Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Как кодон usage находящийся в отрезке домены структуры белка влияет на скорость трансляции? -- Как сравнить кодоны usage ? --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
guest: Дарья
IP-штамп: frbCgyJ2/3doE
гость



 прочитанное сообщение 28.08.2017 13:19     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование
Вопрос
Добрый день!

У меня имеются данные о аминокислотах и кодонах последовательности белка.
В белке есть домена.
Например, аланин - его кодируют четыре кодона GCT GCC GCA GCA
Количество (в процентах %) кодонов(находящихся в домене белка):
GCT = 26,98;
GCC = 37,72;
GCA = 24,74;
GCG= 10,56
Вне домены:
GCT = 26,89
GCC = 37,76
GCA = 24,85
GCG = 10,51

и, например, цистеин - его кодируют два кодона TGT, TGC
Количество (в процентах %) кодонов(находящихся в домене белка):
TGT = 49,81
TGC = 50,19
Вне домены:
TGT = 49,14
TGC = 50,86

и такого рода информации имеется обо всех аминоксилотах и их кодонах.
Вопрос в том, мне нужно сравнить процентное количество кодонов находящееся в домене и в не домены и связать это с тем, как эти кодоны в доменах и вне - влияют на скорость трансляции. Я вижу, что небольшая разница в процентном количестве, но я не могу понять, как связать это со скоростью трансляции и какой вывод я могу сделать.
Участник оффлайн! Alexferguson123




 прочитанное сообщение Сообщение на английском  11.12.2017 08:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

The inquiry is, I have to look at the level of codons in the space and in non-areas and connect it to how these codons in areas and out-of-band influence the interpretation speed. I see that there is a little distinction in the rate, yet I can not make sense of how to relate this to the speed of the communication and what determination I can make. For your advantage, you can put in a demand. To do this, it is important to disperse the coding nucleotide.

Web Source: Best Essay Writing Service UK | GroovyEssays.co.uk
Участник оффлайн! Diusha
Участник
Питер



 прочитанное сообщение 11.12.2017 08:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Дарья, ясное дело, что кодоны, в т.ч. и синонимичные, влияют на скорость трансляции: разные тРНК в клетке имеются в разных количествах. Но при чем здесь домен? Домены проявятся после фолдинга.

(guest: Дарья @ 28.08.2017 13:19)
Ссылка на исходное сообщение
как связать это со скоростью трансляции

Если у Вас имеется информации о скорости трансляции (количество молекул белка в единицу времени) для разных белков в клетках организмов одного вида, то у меня есть идеи как подступиться к этой задаче. Могу вступить в соавторство и попытаться что-то сделать. Но не гарантирую, что будет быстро (со временем туговато).

(guest: Дарья @ 28.08.2017 13:19)
Ссылка на исходное сообщение  и какой вывод я могу сделать.

Я думаю, что вывод будет такого плана: какую лепту в скорость вносит кодон каждого типа. Т.е. можно получить среднее время задержки рибосомы на кодоне каждого типа (для организмов данного вида).
Есть, правда, подозрение, что такие работы уже делались. Вы проверяли это?

P.S. Никогда ранее не встречал, чтобы слово «домен» употреблялось в женском роде smile.gif
Участник оффлайн! Diusha
Участник
Питер



 прочитанное сообщение 11.12.2017 14:59     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Еще по поводу выводов. Полученный результат позволит предсказывать скорость трансляции других белков и получать нужный уровень экпрессии в ГМО

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Структурная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 13.12.17 12:03
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft