Привет молбиологам,

глядя на наших молбиологов на фирме заметил, что частенько повторяется следующее:

будучи засыпанными большим объёмом данных и не успевая математически обработать собранные в эксперименте данные, молбиологи просто засовывают материалы в долгий ящик, где они со временем и вовсе забываются.

посему (сначала) вопросы:

1. может ли тут кто-нибудь опровергнуть или подтвердить это наблюдение?

2. есть ли тут молбиологи могущие и желающие вдохнуть вторую жизнь в подобные проекты из их собственной лабораторной жизни?

3. встречал ли кто в Сети страницы с такими публично выставленными данными из "тупиковых" проектов?

спасибо за ответы.

очень часто встречаю такое, не хватает крепкой и взаимной дружбы со статистикам и программистами. данные действительно просто складируются.

а у вас есть что-то из таких данных для публичного выпуска в свет?

с технической стороны я посодействую.

vak: есть microarray. До появления статистика-программиста сидели год и чесали затылок. После - нашлепали три статьи за год. Я с удовольствием рад общаться с такими людьми.

тут моё мнение как и прежде созвучно с вашим.

Вижу две возможности в зависимости от вашего решения:

1. ваше решение либерально: это означает, что вы готовы выложить данные на весьма свободных условиях (например, вы разрешаете использовать ваши данные как угодно и кем угодно с требованием аккуратно ссылаться на ваш труд, вашу лабу и ваше имя), тогда число математиков, потенциально могущих исследовать ваши данные, становится велико. Замечу, что едва ли статья состоится без заключительной интерпретации (мол)биолога, особенно того кто знает тонкости полученных в эксперименте данных -- это значит, что в этом либеральном подходе у вас навряд ли "украдут" статью.

2. ваше решение консервативно: это означает, что вы не считаете нужным выкладывать данные в свободный доступ. тогда круг математиков могущих "пощупать" на крепкость ваши данные автоматически сужается. На сегодняшний день мне известна лишь пара математиков, могущих в неделю В СУММЕ потратить около 20 часов на подобную инициативу.

Примечание 1. в рамках моих скромных возможностей я постараюсь помочь как консервативным так и либеральным молбиологам.

Примечание 2. не известно, наберётся ли тут пул реальных желающих, поэтому попытаться создать такой пул я вижу более приортетной задачей, чем сразу погружаться в первую же предложенную проблему.

как мне тут сообщили недавно данные по microarray добросовестные авторы _обязаны_ выкладывать в сеть для всеобщего доступа и возможности другим людям на них поглядеть... другое дело, что не все то делают...

вот посмотрите например:
http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/

так что в принципе. для человека желающего сделать анализ всей етой лабуды - поле непаханое

Я вообще сама эти данные обрабатываю, тот же самый microarray (R, bioconductor), но если вы согласны как нибудь проконсультировать, посоветовать, большое вам спасибо!

кроме Array Express еще и Stanford существует, и Oncomine и GEO...

to vak:

http://www.jnrbm.com

тупиковые проекты часто бывают связаны с негативными или противоречивыми результатами, которые невозможно опубликовать

боюсь, что-то мною упущено в формулировке.

1. цели собирать "мусор", то бишь, измерения в которые не верят даже те, кто их делал вовсе не было.

2. нет также цели искать противоречия в проектах типа http://www.jnrbm.com

зато есть цель собрать проекты, где живые, заинтересованные молбиологи не отказались бы от помощи квалифицированных программистов и математиков

например, это проекты, где в виду огромной размерности данных, или неприменимости классических алгоритмов молбиологи пробуксовывают на месте.

не моя реплика, а одного немецкого молбиолога в разговоре с математиком: "вы сделали за две недели то, что я почти год делал, и у вас лучше " На что физиономия математика обрела смесь радости с горечью: "1) я могу помочь! 2) я зря трудился 2 недели, им это уже не надо!"

Неужели как говаривала Сова безвозмеззно?????

[Текст переведён с транслита]

в смысле моя помощь в сборе, выкладывании и т.д.? -- в большей мере "да". хотя весьма вероятно, что я буду одним из исполнителей, тогда я буду иметь свой интерес (см ниже).

если же вопрос о тех, кто будет реально помогать, то это будет зависеть от конкретных исполнителей (я по мере возможности тоже поучаствую). возможных вариантов "оплаты" грубо два:

- соавторство в публикациях -- это скорее если молбиологи из универов

- оплата за работу -- а это скорее для молбиологов из коммерческих фирм, где публикация может быть вторична по важности и даже нежелательна.

Прошу прощения - офф...

Товарисч, Вы мыло проверяете? "Куды теперь пойти солдату???"
сАва.

up

From Redactor: вообще-то такие фокусы допустимы только для служебных тем.

По моему проще оффициально "заточить" проектик на кооперацию, мой шеф кстати искал генетиков со знаниями статистики для чипов..... И деньги на это есть (пара европейских кормушек мне лично известна).
Даже формально прислав вам данные, их после анализа нельзай будет без "добра" шефа опубликовать..... У знакомых в Берлине 3-ий год чипы лежат, пытаются сами....

NatRu, я вам бросил письмо в личку

Redactor'у: уппс... сорри. просто прежде не встречался с подобным запретом. цивилизованной альтернативой с моей стороны должна была быть просьба сделать тему "sticky" на некоторый срок. но здесь эта фича, AFAIK, не поддерживается, поэтому-то я и решился, сорри... а как надо бы? (возможно проблема отпадет со следующим движком. кстати интересно когда он появится--этот вопрос я вынесу в отдельный топик)

Должен был уже появиться, но я недооценил одну текущую работу (в смысле молекулярную) - она всё время съела. Даже в новом форуме искуственно завешиваться будут только служебные темы.

Цивилизованная альтернатива - постоянная страница на сайте. Новый материал - новое появление в колонке новостей. Есть ещё платная реклама. Но, это, как платная любовь, видимо, не для русских