию (линейная регрессия-2 параметра) минимальное необходимиое количество точек 2. Но для статистической достоверности это ниачем. Для статистики нужно 4, 5 и более точек. Если из набора в 5 точек мы будем выбирать для построения только по паре случайно выбраных точек, мы построем 10 прямых и все они будут несовпадать друг с другом, но абсолютно совпадать с точками по которым мы их строили. И статистически нас не должна устраивать ни одна прямая из этого набора. Нам нужна некая статистически усредненная прямая учитывающая все 5 точек и минимизирующая отклонение от себя этих 5 точек.

Если вы возьмете любую 5 параметрическую модель(не важно алгебраический ли это многочлен или логистическая функция или рациональное алгебраическое выражение) и 5 точек вы получите линию, проходящую через все 5 точек, а вам нужно найти некое среднестатисческое решение. Минимальное количество чисел для нахождения среднего это 2. Найти середину между одним числом невозможно. Вот и получается, что бы найти некую статистическую середину нужно как минимум 10 точек для 5 параметров. А лучше больше.
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.09.2017 10:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #44 множественное цитирование

Если я правильно вас понял, то для статистики пойдут и по 2 дубля на каждую из 5 концентраций. То есть у тс точек хватает?
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.09.2017 14:09     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #45 множественное цитирование

Нет вы меня не правильно поняли.

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 24.10.17 05:19
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft