Einkomponentige Lsungen


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Rambler's Top100

 
 
 
 
 
 
 
    ber das nochmalige Berechnen von Rezepten fr das gewnschte Volumen:


    Organische Substanzen

    Temperaturabhngigkeit des pH bei gewhnlichen Puffern

    Puffer:pKa/20oCdelta pKa/10oC
    MES6.15-0.110
    ADA6.60-0.110
    PIPES6.80-0.085
    ACES6.90-0.200
    BES7.15-0.160
    MOPS7.20-0.013
    TES7.50-0.200
    HEPES7.55-0.140
    Tricine8.15-0.210
    Tris8.30-0.310
    Bicine8.35-0.180
    Glycylglycine8.40-0.280

    ATP

    C10H14N5O13P3Na2 Mw=551.1 g/M; (lagern bei -20oC).

    Konz.Stamm.1ml
    ATP0.1M551.1g/M55.1mg
    H2O mQ  

    Untested information 0.1M ATP (pH 7.2): 5.71% (w/w) ATP, 84.86% (w/w) H2O, 9.43% (w/w) 2M Tris base.

  • Einstellen auf pH 7.5 mit 2 M NaOH (~70-80µl);
  • setzen Sie ungefhr 700µl an, verdnnen Sie um das 2000-fache (das ist die Endverdnnung in der spektrophotometrischen Zelle), prfen Sie die OD (optische Dichte):
  • c[M]=A259/15.4x103=A259 1:2000x0.130; fllen Sie dann auf das Endvolumen auf.

    Betaine

    monohydrate C5H11NO2xH2O; Mw=135.2g/M; (lagern bei 4oC).

    Konz.Stamm.%(w/w)100ml200ml700ml
    Betaine135.2g/M5M63.0067.6g135.2g473.2g
    H2O mQ37.0039.74ml79.49ml278.2ml

    p~1.073g/ml

    Cresol red (Na)

    50mM (lagern bei +4, -20oC):

    Konz.Stamm.1ml50ml
    cresol red (Na)50mM404.4g/M20.2mg1.01g
    H2O mQ   
  • Cresol Red (Na salt) is a very convenient dye. At a concentration of about 0.2mM it is compatible with restriction digestion, PCR, sequencing. It may be used as marker for electrophoresis.
  • Die Farbe des Farbstoffes ist pH abhngig (rot, falls pH > 7,5; gelb, falls pH < 7,5). Es ist mglich Kresol Rot als pH-Indikator zu verwenden (i) beim Denaturieren von doppelstrngiger DNS beim Sequenzieren, (ii) bei der Silica-Aufreinigung von DNS von Agarosegel.
  • DTT

    C4H10O2S2 Mw=154.2g/M; (lagern bei -20oC).

    Konz.Stamm.%(w/w)1ml5ml10ml20ml
    DTT154.2g/M1M14.550.155g0.773g1.55g3.09g
    H2O mQ85.45905 µl4.53ml9.05ml18ml

    p~1.06g/ml

    Konz.Stamm.1ml5ml10ml20ml
    DTT154.2g/M2.2M0.339g1.696g3.394g6.787g
    H2O mQ     
  • steril Filtrieren;
  • keine Behandlung mit DEPC;
  • Wir wissen zwar nicht weshalb, jedoch wird in vielen Anleitungen (vielleicht nach "Maniatis") empfohlen es in 10 mM NaAc, pH 5.2, anzusetzen.
  • Ansetzen von dNTPs

    Das knappe Protokoll fr ~100 mM Stammlsung.

    1. Verdnnen Sie alle vier dNTPs (je 250 mg) in 3.676 ml H2O;
    2. + 424µl 5M NaOH;
    3. Prfen Sie den pH: ~0.5µl auf pH-Indikatorpapier.

    Ausfhrliches Protokoll zum Ansatz von 100 mM Stammlsung.

    1. Geben Sie die bentigte Menge (s. Tabelle) an H2O und Tris-Base 1 M hinzu (es kann ein Salzvolumen von ~150µl verwendet werden);
    2.   

      Mw

      V(H2O)V(Tris base 1M)V(final)
      dATPC10H14N5O12P3Na2x3H2O589.23.24ml850 µl4.24ml
      dGTPC10H13N5O13P3Na3x2H2O609.23.55ml400 µl4.10ml
      dCTPC9H13N3O13P3Na3x2H2O569.13.44ml800 µl4.39ml
      dTTPC10H14N2O14P3Na3x2H2O584.13.73ml400 µl4.28ml
    3. Prfen Sie den pH: ~0.5µl auf pH-Indikatorpapier;
    4. Prfen Sie die Qualitt und Konzentration (Es ist hilfreich eine Endverdnnung con 1:5000 (~20µM) zu whlen. In diesem Fall wird die optische Dichte im Bereich von Am~0.3 liegen dem genauesten Bereich fr Spektrophotometer).
      Die Konzentration betrgt c[mM]=k1:5000xAm.

    Qualitt:

    dATP
    pH 7.0
    A250/A260=0.80+0.03
    A280/A260=0.12+0.02
    dCTP
    pH 2.0(!)
    A250/A260=0.45+0.03
    A280/A260=2.10+0.15
    A290/A260=1.60+0.10
    dGTP
    pH 7.5
    A250/A260=1.18+0.04
    A280/A260=0.67+0.03
    A290/A260=0.28+0.03
    dTTP
    pH 7.5
    A250/A260=0.65+0.03
    A280/A260=0.73+0.03

    Konzentration:

     MwAmpHEk (for 1:5000)
    dATP[Na2]589.22597.015.2x103328.9
    dGTP[Na3]609.22537.513.7x103365.0
    dCTP[Na3]569.12802.0 (!!!)13.0x103384.6
    dTTP[Na3]584.12677.59.6x103520.8
          
    ATP [Na4]595.1259 15.4x103 
    CTP [Na4]571.1280 13.0x103 
    GTP [Na4]611.1252 13.7x103 
    UTP [Na4]572.1262 10.2x103 

    Konzentration: c[M]=Amax/E; Amax = Absorptionsmaximum.

    EDTA

    C10H14O8N2Na2x2H2O; Mw=372.3g/M; pH = 8.0 (lagern bei 4oC).

    Konz.Stamm.%(w/w)50 ml100 ml150 ml250 ml
    EDTA0.5 M372.3g/M16.989.31g18.62g27.92g46.55g
    NaOH~0.5 M40g/M1.821.014g2.028g3.042g5.07g
    H2O mQ81.1944.48ml88.95ml133.4ml222.4ml
    Konz.Stamm.10 ml50 ml100 ml150 ml250 ml
    EDTA0.5 M372.3g/M1.86g9.31g18.62g27.92g46.55g
    NaOH~0.5 M10M 507µl
    0.674g
    2.535ml
    3.37g
    5.07ml
    6.74g
    7.61ml
    10.11g
    12.68ml
    16.85g

    H2O mQ8.42ml42.12ml84.24ml126.4ml210.6ml

    p~1.096g/ml

  • EDTA ist bei saurem pH nicht lslich. Es ist notwendig graduell Lauge hinzuzugeben und den pH zu kontrollieren.
  • Nicht mit DEPC behandeln.
  • EtBr

    Ethidium bromide, C21H20N3Br; Mw=394.3g/M; (lagern bei NT in the dark);

    Konz.5ml10ml50ml
    EtBr10mg/ml50mg100mg500mg
  • Lslich in H2O, EtOH, Chloroform;
  • Die karzinogenen Eigenschaften von EtBr betreffend. Die einzigen Informationen die wir in der Literatur gefunden haben, sind, da in mutagenen Tests mit Bakterien 90µg EtBr den gleichen Effekt hatten wie der konzentrierte Rauch einer Zigarette.
  • Gelatin

    (lagern bei 4oC).

    Konz.Stamm.10ml50ml100ml
    Gelatin2%fest0.2g1.0g2.0g
    H2O mQ    
  • Autoklavieren.
  • Glucose

    C6H12O6xH2O, Mw=198.17g/M; 39.6%, p=1.13

    Konz.Stamm.%(w/w)200ml500ml
    Glucose2M198.17g/M35.0779.27g198.2g
    H2O mQ64.93146.6g366.5g

    Guanidine HCl

    CH5N3xHCl, Mw=95.53g/M

    Molaritt 123456
    Guanidine HCl (g/L)95.53g/M95.53191.06286.59382.12477.65573.18
    H2O (ml/L)mQ924.2854783.7711.7639.8567.2
    Guanidine Cl %(w/w) 9.3718.2826.7834.9342.7550.26
    H2O %(w/w) 90.6381.7273.2265.0757.2549.74
    p (g/ml) 1.0201.0451.0701.0941.1171.140
  • Lslichkeit: bei 25oC -> 8.54M, 5oC->>8M;
  • A260(6M in H2O)<0.03;
  • es ist mglich in Berechnungen von Lsungen 0.763 als "Partialdichte von Guanidin HCl" zu verwenden.
  • HEPES

    Konz.Stamm.%(w/w)1L

    C8H18N2O4S

    1M238.3g/M22.40238.3g
    H2O mQ77.60825.7ml

    p=1.064

    HEPES, 1M, 1L

    KOH, 5M [ml]pH
    05.25
    0.55.35
    3.55.75
    76.03
    126.24
    226.59
    326.71
    456.88
    507.00
    607.10
    807.25
    92.57.37

    Imidazol

    C3H4N2, (lagern bei 4oC):

    Konz.Stamm.50ml100ml
    Imidazole2M68.1g/M6.81g13.62g
    H2O mQ   

    Paraformaldehyde

    PFA (paraformaldehyde) 37% (fr Histochemie sollte sie frisch angesetzt werden.

    1. im Schraubdeckelrhrchen mischen:

    PFA (fest) => 0.37g,
    H2O => 1.0ml
    NaOH (1N) => 14µl;

    2. im heien Wasserbad lsen (erhitzen bis der pH auf ~7.0 =>~1-3') fllt.

    PEG

    H(OCH2CH2)nOH; (lagern bei 4oC).

    Konz.%(w/w)10ml50ml100ml150ml200ml
    PEG600040%37.214.0g20g40g60g80g
    H2OmQ62.796.75g33.75g67.5g101.25g135.0g

    p=1.075.

    PMSF

    (lagern bei -20oC)

    Konz.Stamm.20ml
    C7H7FO2S100mM174.2g/M0.348g
    Isopropanol  20ml

    Retinoic acid

    (all trans-R.a., Tretinoin, light-sensitive, lagern bei -20oC):

    Konz.Stamm.16.6ml
    C20H28O210mM300.4g/M50mg
    EtOH >96%16.6ml
  • Die Molaritt der Stammlsung betrgt 10mM, die Molaritt der frisch mit EtOH angesetzten gebrauchsfertigen Lsung betrgt 1mM (es ist ratsam reines EtOH zu den Kontrollzellen hinzuzugeben).
  • Tris Cl

    C4H11O3N; Mw=121.1g/M; (lagern bei 4oC).

    Konz.Stamm.50 ml100 ml150ml200ml
    Tris-base1M121.1g/M6.0612.11g18.17g24.22g
    H2O zum Gesamtgewicht mQ52.03g104.06g156.09g208.12g

    1M: p=1.0406

    Untested information 2M Tris base: 22.90%(w/w) Tris base, 77.10%(w/w) H2O; p=1.058

  • nicht mit DEPC behandeln;
  • Autoklavieren;
  • Der pH von Tris-Puffern ist von der Konzentration abhngig. Wenn Sie als Original die 50mM Lsung benutzen:
  • pH(500mM) => + 0.05
    pH(5mM) => - 0.05

  • Der pH fllt um 0.028, wenn die Temperatur um 1oC steigt.
  • Die Temperaturabhngigkeit des pH fr 50 mM Tris Cl

    pH bei g/Liter fr 0.05 M
    5C25C37C Tris HCl Tris Base
    7.557.006.70 7.28 0.47
    7.667.106.80 7.13 0.57
    7.767.206.91 7.02 0.67
    7.897.307.02 6.85 0.80
    7.977.407.12 6.61 0.97
    8.077.507.22 6.35 1.18
    8.187.607.30 6.06 1.39
    8.267.707.40 5.72 1.66
    8.377.807.52 5.32 1.97
    8.487.907.62 4.88 2.30
    8.588.007.71 4.44 2.65
    8.688.107.80 4.02 2.97
    8.788.207.91 3.54 3.34
    8.888.308.01 3.07 3.70
    8.988.408.10 2.64 4.03
    9.098.508.22 2.21 4.36
    9.188.608.31 1.83 4.65
    9.288.708.42 1.50 4.90
    9.368.808.51 1.23 5.13
    9.478.908.62 0.96 5.32
    9.569.008.70 0.76 5.47
    9.679.108.79 0.69 5.53

    TrisCl: 250ml 1M

    V HClV HClpH
     010.44
     19.54
     29.26
     39.08
     3.78.98
    5ml 8.76
    6ml 8.67
     108.4
    11ml 8.22
     148.13
    13.5ml 8.06
    14ml 8.04
    15ml 7.97
     177.92
    16.5ml 7.82
    16.7ml 7.8
    17ml 7.77
    18.3ml 7.63
    18.6ml 7.59
     207.75
     237.4

    1M Tris HCl:

    pHTrizma base %(w/w)Trizma HCl %(w/w)H2O %(w/w)
    7.52.3012.3785.33
    8.05.168.6486.20
    8.26.506.8986.61
    8.89.632.8287.55
    9.510.761.0288.22

    Tricine

    C6H13NO5, Mw=179.2g/M;(lagern bei 4oC).

    Konz.Stamm.50ml
    Tricine1M179.2g/M8.96g
    H2O mQ  

    For 50ml:

    5N KOHpH
    7.0ml8.30
    7.5ml8.38
    8.0ml8.47
    8.15ml8.5
    8.5ml8.6
    9.0ml8.68
    9.5ml8.78
    10.08.90

    Triethanolamine

    1M (lagern bei 4oC):

    Konz.Stamm.%(w/w)50ml
    Triethanolamine1M149.19g/M14.697.46g
    6.66ml

    H2O mQ85.3143.34ml

    Urea

    CH4N2O, Mw=60.06g/M;

    Molarity 12345678

    CH4N2O(g/L)

    60.06g/M60.06120.12180.18240.24300.30360.36420.42480.48
    H2O (ml/L)mQ950.6905.8861.3817.0771.6726.7681.2635.7
    p (g/ml) 1.0111.0261.0411.0571.0721.0871.1021.116

    CH4N2O %(w/w)

     5.9411.7117.3022.7228.0233.1538.1643.05
    H2O%(w/w) 94.0688.2982.7077.2871.9866.8561.8459.95
  • Lslichkeit: bei 25oC: 10.49M, 5oC: ~8M;
  • A260(6M in H2O)<0.06;
  • es ist mglich in Berechnungen von Lsungen 0.763 als "Partialdichte von Urea" zu verwenden.
  • Suren und Laugen

    Name:Formel:Mw% (w/w)[M]g in 1L
    Substanz.
    p [g/ml]ml/L fr
    1M Lsung
    Sodium hydroxideNaOH4050%19.17631.5352.4
    30.1%10.04001.329100

    Potassium hydroxide

    KOH

    56.150%13.57571.5274.1
    23.06%5.0280.61.217200
    Ammonium hydroxideNH4OH35.028%14.82510.8967.6
    Acetic acid, glacialCH3COOH60.199.5%17.410451.0557.5
    Acetic acid36%6.273761.05159.5
    Formic acidHCOOH46.090%23.410801.2042.7
    Hydrochloric acidHCl36.536%11.64241.1886.2
    Nitric acidHNO363.071%15.9910081.4262.5
    Perchloric acidHClO4100.570%11.6511721.6785.8
    Phosphoric acidH3PO498.085%18.114451.7155.2
    Sulfuric acidH2SO489.196%18.017661.8455.6

    NaOH

    Mw=40g/M; (lagern bei NT).

    Konz.Stamm.%(w/w)50ml200ml300ml
    NaOH10M40g/M69.9020g80g120g
    H2O mQ30.146.45ml185.8ml278.7ml

    10M: 30.10%; p=1.329.

    Konz.Stamm.50ml150ml200ml
    NaOH1M10M5ml
    6.645g
    15ml
    19.94g
    20ml
    26.58g

    H2O mQ45ml135ml180ml
  • es ist besser Plastikflaschen zur Lagerung zu verwenden, da die Lauge das Glas leicht anlst.
  • KOH

    Mw=56.11g/M; (lagern bei NT).

    Konz.Stamm.%(w/w)10ml50ml100ml150ml
    KOH5M56.11g/M23.052.806g14.03g28.06g42.08g
    H2O mQ76.959.363g46.81g93.63g140.4g

    5M: 23.06%; p=1.217.

  • es ist besser Plastikflaschen zur Lagerung zu verwenden, da die Lauge das Glas leicht anlst.
  • Trichloroacelic acid

    Trichloroacelic acid,CCl3CO2H Mw=163.39, (bei NT, im Dunkeln, unter dem Abzug lagern.

    Konz.%(w/w)5ml10ml25ml50ml
    TX100% (w/v)68.785.0g10.0g25.0g50.0g
    H2OmQ31.222.27ml4.54ml11.35ml22.7ml

    Detergenzien

    N-Lauroylsarcosine Na

    (lagern bei NT).

    Konz.Stamm.1ml3ml5ml15ml50ml
    Sarc10%30%0.333ml
    0.342g
    1.00ml
    1.027g
    1.67ml
    1.712g
    5.00ml
    5.14g
    16.67ml
    17.12g

    H2O mQ0.667ml2.00ml3.33ml10.00ml33.33ml

    p=1.017.

    SDS

    Sodium dodecyl sulfate, sodium lauryl sulfate; [CH3(CH2)10CH2SO4]Na; Mw=288.4g/M; (lagern bei NT).

    Konz.Stamm.%(w/w)100 ml250 ml300 ml400 ml
    SDS10%(w/v)fest9.8210g25g30g40g
    H2O mQ90.1891.8 ml229.5 ml275.4 ml367.2 ml

    p = 1.018

  • unter dem Abzug wiegen (und sicherheitshalber eine Atemschutzmaske tragen);
  • es mu auf 60-80oC erhitzt werden, um den Lsungsvorgang zu beschleunigen. pH prfen. Wenn dieser vom Neutralwert (~7.2-7.5) stark abweicht, mit verdnnter Lauge/ Sure einstellen.
  • Organische Lsungsmittel

    Phenol

    C6H5OH; Mw=94.1g/M
    p=1.054, tm= 43, tb= 182, pKa=10.0
    Lslichkeit: 6.816H2O, unbegrenzt 66H2O; unbegrenzt EtOH

    Ansetzen von "saurem" und "neutralem" Phenol.

    a) aus der Destillation:

    1. Phenol destillieren, so da es unter das H2O sinkt;
    2. Volumen des Wassers auf ca. 1/10 der Phenolphase einstellen;
    3. 8-Hydroxyquinolin zu 0.1% (relativ zur Phenolphase) und ßMeEtOH (2-Mercaptoethanol) zu 0.2% (relativ zum H2O = 0.02% bezogen auf die Phenolphase) hinzugeben;
    4. ---- mit diesem Schritt haben Sie das "saure Phenol" gewonnen. Bei 20oC lagern (~1 Jahr); ----

    5. geben Sie ungefhr das gleiche Volumen an 0.2 M Tris-Base zum Phenol, ~0.5-1 Std. mischen;
    6. verwerfen Sie die wssrige Phase;
    7. + 0.1V 0.1M Tris-Cl, pH 8.0
    8. 0.2% bMeEtOH
    9. ~0.5-1 Std. mischen;
    10. ~einige Monate bei 4oC (im Dunkeln) lagern.

    b)aus der kommerziellen Substanz:

    1. Phenol mit Wasser sttigen (ca. 1/5 V hinzufgen);
    2. dann, (a) entsprechend, weiter ab dem Punkt 2.

    ______________
    * Zur RNS Extraktion ist es besser das "saure Phenol" mit dem folgenden Puffer zu sttigen (einfach hinzugeben): (bei 4oC lagern):

    Konz.Stamm.100ml
    AcONa, pH 5.150mM3M1.67ml
    EDTA10mM0.5M2.0ml
    H2O mQ96.0ml
  • Prfen Sie den pH-Wert und stellen Sie diesen bei Bedarf mit verdnnter (1:100) Essigsure ein.
  • Untested information in den "Mitchell Group Methods" gab es einen Hinweis darauf, da saures Phenol viel stabiler ist als neutrales. Sie empfehlen neutrales Phenol nur in kleinen Mengen herzustellen und nur einige Wochen zu lagern.

    EtOH

    CH3CH2OH; Mw=46.1g/M;

    p(w/w) %(v/v) % p(w/w) %(v/v) % p(w/w) %(v/v) %
    0.7892100.00  0.8385.4  0.8960.5 
    0.7999.7  0.8481.4  0.9056.12 
    0.8096.5  0.8577.3  0.9151.71 
    0.804295.0096.80 0.8673.2  0.9247.2 
    0.8192.9  0.867870.0276.96 0.9342.50 
    0.811492.4295.01 0.8769.0  0.9437.6 
    0.817890.0593.31 0.8864.8     
    0.8289.2  0.885562.4070.01    
  • sehr hygroskopisch, (bei NT in dicht verschlossenem Gef lagern); tmelt.=-117.3oC; tboil.=78.5oC.

  • Konz.Stamm.300ml
    EtOH70%96%190g
    H2O mQ70ml

    Ansetzen von 100% EtOH

    1. trocknen Sie CuSO4 (bei 65oC, 1-2 Tage) bis zum Erreichen der so gut wie weien Farbe;
    2. mischen Sie ca. 1/4 Volumenanteil des CuSO44 mit 3/4 Volumenanteil des 96% EtOH;
    3. intensiv mischen;
    4. 1-2 Tage stehen lassen (CuSO44 entzieht dem Ethanol das Wasser).

    Untested information Prfen Sie das "100%" Ethanol: geben Sie einen Tropfen Ethanol zum Xylen. Im Falle von 100% Ethanol darf sich kein Nebel bilden.


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