Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Промоторный участок гена
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! zyf




 прочитанное сообщение 28.09.2017 16:44     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование
Вопрос
Добрый день! Необходимо амплифицировать промоторный участок гена. Не подскажите ли алгоритм поиска такого участка в базах данных? Спасибо!
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.09.2017 16:56     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Ну, например поискать статьи в Pubmed про промотор вашего гена. smile.gif
Участник оффлайн! ship
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 01.10.2017 23:31     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

начните с 2-3 кб в 5'- сторону от сайта начала транскрипции, если он известен.
что за ген? что про него известно?
регуляторные последовательности могут быть и в интронах гена, могут быть и энханесеры в 10 кб от сайта начала трансрипции и тп.
Участник оффлайн! -bI




 прочитанное сообщение 02.10.2017 07:54     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

мб здесь поискать -
http://www.genomatix.de/online_help/help_g...ector_help.html
Участник оффлайн! zyf




 прочитанное сообщение 02.10.2017 15:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Спасибо за информацию! Буду разбираться. Гены дипептидил пептидаза 4 и пролилэндопептидаза. Животное крыса.
Участник оффлайн! zyf




 прочитанное сообщение 02.10.2017 16:03     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

На геноматриксе зарегистрировался. Последовательность промоторных участков он показывает. Не могли бы пояснить почему фуфло?
Участник оффлайн! ship
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 03.10.2017 12:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

начните с минус 2-3 кб, говорю вам. инфа 100%.
гены все известны, транскрипты тоже. клонируйте вместе с TSS или первым экзоном
Участник оффлайн! zyf




 прочитанное сообщение 03.10.2017 18:19     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

На сайте genome euro нашел последовательность гена до первого экзона 2000 оснований. Возьму ее и первый экзон. Всем неравнодушным спасибо за советы!
Участник оффлайн! ship
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 03.10.2017 22:03     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

ну и прежде чем на форум идти, можно и статьи посмотреть. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28799235 тут вот промотор dpp4 человека.
тут крысы:
http://iv.iiarjournals.org/content/29/5/547.full

ген известный и важный для, тк сказать, медицины. белок - рецептор для одного вируса.
Вы явно не первый, кто этот промотор собрался клонировать.

Сообщение было отредактировано ship - 03.10.2017 22:05
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 06.10.2017 10:49     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Если уж клонировать, то не с первым экзоном, а с каким-нибудь GFP-репортером сразу после старт-кодона, с ним будет проще определять эффект от всяких факторов потом.
Участник оффлайн! ship
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 06.10.2017 14:27     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

(sceptique @ 06.10.2017 08:49)
Ссылка на исходное сообщение  Если уж клонировать, то не с первым экзоном, а с каким-нибудь GFP-репортером сразу после старт-кодона, с ним будет проще определять эффект от всяких факторов потом.

для анализа активности промотора без вариантов надо клонировать в люциферазные вектора типа pGL3-basic etc, egfp не выбор.

про первый экзон речь идет том, какй фрагмент ПЦРить с генома, а не как потом клонирвать.
Имея геномный фрагмент уж потом можно как угодно наделать репортерных конструций, с экзоном или без.

Сообщение было отредактировано ship - 06.10.2017 14:28

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): sceptique
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 06.10.2017 20:07     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

Вполне выбор. Он сам светится после воздействия, а люциферазе нужен субстрат, который до неё не донесешь, пока бактерия жива.

Из Википузии: "Оказалось, что GFP принимал нативную конформацию и образовывал флуорофор при комнатной температуре и без добавления дополнительных кофакторов, что обеспечило возможность использования белка в качестве маркёра в клетках многих организмов."

http://www.bionet.nsc.ru/files/2016/dissov...dova_disser.pdf
Участник оффлайн! ship
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 07.10.2017 02:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

а причем тут бактерии? промотор млеков и смотрят активность в млеках.
по чувствительноти, линейности и куче других параметров люциферазный анализ уделывает egfp и любую флуоресценцию. не говоря уже о "встроенной" нормировке на эффективность трансфекции.
Egfp скорее для in vivo тестов может подойти

https://worldwide.promega.com/products/repo...m/?catNum=E1910

главный минус -цена.
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 07.10.2017 11:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

Так если млеки - то там еще приятнее будет. Там же будет целая каша из факторов, которые могут влиять и садиться на промотор. GFP нужен только для тестов in vivo, понятное дело, которые в любом случае перед опытами на дорогих крысах будет не обойти.

По поводу чувствительности и линейности - да, наверное уделывает. Если нам не нужны живые клетки - лучше тогда вообще заняться блотами с радиоактивной днк и кросс-сшивками. Там чувствительность еще в 1000 раз выше люциферазной, а раиоактивную полоску после блота можно элюировать, подвергнуть протеолизу и идентифицировать масспеком все факторы (заодно загадив изнутри прибор радиацией lol.gif). Не берусь точно сказать, но уверен, что эти промоторы наверняка уже подверглись анализу вначале биоинформатиками, потом "УФ-кросслинкерами", а сейчас, может быть, и GFP-микроскопистами/клеточниками. Дипептидазы - область крайне горячая всегда была в науке, там много интересов бигфармы, так что все котлованы уже давно вырыты.

Вообще, судя по набору генов, промотерные области которых хочет изучать топикстартер, это всё возня с попытками пролонгировать пептидные гормоны хоть чем-то (крыс не жалко на доклинику, типа). Весьма безперспективная и никому давно не нужная.
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 08.10.2017 18:26     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

(STARR-Seq @ 08.10.2017 09:35)


Судя по Вашей статье, все подозрительные на регуляторные контиги перед генами в геноме человека уже охарактеризованы в этой библиотечной работе.

http://molecbio.ru/downloads/mbm49/MBM49_2_0212.pdf

Сообщение было отредактировано sceptique - 08.10.2017 18:36

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 17.10.17 18:05
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft