Я лично в название файла с пдфкой включаю полное название статьи, фамилию первого автора и год. Хранятся у файлы в папках по фамилии завлаба. Эти папки далее объединяются в более крупные папки по названию проблемы. Мой личный опыт показывает, что пользоваться чужими архивами бессмысленно, а давать кому-то свой архив в лучшем случае вернется к вам "спасибой" , а в худшем случае может обернуться еще и проблемами. Так что речь идет о том, что вы собираете свой личный архив, в статьях делаете личные пометки для себя, и естественно все вручную, потому что статьи в своем архиве надо читать и перечитывать - это же для работы а не для красоты. Такая вот у меня текущая точка зрения на это дело.

  Всё разумно, кроме завлаба. Как однозначно понять кто из них завлаб? А если среди авторов нет завлаба? А если среди авторов несколько завлабов? А если кто-то периодически меняет завлабов? Завлаб вообще может не иметь никакого отношения к работе, но в одной из статей включён в число соавторов по политическим соображениям...

  Полнотекстовые поисковики неудобны - например, при поиске статьи по названию/авторам будут находиться и все те, у которых искомая статья есть в списке литературы. По любому pdf-ки надо как-то упорядочивать вручную.

  Ничего подобного. В ДВЫГУН Смарт Сеарч вы можете искать как по всему тексту и мета-полям, так и отдельно. Например поиск по телу ПДФ файла, его названию (первым предложениям), по имени файла (полностью с папкой), по размеру и т.д.

в конце этого года я планирую перевести программу на Open Source основу

А интерфейса доступа к ПДФ и жестких правил форматирования статей нет. Фиг поймеш, где у ПДФа заголовок, где список авторов...

если чесно, то впервые слышу о подобной программе

Так что если вы пользуетесь какой-то программой, и моим PDFManager, то присылайте мне таблицу соответствия полей для импорта новых записей. А я погляжу, что можно сделать

  2 VEG:
1) Отличная программа, но что делать пользователям с Mac/Linux? Трудно ли переписать программу на интерпретируемом языке (хотя бы без GUI)?
2) 30% моих PDF не с PubMed. Что делать?
3) Не собираетесь ли написать модуль экспорта в BibTeX? Для него, кстати, есть очень приличный "коннектор" с PDF --- cb2bib ( http://www.molspaces.com/cb2bib/ ) ПосмотрИте, Вам (и прочим участникам) может быть, будет интересно.

  Имеется куча статей, которые находятся в папке и среди них найти нужную нетак уж просто. Причём такая кучка имеется у каждого в лабе. Хотелось бы всё это объединить в одно целое так, чтобы поиск был наподобии с ПубМед т.е можно быдо искать и по автору, по названию (его части), +удобный интерфейс, может даже абстрацт показывала бы.

 
С тех пор программка немного модифицировалась и подросла. Самое последнее изменение- теперь локальную базу данных PDF-файлов можно экспортировать в EndNote! Т.е. вы получаете отдельную новую базу EndNote, содержащую помимо стандартных ссылок на PubMed и библиографической информации еще и прямой линк на локальную копию данной статьи.

Я буду благодарен различным замечаниям по использованию программы, что надо поменять/добавить.

  2 GM: Я писал PDFManager используя EndNote 9 для тестов. Дейтвительно, проблема именно в более ранней версии- в ней исползуются немного другие коды для импорта/экспорта полей.
Я вам отправил "личное письмо" с деталями.

В общем и целом, я хочу добавить совместимость с более старыми версиями тоже, но к сожалению не в ближайшее время. Пока в качестве временного решения, могу предложить инструкцию, как все сделать самостоятельно.

  Спасибо огромное!
А нет мазы повесить в хелп на сайте refscout.com и/или добавить в хелп программы, как обращаться с ранними версиями EndNote? Я думаю, если это сделать, народ потерпит без проблем, пока совместимость не наладится.