molbiol.ru -> Филогенетический анализ семейства белков-гомологов

> Все форумы > Тематические форумы > Молекулярная и клеточная биология

Zbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Правила FAQ* Поиск* Участники* Календарь* Избранные темы* Форум Форумов*

Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ]

Форум:

* Филогенетический анализ семейства белков-гомологов -- comments to a permanent page of the site --

Тема связана с: Анализ белков-гомологов
Кураторы темы:* daniil_naumoff
Чёрный список: гости
NB! в теме нельзя обсуждать тех, кто внесён в чёрный список
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

Forum robot
Постоянный участник
на сервере в Москве

06.04.2006 14:00

URL #1

Комментарии к постоянной странице сайта: Филогенетический анализ семейства белков-гомологов

From Daniil Naumoff:
Пожалуйста, подписывайте свои вопросы, если задаёте их не регистрируясь. Мне важно понимать, их задаёт один и тот же человек или разные.

daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia

06.04.2006 14:03

URL #2

Как дополнение к этой статье очень полезно ознакомиться с http://zbio.net/forums/index.php?showtopic=79080 По данным этой работы реальное количество семейств, объединяющих уже известные белки, может превышать 50 тысяч, но большинство из них пока никак не аннотированы.

Пожалуйста, подписывайте свои вопросы, если задаёте их не регистрируясь. Мне важно понимать, их задаёт один и тот же человек или разные.

Гocть
IP-штамп: frftLGqhpFF.A
гость

06.04.2006 14:04

URL #3

"На последней стадии из готового множественного выравнивания следует удалить те позиции (столбики аминокислот), которые в большинстве белков соответствуют делециям, а так же наиболее вариабельные позиции, правильность (однозначность) выравнивания в которых вызывает сомнение."

Поясните данный пункт, пожалуйста. Ведь это приведет к менее "биологическому" выравниванию?

Гocть
IP-штамп: frftLGqhpFF.A
гость

06.04.2006 14:05

URL #4

Еще один вопрос - что такое "псеводреплики"?

daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia

06.04.2006 14:07

URL #5

(Гocть @ 06.04.2006 12:04)

1. Позиции, которые в большинстве белков соответствуют делециям. Посмотрите на Рисунок 3. Я специально выбрал такой фрагмент множественного выравнивания, который иллюстрирует этот случай: позиции от 955 до 992. Явно, что все последовательности, содержащие этот участок произошли от общего предка, у которого (относительно недавно) произошла вставка соответствующего фрагмента ДНК. То есть одно эволюционное событие привело к изменениям по нескольким десяткам позиций. Если мы станем учитывать этот участок при построении древа, то это искусственно сблизит все последовательности, содержащие этот участок (также как сблизит между собой и все последовательности не содержащие его).

2. Наиболее вариабельные позиции, правильность выравнивания в которых вызывает сомнение. Речь идёт, например, о таких случаях, когда мы легко выравниваем два высоко консервативных участка, а фрагмент последовательности между ними выровнять сложно. Он есть во всех белках (это отличие от предыдущего случая), но имеет у них неодинаковую длину. В такой ситуации лучше вообще исключить из расмотрения данный фрагмент, чем необоснованно отдать предпочтение одному из нескольких альтернативных вариантов выравнивания, "биологичность" которых будет вызывать большие сомнения.

(Гocть @ 06.04.2006 12:05)

Еще один вопрос - что такое "псеводреплики"?

Речь идёт о бутстреп-анализе. Происходит независимое построение большого числа деревьев (это и есть "псевдореплики") и их последующее "усреднение". При этом каждому узлу на древе приписывается его достоверность (число деревьев, где он существует). В качестве примера, на Рисунке 4 указана бутстреп-поддержка каждого из узлов (всего получено 1000 псевдореплик).

Гocть
IP-штамп: frftLGqhpFF.A
гость

06.04.2006 14:07

URL #6

Спасибо за ответы. Последний вопрос про псеводреплики (просто я не знаком с этими алгоритмами). Я правильно понял, что каждая из них строится для одного множества инпутных сиквенсов и на выходе получается каждый раз новая, но похожая на предыдущие, псевдореплика? Если это так, то почему это поисходит?

daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia

06.04.2006 14:08

URL #7

(Гocть @ 06.04.2006 12:07)

Каждый раз используемое на входе множественное выравнивание немного модифицируется "случайным" образом.

protein
Постоянный участник
Magyarország

12.04.2006 18:43

URL #8

Извините за банальный вопрос, но я споткнулся на программе Clustalw: подскажите, как правильно вводить последовательности (я пробовал в формате SwissProt, через запятую), но программа говорит, что видит одну поседовательность

daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia

12.04.2006 20:29

URL #9

FASTA-формат (никаких запятых)

Chromocenter
Постоянный участник
Вниз по Янцзы от Ухани на право, за озером

19.04.2006 17:09

URL #10

Даниил, а почему минимум - это именно четыре разные последовательности. Что мешает выравнивать три?

daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia

19.04.2006 17:59

URL #11

(daniil_naumoff @ 19.04.2006 18:31)

8. Выравнивать можно любое число последовательностей, в т.ч. (в простейшем случае) - две. Однако филогенетический анализ осмысленен только при наличии не менее 4 объектов, так как для трёх возможен лишь один вариант топологии "Y".

Guest
IP-штамп: frfSn4XCkbZ8s
гость

19.06.2006 08:09

URL #12

Даниил, какие программы Вы могли бы посоветывать для поиска консервативных участков белков-гомологов, желательно с применением статистических оценок достоверности найденных участков? Извиняюсь за то, что вопрос не совсем по теме.

daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia

19.06.2006 12:34

URL #13

MACAW (Multiple Alignment Construction and Analysis Workbench)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.f...st_uids=2006136

-vr
Участник
Москва

19.06.2006 16:31

URL #14

(daniil_naumoff @ 19.04.2006 18:59)

Выравнивать можно любое число последовательностей, в т.ч. (в простейшем случае) - две. Однако филогенетический анализ осмысленен только при наличии не менее 4 объектов, так как для трёх возможен лишь один вариант топологии "Y".

Позвольте придраться

Если мы берем не весь локус а фрагмент, то минимум - три сиквенса, так как один из них может оказаться предковым для двух других.

Не понял - это Вы про выравнивание или про построение деревьев??? И в чём принципиальное отличие между локусом и фрагментом локуса?

Сообщение было отредактировано daniil_naumoff - 19.06.2006 17:20

daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia

21.11.2006 16:13

URL #15

Marco Carreras перевёл текст статьи на итальянский язык: статья (pdf-формат, около 500kb)

guest: _vr
IP-штамп: frDuZMZ1lhTdY
гость

21.11.2006 18:43

URL #16

(_vr @ 19.06.2006 15:31)

Не понял - это Вы про выравнивание или про построение деревьев??? И в чём принципиальное отличие между локусом и фрагментом локуса?

Про деревья. Можно это распространить и на выравнивания. Но сразу оговорюсь: для обсуждаемой темы это периферийный случай. Это имеет значение только для внутривидовых филогений. Здесь Ваше утверждение о "неосмысленности" случая трех таксонов выглядит странным. Вполне реальный, живой вариант может быть предковым для других вариантов при соответствующем разумном выборе рута. И это касается не только тривиального случая нескольких сиквенсов. В статьях по Штейнеровской проблеме (в биологии) довольно часто говорят "мы будем рассматривать только те возможные деревья где терминалы являются узлами-листьями". Почему, простите? Из соображений сложности вычислений? С содержательной точки зрения, при высоком уровне гомоплазии кусок локуса может сохраниться в своей предковой форме, это очевидно. А если взять весь локус, допустим он достаточно велик, то для сильно разошедшихся вариантов такая ситуация уже неправдоподобна. Если же разрешить терминалам иметь потомков то разницы между частичным и полным сиквенсом не будет, по крайней мере в указанном смысле.

daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia

21.11.2006 19:35

URL #17

(guest: _vr @ 21.11.2006 18:43)

Здесь Ваше утверждение о "неосмысленности" случая трех таксонов выглядит странным. Вполне реальный, живой вариант может быть предковым для других вариантов при соответствующем разумном выборе рута.

Так у Вас опять получается четыре сиквенса: три одного вида + "рут"...

Guest
IP-штамп: frDuZMZ1lhTdY
гость

21.11.2006 21:11

URL #18

Допустим взяли два близких 1 и 2 и совсем отдаленный 3 но от того же вида, надеясь увидеть искусственный рут 4. А минимальной оказалась длина дерева с корнем 2 (и потому неопределенным рутом). Случай тривиальный, но при "урезании" любого локуса неизбежный. В реальных случаях от одного вида скорее будет несколько таких "звездочек" внутри сети а рут (если укореняли другим видом) конечно будет внешний искусственный, то есть "правильный".

Собственно, я говорил об эффекте когда при уменьшении числа сайтов по нескольку узлов сразу становятся неразличимы и могут оказаться "предками" чуть более отдаленных соседей. Вроде замечание абсолютно тривиальное.

guest: Елена
IP-штамп: fr.x6lct0Nsto
гость

05.03.2007 13:56

URL #19

Здравствуйте, Даниил!

В вашей статье упоминается термин "бутстреп-анализ", не могли бы вы пояснить его значение поподробнее, либо помогите, пожалуйста, ссылками на соответствующую термину литературу.

Заранее огромное спасибо!

daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia

05.03.2007 14:26

URL #20

(guest: Елена @ 05.03.2007 13:56)

1. Прочтите сообщение 5 в этой теме.
2. А также посмотриье ссылки:
http://kodomo.cmm.msu.ru/~mazin/term3.html (блок 3)
http://www.plantclon.ru/gbsad/billboard/referat.doc
http://www.krc.karelia.ru/doc_download.php...able_ident=1446
http://kodomo.cmm.msu.su/~cherry/Term3/Practice15.doc

SH-Anastasia

01.08.2007 11:26

URL #21

Здравствуйте, Даниил!

Работаю с группой белков, делаю выравнивания, строю деревья, работаю с BioEdit, PHYLIP и clustalw. все работает замечательно, кроме одного - где бы и как бы я не делала бутстреп анализ, на деревьях не прописываются данные бутстреп анализа! Открывала деревья программами TreeView, TreeViewX, PhyloDraw 0.8.... и ничего... может есть какой-нибудь другой софт? или есть какие-то особенность у PHYLIP и clustalw, которые я не заметила?....

Помогите, пожалуйста, разобраться...

Анастасия.

daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia

14.08.2007 18:28

URL #22

В TreeView есть опция - Show internal edge labels.

guest: Петр
IP-штамп: frwHRv5zEzGDY
гость

07.12.2007 13:22

URL #23

Извините за банальный вопрос.. я начал заниматься белками и нигде не могу найти информацию о том, каким образом семейства объединяют в кланы?? по свойствам? структуре? заранее благодарен.

daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia

07.12.2007 14:21

URL #24

По структуре. Но вообще-то желательно говорить о какой-то конкретной классификации, а не в общем виде. За все классификации я не могу отвечать...

guest: Петр
IP-штамп: frwHRv5zEzGDY
гость

07.12.2007 15:44

URL #25

Даниил, Вы не могли бы подсказать где найти информацию по филогенетическим деревьям генов? можно ли использовать программу для построения деревьев белков для построения дерева генов? спасибо..

Guest
IP-штамп: frwtRhwt.7O.w
гость

09.12.2007 20:18

URL #26

я не биолог, достаточно случайно зашел на этот форум. Но классификация аминокислотных последовательностей по уровню подобия и построения дендрограмм выглядит "вещью в себе", но мой взгляд.
Туча биологов строет эти деревья, они их публикуют и никто вразумительно не может обьяснить как же эти деревья будут использованы и где они могут пригодиться. Ну есть эти деревья, ну и что? Во-первых, мне кажется, что трудно понять какое отношение эти дендрограммы имеют к реальности, так как скорости аминокислотных замен не известны и они могут меняться в ходе эволюции. Во-вторых, может быть подобие поледовательнстей без эволюционного родства. В третьих, эволюционно-подобные последовательности могут быть не подобны друг лругу в смысле гомологии последовательностей. И в четвертых, пространственные структуры могут быть идентичны у белков, у которых нет подобия аминокислотных последовательностей и их нельзя свести в гомологичные семейства.
Может уважаемый daniil_ сможет тезисно написать зачем он этим занимается, есть ли какой-то реальный смысл в его работе?

daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia

10.12.2007 12:54

URL #27

(guest: Петр @ 07.12.2007 15:44)

В упомянутом в статье пакете программ PHYLIP есть и программы для анализа нуклеотидных последовательностей. Принципы примерно такие же. Но я не вижу смысла анализировать белок-кодирующие гены на уровне ДНК (если речь не идёт о близкородственных организмах, где гомология выявляется и в интронах).

daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia

10.12.2007 13:07

URL #28

(Guest @ 09.12.2007 20:18)

Мой совет - начать с чтения учебников. Разобраться в том, что такое "филогенетическое древо" и "гомология", а также в том, какая существует связь между первичной и третичной структурой белка. Хочу обратить Ваше внимание, что в моей статье не упоминаются понятия "подобие" и "дендрограмма". Если Вы хотите вести обсуждение в таких терминах, то Вам скорее в эту тему: http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=185063

__vr
IP-штамп: frDuZMZ1lhTdY
гость

10.12.2007 19:06

URL #29

(Guest @ 09.12.2007 19:18)

Во-вторых, может быть подобие поледовательнстей без эволюционного родства.

крамольная фраза

был бы я админ - забанил бы такого гостя навсегда

Guest
IP-штамп: fr0DcpTnznsO2
гость

10.12.2007 21:18

URL #30

понятно, что крамольная, так вся наука "древовидных людей" рушится, если принять этот тезис. Обратное не доказано, я думаю, что это даже вообще невозможно доказать.
забанить - замечательно, ранее даже стреляли...

daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia

11.12.2007 13:05

URL #31

Зачем банить? Пусть лучше гость объяснит, что он понимает под "подобием поледовательнстей"? Какую пару последовательностей он считает подобными, а какую нет?
P.S. И ещё я бы приветствовал, если бы участники дискуссии регистрировались бы (что никак не нарушает анонимности, если она Вас так сильно безпокоит), это облегчает общение.

guest: Петр
IP-штамп: frwHRv5zEzGDY
гость

11.12.2007 17:36

URL #32

спaсибо, про Phylip все понял, но остались вопросы по кланам. я посмотрел Ваши статьи, Вы рассматриваете клан GH-D с семейством белков 27 и не понял по какому принципу объеденены 27, 31, 36 : 3D структура такая же как у GH-A , GH-H и GH-K и одинаковый механизм Retaining и т.д.
Пожалуйста, объясните принцип объединения белков в клан.

daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia

12.12.2007 12:24

URL #33

Теперь становится ясно, что Вы спрашиваете про кланы гликозил-гидролаз из CAZy (это не единственная классификация, которая выделяет иерархический уровень кланов). Вот таблица кланов (немного устаревшая, так как GH31 теперь включили в состав GH-D):

картинки уже нет на сайте: CAZy_clans.jpg

картинки уже нет на сайте: CAZy_clans.jpg

Действительно, каталитические домены четырёх кланов имеют пространственную структуру TIM-бочонка и при этом сохраняют оптическую конфигурацию субстрата в процессе реакции гидролиза. Ещё целый ряд семейств, невошедших в состав кланов, тоже имеют структуру TIM-бочонка (механизм может быть разный). Кланы GH-D и GH-H отличаются от GH-A и GH-K по пространственной ориентации расщепляемой гликозильной связи. Семейства объединялись в кланы исторически (т.е. в один клан исходно помещались те семейства, в родстве которых у авторов классификации не было сомнения). В дальнейшем существующие кланы пополнялись дополнительными семействами и выделялись новые кланы, но ранее существующие кланы никогда не объединялись в один. Хотя я и вижу в этом определённый смысл, но всё же это скорее отражает личные предпочтения авторов классификации (Henrissat, Coutinho, etc.).

P.S. Рисунок воспроизведён отсюда, тамже можно найти дополнительную информацию по теме.

Сообщение было отредактировано daniil_naumoff - 12.12.2007 12:31

Картинки:
CAZy_clans.jpg — (452.67к) 12.12.2007 — 11.09.2008

Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.

Имя:

Отправка сообщений использует JavaScript операции. В вашем броузере не
установлено/отключено выполнение JavaScript программ. Используйте Netscape Navigator
или Internet Explorer (не ранее 3 версии); убедитесь, что выполнение JavaScript
программ разрешено в настройках вашего броузера.