Благодаря правам куратора удалил спамовую рекламу фильмов, обрушившую весь форум. Похоже, штатные кураторы со спамом не справляются, и пора рассмотреть вопрос о присвоении "прокураторских" прав каждому автору топика.

Лозунг дня:
"Каждому топику - по куратору!"

а какой грант получил генсек, если не секрет?

Не секрет.

"Разработка готовых гелей для электрофоретического анализа ДНК"

http://www.fasie.ru/fund_programms/Starts/...ut-program.aspx

http://www.fasie.ru/documents/programms/St...068_n5_(1).aspx

Генсек, не говори!!!!!! Вычислят....

Мои поздравления !
Я сейчас с ними пурхаюсь по двум грантам - взрослое отношение к детским деньгам... Хотя, наверное, по другому и не бывает... Реализация то будет через год ?

Да все кому надо, уже всех вас трёх богатырей (Ъ, Guest1 и genseq) вычислили
ну и ещё всяких the problem по мелочам

Ну, меня-то вычислить не сложно, поскольку никогда и не скрывался .
Но почему-то вспоминается детский анекдот о ковбоях и неуловимом Джо.

На горизоне вдруг промелькнула чья-то тень, и Билл спросил у Сэма:
- Сэм, чья это тень?
- А, это неуловимый Джо.
- Сэм, а почему он неуловимый?
- Да потому, что и нахрен никому не нужен.

а как все собравшиеся думают, может ли кого то привлечь предложение использовать один из российских солидов в области оказания услуг по геномному секвенированию?

делай готовые агарозные гели размером 5х8 сантиметров с ГелСтаром под эту
карманную гель-документейшн систему

видит 0.1 нанограмм ПЦР продукта в полосочке

http://www.medprobe.no/files//FlashGel%20tilbud.pdf

Гели пока делаю 84х126 мм (2х12 или 4х12), поскольку это наиболее распространённый и привычный формат (крышечка от ИФА-плашки). Перейти на формат 5х8 см не сложно, но боюсь, что в России они не будут пользоваться популярность.

Думаю, что раньше. Гели уже есть, но продавать их ещё не научился. Правда, оформление платёжек (т.е. приобретение материалов) уже освоил, а вот выписку счетов (т.е. продажу) ещё нет . Поэтому обзываю готовые гели "экспериментальными образцами" и раздаю их бесплатно.

А это будет дешевле, чем в GATC?

по идее, конечно, дешевле... НЕо только найдутся ли те, кто сможет реактивы оплатить?

ГАТЦ не ориентир - это коммерческое предприятие.
Если будет дешевле, чем западные кор-фасилити, да еще с хорошим качеством, то почему нет?

Но:
- прилагаются ли к оным приборам квалифицированные бионформатики... или их можно "пересчитать по пальцам, не учитывая пальцы рук и ног"? © Генсек
- ваши реактивы на таможне не протухнут?
- цена за образец?
- растаможка образцов через ж... или будет нормальный канал?

солидами врядли "отсеквенируете" - даже "ресеквенировать" бактерию умучаетесь
дырки закрывать - прийдется 454 или стандартным капиллярником -
ну и кто этим будет заниматся ?

ресеквенировать можно с помощью версии 3, вроде как обещают 2х50, а если постараться, то можно довести и до 2х70. С биоинформатиками- реальная проблема. Мы пользуемся вельветом для де ново сборок. С реактивами- все в белую. У меня вопрос к сообществу. Найдутся ли у кого либо деньги на запуск приборов. В любом случае это десятки тысяч зеленых денег?

1. Денег не найдётся.
2. Если они и найдутся, то из-за таможенных сборов (40%) всё равно будет дешевле прокатиться в Германию или в США и заказать секвенирование там.
3. Можно и не кататься, а заказать геномное секвенирование в российском представительстве компании Knome (http://www.knome.com/ru/home/), которая обеспечивает всю биоинформатику, а секвенируют для них китайцы.

Сможете конкурировать с китайцами?

а вы не в курсе, то что они называют секвенТированием (причём так везде на сайте, т.е. это не опечатка) - это какой-то специальный вид секвенирования, или что?

В курсе. "Секвентирование" - это термин, изобретённый российским представителем фирмы Knome, выступающим под псевдонимом "Сергей Сергеев" . Но "крышует" эту фирму сам Чёрч, а это значит, что в центральном офисе подобных огрехов нет, да и проблем с биоинформатикой тоже.

Черч-БОЛТУН и ХОХОТУН - развешиватель "лапши на уши " обитателям развивающихся стран

Помнится, в 454 были проблемы с чтением длинных однобуквенных повторов. Эти проблемы остались или как?

Естественно, остались.

Жаль

Держу книжечку в руках с Вашим и К.Г. Скрябина соавторством. Чему ж у соавтора не спросите?

Genseq, это правда?! насчёт соавторства?

Стыдно, конечно, но это правда . Правда, я об этом узнал совсем недавно. И сначала даже обрадовался. Но когда увидел список соавторов и почитал текстовку, то радость быстро улетучилась. Это совершенно не отредактированная (редактор - К.Г.Скрябин) компиляция из каких-то плохо связанных кусков. Есть там и мои куски, выдернутые из текста обзора "Секвенирование - 2007", причём в некоторых местах текст так "отредактирован", что хотелось бы перередактировать обратно, т.е. в зад.
За свой "базар" готов ответить, а за редакторскую правку и за трёп окружающих соавторов не берусь. Утешает только то, что тираж этой брошюрки ограничен и распространяется она исключительно "в узком кругу ограниченных лиц".

Пытался в позапрошлом году разместить свой обзор в Zbio на этом сайте, но Редактор на мои неоднократные предложения ни разу не откликнулся . Сейчас содержащаяся там информация основательно устарела, но неожиданно некоторые куски, местами с искажениями , попали в вышеупомянутую книжицу. Исходно всё выглядело так:

Ну и что? А Генсек может себе позволить не быть знакомым с соавтором. Генсека надо знать лично, тогда не задавали бы такие смешные вопросы.
Ну не умеет пробивать мегапроекты, но зато по настоящему генерирует научные идеи, которыми бессовестно пользуются другие.
И вообще, отвалите от Генсека, пока я добрый

Генсек, все путем, не дрейф

Да я и не дрейфю . Но всё равно стыдно .

если не знаком, это другое дело. хуже, если бы он был с ним заодно.
Лично не знаю, увы

Это очень, очень на него похоже! В общем, Вы повторили судьбу многих других хороших людей - люди делают то, что им интересно и то, что они хорошо умеют, а потом приходит некий дядя, который нихрена в этом не понимает - и публикует это под своим именем.

Шаров - провокатор!

ну если только от большого стыда.... в чём можно усомниться

смотря какого человека

Можете предложить кандидатуру?

ВВП

Вы опоздали - голландская "Терешкова" уже слетала в космос
Так что феминистки удовлетворены "первым женским геномом"

А он заплатит?

Правильно мотивированный исполнитель делает работу за свой счёт...

это что-то из серии "правильно зафиксированный пациент в анестезии не нуждается".

Nat Rev Genet. 2009 Jan;10(1):57-63
RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics.
Wang Z, Gerstein M, Snyder M.

Department of Molecular, Cellular and Developmental Biology, Yale University, 219 Prospect Street, New Haven, Connecticut 06520, USA.

RNA-Seq is a recently developed approach to transcriptome profiling that uses deep-sequencing technologies. Studies using this method have already altered our view of the extent and complexity of eukaryotic transcriptomes. RNA-Seq also provides a far more precise measurement of levels of transcripts and their isoforms than other methods. This article describes the RNA-Seq approach, the challenges associated with its application, and the advances made so far in characterizing several eukaryote transcriptomes.

1: Methods. 2009 Mar 9.
ChIP-seq: Using high-throughput sequencing to discover protein-DNA interactions.
Schmidt D, Wilson MD, Spyrou C, Brown GD, Hadfield J, Odom DT.

Department of Oncology, Hutchison/MRC Research Centre, Hills Road, Cambridge, CB2 0XZ, UK; Cancer Research UK, Cambridge Research Institute, Li Ka Shing Centre, Robinson Way, Cambridge CB2 0RE, UK.

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) allows specific protein-DNA interactions to be isolated. Combining ChIP with high-throughput sequencing reveals the DNA sequence involved in these interactions. Here, we describe how to perform ChIP-seq starting with whole tissues or cell lines, and ending with millions of short sequencing tags that can be aligned to the reference genome of the species under investigation. We also outline additional procedures to recover ChIP-chip libraries for ChIP-seq and discuss contemporary issues in data analysis.

еще и ЦНВ-сек добавился

РНК-сек, ЧИП-сек, ЦНВ-сек - пора генсека менять на ГЕН-сек

http://www.biomedcentral.com/1471-2105/10/80

"Мукраарреям" и всяким там "вычитающим гибридизациям"
наступает полный и бесповоротный капец !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
Ура товарищи !!!!!!!!!! Революция о которой так долго говорил Ген-Сек - свершилась!!!!!!!!!!!!

СНИП-Сек ?

Nat Methods. 2008 Mar;5(3):247-52.
SNP discovery and allele frequency estimation by deep sequencing of reduced representation libraries.
Van Tassell CP, Smith TP, Matukumalli LK, Taylor JF, Schnabel RD, Lawley CT, Haudenschild CD, Moore SS, Warren WC, Sonstegard TS.

Bovine Functional Genomics Laboratory, United States Department of Agriculture, Agricultural Research Service, 10300 Baltimore Avenue, Beltsville, Maryland 20705, USA. curt.vantassell@ars.usda.gov

High-density single-nucleotide polymorphism (SNP) arrays have revolutionized the ability of genome-wide association studies to detect genomic regions harboring sequence variants that affect complex traits. Extensive numbers of validated SNPs with known allele frequencies are essential to construct genotyping assays with broad utility. We describe an economical, efficient, single-step method for SNP discovery, validation and characterization that uses deep sequencing of reduced representation libraries (RRLs) from specified target populations. Using nearly 50 million sequences generated on an Illumina Genome Analyzer from DNA of 66 cattle representing three populations, we identified 62,042 putative SNPs and predicted their allele frequencies. Genotype data for these 66 individuals validated 92% of 23,357 selected genome-wide SNPs, with a genotypic and sequence allele frequency correlation of r = 0.67. This approach for simultaneous de novo discovery of high-quality SNPs and population characterization of allele frequencies may be applied to any species with at least a partially sequenced genome.

Брейк-Сек ?

http://genome.cshlp.org/content/18/7/1143.long

Метил-Сек ?

http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlere...bmedid=18278030

Ген-Сек - похоже раздел "Методы" на www.molbiol.ru прийдется тебе
переписывать

Говорил я Генсеку очень давно, что надо бы запатентовать свой ник. Я лично свой застолбил, так что скоро буду воевать с КомерсантЪ

Угу - Ген-Сек , Ким-Чен-Ыр и тд