Полная версия страницы  English  

Анализ выживаемости

ihlindham, 12.06.2017 18:00
Доброго времени суток.

Столкнулся со следующим вопросом. Показатели "выживаемости" (насекомых в частности). Пишу в кавычках потому, что конкретные формулы ни в учебных пособиях ни в монографиях ни в научных статьях я именно для термина "выживаемость" не нахожу. Есть методы анализа выживаемости (выделенное уже без кавычек) которые хорошо описаны в монографиях, зашиты в SPSS и прочие программы и ими весь мир пользуется. Например в англоязычных статьях часто можно встретить среднее время выживания и проч. Есть всем хорошо известный метод Каплана-Мейера, есть масса других. Но нигде в русскоязычных источниках я не вижу конкретного способа расчета именно "выживаемости". Между тем эти термином очень лихо оперируют в русскоязычных научных статьях. В статье пишется, что мол, "ниже в таблице приведена выживаемость насекомых". Сама таблица также громко названа "Выживаемость ...имуса". Но в самой шапке таблицы при этом слово "выживаемость" не фигурирует. Пишут "выжило особей", "погибло особей" и т. д. Кстати, аналогичное я вижу в медицинских публикациях. То есть по моему наблюдению слово "выживаемость" это некий собирательный термин который непосредственно не рассчитывается и не конкретизируется. То есть это некий класс понятий.

Мой вопрос: если я все-же заблуждаюсь - подскажите в каком учебном пособии или монографии (то есть в авторитетном научном источнике) можно найти формулу (или методику) расчета именно "выживаемости". Повторяю не среднего времени выживания, не средней продолжительности жизни, а именно "выживаемости".
ИНО, 12.06.2017 18:14
Так формула в данном случае сама собой разумеющаяся: сколько осталось разделить на сколько было и по вкусу умножить на 100%.
Musolin, 12.06.2017 18:16
Ммм... В экологических, экофизиологических работах обычно выживаемость (survival) совершенно элементарно понимают как %% доживших. Например, если осенью в природном эксперименте я поставил 100 особей, а весной из них живых 30, а мертвых 70, то я пишу, что выживаемость за этот период в этих условиях была 30%, а смертность - 70%. Если 5 повторностей в один год или наблюдения за 5 лет, то можно посчитать среднюю выживаемость или смертность или зависимость выживаемости от температуры.

Никогда не вызывало вопросов такое употребление у рецензентов.

Т.е. выживаемость это %% выживших за некий период в неких условиях (всегда нужно конкретизировать).
ihlindham, 12.06.2017 18:18
(ИНО @ 12.06.2017 19:14)
Ссылка на исходное сообщение  Так формула в данном случае сама собой разумеющаяся: сколько осталось разделить на сколько было и по вкусу умножить на 100%.


Спасибо, но мне нужно не "по вкусу", а - конкретный авторитетный литературный источник: авторы, название, год издания, издательство, глава, страница, методика формула.
ihlindham, 12.06.2017 18:23
(Musolin @ 12.06.2017 19:16)
Ссылка на исходное сообщение  Ммм... В экологических, экофизиологических работах обычно выживаемость (survival) совершенно элементарно понимают...


"Совершенно элементарно понимают" не годится. Мне нужно конкретное место в монографии где описана методика расчета. В методе Каплана-Мейера среднее время выживания имеет конкретную методику расчета. Аналогичная нужна и для "выживаемости".

(Musolin @ 12.06.2017 19:16)
...Никогда не вызывало вопросов такое употребление у рецензентов.


Ну а вот в моем случае вызвало. В SPSS есть специальный метод, действительно, как Вы справедливо заметили, - survival. Но там есть среднее время выживания но не выживаемость
Musolin, 12.06.2017 18:29
это из тех базовых параметров, которые принимают по умолчанию. Честно говоря, мне навскидку трудно предложить, что еще другое может подразумеваться под выживаемостью. Какие варианты, кроме доли выживших?

Steven L. Chown, Sue W. Nicolson. Insect Physiological Ecology: Mechanisms and Patterns (2004)

говоря о питании, дают ссылку на

Scriber, J.M. and Slansky, F. (1981) The nutritional ecology of immature insects. Annual Review of Entomology 26, 183–211.

(пдф книги Insect Physiological Ecology: Mechanisms and Patterns (2004) могу прислать).

Но самому понятию survival тоже отдельного определения не дают.

(ihlindham @ 12.06.2017 19:18)
Ссылка на исходное сообщение  Спасибо, но мне нужно не "по вкусу", а - конкретный авторитетный литературный источник: авторы, название, год издания, издательство, глава, страница, методика формула.
ihlindham, 12.06.2017 18:35
(Musolin @ 12.06.2017 19:29)
Ссылка на исходное сообщение  это из тех базовых параметров, которые принимают по умолчанию. Честно говоря, мне навскидку трудно предложить, что еще другое может подразумеваться под выживаемостью. Какие варианты, кроме доли выживших?

Но самому понятию survival тоже отдельного определения не дают.


Спасибо за источники, но я уже выше писал, что мне нужно конкретное определение и методика расчета. Иначе это "класс понятий", некий собирательный научно-популярный "термин", а не показатель из статистической обработки данных в биологии. Также повторюсь - для среднего времени выживания, для медианы выживания в методе Каплана-Мейера конкретная методика расчета дается и в русскоязычных и в англоязычных источниках
Musolin, 12.06.2017 18:36
Да, я согласен, что из работ должно быть кристально ясно, что имеется в виду. Но Вы же не будете объяснять в статье, что Вы понимаете под "живое насекомое" и "мертвое насекомое", верно? И так ясно.

Но если вы изучаете chill coma , то надо детализировать, что Вы смотрите на насекомое через 15 мин после того, как перенесли из холода (-5 С) в тепло (+15С), и объяснить. почему именно эти температуры и время используете.

И survival time надо объяснять, т.к. его значение менее очевидно , чем просто survival.

Смотрю у Danks (1987) Insect Dormancy - тоже не дает определение, т.к. явно считает и так понятным (тоже могу прислать книгу).

Другие источники не приходят в голову.

И снова - а как еще можно понять выживаемость?



(ihlindham @ 12.06.2017 19:23)
Ссылка на исходное сообщение  "Совершенно элементарно понимают" не годится. Мне нужно конкретное место в монографии где описана методика расчета. В методе Каплана-Мейера среднее время выживания имеет конкретную методику расчета. Аналогичная нужна и для "выживаемости". 
Ну а вот в моем случае вызвало. В SPSS есть специальный метод, действительно, как Вы справедливо заметили, - survival. Но там есть среднее время выживания но не выживаемость
Musolin, 12.06.2017 18:38
Если найдете, напишите, пожалуйста! Но есть сомнения...
Vorona, 12.06.2017 18:38
ihlindham, вычисляя среднее арифметическое, Вы тоже ссылку на методику приводите?
ihlindham, 12.06.2017 18:41
(Vorona @ 12.06.2017 19:38)
Ссылка на исходное сообщение  ihlindham, вычисляя среднее арифметическое, Вы тоже ссылку на методику приводите?


Почему нет ? Любое математическое определение, даже самое простейшее требует формального доказательства. Математическая статистика не исключение. Я думаю для Вас не секрет, что, например, расчет средней продолжительности жизни не такое простое дело как кажется. Соответствующие методики обязательно приводятся
ihlindham, 12.06.2017 18:48
(Musolin @ 12.06.2017 19:36)
Ссылка на исходное сообщение  Да, я согласен, что из работ должно быть кристально ясно, что имеется в виду. Но Вы же не будете объяснять в статье, что Вы понимаете под "живое насекомое" и "мертвое насекомое", верно? И так ясно.

Но если вы изучаете chill coma , то надо детализировать, что Вы смотрите на насекомое через 15 мин после того, как перенесли из холода (-5 С) в тепло (+15С), и объяснить. почему именно эти температуры и время используете.

И survival time надо объяснять, т.к. его значение менее очевидно , чем просто  survival.

Смотрю у Danks (1987) Insect Dormancy - тоже не дает определение, т.к. явно считает и так понятным (тоже могу прислать книгу).

Другие источники не приходят в голову.

И снова - а как еще можно понять выживаемость?


Во-первых спасибо за действительно конструктивное отношение к озвученному мною
вопросу. Во-вторых я не зря упомянул здесь неоднократно метод Каплана-Мейера. Там действительно детализируется анализ выживаемости. Ведь даже в Википедии статьи "Выживаемость" нет. Есть статья "Анализ выживаемости"

https://en.wikipedia.org/wiki/Survival_analysis

https://ru.wikipedia.org/wiki/Анализ_выживаемости

И в англоязычных научных статьях расчеты делают по методу Каплана-Мейера считая среднее время выживания.
Musolin, 12.06.2017 18:57
Все верно. Но я и коллега уже упомянули, что все усложняется, когда разговор заходит о ВРЕМЕНИ выживания. Само выживание понимают на %% живых через какое-то время. Даже по Вашей ссылки пишут:

To answer such questions, it is necessary to define "lifetime". In the case of biological survival, death is unambiguous, but for mechanical reliability, failure may not be well-defined...

В статьях мы не даем определений, что такое насекомое, живое, мертвое, питается, пьет.

Метод Каплана-Мейера, если я правильно помню, вводит ряд индексов. Тогда, действительно, нужно всему давать определения и формулы.

В третий (и последний) раз спрошу: какое альтернативное определение выживаемости можно дать?
ihlindham, 12.06.2017 19:22
(Musolin @ 12.06.2017 19:57)
Ссылка на исходное сообщение  В третий (и последний) раз спрошу: какое альтернативное определение выживаемости можно дать?


Отвечаю - не знаю. Я не ввожу на данном этапе своей научной работы новых понятий и не разрабатываю новых методик статистической обработки данных в биологии. Я в данном конкретном случае ищу определение в учебной литературе и монографиях. Кроме того "альтернатива" может быть только чему-либо. О какой альтернативе можно говорить если мы пока не определились с первоисточником ? Кроме того - я здесь высказал мысль, что "выживание" - некое собирательное понятие, своего рода "класс понятий". И ещё - "выживаемость" часто фигурирует в научно-популярной литературе по медицине и в рекламных релизах на сайтах медицинских клиник (главным образом онкологии) и публицистике на медицинскую тему - журналисты тоже употребляют этот термин.

(Musolin @ 12.06.2017 19:57)
Ссылка на исходное сообщение  Все верно. Но я и коллега уже упомянули, что все усложняется, когда разговор заходит о ВРЕМЕНИ выживания...  Метод Каплана-Мейера, если я правильно помню, вводит ряд индексов.


В методе Каплана-Мейера безусловно учитывается время. А как иначе может быть ?

(Musolin @ 12.06.2017 19:57)
Ссылка на исходное сообщениеВ статьях мы не даем определений, что такое насекомое, живое, мертвое, питается, пьет.


Действительно, понятия приводятся главным образом в учебных пособиях и монографиях. Статьи привносят в науку новую информацию. Хотя бывают и исключения - во первых в некоторых статьях новые понятия все-таки вводятся, во вторых в некоторых статьях некоторые уже существующие понятия детализируются. В том числе из матстатистики
Musolin, 12.06.2017 19:30
Спасибо за ответ.

Я не вижу класса понятий. Во всех Ваших примерах у вижу (могу ошибаться), что подразумевается, что на момент 1 было N особей, на момент 2 было n особей. Выживаемость = n/ N * 100% - будь то онкология или зимовка насекомых. Других вариантов (альтернатив) я не вижу, и что может входить в класс понятий тоже не понимаю.
ihlindham, 12.06.2017 19:30
Вот некоторые медицинские источники по расчету "выживаемости". Я там вижу либо Каплана-Мейера либо что угодно другое (например некие упоминаемые табличные данные из других источников), но не конкретно "выживание"

http://boris.bikbov.ru/2010/08/10/otsenka-...i-i-letalnosti/

http://www.chelonco.ru/colleagues/librarie...8&ELEMENT_ID=67

http://lekmed.ru/info/arhivy/obschaya-onkologiya-191.html


А вот типичные англоязычные научные статьи по акарологии и энтомологии:

https://scholar.google.com.ua/scholar?hl=ru...plan+Meier+mite

https://scholar.google.com.ua/scholar?hl=ru...n+meier+insects
Musolin, 12.06.2017 20:28
Когда идет речь об анализе выживаемости, то анализируют целый комплекс показателей - это и выживаемость, и время выживания, и зависимость выживаемости от внешних факторов.

Но если мы говорим о выживаемости как элементарном стат. показатели, то его в биологии понимают так, я писал выше - n/N.

В мед. работах сложнее, т.к. работая с людьми, можно все усложнить smile.gif Но и в Ваших ссылках:

Выживаемость обычно выражается долей пациентов, живых на конец определенного периода, от числа пациентов, живых на начальную дату наблюдения. Т.е. как раз n/N.

То же самое, как можно говорить о ЖИЗНИ (и обсуждать разные стороны и аспекты) и о дихотомии Живой/Неживой.
ihlindham, 12.06.2017 20:44
Ну хорошо, спасибо за полезную дискуссию, полагаю, в целом ситуация ясна. Вот здесь мне посоветовали несколько источников :

https://quantoforum.ru/mathematics/2341-mat...kov-3?start=720

Так что буду разбираться.

Еще раз спасибо за помощь
ihlindham, 14.06.2017 16:11
Посмотрел документ: государственный стандарт Украины 4757:2007 - "Промышленная энтомология Термины и определение понятий" (название стандарта и остальное здесь перевожу на русский)

Там значится следующее:

Коэффициент смертности энтомокультуры - это отношение количества насекомых которые погибли в энтомокультуре за год или за генерацию вследствие влияния на неё факторов смертности к исходной численности энтомокультуры, в долях или в процентах.

Со ссылками на следующие источники:

1. Афанасьев, И.Н.; Васецкий, С.Г.; Васина-Попова, Е.Т и др.
Англо-русский биологический словарь
Издательство: М.: Русский язык
Переплет: твердый; 732 страниц; 1976 г.

2. Словарь-справочник по биологической защите растений от вредителей: Биология, экология, применение по..: учеб. пособие

Автор: Ижевский С.С. →
Издательство: Академия →
ISBN: 5-7695-1082-Х
Страниц: 208

Других определений в стандарте я лично не вижу. То есть это не выживаемость, а - смертность
ИНО, 15.06.2017 00:32
Ну это-то как раз смертность, а выживаместь равно единица (или 100%) минус смертность. Или так как вам раньше сказали, формулы эквивалентны. А с вас что, непременно требуют ссылку на какой-то госстандарт, да на мове, а иначе - расстрел?
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.
Invision Power Board © 2001-2017 Invision Power Services, Inc.