Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* RAPD и RNA -- Мешает ли RAPD примесь РНК в ДНК пробах --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! zie
Участник



 прочитанное сообщение 22.09.2017 08:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

здравствуйте. Работал ли кто с RAPD? Обязательно ли выделенную ДНК (растения картофеля фенольно-хлороформный метод )нужно очищать от РНК ?
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.09.2017 13:53     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

1) Откуда РНК после фенол/хлороформного метода?
2)Мешать не должно, если ее не настолько много, что она ингибирует ПЦР

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): zie
Участник оффлайн! RNK
Постоянный участник
СССР



 прочитанное сообщение 23.09.2017 17:38     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

обязательно, РНК необходимо удалить и ДНК переосадить.
РНК ингибирует ПЦР

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): zie
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 24.09.2017 11:16     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

С этим PAPD могут любые чудеса быть - такой уж метод. Сам сталкивался с тем, что просто поменяв пробирки (вместо SSI взял Axygen) можно не получить ничего. ISSR немного лучше. Имеет смысл с этими анонимными последовательностями возиться если только Вы нашли какие-то различия между образцами, чтоб потом эти полосы из геля вырезать,клонировать, сиквенировать и подобрать уже нормальные уникальные праймеры. Во всех остальных случаях полученные на PAPD результаты Вы ни в каком приличном месте даже не сможете опубликовать, к сожалению.
А вот чтоб РНК ингибировала ПЦР - это сколько же её должно быть-то? После фенол-хлороформа без РНКазы, по крайней мере у рыб, на форезе в низкомолекулярной зоне адское свечение - и ничё, всё нормально ПЦРится. Но если сомневаетесь то можно "РНКазу без ДНКаз" добавить при лизисе. Стоит копейки, да и с советских времён наверняка остались (поспрашивайте у соседей) РНКаза (в больших банках у всех биохимиков валяются). Только её надо нагреть, чтоб вдруг попавшиеся ДНКазы убить.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): zie
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 25.09.2017 11:42     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

RAPD-дом хорошо пластик проверять на воспроизводимость, или же термоблок циклера на равномерность нагревания... и все!

Почему же, и ДНК и РНК могут ингибировать Taq.pol даже в мизерных количествах, но umnik.gif только некоторые протяженности с уникальными последовательностями. А некоторые из них даже используются в реакциях как аптамеры для горячего старта. Древний NEB на этом сидит.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): zie
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 25.09.2017 12:16     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Согласен! Но всёж при "гражданском применении" не должны быть проблемы от РНК. Но я лично "на всякий пожарный" всегда лью РНКазу - мне её не жалко (хоть она, конечно, и "живая молекула").
Участник оффлайн! zie
Участник



 прочитанное сообщение 25.09.2017 13:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

Огромное спасибо за помощь. Нас интересует еще такой вопрос. На нашу организацию пришел запрос провести паспортизацию сельскохозяйственных растений. Мы с таким раньше не сталкивались, поэтому действительно ли паспортизацию можно проводить только с использованием секвенатора или есть какие-то другие методы?? Может быть с использованием RAPD или еще как-то??
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 25.09.2017 13:59     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Форелей, знаю, паспортизировали по микросателлитам. У лошадей, слышал, делали рестриктные карты Д-петли. Но, думаю, должны быть какие-то указания МСХ что и как делать. Но вот RAPD, как мне кажется, навряд ли подойдёт - как раз из-за низкой повторяемости результатов. Если только что ISSR, но и там с повторяемостью беда. в остальном - микросы только у "эталонов" Вам на капиллярнике прогонять придётся для точной идентификации бэндов, а массовый анализ на длинной вертикалке в ПААГ - прекрасно видно. Рестриктные карты вообще можно дома на кухне строить. Но для начала - посмотрите точные рекомендации для с/х растений, а то все эти паспорта да сертификаты зело бюрократичная весч.
Участник оффлайн! zie
Участник



 прочитанное сообщение 26.09.2017 15:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

(dk @ 25.09.2017 14:59)
Ссылка на исходное сообщение  Форелей, знаю, паспортизировали по микросателлитам. У лошадей, слышал, делали рестриктные карты Д-петли. Но, думаю, должны быть какие-то указания МСХ что и как делать. Но вот RAPD, как мне кажется, навряд ли подойдёт - как раз из-за низкой повторяемости результатов. Если только что ISSR, но и там с повторяемостью беда. в остальном - микросы только у "эталонов" Вам на капиллярнике прогонять придётся для точной идентификации бэндов, а массовый анализ на длинной вертикалке в ПААГ - прекрасно видно. Рестриктные карты вообще можно дома на кухне строить. Но для начала - посмотрите точные рекомендации для с/х растений, а то все эти паспорта да сертификаты зело бюрократичная весч.

Спасибо большое!!! Неужели больше никто не сталкивался с понятием папортизации?? confused.gif
Участник оффлайн! Eiz




 прочитанное сообщение 27.09.2017 10:37     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

(zie @ 26.09.2017 16:46)
Ссылка на исходное сообщение  Спасибо большое!!! Неужели больше никто не сталкивался с понятием папортизации?? confused.gif

неа
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23667470
Участник оффлайн! Eiz




 прочитанное сообщение 27.09.2017 10:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

(zie @ 26.09.2017 16:46)
Ссылка на исходное сообщение  Спасибо большое!!! Неужели больше никто не сталкивался с понятием папортизации?? confused.gif

Зея вы не моглибы открыть отдельный форум по паспортизации картошки гином картошки сиквинировал Костик Скрябин я думаю это к ниму
Участник оффлайн! zie
Участник



 прочитанное сообщение 28.09.2017 09:59     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

Спасибо за совет)))

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 24.10.17 07:11
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft