Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Проблемы генетики, молекулярной биолгии -- спорные вопросы, критика методов и др. --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Neo 777
Участник



 прочитанное сообщение 03.10.2017 20:12     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование
Вопрос
В данной теме предлагается обсуждать конкретные теоретические и практические проблемные моменты генетики и молекулярной биологии, проверить которые в лаборатории можно уже сейчас, в наши дни.
Приветствуется конструктивная критика существующих теоретических взглядов и методов исследования.
Приветствуются личные интересные идеи, выложенные для всеобщего обсуждения.
Приветствуются предложения о конкретном совместном сотрудничестве, совместных публикациях и прочее, способствующие культивированию нормальных профессиональных отношений.
Осуждаются личные безосновательные оскорбления, спам-базар.
Участник оффлайн! Neo 777
Участник



 прочитанное сообщение 03.10.2017 20:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

У меня вначале пока 2 вопроса,
да простят меня узкие и узчайшие специалисты.
1. Когда мне говорят, что геном человека (или курицы, или таракана, или редьки) секвенирован - что это на самом деле значит? У человека 23 пары хромосом. Миллионы букв А Г Т Ц. Допустим, "секвенировали". Т. е. - прочитали каждую такую "букву". Но получается, что прочитали-то - у одной конкретной особи. Эти "секвенаторы" хотят сказать, что у другой (из миллионов особей этого вида) последовательность "букв" генетического когда будет такой же? Не бред ли? А индивидуальная изменчивость? а интроны? а мутации? а возможно разный "перечень буковок" в разных тканях тела? какие ткани считать тогда "эталоном" для взятия биоматериала для секвенирования?
Насколько вообще ценна такая "информация" "полногеномного секвенирования"?
Может целесообразнее тогда секвенировать гены по отдельности (при условии, что их промоторы, сигнальные последовательности и экзоны находятся "рядом", "друг за другом").
Безусловно, "полногеномное секвенирование" дает нам информацию. Но не гиперболизируем ли мы, не искажаем ли ее ценность намеренно, в том числе в коммерческих интересах ("секвенирование" как способ "освоения" огромных средств разными карманами)?

2. Существует понятие "доминантный аллель", "рецессивный аллель", множественные аллели. Отличается ли "доминантный аллель" от "рецессивного аллеля" гена на уровне последовательности нуклеотидов? Вероятно, да. Тогда каким точно образом? Где та точка в кодирующей или регуляторной области гена, которая отличает доминантный аллель гена от рецессивного? Более того, поскольку одна из гомологичных хромосом "может нести доминантный аллель гена", а другая гомологичная хромосома "может нести рецессивный аллель гена", - а эти аллели отличаются друг от друга нуклеотидной последовательностью, - как же в таком случае при коньюгации гомологичных хромосом такие различные нуклеотидные последовательности доминантного и рецессивного аллеля одного и того же гена не "отталкиваются" друг от друга? Или все же отталкиваются?
В итоге - что же такое, по сути, доминантность и рецессивность на молекулярном уровне гена?

Сообщение было отредактировано Neo 777 - 03.10.2017 20:49
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 03.10.2017 21:49     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Если говорят о секвенированном геноме какого-то биологического вида, то имеют в виду составление референсного генома. Первые его сборки (версии) имеют много "дыр", но постепенно их становится всё меньше и меньше. Даже в референсном геноме человека до сих пор остались "белые пятна". Да и построен он в основном по ДНК англосаксов. Поэтому китайцы, корейцы и арабы занимаются построением национальных референсных геномов, что облегчает анализ данных, получаемых при секвенировании индивидуальных геномов. И обеспечивает национальные программы тотального секвенирования населения.
картинка: NGS_2017.JPG
Нужно ли заниматься секвенированием геномов? Или ценность этой работы намерено искажают для "освоения" огромных средств?

Вопрос, конечно, интересный. Если уровень образованности населения в генетических вопросах находится "ниже плинтуса", то от полногеномного секвенирования вреда будет больше, чем пользы.

Кстати, об уровне. По-моему, начинать изучение генетики лучше с учебников, а не с обсуждений на этом форуме.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Neo 777
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 03.10.2017 22:50     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Во первых можно секвенировать сразу смеси геномов нескольких индивидуумов от одного вида, а можно и даже от разных видов.

Насколько ценна такая информация не у кого не вызывает сомнений, кроме вас. Если вы в любом функциональном эксперименте вскроете какую-то нуклеотидную последовательность или белковый протеазный масс-спектр. Вы практически сразу можете сравнить ее с уже прочитанными по базе данных и найти сходство или идентифицировать эту последовательность или белок и заодно тут же узнать, что на сегодня известно про этот генетический элемент и сопоставит с той функцией, которую вы наблюдали в своем эксперименте.
Отдельные гены и регуляторные элементы секвенировали и до NGS и после - оба подхода имеют ценность.

-- Вероятно, да. Тогда каким точно образом?
Этот образ далеко не един для всех механизмов доминантности, для каждого признака они специфичны, кроме того в подавляющем числе случаев один фенотипический признак имеет полигенную природу.

Они не отталкиваются, скорее не притягиваются в тех местах, где отсутствует гомология. Сестринские хромосомы в мейозе не спариваются по комплементарным основаниям на прямую как в двойной спирали - основание к основанию. Скорее они используют некую общую гомологию и то не полностью и тесный контакт происходит только на участках небольшой протяженности и гомологии. Так же рецессивные/доминантные гены на самом деле имеют часто высокую гомологию между собой и отличаются одной, несколькими аминокислотными заменами или делециями. См. синоптонемный комплекс.

Сообщение было отредактировано MMM - 03.10.2017 22:55

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Neo 777
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.10.2017 09:16     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Не, я не против повышения образованности отдельных граждан, случайно заглянквших на этот фопум. И даже гдето участвую в этом.
но в данном конкретном случае после такого количества пафоса, демагогии и голимых понтов, еоторые были продемрнстрированы нео, нет никакого желания его обучать азам.
давай дальше бухти, как кроабли там бороздят эйнштейна и дарвина.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Gariaev
Участник оффлайн! Neo 777
Участник



 прочитанное сообщение 04.10.2017 18:51     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Уважаемый vb!
В данной теме, как я уже указывал выше, обсуждаются конкретные вопросы, в том числе спорные, даются конкретные пояснения, мысли, предположения. Участвовать или не участвовать в подобном обсуждении - личное дело каждого. Тем более, как Вы указывали - Вы наукой не занимаетесь - какой с Вас спрос вообще.

Все реплики про демагогию, пафос и т.д. - прошу в мою тему "Безумные идеи" форума "Беседа". Здесь лишь скажу, что если Вам в моих рассуждениях слышится лишь пафос, демагогия и понты - это Ваши персональные проблемы. Которые возникают то ли от возраста, то ли от научного бессилия, то ли от чего еще. В данной теме отвечать на подобную галиматью не собираюсь. Удачи Вам, vb.
В целом на форуме я веду речь о том, что в науке, в частности в биологии и медицине - время застоя. Из которого надо срочно выходить.
Участник оффлайн! Neo 777
Участник



 прочитанное сообщение 04.10.2017 19:59     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

Уважаемый MMM, уважаемый genseque!
1. По поводу "полногеномного секвенирования".
Я пытаюсь охватить мозгами, ЧТО в этом направлении исследования что-то не так. Исходим из того, что приблизительное количество нуклеотидов в геноме человека - 5.000.000.000 (поправьте, если сильно ошибся).

а) при "секвенировании" считывают весь генетический материал сплошняком, включая разные "серые последовательности" (до 97% генома), функция которых не известна, или считывают лишь "активно функционирующие гены" (что гораздо более проблематично)?

б) индивидуальная вариабельность генома.
словосочетание "референсный геном" немного напоминает словосочетание "средняя температура по больнице" - вроде бы и есть показатель, но реальную температуру отдельных людей он не отражает ВООБЩЕ. Интересно, насколько, в процентном отношении, реально будут отличаться 5 млрд. "букв" одного человека от 5 млрд. букв другого человека? Если на более, чем 50 %, то есть ли необходимость в "референсном геноме"? на какие области генома приходится наибольшая вариабельность "букв", а в каких областях - последовательность букв чрезвычайно жестка, однотипна?

в) в геном человека помимо всего прочего встраиваются и геномы вирусов, в том числе патогенных. "Секвенирование" учитывает это обстоятельство, или принимает буквы генкода вирусов за буквы генкода человека?

г) уверен, что при секвенировании ОЧЕНЬ ЧАСТО происходят ошибки чисто аппаратного свойства - не может аппаратура абсолютно безошибочно "прочитать" все 5 млрд. нуклеотидов. Причем данные аппаратные ошибки не идентифицируются исследователями как "ошибки". - Еще один источник неверных данных при "секвенировании";

д) генетический материал каких клеток считать эталонным объектом для секвенирования? по идее - зрелых половых, поскольку в них содержится наиболее полный объем информации, передаваемой следующему поколению. Но они, вероятно, не подходят по причине своей гаплоидности? В таком случае - клетки какой-либо ткани; но как тогда быть с модными заявлениями о том, что по мере деления клеток теломеры хромосом укорачиваются, т.е. генетический материал теряется? - Еще один источник неверных данных при секвенировании.

е) а как быть с мутационным процессом, который может предоставлять бесконечное число точковых мутаций, в том числе в "молчащих областях генома"?

Т.о., можно констатировать, что вопросов к "секвенированию" очень много. Сомнительна и информативная ценность "референсного генома".
Создается впечатление, что да - при секвенировании мы на выходе получаем "строчку из 5 млрд. букв", - но в действительности не знаем точно, соответствует ли эта строчка фактически нуклеотидной последовательности конкретного индивидуума.
Создается впечатление, что "секвенировать" то мы немного научились, но как четко подтвердить подлинность получаемых данных, мы не знаем. Нет четкой системы в секвенаторских исследованиях.
Вот поэтому многие и говорят о том, что на данном этапе развития науки "секвенирование" - лишь хороший способ освоения больших денег; четко оперировать получаемыми данными мы пока не понимаем как; зачастую не ясно, что же у нас за данные на выходе получаются. Только все об этом тихо молчат в трубочку.
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.10.2017 20:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

(Neo 777 @ 04.10.2017 16:51)
Ссылка на исходное сообщение  Уважаемый vb!
В данной теме, как я уже указывал выше, обсуждаются конкретные вопросы, в том числе спорные, даются конкретные пояснения, мысли, предположения. Участвовать или не участвовать в подобном обсуждении - личное дело каждого. Тем более, как Вы указывали - Вы наукой не занимаетесь - какой с Вас спрос вообще.

Все реплики про демагогию, пафос и т.д. - прошу в мою тему "Безумные идеи" форума "Беседа". Здесь лишь скажу, что если Вам в моих рассуждениях слышится лишь пафос, демагогия и понты - это Ваши персональные проблемы. Которые возникают то ли от возраста, то ли от научного бессилия, то ли от чего еще. В данной теме отвечать на подобную галиматью не собираюсь. Удачи Вам, vb.
В целом на форуме я веду речь о том, что в науке, в частности в биологии и медицине - время застоя. Из которого надо срочно выходить.

Зато я на вашу галиматью отвечать иногда буду. Из спортивного интереса.
Да, кстати, вы с каких пор тут правила устанавливать стали?
Не прощаюсь.
Участник оффлайн! ИНО
Постоянный участник
Донецк



 прочитанное сообщение 04.10.2017 20:24     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

в геном человека помимо всего прочего встраиваются и геномы вирусов, в том числе патогенных. "Секвенирование" учитывает это обстоятельство, или принимает буквы генкода вирусов за буквы генкода человека?

А многие человеческие гены на самом деле и есть "поломанные" вирусные. И так у всех организмов.
по мере деления клеток теломеры хромосом укорачиваются, т.е. генетический материал теряется?

А там изначально нет его. Вообще, прежде, чем пророчить превращение человека в бога через пять-десять лет при условии установления правильной власти, почитали б лучше учебник по молекулярной биологии.
Вот поэтому многие и говорят о том, что на данном этапе развития науки "секвенирование" - лишь хороший способ освоения больших денег; четко оперировать получаемыми данными мы пока не понимаем как; зачастую не ясно, что же у нас за данные на выходе получаются. Только все об этом тихо молчат в трубочку.

А еще больше народу говорит, что Земля плоская и накрыта стеклянным куполом. Кстати, вам с вашей "гипотезой божественной лаборатории" эта точка зрения должна прийтись по вкусу.

Сообщение было отредактировано ИНО - 04.10.2017 20:25
Участник оффлайн! Neo 777
Участник



 прочитанное сообщение 04.10.2017 20:30     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Касаемо доминантных и рецессивных признаков, точнее того, что же представляет собой "доминантность и рецессивность" на уровне последовательности нуклеотидов - открыл дискуссию потому, что в данном вопросе тоже дело ясное, что дело темное.
Естественно, что многие признаки имеют полигеную природу: в этом случае еще сложнее.
Может быть ВСЕ фенотипические признаки таковы?
Но например нас полжизни учат, что есть гипотетические признаки, которые определяются одним геном, двумя его аллелями - А, а. Допустим, организм гетерозиготен по этому признаку, т.е. в одной его гомологичной хромосоме расположен аллель "А", а в другой гомологичной хромосоме, "напротив", расположен аллель "а".
Вопрос: кто может мне привести в качестве примера нуклеотидную последовательность ДНК (!) доминантного аллеля какого-либо гена, а рядышком - нуклеотидную последовательность рецессивного аллеля этого же гена из гомологичной хромосомы? Чтобы - стало ясным, как конкретно на уровне нуклеотидов доминантная аллель отличается от рецессивной.

Я думаю, никто не сможет, потому что вопрос о том, что же такое доминантность и рецессивность на уровне последовательности нуклеотидов - не изучен, или изучен на крайне ограниченном числе признаков.

Отсюда вытекает еще один вопрос - что же такое на самом деле тогда "гомологичные хромосомы?" Чем на физическом уровне определяется их "гомологичность"? Вроде бы, это хромосомы, содержащие одинаковые гены. Что такое "одинаковые гены"? Одинаковые нуклеотидные последовательности? Тогда как же доминантность/рецессивность/полиаллельность? Тогда у нас 2.5 млрд. нуклеотидов в геноме идентичны другим 2.5 млрд. нуклеотидам?
Чем дальше в лес, тем толще партизаны это называется.
Участник оффлайн! ИНО
Постоянный участник
Донецк



 прочитанное сообщение 04.10.2017 21:17     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Скорее так: чем сильнее напрягаешь мозг в странной попытке постичь основы молекулярной биологии и генетики без изучения матчасти, тем сильнее он болит.
Участник оффлайн! Vorona
Постоянный участник
Мурманск



 прочитанное сообщение 04.10.2017 21:47     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

Нео, на молекулярном уровне нет ни рецессивных, ни доминантных генов. На нём можно говорить только о другом типе взаимодействия аллелей. wink.gif Подсказать, о каком, или додумаетесь?

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Neo 777
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.10.2017 23:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

а)можно считать и сплошником и только активную часть и то и то не представляет проблем.
б)Отличия между индивидуумами порядка единиц процентов, это если считать порядками, а если быть точнее, то менее 1%.
в)Секвенирование ничего не учитывает, оно как считывающая головка в винчестере считывает последовательность нулей и единиц, считывает последовательность нуклеотидов. А вот последующий анализ считанных данных учитывает появление вирусных генов в прочитанном тексте.
г)При прочтении геномов NGS одна и та же последовательность повторно прочитывается десятки и сотни раз, точность однократного прочтения там порядка одной ошибки на 10000 нуклеотидов(хотя я может и ошибаюсь)
д)Обычно это клетки крови, как самые безболезненно доступные. А теломеры то вам чем неугодили, там практически нет никакой информации вся информация о теломерах заключена в их длине, которая у человека колеблется по моему где- то вокруг цифры 12-15 или 20kb т.е вся информация о теломерах может поместится в один байт и извлечь эту информацию можно, гораздо более дешевым методом.
е)Никак не быть. Ну есть мутации. Для того и секвенируют много разных геномов, от разных индивидуумов, что бы в том числе обнаружить горячие с точки зрения мутаций участки и попытаться понять связь мутаций с определенным с фенотипом.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Neo 777
Участник оффлайн! patrol
Участник



 прочитанное сообщение 05.10.2017 03:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

ЛОЛ!
Оказывается здесь кто-то знает мол биологию хуже Петра Петровича

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): vb, -Ъ-
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 12.10.2017 09:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

Наверное, тему стоит переименовать в "ликбез".

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): vb, -Ъ-
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 12.10.2017 14:05     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

(Nastja @ 12.10.2017 10:42)
Ссылка на исходное сообщение  Наверное, тему стоит переименовать в "ликбез".

Я устал об этом говорить! mad.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 12.10.2017 14:10     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

(patrol @ 05.10.2017 04:57)
Ссылка на исходное сообщение  ЛОЛ!
Оказывается здесь кто-то знает мол биологию хуже Петра Петровича

Это его же клон, так же как и pApA2017. frown.gif
Да, открыть отдельную ветку с названием "Ликбез" и весь этот бред перенести туда!

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Fanat MMM
Участник оффлайн! Neo 777
Участник



 прочитанное сообщение 13.10.2017 23:34     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

Уважаемая Vorona!
Буду благодарен, если поясните свою мысль.
Если Вам это не трудно.
Уважаемый MMM, спасибо за обстоятельный ответ!
Буду благодарен, если Вы хотя бы в личку укажете, какой конкретной областью биологии занимаетесь.

Ничьим клоном не являюсь.

Сообщение было отредактировано avor - 14.10.2017 08:36

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Fanat MMM
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.10.2017 15:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

(Vorona @ 04.10.2017 19:47)
Ссылка на исходное сообщение  Нео, на молекулярном уровне нет ни рецессивных, ни доминантных генов. На нём можно говорить только о другом типе взаимодействия аллелей. wink.gif Подсказать, о каком, или додумаетесь?

Оне академиев не заканчивали и мелочами не занимаются. Оне глобально мыслють, как осчастливить человечество. Так что подсказать, конечно. Для этого весь топик и заведен.
просто чел не в курсе, что менделевская генетика и молекулярная - это по сути разные области знания с разным инструментарием, методами, терминологическим аппаратом и математикой.
Участник оффлайн! Vorona
Постоянный участник
Мурманск



 прочитанное сообщение 14.10.2017 15:49     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

Окей.
Термины "рецессивный" и "доминантный" были придуманы для признаков. Проявляется признак у гетерозигот — доминантный, не проявляется — рецессивный. На молекулярном уровне одновременно присутствуют оба "признака", так что там только кодоминирование.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Neo 777
Участник оффлайн! Neo 777
Участник



 прочитанное сообщение 23.10.2017 17:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

Теория теорией, практика - практикой.
По теоретическим вопросам еще повоюем).
Товарищи, кто-нибудь по-русски пояснит, что значит опция ""E-Threshold" (Uniprot, Blast)?
Какие значения этой опции следует выставлять, когда пытаюсь найти среди известных белков схожие с заданным мною белком (длина 10 - 150 аа).
Спасибо.

Сообщение было отредактировано Neo 777 - 23.10.2017 17:18
Участник оффлайн! Neo 777
Участник



 прочитанное сообщение 14.11.2017 19:53     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

Интересно мнение местных уважаемых специалистов.
Параллельно дарю тему для исследований.
Идея 54@
Очевидно, что с возрастом генетический материал в половых и соматических клетках человека меняется. Накапливаются различные мутации. Было бы интересным взять секвенированный геном новорожденного (объект "А") и далее последовательно секвенировать геном половых и соматических (разные ткани) клеток клеток объекта "А" через каждое десятилетие (или другие периоды, которые доступны), вплоть до его преклонного возраста. И так на многих людях. И других организмах. Правда, секвенирование должно быть точным, "до буквы".
Думаю, узнали бы много нового.
Задача - определить "до штуки", сколько "букв" генома заменяются с возрастом, в каких участках генома это происходит наиболее масштабно, какие ткани наиболее обильно и как меняют свой "генетический текст". Отсюда уже может быть практический выход и на проблему старения, и на проблему многих болезней.

Зрительно это представляется так: на столе лежат минимум 2 "листка" бумаги, на каждом из которых - таблица размером 100.000*20.000 ячеек (геномная матрица (ГМ) - genomic matrix (GM)@). Первый - GM конкретной ткани человека "А" в момент рождения (особенно важно - половых клеток!); второй - GM конкретной ткани человека "А" в возрасте 60 лет (особенно важно - половых клеток!). На втором листке выделены цветом нуклеотиды, "замененные" на другие в 60-летнем (а так же в 10-, 20, 30.. -летнем) возрасте.

Сообщение было отредактировано Neo 777 - 16.11.2017 18:36
Участник оффлайн! pApA2017




 прочитанное сообщение 14.11.2017 21:56     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

(Neo 777 @ 23.10.2017 18:18)
Ссылка на исходное сообщение  Теория теорией, практика - практикой.
По теоретическим вопросам еще повоюем).
Товарищи, кто-нибудь по-русски пояснит, что значит опция ""E-Threshold" (Uniprot, Blast)?
Какие значения этой опции следует выставлять, когда пытаюсь найти среди известных белков схожие с заданным мною белком (длина 10 - 150 аа).
Спасибо.

Это вехний порог E-Value. Само же это значение показывает можно ли просто наобум попасть в последовательность с точно таким же score. По-факту сам threshold - это аналог входного порога в системах радиосвязи. Т.е. с какого уровня вы сигнал отсекаете. Чем меньше отсекаете, тем больше шума. Больше отсекаете - рискуете сигнал вообще не выделить.
Чем больше E будете выставлять, тем больше у вас будет мусора. По дефолту обычно E-порог выставлен в значении 10.
Участник оффлайн! pApA2017




 прочитанное сообщение 14.11.2017 22:27     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

Насчет выставления значений в зависимости от длины. Чем меньше длина, тем сильнее шум будет мешать. Поэтому надо выставлять E-порог как можно меньше по числовому значению. Чем последовательность длиннее, тем больше можно выставлять значение.
Банально, пример: сравнивая два белка из 10 аминокислот.
У вас вероятность попасть в этот белок длиной последовательности L, будет: E = (10-L+1)*(10-L+1)*(1/20)^L. Мы примем для удобства расчетов (10-L+1)*(10-L+1)=100.
Если взять E=1 и прологарифмировать, то получится 0= log_1/20(100)+L или L=- log_1/20(10) или
L=log_20(100) = 2/lg20= 1,537. Для аминокислот получится где-то одна - две подряд аминокислоты абсолютно случайно. Более наглядно это видно для нуклеиновых оснований. Здесь вычисления меняются незначительно: 2/lg4 = 3,322 - т.е. для последовательности из 10 аминоксилот у вас просто случайно будут всегда совпадать три нуклеотида подряд. Всегда. Делайте выводы.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Neo 777
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.11.2017 11:20     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование

(Neo 777 @ 14.11.2017 17:53)
Ссылка на исходное сообщение  
Параллельно дарю тему для исследований.
Очевидно, что с возрастом генетический материал в половых и соматических клетках человека меняется. Накапливаются различные мутации. Было бы интересным взять секвенированный геном новорожденного (объект "А") и далее последовательно секвенировать геном половых и соматических (разные ткани) клеток клеток объекта "А" через каждое десятилетие (или другие периоды, которые доступны), вплоть до его преклонного возраста. И так на многих людях. И других организмах. Правда, секвенирование должно быть точным, "до буквы".
Думаю, узнали бы много нового.
Задача - определить "до штуки", сколько "букв" генома заменяются с возрастом, в каких участках генома это происходит наиболее масштабно, какие ткани наиболее обильно и как меняют свой "генетический текст". Отсюда уже может быть практический выход и на проблему старения, и на проблему многих болезней.

Зрительно это представляется так: на столе лежат минимум 2 "листка" бумаги, на каждом из которых - таблица размером 100.000*20.000 ячеек (геномная матрица (ГМ) - genomic matrix (GM)@). Первый -  GM конкретной ткани человека "А" в момент рождения (особенно важно - половых клеток!); второй - GM конкретной ткани человека "А" в возрасте 60 лет (особенно важно - половых клеток!). На втором листке выделены цветом нуклеотиды, "замененные" на другие в 60-летнем (а так же в 10-, 20, 30.. -летнем) возрасте.


Все просто обосрались от счастья от такого подарка.
ну вопервых строках письма, спешу вас уверить, что идея не нова и до нее как додумались без вас. Сам удивлен, как это случилось.

Вовторых, вы будете удивлены, но геном половых клеток сильно отличается от соматических. И в первую очередь совсем не за счет мутаций. И самое противное - сколько полрвых клеток, столько и геномов. Конечно, биоинформатика (прикиньте и до матриц додумались без вас!) Может нам помочь разобраться с мутациями, но... впрочем, Может повторить курс средней, очень средней школы? А потом давать советы космического масштаба и столь же космичесеой глупости?

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): -Ъ-
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 15.11.2017 15:06     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #26 множественное цитирование

Такие гениальные идеи были у человека, безвозбезно предлагал, а Вы фейсом об тейбл... smile.gif
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.11.2017 16:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #27 множественное цитирование

(-Ъ- @ 15.11.2017 13:06)
Ссылка на исходное сообщение  Такие гениальные идеи были у человека, безвозбезно предлагал, а Вы фейсом об тейбл... smile.gif

Я сам не сторонник радикальных средств, но иногда помогает только хирургия или карательная психиатрия.
Участник оффлайн! Neo 777
Участник



 прочитанное сообщение 16.11.2017 19:09     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #28 множественное цитирование

Касаемо существа вопроса:
/идея 54@/
1. Хорошо, пусть половые клетки не столь удачный объект на полногеномное секвенирование, в силу разных причин (гаплоидности, повышенной перекомбинации генетического материала и т.д.). Хотя и тут надо подумать, что можно выжать именно из секвенирования половых клеток.
Но кроме генеративной в организме имеется еще ряд тканей, полногеномную последовательность которых было бы интересно получить в разном возрасте - от младенчества до глубокой старости, для того, чтобы сравнить, в каких местах генома наиболее интенсивно идут перестройки/замены "букв" с возрастом, какие ткани наиболее "консервативны" и "лабильны" в этом смысле, как можно увязать болезни, процессы старения, срок жизни конкретного индивидуума с изменениями в его геномной матрице (GM, @, см. выше). Задача - построить патогеномную сетку (PGM, @, см. выше) для многих индивидуумов, далее - обобщить данные на вид в целом. Задача на будущее - научиться блокировать/замедлять нежелательные изменения нуклеотидных последовательностей, начиная с ранних этапов онтогенеза ("с детства").
2. Могу ошибаться, но сейчас никто не додумался секвенировать геном младенца, а также внутриутробно развивающегося плода.
3. Вопрос: на каком самом раннем этапе внутриутробного развития наши технологии позволяют взять биоматериал для полногеномного секвенирования генома эмбриона?

Сообщение было отредактировано avor - 16.11.2017 19:35
Участник оффлайн! Vorona
Постоянный участник
Мурманск



 прочитанное сообщение 16.11.2017 19:40     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #29 множественное цитирование

Ну так подумайте маленько, каким образом можно взять материал плода, если не знаете. Погуглите. Чего всех раскручиваете на снабжение Вас информацией?
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 16.11.2017 19:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #30 множественное цитирование

2. Могу ошибаться, но сейчас никто не додумался секвенировать геном младенца, а также внутриутробно развивающегося плода.

Аднака, асибаеся.

3. Вопрос: на каком самом раннем этапе внутриутробного развития наши технологии позволяют взять биоматериал для полногеномного секвенирования генома эмбриона?

Аднака, Pubmed'a ситать нада. Тама се написана. Эктодерма знаеся се тако?
Guest
IP-штамп: frG1gE1TohpHQ
гость



 прочитанное сообщение 16.11.2017 21:49     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #31 множественное цитирование

Касаемо существа вопроса:
/идея 54@/


1. кайф, а дальше что? (а собака это типа копирайта на придуманные термины?)
2. это уже делали и не раз, вот например https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29032163 набираете sequencing of human embryos на пабмеде и вперёд
3. можно сделать биопсию ворсинок хориона, как при пренатальном скрининге для поиска хромосомных абераций делают.
Участник оффлайн! Fanat MMM

СПб



 прочитанное сообщение 16.11.2017 22:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #32 множественное цитирование

Касаемо существа вопроса:
/идея 54@/


1. кайф, а дальше что? (а собака это типа копирайта на придуманные термины?)
2. это уже делали и не раз, вот например https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29032163 набираете sequencing of human embryos на пабмеде и вперёд
3. можно сделать биопсию ворсинок хориона, как при пренатальном скрининге для поиска хромосомных абераций делают.
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 16.11.2017 23:14     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #33 множественное цитирование

Я даже немного завидую нео. Приятно, наверное, жить с таким стерильным мозгом? Многие знания - многие печали.
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 16.11.2017 23:16     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #34 множественное цитирование

Еще анекдот вспомнился. Закнчивается: что, все циплята сдохли? Жалко, у меня еще столько идей было.

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 17.12.17 11:18
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft