Полная версия страницы  English  

ПЕРЕКОДИРОВКИ КОДОНОВ

Pages: 1, 2
Рекрут, 28.07.2019 22:55
Обсудим?


Файл/ы:

скачать файл __________________.pdf
размер: 264.15
кол-во скачиваний: 14
будет здесь ещё 69 дн.
Изменить  

Рекрут, 29.07.2019 15:08
Предупреждение. Тупой не поймет. Даже не пытайтесь. smile.gif
Guest, 31.07.2019 10:22
Некоторые дополнения:

1. При биосинтезе белкоа замена первых двух букв у сиом кодонов (красные) на любые первые две буквы у син кодонов (синие) превращает сиомы в любые син кодоны, что задается, определяется контекстом мРНК.
2. Замена первых двух букв на любые первые две буквы других семейств кодонов даёт всю таблицу значений кодонов . При этом такие замены вторых букв как бы НЕ ЗАМЕТНЫ, поскольку они виртуальны. Изменен только смысл, семантика кодонов: пишется ‘Лондон’, читается - ‘Москва’.
3. Замены вторых букв в семействах кодонов дают те же возможности – то есть дают всю таблицу значений кодонов. Что также осуществляется виртуально (зависимо от контекстов мРНК) и поэтому как бы НЕ ЗАМЕТНЫ.
4. Замена 3-й, вобулирующей, буквы в кодонах происходит по тому же сценарию мРНК контекстных ориентаций рибосом, что описано в работе https://www.scirp.org/journal/paperinformat...x?paperid=85202 .

Возможно-ли экспериментально обнаружить такие замены? Поскольку они имеют виртуально-смысловой характер, то сиквенирование таких контекстов мРНК не позволит обнаружить замены. Единственный способ регистрации замен - нахождение нарушений коллинеарностей на уровне кодон-аминокислота на большом статистически значимом объеме проверок.
ППГар, 31.07.2019 10:49
Некоторые дополнения:

1. При биосинтезе белкоа замена первых двух букв у сиом кодонов (красные) на любые первые две буквы у син кодонов (синие) превращает сиомы в любые син кодоны, что задается, определяется контекстом мРНК.
2. Замена первых двух букв на любые первые две буквы других семейств кодонов даёт всю таблицу значений кодонов . При этом такие замены вторых букв как бы НЕ ЗАМЕТНЫ, поскольку они виртуальны. Изменен только смысл, семантика кодонов: пишется ‘Лондон’, читается - ‘Москва’.
3. Замены вторых букв в семействах кодонов дают те же возможности – то есть дают всю таблицу значений кодонов. Что также осуществляется виртуально (зависимо от контекстов мРНК) и поэтому как бы НЕ ЗАМЕТНЫ.
4. Замена 3-й, вобулирующей, буквы в кодонах происходит по тому же сценарию мРНК контекстных ориентаций рибосом, что описано в работе https://www.scirp.org/journal/paperinformat...x?paperid=85202 .

Возможно-ли экспериментально обнаружить такие замены? Поскольку они имеют виртуально-смысловой характер, то сиквенирование таких контекстов мРНК не позволит обнаружить замены. Единственный способ регистрации замен - нахождение нарушений коллинеарностей на уровне кодон-аминокислота на большом статистически значимом объеме проверок.

PS: вернул старый, забытый ник. Надоело прятаться.
ППГар, 31.07.2019 11:47
При этом надо учитывать насмешку Природы. Коллинеарность - понятие введенное "официальной" генетикой. Как будто наука может быть не официальной smile.gif))
Природа же равнодушна к нашим забавным попыткам загнать ее в официоз. Вне его - лже наука... tongue.gif
Проверка "соблюдения или не соблюдения коллинеарностей" лишь покажет, что предсказуемое "не соблюдение" (и уже косвенно доказанное в работах Прюита и др, Туранова и др. И даже самих Отцов модели Кода - Ниренберга и Крика) лишь подтвердит то, что достаточно только логики, чтобы продемонстрировать неисчерпаемость мудрости генетического кодирования. И стратегической не сводимости его только к простым правилам. Оно шире и не имеет границ. Хотя экспериментальные доказательства тут никак не лишние.
ППГар, 03.08.2019 18:15
Asterix-у

Подготовил вчерне статью (чисто теоретическую) "мРНК ЗАВИСИМЫЕ ВИРТУАЛЬНЫЕ ЗАМЕНЫ НУКЛЕОТИДОВ В КОДОНАХ. ГИПОТЕЗА".

В части о возможных эксп-х проверках "виртуальностей" в геномах хотел бы изложить суть нашей с Вами идеи об одном из возможных доказательств с использованием "зеленого белка". Но как сослаться на Вас персонально, непонятно. Тогда сошлюсь на эту тему в Беседе.
ППГар, 13.08.2019 10:28
(ППГар @ 03.08.2019 19:15)
Ссылка на исходное сообщение  Asterix-у

Подготовил вчерне статью (чисто теоретическую) "мРНК ЗАВИСИМЫЕ ВИРТУАЛЬНЫЕ ЗАМЕНЫ НУКЛЕОТИДОВ В КОДОНАХ. ГИПОТЕЗА".

В части о возможных эксп-х проверках "виртуальностей" в геномах хотел бы изложить суть нашей с Вами идеи об одном из возможных  доказательств с использованием "зеленого белка". Но как сослаться на Вас персонально, непонятно. Тогда сошлюсь на эту тему в Беседе.

Asterix-у

Статья практически готова. Много переделал и добавил. Можешь стать соавтором. Пока не поздно.
trava, 17.09.2019 08:30
Статья переводится на Английский и будет послана в один из ведущих журналов.

Резюме
Предлагается гипотеза мРНК зависимой не стационарности смысловых значений кодонов (триплетов) и нуклеотидов («букв») в их составе в процессе биосинтеза белков. Она обнаруживается, как реальная, уже при сравнении белковых кодов различных таксонов биосистем, а также митохондриального кода, при сопоставлении со стандартным кодом. Особым свойством не стационарности значений кодонов, как семантических единиц (и их букв) в норме (без мутаций) является начальная (смысловая) виртуальность (не вещественность) их замен, определяемая контекстуальным информационным содержанием (смыслами) мРНК, используемых в биосинтезе белков. Начальная, мРНК транскрипционная виртуальность, преобразуется в вещественную реальность на уровне трансляции виртуальных триплетов в реальные (вещественные) аминокислоты или в реальную стоп команду остановки биосинтеза белков. Преобразования виртуальности в реальность происходят de facto при реализации знаковых функций сиом кодонов по 3’-нуклеотиду (вобулирующему по Ф.Крику) в процессе биосинтеза белков. Это соответствует теоретическим работам авторов данной работы. Несмотря на иллюзорную видимость семантического произвола при работе рибосом в режиме смысловой не стационарности кодонов, это явление, вероятно, обеспечивает необычайно высокую приспособляемость биосистем к изменениям внешней окружающей среды. А также к внутреннему (мыслительному, ментальному) динамизму генома нейронов коры головного мозга. Не стационарности генома на буквенном, кодоновом, генном и ментальном уровнях имеют фрактальную структуру и соответствующие размерности. Высшая форма такой фрактальности (с максимальной размерности), вероятно, реализуется в геномном континууме нейронов коры головного мозга человека через описываемые смысловые Виртуально Реальные (ВР) перекодировки кодонов с биосинтезом коротко живущих смысловых белков, как эквивалентах материализованного мышления-сознания. Фактически это язык генома головного мозга, то есть наш собственный язык. В этом варианте происходит то же, что и в естественных, первично ментальных (невербальных ) языках. Их материализация фиксируется в звучащем слове и в письменности. Такая письменность есть аминокислотные последовательности в смысловых белкАх коры головного мозга человека. Быстро распадаясь, такие белки могут оставлять долго живущую так называемую Шредингеровскую волновую голографическую память в коре головного мозга.

Ключевые слова: биосинтез белков, белковые коды, кодоны (триплеты), мРНК, виртуально-реальные (ВР) перекодировки, смыслы, мышление, сознание.
trava, 17.09.2019 20:26
Практически такая ВР-динамика перекодировок кодонов, которая неясно насколько растянута во времени и какие темпы имеет, стремительно ускорится, если в биосистемы вводить синтезированные искусственно гибридные гены (ГГ) - одна из основ ГМ. Введение ГГ неизбежно будет сопровождаться быстрым изменением контекстов гибридных мРНК и, соответственно, лавинообразно нарастающими ВР-перекодировками кодонов и, понятно, синтезом новых НЕ ЗАПЛАНИРОВАННЫХ белков. Хорошо это? Не думаю. Вот чего втайне опасается Asterix, поэтому побаивается участвовать в анти актах против пиршестве ГМ-безграмотности. Опасной, замечу. Но анти акты против ГМ устраивает сама Природа генома, которой чужды быстрые, эволюционно не оправданные, ГМ манипуляции.

Даже если чужеродные гены вводятся без гибридизации со своими генами биосистем, то опасность поджидает с другой стороны. Будет меняться топология и динамика жидких кристаллов хромосомной ДНК-реципиента, топология и динамика которых несёт большие эпигенетические функции.
trava, 18.09.2019 11:23
Ну и для разнообразия дайте хотя бы пару-тройку научных комментов. Чего стесняетесь? Бить не буду. smile.gif
ИНО, 18.09.2019 12:41
Вот Вам научный комментарий с точки зрения грамматики русского языка: не знаю насчет "письменности кодонов", но, судя по тексту резюме, русской письменностью Вы владеете плохо.
trava, 18.09.2019 13:33
(ИНО @ 18.09.2019 13:41)
Ссылка на исходное сообщение  Вот Вам научный комментарий с точки зрения грамматики русского языка: не знаю насчет "письменности кодонов", но, судя по тексту резюме, русской письменностью Вы владеете плохо.

Обоснуйте. Иначе, понятно кто вы есть. И с вами всё плохо. smile.gif
ИНО, 19.09.2019 02:15
Резюме
Предлагается гипотеза мРНК зависимой не стационарности смысловых значений кодонов (триплетов) и нуклеотидов («букв») в их составе в процессе биосинтеза белков. Она обнаруживается, как реальная, уже при сравнении белковых кодов различных таксонов биосистем, а также митохондриального кода, при сопоставлении со стандартным кодом. Особым свойством не стационарности значений кодонов, как семантических единиц (и их букв) в норме (без мутаций) является начальная (смысловая) виртуальность (не вещественность) их замен, определяемая контекстуальным информационным содержанием (смыслами) мРНК, используемых в биосинтезе белков. Начальная, мРНК транскрипционная виртуальность, преобразуется в вещественную реальность на уровне трансляции виртуальных триплетов в реальные (вещественные) аминокислоты или в реальную стоп команду остановки биосинтеза белков. Преобразования виртуальности в реальность происходят de facto при реализации знаковых функций сиом кодонов по 3’-нуклеотиду (вобулирующему по Ф.Крику) в процессе биосинтеза белков. Это соответствует теоретическим работам авторов данной работы. Несмотря на иллюзорную видимость семантического произвола при работе рибосом в режиме смысловой не стационарности кодонов, это явление, вероятно, обеспечивает необычайно высокую приспособляемость биосистем к изменениям внешней окружающей среды. А также к внутреннему (мыслительному, ментальному) динамизму генома нейронов коры головного мозга. Не стационарности генома на буквенном, кодоновом, генном и ментальном уровнях имеют фрактальную структуру и соответствующие размерности. Высшая форма такой фрактальности (с максимальной размерности), вероятно, реализуется в геномном континууме...

Далее мой энтузиазм к прочтению этого заумного, но безграмотного текста иссяк. Даже не представляю какая мурзилка такое может опубликовать. Разве что из числа тех, в которых графоманию оплачивает сам автор, где-нибудь между очередными вечным двигателем и гравицапой.
ИНО, 19.09.2019 02:17
Возможно, со мной действительно не все хорошо, потому что я эту муть зачем-то прочел и прокомментировал, что нормальным людям обычно не свойственно. Таки повлияли, видать, ваши волны на работу мозга моего.
trava, 19.09.2019 09:41
(ИНО @ 19.09.2019 03:17)
Ссылка на исходное сообщение  Возможно, со мной действительно не все хорошо, потому что я эту муть зачем-то прочел и прокомментировал, что нормальным людям обычно не свойственно. Таки повлияли, видать, ваши волны на работу мозга моего.

Не всё хорошо с вами потому, что малограмотны в мол. биологии и вообще тупы. Но не огорчайтесь. Это пройдет. Вместе с вами.smile.gif
trava, 19.09.2019 12:05
Здесь очень часто используется простой прием в спорах с оппонентами. Некто, к примеру ИНО, отвечая оппоненту, пишет - заумь, чушь всё это, доказываемое мной. Этак простенько. И доказывать мне что-то по науке нет необходимости. "По умолчанию" читающий дискуссию ДОЛЕН ВЕРИТЬ ИНО без рассуждений, как и сам ИНО верит сам себе, но вместе с тем, знает себя, как облупленного. А не верить (или скрывать от себя любимого), значит - признать собственную не состоятельность (синоним-антитеза - глупость), поэтому частице НЕ пишется отдельно. Это на случай придирок к моей грамматике. smile.gif И таких "ИНО" тут полно. И дискуссия вянет на корню. Вместо того, чтобы усомниться в проф. знаниях ИНО, ему ВЕРЯТ. Почему? Потому, что отрицание реальности того, что не понимаешь, приятно МНИМЫМ возвышением с автомат-тезисом - Я умнее. Вот и вся сермяжная правда иллюзий иных ИНО на самовозвышение с использованием пошлого приёма - "чушь это - поскольку Я не понимаю". Или просто - "ты дурак". С автоматическим ответом - "сам дурак". Вот и конец дискуссии.

Но имеет смысл её продолжить другом ключе. Ведь НЕ СТАЦИОНАРНОСТЬ значений кодонов ген кода белков, виртуально вобулирующих по Ф.Крику, - фундаментальная проблема генетики и молекулярной биологии.
Если кому непонятно, спрашивайте.
vb, 19.09.2019 14:29
(ИНО @ 19.09.2019 00:17)
Ссылка на исходное сообщение  Возможно, со мной действительно не все хорошо, потому что я эту муть зачем-то прочел и прокомментировал, что нормальным людям обычно не свойственно. Таки повлияли, видать, ваши волны на работу мозга моего.

Бывает. У меня вот жена иногда с телевизором разговаривает.
trava, 19.09.2019 16:44
Вот спроси любого молбиолога или генетика - как ты понимаешь термин "вобулирование" по Ф Крику? Он начнет нудить, о чем на лекциях в пол уха слышал, или в учебнике прочитал - мол, "качается" там 3-й нуклеотид. Спросишь - где, в каких кодонах, и что значит "качается"? Будет мычать, бекать и мекать.
А Вы, господа мол. биологи, как ответите? Не обязательно мне тут, а для себя... Анекдот, но на одной науч. конф. в ИМБ РАН видел плакатик, где стрелочкой показано физическое качание 3-го нуклеотида в кодонах...smile.gif. Кто потолковее ответит - качается, значит, может быть любым из 4-х возможных. По учебнику - так. А по сути?
Если проф. генетик или мол. биолог не знает сути "качания", то это полный слив... в рекомбинантный маразм и в ГМ...
trava, 20.09.2019 19:19
А суть "качания" 3'-нуклеотидов в сиомах - это мРНК зависимые виртуальные перекодировки значений этих нуклеотидов. То есть "качаются" (перекодируются) смыслы-значения сиом кодонов. Сиомы, Сиомия - от слов СИнонимы и ОМонимы. СИОМЫ есть гибриды 32 кодонов синонимов и 32 кодонов омонимов. Сиомия - отображение двойной синонимо-омонимической вырожденности белкового кода. Считалось, что Код вырожден только по вектору синонимии. Но это не так, он вырожден и по вектору омонимии. То есть Код вырожден двукратно, двумерно. Это разворачивает работу Кода в смысловые (лингвистические) многомерные горизонты. Да в добавок, значения 3'-нуклеотидов в сиомах "качаются" (вобулируют), меняя смыслы сиом, зависящие от контекстов мРНК. Вот такая сложнятина. На самом деле все просто, как в естественных языках: например, если некто путает или неправильно произносит или пишет буквы в известных словах, то мы виртуально (мысленно) поправляем его, ориентируясь на смысл фразы или предложения. Записка: "Катя, я забыл коГ своей электронной почты". Катя понимает контекст (смысл) предложения и мысленно заменяет Г на Д. То же при чтении рибосомой мРНК, когда она встречает сиом кодон с потенциально меняющимся значением третьей буквы (нуклеотида) в сиомах, она (как Катя smile.gif) понимает, значение какой буквы виртуально ДЕЛЕГИРОВАТЬ в третью позицию сиом кодона. И при этом поменять (перекодировать) его виртуальный (не вещественный) смысл, как целостной семантической единицы. Виртуальность меняется на реальность (вещественность) на этапе трансляции мРНК транскрипта, когда виртуально измененный итоговый сиом кодон, ориентируясь на смысл мРНК, диктует точный выбор одной аминокислоты из двух разных. Или выбор аминокислоты, или остановку биосинтезе белка, поскольку 3 стоп кодона - есть сиомы. Это и есть мудрая простота кодирования белков в рамках понятий сиомии.
trava, 21.09.2019 22:03
В чем практический смысл сиомии? Она прямо подводит к необходимости понять прямые смыслы белковых генов, смыслы, отображаемые в аминокислотных последовательностях - продуктах этих генов. Для этого надо знать грамматику и синтаксис белков. Особенно это захватывающе для пулов быстро синтезирующихся и распадающихся белков коры головного мозга человека, как текстовых эквивалентов Сознания-Мышления. К сожалению, нет даже попыток начать их изучение с таких позиций. Одна из причин - неуловимость этих белков. Другая - неприятие идеи неполноты модели белкового Кода, идеи его двукратной вырожденности . Это тормоз.
ИНО, 21.09.2019 23:48
Трава, дураками всех подряд только вы обзывать горазды. Чай IQ мой не мерили. А вот возможность оценить вашу писанину мне предоставили, а вместе с ней - основания называть вас малограмотным человеком. Да, я и сам не без греха: на форуме не особо слежу за грамматикой. Но то форум, а тут резюме якобы научной статьи, к тому же претендующей на всемирную значимость и известность, такое положено надцать раз вычитать перед публикацией. Значит, вычитывали, но вопиющих грамматических ошибок не заметили, ибо грамотность хромает. За такую работу, которую я над этим клочком заумной простыни проделал, подчеркивая ошибки, у культурных людей принято не обзываться, а деньги платить.

Заметьте: научной сути текста я не касался вообще. Но, чисто из-за формы изложения, будучи редактором журнала, я бы такую писанину отверг после прочтения первых двух строк. Даже если б она была не по молекулярной биологии, а по... японской каллиграфии, и не обещала сотрясения основ.

И все же любопытно: вы - реальный ППГ или тролль? Хотя, с другой стороны, одно другого не исключает.
trava, 22.09.2019 22:38
Ответа нет. С господином ИНО все ясно. Интереснее другое. Для ИНых, чем ИНО.

Даю тезис: человеческая речь является квази генетическим материалом. Есть доказательства.
vb, 23.09.2019 17:46
Петр Петрович, я уже пару раз вас предупреждал. В своей теме в беседе вы можете гнать любую пургу. Но любая информация или ссылка на ваши ресурсы, рекламирующие вашу незаконную медицинскую деятельность, будут выпиливаться без предупреждения.
ИНО, 23.09.2019 18:34
Даю тезис: человеческая речь является квази генетическим материалом. Есть доказательства.

Неужели зачали словом? lol.gif
trava, 23.09.2019 22:28
(vb @ 23.09.2019 18:46)
Ссылка на исходное сообщение  Петр Петрович, я уже пару раз вас предупреждал. В своей теме в беседе вы можете гнать любую пургу. Но любая информация или ссылка на ваши ресурсы, рекламирующие вашу незаконную медицинскую деятельность, будут выпиливаться без предупреждения.

А вот я не пару раз, а десятки раз предлагал здесь научно опровергнуть наши технологии, многократно проверенные, в том числе независимо, технологии, основанные на Ином понимании генетического кодирования белков. И в этой моей теме привожу доказательства о необходимости существенной коррекции модели генетического кодирования белков. Непонимание этого привело к тому, что в США уже начались судебные процессы относительно гибели людей, использующих законное[color=red] использование Генетически Модифицированных (ГМ) продуктов питания. ГМ технологии базируются именно на принятой модели ген. кодирования белков, что и приводит к таким негативным последствиям, которые можно избежать. Тема по перекодировкам кодонов и другие мои темы как раз об этом. Поэтому еще и еще раз предлагаю научно доказать, что не прав. Вот и Вы, преследующий меня здесь с 2004 года, сделайте это. Если у меня есть некое фундаментальное научное заблуждение относительно кода белков, то для Вас не представит сложности сделать такое благое дело. smile.gif
trava, 23.09.2019 22:46
Теперь относительно тезиса, что человеческая речь является квази генетическим материалом. Привожу нашу, давно вышедшую статью, по этой проблеме. http://www.rusphysics.ru/dissertation/335/


Файл/ы:

скачать файл ___________________.pdf
размер: 3.81
кол-во скачиваний: 5
будет здесь ещё 126 дн.
Изменить  

trava, 24.09.2019 10:59
Иные скажут - ну, речеподобны белковые гены, и что? А то, что в наших руках, можно сказать,
демиургические возможности. Если, конечно, их использовать на пользу людям и всей Биоты Земли. Это означает, что мы, зная язык генов, можем синтезировать генные последовательности ДНК с невиданными возможностями. Не это-ли перспектива развития человеческого общества?
Из приведенных в статье данных следует стратегически важное: язык ДНК универсален, по крайней мере, для Растений. Они, на своем уровне, "понимают" человеческую речь, независимо от принадлежности её к тому или иному языку. Это следует, вероятно, из того, что первичные мысли, идеи, понимания НЕ ВЕРБАЛЬНЫ (бессловесны). И только на втором этапе они материализуются в звуках или письменности на конкретном языке. Эта первичная бессловесность сконцентрирована в понятии - "пришло озарение". Впрочем, это же работает и без озарений.
trava, 24.09.2019 18:59
Генетики, что произойдёт и происходит при получении гибридных генов для ГМ и др. целей, если рассматривать эти манипуляции с генами с предлагаемых мной позиций виртуально-реальных перекодировок триплетов генетического кода белков? С учетом этого https://www.scirp.org/journal/paperinformat...x?paperid=85202 . Могу дать оригинал на Русском.
trava, 27.09.2019 11:28
Хотел было, дать соображения. Но трансгенная "инженерия" уже так славно поработала, что весь мир заполнен ГМ пищей. И вместе с тем сеть заполнена примерами её вреда. Удивляет только, что нет работ по анализу причин, тонких механизмов зловредного действия ГМ. Тут генетика пасует, сдалась.
Будем, по мере возможностей, раскрывать эти механизмы. И уже во многом раскрыл. Но уровень
понимания в этой области, мягко говоря... Молчу.
trava, 28.09.2019 10:09
Да и с самим собой скучно разговаривать. Народ, увы, тупеет.
trava, 29.09.2019 23:45
Обсуждение постановки эксперимента теоретика (ПГ) и специалиста по генной инженерии и клеточной биологии ХХХ.

ПГ: Теоретическая (расширенная) гипотетическая модель (ТМ) генетического кодирования белков изложена ПГ, в частности, в статьях:

https://www.scirp.org/journal/paperinformat...x?paperid=57601
https://www.scirp.org/journal/paperinformat...x?paperid=85202
https://www.scirp.org/Journal/paperinformat...x?paperid=94825

Сущность ТМ, в аспекте планируемого эксперимента заключается в следующем.
Принято, что кодоны т.н. стандартной модели белкового кода Ниренберга-Крика в своих шифрующих свойствах и возможностях СТАБИЛЬНЫ. За некоторыми исключениями. ПГ предполагает и доказывает, что это не так (см. статьи). Встала задача поставить in vitro эксперимент, однозначно доказывающий, что перекодировки имеют место. Эксперимент с использованием зеленого флуоресцирующего белка (ЗФП). Можно взять рамку ДНК последовательности, кодирующую активную часть белка ЗФП. Выбрать в ней ключевые кодоны аминокислот, ответственные за флуоресценцию, и сделать в них замены нуклеотидов в 1-й, 2-й и 3-й позициях на другие нуклеотиды. Или заменить только в одной из позиций. Какие кодоны выбрать и в каких из 3-х позиций сделать замены нуклеотидов? уже была наша идея заменить стартовый метиониновый кодон в рамке ГФП. Но можно заменить и другой, например, триптофановый кодон…

ХХХ: Какие будут соображения по поводу триптофанового кодона ? Ведь это очень частый элемент в центре катализа ферментов. Не будет ли Триптофан таким супер-кандидатом на роль Единого Универсального Кодона который определяется рибосомой не по буквальному смыслу его триплета, а по контексту белковой мРНК (что следует из предположения ПГ).

ПГ: Отчего же, давайте облюбуем сиом триптофана. Поменяем в сиоме все 3 буквы.Триптофан в син кодонах не фигурирует. Поменяем в его сиоме 2-ю букву G на C. Должны получить син кодон СЕРИНА. Это тем более интересно, что сиом TGA, рассматриваемого семейства TG, шифрует СТОП.

ХХХ: Ну хорошо вот у нас есть зеленый ЗФП у него активный центр формируется из 3 аминокислот тирозина , серина и глицина…Предлагайте как можно заменить один из ИХ кодонов так чтобы по классической теории произошла бы замена аминокислоты и потеря функции ГФП, а по СИОМ-теории произойдет перекодировка согласно контексту мРНК , который требует в этом месте совершенно определенную аминокислоту. Иначе, при ее замене на любую другую белок не будет светиться, то есть потеряет функциональность. Эту замену легко сделать, и получить результат, светится или нет.. Этот эксперимент может доказать именно существование самого феномена такого контекстного управления значением кодона в процессе рибосомной трансляции, (что следует из гипотезы ПГ). Ну, это примерно как если бы человек переводил с одного языка на другой и исправлял бы ошибки в исходнике исходя из контекста фраз. В человеческом мире это совершенно обычное дело, ошибки исправлять по контексту. А вот существует ли подобный феномен в микромире живой клетки, и доступно ли такое редактирование Рибосомой - это все еще малоизученный вопрос.

ПГ: учтите, что все три аминокислоты кодируются сиом кодонами, но одна из аминокислот, Серин, кодируется и син кодонами семейства TC, и сиомами тоже - AGT и AGC. Это может создать проблемы. По рамке считывания невозможно понять, о каком серине идет речь и каким кодоном, син или сиом, он избыточно кодируется по этим обоим векторам.
Если же заменять в сиомах глицина - CAA и CAG хоть по одному нуклеотиду, можно все три сразу, то контекст мРНК виртуально все вернет на CAA и CAG. Свечение останется. Тоже будет результат, и не плохой. Двойной. Во-первых, докажем, что такие замены виртуально компенсируются с возвратом на псевдо CAA и CAG. Во-вторых будет очень демонстративно - кодоны глицина изменены, но вопреки ожиданию, свечение осталось. Но как доказать, что замены нуклеотидов в триплетАХ БЫЛИ? Это можно доказать по конечному результату – свечение осталось, хотя замены были, но были проигнорированы за счет мРНК контекстных ВИРТУАЛЬНЫХ перекодировок. Невещественная Виртуальность здесь заменяется на вещественную Реальность на уровне трансляции ТАКОЙ мРНК в нормальный ЗФП без замен аминокислот.

ХХХ: Предлагаете, что можно заменить один из этих кодонов так чтобы по классической теории произошла замена аминокислоты и потеря функции...

ПГ: не произойдет замены аминокислоты, несмотря на замены нуклеотидов. Повторяю, сработает компенсирующий контекст мРНК. Будут работать виртуальные, как бы не измененные, кодоны. Можно сформулировать правило: Сиомы в каждом классе кодонов, при виртуальных изменениях 3’-нуклеотидов, инвариантны по смыслам, задаваемых мРНК.[size=5][b]

ХХХ: верно, по СИОМ-теории произойдет перекодировка согласно контексту мРНК, который требует в этом месте совершенно определенную аминокислоту. Иначе, при ее замене на любую другую белок не будет светиться, то есть потеряет функциональность.

ПГ: Ну вот, Вы поняли главное.

ХХХ: Эту замену легко сделать, и получить результат, светится или нет.. Этот эксперимент может доказать именно существование самого феномена такого контекстного управления значением кодона в процессе рибосомной трансляции.
Ну это примерно как если бы человек переводил с одного языка на другой и исправлял бы ошибки в исходнике исходя из контекста фраз. В человеческом мире это совершенно обычное дело, ошибки исправлять по контексту. А вот существует ли подобный феномен в микромире живой клетки, и доступно ли такое редактирование Рибосоме - это все еще малоизученный вопрос.

ПГ: Уже кое что получено и опубликовано. Но теория этого феномена, что предлагаю в наших публикациях, базируется все-таки на экспериментах, хотя и не понятых в русле наших идей, но подтверждающих такие идеи. Это первый и ключевой эксперимент начала 60-х прошлого века группы М.Ниренберга, когда они получили, что кодон UUU одновременно кодирует ФАЛ и ЛЕЙ, что противоречило их догме об однозначном кодировании аминокислот. Затем работа Прюитта, Лолли и др. 1995г., где, к большому удивлению, оказалось, что ген Hot Head Арабидопсиса, в зависимости от своего положения в геноме, может запускать совершенно разные биоморфогенезы этого растения. Это повергло в смущение генетиков и было расценено как уход от Менделя. И наконец, работа Туранова и др., 2009г., корректно и изящно доказавших, что сиом кодон UGA, семейства UG, у реснитчатой инфузории, может одновременно (в зависимости от наличия контекстной указательной палиндромой шпильки на мРНК) кодировать ОДНОВРЕМЕННО РАЗНЫЕ АМИНОКИСЛОТЫ - цистеин и селеноцистеин. Что перекликается с упомянутой классической работой группы М.Ниренберга относительно сиома – UUU.

ПГ: Кстати, о гене ЗФП из медузы Эквореи. Есть таблица ген кода Эвореи? Ведь мы мы же ориентируемся на «стандартную Таблицу» по E.coli. А если они различаются как диалекты?

ХХХ: Это уже сильно переделанный код, это для растений код. И в растениях он прекрасно работает, то есть контекст в них читается . Рибосома знает что это за белок и какие аминокислоты в нем самые важные. Вот в этом сила .. она знает что читает
trava, 04.10.2019 19:40
Обратите внимание на эту формулу:

Сиомы, в каждом их классе, при виртуальных (или реальных - мутантных, искусственных) изменениях собственных 3’-нуклеотидов, инвариантны по смыслам, задаваемых (программируемых) мРНК.


В ней сконцентрирована проблема, которую даже Ф.Крик не осознал. Состав этого концентрата:
1. Термины "СиОмы", "Сиомия" отображают двукратную вырожденность Кода Белков - по вектору Синонимии первой половины - 32-х кодонов и по вектору Омонимии второй половины - 32-х кодонов.

2. Синонимия и СиОмия кодонов есть многократная избыточность и точность (однозначность) кодирования аминокислот и стоп-позиций.

3. Омонимия и одновременно Синонимия в смешанных 32-х сиом кодонах реализуется внутри пар и между парами триплетов в каждом из 8-ми семейств сиом кодонов. Это деление порождает необходимость ВЫБОРА одной аминокислоты из двух разных при встрече рибосомы с сиомами. А выбор осуществляется (внимание!) по СМЫСЛУ контекстов мРНК. Это огромный скачок, свидетельствующий о СМЫСЛОВОЙ основе кодирования белков. Рибосомам приходится выбирать из множества аминоацилированных тРНК пары, несущие разные аминокислоты или стоп команду. И выбирать между парами одну аминокислоту или стоп позицию. Это величайшее эволюционное достижение.

3. И Всё это начинается с ВИРТУАЛЬНОГО (Криковского) вобулирования 3'-нуклеотида в сиомах мРНК, запускающего неопределенность, двойственность кодирования аминокислот и стопов. Почему вобулирование виртуальное? Оно СМЫСЛОВОЕ, задаваемое (программируемое) смыслами мРНК, влияющими на транскрипцию мРНК. Это как мысленное (виртуальное) исправление нами (в роли рибосом smile.gif) картавой речи человека, не выговаривающего некоторые буквы. Эта гениальная простота используется рибосомами-нанобиокомпьютерами.

4. Виртуальнсть (невещественность смыслов мРНК) исчезает при трансляции танскриптов мРНК в вещественные аминокислотные последовательности белков. Идея материализуется. Прямо по Гегелю и Ленину. smile.gif

Вот такая простота сложности или сложность простоты в соответствии с древней мандалой Инь-Ян. См. Таблицу ген. кода в духе высказанного.
trava, 04.10.2019 21:51
Таблица не скачалась, но она есть в статье https://www.scirp.org/journal/paperinformat...x?paperid=85202. Заодно подробно о сиомии.
trava, 11.10.2019 08:11
www.naturalnews.com/021175_Human_Genome_DNA.html

Сильные положения и полностью соответствуют нашим идеям.
trava, 13.10.2019 21:54
А комменты?
Неужели слабаки? Не скучно-ли выдерживать заговор молчания?
Публикую это на Западе. Тут не дают. Спасибо, в "Беседе" не блокируют. А на Западе не только публикуют, но и применяют на практике. Молча.
trava, 14.10.2019 22:15
Вы понимаете простое - таблицы кодов есть фикции. Это мгновенный снимок триплетных возможностей на данный момент времени, снимок не аккуратный, размытый, погруженный в вероятностные процессы перекодировок


Файл/ы:

скачать файл Probab_paper.pdf
размер: 464.8
кол-во скачиваний: 11
будет здесь ещё 147 дн.
Изменить  

trava, 15.10.2019 00:17
И представляете - доказали мРНК-зависимую инвариантность модифицированных мет-кодонов
на функции зеленого флуор. белка... Сделали замены по всем трем позициям этого сиом кодона, а .... белок-то синтезируется и светится, как будто ничего не произошло... Это же классике как серпом по не балуй smile.gif
GFP, 25.10.2019 08:54
Вот Заключение рукописи нашей статьи (Русский исходник) в рецензируемый журнал Open J. of Genetics. Статья принята к печати.


ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Френсис Крик ввел понятие «вобулирования» 3´-нуклеотидов кодонов генетического кода белков, которое чисто логически ведет к идее его двукратной синонимо-омонимической вырожденности. Из этого большие следствия, не замеченные Ф.Криком:

1. Введенные нами термины "Сиомы" и "Сиомия" отображают двукратную вырожденность Кода Белков - по вектору Синонимии первой половины - 32-х кодонов и по вектору Омонимии второй половины - 32-х кодонов.

2. Синонимия и Сиомия кодонов есть условие многократной избыточности и точности (однозначности) кодирования аминокислот и стоп-позиций. В синонимии избыточность и точность кодирования аминокислот обеспечивается наличием изоакцепторных транспортных РНК. В омонимии избыточность и точность кодирования аминокислот и стоп позиций обеспечивается как вобулированием 3´-нуклеотидов всех трех позиций в триплетах сиом кодонов, приводящем к их виртуально-реальным перекодировкам, так и их виртуально-реальным перекодировкам на уровне значений триплетов сиом кодонов как целостных семантических единиц.

3. Омонимия и одновременно Синонимия в смешанных 32-х сиом кодонах реализуется внутри пар и между парами триплетов в каждом из 8-ми семейств сиом кодонов. Это деление порождает необходимость ВЫБОРА одной аминокислоты из двух разных при встрече рибосомы с сиомами. Выбор осуществляется (внимание!) по СМЫСЛУ контекстов мРНК. Это огромный эволюционный скачок Кода, свидетельствующий о МЕНТАЛЬНОЙ основе кодирования белков по вектору сиомии. Рибосомам приходится выбирать из множества аминоацилированных тРНК пары, несущие разные аминокислоты и /или стоп команду. Это величайшее эволюционное достижение белкового Кода. Этот выбор основан на квази разумных актах понимания смыслов мРНК белок синтезирующей системы как нанобиокомпьютера.

4. Всё описанные высоко организованные Акты начинаются с ВИРТУАЛЬНОГО (Криковского) вобулирования 3'-нуклеотида в сиомах мРНК, запускающего неопределенность, двойственность кодирования аминокислот и стопов. Почему вобулирование виртуальное? Оно СМЫСЛОВОЕ, задаваемое (программируемое) смыслами мРНК, влияющими на смысловую же транскрипцию мРНК. Это аналог мысленного (виртуального) исправления нами картавой речи человека, не выговаривающего некоторые буквы или слова. Именно эта гениальная простота используется рибосомами в составе всей белок синтезирующей системы с функциями нанобиокомпьютинга.

5. Виртуальность (невещественность смыслов мРНК) исчезает при трансляции транскриптов мРНК в вещественные аминокислотные последовательности белков. Смыслы генов в их речевых (ментальных) совокупностях материализуется в вещественные аминокислоты.

Главное, суммирующее следствие приведенных позиций следующее:

Сиомы, в каждом их классе, при виртуальных (или реальных - мутантных, искусственных) изменениях их 3’-нуклеотидов, инвариантны по смыслам, задаваемых (программируемых) мРНК.

Как экспериментально можно проверить ключевую идею смысловой инвариантности значений 3’-нуклеотидов сиом кодонов и сиом кодонов как целостных семантических единиц?
Если следовать традиционной генетике, то любые искусственные повреждение сиом кодонов – мутации, замены нуклеотидов по всем трём позициям в активных центрах генов ферментов или в других биоактивных белках, приведет к их инактивации. Выход из рамок традиционной генетики, в части явления сиомии, позволяет предсказать , что инактивации ферментов и других биоактивных белковых веществ, при указанных повреждениях, не будет иметь место. Этому препятствует смысловое содержание текстов мРНК, корригирующее искажения сиом кодонов.
GFP, 25.10.2019 17:30
GFP = trava
Vadim Sharov, 25.10.2019 22:55
(GFP @ 25.10.2019 15:30)
Ссылка на исходное сообщение  GFP = trava


Скрупулезно подмечено!

https://www.youtube.com/watch?v=rrZLXH196ug
Прослушав Вы вкурите весь цимес.
А вот если включить триплетно (три окна), с задержкой на 20 с, то всем станет понятно значение слова тяпница.

beer.gif beer.gif beer.gif
Guest, 25.10.2019 23:07
Самый успешный Ваш проект - натужно умничать, сопровождая это спец. криком такого рода
https://www.youtube.com/watch?v=rrZLXH196ug

Френсис Крик это не одобрит...
GFP, 25.10.2019 23:15
Точно
GFP, 25.10.2019 23:19
Ликбез для Шарова https://www.scirp.org/journal/paperinformat...x?paperid=85202
Vadim Sharov, 26.10.2019 12:02
Упс, Петр Петрович, даже не понял, что автор завываний действует в рамках его линго-волновой парадигмы. Что из Крика получается при волновой обработке пытливым умом выпускника биофака МГУ. Вообще это намек бывшему отцу Буратины для создания опуса "Трава GFP в лингво-волновом аспекте". Вообще за волновым гумном (это то, что получается при лингво-волновой обработке гимнов) будущее современной музыки.
GFP, 26.10.2019 13:05
Шлеп...
Вадим, в попытке дать многосмысленное понимание GFP-травяной идеи, понятой Папой Карло (Asterics-ом), лишен главного - именно понимания идеи Инвариантности смыслов вобулирующих повреждаемых 3´- нуклеотидов сиом-кодонов. See Ликбез.smile.gif
Vadim Sharov, 26.10.2019 14:30
Моя попытка разобраться с Вашими опусами, которые Вы опять мне рекомендуете была http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=585468

Мой вывод по "ликбезу": молбиологию Вы забыли до незнания. От того, что Вы повторите в 1000 раз читайте ликбез, Ваш ненаучная ахинея в научности не преуспеет. Остается тока "Беседа".
GFP, 26.10.2019 16:19
(Vadim Sharov @ 26.10.2019 15:30)
Ссылка на исходное сообщение  Моя попытка разобраться с Вашими опусами, которые Вы опять мне рекомендуете была http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=585468

Мой вывод по "ликбезу": молбиологию Вы забыли до незнания.  От того, что Вы повторите в 1000 раз читайте ликбез, Ваш ненаучная ахинея в научности не преуспеет. Остается тока "Беседа".

Моя научность не здесь проверяется. Тут развлекаловка, даваемая шаровыми. smile.gif
С 2004 г. предлагаю тутошним спецам в генетике и молбиологии сразиться:
опровергайте меня... Но тишина, нарушаемая бранью и банами. Один только LMP рискнул пропищать что-то "научное", но быстро получил по полной. Признал поражение, но тут же стер его.
Давайте теперь вы попробуйте. smile.gif

А после более расширенный ликбез:

https://rodovich.org/1437-1/
https://www.scirp.org/journal/paperinformat...x?paperid=57601
https://www.scirp.org/journal/paperinformat...x?paperid=85202
https://www.scirp.org/Journal/paperinformat...x?paperid=94825
Чайник556, 26.10.2019 16:40
Пора переводить эту тему в раздел "мусор"
GFP, 26.10.2019 16:53
Ваша попытка разобраться с моими статьями http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=585468 безграмотна. И я ответил на них. УЛИЧИВ Вас в этом.

Относительно публикации Л.П.Овчинникова. Цитирую себя:
"Цитирую Л.П.Овчинникова, который понял роль контекстных ориентаций рибосом на мРНК, НО ПОЗЖЕ. И при этом не сослался на меня. Статья Л.П.Овчинникова в Соросовском журнале появилась много позже."

Это не плагиат Овчинникова. Он мог и не знать о моей монографии "Волновой генетический код" (1997г.). В ней, кстати, есть главы о Волновом геноме. Что Вы не дочитали. Но делаете вид, что ознакомлены.

В общем, мелкотравчатый безграмотный комментарий от Вас, перекошенный самодовольством.
И НИЧЕГО ПО СУТИ. Давайте комментарии, если способны, по новым моим и нашим статьям. Но по сути.
GFP, 26.10.2019 16:56
Чайник 556: Пора переводить эту тему в раздел "мусор".

Вас же хорошо отшлепали в теме "ВОЛНОГОНСТВО В ШКОЛЕ". Ещё хотите? smile.gif
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.
Invision Power Board © 2001-2019 Invision Power Services, Inc.